臺北高等行政法院判決
100年度訴更一字第67號
101年7月5日辯論終結原 告 南港輪胎股份有限公司代 表 人 翁文雄（董事長）訴訟代理人 周銀來 會計師
劉桂纓 會計師被 告 財政部臺北市國稅局代 表 人 吳自心（局長）訴訟代理人 呂淑惠
林佳娟張雪梅上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國98年7月23日台財訴字第09813509070號訴願決定，提起行政訴訟，經本院98年度訴字第1947號判決原告之訴一部有理由、一部無理由，兩造對於不利判決部分，均表不服，各提起上訴，案經最高行政法院除駁回原告上訴部分外，廢棄原判決，發回本院重行審理，本院判決如下：
主 文訴願決定、復查決定及原處分關於未認列原告93年度營利事業所得稅結算申報台北南鴻輪胎股份有限公司之投資損失有關原始投資新台幣（下同）玖佰肆拾貳萬捌仟伍佰陸拾柒元部分均撤銷。
原告其餘之訴駁回。
第一審及發回前上訴審訴訟費用除確定部分外，由被告負擔百分之七十三，餘由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：原告起訴時，被告之代表人為陳金鑑，嗣變更為吳自心，並由吳自心承受訴訟，有其提出之聲明承受訴訟狀附卷可稽，核無不合，應予准許。
二、事實概要：原告93年度營利事業所得稅結算申報，原列報其他費用新臺幣（下同）127,957,357 元及投資損失1,638,842,924 元，經被告分別核定為125,148,855 元及1,595,885,115 元；另92年度未分配申報，原列報當年度應納之營利事業所得稅0元及未分配盈餘168,926,823 元，經被告分別核定為945,47
3 元及167,981,350 元，補徵10% 營利事業所得稅898,198元。原告不服，申請復查，未獲變更。原告仍表不服，惟嗣後撤回92年度未分配盈餘部分，就93年度營利事業所得稅之其他損失及投資損失部分，提起訴願，亦遭駁回，遂向本院提起行政訴訟。經本院前審以98年度訴字第1947號判決「訴願決定及原處分（包含復查決定）關於台北南鴻輪胎股份有限公司與國竣建設股份有限公司投資損失認列金額少於新台幣參億零壹佰玖拾玖萬玖仟玖佰參拾元部分均撤銷。原告其餘之訴駁回。訴訟費用由被告負擔十分之九，餘由原告負擔。」；原告及被告對於不利判決部分均表不服，向最高行政法院提起上訴，案經最高行政法院以100 年5 月26日100 年度判字第815 號判決「原判決關於撤銷訴願決定及原處分暨該訴訟費用部分均廢棄，發回臺北高等行政法院。南港輪胎股份有限公司之上訴駁回。駁回部分上訴審訴訟費用由南港輪胎股份有限公司負擔。」。
三、兩造聲明：㈠原告聲明：
1.訴願決定、復查決定及原處分關於未認列原告93年度營利事業所得稅結算申報台北南鴻輪胎股份有限公司（下稱南鴻公司）、國竣建設股份有限公司（下稱國竣公司）之投資損失有關原始投資12,922,409元部分均撤銷。
2.第一審及發回前上訴審訴訟費用除確定部分外，餘由被告負擔。
㈡被告聲明：
⒈訴願決定、復查決定及原處分關於未認列原告93年度營
利事業所得稅結算申報南鴻輪胎公司之投資損失有關原始投資9,428,567元部分均撤銷。
⒉原告其餘之訴駁回。
⒊第一審及發回前上訴審訴訟費用由原告負擔。
四、原告主張：㈠經查，原告在南鴻及國竣公司之原始投資成本分別為11,9
99,930元及290,000,000 元，因經營不善致該兩家公司歷年之「累積虧損」分別為-33,645,062 元及-310,893,233元，負債與資產比分別為：149.98/100及145.45/100，負債總額均大於實際資產總額。為健全財務結構，南鴻與國竣兩公司原擬採直接減資方式消除公司歷年之虧損，惟按經濟部90年月9 日4 商字第09002185470 號函及82年2 月25日商0000000 號函意旨，基於永續經營理念，不擬辦理重整或破產程序，南鴻與國竣兩公司股東會決議以先增資提高公司每股淨值（南鴻公司淨值為2.1131元；國竣公司淨值為0.00020 元），再依公司法之規定辦理減資，並經目的事業主管機關核准在案。
㈡南鴻與國竣兩公司因公司歷年虧損之金額已全額侵蝕原始
