臺北高等行政法院判決
99年度訴更二字第34號
99年8月12日辯論終結原 告 科學工業園區管理局代 表 人 甲○○○○○○住同上訴訟代理人 戊○○被 告 新竹市稅務局代 表 人 乙○○○○○○住同上訴訟代理人 丙○○
丁○上列當事人間印花稅事件，原告不服新竹市政府中華民國94年1月25日府行法字第0940007738號（93年訴字第68號）訴願決定提起行政訴訟，經本院94年度訴字第840號判決駁回原告之訴，原告不服，提起上訴，經最高行政法院以96年度判字第1527號判決廢棄原判決，發回本院審理；嗣經本院96年度訴更一字第153號判決撤銷訴願決定及原處分，被告不服，提起上訴，經最高行政法院99年度判字第204號判決廢棄原判決發回更審，本院更為判決如下：
主 文訴願決定及原處分均撤銷。
被告對於原告93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還原告印花稅款新臺幣伍拾玖萬壹仟玖佰參拾柒元之行政處分。
第一審及發回前上訴審訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告因於92年5月14日與臺灣糖業股份有限公司（以下簡稱臺糖公司）、苗栗農田水利會以協議價購方式購買不動產作為園區竹南二期擴建用地，並訂立土地買賣所有權移轉契約書，乃以系爭契約書符合印花稅法第6條第1款規定，於92年5月23日向新竹市稅捐稽徵處（以下簡稱竹市稅稽處，即改制前之被告）申請免納印花稅。竹市稅稽處於92年6月5日以新市稅財一字第0920017417號函（以下簡稱竹市稅稽處92年6月5日函）覆准予所請，嗣參照財政部92年10月31日臺財稅字第0920453904號函釋意旨，認原告購買土地之資金經查明係編列於作業基金項下，其所書立之不動產買賣所有權移轉契據，自應按印花稅法第7條第4款定貼用印花稅票，乃於92年11月21日以新市稅消字第0920255277號函（以下簡稱竹市稅稽處92年11月21日函），請原告於92年11月28日前至其消費稅課開立印花稅大額繳款書，原告嗣於92年12月5日完納系爭稅款新臺幣（下同）591,937元在案。迨93年9月7日，原告依稅捐稽徵法第28條規定，向竹市稅稽處申請退還前已繳之印花稅，經該處於93年9月17日以新市稅消字第0930027385號函（以下簡稱原處分）予以否准所請。原告不服，循序提起行政訴訟，經本院於94年12月29日以94年度訴字第840號判決駁回原告之訴，原告不服，提起上訴，經最高行政法院96年度判字第1527號判決將原判決全部廢棄，發回本院審理。嗣經本院於97年4月9日以96年度訴更一字第153號判決：「原處分及訴願決定均撤銷。被告對於原告93年9月7日之退稅申請案，應作成『准予退還原告印花稅款新臺幣伍拾玖萬壹仟玖佰參拾柒元』之行政處分。」，被告不服，提起上訴，經最高行政法院於99年3月4日以99年度判字第204號判決廢棄原判決，發回本院更為審理。
二、本件原告主張：㈠按印花稅法第6條第1款規定，是凡屬各級政府機關書立印
花稅法第5條所列課徵範圍之憑證皆得免徵印花稅。此為租稅體制上「對納稅主體」免稅之立法，其免稅要件之構成在於書立憑證之一方是否為各級政府機關，即得免稅。
此亦政府不對自己課稅之法理所當然。蓋政府對自己課稅，對公庫而言收入並未增加，反而增加行政機關的作業程序，浪費國家資源，故印花稅即本此意旨而訂定。因此，自23年印花稅法就有政府機關免稅之規定，經歷次之修正仍保留迄今。
㈡依學理上之通說，在稅捐法定原則底下，稅捐領域仍有「
法律補充」之可能。因印花稅為交易稅之一種，而交易稅之課徵與否，最直接之影響即交易成本，而交易成本之差異，會造成市場自由競爭之壓抑，形成不公平競爭之結果。因此當政府機關在市場上從事「購入原、物料並投入人力，生產產品或勞務而為行銷」之持續交易活動時，若其交易憑證為印花稅之稅捐客體，卻因主體為政府機關，即可免納印花稅，如此會使政府機關在市場上享有優勢地位，為了消除此等優勢地位，有必要對印花稅法第6條第1款之規定內容予以「目的性限縮」，將上開持續性之買入賣出交易行為（即營利行為）排除在免納印花稅之範圍，以維持稅制上之平等。但上開法律漏洞內容卻與交易之資金來源是否為「年度結算時不須繳庫」之「附屬單位預算基金」無關，只是這二者表面上看來，似乎有「相關性」，所以被稅捐機關選擇作為識別以上法律漏洞之一種「標籤」。惟「相關」並不代表「相等」，因為在過去之歷史經驗中，很多政府機關一樣會以編列之「單位預算」進行持續性之營利活動。例如以往之菸酒公賣局賣菸酒，或改制前之林務局出售砍伐之木材等等。印花稅法第6條第1款規定內容之「目的性限縮」範圍，應以其基金實際用途是否為營利性質來決定。若非營利性質，即沒有排除在印花稅法第6條第1款規定範圍之法理正當性。以「資金來源在年度決算是否解繳國庫」，當成政府機關應否繳納印花稅之差別處遇標準，實屬不當。以上所述，業經最高行政法院判決理由說明在案。故若以購入土地獲有服務或租金收入，收入並歸入基金收入，且非於年度結束全數解繳國庫而認定為兼具有營利性質，即有將「相關」視為「相等」的疑義。
㈢原告機關預算依預算法第4條第2類第㈣項編制作業基金，
並非用於營業。而原告所編列預算係依預算法第16條有單位預算及附屬單位預算，就是一般所指的公務預算及基金預算。依中央政府特種基金管理準則第4條、第9條、第15條規定，科學園區作業基金依前開規定，並非不經立法院監督，因其依上開規定要列入預決算案，依立法院職權行使法預算案應經三讀會議決議，和其他公務的預算列為預算案受立法監督，並非如被告所陳作業基金不經立法監督。
㈣承上，復就科學工業園區管理局作業基金是否受立法監督，說明如后：
⒈原告機關編列的預算書分為「科學工業園區管理局及所
屬單位預算」及「科學工業園區管理局作業基金附屬單位預算（非營業部分）」2部分（決算書亦同）。以原告編制之93年中央政府總預算行政院國家科學委員會主管科學工業園區管理局作基金附屬單位預算（非營業部分），壹、基金概況：一、設立宗旨：本基金設立之目的係政府為增進科學工業園區之設施及服務而設立，其宗旨為引進高科技之新型技術，發展高級精密工業，而於71年度依預算法第4條規定歸類為「作業基金」。⒉而作業基金各有其設立目的，成立作業基金並非不受立
法監督。對於其所有支出收入，均需載明於作業基金附屬單位預算決算書中，至於賸餘分配方式金額亦需經立法院通過，並非如被告所陳不受立法監督。其動用亦受相關審計法的規範，並受審計機關監督。被告主張不受相關機關監督，容有誤解。
⒊況且，原告預、決算書均依政府資訊公開法第7條第1項
第6款公開於原告網頁，資訊公開項下第6項預算及決算書公告週知，接受全民的監督。原告並將92至98年間預決算書的相關網頁資料下載製作成資料光碟。
㈤基金預決算受立法院監督，除已提出立法院審議通過的預決算書外，就其餘資料說明如下：
