臺北高等行政法院判決
100年度訴字第1729號101年5月24日辯論終結原 告 中華開發金融控股股份有限公司代 表 人 陳木在（董事長）訴訟代理人 陳惠明 會計師
袁金蘭 會計師林瑞彬 律師被 告 財政部臺北市國稅局代 表 人 吳自心（局長）訴訟代理人 顏利真
吳定陽上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國100年8月11日台財訴字第10000050540號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：被告代表人原為陳金鑑，於訴訟進行中變更為周賢洋（副局長）、吳自心，茲據新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要：緣原告依金融控股公司法（下稱金控法）第49條規定，與其子公司合併辦理92年度營利事業所得稅結算申報。原告列報營業收入新臺幣（下同）10,544,732元、兌換虧損369,068,306 元及「第58欄」（投資收益減除相關營業費用及利息支出後淨額）0 元，經被告初查核定5,330,970,64
0 元、312,397,895 元及4,661,148,637 元。子公司大華證券股份有限公司（下稱大華證券公司）列報「第58欄」（遞延（迴轉）認購權證交易所得）98,829,997元，經被告初查核定為負342,338,757 元。原告合併結算申報課稅所得額虧損4,188,696,789 元，經被告初查核定虧損3,031,580,353元，應退稅額42,294,882元。原告不服，申請復查，未獲變更，向財政部提起訴願仍遭駁回，乃依法提起本件行政訴訟。
三、原告主張：㈠原告依金控法第49條規定，與其子公司大華證券公司合併辦
理92年度營利事業所得稅結算申報，遭被告核定調整下列項目：將原告申報之兌換虧損金額369,068,306 元調整核定為312,397,895 元；認定原告為以投資或有價證券買賣為專業之營利事業，並計算投資收益應分攤之營業費用及利息為659,277,271 元。；否准原告子公司大華證券，自認購權證權利金收入508,000,000 元下扣除認購權證避險損失411,146,
368 元及相關營業費用30,022,386元。原告不服，循序提起本件行政訴訟，爰敘明理由如下。
㈡有關原告營業費用及利息支出分攤至投資收益項下部分：
⒈從金融控股公司成立之背景可證，金融控股公司與一般投資
公司不同，係在法律架構下給予金融機構跨業經營之機制：⑴查金控法第1 條：「為發揮金融機構綜合經營效益，強化
金融跨業經營之合併監理，促進金融市場健全發展，並維護公共利益，特制定本法。」是以，為因應金融交叉行銷之世界潮流，強化我國金融業競爭力，特制定金控法，以促進金融組織功能再造，發揮金融機構綜合經營效益，強化金融跨業經營之合併監理，促進金融市場健全發展及維護公共利益，以期健全金融市場之穩健發展。又金控法設立之緣起係因財政部體認我國金融業無論就規模經濟(economics of scale)或範疇經濟(economics of scope)，不僅均嫌偏小，且欠缺得以整併之法律機制；加上WTO 入會談判之承諾，我國一旦獲准入會，金融市場即須對WTO 所有會員國開放，此將使國內金融業者曝露於不對等之競爭。基於此等決策思維，財政部爰積極推動整併法制之立法，於90年7 月9 日公布施行金控法，創設以金融控股公司持有子公司之架構，俾便發揮銀行、證券及保險等金融機構綜合經營效益，提供金融機構異業結合之平台以擴大範疇經濟提高國際競爭力，並利於金融跨業之合併監理。由上，金控法乃係專為金控公司所制定，依該法第2 條，有關金控公司之設立、管理及監督應優先適用金控法，從而應將金控法視為對於金控公司之最高位階特別法，是金控公司的根本大法，如其他法律與之牴觸應以金控法之規定為準，此為正確解讀本件爭議應掌握的第一個原則。
⑵我國加入世界貿易組織（WTO ）後，國內金融業將面臨國
外金融集團之競爭壓力，如能提供金融機構跨業經營之機制，應能進而提升國內金融機構之國際競爭力，惟如由單一金融機構綜合經營（例如由銀行兼營證券或保險業務），在經營上仍有其基本缺點，因銀行、證券或保險所面臨之營業風險及所需之人才類型等均不相同，經營上較難整合，且各業務之經營風險不同，亦應避免跨業經營之風險波及存款人，危及金融安全網，因此我國所建立之金融業跨業經營方式主要係採控股公司之制度，透過金融控股組織結合資本及資源，藉由共同行銷、資源交互運用及設備共用等方式，不但可達規模經濟，亦可滿足金融消費者一站購足服務之目標。
⑶綜上所述，金融控股公司之制度實為強化我國金融機構競
爭力所設，金融控股公司及各該子公司之架構係將管理機制放置於金控公司，並依金控法及主管機關規定管理各子公司，有關政策執行、資本適足、風險控管、績效經營、整合行銷都由金控公司負責，透過法律架構將金控公司建構為金融集團之總管理處地位，有其法律之特殊性，實不能將其與一般投資公司等同視之，應先闡明。
⒉依金控法第49條連結稅制之立法意旨，被告之核定顯與租稅中立原則有違：
⑴按金控法如與其他法律牴觸，應以金控法之規定為準，此
為正確解讀本件爭議應掌握的第一個原則。復按金控法第49條之規定：「金融控股公司持有本國子公司股份，達已發行股份總數百分之九十者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之年度起，選擇以金融控股公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅申報。
」此為連結稅制之明文，其立法意旨係指金控集團既依立法意旨視為同一實體，自不應另以個體視之而增加整體集團之租稅負擔。連結稅制之設立目的乃係「貫徹租稅中立」，欲達到的具體目標則為對於金控公司及子公司視為一個經濟實體，並「使此經濟實體所繳納之所得稅應與一個分設不同部門之公司相同」，此為正確解讀本件爭議應掌握的第二個原則。
⑵查「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40
條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則」第4 點之說明，指出由於選擇合併申報所得稅之母子公司，基本上應視為同一納稅主體，在計算合併申報所得額時，應消除合併申報成員相互間之交易損益及投資收益，惟現行所得稅法第42條規定公司組織間之投資收益不計入所得額課稅，因此無須就消除合併申報成員相互間投資收益再訂定其他規定。由此觀之，顯見在連結稅制下係藉由所得稅法第42條規定來「消除」申報個體間之投資收益，且財政部93年7 月5 日台財稅第0000000000號函，亦採同一見解認投資收益之認定應排除獲配自合併申報公司間之投資收益，是以就金控法第49條立法意旨，是項投資收益本不應存在，惟被告於系爭年度係認定原告獲取之投資收益係屬其營業收入，仍是將金融控股公司與各子公司視為各自獨立之個體，並未依金控法第49條之立法精神，將金融控股公司與適用連結稅制之子公司視為經濟上之同一實體，致使企業依法成立金融控股公司後，反遭課予預期外之稅負，此種作法不僅違反法律之信賴保護原則，其論理亦顯違連結稅制精神及租稅中立原則。
⒊原告係依金控法第26條股份轉換方式成立，系爭損費多屬原
本金融機構應執行之遵循作業支出，既然金控法第49條立法意旨視各公司為同一實體，與公司「內部」部門無異，則就不應再以個體視之，將其損費視為屬金控法立法意旨下不應存在之投資收益項下之損費，進而使原金融機構應納稅額增加。鑑於我國現行金融機構如要進行跨業經營，金融控股公司架構為唯一之選項，金融控股公司須依照金控法及主管機關發布之行政規定管理各子公司，舉凡有關金融政策執行、資本適足、風險控管、績效經營、整合行銷等事務皆由金融控股公司負責規劃、辦理及帶領各旗下子公司施行，換言之，實質上金融控股公司類似總管理處且與子公司係共同進行整體金融業務，其成立目的絕非在獲取投資收益。綜上所述，就經濟實質而言，金融控股公司只是扮演著將盈餘扣除原屬金融機構法律遵循相關遵循作業費用後轉交給金融控股公司股東之導管而已，且該部分盈餘已於前一年度子公司申報所得時申報較原本金融機構還高之所得課稅，係屬金融控股公司集團內之已稅所得，如因子公司之盈餘分配而致金融控股公司須另外認列營業收入，則將造成同一筆所得於不同年度重複認列之不合理現象。立法者雖藉由現行所得稅法第42條股利所得不計入所得課稅之規定予以彌平此種實質上不應存在之特別法所賦予之投資收益，惟被告將其以一般投資收益視之，致原本在金融機構得認列之相關損費因依普通法之所得稅法而歸屬於投資收益項下不得認列，此已違反稅捐稽徵法第12條之1 。
⒋財政部96年7 月10日台財稅第00000000000 號函之規定（下
稱96年函釋），實有違金控法第49條之立法意旨，被告援引並全數剔除原告申報之營業費用及利息支出，實非適法：
⑴依100 年11月23日公布之稅捐稽徵法第1 條之1第2 項及
第3 項規定，本案有關原告92年度結算申報「第58欄」之計算不應適用財政部96年函釋規定。蓋以該條文第2 項及第3 項之修正乃基於保護納稅義務人之信賴，而明定財政部發布解釋函令如有變更先前已發布之解釋函令之法令見解且不利於納稅義務人者，不得追溯既往適用。按金控法第36條規定，經營投資及管理相關轉投資事業，尚非屬以有價證券買賣為業；其於申報營利事業所得稅時，除可直接合理明確歸屬於投資及對被投資管理之各項支出，得自投資收益項下減除外，免分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。該函所釋並未就金融控股公司是否適用連結稅制而有所區別，惟如前揭所述，金控法第49條，其立法意旨即要打破金控集團母子公司個體上之藩籬，視各子公司為同一實體之不同部門，部門間何來有投資收益之關係，足證財政部前揭函釋漠視金控法第49條之立法意旨，將連結稅制架構在獨立個體所得相加之框框下，再援引其函釋剔除原告全數營業費用及利息支出，進而增加其租稅負擔，實非當初立法者之原意。
⑵本案為92年度結算申報案件，而被告維持原處分（復查決
定）最重要之法令依據係財政部96年函令，惟該函令係變更行為時92年所發布「非」以有價證券買賣為專業之營利事業有關投資收益應減除之費用或利息之歸屬方式，從直接歸屬變更為直接合理明確歸屬，依新修正之稅捐稽徵法第1 條之1 第3 項與同條第2 項後段之規定，96函令不應適用於本案。蓋前揭92年函令發布後，依司法院大法官會議釋字第287 號解釋追溯適用於本案無爭議，惟就92年函令規定係將營利事業區分為非以有價證券「買賣」為專業及以有價證券「買賣」為專業做不同之歸屬確認，如為非以有價證券買賣為專業者（即本案之原告），其規定為「除直接歸屬之費用或利息，應自投資收益項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用或利息」，原告既屬非以有價證券買賣為專業之營利事業，除得「直接」歸屬之費用或利息外，不必分攤一般營業發生之費用或利息，而依被告答辯狀頁8 行23所述，本案系爭營業費用及利息支出係無法直接歸屬於投資收益；今96年函令發布後，卻特定對金控公司變更見解，針對非以有價證券買賣為專業之金控公司不再是僅限於直接歸屬之費用或利息應自投資收益項下減除，而將其見解從「可直接歸屬之費用或利息」擴大至「可直接合理明確歸屬之各項支出」均須歸屬於投資收益，造成被告可以用「合理」「明確」等不確定概念來將原告之大多數營業費用及利息支出認定應列於投資收益項下，對納稅義務人確已嚴重造成不利益。由上，96年函令係變更92年函令且不利於納稅義務人至為明確。
⑶綜上，既原告非屬以有價證券買賣為業，原告各項費用及
利息支出無法直接歸屬於投資收益下，應於審理本案時依民國100 年11月25日施行之稅捐稽徵法第1 條之1 第2 項及第3 項之規定，不應適用財政部變更見解後不利於金控業者之96年函令，被告竟未予審酌，不應適用96年函令而予以適用，已構成適用法規顯有錯誤之情形，另縱被告謂92年函令規定免將可合理歸屬之支出歸屬於投資收益，惟基於所得稅法第24條配合原則，系爭支出仍應歸屬於投資收益，惟所得稅法第24條為一原則性的規定，因法律無法鉅細靡遺地規範所有可能之交易，此時本有賴解釋函令予以補充如何具體實踐，以92年函令而言，其部分功能即在於補充規範非以有價證券買賣為專業之營利事業，其投資收益如何具體實踐所得稅法第24條，以及適用所得稅法第24條後之法律效果為何，而非逕自獨立於所得稅法第24條之外，故本案並無在92及96年函令外另創其他費用歸屬見解之餘地，併予敘明。
⒌被告不應因所得稅法並無合併財報概念為由，而不去貫徹金控法連結稅制意旨：
⑴今被告於答辯書聲稱本案被告係依所得稅法及合併申報處
理原則相關規定之核定，而無違租稅中立原則，亦無違金控法第49條之立法意旨，惟原告不禁要問如採單一公司兼營多項金融業務之架構，公司總管理處之營業費用及利息支出在稅上認列被告會剔除嗎？今因金控法架構下，原告不得不將上開單一公司拆開，分設金控公司及子公司，基於管理功能而將總管理處機制放在金控公司，此時，金控公司之營業費用及利息支出卻驟然變為全數不得認列，以致採金控架構經營整體所繳納之所得稅遠高於單一公司經營，實不知被告所稱並未悖離了特別法金控法制定連結稅制之最終目的-租稅中立原則所持論述何在？⑵退萬步言，原告已將其系爭年度所發生之損費，按直接合
