臺北高等行政法院判決
100年度訴更一字第1號100年10月4日辯論終結原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 甲○○訴訟代理人 聶齊桓 律師
林進富 律師被 告 花蓮縣地方稅務局代 表 人 乙○○○○○○住同上訴訟代理人 戊○○
丙○○丁○○上列當事人間因房屋稅事件，原告不服花蓮縣政府中華民國97年1月30日96訴字第025號訴願決定，提起行政訴訟，經本院97年11月6日97年度訴字第858號判決後，被告提起上訴，經最高行政法院99年12月16日99年度判字第1327號判決廢棄，發回本院更為審理，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
第一審及發回前第二審訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
壹、程序部分：
1.被告原名花蓮縣政府稅捐稽徵處，依花蓮縣政府於民國（下同）97年8月15日以府人任字第0970124336號令修正發布之「花蓮縣地方稅務局組織規程」規定，於97年10月1日更名為花蓮縣地方稅務局，有被告提出之97年10月6日花稅人字第0970099793號函為憑，其權利義務主體同一，合先敘明。
2.本件原告經合法通知，未於言詞辯論期日到場，依行政訴訟法第218條準用民事訴訟法第386條、第385條第1項前段規定，核無民事訴訟法第386條所列各款情形，爰依到場被告之聲請，由其一造辯論而為判決，合先敘明。
貳、實體部分：
一、事實概要：原告所有坐落花蓮縣花蓮市○○里○○路○段○○○號、711號及同縣○里鎮○○里○○街○○○號、同縣○里鎮○○里○○路○○號、56號等房屋（下稱系爭房屋）於被告辦理96年度房屋稅籍清查時，發現原告係依醫療法第5條規定，由行政院衛生署（下稱衛生署）核准設立之醫療財團法人，非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，被告遂以原告與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符，以96年4月19日花稅財字第0960064826號函核定課徵96年房屋稅計新臺幣（下同）7,243,825元，並補徵91年至95年房屋稅計25,080,935元，合計32,324,760元。原告不服，申請復查，經被告以96年10月24日花稅管字第096002418號復查決定（下稱原處分）駁回，原告仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂就91年至96年房屋稅逾148,875元部分，向本院提起行政訴訟，經本院以97年11月6日97年度訴字第858號判決：「訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於91至96年房屋稅逾新臺幣壹拾肆萬捌仟捌佰柒拾伍元部分均撤銷。訴訟費用由被告負擔。」被告不服，提起上訴，經最高行政法院以99年12月16日99年度判字第1327號判決廢棄，發回本院更為審理。
二、本件原告主張：
（一）原告原訴請撤銷關於訴願決定、復查決定及原處分課徵91至96年房屋稅計32,324,760元，惟因系爭房屋有出租予維康醫療器材、靜思書軒、台灣咖啡等多家營業使用，面積合計536.2 平方公尺部分均經被告課營業稅，91至96年合計32,214元，另急診大樓地下1 樓停車場尚有出租行為，面積為896.42平方公尺，亦經被告課稅非住家非營業用計94年9,100 元、95年54,054元、96年53,507元，合計116,
661 元，是該等部分既有供營業及非住家非營業使用情形，即無起訴之必要，為此原告撤回上開共計148,875 元部分，並經被告訴訟代理人即股長葉秀姚及助理稅務員杭蕙敏核對稅單簽認無誤，故訴之聲明變更為訴願決定、復查決定及原處分關於91至96年房屋稅32,175,885元部分均撤銷，即應撤銷訴願決定、復查決定及原處分關於課徵91年至96年房屋稅超過148,875 元部分，合先敘明。
（二）原告係出於證嚴法師慈善救濟之動機而設立，由財團法人中華民國佛教慈濟慈善基金會（下稱慈濟基金會）為提供慈善醫療救助服務目的而捐助成立之非以營利為目的之公益財團法人，證諸慈濟基金會年鑑、大愛電視台紀錄片、慈濟月刊等文獻均有記載。原告與該基金會合作成立慈濟人醫會（下稱人醫會），使用醫院人力與資源從事慈善醫療救護工作，亦有人醫會重要沿革事蹟表、國際醫會義診服務累積人次表及人醫會服務統計暨國際救援專案義診人數統計、「志為人醫守護愛」節目簡介、醫院志工服務總人次統計表可參，且與基金會合作成立骨髓捐贈資料庫，原告雖處於虧損狀態，仍竭力從事救濟，設立理念與本質確屬慈善救濟事業，主管機關衛生署並以76年7月4日衛署醫字第675199號函證明原告係非以營利為目的之財團法人，被告亦於76年10月15日以原告符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定，於91年准予免徵房屋稅在案。又依原告捐助章程第3條揭櫫慈善救濟之設立宗旨及臺灣花蓮地方法院核發之法人登記證書目的欄之記載，足徵原告立案宗旨即係慈善救濟事業，與房屋稅條例第15條第1項第2款規定相合。
（三）醫療法為特別法，自醫療法頒布後，醫療財團法人踐行其慈善救濟本質時，顯非交由內政部立案監督管理。依醫療法第46條規定，立法者已將醫療財團法人定位為具有慈善救濟性質之財團法人，要求須提撥年度醫療收入結餘10%以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項等慈善救濟事業，並由中央主管機關衛生署直接監督管理，擇優獎勵。參照醫療法第38條第2項（93年4月28日增訂）規定、行政院提案及賴勁麟委員等提案說明，醫療財團法人雖係在衛生署立案，惟仍得享有房屋稅減免，否則何須在房屋稅條例第15條第1項第2款規定外，再增訂醫療法第38條第2項規定。況在醫療法施行後，依該法第5條及第11條規定，醫療財團法人已無從重複向內政部立案成立醫療財團法人從事慈善救濟與醫療業務，原告前經主管機關衛生署以73年12月27日衛署醫字第501843號函許可准予設立，並經臺灣花蓮地方法院同意聲請財團法人設立登記，原告確已完成財團法人設立登記。
（四）房屋稅條例第15條第1項第2款並非規定「業經向內政部立案之私立慈善救濟事業」，不容稅捐機關增加法律所無限制，剝奪從事慈善救濟與醫療業務之醫療財團法人之房屋稅減免優惠。參照政治大學非營利中心主任江明修教授從公益觀點看財團法人之性質及許崇源教授著從財稅觀點看「非政府組織法的立法原則」之著作，該款未明定私立慈善救濟事業之立案主管機關專指內政部，原告已完成財團法人登記立案並有從事慈善醫療救濟服務之目的與事實，應認定為「經主管機關核准立案之私立慈善救濟事業」，被告所稱顯增加法律所無之限制，有違司法院釋字第217號、第420號、第478號、第496號及第530號解釋所揭租稅法律主義、實質課稅原則、行政程序法第4條及第8條規定。且依原告捐助章程第8條（實質監督原告慈善救濟事業之執行與規劃）、第19條（提存結餘）及第20條（解散剩餘財產歸屬）之規定，與一般營利性醫院不同，符合租稅減免要件，被告援引之財政部71年12月8日台財稅第38854號及前台灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋亦未直接排除醫事財團法人得適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定，該醫事財團法人是否適用該款規定，應視其是否有從事慈善救濟事業之實質為斷。
（五）參酌近日行政院院會通過「財團法人法草案」第1條立法理由說明、第3條第2項規定及其立法理由，財團法人醫院應受醫療法專門規範，而事涉多數目的事業主管機關者，無須重複設立或登記，僅須向其主要目的事業主管機關設立登記即可，故屬慈善救濟事業之原告僅須向衛生署立案即可，殊無向內政部立案之必要。又內政部明白表示其係社會福利主管機關，而有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，該部相關法規未加以範定，則原告是否符合「立案之私立慈善救濟事業」，須由其主管機關衛生署認定，即立案係向衛生署立案，且衛生署已行使職權明白認定原告係慈善救濟事業，此有內政部96年10月2日內授中社字第0960015743號、96年12月17日內授中社字第0960018943號、衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函內容可參。
（六）被告所援引個案之臺中高等行政法院93年度訴字第89號及最高行政法院94年度判字第01986號判決完全未討論或慮及醫療法第46條、第38條第2項、第5條及第11條規定爭點，復未討論被告就房屋稅第15條第1項第2款增加法律所無限制之違憲爭點、內政部相關法規未規範慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，亦無從斟酌發生在後之內政部96年10月2日內授中社字第0960015743號、96年12月17日內授中社字第0960018943號、衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函內容。況就原告相關房屋稅案件，亦經本院96年度訴字第2546號、97年度訴字第907號、臺中高等行政法院96年度訴字第179號及高雄高等行政法院97年度訴字第153號判決原告勝訴在案。
（七）被告所援引之財政部71年12月8日台財稅第38854號函釋表明醫事財團法人得適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定，並導出醫事財團法人若不具備該款事由，即無法令依據可予免徵，故該函認如符合該款規定之醫事財團法人，即得免徵房屋稅。而前台灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋並非認為祇要係財團法人醫院即非慈善救濟事業，被告難以該等函釋作為醫事財團法人無該款適用之依據。至被告援引之財政部64年11月4日台財稅第37824號函釋並未增加法律所無之限制（即未要求應向內政部立案），且由該函可知基督教會係向內政部民政司登記之宗教財團法人，非向掌管社會福利事業之社會司登記，毫無可能導出所附設之醫院因此為慈善救濟事業之結論，故該附設醫院確為慈善救濟事業之根本原因在於有懸壺濟世之醫療使命。慈濟基金會既係向內政部社會司登記之財團法人，由該會捐助成立之原告，同具慈善救濟性質，否則，豈有未另行登記成立法人之附設醫院經認定為業經立案之慈善救濟事業，而經捐助成立法人之原告反認為未經立案？況依被告所提財政部64年12月19日台財稅第38987號函釋規定，教會附設醫院之診療室、病房、值夜宿舍均被認為直接供醫院使用之房屋而得免徵房屋稅，同為醫院之原告之系爭房屋亦應比照係慈善救濟事業之房屋而得免徵房屋稅。
（八）財政部64年11月4日台財稅第37824號及64年12月19日台財稅第38987號函釋係該基督教附設醫院得免徵房屋稅，則附設醫院如何符合「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」、兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法及社會救助法等社會福利相關法規，顯然該部未認慈善救濟事業須符合社會福利事業之相關法規，亦無法律依據足認慈善救濟事業須符合社會福利事業之相關法規。且該2函均係財政部現行有效函令，不容下級單位推翻。慈善救濟之範圍遠較社會福利、社會救助、老人福利等之內政部主管範圍廣泛，參酌內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函內容，內政部係社會福利主管機關，既非慈善救濟事業之主管機關，又非醫事財團法人之主管機關，其規範社會福利事業之相關法規，殊無應適用於醫療財團法人之法理，被告提出內政部97年8月19日內授中社字第0970013498號函，並稱內政部未棄守其仍具認定慈善救濟事業事務權限之立場云云，尚待斟酌。況遍觀上開「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」等社會福利相關法規，並無任何規定「須向內政部立案」始得謂為「業經立案之私立慈善救濟事業」。
（九）醫療法第21條規定，所有類型之醫療院所，不問是否慈善救濟事業，收費標準與型態均依主管機關指示申請辦理，且遍查醫療法及房屋稅條例亦無慈善救濟醫院應為特別收費之規定，被告以原告遵守法令收費之事實，據認非屬慈善救濟醫院，違反論理原則，抑且將受費差異作為房屋稅免徵負擔條件，有違依法行政原則及授權基礎。參照學者李惠宗教授對行政處分的違法性之看法，原告於89年申請免稅時即以獨立醫療財團法人資料送審，被告亦核予免稅通知，且原告所受免稅授益處分並無行政程序法第119條規範情形，依同法第117條第1項第2款規定，被告不得撤銷該授益處分，如予撤銷，基於信賴保護利益，原告得請求相當補償。退步言，依財政部92年3月21日台財稅字第0920451438號函詢衛生署內容，財政部於92年間已知衛生署回復結果，倘財政部認原告不符房屋稅免徵要件，依行政程序法第117條規定，應自被告或其上級機關知有撤銷原因時起2年內為之，而依學者陳新民教授見解，被告撤銷處分既已過除斥期間，依同法第111條規定應為具重大明顯瑕疵之無效處分；若財政部認原告符合免徵房屋稅要件，被告所為認定不容與上級機關牴觸，則須確認其為無效之處分或撤銷該處分。實則，衛生署係以92年4月4日衛署醫字第0920202773號函復認定原告合於救濟事業規定，財政部未進而要求所屬稅捐稽徵處追補房屋稅，足認其同意衛生署之見解。況被告就房屋稅條例第15條第1項第2款解釋既與衛生署不同，而該署位階較被告為高，被告宜先依司法院大法官審理案件法第7條第1項第1款規定聲請解釋，不得遽認原告不合於該款免稅要件。
（十）原告落實慈善救濟工作遠超過醫療法第38條第2項之要求，亦逾諸多已獲得房屋稅免徵之學校附設醫院，何以實際未從事慈善救濟事業之若干學校附設醫院，能依房屋稅條例第15條第1項第1款規定免徵房屋稅，反對實際從事慈善救濟之原告增加同條項第2款所無之限制，顯不符租稅公平與實質課稅原則。另有收入不等於以營利為目的，如喜憨兒之麵包工作坊即屬慈善救濟事業，亦不能以原告依中央健康保險局標準收費及請款，即謂原告與一般診所無異或非慈善救濟事業，全然無視原告所為屬不具慈善救濟理念之醫院或一般診所能夠望其項背，亦有原告癌症病患服務統計、志工服務網頁簡介及新聞稿影本等可參。又舉凡國立臺灣大學醫學院附設醫院、中山醫學大學附設醫院、高雄醫學院附設中和紀念醫院、中國醫藥大學附設醫院、臺北醫學大學附設醫院亦有收費，稅捐機關並將渠等包括開刀房解釋為學校辦公使用而得免徵房屋稅，被告卻對原告從嚴解釋，在法律解釋及課稅徵收，顯失公平。
（）參酌原告參與四川汶川大地震賑災之證據資料、96及97年若干義診資料，益證原告確實從事慈善救濟事業之公知事實，不待原告舉證證明。財政部既曾函詢衛生署就原告是否慈善救濟事業時，豈會不知該部曾就老人福利機構作成85年7月5日台財稅第000000000號函釋。且依衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函復內容，明白認定原告係慈善救濟事業，財政部上開85年7月5日台財稅第000000000號函所示「將全部收益直接用於各該目的事業」之見解，並非房屋稅條例第15條第1 項第2 款及醫療法第38條第2 項之要件，財政部既直接認定基督教附設醫院即屬慈善救濟事業，未要求該附設醫院須「將全部收益直接用於各該目的事業者」，對原告殊無作不同解釋之理由。況醫院既非老人福利事業，自非將全部收益用於老人福利方屬慈善救濟事業。原告為教學醫院及醫學中心，每年5 月前須向衛生署呈報會計師簽證之財務報表，其收益亦確實全部直接用於目的事業，亦有損益表及收支餘絀表所列項目可證，亦符合財政部上開函釋要件等情，
（）內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函略以：「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、……等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管：上開團體均可辦理慈善救濟事業，本部有關法規並未就慈善救濟事業之型態範圍及其設立之法令依據與認定標準加以範定，準此，本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。……財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定。……查身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2條規定屬社會救助項目，依上開4法涉及衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。」足證衛生署係慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關。