⒈依憲法規定，預算案在程序上應提出於行政院院會議決
（第58條），行政院於會計年度結束3個月前，將下年度預算案提出於立法院（第59條），立法院對行政院提出之預算案為議決（第63條）；而決算行政院應於會計年度結束後4個月內，提出預算於監察院（第60條），由監察院審核，審計長應於行政院提出決算後3個月內，依法完成其審核，並提出審核報告於立法院（第105條），由立法院審議。科學工業園區管理局作業基金預決算，亦經此一程序審查。
⒉以93年度預決算審查為例：
⑴立法院議事處92年10月31日以臺立議字第0920702636
號函預算及決算委員會召集全院各委員會聯席會議併案審查「93年度中央政府總預算案（含附屬單位預算營業及非營業部分）」與「行政院函送對立法院決議請行政院重新修正93年度中央政府總預算案之說明資料」，立法院隨即於同年11月5日、6日舉行第5屆第4會期全院各委員會第1次、第2次聯席會議，依照中央政府總預算案審查程序規定，討論通過分組審辦法及審查日程後，隨即函請各分組主審委員會會同聯席審查之委員會分別進行審查，並由各分組主審委員召集委員擔任主席，函請各有關機關首長列席說明答復委員質詢及提供書面資料。經各分組審查結果，分別提出審查報告，由預算及決算委員會於92年12月3日舉行全體委員會議，綜合整理後，完成審查總報告，經提92年12月8日、10日、11日全院各委員會第3次聯席會議審查完竣。最後，93年度中央政府總預算案暨附屬單位預經立法院第5屆第4會期第19次會議三讀通過（93年1月9、12、13日）；93年度中央政府總預算案附屬單位預算營業及非營業部分經立法院院會第5屆第5會期第21次會議（93年6月10、11日）三讀通過，至此無論單位預算（公務預算）、附屬單位預算（作業基金預預）均依法完成三讀程序。
⑵原告之單位預算部分的詳細審查，立法院第5屆第4會
期審查93年度中央政府總預算案第3組（科技及資訊、預算及決算兩委會）第2次聯席會議（92年11月12日上午9時8分、下午2時35分）審查行政院國家科學委員會主管收支部分，請行政院國家科學委員會主任委員報告，並進行答詢，並經出席委員的討論、審查。
⑶另原告作業基金預算的詳細審查，立法院第5屆第4會
期審查93年度中央政府總預算案（非營業部分）第3組（科技及資訊、預算及決算兩委會）第2次聯席會議（92年12月3日上午9時12分），審查93年度科學工業園區作業基金附屬單位預算，由行政院國家科學委會主任委員報告並進行答詢，對作業基金預算所列的項目、金額逐項報告，其中包含年度業務收入支出賸餘、是否解繳國庫、固定資產之建設改良擴充等，均經出席委員討論、審查。
⑷綜上，無論單位預算（公務預算）、附屬單位預算（
作業基金）所列各項預算（包括基金賸餘數額、分配運用）均經立法院審議通過在案。
⒊又以93年度決算為例，94年10月4日由審計部審計長列
席報告「93年度中央政府總決算案」等審核經過，並備詢。於94年10月13日立法院第6屆第2會期預算及決算、科技及資訊、國防委員聯席審查93年度中央政府總決算審核報告案，審查「93年度中央政府總決算報告案」第2項附屬單位決算非營業基金部分：作業基金，其中1項即為科學工業園區管理局作業基金。作業基金決算亦經立法院審查有檢附會議紀錄為憑。
⒋另就作業基金適用法規而言，依科學工業園區管理局作
業基金收支保管及運用辦法第8條規定可知，作業基金受行政、立法、審計等相關的監督，所以就各項監督而言，與公務的單位預算並無不同。且同辦法第10條規定，本基金年度決算如有賸餘，得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理，故不論撥充基金或以未分配賸餘處理均須要依預算程序處理，所以是受相關機關嚴格監督。
㈥作業基金為廣義的國庫，除依預算法第4條明文非用於營
業者。至於在表象上有付出、回收的現象，並非就是含有營業的性質。過去中央健康保險局收取健保費用，而給付醫療機構的付出、收回現象，而認定為事業機構，即認為有營業，而以事業單位標準支給薪給，為社會所垢病，而究其本質而言其並非營業性質亦經修正。就原告所屬作業基金而論，其法規上已明文其非營業性質，僅在於國庫中因不同的任務，而在預算法的規範下，設立不同於公務預算運作的基金制度，以活化基金的運用，不能因其年度結束未必全數解繳國庫而推斷其為營業性質。蓋設立基金的目的，就在於活化資金運用，避免因預算的程序而有礙於追求最高的效益原則。故其對其管理效益的措施，而有收入、支出的情形，實難謂其已具有營利性質。
㈦況前已敘，填補印花稅法第6條第1款的目的，係為消除政
府機關在市場上之優勢地位，而有必要對印花稅法第6條第1款之規定內容予以「目的性限縮」。原告為科學工業園區唯一的地主，出租對象並限制以科學工業為原則，租金的價格訂定亦有一定的規範，不具有彈性，此種給予進駐廠商租金價格的保障，係為發展科學工業的公法上目的。且從競爭的角度觀察並無任何私人可以提供科學園區土地出租，故對原告免稅造成其市場享有優勢地位的情形。
因原告的土地、廠房租賃與民間不具實質的競爭性及排他效果，所以相關的買賣契約所使用的憑證並無排除印花稅法第6條第1款適用的理由。且就政府一體而言，系爭作業基金以購置土地出租供廠商使用，係私法的形式達成公法上目的，若同為政府之被告機關執意徵收印花稅，最終仍是政府負擔此成本。如此，不僅造成虛耗稅務行政成本，亦與印花稅法第6條第1款規定政府機關免稅即政府不對自己課稅的目的不符。
㈧再就系爭價購土地之價款，係由原告何預算帳目項下支應
？系爭土地的使用情形？有無收入的情形？收入運用的情形？且事後有無經付出而收回之情形，即是否用於營業？說明如后：
⒈經查買入系爭土地，是作為竹南園區二期擴建用地，依
原告編製92年度中央政府總決算，行政院國家科委會主管科學工業園區管理局作業基金附屬單位決算（非營業部分），總說明第6項其他㈢補辦預算項下，一、固定資產之建設、改良、擴充1.新竹科學園區3、4期，其中
(1)(2)均為竹南基地二期擴建土地。金額分別為1,040,000,000元、77,000,000元。
⒉而取得土地於開發後，除有部分為綠地、環保設施用地
外，提供給廠商建廠及建築標準廠房。其中土地租賃部分，租給奇美光電股份有限公司（99年3月18日前為群創光電股份有限公司，自99年3月18日群創與奇美合併，奇美為存續公司）、臺灣豪雅光電股份有限公司、鎧暘科技股份有限公司新竹分公司3家廠商，起租日期及金額如證2竹南基地租用圖所示；而標準廠房於原告投入相當金額建廠完成後租與泓發樂活氏水科技服務股份有限公司、威華微機電股份有限公司、琦芯科技股份有限公司、綠品生物科技股份有限公司、膠原科技股份有限公司等公司使用，起租日期及每月租金，如證3竹南二期標準廠房使用現況所示。
⒊而租金收入列於科學工業園區管理局科學工業園區管理