理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出及無法直接合理明確歸屬之各項支出予以區分，非屬直接合理明確歸屬投資及對被投資事業管理之各項支出，至少應予以認列查原告系爭年度除取自被投資公司之盈餘分配數額，5,320,425,908 元（不計入所得）外，尚有董監事車馬費收入3,808,000 元（應稅）、服務收入6,736,732 元（應稅）及利息收入43,934,841元（應稅），而系爭年度發生營業費用及利息支出合計660,583,915 元，原告依96年函釋規定，如以費用發生性質觀之，可直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出係各項耗竭及攤提183,610,317 元及其他營業費用7,251,323 元，合計190,861,640 元（詳證物四，被告系爭年度各類損費歸屬明細表），其餘469,722,275 元則屬無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，原告○○○區00000000段即未改變。按訴願決定理由貳、四、（五）「惟查訴願人未能就其當年度為因應法規監理所產生必要支出之事實即關聯性提出合理說明，並檢附完整資料供核…」否認原告所區分之可直接及無法直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出，惟原告亦已於被告核定調查階段時提供各項費用歸屬原因說明被告參考（詳證物四），扣除前述190,861,640 元，其餘係屬申請人設立之開辦費攤提數、申請人本身營運資金之利息支出、委外辦理股務之支出、會計師律師專業服務費、董監事會議費及其他為維持公司基本運作、遵循相關法令規定執行控管功能或作集團經營策略整體規劃之必要性支出，以上各項費用之明細與組成，申請人亦已於最初原始申報之損益科目查核說明列舉說明，此部分為無法直接合理明確歸屬至投資事業，是以原告已盡稅法上協力說明義務及舉證責任，於法並無違誤，訴願決定認定原告未能提出合理說明並檢附完整資料供核，顯有誤會。
⑶另查訴願決定書理由貳、四、（三）所示「則訴願人92年
度發生之營業費用及利息支出合計660,583,915 元中，除增資中華開發工業銀行股份有限公司所發生之海外可轉換公司債之債券發行成本攤銷數183,610,317 元及部分支出7,251,323 元等業經訴願人肯認可直接合理歸屬於投資事業之各項支出外，其餘營業費用（包含薪資支出、租金支出、文具用品、旅費、郵電費、修繕費、廣告費、…專業服務費、服務作業費用、…董監事費用及會議費等）及利息支出雖非與被投資事業自身相關，然就該經濟事實，應屬為成就訴願人各該主要營業活動行為所生之各項支出；…且訴願人之主要營業收入來源亦為子公司獲利有盈餘非配予股東（母公司，即原告）之投資收益，則就該等隨營業必然發生之各項支出實質以觀，誠難謂其非屬可直接合理歸屬於訴願人投資及被投資事業管理行為之範疇…」，因此縱使被告承認部分營業費用（包含薪資支出、專業服務費、董監事費用、開辦費及股務作業費用等）及利息支出非與被投資事業相關，被告仍認定原告系爭年度營業費用及利息支出應屬成就原告各該主要營業活動行為所生之各項支出，而應予以核認為屬直接合理明確歸屬至投資收益項下。惟原告在此必須強調，倘若被告見解為金融控股公司主要營業收入為子公司分配給母公司之投資收益，而營業費用與利息支出係隨營業收入而發生，進而認定金融控股公司發生之所有營業費用與利息支出皆應歸屬至投資收益項下，則可顯見被告未能了解金控法之立法精神，按金控法係屬特別法，應優先適用，被告未了解特別法之立法意旨，詎逕行適用普通法之所得稅法第42條，實有適用法規錯誤之違法。
⒍被告未逐項考量費用實際發生性質，與財政部100 年6 月30
日台財稅第00000000000 號函內涵有別，另原告92年度申報之營業費用主要係公司債發行成本攤銷數、開辦費攤提、股務作業費、法律財務顧問費、董監事費用、股東會支出及其他營業費用等，利息支出係籌措營運資金而借入款項之利息費用，實無法直接合理明確歸屬至投資事業之相關支出，非屬96年函釋之範圍，被告卻無法具體說明為何是項費用應與被投資公司直接相關，如被告僅因原告系爭年度長期投資收益占營業收入比例達99.89%等比重，逕認原告全數營業費用與利息支出均與投資收益有關，則財政部96年函釋說明二形同具文，只要依說明三後段要求納稅義務依收入比例逕行分攤即可，足證被告核定顯有未當。
⒎進一步言，依金控法第49條連結稅制之精神，以及實質課稅
原則暨租稅中立原則，即使屬原告可直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出，不應全數剔除進一步言之，被告縱能舉證原告前開營業費用及利息支出確與特定轉投資事業有關，則依金控法第49條連結稅制之精神及實質課稅暨租稅中立原則，亦應依該轉投資事業屬免稅業務之費用比率予以調減，被告卻未依行政程序法第36條對原告有利及不利事項加以注意，反而在無法指摘原告說明有錯誤之前提下，逕以無實質意義之比例推論，將原告之營業費用411,663,349 元及利息支出248,920,566 元直接歸屬至免稅之投資收益項下，等同剔除前開費用，影響原告權益至鉅，原告實難甘服。
⒏就兌換虧損金額自369,068,306 元調整核定為312,397,895元之部分：
⑴按「兌換利益以實際發生之收益為準；其僅係因匯率調整
而發生之帳面差額，免列為當年度之收益。」「一、兌換虧損應以實現者列為損失，其僅係因匯率之調整而產生之帳面差額，不得列計損失。…」為營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第29條第1 項及98條第一點所明訂。
依前開規定可知，營利事業兌換損益之認列須以「已實際發生者」為限，如僅因匯率差異而發生之帳面金額差異，不論損益均屬未實現。另按財政部68.06.22台財稅第3413
8 號函規定「營利事業將所取得之外匯存入政府指定銀行或動用該外匯時，均應以當日之匯率作為折算新台幣之基礎列帳。」及財政部68.04.16台財稅第32380 號函「國內外進銷貨直接於外匯存款戶內支、存，應按支、存當日之匯率作為折算新台幣之基礎。其因支、存匯率不同所發生之兌換盈虧，依營利事業所得稅結算申報查核準則第29及第98條之規定，應列為收益或損失；若僅係因匯率調整而發生之帳面差額，以其並非實際發生之損益，可免列為當年度之收益或損失。」⑵原告之海外可轉換公司債，其分別於91年6 月及7 月於盧
森堡以每張票面金額美金壹仟元發行，共計發行總額為美金512,160 仟元，而該海外可轉換公司債於92年到期時（證物七，本院卷，頁85-86 ），發行人即原告係直接借入美金款項存入美金外幣活期帳戶及美金之備償專戶以贖回該債券而支付予債券持有人（證物八，本院卷，頁87-101），原告贖回海外可轉換公司債相關之兌換損益，並不能獨以該贖回交易而為判斷，舉例而言，如原告借入100 美元，按當時匯率入帳新台幣3,300 元，因到期而另借入美元100 元予以償還，按當時匯率32元計算則雖帳面上會認列100 元之兌換利益，惟此僅為匯率調整而發生之帳面差額，並未實際以新台幣3,200 元清償債務而實際「省下」
100 元，未來只要美元兌台幣之匯率一有變動，則該損益將隨之變動，此與損益之「實現」定義有明顯差異。原告系爭年度申報之兌換虧損計369,068,306 元即包含外幣活存部位已實現兌換虧損6,549,626 元、海外可轉換公司債已實現兌換虧損362,263,680 元及買匯所產生之已實現兌換損失255,000 元，均係依前述各稅法規定認列之，被告僅因海外可轉換公司債贖回而認兌換利益之實現，逕而調整加回原告海外可轉換公司債之未實現兌換利益，實有論理上之錯誤，被告以此論理調整原告兌換損益之核定，顯有再為審酌之必要。
⑶原告系爭年度有關外幣存款帳戶所產生已實現及未實現兌
換損益，完全符合查核準則第98條之規定，被告不應在無合理理由之下，將外幣存款部位期初未實現而遞延至本期實現之兌換虧損6,549,626 元予以剔除：按查核準則第98條第一點及第二點之規定「一、兌換虧損應以實現者列為損失，其僅係因匯率之調整而產生之帳面差額，不得列計損失。二、兌換虧損應有明細計算表以資核對。有關兌換盈虧之計算，得以先進先出法或移動平均法之方式處理。
…」。原告就外幣存款帳戶所產生之已實現及未實現兌換虧損，均一致的以先進先出法處理，其外幣存款帳戶之以前年度未實現兌換虧損6,549,626 元（業於以前年度自行帳外調整遞延而未認列），依先進先出法已於系爭年度轉為已實現，故原告於系爭年度將其迴轉認列為已實現之兌換虧損，並無不當及任何違反法令之處，被告顯失率斷且未能昭公信，實難服人。
⑷倘被告認其原核定調整為正確，則應准原告之前後年度營
利事業所得稅更正申報（即91年度及93年度），否則顯然使原告同一筆兌換利得重複列入92年度及93年度二年度之營利事業所得稅申報中，及另一筆兌換虧損自始均無法於91年度及92年度任一年度認列，顯違反稅法規定並對原告顯有不公。退萬步言，倘被告仍認定其原核定調整－將原告當年度未實現兌換利得50,120,785元調整為已實現，並將其當年度已實現兌換損失6,549,626 元調整剔除不予認定，則應准原告更正其前後年度有關該二筆兌換損益，蓋原告於系爭年度之前一年度（即91年度）營利事業所得稅申報時，係將該筆兌換虧損6,549,626 元認定為未實現而自行於帳外調整剔除，並業經被告核定，而該兌換虧損於系爭年度實現時竟遭被告否准認列，而原告91年度案件已逾核課期間且已進入上訴階段，雖原告未就兌換虧損項目申請復查，惟依被告核定之邏輯，仍可依職權按稅捐稽徵法第28條第2 項規定准予原告於系爭年度之前一年度（即91年度）認列該等兌換損失，否則該筆兌換損失即自始均未得由原告於任何一年度認列，實不合理；此外，原告之兌換利得50,120,785元雖由原告於系爭年度列為未實現，惟原告已於次一年度（即93年）將其迴轉為已實現兌換利得並納入其所得，故若被告堅持該筆兌換利得係於系爭年度實現，則自應另為核定將原告次一年度已認列實現之同額兌換利得予以調減，以維行政程序法第9 條對當事人有利及不利情形一律注意之原則，從而，被告於系爭年度所調整之兌換利得及虧損，其與原告之申報狀況僅係時間上暫時性差異，如被告認定其調整方式為正確，則亦應一併調整原告前後年度兌換損益之認列情況，方為正辦，否則整體觀之即有顯然錯誤並對原告極為不公。
㈢就被告將大華證券認購權證避險部位損失中411,146,368 元
，以及發行部門營業費用32,713,495元及支援部門營業費用分攤2,751,284 元按權證發行部門應免稅收入比例（15.35%：84.65%）分攤之金額計30,022,386元，否准於應稅權利金收入項下減除之部分：
⒈按現行證管法令規定，符合證券交易法第15、16條綜合證券
商之資格者，得於法令授權下，針對已在證券交易所上市之公司股票發行認購權證。所謂「認購權證」係指投資人支付一定數額之權利金購買發行人所發行之認購權證，而該權證係表彰投資人有「依其設定之條件，於到期日內或約定之到期日，向權證發行人按約定價格認購一定數量之標的股票」之權利。亦即，投資人得依其對該標的股票未來市場價格之預期而決定購買該認購權證，致不論認購權證到期日當天標的股票股價如何，均享有得以約定價格向權證發行人購買約定數量標的股票之權利，如此便可在標的股票股價如其所預期上漲至高於約定認購價格時，選擇認購並享有該等價差之利益，並將最大風險鎖定在認購權證之權利金（亦即當標的股票股價低於約定認購價格時可選擇不執行履約，便只有損失認購權證之權利金），其餘風險則轉由發行券商負擔。
⒉由上可知，認購權證之價值隨標的股票價格而變動，當標的
股票價格上漲，因認購權證持有人享有以相對較低價格認購標的股票之權利，故對認購權證投資者有利（其向發行券商買得約定之標的股票後，得至證券市場出售並賺取套利空間），但對發行券商不利（其必須以低於目前市場價格之約定價格將標的股票出售予投資人）。反之，當標的股票價格下跌時，則持有認購權證之投資者得以特定價格認購而獲益之空間變小，甚至無認購之利益（當標的股票實際價格跌至低於約定價格時，認購權證投資人將選擇認賠已付出之權利金，而不要求履約），故對權證投資者不利，但對發行券商有利。因此，認購權證之價值與標的股票價格係呈同向之變動，而該變動對於投資人及發行券商之影響恰好是相反的，雙方均負有一定之風險，惟投資人所負之最大風險可預知並以已付出之權利金為限，但發行券商雖取得權利金收入，其最大之履約成本及風險卻無上限，故進行避險策略實有其必要性及正當性，是以，主管機關方制定下段之風險沖銷規定以供遵循。
⒊按認購權證發行人，向臺灣證券交易所股份有限公司（下稱
證交所）申請同意其擬發行之認購權證上市時，依行為時之發行人申請發行認購（售）權證處理準則第10條規定，俟證券交易期貨委員會（現已改制為行政院金融監督委員會證券期貨管理局）核給其發行認購權證之資格，再向證券交易所申請同意其發行計畫後，始得辦理發行及銷售。又行為時臺灣證券交易所股份有限公司認購（售）權證上市審查準則（以下簡稱審查準則，詳證物十）第4 條第2 項第4 款、第8條第1 項第7 款及第9 款、第10條第1 項第5 款第8 目分別規定：「發行人申請認購（售）權證發行人資格之認可…提出預定之風險沖銷策略。」、「發行人申請發行認購（售）權證資格者，如有下列各款情事之一者，本公司得不予同意其資格之認可：…五、發行人無適當之風險管理措施者…七、發行人於最近一年內未能依本公司認購（售）權證相關規定辦理，且無法於限期內改善者」、「申請本公司同意上市之認購（售）權證，應符合下列各款規定：…五、發行內容須包括下列條款：…（八） 預定之風險沖銷策略。…」⒋是故不論認購權證到期履約之方式，係投資人按約定履約價