（）財政部100年7月8日台財稅字第10004525550號函詢內政部：「有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業？又得否向貴部申請立案登記為慈善救濟事業？……按最高行政法院100年度判字第144號判決略以，依貴部組織法第4條及第13條規定，貴部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，足認慈善救濟事業之立案及監督，中央原則上應屬貴部掌管事項，……另按『……』為醫療法第1條及第5條第2項所明定，故醫療財團法人係以從事醫療事業辦理醫療機構為目的而設立，惟如醫療財團法人主張其為慈善機構，得否另向貴部申請立案登記為慈善救濟事業，涉及貴管權責，爰請惠賜卓見。」內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函釋覆稱：「本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關』。……查醫療財團法人係依據醫療法相關規定向衛生署申請設立，非屬本部（社會司）主管……爰醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案。」該函並檢附內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函載明：「財團法人醫院是否慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定」及檢附內政部100年5月31日內授中社字第1000012304號函引用衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函釋所載：「財團法人慈濟醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業」。是以，內政部已否認伊是慈善救濟事業之中央主管機關，而應由其醫療事業主管機關衛生署認定，且無須再向內政部立案。內政部並以檢附方式引用衛生署認定原告是慈善救濟事業函釋，作為回覆。
（）財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋：「原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅……本案經函准內政部前揭函示，旨揭醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考該部相關規定。又案經行政院衛生署前揭函略以……本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形……本部（即財政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見。……旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」財政部前開函釋同意：1.衛生署所認定向其立案為醫療財團法人而未再向內政部立案為社會福利事業之「財團法人教會醫院」為慈善救濟事業；2.衛生署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形；3.並揭櫫醫療財團法人是慈善救濟事業之兩項要件，必須「從事慈善救濟工作」及具備「慈善救濟本質」。最高行政法院因誤會財政部似認教會係慈善救濟事業所以附設醫院得免徵房屋稅，從而認為原告無財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函之適用；惟查教會實係宗教團體，而非慈善救濟事業，故原告應得比照援用該函釋，以符課稅公平。
（）財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋……免徵房屋稅。」原告非但對貧民、災區民眾等施以義診，有原告「慈善救濟執行報告」可證，符合上開財政部函釋「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，有「佛教慈濟綜合醫院社會服務室醫療補助辦法」，故收費標準與一般財團法人醫院不完全相同，且符合上開財政部函釋「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅，以符課稅公平。
（）被告原處分就「業經立案」及「慈善救濟事業」要件所適用之認定標準，違反中央法規標準法第5條第1項第2款及同法第6條逾越法律授權，違反司法院釋字第530號、第478號解釋，增加法律所無之限制；另被告就「慈善救濟事業」要件所適用之認定標準，復違反行政程序法第6條課稅公平原則：
1.按行政程序法第6條及最高行政法院88年度判字第3724號判決所揭示之平等原則，醫院可否被認定為「慈善救濟事業」，其認定之標準為何？稅捐機關既以房屋稅條例第15條第1項第2款規定認定教會附設醫院或財團法人教會醫院免徵房屋稅，即應以同一標準核准原告免徵房屋稅，本件被告原處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，且迄未盡其主張及舉證責任，原處分於法不合，應予撤銷。
2.次按中央法規標準法第5條第1項第2款及第6條規定，無論財政部、被告或行政法院均無權未經法律授權而以任何會計比例或量身定作之標準，排除原告依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用。被告若認為房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用範圍有太廣之虞，或認為應向內政部立案，應提案由立法院修法。
3.是否「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」，違反司法院釋字第530號及第478號解釋，若漠視內政部否認自己是慈善救濟事業中央主管機關之函釋，是行政權或司法權對立法權的僭越。無論財政部、被告或行政法院均無權「以命令」或「裁判」之形式，超出「慈善救濟事業」文義解釋之內涵，為原告或其他「醫療財團法人」量身定作「慈善救濟事業」的限制性或排除性之標準，遑論被告係以答辯狀之形式為之。
4.財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋就財團法人教會醫院已明示以具備慈善救濟本質及從事慈善救濟工作，作為是否慈善救濟事業之標準，被告應以同一標準適用於原告，始符合課稅公平。同理，衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函釋就醫療財團法人亦已明示持續提供醫療救濟服務，作為是否慈善救濟事業之標準，內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函亦明示：「宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定」，被告即不得推翻上開標準而另訂標準，否則違反課稅公平且逾越法律授權。
（）財政部、內政部、衛生署若有權限爭議，應由其上級機關行政院決定權限之劃分。行政院為此於100年9月6日召開跨部會之協調會，行政院秘書長林中森認為原告在國內外義診及從事慈善救濟工作，有目共睹，本件有行政程序法第6條差別待遇之問題，且社會觀感認為原告是慈善救濟事業。101年1月1日行政院組織法生效後，劃歸衛生福利部（即衛生署）統籌處理就不再成為問題，為解決目前財政部、內政部、衛生署間就原告係醫療財團法人，但是否為慈善救濟事業，應否向內政部立案的不一致問題，前開會議已作出結論，認為目前實務執行上並不以向內政部立案者為限，此有行政院100年9月6日跨部會之協調會議紀錄可證。另99年2月3日修正公布之「行政院組織法」第3條第11款規定：「行政院設下列各部：一、內政部。……
十一、衛生福利部」，定於101年1 月1日起生效，即將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」。在101年1月1日以前，實務上有向衛生署立案，也有向內政部立案之慈善救濟事業。但自101年1月1日起，無論社會福利事業或醫療財團法人事實上均祇能向衛生署（即衛生福利部）立案，原告已符合向衛生署立案之要件。
（）99年2月3日修正公布新的「行政院組織法」第3條第11款規定：「行政院設下列各部：一、內政部。……十一、衛生福利部」，定於101年1月1日起生效，足見在立法趨勢上，甚至必須將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」全面掌握慈善救濟，擴大慈善救濟之功能與範圍。被告辯稱依醫療法等法規，衛生署僅有醫療與衛生業務，而無慈善救濟業務云云。惟查內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋：「有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定」。按被告之邏輯，依法律內政部就祇是「社會福利事業」及「宗教團體」等相關業務之主管機關，尚未及於慈善救濟業務，被告的邏輯顯然違反論理法則。且被告所辯慈善救濟事業並非衛生署之業務云云，要與內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函牴觸，已無可採。內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函釋進一步闡明：「查身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2條規定屬社會救助項目，依上開4法涉及衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。」內政部係本於上開4法之規定，認為衛生署非但是醫療財團法人之主管機關，同時也是醫療慈善救濟事業之主管機關。而原告之「慈善救濟執行報告」即係按上開4法所示項目，依上開4法次序詳列原告已實行上開事項並附相關證據為憑。故衛生署認定原告為慈善救濟事業並未違反內政部函釋之法律意旨，且衛生署認定原告是慈善救濟事業之結論與事實相符。另依醫療法第46條、醫療法施行細則第30條之1規定，益證醫療慈善救濟確係衛生署主管監督之業務。抑有進者，按兒童及少年福利法第23條、第35條、老人福利法第3條第3項、身心障礙者權益保障法第21條第1項、第22條等規定可知衛生署係主管監督醫療慈善救濟或社會福利事項之主管機關。
（）教會是宗教團體，不是慈善救濟事業，故財政部是認為所附設之醫院是慈善救濟事業。最高行政法院判決略以：財政部64年11月4日台財稅字第37824號函及財政部64年12月19日台財稅字第38987號函，其似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之要件，從而認為原告無從適用財政部98年函釋等情，係屬誤會。按教會免徵房屋稅是依房屋稅條例第15條第1項第3款規定，而非依房屋稅條例第15條第1項第2款。故最高行政法院推論財政部似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，而認原告無從適用財政部98年函釋等情，依房屋稅條例第15條第1項第3款其論述不能成立。
故醫院不僅是醫院，也可以同時是慈善救濟事業。次按財政部75年6 月4 日台財稅第0000000 號函所示，財政部認為宗教團體（包括教會）附設圖書館不是「慈善救濟事業」，對照財政部64年11月4 日台財稅第37824 號函及財政部64年12月19日台財稅第38987 號函認為「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」，益證財政部是因「教會附設醫院」是醫院的緣故，所以是「慈善救濟事業」。畢竟「教會」是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1 項第2款「慈善救濟事業」之要件。「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」的原因，在於其醫院的本質及所從事之慈善救濟工作是「慈善救濟事業」。因為醫院不是教會，不適用房屋稅條例第15條第1 項第3 款，而應該歸類在房屋稅條例第15條第1 項第2 款「慈善救濟事業」。參照前揭財政部
100 年8 月3 日台財稅字第1000273810號函釋，其中「內政部主管立案之宗教團體」一語，足證財政部認為教會是宗教團體，而非慈善救濟事業。慈濟基金會是「社會福利事業」，且同時是符合房屋稅條例第15條第1 項第2 款「慈善救濟事業」之要件。依被告之主張，不是「慈善救濟事業」的教會，所附設的醫院是「慈善救濟事業」，慈濟基金會是「社會福利事業」且是「慈善救濟事業」，其所捐助設立之原告醫院，反而不是「慈善救濟事業」，被告主張顯失課稅公平。原告與教會附設醫院同為「宗教醫院」，同具宗教性質，且原告章程第3 條即揭示慈善救濟本質，並直接由證嚴法師擔任董事長，與「宗教團體」即「教會」所附設的醫院，在「醫療慈善法人」之本質上及在「醫療慈善救濟工作」上並無不同，況原告所為醫療慈善救濟工作有過之而無不及，基於課稅公平原則，原告亦屬慈善救濟事業而應免徵房屋稅。
（）醫療與慈善救濟均係原告之主要目的事業：原告以偏遠醫療為主，即以醫療慈善救濟為主要目的，故91年至96年均係虧損，所以結餘為零；迄97年及98年始有結餘。原告雖然虧損，每年仍有高額之醫療慈善救濟支出，且逐年增加，分別為91年48,030,089元，92年58,403,555元，93年79,004,372元，94年113,834,666 元，95年161,368,507 元，96年192,700,396 元，97年198,129,165元，98年225,135,021 元，有「原告91年至98年慈善救濟支出明細表」在卷可證。91年至96年因係虧損，故結餘為零作為分母，除以前開各年度醫療慈善救濟支出金額得到的數值是「無限大」，遠逾醫療法第46條規定結餘之10%用於醫療慈善救濟之要求。再參酌卷附「95年至98年慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」，原告97年及98年有結餘，97年提撥23.41%，98年提撥86.76%；反觀同樣有結餘之「天主教聖保祿修女會醫院」97年提撥11.32%，98年提撥11.71%；「屏東基督教醫院」97年撥
14.11%，98年提撥20.92%，固均較醫療法第46條之提撥標準為高，但提撥之金額與比例均遠低於原告，前開醫院均是以醫療及慈善救濟事業為主要目的事業，則對原告亦應作相同之認定。原告所提供之醫療救濟服務或慈善救濟工作，涉及內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所指之社會救助法、兒童及少年福利法、老人福利法及身心障礙者權益保障法，比「財團法人老人扶療養院」僅係提供老人福利法「有償的醫療與照顧」所涉獵的項目為多，詳如卷附「慈善救濟執行報告」；且原告尚提供「無償醫療與照顧」（義診）及社會救助法上之「生活扶助」、「醫療補助」、「急難救助」、「災害救助」，都是「財團法人老人扶療養院」所沒有提供的慈善救濟，自應認定慈善救濟為原告之主要目的事業。依衛生署公開之各財團法人醫院財務報告及卷附95年至98年之「教會醫院慈善救濟支出明細表」顯示，原告所支出的「醫療社會服務費用」比「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」為多，各該教會醫院支出「醫療社會服務費用」最高者為彰化基督教醫院於98年度係占原告的38.77%，最低者高雄基督教信義醫院於97年度係占原告之0.24% ，自應認定慈善救濟事業係原告主要目的事業。又財政部於98年間認定了13家「財團法人教會醫院」為「慈善救濟事業」，而前開13家「財團法人教會醫院」合計投入「社會醫療救濟支出」428,926,000 元，而原告98年投入「社會醫療救濟支出」即高達223,671,941 元，遠逾前開各家「財團法人教會醫院」投入之金額，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可證，在98年排名第一，約占前開13家總額的52% ，應認定慈善救濟事業係原告主要目的事業。