局作業基金租金及權利金收入明細表新竹科學工業園區四期4141租金及權利金收入及4142廠房租金收入項下。
並供基金在合於預算法、審計法條件下使用。
⒋至於年度若有賸餘除提列公積金外，依法得列未分配賸
餘，並於決算項目明列92年決算書，而以當年度為例，雖於帳面上列有未分配賸餘1,297,610,132元，但依現金流量決算表，可知增加長期固定及遞耗資產等流出金額遠大於賸餘數，就現金的使用上實際並無未分配的賸餘，並非有未分配賸餘資金可供調度使用。就算其他年度有可能發生有未分配賸餘，亦需經立法院預決算的通過。而購入之土地依國有財產法第4條第2項（第1款、第3款規定）為公用財產，所以原告所購置的土地為作業用，為公務用財產，為國有財產，所以並非取得私人財產。前開規定將事業用財產於第3款單獨列款，故對國營事業機關使用之財產作不同的處理。另按預算法第4條特種基金中營業基金、作業基金之規定，故就「付出收回」，與營業循環運用的情形雖有雷同，但其區別在於付出收回是否用於營業？用於營業循環的為營業基金者；非用於營業者為作業基金。所以若觀察的面向僅在其是否付出後仍可回收，無法用於識別作業基金、營業基金。對於區別是否符合印花稅法第6條第1款免稅更無釐清的效果。
⒌然財政部在有關印花稅的45年臺財稅發第6191號令指出
：「政府機關書立憑證免稅規定，所稱政府機關乃指行政機關而言，所有政府投資之公營事業以及政府機關所屬商業性機構，均不適用該項免稅條款。」將屬營業的國營事業機關排除於印花稅法第6條第1款免稅之外，就整個法秩序而言，尚無爭論。但將原告所屬作業基金排除於印花稅法免稅範圍外，就整體法秩序而言，預算法第4條、國有財產法第4條有意的區別屬於不同種類基金而分別立法，但在印花稅法的解釋上卻做相同的處理，並不妥適。
㈨另對於進駐廠商除收取租金外，有無再向廠商收取費用乙
節，依科學工業園區設置管理條例第27條第2項訂有「科學工業園區管理費收取辦法」收取管理費，而至於個別廠商因個別需求而提供各項服務如污水處理費、場地費、倉儲等均依相關規定個別收取費用。
㈩有關同屬科學工業園區作業基金之南部科學工業園區高雄高等行政法院94年度訴字第14號判決：
⒈對個案其他法院之判決，屬法官個案判斷，與原告本案
事實不盡相同不便妄加評論。是僅就本件審理的案件重申主張，然實者，96年8月23日最高行政法院96年度判字第1527號判決理由六、㈣已然對本案爭議提出肯切的法律見解。
⒉另99年3月4日最高行政法院99年度判字第204號判決指
出：印花稅法第6條第1款的免納印花稅範圍，應考量若對原告收取印花稅，對公庫而言收入並未增加，反徒增行政機關作業程序，浪費國家資源。對本案爭議亦予釐清且甚具助益。
⒊對印花稅法第6條第1款的漏洞填補，財政部業已認定國
營事業不得依該款免稅，若用進一步將作業基金認定而排除於免稅之外，不僅在理由的論述上無法說明，並與事實相悖離。蓋科學工業園區設置管理條例相關規範，對引進園區廠商無論就其資格及營運管理、廠房使用均有不同於科學園區外的規範。園區的土地及廠房除科學工業園區管理局外並無其他私人可以提供，對其免稅並不會造成交易上的優勢。
原告追求效益之行政行為，與以營利為目的者應截然劃分：
⒈我國於79年開始籌設第一個科學園區-新竹科學園區，
群聚於此園區的產業，不僅創造多項世界第一，新竹科學園區更被譽為「臺灣的矽谷」。新竹科學園區轄屬6個衛星園區，至98年底，入區營運廠商計440家，員工132,161人，年營業額8,835億元，實收資本額達1兆1,315億元。且新竹科學園區位於臺灣西北部的新竹科學園區，地跨新竹縣、市，於此學術研究機構環立，提供園區充沛的人力資源、在職訓練及合作研究資源。而園區內設有數個國家級實驗研究機構，另於竹南園區也設有國家衛生研究院及臺灣動物科技研究所。
⒉而原告為園區主要行政中心，提供園區廠商單一窗口行
政服務，項目包括計畫管考與研究發展、人才培訓、研發獎助、投資服務等。且科學工業園區管理局作業基金設立於71年度依預算法第4條規定歸類為「作業基金」，已達成傲人的成就。是在遂行公行政任務而言，追求效益的行政行為，與以營利為目的者應截然劃分，不得將「相類」評定為「相等」，妄加排除於免稅範圍之外。
原告取得系爭土地，出租與廠商的收入，後用於何項支出：
⒈取得土地經開發後出租土地予廠商自建廠房或建標準廠
房租與廠商，而出租收入，均編列為作業基金之租金收入項下，因其為金錢收入，金錢具有流通性，所以並無法於支出時區別本支出的收入源自何處。正如要去釐清水庫的某時間的出水是源自何處？是否來自某次的降雨或某時間點的水源匯入？這樣的理解方式不僅會與事實不合，且對事務的本質釐清無助益，真正釐清的是為什麼要建水庫，建水庫的目的何在？⒉政府之所以要成立科學工業園區管理局作業基金，就是
為建立一個孕育科學工業的環境，適時提供廠商建廠所需的土地、廠房，讓廠商可以根留臺灣。只有成立作業基金方能彈性調度資金，以因應景氣榮枯、環境變遷。在全球競爭的市場中，只有具備因應能力的政府才能成為民間廠商最忠實的伙伴，所以成立作業基金的目的是為了科學工業的發展，並非為了營利。營利與否的判斷，要從買賣（支出、收入）行為是否以獲取行為的結果為目的？若是以獲取利益為目的方為營利，依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第12條規定，是就行為的結果而言，作業基金之賸餘終歸國庫所有，且依同辦法第10條規定，則賸餘的分配，除程序上要依預算程序辦理外，實質上並未將賸餘分配予個人或團體，與從事公營事業或商業機構或社會大眾並不相同，所以就算年度賸餘未全數解繳國庫，係為達成公權力目的行政行為，並非為營利。
⒊營利與否應該是視政府機關締結買賣契約之目標性質，
而非視其資金來源或基金名稱或所編列預算種類，來決定印花稅法第6條第1款規定內容之「目的性限縮」範圍，而應以其基金實際用途是否為營利性質來決定。揆諸科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第5條規定，並無一用途係為營利而支出，所以為非營利應予以免稅。
⒋至於被告爰引同辦法第7條規定，謂原告為營利，實係
誤解該條文立法目的，蓋其係為基金短期資金調度需要之工具，並非為了營利。況科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法雖有此條文，但自基金成立至今並無運用此條文購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
⒌又被告引用財政部79年9月3日臺財稅字第79009695號函
，謂原告之儲運中心設置係所謂園區事業云云。惟原告之儲運服務中心係因提供服務而收取費用，與一般的規費收取相類，並不是營利。退步言，縱其被認定儲運中心為營利，是否因此即謂整個作業基金是營利？再退萬步言，科學工業園區管理局儲運服務中心設置辦法業經行政院國家科學委員會93年12月24日臺會規字第0930092777之1號令廢止在案，縱認儲運中心是所謂營利，事實上儲運中心早已因上開廢止令而不存在。