格向發行人購入標的股票，或投資人以現金結算方式收取差價，對認購權證發行人而言，皆必須有風險沖銷策略之訂定。復按風險沖銷之避險方式，可分委外避險及自行避險。其中自行避險之風險沖銷策略係指認購權證發行人，為避免因標的股票價格大幅上揚或下跌，致認購權證（或稱被避險部位）到期履約時產生鉅額虧損或避險標的股票產生鉅額虧損之風險，所採取自行買進或賣出標的股票或權證（合稱避險部位）之相對應措施。認購權證發行人無適當之風險管理措施者，依發行人申請發行認購（售）權證處理準則第7 條第
8 款之規定，證期會得不認可其發行資格。⒌依據前述認購權證風險沖銷之規定，大華證券所進行風險沖
銷之交易，實係主管機關規範其得以發行認購權證所不可或缺之合法要件，並非獨立之「證券交易」行為，被告不得將其逕行涵攝成所得稅法第4 條之1 之證券交易損失，鈞院並已有支持前述見解之判決可證。查認購權證之發行人依法須於向主管機關申請發行認購權證時，檢具載明其預定風險沖銷策略之發行計畫，向證券交易所遞送申請書。故預定風險沖銷策略自屬需經主管機關規範且審核之發行認購權證不可或缺之合法要件，應可由此確認。
⒍大華證券進行風險沖銷之交易，並非獨立之「證券交易」，
被告逕行涵攝成所得稅法第4 條之1 之證券交易損失實有不當：
⑴按證券商發行認購權證並自行從事風險管理者，得依風險
沖銷策略之需求持有所發行認購權證之標的股票，惟其持有數額以風險沖銷策略所需者為限。此外，為認購權證避險目的所買賣及持有之標的股票數額，依發行計畫之風險沖銷策略及相關法令而定，並列入避險專戶內，其買賣損益之計算，均有資料可證。前述要求權證發行者須有風險沖銷策略並進行避險之規定，目的係在降低發行證券商之整體經營風險，進而保護證券市場及廣大投資人。故大華證券發行認購權證所必要執行之避險措施，確係其基於證券交易所事前核准、事後審核之行為暨國際性選擇權定價模型之學理而必須採行者，故足認實係屬發行認購權證之合法要件及實際上之必要條件，而非真有獨立之意思表示之證券交易行為，此見解有鈞院94年訴字第1747號及96年度訴字第2283號判決可資參照。此等為賺取應稅收入之證券交易行為（即非獨立之證券交易行為）絕非立法者於74年間制定所得稅法第4 條之1 時所慮及，被告自不應於無法律依據下任意創設如原核定所示之課稅規定。
⑵按所謂「實質課稅原則」，即課稅與否之認定，如發生『
形式上存在之事實』與『事實上存在之事實』不同時，租稅之課徵基礎應基於『事實上存在之事實』，以免納稅義務人濫用私法上之法律形成自由規避租稅。故自「實質課稅原則」亦可解為，既租稅之課徵基礎應基於『事實上存在之事實』，於發生『形式上存在之事實』與『事實上存在之事實』不同時，稅捐稽徵機關自不應侷限於『形式上存在之事實』去判斷納稅義務人是否有納稅義務，而應先行查明『事實上存在之事實』為何，再決定是否納稅義務人確實有應課予納稅義務之情事。因此，如在必須經由兩個法律上之行為才可被認定屬一個經濟上之行為時，自應將該兩個法律行為結合觀察，才可能獲得稅捐課徵之正確性。本案大華證券於發行認購權證後依法進行避險交易而所為之標的證券買賣，其本身不僅係認購權證發行人基於法令強制要求所必須從事者，避險交易損益實係權證發行人踐行權證履約義務之損益，權證發行人既發行權證而收取權利金收入，自當然負有權證履約義務，二者均為權證發行行為之一部，自無將其割裂而獨立視之並分別計算損益之理。況大華證券於避險交易中所為之證券買賣，與大華證券僅單純為賺取證券交易之價差而所為之有價證券買賣，其交易目的、持有期間、是否得自由買賣、有無特殊限制…等，均有所不同，故避險交易顯非一個「獨立經濟目的之行為」，而係附屬於為賺取認購權證之權利金及為符合認購權證發行之事前承諾而必須之措施。被告僅一再拘泥於該「避險措施之形式」為證券交易，顯違反釋字第420號解釋所表彰之「實質課稅原則」甚明。
⑶再者，被告於大華證券發行認購權證時，認為其取得之權
利金為營利事業所得稅之課稅範圍（即應稅收入），但大華證券為應所發行之認購權證履約而進行之標的股票買賣，卻為被告認屬免稅證券交易損失，而不得於應稅權利金項下扣除以併計損益課稅，大華證券一個完整之交易行為（包括發行認購權證及依法必要之避險措施），被告卻予以割裂適用，顯然違反司法院大法官會議釋字第385 號解釋「然課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所訂之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用」之意涵。
⑷按所得稅法第4 條之1 後段須在符合收入成本配合原則之
要件下才可適用所得稅法第4 條之1 後段「證券交易損失亦不得自所得額中減除」，換言之，就法律形式上為「證券交易損失」要適用所得稅法第4 條之1 後段，自必須在不予認列損失將能達到「收入成本配合原則」之功能，才可能符合該條之立法目的。系爭避險措施所造成之具有「證券交易」外觀之損失，其本身即為認購權證之履約損失，非常明確的可以認定係大華證券為獲取「應稅」之「認購權證發行權利金」所不可或缺之成本，甚至不能認為該避險措施及履約行為為一具有獨立經濟目的之行為，因此「收入成本配合原則」如不能在此處適用，絕對與租稅公平原則及所得稅法第4 條之1 之目的解釋不符，造成錯誤適用所得稅法第4 條之1 之結果。再參諸所得稅法第4 條之1 之立法目的，無非為促進資本市場活絡，讓自由參與資本市場者享有證券交易所得免稅之優惠，則其證券交易損失自須自行承當。是以，如參與者本身在買賣決策上無絕對自由，且決策目的係在履行發行權證之履約義務並減少履約損失（亦即係以賺取應稅之發行權利金收入為目的），而決策本身又與先前取得之權證權利金具有連動性者，即與所得稅法第4 條之1 所欲達成之立法目的無涉，自應不在所得稅法第4 條之1 之適用範圍內至明。
⑸按所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之
成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」及財政部83年2 月8 日台財稅第000000000 號函釋規定「三、以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之營業費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」及85年8 月
9 日台財稅第00000000號函釋「綜合證券商：1.營業費用部份: 其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。」上述二函釋均強調，如係可明確歸屬於免稅收入所生之成本費用，無論是否為免稅證券交易本身之成本費用，亦無論其是否具證券交易之形式外觀，均應列至免稅所得項下。換言之，非證券交易損失，如遇到符合收入成本配合原則之情形時，被告亦一向不准依所得稅法第4 條之1 後段之反面解釋，而僅憑該費用發生之行為外觀非證券交易，即認該費用可列於應稅所得項下；申言之，一般營利事業日常發生之薪資支出，因其外觀係非屬證券交易形式之損失，若依照所得稅法第4 條之1 後段之反面解釋，應即當然可自課稅所得中減除，惟照前述二函釋之意旨，若其係與證券交易之活動相關，基於收入成本配合原則，仍不得因其形式外觀則主張將其列為應稅收入之減項。因此被告如認本案避險措施雖可明確歸屬於應稅權利金收入項下，但因其形式外觀為買賣有價證券，所得稅法第4 條之1 之規定，仍不得於權利金收入下扣除，將顯違所得稅法第24條第1 項，以及上開83年函釋及85年函釋所揭櫫之收入與成本費用配合原則。查大華證券屬一綜合證券商，有關其應免稅業務之各項費用，應依85年函釋之「可明確歸屬者先予以明確歸屬，不可明確歸屬者得以薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎」辦理之。是以，有關本案應如何將大華證券權證部門相關費用歸屬及分攤至應免稅業務之項下，即應依財政部85年函釋為之，孰料，被告就原告之權證部門相關費用，逕按財政部83年函釋之應免稅收入比例計算歸屬應免稅業務項下之金額，原處分顯有應適用而未適用85年函釋之違法。
⑹復依據大華證券系爭年度權證部門各員工之工作職掌，可
知該部門共有八人，專職從事免稅業務者為李宗維一人，而專職從事應稅業務者則為陳其緯、黃敬堯、林映成及陳啟文四人；其餘鄭仲修為「部門主管」、陳盈之為「客戶及內部人員教育訓練人員」及蕭淑君為「行政事務處理人員」，三人均皆兼有從事應免稅業務，合先敘明。而大華證券依據上述系爭年度權證部門員工之工作職掌，按財政部85年函釋進行應免稅營業費用之分攤結果，大華證券除薪資費用採直接歸屬外，其餘之營業費用依85年函釋規定，無法明確歸屬者，得依費用之性質，選擇依員工人數作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，因此大華證券即按應免稅約當人數比例分攤，其應免稅約當人數比例為：從事免稅業務者為一人，應稅業務者共有四人，而因鄭仲修、陳盈之及蕭淑君等三人均兼有從事應免稅業務，故免稅約當人數比例該三人均以七分之一計算；因此應稅、免稅之約當人數比例為(4+6/7 *3 ：
1+1/7*3) =23：5 ，亦即應稅、免稅約當人數比例為23/2
8 ：5/28=0.8214 ：0.1786。綜上，被告逕以財政部83年函釋之應免稅收入比例，用以分攤大華證券權證相關費用至應免稅業務項下，無異於否准大華證券適用行為時專為綜合證券商所訂之財政部85年函釋之規定，而顯有違誤，故應准大華證券依財政部85年函釋之規定，將權證相關費用先直接歸屬，無法明確歸屬者再按合理之分攤比例予以分攤，始為適法⒎被告認定各項成本或費用應歸屬於應稅或免稅收入項下減除
，均應以該成本費用項目係為何項業務而發生，亦即該成本費用係與何項收入之產生具有直接關係而定。營利事業所有成本費用項目各應歸屬於應稅亦或免稅收入項下減除均係依該等認定方式為之，並不以發生該成本費用本身之行為之形式外觀作為判斷，如此方符合所得稅法第24條第1 項之收入與成本費用配合原則，並達到量能課稅之目的。而對於權證發行人從事避險交易產生之損失，當然亦應以與其他成本費用項目相同之認定方式，以辨認其究屬應稅或免稅收入項下之成本費用。然被告對於權證發行人從事避險行為所發生之損失，與其他成本費用項目歸屬予應免稅項下之判斷方式顯不一致，使大華證券應稅權利金收入之直接且大部分之成本（避險及履約所產生之損失以及幾近全部之發行權證相關費用）不得於權利金收入項下減除，實有矛盾及違誤。今大華證券發行認購權證之收入係屬應稅收入業已由財政部發布函令規定，則依所得稅法第24條第1 項明文及意旨，應准營利事業將與該發行認購權證收入有關之成本費用於發行收入項下減除，以發行淨所得課徵營利事業所得稅，方符合所得稅法第24條第1 項之收入與成本費用配合原則。然被告之核定顯違反所得稅法第24條及量能課稅原則，亦等於將認購權證權利金所得稅之課徵方式扭曲為以交易毛額課稅之方式（即縱使大華證券因避險操作而使其權利金收入全數賠光仍要就權利金收入之全數金額繳納所得稅），被告此等破壞所得稅制度及精神之核定方式，顯不當加重大華證券之所得稅負。⒏所得稅法第24條之2 已於96年7 月11日公佈施行，將權證發
行人避險交易損失，明文應與權證發行之權利金收入併計發行權證損益，故立法者已確認因權證發行而為之避險交易損益，得併同權證發行之權利金收入計算損益，顯見財政部亦認其86年12月11日台財稅第000000000 號函不符收入成本配合原則，方增訂該法條，足證權證發行權利金收入與避險損益間有收入成本配合原則之適用，原核定顯有應適用而未適用所得稅法第24條收入成本配合原則之違誤。86年5 月31日財政部證券暨期貨管理委員會（現已改制為行政院金融監督委員會證券期貨管理局）核准國內券商發行新金融商品- 認購（售）權證，財政部為因應此一金融商品出現，即分別於同年7 月31日發布台財稅第000000000 號「認購權證及其標的股票之交易所得停徵所得稅」及12月1 日台財稅第000000
000 號函「認購權證發行人取得發行價款何時認列損益釋疑」。又基於租稅公平正義的基本要求，若仍維持過去行政機關對於法律之錯誤解釋（尤其是該錯誤解釋已經法律明文增修而予以確認），不符合司法正義原則。本案中立法者要求稅務機關對於營利事業發行認購權證相關避險損失併計發行損益課稅之行為正確認定，係屬依實質課稅原則對同一營利行為正確計算淨所得額之立法矯正作為，即此之認定絕非屬廣義行政行為（包括行政機關解釋法律及立法機關制定法律）之裁量自由範疇，因此所得稅法增訂之第24條之2 係確認性之立法，而非創設新租稅規定。復依本條所得稅法第24條之2 立法體系位於所得稅法第24條客觀淨額所得原則之後，顯係補充上述原則之立法，故權證發行者相關之避險交易損失實應優先適用所得稅法第24條規定，而排除所得稅法第4條之1 規定之適用，乃係符合稅法精神的當然解釋之論據獲得立法確認。故雖然立法院在增修上述所得稅法第24條之2條文時，並未規定得追溯既往，但該立法原則所表彰之淨額所得課稅之法理，仍應有其適用。
⒐退萬步言之，被告對大華證券本案之原核定，除否准大華證