投資成本，且負債總額遠大於資產總額，依公司法之規定不得直接辦理減資，才依規定增資後再辦理減資，被告以本件增資後旋即辦理減資產生投資損失，顯與一般常態投資有違為由否准系爭投資損失之認列，與營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第99條規定不符，逾越法定裁量範圍：
按實務上，一般公司若有鉅額虧損時，為吸引新股東投入資金參與公司的經營，虧損公司會先辦理減資將公司歷年之累積虧損打銷，改善財務結構，提高公司淨值後，再辦理增資以引進新股東及資金之掖注。虧損公司因在減資時已將公司歷年之累積虧損打銷，故增資股東所投入之新資本才不會吸收虧損公司歷年之虧損。然而，南鴻與國竣公司在減資前公司歷年累積虧損已侵蝕其原始資本，致公司每股淨值為負數且負債遠大於資產，為健全公司之財務結構，原擬直接辦理減資，惟：
⒈本件誠屬個案原因不同，在增、減資前南鴻與國竣兩公
司之虧損已全額侵蝕原始投資資本，就經濟實質上而言，公司之資本已為零之狀態下，依經濟部90年9 月4 日商字第09002185470 號函之規定，本件是不得直接進行減資程序。再者，再增減資前系爭南鴻與國竣公司之負債總額遠大於資產之情況下，依經濟部82年2 月25日商0000000 號函「增資須能改善至實際資產總額不少於負債總額」之規定，南鴻與國竣公司基於永續經營之目的，故不進行破產程序，則依公司法之相關規定，先辦理增資改善公司財務結構後，再進行減資程序，其增減資程序並經目的事業主管機關核准在案，導致本件有別於一般公司之先減資再辦理增資程序。
⒉次按公司因減資彌補虧損其投資損失之認列，依查核準
則第99條第1項第1~2款之規定，取有被投資事業之減資彌補虧損之證明文件（證明股東原出資額已折減）為已足。然查核準則第99條並無被告所稱：「增資後旋即辦理減資產生投資損失，顯與一般常態投資有違」而無上揭投資損失適用之限制規定。
⒊另公司之增、減資程序，係屬公司法所規範事項，故營
利事業辦理增減資作業，皆應遵循公司法相關規定辦理。經濟部商46671 號函即已闡釋，公司辦理減資係股本總額之減少，並非專指設立或某次增資股款之減少。雖然「公司減資之效力與公司投資損失是否已實現，係屬不同範籌之事項」，但當查核準則第99條第1 款及第2款「原投資額折減」應取具「減資證明文件」之規定，則已將兩者之關係連結一起，取具合法有效之減資證明方可作為判定投資損失之認列要件，因而公司增、減資之規定，就須遵循公司法相關規定。
⒋經查，本件係以減資方式彌補虧損，並不實際返還資金
予股東，全體股東（即增資股東與原始投資股東）均同，於減資時皆係取得增資前公司歷年的虧損，故對全體股東而言，已發生投資損失（鈞院卷第179 頁，證1 ），符合查核準則第99條第1 款「原投資已折減」之規定。因本件取有主管機關核准之減資證明，足證南鴻及國竣兩公司之出資額已折減，符合查核準則第99條第1 款及第2 款投資損失之認列要件。換言之，南鴻及國竣兩公司之所以未能先減資再增資，實是依法不能也，而非不為也。是被告猶以本件增資後旋即辦理減資產生投資損失，顯與一般常態投資有違為由否准系爭投資損失之認列，除昧於現實與實務規定不符外，亦與查核準則第99條之規定悖離，徒增法律所無之限制外，其核定亦違反行政程序法第8 條「信賴保護原則」，自屬違法。⒌按行政程序法第10條之規定，被告所稱常態或非常態投
資，無論是就所得稅法規或公司法等相關規定，均不見有無被告所稱之「先減資再增資」是常態投資或「先增資再減資」則是非常態投資之定義與規範。且查核準則第99條投資損失認列之規定，亦無被告所稱：「增資後旋即辦理減資產生投資損失，顯與一般常態投資有違」，而無投資損失之適用。基於行政處分不得牴觸稅法規定之法律優位原則之下，原核若質疑系爭標的無上揭投資損失之適用，也應循修法途徑解決，以杜爭議。基於本件減資彌補虧損案，業已取得目的事業主管機關核發之減資證明，且行為時查核準則第99條亦無：「增資後旋即辦理減資產生投資損失，顯與一般常態投資有違」，而無投資損失適用之規定，足證被告之核定已逾越查核準則第99條投資損失認列之規定，逾越法定之裁量範圍，其核定自屬違法。
㈢被告以原始投資成本計入投資損失之計算，形成增減資前
實際已發生之投資損失不得全額認列，顯與被告之立論基礎及法規悖離：