作業基金所考量者均為發展科學工業與維護國家競爭力，無關營利：
⒈科學工業園區管理局作業基金設立迄今29年並無任何私
人或團體獲得其賸餘分配，而作業基金的來源一為自有資金（其中包含營運資金及國庫撥款），另為外借資金（國內借款），所以其資金來源之一為國庫溢注撥款。另作業基金的年度賸餘解繳國庫或作業基金結束時餘存權益解繳國庫，均與國庫相關，究其實質作業基金就是國庫的一種型態。從作業基金設立目的係為實現公法目的、作業基金由國庫撥款、作業基金結算餘存權益歸屬國庫等情況而論，作業基金就是廣義國庫。若對作業基金課稅，與印花稅法第6條第1款，各級政府機關所書立或使用在一般應負納稅義務之各種憑證，免納印花稅之立法目的不合。對作業基金免稅才能貫徹印花稅法第6條第1款之立法原意，避免政府機關徒增租稅稽徵行政成本而於，國庫實質收入並未有任何增加，此即政府不對自己徵稅的原則。
⒉因作業基金為科學園區土地的唯一提供者，進駐科學工
業園區的廠商亦需經審核其資格條件限制，科學園區有一套園區適用的法令，均與一般土地租賃不同，與一般土地租賃間並無競爭關係，對非營利的作業基金免稅並不會造成交易上的優勢的地位。
⒊再就資金方面觀察，原告出租土地之租金，並非由市場
價格決定，而係依以科學工業園區設置管理條例以素地租金加上公共設施建設費用計租，其中素地租金部份係依行政院82年4月23日臺82財字第11153號函規定，以土地申報地價年息5%計收，公共設施建設費用部份則依科學工業園區設置管理條例第12條第3項及施行細則第11條規定計算，此核算之土地租金並不具任何彈性；與依市場價格訂定之土地租金並不相同。而基金的財務狀況於立法委員質詢時指出93年度利息費用高達11億0,968萬餘元，佔總支出40億8,547萬餘元之27%，利息費用負擔沈重，而這若是在民間企業，大概就倒閉了。而作業基金93年度借款金額578億2,744萬餘元，至今（99）年其借款金額已達1,226億2,743萬餘元，若是營利早就應提高租金以因應財務的缺口，但作業基金卻只能由國庫撥款及借款因應，其並非營利甚明。又如97年金融危機事件，造成全球性景氣普遍下滑，嚴重衝擊園區廠商營運，廠商產能利用率大幅下降，為因應經濟景氣變動之衝擊，減輕廠商營運之負擔，在租金無法做彈性因應情況下，原告將作業基金收入主要來源之一的管理費於98年減半收取。更於99年景氣已見回復時，仍考量市場需求雖已恢復，惟多數廠商反應金融危機期間，因設備閒置與部分人員流失，仍須重行調整與訓練，方能恢復良率與獲利能力，而為再協助園區廠商加速恢復以往營運榮景，以保產業競爭力，貢獻國家經濟，99年上半年管理費仍減1/4收取。是作業基金考量者均是如何發展科學工業、維護國家的競爭力，無關營利。
作業基金不具營利性質，其僅具公益的目的：
⒈設置科學工業園區之目的，係為引進高級技術工業及科
學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業之發展，此參諸科學工業園區設置管理條例第1條規定甚明。本件原告於92年5月14日與臺糖公司、苗栗農田水利會以協議價購方式購買不動產，係作為新竹科園工業園區竹南二期擴建用地等情，而原告本於執行科學工業園區管理業務之職權，於取得園區用地後，除用以開發興建園區及週邊相關各項公共設施外，亦將園區內土地以素地或興建廠房方式出租提供予廠商使用，雖其外觀形式與一般出租土地或建物之行為無異，惟其出租對象，須符合科學工業園區設置管理條例第3條第2項、第4條所規定經核准在園區內設立營運之科學工業、研究機構、創業育成中心及提供科學工業營運、管理或技術服務之事業（下稱園區事業）始得申請承租，原告並依同條例第10條第4項授權訂有「園區事業投資計畫管理辦法」之審查規範；另就土地租金之訂定，係依該條例第12條第3項及施行細則第11條規定計算，不具任何彈性，亦與依市場價格訂定之土地租金不同，而原告對經核准進駐之園區事業，除提供土地及租金價格之保障，亦提供園區事業從事開發研究及製造產品所需之各項公共設施及作業服務，且科學工業經原告認定其科學技術對工業發展有特殊貢獻者，依該條例第22條規定得減免其承租土地5年以內之租金。惟對於園區內事業有使用情形不當或未依經核准實施之投資計畫經營應遷出園區等情形，原告亦得依同條例第17條規定徵購其廠房，經核均與一般民間土地租賃情形不同。
⒉原告購置土地後，雖以出租方式提供予園區事業使用，
究其實質係以私法之形式，踐行引進高級技術工業及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業發展之公共行政目的，尚非單純之私經濟行為，亦非屬在市場上從事「購入原、物料並投入人力，生產產品或勞務而為行銷」之持續性交易活動（即營利行為），自不具營利性質。況原告為科學工業園區唯一之地主，且並無任何私人可以提供科學園區土地出租及相關公共設施服務，與民間不具實質之競爭性及排他性，亦不會因其交易憑證為印花稅之稅捐客體，卻因主體為政府機關，即可享有免納印花稅進而因成本減少，造成免稅之政府機關在市場上享有優勢地位的情形。
⒊揆諸科學工業園區設置管理條例第6條之1規定，原告購
買系爭不動產之經費來源為列為附屬單位預算之「作業基金」，其性質及依據為預算法第4條第1項第2款「特種基金」類第4目規定「凡經付出仍可收回，而非用於營業者」之作業基金。
⒋另按科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法
第4條關於該作業基金來源之規定，且依同辦法第5條規定可知，作業基金之用途，均僅限制於充實科學工業園區之各項軟、硬體設施之興建、維護及必要管理支出。再徵諸同辦法第11條規定，已足認系爭作業基金之實際用途，係為遂行設置科學工業園區以引進高級技術工業及科學技術人才，並促進高級技術工業發展之公共行政任務而使用，就是為公益而存在。
⒌政府存在的目的，是為了滿足人民的需求，而促進高級
技術工業發展，就是實現國家積極提高全民生活水準的公益目的。這種開發高科技產業的公共服務提供，尚非營利性質甚明。
綜上，原告此系爭買賣土地之行為並無營利性質，科學工業園區管理局作業基金其資金來源之一為國庫溢注撥款。
若對作業基金課稅，究其課稅的客體來源亦是來自國庫，與印花稅法第6條第1款之立法目的不合，僅徒增租稅稽徵行政成本而已，原告為政府機關，是本件開立使用交易憑證，自符合印花稅法第6條第1款之免稅規定等情；並聲明求為判決：⒈撤銷訴願決定及原處分。⒉被告對於原告93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還原告印花稅款591,937元之行政處分。