券將避險損失列為應稅權利金收入之減項外，連發行認購權證業務相關之營業費用及支援部門分攤之營業費用30,022,386元，亦一併否准減除，顯違反所得稅法第24條之收入與成本費用配合原則以及實質課稅原則。被告縱認大華證券為賺取應稅之發行權利金收入而進行避險操作損益，是否能自權利金收入下減除以併計損益存有爭議，故否准其減除，但大華證券為發行該認購權證而發生之各項費用至為明確，並均取有原始佐證憑證，且該等權證發行相關營業費用並非如避險損失一般具有證券交易之形式外觀，並確實係為賺取應稅發行權利金收入而發生，故被告實無將大華證券之發行權證相關營業費用及支援部門分攤之營業費用加以轉列至免稅項下之理；況大華證券於申報當年度營利事業所得稅時，已依財政部85年函釋之規定，妥為計算免稅所得項下應歸屬及分攤之費用，並經被告核認，是以被告自不應再將發行權證相關之各項費用移往免稅所得項下，否則即與財政部85年函釋之規定不符；此外，被告否准大華權證發行權證之相關營業費用中30,022,386元自其應稅權利金收入下減除，等於對大華證券之發行權證收入幾以毛額課稅，絕不可能與事實上之所得情形相符，顯違反所得稅法第24條之收入與成本費用配合原則以及實質課稅原則。而本件被告核定原告之權證相關費用應移轉至免稅所得項下之方式，亦係將「發行部門營業費用」及「支援部門營業費用分攤」按應免稅收入比例加以計算，顯與上揭原告91年案有相同之違誤，業經最高行政法院及 大院更審判決違法而予以撤銷，是以，本件亦應比照前述業由最高行政法院判決及 鈞院更審判決所明確揭示之法令適用方法，始為適法；而既本案大華證券於申報系爭年度營利事業所得稅時，業已依85年函釋之規定妥為計算免稅所得項下應歸屬及分攤之費用以「二次分攤」方式，並經被告核認，被告自不應再將發行權證相關之各項費用移往免稅所得項下，否則即與85年函釋之規定不符。
㈣原告-「第58欄」之部分：
⒈被告未究金控法第49條之連結稅制立法意旨，對於原告及其
子公司合併超額徵收營利事業所得稅，爰從金控法之背景及連結稅制之目的論述本案稅務爭議，進而瞭解被告核定違法之處，及原告所爭取者乃係合法且合理之權益。被告以財政部公布之「連結稅制申報處理原則」係以個別公司之課稅所得額為連結基礎，並無消除公司間之交易損益或投資收益之規定，在現行所得稅法並無以合併報表申報之規定之下，採「單獨」計算原告及子公司之課稅所得予以加總申報納稅係符合現行法令規定，惟連結稅制所源自金控法第49條規定，但並未訂定處理原則，亦未授權行政機關訂定處理原則，因此不論是「單獨」計算原告及子公司之課稅所得予以加總，或是採合併報表申報，又或是以金控母公司與其子公司之收入合計數減除母子公司之各項成本費用、損失之合計數後計算課稅所得額申報，都不應排除金控法第49條規定處理原則之選項之一（因為採合併報表或收入費用加總之方式亦均得依所得稅法相關規定申報營利事業所得稅及未分配盈餘稅），惟不應為爭執的是該處理原則絕不能逾越金控法第49條之立法意旨，即金融控股公司與其持有百分之九十股份之子公司，已為經濟上之同一實體，與公司內部部門無異，尚不宜因分設子公司而增加其租稅負擔，以維租稅中立原則，惟被告今僅基於法律外觀形式為獨立個體而先剔除原本在同一經濟實體下得認列之費用，嗣後即使合併加總申報亦與上開所述連結稅制之立法意旨顯有差異，綜上可知本案課稅爭議不應在於單一個體如何實質適用所得稅法第42條，而是在於整體金融控股公司與其子金融機構合併申報營利事業所得稅及未分配盈餘稅如何落實金控法第49條實質視為同一經濟實體之立法意旨。
⒉被告不應因所得稅法並無合併財報概念為由，而不去貫徹金
控法連結稅制意旨掌握「金控法是最高位階之特別法」以及「連結稅制係以貫徹租稅中立為最終目的」之二個原則，即可正確評斷前述爭議。被告聲稱係依所得稅法及合併申報處理原則相關規定之核定，而無違租稅中立原則，亦無違金控法第49條之立法意旨，惟原告不禁要問如採單一公司兼營多項金融業務之架構，公司總管理處之營業費用及利息支出在稅上認列被告會剔除嗎？今因金控法架構下，原告不得不將上開單一公司拆開，分設金控公司及子公司，基於管理功能而將總管理處機制放在金控公司，此時，金控公司之營業費用及利息支出卻驟然變為全數不得認列，以致採金控架構經營整體所繳納之所得稅遠高於單一公司經營，實不知被告所稱並未悖離了特別法金控法制定連結稅制之最終目的-租稅中立原則所持論述何在？綜上，被告以財政部未經法律明確授權所訂定之處理原則對抗金控法之特別法，依此處理原則申報之結果，顯然無法貫徹金控法連結稅制之立法意旨，其結果從後附之附表一可明顯看出增加金控集團租稅負擔甚鉅，實無恪遵租稅中立原則可言。
⒊金管會之見解及外國實務均支持金控業者針對此稅務爭議，
行政院金融監督管理委員會特於98年12月17日致函予財政部，亦明白表示連結稅制著重經濟實質而不拘泥於法律形式，理論基礎在於租稅中立性，不應因同一企業主體設立不同子公司架構而有差異的租稅待遇。查採連結稅制之國家，其作法多採沖銷相互間之交易損益及投資損益，以貫徹連結稅制個體間視為一體之立法精神及租稅中立原則，此亦為財政部及被告所充分知悉，卻不願採納。按財政部當初制定連結稅制申報處理原則之說明，其充分知悉國外立法例多採沖銷投資損益方式為之，其卻以「恐增加稅務處理之複雜性」，並認「依所得稅法第42條規定，公司組織之投資收益不計入所得課稅，已無消除合併申報成員相互間投資損益問題」，而仍採取不沖銷投資損益，足證申報處理原則採「不沖銷投資收益」只是一個便宜措施。而今，被告之核定竟援引所得稅法第42條及連結稅制申報處理原則作為剔除金控費用之重要依據，實難不免令原告有「請君入甕」之感。國際上許多先進國家均已採行連結稅制，但我國實施的結果，造成原告全數費用遭到剔除，遭額外課徵鉅額稅負，實為國際上所僅見，難教原告服膺。
⒋原告「第58欄」之計算不應適用財政部96年7 月10日函台財稅第00000000000 號函規定：
⑴按「財政部發布解釋函令，變更已發布解釋函令之法令見
解，如不利於納稅義務人者，自發布日起或財政部指定之將來一定期日起，發生效力；於發布日或財政部指定之將來一定期日前，應核課而未核課之稅捐及未確定案件，不適用該變更後之解釋函令。本條中華民國一百年十一月八日修正施行前，財政部發布解釋函令，變更已發布解釋函令之法令見解且不利於納稅義務人，經稅捐稽徵機關依財政部變更法令見解後之解釋函令核課稅捐，於本條中華民國一百年十一月八日修正施行日尚未確定案件，適用前項規定。」為稅捐稽徵法第1 條之1 第2 項及第3 項定有明文。該條文第2 項及第3 項之修正乃基於保護納稅義務人之信賴，而明定財政部發布解釋函令如有變更先前已發布之解釋函令之法令見解且不利於納稅義務人者，不得追溯既往適用。
⑵再按被告所述本案原告「第58欄」計算之重要事實特徵：
原告非屬以有價證券買賣為業；原告各項營業費用及利息支出（以下合稱系爭支出）「無法直接歸屬」於投資收益，僅得係可「合理」歸屬於投資收益；被告依財政部96年
7 月10日台財稅第00000000000 號函（下稱96年函令），系爭支出因可「合理」歸屬於投資收益，而核定原告須自投資收益項下減除。又96年函令係變更92年函令之見解且不利於納稅義務人，依新修正稅捐稽徵法第1 條之1 之各項要件，被告不應援引96年函令追溯適用於本案92年度結算申報案件。被告如依據92年函令，本案原核定應予以撤銷，惟被告改援引變更法令見解後之96年函令，認原告係基於金控法特別法設立，並非以買賣有價證券為專業，亦未有從事龐大有價證券買賣，故非屬以買賣有價證券為專業之營利事業，如依92年函令規定，僅有直接歸屬之費用及利息應自投資收益項下減除外，其餘營業所發生之費用及利息應得予以認列，今被告在無法舉證其費用及利息之直接歸屬性下本應撤銷原核定，惟被告卻一再主張依96年函令，系爭支出雖不可「直接」歸屬但仍應「合理」歸屬於投資收益，即可確認被告係依變更見解不利於金控業者之96年函令來審視本案。另原告於100 年10月14日提起本件行政訴訟迄今尚未判決確定，是以本案在新修正稅捐稽徵法第1 條之1 施行時屬於未確定案件，自應依100 年11月25日施行之稅捐稽徵法第1 條之1 第2 項及第3 項之規定，不應適用財政部變更見解後不利於金控業者之96年函令。縱被告謂92年函令規定免將可合理歸屬之支出歸屬於投資收益，惟基於所得稅法第24條配合原則，系爭支出仍應歸屬於投資收益，惟所得稅法第24條為一原則性的規定，因法律無法鉅細靡遺地規範所有可能之交易，此時本有賴解釋函令予以補充如何具體實踐，以92年函令而言，其部分功能即在於補充規範非以有價證券買賣為專業之營利事業，其投資收益如何具體實踐所得稅法第24條，以及適用所得稅法第24條後之法律效果為何，而非逕自獨立於所得稅法第24條之外，故本案並無在92及96年函令外另創其他費用歸屬見解之餘地，併予敘明。
⒌連結稅制係為貫徹租稅中立之制度，最大的效果在於損費之
認列不宜因分設子公司而不得認列致增加其租稅負擔，不論不得認列金額多寡，只要增加租稅負擔，金控法之設立目的及同法第49條之立法意旨將徹底崩壞：
⑴查「連結稅制最大效果應在於使同一年度的盈虧可以互抵
，有效的降低應納的營利事業所得稅額，固然所得稅法第42條免稅收益的影響下，可能降低整體租稅利益，但採用連結稅制若無租稅利益，原告斷不會申請適用，簡言之，申報連結稅制稅負上利大於弊，故原告自行選擇採用連結稅制又主張因此增加稅負，為不可採。」為鈞院100 年訴字第1175號判決對於類似案情之案件所提出之理由，惟上開理由實係對金控法第49條立法意旨認知之歧異在於，第49條連結稅制之立法意旨究為「僅採使同一年度母子公司之盈虧可以互抵之方法來降低金控整體稅賦」或「金控母子公司應視為同一經濟實體而不因分別個體而增加金控整體稅賦」？⑵金控法連結稅制之規定係在第49條，其本文為「金融控股
公司持有本國子公司股份，達已發行股份總數百分之九十者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之年度起，選擇以金融控股公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅申報；其他有關稅務事項，應由金融控股公司及本國子公司分別辦理。」，再從連結稅制的立法理由亦明定，「金融控股公司與其持有百分之九十股份之子公司，已為經濟上之同一實體，與公司內部部門無異，尚不宜因分設子公司而增加其租稅負擔，以維租稅中立原則」，可見連結稅制之具體目標乃係使「分設子公司之金控公司暨其子公司」與「一家金融公司分設不同部門」之情形有相同之所得稅負擔，而非使前者各子公司之租稅負擔減輕即可。詳言之，金控法限制人民之經濟自由，要求同一人或同一關係人要維持對一銀行、保險公司或證券商有控制性持股，應申請設立金控公司（同法第6 條）管理，要求依此政策目標執行的同時，當然應維護租稅中立，使金控集團整體稅負等於分設部門之單一金融公司。為維護租稅中立目的，同時符合下列二個要件絕對是必要的：一、個別部門（即金控集團之各子公司）之淨所得及淨虧損應予以加總以計算全公司之課稅所得；二、總管理處（即金控公司）之費用應得在所得下予以減除，上開二個要件缺少任何一個即立刻使金控集團之稅負大於分設部門之單一金融公司，而違反金控法第49條之規定，本院
100 年訴字第1175號判決卻認為最大效果在於要件一，只要成就要件一即達到連結稅制之立法意旨，惟連結稅制係為維護租稅中立之制度，本旨即在排除所有因分設子公司所造成之租稅不利益，實不容小覷欠缺要件二造成金控集團整體租稅負擔之影響，金控法第49條之租稅中立應該係維持單一經濟實體，絕非鈞院100 年訴字第1175號判決所認被告核定優於個別申報即屬落實金控法立法意旨，此亦有台灣金融服務業聯合總會「金控公司採連結稅制之稅務問題探討研討會」會議實錄可參，原告所述絕非空言。⑶又查「至財政部93年函釋（按：財政部930705台財稅第00
00000000 號，詳原證二） 係就營利事業合併辦理結算申報者依規定扣除前5 年度核定合併營業盈虧之計算方式所為之釋示，尚非認定連結稅制下母公司之投資收益與一般投資公司獲取之投資收益性質不同…」為鈞院100 年訴字第1175號判決之另一理由，惟該判決卻未說明如果母公司之投資收益與一般投資公司獲取之投資收益並無不同，為何得排除66年函釋之適用，因原告代理人曾參與是項函釋申請，在該申請案中，原告代理人主張合併申報扣除前五年核定之虧損時應排除合併申報成員間相互持股之投資收益，主要理由之一即為連結稅制下合併申報主體間取得之投資收益不應單純以所得稅法第42條之投資收益視之，是以該93年函釋之理由之一確為連結稅制下母公司之投資收益與一般投資公司獲取之投資收益性質不同，是以為能更了解賦稅機關對連結稅制下投資收益之定性，懇請能向財政部調閱該解釋之卷宗，避免金控集團不存在的投資收益卻須分攤營業費用及利息支出之不合理情事。
⒍末查，就總管理處（金控公司）之費用應得在所得下予以減
除；及個別部門（各子公司）之淨所得及淨虧損應予以加總以計算全公司之課稅所得，二個維護租稅中立之重要措施來看，如果各子公司之淨所得及淨虧損不可加總計算合併課稅所得，僅會造成所謂的暫時性差異，因為虧損公司之虧損雖無法在當年度抵減課稅所得，但可以在自身未來10年內之所得下減除，且在所有申報個體皆有課稅所得或皆為虧損之年度，因為沒有公司間損益相互抵銷的情形，是以對於金控集團並不會產生任何之利益，本件納入合併申報之三個公司在當年度即係全數虧損，是以根本毫無「租稅利益」可言。反觀若金控母公司之費用遭剔除，則實質造成金控集團有一大部分費用永遠不得列報，而產生永久性差異，其所造成之負面影響遠遠大於前開判決所稱之連結稅制之效果等情。
㈤綜上被告就原告兌換虧損、營業收入及第58欄及原告子公司