（）財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋就財團法人教會醫院，建立兩項標準，即1.具備慈善救濟本質，且2.從事慈善救濟工作者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函釋亦建立兩項標準，即1.持續性；2.提供醫療救濟服務者。參以最高行政法院判決發回意旨認為要參考上開內政部函釋所指「本部上開相關規定」，則歸納上開財政部、衛生署及內政部之上開函釋，「財團法人醫院」要成為「慈善救濟事業」須具備：1.提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作；2.持續性；3.具備慈善救濟本質三項要件：
1.原告具備慈善救濟本質：原告設立動機與目的即為慈善救濟，且由原告章程第3條可知原告具慈善救濟本質，與一般財團法人醫院顯有不同。且原告91年志工職前訓練人數3,020人，在職訓練人數54,241人；92年志工職前訓練人數10,790人，在職訓練人數54,777人；93年志工職前訓練人數11,336人，在職訓練人數58,610人；94年志工職前訓練人數13,970人，在職訓練人數71,881人；95年志工職前訓練人數13,754人，在職訓練人數67,889人；96年志工職前訓練人數41,206人，在職訓練人數154,040 人；97年志工職前訓練人數34,013人，在職訓練人數167,908 人；9
8 年志工職前訓練人數23,203人，在職訓練人數130,471人；99年志工職前訓練人數28,256人, ，在職訓練人數161,700 人，有「六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表」在卷可證。從91年職前訓練3 千人、在職訓練5 萬人到99年職前訓練2 萬多人、在職訓練16萬人，這些都是可貴的社會資本，一旦遇到災變，就能發揮慈善救濟功用，足證原告具備慈善救濟本質。
2.提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作：原告從事社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法之社會福利項目，詳見「慈善救濟執行報告」。
3.持續性：原告為能長久從事慈善救濟，將慈善救濟當作事業，因此長期訓練能參與醫療救濟服務或慈善救濟工作的人力，包括醫療志工在內，並持續不懈地從事醫療救濟服務及慈善救濟工作，有「慈善救濟執行報告」足證。
（）土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，完全沒有私立醫院不得為慈善救濟事業之法規意涵，否則基督教醫院也無法符合慈善救濟事業之標準。土地稅減免規則並無房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語，且並未定義何謂「私立慈善救濟事業」。土地稅減免規則第8條第1項第5款所稱「社會救濟慈善事業」，與房屋稅條例第15 條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語不同，範疇自不一致。從而土地稅減免規則將「私立醫院」與「社會救濟慈善事業」分別例示，尚無法據此作出「醫療財團法人」不得被認定為「私立慈善救濟事業」之結論。何況「私立醫院」也被土地稅減免規則第8條第1項第5款列為免徵地價稅之對象。
（）被告援引財政部85年7月5日台財稅第000000000號函，率認須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得免徵房屋稅云云。惟查，國內各財團法人醫院之成本及費用占其醫療收入均在90%以上，多數在95%以上，平均約在97%，此有衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報表可證。以其中經營績效著稱之長庚醫院為例，該醫院院區位於「都會地區」，而其98年度醫務利益率僅為7％而已，換言之，100元的醫療收入，就要有93元的成本及費用，盈餘只有7元。然依被告所辯醫療財團法人必須將醫療收益全部投入慈善救濟，才算是慈善救濟事業云云。試想醫療財團法人如要符合此一標準，幾年或幾月內必然倒閉，被告竟將祇需低成本經營之老人扶療養院之標準適用於原告，在法律上毫無依據。況內政部係社會福利事業之主管機關，而非慈善救濟事業之主管機關，且由該會議紀錄之文義，係就財團法人老人福利機構作出決議，與財團法人醫院無關，無從拘束「教會附設醫院」、「財團法人教會醫院」或原告。內政部自己也從未將此標準適用於向內政部民政司立案之「教會附設醫院」，財政部也從未將此標準適用於向衛生署立案之「財團法人教會醫院」。被告主張顯違反行政程序法第6條規定。再者，「將全部收益直接用於各該目的事業」始得免徵房屋稅之見解，並非房屋稅條例第15 條第1項第2款之要件，被告之主張違反中央法規標準法第5條第1項第2款及第6條規定。
（）退萬步言，原告否認有將收益用於目的事業外之情形，有原告經會計師簽證之財務報告為證，並經衛生署網站公開已屬公知之事實，被告就原告有將收益用於目的事業外乙節，係屬積極事實，應由被告負舉證責任，被告並未立證以實其說，所辯自無可取。
（）綜上所述，聲明求為判決撤銷：
1.訴願決定及原處分（復查決定）關於課徵91年至96年房屋稅逾148,875元部分均撤銷。
2.訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：
（一）房屋稅條例第15條第1項第2款立法意旨在於是否為慈善救濟事業，非可由原告以捐助章程、法人登記目的或曾從事慈善救濟工作等事實自行主張，而須由權責機關認定並經立案登記，原告如未經內政部核准立案，縱有衛生署核准立案之醫事財團法人登記或法院核准立案之財團法人登記，仍非該款所稱之慈善救濟事業。原告係經衛生署73年12月27日衛署醫字第501843號函准予設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，此有原告所提法人登記證書及捐助章程可稽，原告雖由慈濟基金會捐助，然二者分屬單獨成立之財團法人，亦非該基金會附設醫院，並非目的事業主管機關（內政部）核准有案之私立慈善救濟事業，依前台灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號及財政部71年12月8日台財稅第38854號函釋規定，不符該款免稅要件，被告依同條例第3條規定，就系爭房屋使用執照之構造，依各樓層實際用途及面積等重新核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率課徵96年房屋稅，並依稅捐稽徵法第21條規定補徵91年至95年房屋稅，並無違誤。
（二）系爭房屋得否免徵房屋稅非屬衛生署權責，該署意見尚無法律上拘束力，且稅捐機關在核課期間內若發現有應徵之稅捐時，依稅捐稽徵法第21條規定應予補徵，不受原處分之拘束。依房屋稅條例第15條第1項第2款規定，慈善救濟事業供辦理事業所使用之自有房屋免徵房屋稅，須同時具備經慈善救濟事業主管機關立案者、完成財團法人登記、不以營利為目的及直接辦理事業所使用之自有房屋之要件。原告未提出業已向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人登記之證明，該款後段既要求須完成財團法人登記，則該款前段之業經立案與否之解釋，與是否具備財團法人登記無涉，亦有臺中高等行政法院93年度訴字第89號及最高行政法院94年度判字第1986號判決相同見解可參。
又本件為補、課繳原免徵房屋稅案件，優先依稅捐稽徵法相關規定辦理，被告所為處分未逾稅捐核課期間，依最高行政法院94年度判字第1605號判決意旨，被告原核定免稅處分既為確認處分，而非創設權利之授益處分，尚無信賴保護原則之適用，亦無違反撤銷權行使之法律規範。
（三）醫療法第38條第2項並非為醫療財團法人之免稅條款，其法條文義載明醫療財團法人所得稅、土地稅及房屋稅之減免，依有關稅法之規定辦理，即回歸有關稅法對於各醫療財團法人是否符合減免要件之認定。參照財政部92年6月3日台財稅字第0920452900號函召開研商財團法人醫院房屋稅徵免事宜之壹、背景說明二內容，該部64年12月19日台財稅第38987 號及64年11月4 日台財稅第37824 號函釋之時空背景已不符實際，惟未停止適用前，宗教團體附設醫院仍繼續免徵房屋稅。惟原告自始即屬依醫療法成立之醫療財團法人，非該函釋所適用之宗教團體附設醫院。又被告未以有否向病患收費情事而遽為慈善救濟事業之判定。
（四）依財政部85年7月5日台財稅第000000000號函釋規定，得認可屬於慈善救濟事業者，係以收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的事業者。房屋稅條例第15條第1項第2款規定乃基於辦理社會福利慈善救助事業者，其營收全部及資本孳息僅能辦理社會福利慈善救助事項，核有房屋稅免稅予以獎勵之必要，惟原告收費標準乃根據中央健康保險局標準向就醫民眾收取自費額及向該局請款，與一般診所收費標準無異，且原告僅依醫療法及自身章程提撥年度醫療收益結餘之10-50%辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，與該款立法精神及該函釋有違。又自全民健康保險制度實施後，各醫院均訂有一定收費標準，其收入來源大體為掛號費、部分負擔及健保負擔，而健保負擔部分，原告均向中央健康保險局申請給付，未具有輔助政府支出，使政府負擔減輕功能，要難認定屬慈善救濟事業（參酌花蓮縣中低收入戶醫療補助審核作業規定第3點第1款規定，醫事財團法人具慈善救濟性質之成分已大為降低）。至原告所提大學（學院）附設醫院，除國立台灣大學醫學院附設醫院符合房屋稅條例第14條第1項第4款免徵房屋稅外，餘皆適用同條例第15條第1項第1款規定，非謂對原告從嚴解釋。原告雖由慈濟慈善基金會捐助，然非慈濟基金會之附設醫院，背後善行義舉之推手應為慈濟基金會，該會為慈善救濟事業之事實與本質不容置疑。
（五）依立法院公報第75卷第81期及第90期委員會紀錄一、立法院內政、司法兩委員會審查「醫療法草案」案第4次及第6次聯席會議紀錄，時任衛生署醫政處處長葉金川答覆劉贊周委員質詢時之說明，財團法人醫院收費標準與一般醫院相同，復可享受土地免稅優惠，基於立法衡平性，政府課以應自其醫療收入提5%作公益事業及教育訓練，以善盡社會責任與義務，該法第46條立法意旨未提及減免房屋稅部分，惟衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函不察其立法意旨而遽予推論原告可認屬慈善救濟事業，顯屬謬誤。且因該署非房屋稅徵免要件之權責解釋機關，其必然傾向維護所轄之醫事財團法人能享有免稅利益，該函僅代表醫療財團法人主管機關衛生署對醫療財團法人醫院應可認屬廣義之慈善事業之看法，非謂已行使職權明白認定原告係慈善救濟事業，故財政部未將該函下轉各稅捐稽徵機關。況依行政程序法第111條第6款規定，該函應屬無效。又醫療法第46條係規範醫療機構之社會責任，類此規範可參諸同法第27條、第29條、第53條及第77條規定，若界定原告為慈善救濟事業，則其餘財團法人醫院豈不均應比照？
（六）依行政院衛生署組織法第1條規定，遍查該法亦無有賦予該等機關對慈善救濟事業認定之事務權限或主管權責。被告於97年8月15日以花稅財字第0970067293號函詢內政部，有關慈善救濟事業之主管機關為何，經該部97年8月19日內授中社字第0970013498號函復略以：「．．查全國性及省級財團法人社會福利慈善事業基金會，主管機關為本部，本部並訂定『內政部審查內政業務財團法人基金會設立許可及監督要點』據以輔導：在縣市設立者，其主管機關為縣市政府。」等語，故慈善救濟事業之認定應屬目的事業主管機關即內政部權責。又慈善救濟事業實包含於社會福利、社會救助、老人福利等之社會福利事業之範疇，依原告捐助章程第4條所載，如寬認其屬慈善救濟事務，惟依志願服務法第4條、社會福利法第3條、老人福利法第3條、身心礙障者權益保障法第2條主管機關在中央為內政部之規定及該部上開97年8月19 日函載，原告就低收入戶照護等社福事項，如未經目的事業主管機關（內政部或地方縣市政府）核准立案，即非房屋稅條例第15條第1項第2款所稱慈善救濟事業。
（七）房屋稅條例第15條第1項第2款固未明文須經內政部立案之私立慈善救濟事業始足當之，而就慈善救濟事業之型態、範圍及設立法令依據與認定標準，內政部相關法規雖未加以範定，同理衛生署亦無該等規定標準，本件關鍵要件既為是否屬慈善救濟事業之認定，其權責非屬財政部即屬內政部，尚不能以內政部或財政部就上開認定應規範卻未予規範，逕行否定該等機關對慈善救濟事業認定之事務權限。內政部96年10 月2日內授中社字第0860015743號及同年12月17日內授中社字第0960018943號函僅係建議向衛生署洽詢，依內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所提建議，所謂「參考本部上開相關規定」，計有內政部91年8月22日台內中社字第0910075289號函論及之96年5月30日台內法字第0960084016號令訂定之「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」、兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法（已修訂為身心障礙者權益保障法）及社會救助法等法規，顯見內政部縱未明白表示財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，但並未棄守其仍具認定慈善救濟事業事務權限之立場。故依社會救助法第2 條、第28條、第29條及內政部上開96年12月17日函之說明，所謂「須向內政部立案」之解釋並非增加法律所無之限制。至於原告所提相關案件獲勝訴之4 件判決僅為個案，該案被告亦已上訴，對本件不具拘束力，故被告原處分及訴願決定均無違誤。
（八）按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」、「房屋稅，以附著於土地之各種房屋，及有關增加該房屋使用價值之建築物，為課徵對象。」、「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：……二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」、「稅捐之核課期間，依左列規定：……二、依法應由納稅義務人實貼之印花稅，及應由稅捐稽徵機關依稅籍底冊或查得資料核定課徵之稅捐，其核課期間為五年。三、……。在前項核課期間內，經另發現應徵之稅捐者，仍應依法補徵或並予處罰；……。」為房屋稅條例第1條、第3條、第15條第1項第2款、稅捐稽徵法第21條分別定有明文。又「本自治條例依房屋稅條例第24條規定制定之。」、「花蓮縣房屋稅徵收率規定如左：一、住家用房屋按其現值課徵1.2%。二、營業用房屋按其現值課徵3%。