經查，被告核定系爭投資損失時，以公司虧損後始投入之投資，因對其出資額並未減損，並非投資損失已實現之實際投資成本，自難計入投資損失總額計算投資損失，僅將原始投資成本計入財政部台財稅字第09604531560 號函之「實際投資成本」，因而核定南鴻公司投資損失計9,428,
567 元；國竣公司投資損失計289,077,521 元，該核定違法之處在於：
⒈經查，被告以原始投資成本計入投資損失計算之結果，
導致本件系爭減資成本中屬原始投資成本之部分總計301,999,930 元（南鴻計：11,999,930元，國峻計290,000,000 元），於增資前皆屬實際參予經營已發生之損失，但被告僅追認298,506,088 元之投資損失（南鴻計9,428,567 元，國峻計289,077,521 元），尚餘3,493,84
2 元原始投資成本，同屬於增減資前實際參予經營所發生之損失，卻不能認列之違誤，除與查核準則第99條規定不符外，顯與被告核定之立論基礎悖離，益發突顯被告僅以原始投資成本計入投資損失計算，有其邏輯上之矛盾，其核定自屬違誤。
⒉系爭新增投資成本雖係在公司虧損已造成後始投入之投
資，然不能否認增資投資成本在兩公司減資前，確係原告之實際投資成本的事實。況且，無論是查核準則第99條第1 項「原出資額」，或財政部台財稅字第09604531
560 號函之「實際投資成本」，及經濟部73年11月29日商46671 號函之「減少股份總額…並非專指設立或某次增資所繳納某種股款之減少」，均未將增資投資成本排除在減資前實際投資成本之列。
⒊由附表1 計算式之結果，足證被告核定違誤之處，因此
，本件增資前南鴻與國峻公司之累積虧損金額均超過原始投資成本，此為被告所不爭。增資前南鴻與國峻公司其累積虧損佔原始投資成本之比例分別為-280.38%及-1
07.2% （見附表1 計算式a ），南鴻公司虧損之比例遠較國峻公司為高，但依被告核算之結果：南鴻公司只能認列相當於原始投資78.57%（即9,428,567 元）之投資損失，國竣公司反而可認列相當於原始投資99.68%（即289,077,521 元) 之投資損失（見附表1 計算式b ），形成累積虧損佔原始投資成本之比例較低之國竣公司，反而可認列之投資損失金額，遠高於南鴻公司之不合理結果。
⒋無論是查核準則第99條第1 項「原出資額」，或財政部
台財稅字第09604531560 號函之「實際投資成本」之範圍，並未限縮為原始投資成本，且經濟部73年11月29日商46671 號函之「減少股份總額…並非專指設立或某次增資所繳納某種股款之減少」，亦未將增資投資成本排除在減資前實際投資成本之列。
⒌綜上，足見被告以原始投資成本計入投資損失之計算，
形成增減資前實際已發生之投資損失不得全額認列，顯與被告之立論基礎及所得稅法對投資損失認列之相關規定悖離，其核定自屬違法。
㈣本件係屬93年度之營所稅事件，但被告以非行為時之法規
台財稅字第09604531560 號函為核定本件之依據，捨棄查核準則第99條有關投資損認列之規定，違反「程序從新，實體從舊」之稅法適用原則，其核定難謂適法：
按行政程序法第159 條第1 項之規定、法務部100 年7 月11日法律決字第1000018548號函意旨，經查，本件係屬93年度之營利事業所得稅事件，有關投資損失之認列，依行為時查核準則第99條第1 項第1 款及第2 款之規定，取有被投資事業之減資證明文件（證明股東原出資額已折減）為已足。惟被告核定本件時，以增資部分「將公司虧損後始投入之投資，因對其出資額並未減損，並非投資損失已實現之實際投資成本」，自難計入財政部96年6 月29日台財稅字第09604531560 號函之「實際投資成本」，故將南鴻與國竣公司之「原始投資成本」計入台財稅字第09604531560 號函之「實際投資成本」計算投資損失，被告違誤之處在於：
⒈被告核定本件之依據即財政部96年6 月29日台財稅字第
09604531560 號函，該號函是在98年11月30日始收錄於「所得稅法令彙編」，在正式收錄於「所得稅法令彙編」前，該號函僅係財政部對五區國稅局所為之規範，即行政系統內部有關之抽象事項之規範，並非法規範，屬行政程序法第159 條所規定之行政規則，其行為時之效力，依行政程序法第159 條所規定，僅具對內效力，並非直接對外發生效力，⒉如前所述，財政部台財稅字第09604531560 號函在未納