大華證券發行認購權證避險部位證券交易損失部分（含相關營業費用）所為核定違誤等語。並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分（復查決定）關於上開核定部分。
四、被告則以：㈠原告－兌換虧損部分：
⒈原告92年度營利事業所得稅結算申報，列報兌換虧損369,06
8,306 元（外幣活存部位已實現兌換虧損6,549,626 元＋海外可轉換公司債已實現兌換虧損362,263,680 元＋買匯所產生之已實現兌換虧損255,000 元），惟查其中列報之外幣活存部位已實現兌換虧損6,549,626 元部分，因未提示足資證明文件，致無從審酌。另原告91年度發行海外可轉換公司債計17,436,832,800元（美金512,160,000 元），92年6 月6日及同年7 月31日分別贖回16,713,540,250元（美金482,075,000 元×贖回日匯率34.67 ）及1,035,435,445 元（美金30,085,000元×贖回日匯率34.417），合計贖回金額17,748,975,695元，被告核定當年度兌換虧損312,397,895 元【海外可轉換公司債已實現兌換虧損312,142,895 元（17,436,832,800 元－17,748,975,695元）＋買匯所產生之已實現兌換虧損255,000 元】，並無不合，原告僅將渠等債券之兌換損益以91年底匯率與發行時之匯率差額計算，顯然有誤，核無足採。
⒉原告91年度營利事業所得稅案件已於行政訴訟上訴階段，有
關兌換虧損部分亦經被告依原告申報數核定，且原告當年度僅就「58欄」申請復查，對於兌換虧損並未經復查程序提出爭執，依改制前行政法院62年度判字第96號判例意旨，其再為爭執容非法之所許；另93年度營利事業所得稅案件尚於復查階段，原告已於100 年3 月16日主張調減兌換利益部分，被告將於該案併予審酌，其尚非本案審理範疇。故被告初查以其91年度發行海外可轉換公司債於本年度贖回，實際發生兌換損失312,142,895 元，加計其他帳載已實現兌換損失255,000 元，核定312,397,895 元。
㈡原告－「第58欄」部分：
⒈原告主張系爭「第58欄」之計算，依100 年11月23日公布之
稅捐稽徵法第1 條之1 第2 項及第3 項規定，不應適用財政部96年7 月10日台財稅字第09604533440 號函（下稱96年函釋），被告核定不符合金控法第49條連結稅制之租稅中立原則。惟按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」為司法院釋字第420 號解釋所闡明。是在解釋適用稅法時，所應根據者為經濟事實，不僅止於形式上之公平，應就實質經濟利益之享受者予以課稅，始符實質課稅及公平課稅之原則。從而有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，應以其實質上經濟事實關係及所產生實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則勢將造成鼓勵投機或規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。
⒉依金控法第36條第1 項規定，金融控股公司應確保其子公司
業務之健全經營，其業務以投資及對被投資事業之管理為限，爰此，其主要收入來源應為投資收入；又商業會計法第27條第1 項第4 款規定，營業收入類，指銷貨收入、勞務收入、業務收入、其他營業收入等項，則就金融控股股份有限公司投資子公司之收益本質以觀，應為其營業收入。是以原告92年度營利事業所得稅結算申報，原列報營業收入10,544,732元（董監事酬勞3,808,000 元＋服務收入6,736,732 元），經被告以其投資收益5,320,425,908 元轉列營業收入，核定營業收入5,330,970,640 元（原列報營業收入10,544,732元＋投資收益5,320,425,908 元），尚無不合。又公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，依所得稅法第42條第1 項規定，雖不計入所得額課稅，惟依前開說明，其投資收益既屬營業收入性質，自宜計入營業收入以反映企業經營全貌，並自申報書第58欄（投資收益減除可直接合理明確歸屬理之各項支出後之餘額）中調減，以正確計算不計入所得額課稅之「所得額」。
⒊查財政部98年8 月5 日台財稅字第09800176880 號函釋「金
融控股公司於連結稅制下內部利益已消除，無投資收益可供歸屬等情，應係指財務會計編製合併財報時，母公司當年度依權益法認列之投資收益將與子公司約當持股之當期損益相互沖銷之情形。惟依現行所得稅法及營利事業所得稅查核準則規定，對於長期投資並未採權益法之估價及損益認定原則，現行所得稅制亦未採合併財報申報，仍應按個別公司分別計算之課稅所得額為連結稅制之計算基礎。」解釋，現行所得稅制並非採合併財務報表為申報基礎，而配合金控法第49條連結稅制之訂定，財政部已參酌國外立法例並合理考量納稅義務人權益，於所得稅法相關規定下訂定合併申報處理原則（即「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則」；下稱合併申報處理原則），是金融控股公司採連結稅制，應按所得稅法及合併申報處理原則相關規定合併辦理所得稅申報。又依合併申報處理原則第6 點第1 款規定，連結稅制應以個別公司按所得稅法第24條及相關規定計算之課稅所得額為連結基礎，公司間之交易損益或投資損益仍以個別公司為主體分別計算，不予消除。故金融控股公司與各子公司如有應稅、免稅收入，應依上開規定計算個別公司之課稅所得額，再予加總計算合併結算申報所得額。是原告訴稱連結稅制下合併申報公司間之投資收益不應存在且不應以個體視之等情，顯無足採。本件被告依所得稅法及合併申報處理原則相關規定之核定，尚無違租稅中立原則，亦無違金控法第49條之立法意旨。至財政部93年7 月5 日台財稅字第0930453061號令係就營利事業合併辦理結算申報者依規定扣除前5 年度核定合併營業盈虧之計算方式所為之釋示，尚非認定連結稅制下合併申報公司間之投資收益不應存在，原告主張容有誤解。
⒋依行為時所得稅法第24條第1 項規定，營利事業之所得無論
係應稅所得或免稅所得，皆須依收入與成本費用配合原則計算之；倘將免稅所得之相關成本費用，歸於其他應稅收入項下減除，即有違上揭所得稅法規定及收入與成本配合原則。又所得稅法第4 條之1 規定停止課徵所得稅之證券交易所得及同法第42條第1 項規定不計入所得額課稅之投資收益，其所得態樣雖有不同，惟均屬所得稅法明定免徵所得稅之所得，是故非以有價證券買賣為專業之營利事業，如有依所得稅法規定停止課徵所得稅之證券交易所得或不計入所得額課稅之投資收益等免稅所得者，除可直接歸屬之費用、利息，應自有價證券出售收入或投資收益項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用、利息，首揭財政部83年函釋及92年令釋甚明。又金融控股公司應確保其子公司業務之健全，其業務以投資及對被投資事業之管理為限，而投資收益乃金融控股公司投資子公司及對其管理營運之成果分享，既依所得稅法第42條規定不計入所得額課稅，其相關成本、費用應依循配合原則，自該項免稅收入項下減除。是財政部96年函釋規定非屬以買賣有價證券為業之金融控股公司，其除可直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出，得自投資收益項下減除外，免予分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，與金控法第49條母子公司合併申報無涉。
⒌本件原告為經經濟部核准登記之金融控股公司，依其92年度
財務報告書，原告主要業務範圍為投資經主管機關核准之國內金融相關事業及對被投資事業之管理，從而舉凡與其經營投資或管理轉投資事業之相關行為，均應屬其主要營業活動。則原告92年度發生之營業費用及利息支出合計660,583,91
5 元中，除增資中華開發工業銀行股份有限公司所發生之海外可轉換公司債之債券發行成本攤銷數183,610,317 元及部分支出7,251,323 元等業經原告肯認可直接合理歸屬於投資事業之各項支出外，其餘營業費用（包含薪資支出、租金支出、文具用品、旅費、郵電費、修繕費、廣告費、保險費、交際費、償還借入營運資金而發行ECB 之成本耗竭及攤提、伙食費、訓練費、辦公場所管理費用、專業服務費、服務作業費用、電腦費用、雜項購置、其他雜費、董監事費用及會議費等）暨利息支出雖非與被投資事業自身相關，然究該經濟事實，應屬為成就原告各該主要營業活動行為所生之各項支出；再者，系爭營業費用及利息支出既為維持公司基本運作、遵循相關法令規定執行控管功能或做集團經營策略整體規劃之必要性支出，且原告之主要營業收入來源亦為子公司獲利有盈餘分配予股東（即原告）之投資收益，則就該等隨營業必然發生之各項支出實質以觀，誠難謂其非屬可直接合理歸屬於原告投資及被投資事業管理行為之範疇，依前揭所得稅法第24條第1 項規定及財政部96年函釋意旨，即應於投資收益（免稅收入）項下減除，以避免侵蝕應稅所得稅基。⒍至原告援引財政部100 年6 月30日台財稅字第10000143850
號書函，訴稱被告逕將不可直接歸屬於投資或被投資事業管理之各項費用支出自投資收益項下減除，與該書函不符等，惟查原告僅提示各項費用歸屬明細，未能就其當年度為因應法規監理所產生必要支出之事實及關聯性提出合理說明，並檢附完整憑證供核，依前開書函「說明三、……金融控股公司之營業費用及利息支出，應就其營業費用性質及借款資金來源之運用，將可直接合理明確歸屬部分，個別歸屬認列於相對應產生之收入，至無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出免再分攤至投資收益。……四、復參酌金管會100年4 月7 日金管銀法字第10000041090 號函意見，目前15家金融控股公司規模各異，子公司屬性亦不同，金融控股公司因其子公司屬性不同而對資金需求、資本配置管理有所差異、均可能影響其費用及利息支出之內容及目的，爰宜按個別金融控股公司規模、屬性分析認定。……」意旨，所訴仍難憑採。
⒎綜上，被告依首揭規定及行政救濟不利益變更禁止原則，核
認原告92年度之營業收入5,330,970,640 元、「第58欄」4,661,148,637 元及課稅所得額虧損246,979,229 元，尚無違誤。
㈢原告子公司大華證券公司－就發行認購權證權避險部位證券
交易損失及相關費用部分，原告主張被告不應採二次分攤否准將發行認購權證業務相關之營業費用及支援部門分攤之營業費用30,022,386元自權利金收入減除：
⒈證券商於發行認購權證時，因相關法規規定證券商須為避險
交易，而該避險交易復基於保護投資者及維持金融秩序，證券商須於股價上漲時買進標的股票，股價下跌時賣出標的股票，其可能因避險交易行為而造成損失，為證券商於發行認購權證所知悉；首揭財政部86年函釋亦已指明，認購權證發行人於發行後，因投資人行使權利，而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應依行為時所得稅法第4 條之
1 規定辦理，則證券商自得於發行時，自行斟酌其可能發生之損失成本費用，且依其從事證券業之專業知識，亦可知悉行為時所得稅法第4 條之1 規定，其為避險之證券交易所得免稅，其因避險之證券交易損失不得自所得額中減除，並應充分衡量其發行該認購權證之利潤後，再行決定該權利金之金額，以作為發行最符合其經濟效益之商品，不得僅因其於發行認購權證時約定應買進或賣出股票，即謂該種證券交易係出於強制而與一般消費者為證券交易有所不同，因而於稅收上異其計算，否則自有違反租稅法律主義及租稅公平原則。至原告所引本院94年度訴字第1747號及96度訴字第2283號判決，係屬個案見解，且分別經最高行政法院98年度判字第1525號及99年度判字第277 號判決廢棄在案。
⒉按所得稅法第4 條之1 所稱之證券交易，倘符合證券交易之
形式外觀即屬之，並不問買賣雙方對該證券交易之動機及內在主觀意思為何，否則亦有違證券交易之安定性及國家稅收之一致性。原告所為之避險措施既係因證券交易所致，而無法認列為成本作為應稅收入之減項。再者，各種收入可否扣除成本費用及何種支出始得作為成本費用自收入項下減除，於稅法上各有規定，縱系爭避險損失會計上可認為本件權證權利金收入之成本，亦因所得稅法第4 條之1 有明文規定，而不得自所得額中減除，尚難以稅法承認於收入內扣除成本費用，即當然於本件可將避險措施所造成證券交易之損失作為成本費用予以扣除，本件被告係依法律明文規定而為，並非割裂適用不同之法律。
⒊再按會計學上「收入成本配合原則」，與稅法上成本費用之
得否列報並非完全相同，所謂「收入成本配合原則」於會計學上係指「某項收益已經在某一會計期間認列時，所有與該收益之產生有關之成本均應在同一會計期間轉為費用，以便與收益配合而正確計算損益」（商業會計法第60條參照）。