……四、私立醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用房屋，按其現值課徵2%。」亦為行為時花蓮縣房屋稅徵收自治條例第1條及第3條所明定。次按「教會附設醫院辦公房屋免稅」、「教會醫院之診療室病房值夜宿舍免徵房屋稅」、「醫事財團法人自有供事業用房屋無免稅之適用」、「非屬慈善救濟事業之財團法人醫院不得免稅」、「原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅。」、「……等15家原屬宗教團體法人附設醫院，於改隸行政院衛生署主管前即免徵房屋稅，其改隸為該署主管之醫療財團法人係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，所屬之財團法人公益性亦未嘗稍異，自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，且其所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與內政部規定有不一致情形，為免因政府管理權責之劃分，致使該等醫院權益受損，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅。」分別為財政部64年11月4日台財稅第37824號、64年12月19日台財稅第38987號、71年12月8日台財稅第38854號函、前臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函、財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號及98年6月3日台財稅字第09800222060號函所釋示。又「有關函詢房屋稅條例第15條第1項第2款有關慈善救濟事業免徵房屋稅規定疑義乙案……二、按房屋稅條例第15條第1項第2款規定，免徵房屋稅應具備（一）須為經立案之私立慈善事業……上開『立案』係指經『慈善救濟事業』主管機關核准設立許可……內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、指導及監督事項。是以，慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部之職權。（最高行政法院判100年度判字第144號判決可資參照）三、另依內政部97年8月19日內授中社字第0970013498號函，有關全國性及省級財團法人社會福利慈善事業基金會之主管機關為內政部，該部並訂有『內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點』據以輔導；在縣、市設立者，其主管機關為縣、市政府。四、又『為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。』、『本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。』為醫療法第1條及第5條第2項所明定。據上，醫療法並非為慈善救濟之目的而制訂，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立，故醫療財團法人雖係經行政院衛生署許可並向法院登記之財團法人，並非屬經立案之慈善救濟事業。五、依行政院衛生署組織法第1條、第4條、及第6條規定行政院衛生署……係掌理醫事機構設置許可等醫事管理事項，是有關慈善救濟事業之認定，尚非屬該署之業務執掌。六、行政院衛生署援引醫療法第46條規範……作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據，既經最高行政法院所不採，且審認慈善救濟事業之立案及監督係屬內政部職掌，則行政院衛生署所為認定自不可作為符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之依據。七、另原內政部主管立案宗教團體附設之醫院，於醫療法公布實施後改設為醫療財團法人，主管機關改隸為行政院衛生署，本部以行政院衛生署認為該等醫院改制後之慈善救濟性質並未改變，且慈善救濟事業主管機關內政部亦無不同意見，爰以98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋……尚非因該函釋即得認所有醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵房屋稅要件，併予敘明。八、綜上，房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅規定，係就該事業從事慈善救濟主在補足政府對於提供社會福利或社會援助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會援助為主……又醫療法並非為慈善救濟目的所訂定，旨在規範醫療事業……尚不得即認為其屬慈善救濟事業，否則所有財團法人醫院皆可認屬慈善救濟事業。故是否屬慈善救濟事業，仍應以慈善救濟事業主管機關內政部認定為主，行政院衛生署尚不得遽以醫療法相關規定認定。」為財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函復臺中高等行政法院有案。
（九）慈濟基金會雖係於69年1月16日前臺灣省政府社會處核准立案，經內政部84年1月25日同意改隸該部，並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告則係於73年12月27日經衛生署核准設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，二者間分屬單獨成立之財團法人，原告雖由慈濟基金會捐助，然並非慈濟基金會之附設醫院，自不得依財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋免徵房屋稅。
（十）醫療財團法人非等同慈善救濟事業：
1.按房屋稅條例第15條第1項第2款規定可知，符合該項規定免徵房屋稅者，須具備4項要件：(1)已完成財團法人登記者；(2)不以營利為目的；(3)須為經「立案」之私立「慈善救濟事業」；(4)直接供辦理事業所使用之自有房屋等要件，如四者缺一，即不得享有免徵房屋稅之優惠。次按內政部組織法第4條及第13條明文規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、推行、指導及監督事項。足認慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部之職權（最高行政法院99年度判字第1327號判決可資參照）。據此，上開「立案」係指經「慈善救濟事業」主管機關內政部核准設立許可。另參照內政部97年8月19日內授中社字第0970013498號函釋原告既未經「慈善救濟事業」主管機關內政部核准設立許可，自不符合前揭房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定之要件，被告依房屋稅條例第3條規定，就系爭房屋使用執照之構造，依各樓層實際用途及面積等核定應稅與免稅面積及房屋評定現值分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率課徵91年至96年房屋稅計32,324,760元，並無不合。
2.次按房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅規定，係就該事業從事慈善救濟主在補足政府對於提供社會福利或社會救助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會救助為主。財團法人係由捐助財產所組成之法人，性質上雖屬公益法人，惟性質上僅係「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即屬慈善救濟事業。
（）土地稅減免規則已將「財團法人醫院」與「社會救濟慈善事業」分開列示：
依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定：「經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣(市)主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」可知，「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。
（）衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函釋有四點不當：
1.衛生署逕依醫療法第46條規定，將醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10%以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10%以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，無異是將公益性之醫療財團法人與慈善救濟財團法人劃上等號。蓋醫療財團法人本身即應具有公益性，然公益事業未必具有慈善救濟之性質，是慈善救濟事業其定義應是狹義性之公益，是衛生署泛將符合醫療法第46條規定之醫療財團法人均視為慈善救濟事業，則全國醫事財團法人均視為「慈善救濟事業」，則房屋稅第15條第1項第2款規定無異是形同具文。
2.依衛生署上開函示，醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10%以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10%以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，核與財政部85年7月5日台財稅第000000000號函引據內政部85年6月25日台（85）內社字第8577923號函附研商會議記錄所示，須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認定屬慈善救濟事業，相較有違比例原則。
3.查行政院衛生署組織法第1條、第4條及第6條規定，衛生署掌理全國衛生行政事務，設有醫事處，係掌理醫事機構設置許可等醫事管理事項，是有關慈善救濟事業之認定，尚非屬該署之業管職掌，該署逾越執掌所作之解釋，顯有不當。又依醫療法第1條及第5條第2項規定可知，醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立，顯然醫療財團法人與已立案主要從事慈善救濟事業為目的之財團法人有別。故醫療財團法人雖經衛生署許可並向法院登記之財團法人，並非屬經立案之慈善救濟事業，則衛生署所為認定，自不得作為符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之依據。再查財團法人醫院年度醫療收入結餘10%以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，尚不得即認為其屬慈善救濟事業，否則依據衛生署所稱之醫療法第46條從寬認定原告係屬「廣義」之慈善事業，擴大解釋房屋稅條例第15條第1項第2款之認定，所有財團法人醫院皆可認屬慈善救濟事業，似違反法律之體系正義及法規範目的。故是否屬慈善救濟事業，仍應以慈善救濟事業主管機關內政部認定為準，衛生署尚不得遽以醫療法相關規定認定。
4.按司法院釋字第420號解釋揭示之實質課稅原則，應於實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為據。是對於實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義及實質課稅原則，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。財團法人醫療機構具公益性質，依醫療法第46條提撥年度醫療收入結餘之10%，應屬回饋社會之機制，據此衛生署認定醫療財團法人為慈善救濟事業者，基於平等原則，以公益為目的而設立之各種型態財團法人，均比附援引認定為慈善救濟事業，則房屋稅條例第15條第1項第2款規定將形同具文。
（）按「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」、「本法第四十六條及第五十三條所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。醫療法人應於所設立醫療機構之適當處所及相關資訊通路公開前項費用之支用範圍及申請補助作業規定等事項。第一項各款費用之合計數，不得超過當年度提撥數之百分之四十。」為醫療法第46條及同法施行細則第30條之1所明定。又「第五條第二項第一款所定收支餘絀表、第二款所定損益表之科目分類與其帳項內涵及應註明事項如下：一、醫務收入：指因提供醫療服務所獲得之收入；其認列應依財務會計準則公報第三十二號規定辦理；支付點值調整及健保核減，應列為門急診收入－健保及住院收入－健保之減項；其科目之分類如下：（一）門急診收入－健保。（二）門急診收入－非健保。（三）住院收入－健保。（四）住院收入－非健保。（五）其他醫務收入－健保。（六）其他醫務收入－非健保。二、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等；其科目性質及應註明事項如下：（一）依職工福利金條例所提撥之福利金與依本法第四十六條及第五十三條規定應提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等，應列為費用。（二）財務報表應附註揭露依本法第四十六條及第五十三條規定所提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等各項費用之期初提撥金餘額、當期支用金額、當期提撥金額、當期用途明細及期末提撥金餘額，並說明提撥已逾二年尚未支用之金額等資訊。
三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金、文具用品、旅費、運費、郵電費、修繕費、廣告費、水電瓦斯費、保險費、交際費、稅捐、呆帳、折舊、各項耗竭及攤提、伙食費及職工福利等費用。四、非醫務活動收益及費損：指非因提供醫療服務所發生之收益及費損，包括利息收入、投資收入、租金收入、捐贈收入、研究計畫收入、其他非醫務收益、董事會費用、利息費用、租金費用、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分固定資產損益、處分投資損益、減損損失、減損迴轉利益、存貨跌價損失、捐贈費用、募款活動費用及研究計畫費用等。五、利息收入、利息費用及研究計畫收入、研究計畫費用，應分別列示。六、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分投資損益等，得以其淨額列示。七、醫療財團法人應將捐贈收入依捐贈人是否限制捐贈資產之使用用途及限制之程度，分為捐贈收入－未受限、捐贈收入－暫時受限及捐贈收入－永久受限三類。八、所得稅費用，其所得稅之計算、分攤及表達方式，應依財務會計準則公報第二十二號規定辦理。九、會計原則變動之累積影響數，應單獨列示。十、本期淨利或淨損：指本期之盈餘或虧損。本期淨利或淨損於醫療財團法人，稱為本期餘絀。」為醫療法人財務報告編製準則第20條所規定。次按「左列各種所得，免納所得稅：一、……十三、教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」、「本法稱教育、文化、公益、慈善機構或團體，係以合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案成立者為限。」、「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。本法中華民國九十八年一月六日修正之條文施行前，符合前項但書規定之公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢者，於修正施行後，適用修正後之規定。」、「合於第四條第十三款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織，應依第七十一條規定辦理結算申報；其不合免稅要件者，仍應依法課稅。」為所得稅法第4條第1項第13款、第11條第4項、第39條、第71條之1第3項所明定。再按「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案。……。八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入百分之七十。……。」、「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」為行政院訂定「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第8款及第3條第1項所規定。又「主旨：核釋八十三年十二月三十日修正發布施行之『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』適用疑義。說明：三、本標準所稱『銷售貨物或勞務』，係指將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者，為銷售貨物；提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。四、慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，其取得之代價含有捐贈收入性質，得不視為本標準所稱『銷售貨物或勞務』。……。」為財政部84年3月1日台財稅第000000000號函所明釋。