入98年度「所得稅法令彙編」前，因只是行政規則，非屬財政部及各權責機關在98年9 月15日以前發布之所得稅釋示函令（鈞院卷第181 頁，證3 ，財政部98年9 月15日台財稅字第09804580080 號令) ，因不具法律位階，復未有法律授權依據，參照法務部100 年7 月11日法律決字第1000018548號函意旨，且迄未依行政程序法第
174 條之1 規定改按法律規定或以法律明列其授權依據後修正或訂定，準此，台財稅字第09604531560 號函當自98年11月30日前即對外不生法律效果。
⒊本件係屬93年度之營所稅事件，但被告以非行為時之法
規台財稅字第09604531560 號函為核定本件之依據，而捨棄查核準則第99條有關投資損認列之規定，違反「程序從新，實體從舊」之稅法適用原則，其核定難謂適法。更遑論財政部台財稅字第09604531560 號函係：「以實際投資成本乘以減資比例計算」，而非以「原始投資成本乘以減資比例計算，且該號函所稱之「實際投資成本」，並未將投資成本區分為原始投資成本與增資成本，或虧損後增資投入資本無上揭令之適用，與經濟部73年11月29日商46671 號函之「減少股份總額…並非專指設立或某次增資所繳納某種股款之減少」，均未將增資投資成本排除在減資前實際投資成本之列。職是，被告自行將南鴻與國峻之「原始投資成本」取代財政部台財稅字第09604531560 號函之「實際投資成本」計算投資損失，其核定自屬違法云云。
㈤提出財政部新聞稿、法務部100年7月11日法律決字第1000
018548號函、財政部98年9月15日台財稅字第09804580080號令等件影本為證。
五、被告主張：㈠本件經最高行政法院100 年度判字第815 號判決「將原判
決關於撤銷訴願決定及原處分暨該訴訟費用部分均廢棄，發回臺北高等行政法院。原告之上訴駁回，駁回部分上訴審訴訟費用由原告負擔。」；另依發回更審理由為原判決於理由認定將二公司原始投資全部均准予認列損失，其超過減資比例部分有違背法令而應予廢棄（該判決第8 頁第14行）…發回鈞院依判決意旨，重新計算關於南鴻公司與國竣公司得認列之投資損失額後，另為適法之判決（同頁倒數第4 行）。是原告就增資部分之投資損失上訴已由最高行政法院判決駁回確定在案，系爭範圍應僅限於南鴻公司及國竣公司原始投資部分之投資損失。
㈡被告訴之聲明部分：
經查，被告已於訴願決定認列國竣公司投資損失289,077,
521 元，復於行政訴訟階段（98年9 月15日本院前審準備程序庭諭）依減資比例追認南鴻公司9,428,567 元，是原告原始投資部分301,999,930 元被告已依減資比例核認投資損失298,506,088 元。就原告訴之聲明內容，被告請求駁回投資損失屬原始投資未認列12,922,409元（原始投資301,999,930 元－原處分認列投資損失289,077,521 元）中逾9,428,567元部分。
㈢按「公司非依股東會決議減少資本，不得銷除其股份；減
少資本，應依股東所持股份比例減少之。…」，行為時公司法第168 條第1 項定有明文。又按「股份有限公司減少資本，依公司法第168 條第1 項規定應依股東所持股份比例減少之，…是以，尚不得由公司或股東選擇減少特定來源之股票。」，經濟部93年2 月10日經商字第0930201847
0 號函所明釋。是個別股東因減資所減少之持股比例（持有之銷除股數/ 持有之全部股數）應與公司減資比例（全部銷除股數/ 全部股數）相同，且減資所銷除之股份，尚不得由公司或股東選擇減少特定來源之股票，縱其為特定投資人亦應受此拘束。本件系爭投資損失被告依財政部96年函釋，增資部分因核屬非常態投資改以實質課稅原則計算因無損失致不適用，其原始投資部分按減資銷除比例計算如下：
⒈南鴻公司投資損失部分：
被告原以南鴻公司減資後淨值並未折減，核定該部分投資損失0 元。案經鈞院98年9 月15日行準備程序庭諭，以南鴻公司93年5 月減資彌補虧損，致原告減少持股3,299,993 股，然其減少持股並非全源自93年3 月增資，應就82年度原始投資部分重行審酌，經被告依南鴻公司93年5 月10日股東常會議紀錄（第601 頁）案由一說明第二行，「銷除股份3,300,000 股，由原股東按減資基準日股東名簿記載之持股比例減除，每仟股約減除785股（即每股約減除0.785 股，不滿一股者，以一股計）…」，是以減資比例約當785/1000。依原告提示之南鴻公司減資前後彙總明細表（第633 頁）得知，其減資比例應為3,300,000/4,200,000 ，然其餘股東減資後依該會議紀錄所載持有股數均為零，是被告以原告被銷除股數3,299,993 股占其原全部持有股數4,199,993 股計算其實際減資比例，重新計算原告可追認之投資損失為9,428,567 元（82年原始出資額12,000,000元×3,299,993/4,199,993）。