三、被告則以：㈠按印花稅法第1條、第6條第1款、第7條第4款規定，及財
政部45年臺財稅發字第6191號令：「政府機關書立憑證免稅規定，所稱政府機關乃指行政機關而言，所有政府投資之公營事業以及政府機關所屬商業性機構，均不適用該項免稅條款。」；次按「關於行政院國家科學委員會所屬南部科學工業園區管理局所書立之印花稅應稅憑證，其屬科學工業園區管理局作業基金附屬單位預算辦理者，仍應依規定貼用印花稅票。……說明二、南部科學工業園區管理局為隸屬行政院國家科學委員會之行政機關，編列單位預算，所書立應負納稅義務之各種憑證，可依印花稅法第6條第1款規定免納印花稅。惟依據行政院81年8月4日臺（81）忠授六字第8766號函規定：『各機關所屬非營業循環基金辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，應依印花稅法第7條規定貼用印花稅票。』經查預算法民國87年10月29日修正前原條文第4條第2款第4目規定之『非營業循環基金』與現行預算法第4條第1項第2款第4目規定之『作業基金』，同指『凡經付出仍可收回，而非用於營業者。』故現行各機關所屬作業基金之性質與上開函釋規定之非營業循環基金相同，其有辦理工程所簽定之合約書正本及退還保證金所開立之收據，仍應依規定貼用印花稅票。至如有書立其他印花稅應稅憑證，亦應援例辦理，俾資一致。三、各稅捐稽徵機關轄區內，如有類似南部科學工業園區管理局另置作業基金之機關，其作業基金項下收支之項目，有書立印花稅法規定之應稅憑證者，應儘速輔導依規定繳納印花稅。」經財政部92年10月31日臺財稅字第0920453904號函釋在案；再按「……理由七、……行政院81年8月4日（81）忠授6字第8766號函及財政部92年10月31日臺財稅第0000000000號函分別明釋在案。該二函釋係就各機關所屬非作業基金（即前營業循環基金）辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，釋明該基金之性質為附屬單位預算，應依法貼用印花稅，經核其已非印花稅法第6條第1款各級行政機關所立或使用在一般應負納稅義務之各種憑證，該二函釋與印花稅法之規定意旨無違，未逾越法律規定，且係闡明法規原意，自法規生效日起有其適用，合先說明。（二）本件上訴人為隸屬國科會之行政機關，編列單位預算，所書立應負納稅義務之各種憑證，原可依印花稅法第6條第1款規定免納印花稅，惟其88年度園區開發工程之費用，皆編入科學工業園區管理局作業基金附屬單位預算項下，有上訴人92年12月24日南秘字第0000000000號函暨所附作業基金歲出計畫提要及分支計畫概況表附原處分卷第104至109頁可稽，所復為兩造所不爭執，堪認真實。上訴人於88年2月15日至同年9月23日間，分別與昇邦營造公司等8家公司簽訂工程契約，以開發興建科學工業園區，其園區開發工程之費用，既均編入科學工業園區管理局作業基金項下，依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第3條規定，該基金係屬附屬單位預算，……」，亦經最高行政法院判決96年度判字第666號判決在案。
㈡依印花稅法第1條及第5條規定，是凡在本國書立該規定所
列憑證種類，原則上均應依規貼花繳稅。惟政府機關係代表國家執行各項公共任務，倘其所立之憑證亦需貼用印花，僅為虛列國家預算來支應，一出一進之間，並未增加國庫收入，反而徒增作業程序，虛耗資源及人力，遂於印花稅法第6條第1項第1款規定，政府機關所書立之憑證應予免徵印花稅。然如最高行政法院96年8月23日96年度判字第1527號判決理由所訴，該條文存有法律漏洞，財政部亦觀察到此點，認政府機關若從事營利行為，其性質與一般營業人無異，基於租稅公平原則，則其所書立之憑證，自不應適用免稅規定，遂於45年以臺財稅發字第6191號令為首揭之規定，將政府所投資公營事業或商業性機構排除於免稅之外。
㈢關於印花稅法第6條第1項第1款及預算法第4條第1項第2款
第4目之立法意旨乙節，經查調立法院法律系統相關資料，並無記載前揭規定之立法目的為何。另電洽財政部賦稅署（中部辦公室）表示，印花稅法有關政府機關免稅規定，係基於政府機關代表國家執行各項公共事務，其所使用或書立之契據亦需貼花，僅是虛列國家預算來支應，一出一進之間，國庫稅收並未因此增加，反而徒增行政程序及困擾，遂予以免稅，以資簡化。至該規定立法意旨相關書面資料，因年代久遠並無保存。另又表示財政部92年10月31日臺財稅字第0920453904號函釋規定，行政機關運用作業基金辦理工程所簽訂之合約仍應依規貼用印花稅票之背景，係審計部抽查部分非營業循環基金辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，未依印花稅法第7條規定貼用印花稅票，遂於81年7月22日以臺審部參字第811770號函請財政部轉知所屬機關注意辦理。行政院並於81年8月4日臺（81）忠授六字第08766號函指示財政部應依審計部前揭81年7月22日函文辦理，爰財政部於前揭92年函釋重申行政院81年8月4日函文規定，而原告為行政院所屬機關，自應依行政院前揭函示規定辦理。
㈣次按科學工業園區設置管理條例第6條及第6條之1第1項規
定，科學工業園區管理局作業基金僅以歲入、歲出之一部分編入總預算，其基金在結算前不須解繳國庫，且於年度決算如有賸餘時，均得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理。且依行為時科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第4條、第5條、第6條、第7條規定，另財政部79年9月3日臺財稅字第790096495號函亦謂：「……三、至管理局所設置之儲運中心，係屬科學工業園區設置管理條例所稱之『園區事業』，其銷售勞務與園區內之其他園區事業、免稅出口區內之外銷事業及海關管理之保稅工廠，准依學工業園區設置管理條例第17條（編者註：現行條例第20條）第3項及同條例施行細則第27條第2項（編者註：現行細則第17條第4項）……適用零稅率。」由此可知，原告以作業基金購買系爭土地，其用途係得獲有服務收入及租金收入等收入，並其收入亦係歸入作業基金。且此基金款項，除至基金結束有存餘權益外，並非全數歸入國庫。並該基金款項係由原告依相關規定自為保管及運用，而依原告自承，基金之未分配賸餘尚得於虧損時予以撥用。則原告就購置土地設置園區所獲得收入所享有之運用權限，似與一般行政機關須依預算內容執行，其因私經濟行為運作結果，縱有收益，亦均需歸入國庫之情況有別。