（）第查，機關或團體符合行政院訂定之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條規定要件者，其本身之所得及附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅，其中同條第1項第8款定有「機關團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70%」之規定。上開支出比例，依財政部89年6月1日台財稅第0000000000號函釋示，係以機關團體「用於與其創設目的有關活動之支出（包括銷售與非銷售貨物或勞務之支出）」占其「創設目的有關收入（包括銷售與非銷售貨物或勞務之收入）加計其創設目的以外之所得額及附屬作業組織之所得額」之比例計算為準。是機關團體之年度收入及支出，如與其創設目的活動有關，均應予以計入支出比例之分母與分子，據以核定其是否符合該條款規定。又醫療財團法人依所得稅法第4條第1項第13款及前揭「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入，符合前述行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。據此，財政部臺灣省北區國稅局核定原告91年至96年度應稅所得額，當課稅所得額均為負數時，依前述規定，屬銷售貨物或勞務以外收入之免稅所得，自未列入計算，但核定本期餘絀數，銷售與非銷售貨物或勞務之收入，均應予以計入，合先敘明。
（）次按醫療法第1條及第5條第2項規定可知醫療法係以「從事醫療事業辦理醫療機構」，並非以「慈善救濟」之目的而訂立，顯見醫療財團法人非以從事「慈善救濟事業」為目的而設立。至同法第46條之規定，乃因財團法人醫院之收費標準與一般醫院一樣，但享有土地稅、營業稅、所得稅之免稅，故應提撥部分收入作社會公益事業及教育訓練之用，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。且既言「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，則規範提撥下限為收入「結餘10%」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之醫療法第46條規定，自不得作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。再按財政部於75年11月24日醫療法公布前，即以71年12月8日台財稅第38854號函釋：「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。」認醫事財團法人並非當然即屬經立案之慈善救濟事業有案；又從原告向國稅局申報之91年至98年度所得稅結算申報書及會計師之稅務簽證申報查核報告書觀之，原告從事醫療服務，收入來源大部分來自醫務收入，並非無償。除前揭醫療法人財務報告編製準則第20條所規定之醫務成本、管理費用、非醫務活動費損，未見帳列有其他之貧困優免或無償救助之支出；另由原告帳載91年至98年度平衡表觀之，其91年至98年度淨值之變動，由原有永久受限淨值－登記（創設）基金及暫時受限淨值－擴建基金4,983,072,565元，增加為16,695,066,886元及4,439,912,161 元，亦未見設有社福基金，顯見原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金。足見原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟為主要目的事業」。原告主張歷年來淨值之所以會有所增加，係因慈濟基金會歷年來皆以「專款專用」之方式補助原告建院及擴建資金之需所致，既是「專款專用」於補助原告建院及擴建之用，豈能任意「移作他用」云云，惟原告此項主張縱令屬實，亦不能改變原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金，未見設有社福基金之事實，尚難謂慈善救濟事業為原告之主要目的事業。
（）內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函明白揭示，財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、……等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業。然查慈濟基金會係於69年1月16日前台灣省政府社會處核准立案，經內政部84年1月25日同意改隸該部，並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，原告則係於73年12月27日經衛生署核准設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，二者間分屬單獨成立之財團法人，基此，難謂衛生署認定原告是慈善救濟事業與內政部所認知之法律規定意旨並無不符情形。另查財團法人台灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會馬偕紀念醫院96年及98年醫務淨利為949,311,254元及378,368,489元轉盈為虧之原因，經查係因減除董事會費用、利息費用、捐贈費用、其他非醫務活動損費、研究計畫費、……等非醫務活動費損，其中捐贈費用占該非醫務活動費損比例，分別為94.66%及67.95%。又查慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，況所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1%左右，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。又查財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋係就原屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件原告原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別。從而本件尚無比附援引前述財政部釋函免徵房屋稅之餘地，是原告主張，核無足採。
（）查醫療財團法人財報科目區分為銷售貨物或勞務之收入及銷售貨物或勞務以外之收入兩部分，依前揭所得稅法第4條第1項第13款及「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入包含捐贈收入、利息收入、租賃收入及其他非醫務收益等項目，符合行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。益證醫療財團法人房屋稅、土地稅、營業稅、所得稅之減免，乃應依各該稅法規定辦理，並非依醫療法第38條第2 項規定即當然得予減免。次查慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，得不視為「銷售貨物或勞務」，免予課徵所得稅，為前揭財政部84年3 月1 日台財稅第000000000 號函所釋示，然銷售貨物或勞務之醫療收入之所得依法應課徵所得稅，顯見醫療財團法人於稅法上非即當然為「慈善救濟事業」。
（）依財政部臺灣省北區國稅局花蓮縣分局提供原告各年度機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書顯示，91年至97年核定及98年申報，應稅部分：銷售貨物或勞務收入淨額分別為4,758,100,488元、5,393,628,897元、6,357,985,606元、7,718,329,595元、10,694,090,181元、12,498,201,911元、13,062,860,742元、13,611,645,662元；銷售貨物或勞務支出分別為5,140,186,971元、5,851,927,581元、6,956,868,272元、8,842,050,157元、11,568,119,412元、12,749,409,038元、12,430,638,524元、13,545,106,493元；課稅所得額分別為負382,086,483元、負458,298,684元、負598,882,666元、負1,123,720,562元、負874,029,231 元、負251,207,127 元、0 元（原課稅所得應為632,222,218 元，因扣除前5 年內各期銷售貨物或勞務累計虧損632,222,218 元）、0 元（原課稅所得應為66,539,169元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額66 ,539,169 元）。免稅部分：銷售貨物或勞務以外之收入分別為1,113,697,005 元、1,094,187,704 元、544,553,347 元、1,138,021,311 元、1,303,607,721 元、3,292,862,501 元、4,616,683,529 元、1,185,261,442元，扣除當年度成本費用或損失（與創設目的有關活動之支出）後餘絀數額分別為731,610,522 元、635,889,020元、負54,802,882元、13,663,398元、429,096,198 元、3,041,362,374 元、5,039,515,646 元、1,036,278,365元，91年至98年累計結餘金額為10,872,612,641元，從原告申報之各年期餘絀處理分析表顯示，其收入結餘均未見全部投入慈善救濟工作，難謂慈善救濟事業為原告的主要目的事業。又查政府對醫療財團法人實施租稅優惠政策，如土地稅減免規則第8 條第1 項第5 款之地價稅減免、所得稅法第4 條第1 項第13款之免徵所得稅、加值型及非加值型營業稅法第8 條第1 項第3 款之免徵營業稅規定，其主要目的係藉租稅減免之誘因，鼓勵醫院多從事醫療公益服務活動。原告主張91年至98年歷年來累計之「慈善救濟支出」1,076,605,771 元超過歷年累計「盈餘」698,761,
387 元之「大半」，甚至已高出其歷年來累計之「盈餘」甚多，足證原告確為「慈善救濟事業」乙節，經查慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，況前述金額係原告遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1 規定所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1%左右，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。是原告主張，核無足採。
（）原告主張持續大量訓練醫療志工從事志工服務即為慈善救濟事業云云。惟按志願服務法第1條、第3條、及第9條規定，舉凡提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事自願服務工作，且志願服務運用單位應就個別要求對志工辦理特殊訓練為事理之所然，難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業，是志願服務教育訓練費用不能列入計算。另原告訓練志工乃為提升其醫院之服務品質，且為醫療財團法人為公眾利益應辦之服務事項，與「慈善救濟事業」係以從事慈善救濟為主要目的事業，自不能相提並論。
（）原告因91年至96房屋稅事件，提出調查證據聲請，原告依規定陳報意見事：
1.依房屋稅條例第15條規定及司法院釋字第537號解釋，在租稅稽徵程序中，稅捐稽徵機關本得依職權調查原則進行，應運用一切闡明事實所必要以及可獲致之資料，以認定真正之事實課徵租稅。惟稅捐稽徵機關所須處理之案件多而繁雜，且有關課稅要件事實，類皆發生於納稅義務人所得支配之範圍，其中得減免事項，納稅義務人知之最詳，若有租稅減免或其他優惠情形，仍須由稅捐稽徵機關不待申請依職權為之查核，將倍增稽徵成本。因此，依憲法第19條規定意旨，納稅義務人依個別稅捐法規之規定，負有稽徵程序之申報協力義務，實係貫徹公平及合法課稅所必要。準此，原告得否免徵房屋稅之免稅要件事實，亦即實質上是否以從事慈善救濟事業為主要目的之相關證據資料，諸如原告直接從事慈善救濟事業之支出、結餘之實際運用方式、實際提撥於慈善救濟事業之比例，均由原告所管領，自應由原告舉證以實其說。至原告聲請被告舉證基督教附設醫院執行慈善救濟工作乙節，依前揭規定此乃納稅義務人稽徵程序之申報協力義務，況與本件並無因果關係，原告如須瞭解該醫院執行慈善救濟工作項目、受惠人次、投入人次、地域範圍、訓練醫療志工人數、慈善救濟工作的持續性等情形，自可逕洽該院提供。
2.有關基督教附設醫院供辦公使用房屋、診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，准依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅，前經財政部於64年11月4日及64年12月19日以台財稅第37824號及台財稅第38987號函釋有案。然因時代變遷，各教會附設醫院因政府法令與管理權責之劃分，始改制為醫療財團法人，財政部本於稽徵主管機關認定事實職權，分別於98年4月9日及同年6月3日以台財稅字第09804526600 號及第00000000000 號函釋示，原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1 項第2 款免徵房屋稅。惟查原告則係於73年12月27日經衛生署核准設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，原告雖由慈濟基金會捐助，但二者間分屬單獨成立之財團法人，並非慈濟基金會之附設醫院，核與上開規定不符，尚無免徵房屋稅之適用。
3.司法院釋字第635號解釋指出，依憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率等租稅構成要件，以法律定之，惟法律之規定不能鉅細靡遺，有關課稅之技術性及細節性事項，尚非不得以行政命令為必要之釋示。故主管機關於職權範圍內適用之法律條文發生疑義者，本於法定職權就相關規定予以闡釋，如係秉持相關憲法原則，無違於一般法律解釋方法，且符合各該法律之立法目的、租稅之經濟意義，即與租稅法律主義、租稅公平原則無違。是原告主張「……顯不符合課稅公平原則，且形成宗教歧視。……」，洵屬無據。
（）查原告之捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其業務事項共臚列13項，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，即非無疑。次查原告之捐助章程第16條所載，決算後有結餘，應先提撥結餘50%充實該院基金，餘始得撥充社會慈善救濟事業之用，是慈善救濟事務實質上顯非原告主要目的之事業，要無疑義。又從原告所提供之「慈善救濟支出占全部可供用作慈善救濟支出之金額之比例」，計算其91年至98年度各年度慈善救濟支出之金額，占同期醫療成本及費用合計之比率分別為0.94%、1.01%、1.2%、1.37%、1.52%、1.62%、1.61%、1.67%，占同期醫務收入之1.02%、1.09%、1.31%、1.56%、1.63%、1.63%、1.53%、1.66%，益證原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」。
（）綜上所陳，原告之訴應認為無理由，聲明求為判決駁回原告之訴，訴訟費用由原告負擔。
四、上開事實概要欄所述之事實，除後列之爭點事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原處分書、被告96年4月19日花稅財字第0960064826號函、被告91年至96年期房屋稅繳款書39份、衛生署73年12月27日衛署醫字第501843號函、原告法人登記證書、原告捐助章程、原告醫院收費標準、系爭房屋房屋稅籍紀錄表、被告所屬玉里分處92年8月29日花稅玉分財字第09200042710號現值核定通知書、被告房屋稅91年至96年課稅明細表等件分別附原處分卷、訴願卷、前審卷本院卷可稽，為可確認之事實。
五、本件兩造之爭重點為：原告所有系爭房屋是否符合房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定免徵房屋稅？原告是否符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準？原告事實上是否具慈善救濟本質及是否從事慈善救濟工作？被告對原告所有系爭房屋課徵96年房屋稅計7,243,825 元，並補徵91年至95年房屋稅計25,080,935元，合計32,324,760元有無違誤？本院判斷如下：
（一）按「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：二、非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3％ ，最高不得超過5 ％。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.