⒉國竣公司投資損失部分：
被告以國竣公司減資結果，原告原出資額雖已折減，惟該公司自增資日至減資日此段期間，股東權益（公司淨值）幾無變動，亦即原告參與現金增資部分之投資並無損失，核定投資損失為289,077,521 元。案經鈞院98年
9 月15日行準備程序庭諭，應就原始投資部分重行審酌。按國竣公司93年6 月30日股東會會議事錄（第582 頁）六、討論事項第三案說明第一行，「…，銷除股本31,000,000股，由原股東按減資基準日股東名簿記載之持股比例減除，每仟股約減除996.78股，計算至股為止。
…」，是以減資比例約當996.78/1000 。依原告提示之國竣建設股份有限公司減資前後彙總明細表（第648 頁），其減資比例應為31,000,000/31,100,000 ，經其計算後，實際原告減資銷除股數為29,903,540股。是被告以原告被銷除股數29,903,540股占其原全部持有股數30,000,000股計算其實際減資比例，重新計算投資損失為289,067,553 元（87年原始出資額290,000,000 元×29,903,540/30,000,000 ）較被告原核定該部分投資損失289,077,521 元為低，基於行政救濟不利益變更禁止原則，仍維持原核定。
⒊經查，原鈞院以98年訴字第1947號判決，認應將原始投
資部分全數計入投資損失，判決撤銷原訴願決定及原處分。經被告以該判決未依減資比例計算，係屬違背法令為由上訴，獲最高行政法院支持，最高行政法院並於理由中表明就原始投資部分發回鈞院依判決意旨依財政部96年6 月29日台財稅字第0960453160號函釋，另為適法之處分。
㈣至原告主張南鴻公司累積虧損比例遠較國竣公司為高，經
被告核算後南鴻公司僅能認列相當於原始投資78.57%，而國竣公司反而可認列相當於原始投資99.68%乙節，按該比例係為該二公司之減資比例，被告據以計算原始投資成本投資損失金額，核屬有據。另原告認為被告以非行為時之96年6 月29日台財稅字第09604531560 號函釋作為核定本件之依據，違反「程序從新，實體從舊」原則部分，按行政主管機關就行政法規所為之解釋，應以法條固有之效力為其範圍，並自法律生效之日有其適用，該96年6 月29日台財稅字第09604531560 號函釋係財政部基於法律授權，為執行行為時所得稅法第24條第1 項及營利事業所得稅查核準則第99條規定，針對投資損失之認定、舉證方式及計算原則等所為技術性、細節性事項之規定，並未逾越所得稅法等相關規定之範圍及目的，是效力係自法規生效之日有其適用，原告主張，顯係誤解。
㈤綜上，本件被告以原告投資南鴻公司及國竣公司原始投資
成本依減資比例計算，予以追認南鴻公司投資損失9,428,
567 元，併計原處分已核認國竣公司原始投資成本投資損失289,077,521 元，合計原始投資部分投資損失為298,506,088 元（9,428,567 元＋289,077,521 元），變更核定投資損失為1,605,313,682 元並無不合（參附表2 ）等語。
六、按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」，行為時所得稅法第24條第1 項定有明文。次按「未實現之費用及損失，除第50條之存貨跌價損失，…第99條第4 款之國外投資損失準備，及其他法律另有規定或經財政部專案核准者外，不予認定。」；「費用及損失，未經取得原始憑證，或經取得而記載事項不符者，不予認定。」；「投資損失應以實現者為限，其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。」，行為時查核準則第63條第1 項、第67條第1 項前段及第99條第1 款設有規定。又所稱投資損失應以實現者為限，係指投資後被投資公司所發生之損失之實現而言。