原告開發科學工業園區，購買素地出租供廠商使用，除審查進駐廠商資格外，其餘購地、建廠、出租……等私經濟行為與民間開發公司開發模式並無二致，非屬純公權力之執行（例：稅捐機關徵收稅捐、警察機關維護治安或環保機關防治汙染等），況如原告所自承，因其租金價格不具有彈性，皆較市場行情為低，致使市場無人能與之抗衡，爰原告成為園區唯一的地主，形成獨占市場，對於私經濟市場有實質競爭性及排他性（例：影響工業開發公司之生存），倘若原告購買素地亦按印花稅法第6條規定予以免稅，將加劇政府機關在市場享有優勢地位，造成市場不公平競爭，違反租稅平等原則。
㈤有關本件作業基金之用途及訂立系爭土地買賣契約之目的
是否兼具營利性質？⒈依原告所主張，系爭土地及廠房出租予營利事業後，其
收取之租金皆列入該作業基金項下循環利用，並指出92年決算書雖於帳面上列有未分配賸餘1,297,610,132元，但依現金流量決算表所示，可知增加長期固定及遞耗資產等流出金額遠大於賸餘數，就現金的使用上實際並無未分配的賸餘，並非有未分配賸餘資金可供調度使用。就算其他年度有可能發生有未分配賸餘，亦需經立法院預決算的通過云云。
⒉經查原告所附92年作業基金現金流量決算表項目包含⑴
業務活動之現金流量、⑵投資活動之現金流量、⑶融資活動之現金流量等3項。易言之，原告收取前揭租金收入後，可將其投資運用於前揭3個項目中，惟觀3個項目中之科目（如：長、短期投資、應收款、固定資產、長、短期負債、融資活動等）均與營利事項有關，尚難謂該基金未具營利性質且該基金是否兼具營利性質，應以其運用情形作為判斷，與當年度有無分配盈餘並無必然之關係。
⒊且依原告所述，系爭土地及廠房出租予營利事業後，其
收取之租金皆列入該作業基金之租金項下循環利用，雖然其主張該作業基金之用途，係為吸引高科技產業根留臺灣，以提升國內經濟等公行政行為。但如前所述，原告在執行過程中，利用購地、建廠、出租等私經濟行為提供系爭土地供廠商使用，其開發模式與民間土地開發公司並無二致，對於私經濟市場有實質競爭性及排他性，倘若原告購買素地亦按印花稅法第6條規定予以免稅，將造成市場不公平競爭，違反租稅平等原則。爰本件作業基金之用途及訂定系爭土地買賣契約之目的兼具營利性質。
㈥原告作業基金是否受立法院監督？
⒈按預算法第18條第2款、第19條第1項規定，及原告編列
之科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第3條、第6條、第7條、第10條、第11條規定，是科學工業園區管理局作業基金屬附屬單位預算之特種基金，僅須歲入、歲出之「一部」編入總預算，爰立法院僅能就已編入總預算部分之作業基金予以審查，未列入部分立法院即無從監督控管，且該基金在結算前不須解繳國庫，於年度決算如有賸餘時，均得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理。易言之，其作業基金不似一般公務機關全部預算之執行皆隨時受民意機關監督、管控，且有賸餘亦無需解繳公庫，其運作方式及性質與一般營業人無異，其書立之憑證自應按財政部92年10月31日臺財稅字第0920453904號函釋規定貼繳印花稅。⒉惟原告卻主張其作業基金「所有支出收入」均需載明於
作業基金附屬單位預算決算書中，至於賸餘分配方式金額亦需經立法院通過，並非如被告所陳不受立法監督等語。然倘原告所述為真，則該基金作業方式似屬預算法第18條第2款所謂「單位預算之特種基金」，此與原告所訂作業基金收支保管及運用辦法第3條規定，該基金為「附屬單位預算之特種基金」明顯不符，爰原告所述，顯為辯詞，自不足採。
⒊有關單位預算年底有賸餘需繳回國庫之立法意旨乙節，
此揆諸預算法第61條規定可知，年度預算有賸餘時，除依預算法第69條規定，報經行政院核定列為準備得專案動支外，其餘均需解繳國庫。至其立法意旨經查調立法院法律系統相關資料，並無記載前揭規定之立法目的為何。另電詢新竹市主計單位，其表示預算執行有賸餘，因屬公款性質，除非有特別規定，否則依法均應解繳國庫，以利結算。附此敘明。
㈦綜上，原告雖為隸屬行政院國家科學委員會之行政機關，
所書立應負納稅義務之各種憑證，原可依印花稅法第6條第1項第1款規定免納印花稅，惟查被告因購買園區竹南二期擴建用地之經費係由未解庫之「作業基金附屬單位預算」項下支付，該基金因其收支僅部分編入總預算，其基金在結算前不須解繳國庫，且於年度決算如有賸餘時，均得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理，易言之，其作業基金有賸餘時，可循環使用，又不必受民意機關監督、管控及刪除，與一般營業人無異，其所書立之憑證自應按財政部92年10月31日臺財稅字第0920453904號函釋規定依印花稅法第7條規定貼繳印花稅，被告否准退還其已納之印花稅，依法有據，並無不合。另與本案相同案情之臺南科學工業園區開發籌備處購置南科工業園區用地印花稅行政救濟案，業於96年4月19日經最高行政法院96年度判字第666號判決上訴駁回確定在案，爰被告依前揭函釋規定否准被告退稅之申請，並無違誤等語資為抗辯；並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本件兩造之爭點在於原告持有之系爭「買賣契約書」憑證，是否為印花稅法第6條第1款所定之「免納印花稅憑證」？又原告園區土地購置目的及作業基金用途，是否兼具營利性質？經查：
㈠按「納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款
，得自繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」，行為時稅捐稽徵法第28條定有明文。又按「左列各種憑證免納印花稅：一、各級政府機關及鄉（鎮、市、區）公所所立或使用在一般應負納稅義務之各種憑證。」、「印花稅稅率或稅額如左：…四、典賣、讓受及分割不動產契據：每件按金額1/1000，由立約或立據人貼印花稅票。」，復分別為印花稅法第6條第1款、第7條第4款所規定。
㈡本件原告於92年5月14日與臺糖公司、苗栗農田水利會以協
議價購方式購買不動產作為園區竹南二期擴建用地，並訂立土地買賣所有權移轉契約書，乃於92年5月23日以系爭契約書符合印花稅法第6條第1款規定，向竹市稅稽處申請免納印花稅。竹市稅稽處原以92年6月5日函准後，嗣又以92年11月21日函請原告於92年11月28日前至其消費稅課開立印花稅大額繳款書，原告嗣於92年12月5日完納系爭稅款591,937元在案。迨93年9月7日，原告向竹市稅稽處申請退還前已繳之印花稅，經該處以原處分予以否准所請。原告不服，循序提起行政訴訟，經本院於94年12月29日以94年度訴字第840號判決駁回原告之訴，原告不服，提起上訴，經最高行政法院96年度判字第1527號判決將原判決全部廢棄，發回本院審理。嗣經本院於97年4月9日以96年度訴更一字第153號判決：「原處分及訴願決定均撤銷。被告對於原告93年9月7日之退稅申請案，應作成『准予退還原告印花稅款新臺幣伍拾玖萬壹仟玖佰參拾柒元』之行政處分。」，被告不服，提起上訴，經最高行政法院於99年3月4日以99年度判字第204號判決廢棄原判決，發回本院更為審理，並主張如事實欄所載。