5 ％，最高不得超過2.5 ％。」、「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」、「私有房屋有左列情形之一者，免徵房屋稅：二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」房屋稅條例第5 條第2 款、第6 條及第15條第1 項第2 款分別定有明文。
（二）次按租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。故該規定房屋稅之免徵，應具備：（1 ）須為經立案之私立慈善救濟事業。（2 ）已完成財團法人登記。（3 ）不以營利為目的。（4 ）直接供辦理事業所使用之自有房屋等4 要件。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。
（三）再按「臺灣基督教會附設紀念醫院，如查明完成財團法人登記者，准依照房屋稅條例第15條第1 項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」、「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4 日台財稅第37824 號函示免徵房屋稅。」、「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1 項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」、「紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」財政部64年11月4 日台財稅第37824 號、64年12月19日台財稅第38987 號、71年12月8 日台財稅第38854 號及前臺灣省稅務局68年5 月14日稅三字第34478號函釋在案。核上開函釋，乃財政部基於主管權責，就辦理房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定案件所為之指示，無違租稅法律主義及立法之本旨，稽徵機關辦理相關案件自得援用。
（四）又按內政部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，亦經內政部組織法第4 條及第13條規定甚明，足認慈善救濟事業之立案及監督，在中央原則上應屬內政部掌管事項，且內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函係謂：「……二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2 條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。三、另依本部91年8 月22日台內中社字第0910075289號函針對土地稅捐減免就平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條第1 項規定所為之函釋略以，社會福利事業指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業，並符合下列情形之一: ( 一) 依民法，經社會福利事業主管機關許可設立之社會福利慈善事業基金會興辦福利事業者。( 二)依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法(已修訂為「身心障礙者權益保障法」) 及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣( 市) 社會福利事業主管機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。( 三)財團法人附設前款之社會福利機構興辦社會福利事業者……。四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5 條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」
（五）另按「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」、「本法第46條及第53條所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。醫療法人應於所設立醫療機構之適當處所及相關資訊通路公開前項費用之支用範圍及申請補助作業規定等事項。第1 項各款費用之合計數，不得超過當年度提撥數之40％。」為醫療法第46條及同法施行細則第30條之1 所明定。
又「第5 條第2 項第1 款所定收支餘絀表、第2 款所定損益表之科目分類與其帳項內涵及應註明事項如下：一、醫務收入：指因提供醫療服務所獲得之收入；其認列應依財務會計準則公報第32號規定辦理；支付點值調整及健保核減，應列為門急診收入－健保及住院收入－健保之減項；其科目之分類如下：（一）門急診收入－健保。（二）門急診收入－非健保。（三）住院收入－健保。（四）住院收入－非健保。（五）其他醫務收入－健保。（六）其他醫務收入－非健保。二、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等；其科目性質及應註明事項如下：（一）依職工福利金條例所提撥之福利金與依本法第46條及第53條規定應提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等，應列為費用。（二）財務報表應附註揭露依本法第46條及第53條規定所提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等各項費用之期初提撥金餘額、當期支用金額、當期提撥金額、當期用途明細及期末提撥金餘額，並說明提撥已逾2 年尚未支用之金額等資訊。三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金、文具用品、旅費、運費、郵電費、修繕費、廣告費、水電瓦斯費、保險費、交際費、稅捐、呆帳、折舊、各項耗竭及攤提、伙食費及職工福利等費用。四、非醫務活動收益及費損：指非因提供醫療服務所發生之收益及費損，包括利息收入、投資收入、租金收入、捐贈收入、研究計畫收入、其他非醫務收益、董事會費用、利息費用、租金費用、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分固定資產損益、處分投資損益、減損損失、減損迴轉利益、存貨跌價損失、捐贈費用、募款活動費用及研究計畫費用等。五、利息收入、利息費用及研究計畫收入、研究計畫費用，應分別列示。六、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分投資損益等，得以其淨額列示。七、醫療財團法人應將捐贈收入依捐贈人是否限制捐贈資產之使用用途及限制之程度，分為捐贈收入－未受限、捐贈收入－暫時受限及捐贈收入－永久受限三類。八、所得稅費用，其所得稅之計算、分攤及表達方式，應依財務會計準則公報第22號規定辦理。九、會計原則變動之累積影響數，應單獨列示。十、本期淨利或淨損：指本期之盈餘或虧損。本期淨利或淨損於醫療財團法人，稱為本期餘絀。」為醫療法人財務報告編製準則第20條所規定。
（六）復按機關或團體符合行政院訂定之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2 條規定要件者，其本身之所得及附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅。其中現行教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2 條第1 項第8 款定有「機關團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％」之規定。上開支出比例，依財政部89年6 月1 日台財稅第0000000000號函釋示，係以機關團體「用於與其創設目的有關活動之支出（包括銷售與非銷售貨物或勞務之支出）」占其「創設目的有關收入（包括銷售與非銷售貨物或勞務之收入）加計其創設目的以外之所得額及附屬作業組織之所得額」之比例計算為準。是機關團體之年度收入及支出，如與其創設目的活動有關，均應予以計入支出比例之分母與分子，據以核定其是否符合該條款規定。又醫療財團法人依所得稅法第4 條第1 項第13款及前揭教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2 條及第3 條第1 項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入，符合前述行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。據此，財政部臺灣省北區國稅局核定原告91年至96年度應稅所得額，當課稅所得額均為負數時，依前述規定，屬銷售貨物或勞務以外收入之免稅所得，自未列入計算，但核定本期餘絀數，銷售與非銷售貨物或勞務之收入，均應予以計入，合先敘明。
（七）經查：本件原告所有系爭房屋，於被告辦理96年度房屋稅籍清查時，發現原告係依醫療法第5 條規定，由行政院衛生署核准設立之醫療財團法人，非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，遂以原告所有系爭房屋與房屋稅條例第15條第1 項第2 款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符，乃以原處分核定課徵96年房屋稅計7,243,825 元，並補徵91年至95年房屋稅計25,080,935元，合計32,324,760元等情，此有原處分附於原處分卷可參，足見原處分揆諸前揭規定及說明，並無違誤。
（八）次查：原告係依醫療法第5 條及第11條規定，經主管機關衛生署以73年12月27日衛署醫字第501843號函許可准予設立，並經臺灣花蓮地方法院同意聲請財團法人設立登記，此有法人登記證書及捐助章程附於前程序卷可稽（見前審卷第105 頁至第108 頁）。則原告就系爭房屋未能提出業已向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人之登記，核與前揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋有關「社會福利事業」必須符合「依法經社會福利事業主管機關許可設立」之要件，已有未合，自難認係房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」。又慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告係經衛生署准予設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，此有上開法人登記證書及捐助章程可參，二者分屬單獨成立之財團法人，不容混為一談。原告所提內政部93年7 月1日內授中社字第0930020564號函僅係肯認原告之捐助人慈濟基金會依創設目的經營業務，為辦理具有成績之基金會，惟該函非為原告屬慈善救濟事業之證明，原告雖由慈濟基金會捐助，然非慈濟基金會之附設醫院，自無財政部64年11月4 日台財稅第37824 號及64年12月19日台財稅第3898
7 號函釋之適用。原告僅係經衛生署核准設立之醫療財團法人，而非核准有案之私立慈善救濟事業，縱如原告所稱其確提供濟貧、養老等慈善救濟行為，亦難合致房屋稅條例第15條第1 項第2 款「業經立案之私立慈善救濟事業」之法定要件，故被告依系爭房屋之使用情形，課徵96 年房屋稅，並補徵91年至95年房屋稅，揆諸首揭規定及函釋意旨，尚無不合。
（九）再查：觀諸原告之捐助章程第4 條關於原告業務範圍之規定（見前審卷第105 頁），其業務事項共臚列13項，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告之捐助章程第16條係規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金百分之50餘得撥充社會慈善救濟事業。」即其慈善救濟事業之進行係就決算後之結餘款百分之50為之。縱令原告確有依醫療法及自身章程提撥年度醫療收益結餘10％-50 ％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，惟依財政部85年7 月5 日台財稅字第851116753 號函釋規定：「主旨：
檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：一、財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定免徵房屋稅。」之意旨，須為收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的者，得認屬慈善救濟事業。而房屋稅條例第15條第1 項第2 款乃基於辦理社會福利慈善救助事業者，其營收全部及資本孳息僅能辦理社會福利慈善救助事項，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。查原告收費標準（見本院卷第539 頁）乃根據中央健康保險局之標準向就醫民眾收取自費額，並依該局標準請款，與一般診所收費標準無異，原告僅依醫療法及自身章程提撥年度醫療收益結餘10％-50 ％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，並未將全部收益直接用於各該目的事業，核與房屋稅條例第15條第1 項第2 款立法精神及上開函釋相違。
（十）依財政部臺灣省北區國稅局花蓮縣分局提供原告各年度機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書顯示（見本院卷第166 頁至第174 頁) ，91年至97年核定及98年申報，應稅部分：銷售貨物或勞務收入淨額分別為4,758,100,48
8 元、5,393,628,897 元、6,357,985,606 元、7,718,329,595 元、10,694,090,181元、12,498,201,911元、13,062,860,742元、13,611,645,662元；銷售貨物或勞務支出分別為5,140,186,971 元、5,851,927,581 元、6,956,868,272 元、8,842,050,157 元、11,568,119,412元、12,749,409,038元、12,430,638,524元、13,545,106,493元；課稅所得額分別為負382,086,483 元、負458,298,684 元、負598,882,666 元、負1,123,720,562 元、負874,029,
231 元、負251,207,127 元、0 元（原課稅所得應為632,222,218 元，因扣除前5 年內各期銷售貨物或勞務累計虧損632,222,218 元）、0 元（原課稅所得應為66,539,169元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額66,539,169元）。免稅部分：銷售貨物或勞務以外之收入分別為1,113,697,005 元、1,094,187,704 元、544,553,347元、1,138,021,311 元、1,303,607,721 元、3,292,862,