若為投資前已發生之損失，既非投資者投資後並實際參與經營所發生之損失，即非此之所謂投資損失。投資後有無損失，自應以被投資公司之淨值與投資日後被投資公司辦理減資之淨值，核算有無損失。另按「二、依營利事業所得稅查核準則第99條第1 款規定，投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。上開投資損失之計算，屬被投資事業虧損而減資者，應以實際投資成本乘以減資比例計算之；屬被投資事業清算者，應以實際投資成本減除清算後實際分配金額計算之。三、營利事業如經查明確有不當藉被投資事業增資、減資或清算等方式認列投資損失，以規避或減少其在中華民國境內之納稅義務之情事者，應就個案情形，依實質課稅原則核認其投資損失。
」，復經財政部96年6 月29日台財稅字第09604531560 號函釋在案，該函釋核與相關法規，並無不合。是以該函釋所稱實際投資成本，係指投資損失已實現之實際投資成本，如公司虧損已造成後，始投入之投資，因對其出資額並未減損，並非投資損失已實現之實際投資成本，自難計入投資損失總額計算投資損失。
七、原告訴請撤銷訴願決定、復查決定及原處分關於南鴻公司及國竣公司有關增資部分，業經最高行政法院駁回原告上訴，業已確定：
原告雖主張其在南鴻公司及國竣公司新增投資成本雖係在兩公司虧損已造成後始投入之投資，然不能否認增資投資成本在兩公司減資前，確係原告之實際投資成本云云。惟查，本件經最高行政法院100 年度判字第815 號判決，將原判決關於撤銷訴願決定及原處分暨該訴訟費用部分均廢棄，發回臺北高等行政法院，原告之上訴（即原告有關南鴻公司及國竣公司增資部分）駁回，駁回部分上訴審訴訟費用由原告負擔。另依發回更審理由為，原判決於理由認定將二公司原始投資全部均准予認列損失，其超過減資比例部分有違背法令而應予廢棄（該判決第8 頁第14行以下）…從而，應將原判決關於撤銷訴願決定及原處分部分予以廢棄，發回原法院依本判決意旨，重新計算關於南鴻公司與國竣公司得認列之投資損失額後，另為適法之判決（同頁倒數第5 行以下）。是原告就有關南鴻公司及國竣公司增資部分之投資損失上訴，已由最高行政法院判決駁回確定在案。故本件審理之範圍，應限於原告有關南鴻公司及國竣公司「原始投資」部分之投資損失，合先敘明。
八、前揭事實概要所載各情，為兩造所不爭，且有上開各該文件、原處分、復查決定書及訴願決定書等件影本附原處分卷及訴願機關卷，及本院前審判決、最高行政法院判決附本院前審案卷及最高行政法院案卷可稽。茲依前述兩造主張之意旨，就下列各點敘明判決之理由。
九、原告訴請撤銷訴願決定、復查決定及原處分關於未認列原告93年度營利事業所得稅結算申報南鴻公司之投資損失有關原始投資9,428,567元部分，為有理由：
㈠原告主張本件系爭減資成本中，屬於原告原始投資成本之
部分（南鴻公司及國竣公司兩家公司總計301,999,930 元）於增資前全數皆屬實際參與經營已發生之損失，被告僅核認以原始投資成本乘以減資比例之部分，於法有違云云。按「公司非依股東會決議減少資本，不得銷除其股份；減少資本，應依股東所持股份比例減少之。…」，行為時公司法第168 條第1 項定有明文。又按「股份有限公司減少資本，依公司法第168 條第1 項規定應依股東所持股份比例減少之，…是以，尚不得由公司或股東選擇減少特定來源之股票。」，有經濟部93年2 月10日經商字第09302018470 號函釋可參，核與相關法規，並無不合。準此，個別股東因減資所減少之持股比例（持有之銷除股數/ 持有之全部股數）應與公司減資比例（全部銷除股數/ 全部股數）相同，且減資所銷除之股份，尚不得由公司或股東選擇減少特定來源之股票，縱其為特定投資人亦應受此拘束，先予敘明。
㈡經查，本件原告93年度營利事業所得稅申報，原列報投資
損失1,638,842,924 元（原處分卷第513 頁），其中投資南鴻公司投資損失32,999,930元（每股投資成本10元×減資消除股數3,299,993 股，原處分卷第606 頁），經被告調查結果，以原告係82年4 月間以每股10元投資南鴻公司1,199,993 股，持股比例99.99%，嗣南鴻公司於93年3 月間以每股10元辦理現金增資30,000,000元（3,000,000 股，原處分卷第605 頁），旋即於同年5 月間以每股10元銷除股份3,300,000 股（原處分卷第601 頁），因而產生投資損失，與一般「先行減資，再行增資」之常態投資情形（用以取信及保護新進投資人）有違，且依南鴻公司增資日93年3 月23日及減資日5 月7 日資產負債表所載，增資後每股淨值2.113 元〔增資後淨值總額8,875,203 元÷(1,200,000股＋3,000,000 股) ，原處分卷第645 頁〕，減資後每股淨值10.845元〔減資後淨值總額9,760,280 元÷