㈢被告認本件無免納印花稅，無非以印花稅法第6條第1款之規
定內容應為限縮性解釋，不包括政府機關購買土地之資金來源為預算法第4條第1項第2款第4目所定，且原告歲入歲出僅一部編入總預算，依預算法第19條第1項定義為『附屬單位預算』（用以與同法第18條第2款所定，基金之全部歲出歲入均在總預算中，而定義為『單位預算』者相區別），而年度結算有結餘時不須解繳國庫」之「作業基金」之情形；又系爭列為附屬單位預算之基金運用如有結餘，其收入並未全數解繳公庫，既已獨立於單位預算而自行計算盈虧，自與從事公營事業或商業性機構或社會大眾之性質無異，為維護租稅公平與正義，自難適用該款規定而免納印花稅；本案原告購買前開土地之資金，既係來自「編為附屬單位預算，而未解庫之作業基金」，系爭資金購買土地所書立之買賣契約書憑證，自不得依該條規定免納印花稅等語為據，固非全然無憑。惟查：
⑴自印花稅法第6條第1款規定以觀，「為印花稅法所定稅捐客
體」之各式憑證，祇要係由各級政府機關所立者，即可免納印花稅。本件原告因向臺糖公司及苗栗農田水利會購地，而訂立買賣契約，其因此所書立之系爭書面契約，為印花稅法第5條第5款所定之印花稅稅捐客體；而原告具有「政府機關」之身分，乃兩造所不爭執之事實，則就文義解釋之立場言，原告持有之系爭「買賣契約書」憑證，似應予以免納印花稅。
⑵被告雖引用財政部92年10月31日臺財稅字第0920453904號、
79年9月3日臺財稅字第790096495號函釋等資為主張，然此業經最高行政法院96年度判字第1527號判決敘明「印花稅法第6條第1款之文義極為清楚，只針對稅捐主體本身之屬性為規範，並沒有針對稅捐主體締約而使用憑證之資金來源為規範。則原判決對上開法規範限縮適用，基本上已不是『法律解釋』之課題，而是『法律補充』之課題…本院認為，印花稅法第6條第1款之規定內容，的確有法律漏洞存在。但其漏洞內容並非如被上訴人之主張，因此被上訴人（即被告）提出之對應填補方式也是錯誤的。…(1)有關印花稅法第6條第1款規定內容之法律漏洞內容：實則印花稅為交易稅之一種，而交易稅之課徵與否，最直接之影響即交易成本，而交易成本之差異，會造成市場自由競爭之壓抑，形成不公平競爭之結果。因此當政府機關在市場上從事『購入原、物料並投入人力，生產產品或勞務而為行銷』之持續交易活動時，若其交易憑證為印花稅之稅捐客體，卻因主體為政府機關，即可免納印花稅，如此會使政府機關在市場上享有優勢地位，為了消除此等優勢地位，有必要對印花稅法第6條第1款之規定內容予以『目的性限縮』，將上開持續性之買入賣出交易行為（即營利行為）排除在免納印花稅之範圍，以維持稅制上之平等。(2)但上開法律漏洞內容卻與交易之資金來源是否為『年度結算時不須繳庫』之『附屬單位預算基金』無關。…(3)而原判決或被上訴人謂：『列為附屬單位預算之基金運用如有結餘，其收入並未全數解繳公庫，既已獨立於單位預算而自行計算盈虧，自與從事公營事業或商業性機構或社會大眾之性質無異』。這樣的觀點並非正確，因為基金種類繁多，有些未必是營利性質之基金，也有可能是為遂行公共行政任務而使用者，若非營利性質，即沒有排除在印花稅法第6條第1款規定範圍之法理正當性。…(5)因此以上漏洞填補之正確填補方式，應該是視政府機關締結買賣契約之目標性質，而非視其資金來源或基金名稱或所編列預算種類，來決定印花稅法第6條第1款規定內容之「目的性限縮」範圍，而應以其基金實際用途是否為營利性質來決定。…應由本院將原判決廢棄之，發回原審法院，依本院上開法律見解，對上訴人前開購買土地行為之目的是否為營利性質，重為事實調查，以決定上訴人是否有權請求退稅，而另為適法之裁判」等語駁斥甚明在案。
⑶按「受發回或發交之高等行政法院，應以最高行政法院所為
廢棄理由之法律上判斷為其判決基礎。」，為行政訴訟法第260條第3項所明定。經查本院96年度訴更一字第153號判決依最高行政法院96年度判字第1527號判決意旨審理後，判決撤銷訴願決定及原處分，被告不服，提起上訴，經最高行政法院以99年度判字第204號廢棄原判決發回本院審理，依該判決理由欄第五段所載，本件所應審酌者為原告園區土地之購置目的及作業基金用途是否兼具營利性質？⑷茲被告主張原告購買系爭土地之資金係編列在附屬單位預算
內之作業基金，依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第4條規定，作業基金之來源係來自政府循預算程序之撥款、科學工業園區管理費收入、廠房、住宅、宿舍、土地租金及出售廠房之收入、作業服務收入、公共設施建設費收入及作業基金之孳息收入等；從原告現金流量表「業務活動」、「投資活動」、「融資活動」等項目，可知皆與營利事項有關，是系爭作業基金確具營利性質；而預算法第4條第1項第2款第4目規定之「作業基金」，性質屬於凡經付出仍可收回，而非用於營業者，經查系爭作業基金係與一般基金不同，乃屬預算法第4條第1項第2款所規定之「特種基金」項下之「作業基金」，其為擴建園區興建廠房獲取服務收入租賃收入，依作業基金規定予以循環利用，不需繳回國庫，與一般營利事業並無差別，即有營利行為，故自應依法貼用印花稅票云云，固非泛稱無據。
⑸惟查印花稅為交易稅之一種，其稅捐客體、主體，依印花稅
法第6條第1款規定，凡屬各級政府機關書立印花稅法第5條所列課徵範圍之憑證，皆得免徵印花稅，並未就各級政府機關書立憑證內容或締結買賣契約之資金來源為任何限制，是原則上，祇要該當於上開條文規定，即應予以免徵印花稅。
且印花稅法第6條第1款規定之意旨，乃係因政府機關係代表國家執行各項公共任務，倘其所立之憑證亦需貼用印花，僅為虛列國家預算來支應，一出一進之間，並未增加國庫收入，反而徒增作業程序、虛耗行政資源及人力。職是之故，遂針對政府機關進行公權力行為規定不予課徵印花稅，但其並未進一步就所謂『政府機關公權力行為』為定性規定，亦未以各政府機關所書立之憑證內容是否該當於相關『公目的』性質為審斷標準，故被告以原告資金來源或其基金名稱、所編列預算種類及運作方式等，來決定印花稅法第6條第1款規定內容之「目的性限縮」範圍，已逾該條立法意旨，本有可議。
⑹再者，進一步依最高行政法院99年度判字第204號廢棄發回
意旨，就原告園區土地之購置目的及作業基金用途是否兼具營利性質等點論之。既曰『營利』，自不能將原告設立之性質特殊性（具有強烈排他性）撇開不談，亦不能視其管理立有特別法規（即科學工業園區設置管理條例《以下簡稱科管條例》及施行細則暨「園區事業投資計畫管理辦法」等）如無物。經查：
①本件被告雖謂原告購買土地出租予廠商等行為，係屬私經濟