501 元、4,616,683,529 元、1,185,261,442 元，扣除當年度成本費用或損失（與創設目的有關活動之支出）後餘絀數額分別為731,610,522 元、635,889,020 元、負54,802,882元、13,663,398元、429,096,198 元、3,041,362,
374 元、5,039,515,646 元、1,036,278,365 元，91年至98年累計結餘金額為10,872,612,641元，從原告申報之各年期餘絀處理分析表顯示，其收入結餘均未見全部投入慈善救濟工作，自難謂慈善救濟事業為原告的主要目的事業。
（）再依原告向國稅局申報之96年至97年度機關團體及其作業組織結算書暨查核報告書觀之（見本院卷第196頁至第202
頁)，原告從事醫療服務，收入來源大部分來自醫務收入，並非無償。除首揭醫療法人財務報告編製準則第20條所規定之醫務成本、管理費用、非醫務活動費損，未見帳列有其他之貧困優免或無償救助之支出。再依原告94年及95年比較平衡表觀之（見本院卷第546 頁及第547 頁），原告之待登記基金科目93年至95年分別為1,304,843,788 元、8,712,984,653 元及11,341,812,193元，呈現逐年遞增，惟卻未見原告有撥充社會慈善救濟情事。另由原告帳載91年至98年度平衡表觀之（見本院卷第548 頁），其91年至98年度淨值之變動，由原有永久受限淨值－登記（創設）基金及暫時受限淨值－擴建基金4,983,072,565 元，增加為16,695,066,886元及4,439,912,161 元，亦未見設有社福基金，顯見原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金，足認，原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟為主要目的事業」。原告雖主張歷年來淨值之所以會有所增加，係因慈濟基金會歷年來皆以「專款專用」之方式補助原告建院及擴建資金之需所致，既是「專款專用」於補助原告建院及擴建之用，豈能任意「移作他用」云云，惟原告此項主張縱令屬實，亦不能改變原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金，未見設有社福基金之事實，尚難據為有利於原告之認定。
（）原告雖主張原告91年至98年歷年來累計之慈善救濟支出為1,076,605,771 元，確有持續從事慈善救濟工作云云，並提出慈善救濟支出明細表及慈善救濟執行執告為憑（見本院卷第130 頁及原證79）。惟按，稅捐稽徵程序，稅捐稽徵機關雖依職權調查原則而進行，惟有關課稅事實，多發生於納稅義務人所得支配範圍，稅捐稽徵機關掌握困難，為貫徹公平合法之課稅目的，因而課納稅義務人申報協力義務。房屋稅條例第15條第3 項規定：「依第1 項第1 款至第8 款、第10款、第11款及第2 項規定減免房屋稅者，應由納稅義務人於減免原因、事實發生之日起30日內申報當地主管稽徵機關調查核定之；逾期申報者，自申報日當月份起減免。」此一納稅義務人之申報義務，實為適用優惠稅率規定所必要之稽徵程序，業據司法院釋字第537 號解釋理由闡釋在案。準此，納稅義務人依個別稅捐法規之規定，負有稽徵程序之申報協力義務，實係貫徹公平及合法課稅所必要。原告得否免徵房屋稅之免稅要件事實，亦即實質上是否以從事慈善救濟事業為「主要目的」之相關證據資料，諸如原告直接從事慈善救濟事業之支出、盈餘之實際運用方式、實際提撥於慈善救濟事業之比例，均由原告所管領，自應由原告舉證以實其說。經查：上開慈善救濟統計表及慈善救濟執行報告均係原告自行製作之文書資料，其項目雖載明經濟個案補助費用、器官捐贈補助費用、辦理病友團體費用、社區居家關懷費用、社區公共衛生教育、志願服務教育訓練費用、義診費、社服室費用、諮詢及資源轉介事務費用等，惟各項費用之實際支出情形如何，均未提出各項費用實際支出之單據佐證，無從查知是否確實從事社會慈善救濟事業。
（）復按「（生活扶助之申請）低收入戶得向戶籍所在地直轄市、縣( 市) 主管機關申請生活扶助。」、「具有下列情形之一者，得檢同有關證明，向戶籍所在地主管機關申請醫療補助：一、低收入戶之傷、病患者。二、患嚴重傷、病，所需醫療費用非其本人或扶養義務人所能負擔者。參加全民健康保險可取得之醫療給付者，不得再依前項規定申請醫療補助。」、「醫療補助之給付項目、方式及標準，由中央、直轄市主管機關定之；直轄市主管機關並應報中央主管機關備查。」、「（申請急難救助之條件）具有下列情形之一者，得檢同有關證明，向戶籍所在地主管機關申請急難救助：一、戶內人口死亡無力殮葬。二、戶內人口遭受意外傷害或罹患重病，致生活陷於困境。三、負家庭主要生計責任者，失業、失蹤、應徵集召集入營服兵役或替代役現役、入獄服刑、因案羈押、依法拘禁或其他原因，無法工作致生活陷於困境。四、財產或存款帳戶因遭強制執行、凍結或其他原因未能及時運用，致生活陷於困境。五、已申請福利項目或保險給付，尚未核准期0生活陷於困境。六、其他因遭遇重大變故，致生活陷於困境，經直轄市、縣（市）主管機關訪視評估，認定確有救助需要。」、「（災害救助之條件）人民遭受水、火、風、雹、旱、地震及其他災害，致損害重大，影響生活者，予以災害救助。」社會救助法第10條、第18條、第20條、第
21 條 及第25條分別有明文規定。經查，由原告慈善救濟執行報告觀之（見原證79），原告之醫療社會服務費用明細包括經濟個案補助費用、器官捐贈補助費用、辦理病友團體費用、社區居家關懷費用、社會公共衛生教育費用、辦理社區義診費用及志願服務教育訓練費用等7 項。其中「器官捐贈補助費用」係由原告勸募已沒有救冶希望的病人及其家屬同意捐贈，由原告補助捐贈者醫療費用與喪葬費用（見本院卷第377 頁反面、第378 頁正面) 。次查：
前揭社會救助法第10條規定得申請生活扶助之申請人，以低收入戶為限，第18條規定得申請醫療補助之申請人，以低收入戶之傷、病患者及患嚴重傷、病者為限。原告補助之捐贈者，是否符合上開要件，尚乏相關單據及資料供核，已有未明。另醫療補助之給付項目、方式及標準，由中央、直轄市主管機關定之；直轄市主管機關並應報中央主管機關備查。而器官捐贈補助費並未列入兒童及少年醫療補助辦法、低收入戶及弱勢兒童及少年醫療補助計畫、臺北市市民醫療補助自治條例等相關醫療補助事項，是器官捐贈補助費，尚難認屬醫療補助項目。另原告補助捐贈者醫療費用與喪葬費用顯非災害救助，是否符合急難救助要件，亦乏相關單據及資料佐證，尚有未明。
（）原告另主張所謂「辦理病友團體費用」係由原告醫護團隊結合醫療志工促進相關疾病病友及家屬間的互動與支持，舉辦相關聯誼與講座活動，協助病友、照顧者及家屬學習醫療與藥物常識、照顧技巧及生活適應，結合出院訪視的醫療團隊與社區志工，透過病友團體成員服務，進行多重專業衛教宣導、早日獲得醫治及預防疾病，維護社區居民健康，減少貧病循環，進行全程、全家式的慈善與醫療的服務（見本院卷第378 頁正反面) ；「社區公共衛生教育（未含人力成本）」係由原告醫護團隊結合醫療志工，提供老人、身心障礙者、兒童與青少年之預防保健、家屬衛教、健康講座、早期療育教育及其他衛生教育講座等醫療保健相關資訊，預防流行疾病而施打疫苗、視力篩檢、健康篩檢、團體衛教例如腸病毒、輪狀病毒、登革熱等兒少健康衛生教育及用藥安全衛教( 見本院卷第378 頁正面、第379 頁反面) ，符合老人福利法及身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法等規定云云。惟按「本法所稱老人，指年滿65歲以上之人。」、「本法所稱兒童及少年，指未滿18歲之人；所稱兒童，指未滿12歲之人；所稱少年，指12歲以上未滿18歲之人。」、「本法所稱身心障礙者，指下列各款身體系統構造或功能，有損傷或不全導致顯著偏離或喪失，影響其活動與參與社會生活，經醫事、社會工作、特殊教育與職業輔導評量等相關專業人員組成之專業團隊鑑定及評估，領有身心障礙證明者：一、神經系統構造及精神、心智功能。二、眼、耳及相關構造與感官功能及疼痛。三、涉及聲音與言語構造及其功能。四、循環、造血、免疫與呼吸系統構造及其功能。五、消化、新陳代謝與內分泌系統相關構造及其功能。六、泌尿與生殖系統相關構造及其功能。七、神經、肌肉、骨骼之移動相關構造及其功能。八、皮膚與相關構造及其功能。」老人福利法第2 條、兒童及少年福利法第2 條及身心障礙者權益保障法第5 條，分別有明文規定。關於提供老人之各項服務措施、保護措施等，兒童及少年之保護教養及服務措施及身心障礙者之保健醫療權益，在老人福利法、兒童及少年福利法及身心障礙者權益保障法亦分別定有明文。原告辦理病友團體及社區公共衛生教育之用途及對象是否符合老人福利法、兒童及少年福利法及身心障礙者權益保障法等規定，並未提出此項費用實際支出之單據供核，無從認定此項費用支出之時間、對象、條件及用途，已符合上開規定，尚難認其已盡協力義務。
（）又查：「社服室費用」係原告社服室下設2 組，即「社工組」與「志工組」，負責低收入戶、身心障礙者、老人、兒童及少年等弱勢族群之福利服務，屬於從事醫療慈善救濟或慈善救濟工作的單位，其人事、耗材、差旅事務等相關費用(見本院卷第379頁反面) 。惟此項費用支出之對象係社服室及其人員，並非前揭社會救助法規定之受救助對象即低收入戶、低收入戶之傷、病患者及患嚴重傷、病者，亦非老人福利法及身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法等規定之老人、身心障礙者、兒童及少年。且社服室工作項目為病人與家屬之就醫說明、器官捐贈、遺體捐贈、病理解剖等事務說明及相關諮詢及轉介服務，並非社會救助法規定之「生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助」各項，均核與首揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，未盡相符。其他「社區居家關懷費用（未含人力成本）」：原告醫護團隊結合醫療志工到府為身心障礙者、老人、兒童及少年做醫護保健服務、醫療衛生諮詢、關懷訪視服務(見本院卷第378頁反面) 及義診至國內外各地，例如印尼、越南、菲律賓、巴基斯坦、斯里蘭卡、大陸、合歡山、關山、花蓮縣和平鄉、秀林鄉、石門、三芝、貢寮、雙溪、瑞芳( 見原證79執行報告第5 頁至第12頁) ，均係於醫院外進行醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務，原告自承義診費僅醫材藥品費用(見原證79執行報告第2 頁) ，不符合房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定「直接供辦理事業所使用之自有房屋」之要件。其他貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助（見原證79 執行報告第3頁、第33頁），並非原告對該個案直接行使救助行為，尚難認此屬從事慈善救濟。
（）另按社會救助法第20條授權訂定之「縣( 市) 醫療補助辦法」第3 條所定補助項目為因疾病、傷害事故就醫所生全民健康保險之部分負擔醫療費用或健康保險給付未涵蓋之醫療費用。另依該辦法第5 條規定申請醫療費用辦法時，應檢附相關證明文件向戶籍所在地之鄉( 鎮、市、區) 公所辦理，經核轉縣( 市) 主管機關審查後核發。再依老人福利法第22條授權訂定之「老人參加全民健康保險無力負擔費用補助辦法」第9 條規定，申請部分負擔費用或保險給付未涵蓋之醫療費用補助時……向老人戶籍所在地之鄉( 鎮、市、區) 公所辦理，經核轉地方主管機關審查後核發補助費。又依身心障礙者權益保障法第19條第2 項授權訂定之身心障礙者醫療及輔助器具費用補助辦法第3 條規定，所稱醫療補助係指尚未納入全民健康保險給付範圍內之醫療復健費用。查原告94年度醫療優免轉列慈濟救濟支出統計表之醫療優免措施，較現行社會救助法、老人福利法、身心障礙者權益保障法所規定之補助範圍寬，應係原告基於公益目的而自行辦理之優免措施，核與首揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，未盡相符。
（）原告再主張持續大量訓練醫療志工從事志工服務即為慈善救濟事業云云。惟按，志願服務法第1 條、第3 條、及第
9 條規定：「為整合社會人力資源，使願意投入志願服務工作之國民力量做最有效之運用，以發揚志願服務美德，促進社會各項建設及提昇國民生活素質，特制定本法。」、「本法之名詞定義如下：一、民眾出於自由意志，非基於個人義務或法律責任，秉誠心以知識、體能、勞力、經驗、技術、時間等貢獻社會，不以獲取報酬為目的，以提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務。……三、志願服務運用單位：運用志工之機關、機構、學校、法人或經政府立案團體」、「為提昇志願服務工作品質，保障受服務者之權益，志願服務單位應對志工辦理下列教育訓練：……二、特殊訓練。……。第二款訓練課程，由各目的事業主管機關或各志願服務運用單位依其個別需求自行訂定。」故舉凡提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事自願服務工作，且志願服務運用單位應就個別要求對志工辦理特殊訓練為事理之所然，難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業，是志願服務教育訓練費用不能列入計算。另原告訓練志工乃為提升其醫院之服務品質，且為醫療財團法人為公眾利益應辦之服務事項，與「慈善救濟事業」係以從事慈善救濟為主要目的事業，自不能相提並論。
（）原告又主張：成立骨髓幹細胞中心、安寧療護病房及居家安寧療護為社會福利事業云云。查國內儲存臍帶血的機構，主要分為公益捐贈的臍帶血庫與私人儲存的臍帶血銀行兩大類。前者接受無償捐贈，不指定使用者，只要病患所屬醫院提出申請，即可進行人類白血球抗原（HLA ）配對，中華血液基金會臍帶血庫、和信醫院臍帶血庫、慈濟骨髓幹細胞中心臍帶血庫三大家財團法人，以及永生臍帶血銀行公捐部分即是。又臺灣地區的安寧療護始於72年由康泰醫療教育基金會成立安寧居家療護，臺北馬偕紀念醫院於77年成立安寧照顧小組，79年設立安寧病房與安寧療護基金會；截至99年8 月，臺灣地區安寧緩和醫療住院病床
683 床，安寧居家照護服務機構共66家，安寧共同照護服務機構共73家（見本院卷第540 頁至第545 頁）。此與慈善救濟乃是對貧困或危難之救助，未盡相符。況查，原告提出之醫療社會服務費用支出各項( 見原證79執行報告)，並未列入此項骨髓幹細胞中心、安寧療護病房費用，無從勾稽審核。
（）原告另主張91年至98年歷年來累計之「慈善救濟支出」1,076,605,771 元超過歷年累計「盈餘」698,761,387 元之「大半」，甚至已高出其歷年來累計之「盈餘」甚多，足證該院確為「慈善救濟事業」云云。惟查：政府對醫療財團法人實施租稅優惠政策，如土地稅減免規則第8 條第1項第5款之地價稅減免、所得稅法第4 條第1 項第13款之免徵所得稅、加值型及非加值型營業稅法第8 條第1 項第
3 款之免徵營業稅規定，其主要目的係藉租稅減免之誘因，鼓勵醫院多從事醫療公益服務活動。慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，況前述金額係原告遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1 規定所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1 ％至4％左右，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。是原告主張，委無可採。
（）原告另主張91年至98年歷年來累計之「慈善救濟支出」1,076,605,771 元超過歷年累計「盈餘」698,761,387 元之「大半」，甚至已高出其歷年來累計之「盈餘」甚多，足證該院確為「慈善救濟事業」云云。惟查，政府對醫療財團法人實施租稅優惠政策，如土地稅減免規則第8 條第1項第5款之地價稅減免、所得稅法第4 條第1 項第13款之免徵所得稅、加值型及非加值型營業稅法第8 條第1 項第