(1,200,000 股＋3,000,000 股－3,300,000 股) ，原處分卷第637 頁〕大於原告每股投資成本10元，每股投資額並未減損；國竣公司投資損失299,035,400 元（每股投資成本10元×減資消除股數29,903,540股，原處分卷第607頁），經被告調查結果，以原告係87年6 月間以每股10元投資國竣公司29,000,000股，嗣國竣公司於93年7 月間以每股10元辦理現金增資10,000,000元（1,000,000 股，原處分卷第582 頁），旋即於同年8 月間以每股10元銷除股份31,000,000股（原處分卷第582 頁），因而產生投資損失，與投資常態有違，且依國竣公司增資日93年7 月23日（原處分卷第659 頁）及減資日93年8 月24日（原處分卷第652 頁）資產負債表所載，增、減資前後每股淨值均為
0 元（負數以零計），增資前國竣公司每股淨值既已為負數，原告現金增資部分之出資額並未折減，經重行計算國竣公司投資損失289,077,521 元〔每股投資成本10元×(增資前股數29,000,000股×減資比例31,000,000股/31,100,000 股) 〕。據此，被告乃核定原告之投資損失為1,595,885,115元（原處分卷第670 至671 頁），合先敘明。
㈢本件原告主張之原始投資損失為301,999,930 元，嗣被告
分別於本件起訴之前認列國竣公司之原始投資損失，復於行政訴訟階段追認南鴻公司之原始投資損失（參見附表2）。惟系爭原始投資損失，依據前揭規定及說明，應按減資銷除比例計算，茲說明如下：
⒈有關南鴻公司投資損失部分：
被告原以南鴻公司減資後淨值並未折減，核定該部分投資損失0 元。案經被告於本院前審程序復為審查，以南鴻公司93年5 月減資彌補虧損，致原告減少持股3,299,
993 股，然其減少持股並非全源自93年3 月增資，應就82年度原始投資部分重行審酌，經被告依南鴻公司93年
5 月10日股東常會議紀錄（第601 頁）案由一說明第二行，「銷除股份3,300,000 股，由原股東按減資基準日股東名簿記載之持股比例減除，每仟股約減除785 股（即每股約減除0.785 股，不滿一股者，以一股計）…」，是以減資比例約當785/1000。依原告提示之南鴻公司減資前後彙總明細表（第633 頁）得知，其減資比例應為3,300,000/4,200,000 ，然其餘股東減資後依該會議紀錄所載持有股數均為零，是被告以原告被銷除股數3,299,993 股占其原全部持有股數4,199,993 股計算其實際減資比例，重新計算原告可追認之投資損失為9,428,
567 元（82年原始出資額12,000,000元×3,299,993/4,199,993），核無不合。
⒉有關國竣公司投資損失部分：
被告以國竣公司減資結果，原告原出資額雖已折減，惟該公司自增資日至減資日此段期間，股東權益（公司淨值）幾無變動，亦即原告參與現金增資部分之投資並無損失，核定投資損失為289,077,521 元。案經被告於本院前審程序，就原始投資部分重行審酌，按國竣公司93年6 月30日股東會會議事錄（第582 頁）六、討論事項第三案說明第一行，「…，銷除股本31,000,000股，由原股東按減資基準日股東名簿記載之持股比例減除，每仟股約減除996.78股，計算至股為止。…」，是以減資比例約當996.78/1000 。依原告提示之國竣建設股份有限公司減資前後彙總明細表（第648 頁），其減資比例應為31,000,000/31,100,000 ，經其計算後，實際原告減資銷除股數為29,903,540股。是被告以原告被銷除股數29,903,540股占其原全部持有股數30,000,000股計算其實際減資比例，重新計算投資損失為289,067,553 元（87年原始出資額290,000,000 元×29,903,540/30,000,000 ）較被告原核定該部分投資損失289,077,521 元為低，基於行政救濟不利益變更禁止原則，仍維持原核定，亦無不合。