惟查，上開會計學上之「收入成本配合原則」於稅法之適用上，尚須考量租稅政策與目的，於辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其依商業會計法記載之會計事項，如與所得稅法等有關租稅法規規定未符者，均應於申報書內自行調整之。是觀之所得稅法第36條（捐贈）、第37條（交際費）、第43條之1 （不合營業常規之調整）、第49條（壞帳）、第51條之1 （折舊）等之規定，二者範圍自非完全相同。又按收入費用配合原則並非不允許例外之定律，立法者基於整體租稅正義、課稅公平之考量，對於何項收入為應稅收入，何項支出或損失得列報為成本、費用、或於何限度內得列報為成本、費用，應有形成之自由。若法律定有明文不得列報，即屬收入費用配合之例外，依法決定得否列報成本費用，不生違反收支配合原則問題。再者，成本費用准否列報，並非以具備原因事實為已足，原因事實僅是列報成本費用之前提門檻，尚須依據法律對於具備原因事實關係之成本費用再為准駁。如法律已有明文排除之規範者，法律之規定更應優先於原因事實關係而被遵守，租稅法定原則始可確立而貫徹。所得稅法第4 條之1 已明文規定證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中扣除，如獨對權證發行者之特別待遇，亦有違反平等原則。
⒋查個別之收入有其對應之成本費用，所產生個別之損益，不
能成為他項收入之成本費用，故所得稅法第4 條之1 之規定，係因證券交易之收入不課稅，所對應之成本費用亦不准自應稅項下認定，導致損失亦不得自所得額中減除。若採原告主張將避險證券交易損失認定為認購權證之成本費用減除，則侵蝕了應稅之認購權證所得；故稅法有關應稅與免稅之規範，向來不針對內在決策之不同而為不同之對待，納稅義務人及稅務機關均應依法律明文規定決定是否課稅，方符合租稅公平原則，認購權證及標的股票交易，形式上及實質上均符合「證券交易」定義，有所得稅法第4 條之1 之適用，並無違所得稅法第24條第1 項及財政部83 年 函釋及85年函釋所揭櫫之收入與成本費用配合原則。
⒌所得稅法第3 章規範營利事業所得稅之計算及其課稅規定，
惟當某些收入因無成本費用發生或成本費用相對微小時，形同對毛收入課稅，乃屬當然。財政部逐年頒定之各業別同業利潤標準比例各有不同，即係依各業別之成本費用發生情形，依實質課稅之精神而採不同之所得認定標準。又就某營利事業所獲得之各項收入而言，亦因性質不同，致成本費用比例亦有差距，亦係依所得稅法第24條實質課稅原則計算之結果，自無違反實質課稅原則。
⒍原告係證券交易法第44條規定，經財政部證券暨期貨管理委
員會許可，依同法第15條第1 至第3 款規定經營自營、經紀及承銷等3 種證券業務之綜合證券商。因綜合證券商經營業務特殊，若採財政部83年函釋「收入比例」分攤原則，對其將產生最不利之結果，故財政部另發布85年函釋規定各部門因經營部門業務所發生之相關費用，應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列，餘無法明確歸屬之營業費用，可按費用性質，分別選擇依自營、經紀及承銷之各部門「部門」薪資、員工人數或辦公室面積等作為合理歸屬之分攤基礎。又85年函釋已對綜合證券商做有利之考量，營利事業可依其規定選擇有利之方式計算各部門應分攤之不可直接歸屬之營業費用，然自營部門同時經營應稅業務（如債券利息收入、附賣回債券利息收入、短期票券利息收入、認購權證發行權利金收入等）及免稅業務（如出售國內證券收入、出售權證避險證券收入、期貨交易所得、股利收入），其所分攤之無法明確歸屬之營業費用應如何再合理分攤至應稅及免稅業務，並未規範，由於二次分攤有利於納稅義務人，被告本於租稅公平及合理性主動採二次分攤，又適用85年度函釋之前提須有部門別之分類（「自營」、「經紀」與「承銷」，最多再加上「管理」部門），部門別決定了以後才有部門「薪資」、「員工人數」、「辦公室使用面積」之標準可言。
⒎然原告已依部門別選擇了三個標準中之一個標準做了分攤，
則同樣在自營部門下之無法明確歸屬費用，即不能再依部門「薪資」、「員工人數」、「辦公室使用面積」之標準來做第二次之攤提，而應回到上開83年度函釋之普通規定來攤提計算，況且自營部門主要之業務為買賣有價證券，核與以買賣有價證券為專業之營利事業無異，其費用之分攤方式自應按財政部83年函釋規定依收入比例計算方為適法。本件原告主張系爭認購權證相關費用36,533,536元均可歸屬應稅權利金收入減項，惟迄未說明上揭費用可明確歸屬應稅收入之依據，原告子公司大華證券公司係依證券交易法第44條規定，經財政部證券暨期貨管理委員會許可，依同法第15條第1 至第3 款規定經營自營、經紀及承銷等3 種證券業務之綜合證券商。因綜合證券商經營業務特殊，若採財政部83年函釋「收入比例」分攤原則，對其將產生最不利之結果，故財政部另發布85年函釋規定各部門因經營部門業務所發生之相關費用，應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列，餘無法明確歸屬之營業費用，可按費用性質，分別選擇依自營、經紀及承銷之各部門「部門」薪資、員工人數或辦公室面積等作為合理歸屬之分攤基礎。又85年函釋已對綜合證券商做有利之考量，營利事業可依其規定選擇有利之方式計算各部門應分攤之不可直接歸屬之營業費用，然自營部門同時經營應稅業務（如：認購權證發行權利金收入、債券利息收入、附賣回證券利息收入等）及免稅業務（如：出售國內證券收入、出售權證避險證券收入、期貨交易所得、股利收入等），其所分攤之無法明確歸屬之營業費用應如何再合理分攤至應稅及免稅業務，並未規範，由於二次分攤有利於納稅義務人，被告本於租稅公平及合理性主動採二次分攤，又適用85年度函釋之前提須有部門別之分類（「自營」、「經紀」與「承銷」，最多再加上「管理」部門），部門別決定了以後才有部門「薪資」、「員工人數」、「辦公室使用面積」之標準可言。然原告已依部門別選擇了三個標準中之一個標準做了分攤，則同樣在自營部門下之無法明確歸屬費用，即不能再依部門「薪資」、「員工人數」、「辦公室使用面積」之標準來做第二次之攤提，而應回到上開83年度函釋之普通規定來攤提計算，況且自營部門主要之業務為買賣有價證券，核與以買賣有價證券為專業之營利事業無異，其費用之分攤方式自應按財政部83年函釋規定依收入比例計算方為適法。上揭二次分攤被告採自營部門應稅及免稅收入比例計算之方式，亦獲本院支持，有本院94年度訴字第69號判決可參（原告未提上訴，故判決確定）。
⒏實務上，被告均係將自營部門所分攤之無法明確歸屬之營業
費用按自營部門應稅及免稅收入比例計算分攤，惟85年函釋未針對二次分攤作詳細規定，是財政部96年4 月26日訂定「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」，該辦法第
3 條規定，與被告歷年來之核定方式相同，益證被告二次分攤採自營部門應稅及免稅收入比例計算方式之適法性。至原告提出最高行政法院99年判字第899 號判決及本院99年度訴字更一字第97號判決為有利之主張，然查該案亦認為原告主張相關費用不應由免稅收入來分攤不足採，至其二次分攤方式業經被告提起上訴，目前仍繫屬最高行政法院審理中，係未確定之個案見解，併予敘明。綜上論結，本件原處分並無違誤，原告主張顯無理由等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、本件如事實概要之事實，有財政部93年7 月5 日台財稅字第0930453061號函釋（本院卷頁77）、財政部96年函釋（本院卷頁78-79 ）、原告系爭年度各類損費歸屬明細表（本院卷頁80）、財政部100 年1 月31日台財稅字第09900531220 號函（本院卷頁81-82 ）、財政部100 年6 月30日台財稅字第10000143850 號函（本院卷頁83-84)、金管會證券期貨局86年6 月12日台財證第03294 號函（本院卷頁106)、財政部83年2 月8 日台財稅第000000000 號函釋（本院卷頁107 ）、財政部85年8 月9 日台財稅第000000000 號函釋（本院卷，頁108 ）、財政部86年7 月31日台財稅第000000000 號函釋（本院卷頁109)、財政部86年12月1 日台財稅第000000000號函釋（本院卷頁110 ）、行政院金融監督管理委員會98年12月17日金管銀法字第09800502720 號函（本院卷頁164-167)、財政部92年8 月29日台財稅字第0920455298號函( 本院卷頁223 ）、原告所提國外連結稅制概況（本院卷頁163 ）、原處分（復查決定）、訴願決定書附卷可稽，堪予認定。爰就各項爭議審酌如下。
六、關於兌換虧損：㈠原告系爭92年度營利事業所得稅結算申報，列報兌換虧損36
9,068,306 元，被告以其91年度發行海外可轉換公司債於本年度贖回，實際發生兌換損失312,142,895 元，加計其他帳載已實現兌換損失255,000 元，核定312,397,895 元。原告不服，主張略以：原告以外幣贖回海外可轉換公司債，實不因贖回而生兌換損益實現；其外幣存款帳戶所產生已實現及未實現兌換損益，符合查核準則第98條規定，被告不應剔除本期實現之兌換虧損；倘被告原核定調整為正確，則應准原告之前後年度營利事業所得稅更正申報等語。
㈡按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成
本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為行為時所得稅法第24條第1 項所明定。次按「兌換虧損：一、兌換虧損應以實現者列為損失，其僅係因匯率之調整而產生之帳面差額，不得列計損失。二、兌換虧損應有明細計算表以資核對。有關兌換盈虧之計算，得以先進先出法或移動平均法之方式處理。」為行為時營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第98條所規定。
㈢經查原告列報兌換虧損369,068,306 元（外幣活存部位已實
現兌換虧損6,549,626 元＋海外可轉換公司債已實現兌換虧損362,263,680 元＋買匯所產生之已實現兌換虧損255,000元）。其中外幣活存部位已實現兌換虧損6,549,626 元部分，被告陳稱原告並未提供相關文件供，其無從審酌等語，原告並無爭執，則原告對此有利事項既未能舉證以實其說亦未盡協力義務提出相關文件，被告就此部分虧損未予認列，自無不合。
另海外可轉換公司債已實現兌換虧損362,263,680 元部分，經查原告91年度發行海外可轉換公司債計17,436,832,800元（合美金512,160,000 元），92年6 月6 日及同年7 月31日分別贖回16,713,540,250元（美金482,075,000 元×贖回日匯率34.67 ）及1,035,435,445 元（美金30,085,000元×贖回日匯率34.417），合計贖回金額17,748,975,695元，【詳原處分卷1 第289 頁及第288 頁：原告提示之公開資訊觀測站重大訊息公布資料；卷1 第514 頁及第513 頁：原告贖回日匯率】，是依首揭規定核定當年度兌換虧損312,397,895元【海外可轉換公司債已實現兌換虧損312,142,895 元（17,436,832,800元－17,748,975,695元）＋買匯所產生之已實現兌換虧損255,000 元】，並無不合，原告僅將渠等債券之兌換損益以91年底匯率與發行時之匯率差額計算，顯然有誤，核無足採。
㈣至原告主張應更正前後（即91、93）年度營利事業所得稅乙
節，查原告91年度營利事業所得稅有關兌換虧損部分經被告依原告申報數核定，且原告就91年度僅就「58欄」申請復查不及於兌換虧損，原告91年度營利事業所得稅事件，業經本院99年度訴字第1723號判決駁回原告之訴，且經最高行政法院100 年度判字第2224號判決駁回原告上訴而告確定，其再就91年度營利事業所得稅為爭執，非法之所許（參照改制前行政法院62年度判字第96號判例意旨）。另93年度營利事業所得稅案件尚於復查階段，原告已於100 年3 月16日主張調整兌換利益，被告陳稱將於該案併予審酌，惟93年度應尚非本案審理範疇，並予敘明。從而被告核定兌換損失312,397,
895 元，並無違誤。
七、關於原告－「第58欄」部分：㈠原告92年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入10,544
,732元、「第58欄」0 元及課稅所得額虧損962,926,911 元，經被告將投資收益5,320,425,908 元轉列為營業收入，核定營業收入5,330,970,640 元，並計算投資收益應分攤之營業費用及利息支出659,277,271 元【（營業費用411,663,34
9 元＋利息支出248,920,566 元）×股利收入5,320,425,90
8 元÷營業收入5,330,970,640 元】，核定「第58欄」4,661,148,637 元（5,320,425,908 元－659,277,271 元）。原告不服被告核定原告營業收入，並計算原告應分擔營業費用及利息支出659,277,271 元，循序提起本件行政訴訟，主張略以：依金控法第49條連結稅制之立法意旨，金控公司投資收益本不應存在，被告之核定顯與租稅中立原則有違；金控法第49條立法意旨視各公司為同一實體，與公司「內部」部門無異，則就不應再以個體視之，將其損費視為屬金控法立法意旨下不應存在之投資收益項下之損費，進而使原金融機構應納稅額增加，違反金控法第49條立法意旨；財政部96年函釋實有違金控法第49條之立法意旨，被告援引並全數剔除原告申報之營業費用及利息支出，實非適法；在有應稅收入與不計入所得收入之情形下，如無法直接合理明確歸屬投資收益者，實不應逕行歸屬至投資收益項下減除，未貫徹所得稅法第24條應免稅收入成本配合原則；被告未逐項考量費用實際發生性質，與財政部100 年6 月30日台財稅第00000000