3 款之免徵營業稅規定，其主要目的係藉租稅減免之誘因，鼓勵醫院多從事醫療公益服務活動。慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，況前述金額係原告遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1 規定所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1 ％至4％左右，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。是原告主張，委無可採。
（）原告再主張依醫療法第5 條、第11條、第38條第2 項及第46條規定，其已經衛生署許可設立，並向法院登記，係經立案之私立慈善救濟事業，並已完成財團法人登記云云。惟按行為時內政業務財團法人監督準則第2 條（96年5 月30日廢止，現規定於內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點第2 點）規定：「本準則所稱財團法人，係指民政、戶政、役政、社會、地政、性侵害防治、家庭暴力防治、營建、警政、消防業務及其他有關內政業務之財團法人。」、行為時行政院衛生署監督衛生財團法人準則第2 條（96年7 月10日廢止，現規定於衛生財團法人設立許可及監督要點第1 點）規定：「本準則所稱衛生財團法人，係指以從事預防保健、藥物、食品衛生等業務為目的，由捐助人捐助一定財產，經許可設立之財團法人。」、醫療法第1 條規定：「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。本法未規定者，適用其他法律規定。」，顯見衛生署僅為從事醫療、衛生等相關業務之財團法人主管機關，故其私立慈善救濟事業之業務權責機關為內政部。再按「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。……」、「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」分別為醫療法第1 條及第5 條第2 項所明定，可知醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立。至同法第46條雖規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」惟本條係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8 條第1 項第5 款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。且既言「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，則規範提撥下限為收入「結餘百分之十」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之醫療法第46條規定，自不得作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。況依土地稅減免規則第8 條第1項第5 款之免徵地價稅規定，係將「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上，並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。是原告自不能以其已依醫療法規定，經衛生署許可設立，並向法院登記，即屬經立案之私立慈善救濟事業。
（）原告又主張：內政部已明白表示原告是否符合「立案之私立慈善救濟事業」，須由其主管機關衛生署認定，而衛生署已作成96年12月5 日衛署醫字第0960053851號函釋，明白認定原告係慈善救濟事業云云。惟查，行政院衛生署96年12月5 日衛署醫字第0960053851號函係謂：「主旨：有關財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業乙案，復如說明段，請查照。說明：……二、查醫療法第46條規定略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。』爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為其目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。
三、復查貴部64年11月4 日臺財稅第37824 號及同年12月19日臺財稅第38987 號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」等語。而原告已辦理財團法人登記，且不以營利為目的，然已辦理財團法人登記之醫療財團法人，固得認具公益性質，但並非即當然為經立案之慈善救濟事業，且醫療法第46條亦不得作為醫療財團法人即當然為慈善救濟事業之依據，均已如上述，故原告此部分之主張，並無可採。
（）原告復主張：依財政部64年12月19日台財稅第38987 號函釋規定，教會附設醫院之診療室、病房、值夜宿舍均被認為直接供醫院使用之房屋而得免徵房屋稅，原告雖非財政部上開64年11月4 日及64年12月19日函釋所稱教會，但上開函釋已將教會附設醫院定位為慈善救濟事業，並無細究從事慈善救濟事業支出所占醫療收入之比率，一律准予免徵房屋稅，本件應可比照辦理云云。惟查，財政部64年11月4 日臺財稅第37824 號函及同年12月19日臺財稅第3898
7 號函固分別謂：「臺灣基督教會附設紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第15條第1 項第2 款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」、「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日臺財稅第37824 號函示免徵房屋稅。」係針對有為財團法人登記之教會所附設之醫院為釋示，即其似認教會屬經立案之慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定之要件，核與本件係屬醫療財團法人，係經醫療財團法人許可之事實有別，故原告此部分之主張，亦無可採。
（）原告又主張：財政部71年12月8 日台財稅第38854 號函釋已表明醫事財團法人得適用房屋稅條例第15條第1 項第2款規定云云。惟查，財政部71年12月8 日台財稅第38854號函釋示：「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1 項第2 款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」等語在案，並未肯認醫事財團法人即當然屬經立案之慈善救濟事業。故原告此部分之主張，容有誤解。
（）原告又主張：內政部96年函釋所指「本部上開相關規定」無論是社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法，都就「醫療」設有規定，列為社會福利重要工作項目之一，所以「醫療」本身就是符合96年內政部函所指「本部上開相關規定」云云。惟查，醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立，已如前述。又醫療法第46條雖規定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，是上述所為之服務事項支出，係於該醫療財團法人年度醫療收入結餘後，方提撥10％作為醫療救濟服務，其與「慈善救濟事業」係以從事慈善救濟為主要目的事業，自不能相提並論。
（）原告再主張：歷年「醫療社會服務費用」占收入及支出之比例遠高於經財政部核定為屬慈善救濟事業之大多數教會醫院，認定原告非屬慈善救濟事業，有違租稅公平原則云云。經查，慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，況所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1 ％左右，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。
（）復按「行政法上之平等原則，並非指絕對、機械之形式上平等，而係指相同事物性質應為相同之處理，非有正當理由，不得為差別待遇而言；如果事物性質不盡相同而為合理之各別處理，自非法所不許。」最高行政法院95年判字第446 號判決意旨參照。另按財政部98年4 月9 日台財稅字第09804526600 號函示：「……又案經行政院衛生署前揭函略以：『……本署現管具教會背景之各醫療財團法人，多陸續由其他部會主管改隸本署主管。所有宗教財團法人附設醫療機構於改隸本署前即免徵房屋稅。前開改隸本署主管醫療機構，係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，其所屬之財團法人公益性亦未嘗稍異，其自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損……』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。三、本案之適用對象為……旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」上開函釋係就原屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件原告原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別。從而本件尚無比附援引前述財政部釋函免徵房屋稅之餘地。另財團法人老人扶療養院業經內政部主管機關認定屬社會福利事業，與原告非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，二者情形不同。是原告主張其歷年來慈善救濟支出皆高於財政部上開函釋核定若瑟醫院、高雄基督教信義醫院、天主教耕莘醫院、基督長老教會新樓醫院、聖保祿修女會醫院等教會醫院，財團法人老人扶療養院亦有收費，原處分有違租稅公平原則云云，核無足採。
（）末按「公有房屋供左列各款使用者，免徵房屋稅：……四、公立學校、醫院、社會教育學術研究機構及救濟機構之校舍、院舍、辦公房屋及其員工宿舍。」、「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：一、業經立案之私立學校及學術研究機構，完成財團法人登記者，其供校舍或辦公使用之自有房屋。」、「私立醫學院附設醫院房屋，如經查明該醫學院已依法辦妥財團法人登記，該醫院房屋稅應准依照房屋稅條例第15條第1 項第1 款規定，予以免徵。
」為房屋稅條例第14條第1 項第4 款、第15條第1 項第1款所明定及財政部62年01月19日台財稅第30490 號令所明定。查臺大醫院係國立臺灣大學醫學院附設醫院，屬公立醫院性質，適用房屋稅條例第14條第1 項第4 款免稅規定；中山醫院係中山醫學大學附設醫院，依上開財政部令釋，如經查明該醫學院已依法辦妥財團法人登記，該醫院房屋稅應准依照房屋稅條例第15條第1 項第1 款規定，予以免徵。原告係經衛生署准予設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，性質非屬公立醫院或私立醫學院附設醫院，尚難與臺大醫院、中山醫院免徵房屋稅情形比附援引。
（）至原告主張本業經營虧損，即其無以營利為目的一節，查機關團體有無繳納所得稅之義務，並非僅依其登記事業名稱是否為財團法人或營利事業而定，而係取決於有否營業之事實，如有營業事實，即應依法繳納所得稅，原告是否經營虧損並無礙認定原告有營業之事實，且原告收費標準乃根據健保局標準向就醫民眾收取自費額，並依健保局的標準向健保局請款，與一般診所收費標準無異，實已具備營利之行為及目的，是原告並不符合「不以營利為目的」之要件。
（）末查：財團法人臺灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會馬偕紀念醫院96年及98年醫務淨利為949,311,254 元及378,368,489 元轉盈為虧之原因，經查係因減除董事會費用、利息費用、捐贈費用、其他非醫務活動損費、研究計畫費、……等非醫務活動費損，其中捐贈費用占該非醫務活動費損比例，分別為94.66 ％及67.95 ％（見本院卷第
245 頁）。是原告主張被告自行創設標準致馬偕紀念醫院經營轉虧為盈云云，容有誤解，不足採信。
六、綜上，原告所訴各節，均非可採，原處分認事用法核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷訴願決定及原處分關於課徵91年至96年房屋稅逾148,875 元部分，為無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列。原告請求被告舉證證明2 家以上業經免徵房屋稅的基督教附設醫院，執行了那些符合96年內政部函所指「本部上開相關規定」之慈善救濟工作一節。依財政部98年4 月9 日臺財稅字第09804526600 號函釋係就原經核准立案屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損，核與本件原告原即屬醫療財團法人之事實有別，是本院認原告此部分之聲請，核無必要；又原告聲請本院向內政部函詢下列事項：1.最高行政法院認為依內政部組織法第4 條及第13條規定，慈善救濟事業之中央主管機關為內政部，其見解是否正確？2.最高行政法院及賦稅機關認為醫療財團法人是否慈善救濟事業，應以慈善救濟事業主管機關內政部認定為準，貴部是否認同？還是應以何機關之認定為準？3.房屋稅條例第15條第1 項第2 款所稱「慈善救濟事業」是否限於「社會福利事業」？4.貴部是否房屋稅條例第15條第l 項第2 款所稱慈善救濟事業之主管機關？有無法律明文規定？5.已向衛生署立案且向法院為財團法人登記之醫療財團法人( 教會醫院或慈濟醫院) ，依房屋稅條例第15條第1 項第2 款是否應再向內政部立案？等事項，惟查：上開事項乃法律適用之問題，因適用法律為法院之職權，故本院認原告此部分之聲請，核無必要；另原告聲請向內政部函查原告慈善救濟執行報告內容是否符合貴部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨？惟查：上開慈善救濟統計表及慈善救濟執行報告均係原告自行製作之文書資料，其項目雖載明經濟個案補助費用、器官捐贈補助費用、辦理病友團體費用、社區居家關懷費用、社區公共衛生教育、志願服務教育訓練費用、義診費、社服室費用、諮詢及資源轉介事務費用等，惟各項費用之實際支出情形如何，均未提出各項費用實際支出之單據佐證，無從查知是否確實從事社會慈善救濟事業，本院業已認定如前述，自無再行函查之必要，故本院認原告此部分之聲請，亦無必要，均附此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，第218 條，民事訴訟法第385 條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 10 月 25 日
臺北高等行政法院第一庭
審判長法 官 王立杰
法 官 楊得君法 官 許麗華上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 100 年 10 月 25 日
書記官 林淑盈