⒊原告雖主張南鴻公司累積虧損比例遠較國竣公司為高，
經被告核算後南鴻公司僅能認列相當於原始投資78.57%，而國竣公司反而可認列相當於原始投資99.68%，為不合理云云。經查，前開比例係該二公司之減資比例，被告據以計算原始投資成本投資損失金額，核屬有據。原告復主張被告以非行為時之96年6 月29日台財稅字第09604531560 號函釋作為核定本件之依據，違反「程序從新，實體從舊」原則云云。按行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規之原意，固應自法規生效之日起有其適用（司法院釋字第287 號解釋參照）。經查，財政部96年6 月29日台財稅字第09604531560 號函釋，係財政部基於法律授權，為執行行為時所得稅法第24條第1 項及營利事業所得稅查核準則第99條規定，就投資損失之認定、舉證方式及計算原則等所為技術性、細節性事項之規定，並未逾越該等規定之範圍及目的，是該函釋應自法規生效之日有其適用。原告上開主張，核係誤解，均非可採。
⒋綜上，本件有關原告原始投資損失部分，被告於本件起
訴之前業經認列國竣公司投資損失289,077,521 元，已如前述（參見附表2 ）。本件被告復於行政訴訟階段，依減資比例追認南鴻公司9,428,567 元（參見附表2 ），被告此部分之追認，核屬認諾。按「當事人於言詞辯論時為訴訟標的之捨棄或認諾者，以該當事人具有處分權及不涉及公益者為限，行政法院得本於其捨棄或認諾為該當事人敗訴之判決。」，行政訴訟法第202 條定有明文。經查，本件原告原始投資損失有關南鴻公司原始投資部分，應依減資比例追認9,428,567 元，已詳前述。而本件營利事業所得稅超過此部分之核定，既有誤差，此部分核屬被告具有處分權且不違反公益，依前揭規定，本院自得就此部分本於被告之認諾而為其敗訴之判決。又查，依前所述，本件原告所列原始投資部分301,999,930 元，被告已依減資比例核認投資損失298,506,
088 元。除被告認諾即依減資比例追認9,428,567 元外，原告訴請被告核認未予認列12,922,409元（原始投資301,999,930 元－原處分認列投資損失289,077,521 元），其逾被告認諾之9,428,567 元部分，核屬無據。是以原告訴請撤銷訴願決定、復查決定及原處分關於未認列原告93年度營利事業所得稅結算申報南鴻公司之投資損失有關原始投資9,428,567 元部分，為有理由，逾此部分之請求，則無理由。
十、原告其餘訴請撤銷訴願決定、復查決定及原處分之請求，為無理由：
綜上所述，本件被告以原告投資南鴻公司及國竣公司原始投資成本依減資比例計算，予以追認南鴻公司投資損失9,428,
567 元，併計原處分已核認國竣公司原始投資成本投資損失289,077,521 元，合計原始投資部分投資損失為298,506,08
8 元（9,428,567 元＋289,077,521 元，並變更核定投資損失為1,605,313,682 元，參見附表2 ），於法並無違誤。原告就訴願決定、復查決定及原處分關於未認列原告93年度營利事業所得稅結算申報南鴻公司之投資損失有關原始投資9,428,567 元部分，訴請撤銷，為有理由，應予准許。原告其餘訴請撤銷訴願決定、復查決定及原處分之請求，為無理由，應予駁回。
、本件事證，已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法，經審酌對於本件判決結果並不生影響，爰不予逐一論列，附此敘明。
據上論結，本件原告之訴為一部有理由、一部無理由，依行政訴訟法第202 條、第98條第1 項前段、第104 條，民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 7 月 19 日
臺北高等行政法院第五庭
審判長法 官 徐瑞晃
法 官 鍾啟煒法 官 蕭忠仁上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 101 年 7 月 19 日
書記官 蕭純純