000 號函內涵有別；依金控法第49條連結稅制之精神、實質課稅原則及租稅中立原則，即使原告可直接歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出，不應全數剔除等，資為爭議。㈡按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精
神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」為稅捐稽徵法第12條之1 第1 項所明定。次按「自中華民國79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」、「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」及「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，……。」分別為行為時所得稅法第4條之1、第24條第1項及第42條第1項所規定。㈢又「……說明：二、非以有價證券買賣為專業之營利事業，
其買賣有價證券部分，除可直接歸屬之費用及利息，應自有價證券出售收入項下減除外，……三、以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」、「公司組織之營利事業，投資國內其他營利事業所獲配之投資收益，依所得稅法第42條第1 項規定，不計入所得額課稅者，其營業費用及利息支出，應按下列規定計算分攤，自該投資收益項下減除，不得在課稅所得項下減除：一、非以有價證券買賣為專業之營利事業，除直接歸屬之費用或利息，應自投資收益項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用或利息。二、以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及利息支出，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應依照本部83年2 月8 日台財稅第000000000 號函規定之比例，計算分攤之。……。」分別經財政部83年2 月8日台財稅第000000000 號函釋、92年函釋在案。
另「主旨：關於金融控股公司是否屬『以買賣有價證券為業之營利事業』之認定，……說明：……二、依據金融控股公司法第36條規定，金融控股公司應確保其子公司業務之健全經營，其業務以投資及對被投資事業之管理為限，其得投資之事業並有明文規定。準此，金融控股公司依上開規定經營投資及管理，尚非屬以有價證券買賣為業；其於申報營利事業所得稅時，除可直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出，得自投資收益項下減除外，免分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。三、依金融控股公司法第37條及第39條規定，金融控股公司得向主管機關申請核准，投資同法第36條第2 項所定以外之事業，或運用短期資金購買政府債券或金融債券等。如金融控股公司從事上開投資或買賣有價證券之金額龐大，致其買賣有價證券之收入及投資收益遠超過其依金融控股公司法第36條規定經營業務之營業收入，足認其係以買賣有價證券為業者，除可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列外，尚應依法分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。」亦經財政部96年函釋在案。
83年函釋係財政部基於職權就證券交易所得稅停徵期間從事證券買賣其費用及利息支出之分攤原則所為釋示，未逾越法律規定，並經司法院釋字第493 號解釋，認與憲法尚無牴觸，本院自可適用。
另查財政部92年函釋第1 款、第2 款係對一般公司組織之營利事業，投資國內其他營利事業所獲配之投資收益，依所得稅法第42條第1 項規定，不計入所得額課稅者，其營業費用及利息支出計算分攤方式加以規定，96年財政部函釋則係以金融控股公司是否屬於「以買賣有價證券為業之營利事業」認定為解釋之主要標的，二者解釋之對象不同，已不生比較二者何者有利不利之問題。又查財政部92年函釋第3 款：「綜合證券商及票券金融公司，其營業費用及利息支出除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應依照本部85年8月9 日台財稅第000000000 號函規定之分攤原則計算分攤之。」已就綜合證券商及票券金融公司部分，明示以「直接合理明確」作為分攤認定之基準，故財政部96年函釋對屬於金融公司之金控公司以「直接合理明確」作為分攤認定之基準，與財政部92年函釋相同，足認財政部96年函釋並未非變更財政部92年函釋之內容，而為不利納稅義務人不利之新函釋，故原告稱財政部96年函釋變更前92年函釋，為更不利原告之見解，應適用100 年11月23日修正公布之稅捐稽徵法第1條之1 第2 項、第3 項之規定乙節，顯屬誤解而不足取。而92年函釋及96年函釋，係對前開83年函釋及金融控股公司如何認定是否屬以買賣有價證券為業之解釋，未逾越所得稅法第42條第1 項及金融控股公司法相關規定，亦得援用。㈣按金控法第49條「金融控股公司持有本國子公司股份，達已
發行股份總數百分之九十者，『得』自其持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之年度起，選擇以金融控股公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅申報；其他有關稅務事項，應由金融控股公司及本國子公司分別辦理。」即合於一定要件形成控股關係之公司，得選擇合併報繳營利事業所得稅，將更能符合經濟實質之課稅原則。而連結稅制之運作以財政部92年2 月12日台財稅字第0910458039號函訂定「營利事業依金融控股公司法第四十九條及企業併購法第四十條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則」（下稱申報處理原則）為準，申報處理原則「六、合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算規定：（一）各公司依所得稅法第二十四條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額及合於所得稅法第三十九條但書規定之個別營業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。……一一、金融控股公司或併購母公司應填具合併結算申報總表及合併申報未分配盈餘總表，連同各公司之申報書表，依規定向該管稽徵機關辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘申報。」即連結稅制應以個別公司按所得稅法第24條及相關規定計算之課稅所得額為連結稅制計算基礎，公司間之交易損益或投資損益仍以個別公司為主體各別計算，是金融控股公司與各子公司如有應稅、免稅收入，應依上開規定計算個別公司之課稅所得額，再予加總計算合併結算申報所得額。原告主張連結稅制下合併申報公司間之投資收益不應存在且不應以個體視之，委不足採。被告依所得稅法及合併申報處理原則相關規定之核定，無違租稅中立原則及金控法第49條之立法意旨。
至財政部93年7 月5 日台財稅字第0930453061號令係就營利事業合併辦理結算申報者依規定扣除前5 年度核定合併營業盈虧之計算方式所為之釋示，尚非認定連結稅制下合併申報公司間之投資收益不應存在，併予敘明。
㈤依金融控股公司法第36條第1 項規定，金融控股公司應確保
其子公司業務之健全經營，其業務以投資及對被投資事業之管理為限，爰此，其主要收入來源應為投資收入；又商業會計法第27條第1 項第4 款規定，營業收入類，指銷貨收入、勞務收入、業務收入、其他營業收入等項，則就金融控股股份有限公司投資子公司之收益本質以觀，應為其營業收入。本件原告92年度全部業務均屬金融控股公司法第36條規定範圍，其收入亦全部源自於對該法條事業之投資及對被投資事業管理，故經被告將投資收益5,320,425,908 元轉列為營業收入，核定營業收入5,330,970,640 元，並依法計算投資收益應分攤之營業費用及利息支出自無不合。
㈥原告係經核准登記之金融控股公司，依前揭函釋雖非屬以買
賣有價證券為業，然依行為時所得稅法第4 條之1 、第24條第1 項及第42條第1 項之規定，營利事業之費用及損失既為免稅收入及應稅收入所共同發生，如免稅收入及不計入所得項目之相關成本、費用全歸由應稅項目吸收，則營利事業將雙重獲益，不僅有失立法原意，亦不符成本與費用配合及課稅公平原則。原告投資收益部分既依所得稅法第42條第1 項規定不計入所得額課稅，則其相關營業費用及利息支出，即應依前揭財政部96年函釋規定就各項費用判斷是否可「直接」「合理」明確歸屬於投資及對被投資事業管理，並自投資收益項下減除。而所稱「直接」，依文義解釋認定，當指因該等投資或管理行為所由而生，又所稱「合理」者，乃在於雖不可「直接」歸屬，惟導因有鉅額之投資收益，必有相關之損費與其連結，依所得稅法第24條規定及收入費用配合原則，其自得依費用性質予以「合理」歸屬。又按諸金融控股公司依前開規定經營投資及管理而非屬以有價證券買賣為業者，於申報營利事業所得稅時，除可直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出，得自投資收益項下減除外，免分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。原告依其92年度財務報告書，主要業務範圍為投資經主管機關核准之國內金融相關事業及對被投資事業之管理，舉凡與其經營投資或管理轉投資事業之相關行為，均應屬其主要營業活動。查被告依原告申報資料分析，其業務收入100%來自長期投資收益等經營金控法第36條業務，且長期投資占全部資產比率98.89%，申報損費歸屬於投資收益為合理；又長期投資資金額占實收資本額115.58% ，占長短期借款比率581.71% ，被告推定原告借款資金全部用於投資，是原告自行歸屬之營業費用及利息支出金額並不合理，為可採信。原告92年度全部業務既屬金控法第36條業務，收入亦源自該法條事業之投資及對被投資事業管理，依所得稅法第24條規定及收入與成本配合原則，其營業費用應全數認屬可直接合理明確歸屬於投資及被投資事業管理之各項支出。則原告92年度發生之營業費用及利息支出合計660,583,915 元中，除增資中華開發工業銀行股份有限公司所發生之海外可轉換公司債之債券發行成本攤銷數183,610,317 元及部分支出7,251,323元之歸屬不爭執外，其餘爭執之營業費用（包含薪資支出、租金支出、文具用品、旅費、郵電費、修繕費、廣告費、保險費、交際費、償還借入營運資金而發行ECB 之成本耗竭及攤提、伙食費、訓練費、辦公場所管理費用、專業服務費、服務作業費用、電腦費用、雜項購置、其他雜費、董監事費用及會議費等，見原處分卷1 頁14、15查核說明書）暨利息支出雖非與被投資事業自身相關，然究該經濟事實，應屬為成就原告各該主要營業活動行為所生之各項支出；再者，除再審原告不爭執可直接合理歸屬於投資事業之各項支出外，關於其餘營業費用及利息支出，雖非與被投資事業自身相關，然究該經濟事實，均為投資及對被投資事業之管理，維持公司基本運作、遵循相關法令規定執行控管功能或做集團經營策略整體規劃之必要性支出，且隨經營而必然發生，該經濟事實，其應屬為成就原告從事金融控股公司法第36條業務活動行為所生之各項支出，該條業務所生之支出之事實，足認原告之主要營業項目既為「投資國內金融相關事業」及「對被投資事業之管理」，且其主要營業收入來源亦為子公司獲利有盈餘分配予股東（母公司，即再審原告）之投資收益，則就該等隨營業必然發生之各項支出實質以觀，其確屬可直接合理歸屬於原告投資及被投資事業管理行為之範疇等情，可見被告已就稅捐稽徵法第12條之1 第1 項所定，依實質課稅原則詳為審認，經核並無不合。
㈦另財政部100 年6 月30日台財稅字第10000143850 號函釋有
「至無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，免再分攤至投資收益」等文字，故被告不應使與子公司自身無直接相關之無法明確歸屬之營業費用及利息支出自投資收益項下減除，而必須按營業費用及利息支出發生之原因逐項判斷是否與投資業務有關云云。惟查，上開函釋文字係承接上文：「金融控股公司之營業費用及利息支出，應就其營業費性質及借款資金來源之運用，將可直接合理明確歸屬部分，個別歸屬認列於相對應產生之收入」等字句，則依其意旨其可明確歸屬者，仍應個別歸屬認列於相對應產生之收入。再者，該函第4 項亦明示稅捐稽徵機關宜按個別金融控股公司規模、屬性，是以上開100 年度之函釋，並不足為原告有利認定。從而，被告依前揭規定及行政救濟不利益變更禁止原則，就原告92年度營利事業所得稅結算申報，將投資收益5,320,425,908 元轉列營業收入，核定營業收入5,330,970,640 元（原列報營業收入10,544,732元＋投資收益5,320,425,908元），並計算原告應分擔營業費用及利息支出659,277,271元，核定「第58欄」4,661,148,637 元及課稅所得額虧損246,979,229 元，即無違誤。