行為，與一般民間投資開發公司並無二致，原告復自承系爭土地之租金價格不具彈性，較市場行情為低，致使市場無人能與之抗衡，而成為新竹科學園區唯一地主，形成獨占市場，對於私經濟市場有實質競爭性及排他性，倘不需課徵印花稅，勢將加劇市場不公平競爭云云。
②然查我國設置科學工業園區之目的，旨在引進高級技術工業
及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業之發展（科管條例第1條參照），乃係屬『公目的』性質；且不管係土地出租對象、租金價格之訂定及審查機制暨管理園區等事項，皆須符合相關法律規定（如科管條例第3條第2項、第4條、第10條第4項《授權訂定「園區事業投資計畫管理辦法」審查規範》、第12條第3項及施行細則第11條、第17條、第22條等），自不能與一般民間私經濟行為相提併論。
③又所謂『營利』性質，大體上係針對營利事業而言，惟所為
一定行為，即便在形式上符合商業會計法等規定，究否應予課徵相關稅賦，仍有遵行實質課稅原則等實質審查之必要。
本件原告非營利事業，基本上並無資金進出之形式（亦無營業成本費用與收入配合原則之問題），縱因身為政府機關，享有免納印花稅之待遇，亦不因而產生所謂成本減少之情形；且其將園區內土地以素地或興建廠房方式出租提供予廠商使用，係受有科管條例第3條第2項、第4條、第10條第4項、第12條第3項等及相關施行細則暨「園區事業投資計畫管理辦法」等之限制，雖形式上採取『出租並收取租金』之方式，然從購置系爭土地費用係列報在作業基金附屬單位決算（非營業部分）總說明第六項其他（三）補辦預算項下之『固定資產之建設改良及擴充』項下觀之，其取得土地後部分係作為用地，部分廠房及土地則依上開法規予以出租，惟收益皆係歸屬國庫（依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第11條「本基金結束時，應予結算，其餘存權益應解繳國庫。」規定，其資金來源之基金結束時亦同。），自與一般民間土地租賃情形不同，被告竟將設立目的、性質等截然不同屬性之政府機關（即原告）與一般私經濟體放置在同一平台（私經濟市場）評斷，非惟無據，尤凸顯其立基上之謬誤，所稱殊無足取。
④第以原告為科學工業園區唯一之地主，除外並無任何私人可
以提供科學園區土地出租及相關公共設施服務，與民間自不具實質之競爭性及排他性，縱其作業基金現金流量決算表、基金收支保管及運用、預算等項，容或與一般營利事業營運作業方式雷同，亦無變更其設置及管理等特殊性之可能，被告徒擷取其形式，而將其實質棄之不談，殊與實質課稅原則相悖，委無可採。況原告購置系爭土地後，雖以出租方式提供予園區事業使用，惟究其實質乃係以私法之形式，踐行引進高級技術工業及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業發展之公共行政目的，尚非單純之私經濟行為，亦非屬在市場上從事「購入原、物料並投入人力，生產產品或勞務而為行銷」之持續性交易活動（即營利行為），自不具營利性質。
⑤至被告所稱原告購買系爭土地之經費來源為列為附屬單位預
算之「作業基金」，其性質及依據為預算法第4條第1項第2款「特種基金」類第4目規定「凡經付出仍可收回，而非用於營業者」之作業基金；惟附屬單位預算僅歲入、歲出之部分編入總預算，故僅編入總預算部分有受立法院監督，是系爭作業基金既與一般基金不同，不需繳回國庫，原告自仍應依法貼用印花稅票等節。
⑥經查，依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法
第4條規定，該作業基金之來源為：「一、由政府循預算程序之撥款。二、科學工業園區管理費收入。三、科學工業園區廠房、住宅、宿舍、土地租金及出售廠房之收入。四、科學工業園區作業服務收入。五、科學工業園區公共設施建設費收入。六、本基金之孳息收入。七、其他有關收入。」；而依同辦法第5條：「本基金之用途如下：一、科學工業園區擴建及新建之投資支出。二、科學工業園區作業服務支出。三、科學工業園區與其週邊公共設施及維護區內安全、環境衛生之支出。四、科學工業園區設置管理條例第17條規定徵購廠房及其有關建築物之支出。五、管理及總務支出。」規定，可知系爭作業基金之用途，均僅限制於充實科學工業園區之各項軟、硬體設施之興建、維護及必要管理支出，尚無供作私人營利之用。
⑦再參以同辦法第11條所定：「本基金結束時，應予結算，其
餘存權益應解繳國庫。」規定，系爭作業基金於結束時，既應予結算，並將其餘存權益解繳國庫，足見其實際用途確係為遂行設置科學工業園區以引進高級技術工業及科學技術人才，並促進高級技術工業發展之公共行政任務而使用，尚非營利性質甚明。況所謂「租稅公平與正義」係指人民與政府機關間之公平、正義；政府機關僅係國家踐行公共任務所設立之部門，不同政府機關間之資源配置多寡，乃取向於任務目標，由上級機關決定，機關部門彼此間尚無所謂「公平正義」可言。是被告忽視政府機關（即原告）締結買賣契約之目標性質，逕自在其資金來源、基金名稱或所編列預算種類等項打轉，以「資金來源在年度決算是否解繳國庫」，當成政府機關應否繳納印花稅之差別處遇標準，實屬不當。原告起訴指摘，非無理由。
⑺綜上所述，印花稅法第6條第1款規定，既祇針對稅捐主體本
身之屬性為規範，並未針對稅捐主體締約而使用憑證之資金來源為規範。則本件原告身為政府機關，其向臺糖公司、苗栗農田水利會購買系爭土地作為園區擴建用地，既不具營利性質，渠等所訂立之不動產買賣契約書，依印花稅法第6條第1款規定，自應免納印花稅。是原告以被告適用法令錯誤，依稅捐稽徵法第28條規定，申請被告退還其已繳納之印花稅款591,937元，即屬有據。被告徒以原告購買系爭土地之資金來源為「年度結算時不須繳庫」之「附屬單位預算基金」，及原告將園區土地出租予廠商使用即屬營利行為等為由，認本件並無印花稅法第6條第1款規定之適用，而予以否准原告退稅之請求，所為原處分，揆諸上開說明，殊屬違誤，訴願決定未察而予以維持，亦不無疏漏，原告請求予以撤銷，即無不合，應予准許。故應由本院將原處分及訴願決定撤銷，並依法准予被告對於原告93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還原告印花稅款591,937元之行政處分。另兩造其餘之主張及陳述等，因與本件判決之結果不生影響，爰不予一一指駁論究，併此述明。
據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 99 年 9 月 9 日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 闕 銘 富
法 官 許 瑞 助法 官 林 育 如上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 99 年 9 月 9 日
書記官 劉 育 伶