八、關於原告子公司大華證券公司－發行認購權證權避險部位證券交易損失及相關費用部分：
㈠原告子公司大華證券公司92年度原列報「第58欄」（遞延（
迴轉）認購權證交易所得）98,829,997元（92年度發行認購權證尚未履約到期之損益、避險成本、費用168,035,412 元－91年度發行認購權證，92年度到期認購權證應迴轉認列上期遞延之損益、避險成本、費用69,205,415元），被告以其中操作避險部位損失92,628,138元、發行認購（售）權證再買回價值變動損失－評價216,420,730 元、認購權證再買回價值變動損失102,097,600 元係屬免稅性質，並按應免稅收入比計算避險部門之免稅所得應分攤營業費用30,022,286元，核定「58欄」為負342,338,757 元（98,829,997元－92,628,138元－216,420,730 元－102,097,600 元－30,022,286元）。原告不服，主張略以：進行風險沖銷之交易，實係主管機關規範其得以發行認購權證所不可或缺之合法要件，並非獨立之證券交易，被告不能逕行涵攝成所得稅法第4 條之
1 之證券交易損失；發行認購權證雖收取權利金，惟亦須負有履約之法律責任，是不論就經濟實質上、法律關係上或會計上，發行人因履約所付代價均應與權利金收入併計損益。又避險交易實質上並非證券交易，被告之核定忽略認購權證交易之經濟實質及量能課稅原則，並就大華證券公司權利義務相關事項割裂為不同認定，違反司法院釋字第420 號及第
385 號解釋；被告認定認購權證避險損失係屬應稅或免稅所得項下損失之方式，顯與其他成本與費用配合原則不一致，且所得稅係對「所得」課稅，被告否准大華證券公司自認購權證收入中先行扣除發行認購權證之相關成本費用，等於要求就收入毛額課稅，不符實質課稅原則，被告就避險交易之損益應併計發行認購權證損益課稅等，資為爭議。
㈡按「自中華民國79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所
得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」、「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為行為時所得稅法第4 條之1 及第24條第1 項所明定。
次按「以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」及「以有價證券買賣為專業之營利事業，其屬綜合證券商及票券金融公司部分之分攤原則補充核釋如下：（一）綜合證券商1 、營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。」、「有關認購（售）權證及其標的股票交易之相關稅捐之核課，應依下列規定辦理：（一）本部86年5 月23日（86）台財證（五）第03037 號公告，已依證券交易法第6 條規定，核定認購（售）權證為其他有價證券，則發行後買賣該認購（售）權證，應依證券交易稅條例第2 條第2 款規定，按買賣經政府核准之其他有價證券，依每次交易成交價格課徵千分之一證券交易稅，並依現行所得稅法第4 條之1 規定，停止課徵證券交易所得稅。（二）認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，按約定行使價格向發行人購入（售出）標的股票者，係屬發行人（持有人）出賣標的股票之行為，應就所出售之標的股票，依證券交易稅條例第2 條規定，按履約價格課徵千分之三證券交易稅。（三）至認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者，係屬認購（售）權證之標的股票之交易，應對認購（售）權證之發行人（持有人）依標的股票之履約價格按千分之三稅率課徵證券交易稅，及對認購（售）權證持有人（發行人）依標的股票之市場價格按千分之三稅率課徵證券交易稅，並依前開所得稅法規定停止課徵所得稅。」、「認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入，依現行所得稅法第22條有關公司組織之會計基礎應採權責發生制之規定，應於發行期間內分期計算損益或於履約時認列損益。認購（售）權證發行人於發行後，因投資人行使權利而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應於履約時認列損益，並依所得稅法第4 條之1 規定辦理。」為財政部83年2 月8 日台財稅第000000000 號（下稱83年函釋）、85年8 月9 日台財稅第000000000 號函（下稱85年函釋）、86年7 月31日台財稅第000000000 號及86年12月11日台財稅第000000000 號函（下稱86年函釋）所明釋。
㈢依上開財政部86年12月11日函釋，以證券商發行權證收取之
發行價款為權利金收入，屬「應稅所得」，依行為時所得稅法第24條規定課徵稅款。系爭認購權證為其他有價證券，再依財政部86年7 月31日函釋，有關認購（售）權證及其標的股票交易之相關稅捐之核課，應依證券交易稅條例第2 條第
2 款規定，按買賣經政府核准之其他有價證券，依每次交易成交價格課徵千分之1 證券交易稅，並依現行所得稅法第4條之規定，停止課徵證券交易所得稅。而認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，按約定行使價格向發行人購入（售出）標的股票者，係屬發行人（持有人）出賣標的股票之行為，應就所出售之標的股票，依證券交易稅條例第
2 條規定，按履約價格課徵千分之3 證券交易稅。至認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者，係屬認購（售）權證之標的股票之交易，應由認購（售）權證之發行人（持有人）依標的股票之履約價格按千分之3 稅率課徵證券交易稅，及對認購（售）權證持有人（發行人）依標的股票之市場價格按千分之3 稅率課徵證券交易稅，並依前開所得稅法規定停止課徵所得稅。查發行後買賣該認購權證，及因避險而買賣標的股票所生之損失，依行為時所得稅法第4 條之1 規定，停止課徵證券交易所得稅，則依損益配合原則，證券交易損失自亦不得從所得額中減除；行為時所得稅法第4 條之1 證券交易免稅所得並無排除收入成本配合原則之適用，是以財政部83年2 月8 日函釋稱，以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。且經司法院釋字第493 號解釋，認係採以收入比例作為分攤基準之計算方式，符合法律規定意旨，與憲法尚無牴觸，自得予以適用。復依司法院釋字第693 號解釋，其解釋文明示：「財政部中華民國86年12月11日台財稅第000000000 號函前段謂：『認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入』，意指該發行價款係權利金收入，而非屬證券交易收入，無所得稅法第4 條之
1 之適用，與憲法第19條之租稅法律主義尚無違背」。㈣關於發行認購權證避險部分：依上開財政部86年函釋意旨，
以證券商發行權證收取之發行價款為權利金收入，屬應稅收入，原告未依其意旨，將出售避險標的股票及認購權證損益列入行為時所得稅法第4 條之1 規定之免稅所得及不能扣除損失之範圍，而逕將出售避險標的股票及認購權證免稅損益合併權利金計算損益，自有未合。故被告將系爭認購權證權利金收入與避險交易所生之證券交易所得，個別認定成本費用及其損益，系爭操作避險部位損失92,628,138元、發行認購（售）權證再買回價值變動損失－評價216,420,730 元、認購權證再買回價值變動損失102,097,600 元係屬免稅性質，不應認定為發行認購權之營業成本或費用。故被告就原告子公司大華證券公司發行認購權證避險部分證券調整金額負411,146,468 元【操作避險部分損失－92,628,138＋（發行認購權證損益188,055,807 －應稅權利金收508,000,000 ）－應稅到期前履約所發生之相關損失及退費1,425,863 ＝－411,146,468 元，見原處分卷1 頁33、34】，自科目第58欄減除，核屬有據。雖原告以修正後所得稅法第24條之2 明文規定，權證發行人之避險交易損失，應與權證發行之權利金收入併計發行權證損益等語，然上開規定經總統於96年7 月11日始增訂公布，且未訂立特定施行日期或授權以命令規定施行日期，依中央法規標準法規定應自公布或發布日起算至第3 日發生效力。茲以本案事實發生於上開法條生效日之前，自無適用之餘地，在所得稅法第24條之2 規定增訂前後，縱有不同之適用，衡屬立法之考量，原告據以主張被告未適用所得稅法第24條收入成本配合原則及有違司法院釋字第42
0 號及第385 號解釋、平等原則等，均不足採。㈤關於分攤營業費用部分：被告以操作避險部位損失92,628,1
38元、發行認購（售）權證再買回價值變動損失－評價216,420,730 元、認購權證再買回價值變動損失102,097,600 元係屬免稅性質，按應免稅收入比分攤避險部門之免稅所得應分攤營業費用30,022,286元。原告子公司大華證券公司係綜合證券商，經營業務包括自營、經紀及承銷等3 種。而綜合證券商依財政部83年函釋「收入比例」分攤原則，對其將產生最不利之結果，故財政部另發布85年函釋規定各部門因經營部門業務所發生之相關費用，應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列，餘無法明確歸屬之營業費用，可按費用性質，分別選擇依自營、經紀及承銷之各部門「部門」薪資、員工人數或辦公室面積等作為合理歸屬之分攤基礎。因此，營利事業可依其規定選擇有利之方式計算各部門應分攤之不可直接歸屬之營業費用，然自營部門同時經營應稅業務（如債券利息收入、附賣回債券利息收入、短期票券利息收入、認購權證發行權利金收入等）及免稅業務（如出售國內證券收入、出售權證避險證券收入、期貨交易所得、股利收入），其所分攤之無法明確歸屬之營業費用，因營利事業已經選定對其有利之方式計算分攤，此無法明確歸屬部分亦應適用已經選定之計算基準。查本件避險部門包含免稅之出售證券收入- 避險部位2,802,267,511 元及應稅權利金收入508,000,000 元，分攤系爭年度履約營業費用35,464,779元（32,713,495元＋2,751,784 元），按應、免收入比例分攤計算後，免稅所得分攤30,022,386元，權利金收入分攤5,442,493 元，並非無據。且與財政部96年4 月26日訂定「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」，該辦法第3條規定：「營利事業以房地或有價證券或期貨買賣為業者，於計算應稅所得及前條第一項各款免稅所得時，其可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列；其無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，應依下列規定分別計算各該款免稅收入之應分攤數：一、營業費用之分攤：（一）營利事業因目的事業主管機關規範而分設部門營運且作部門別損益計算者，得選擇按營業費用性質，以部門營業收入、薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為基準，分攤計算之。其未經選定者，視為以部門營業收入為基準。其計算基準一經選定，不得變更。如同一部門有應稅所得及免稅所得，或有二類以上之免稅所得者，於依本目規定分攤計算後，應再按部門之免稅收入占應稅收入與免稅收入之比例或免稅收入占全部免稅收入之比例分攤計算之。」相符。而被告依上述方式計算被告自營部門免稅所得應分攤營業費用250,189,954 元，重行核算「58欄」應為負562,506,
425 元（98,829,997元－92,628,138元－216,420,730 元－102,097,600 元－250,189,954 元），課稅所得額虧損172,396,341 元，大於原核定課稅所得額虧損392,564,009 元，依行政救濟不利益變更禁止原則，維持原核定，㈥從而被告核定原告子公司大華證券公司92年度列報「第58欄」核定為負342,338,757 元，亦無不合。
九、綜上所述，原告主張均無可採。被告所為處分（復查決定），並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原告訴請撤銷如其聲明所示，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊、防禦方法，經核與判決之結果不生影響，無庸逐一論述，併予敘明。
十、據上論結，原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 6 月 14 日
臺北高等行政法院第二庭
審判長法 官 黃 本 仁
法 官 蘇 嫊 娟法 官 林 妙 黛上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 101 年 6 月 14 日
書記官 蔡 逸 萱