臺北高等行政法院判決
100年度訴字第99號100年5月19日辯論終結原 告 聯發科技股份有限公司代 表 人 蔡明介（董事長）訴訟代理人 李念祖 律師訴訟代理人 牛豫燕 律師 （兼送達代收人）訴訟代理人 吳雅筠 會計師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心（局長）住同上訴訟代理人 劉桂英上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國99年11月24日台財訴字第09900362400 號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
壹、事實概要：緣原告民國（下同）95年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）23,092,696,464元，經被告核定20,558,047,299元，補徵營利事業所得稅316,831,146 元。原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，遭經駁回，遂向本院提起本件行政訴訟。
貳、本件原告主張：
一、雙方不爭執之事實
（一）原告係高階積體電路之設計及製造業者。
（二）原告於88年度經新竹科學園區管理局（下稱科管局）核准第1 次增資擴展，於90年度經經濟部工業局核准增資擴展，並經財政部於91年9 月2 日核准自91年1 月1 日起連續
5 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅（即本案之「第
2 次5 年免稅」）。
（三）原告95年度營利事業所得稅結算申報，其中屬第2 次5 年免稅新增投資計畫產品收入淨額部分，原列報95年免稅產品收入淨額23,092,696,464元，經被告調減為20,558,047,299 元 。
（四）90年12月27日公佈之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部份獎勵辦法（下稱90年12月版獎勵辦法）為經濟部工業局所修正，並自91年1 月1 日起生效適用。
二、本案爭點
（一）90年2 月20日新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部份獎勵辦法（下稱90年2 月版獎勵辦法）第5 條業已規範高階積體電路設計業者，依其經核准投資計畫所生產之產品屬於免稅範圍，因此90年12月版獎勵辦法第5 條第
3 項是否並未增加90年2 月版獎勵辦法項目，而僅係將90年2 月版獎勵辦法之免稅範圍予以闡明，因此本件即使認定原告應適用90年2 月版獎勵辦法項目，亦應准許將其自行銷售經核准投資計畫完成設計所產製之產品所得列入免稅範圍？
（二）原告雖於90年9 月28日獲工業局核發「符合新興重要策略性產業」核准函（原證1 號），但係嗣於91年7 月24日向財政部申請核發第2 次5 年免稅核准函，並於同年9 月2日始取得財政部前揭第2 次5 年免稅核准函，而系爭90年
2 月版獎勵辦法於90年12月27日經修正變更為90年12月版獎勵辦法，並自91年1 月1 日起生效適用，是否構成中央法規標準法第18條所定處理程序終結前據以准許之法規有變更之情形，並有「從新從優原則」之適用？
（三）根據最高行政法院93年度判字第1183號判決意旨，財政部於91年7 月24日受理原告所提出之第2 次5 年免稅申請案，是否應適用當時已實行之90年12月版獎勵辦法為核駁依據？
（四）新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第12點第2 項規定之計算方式，是否並不適用於「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」？
三、參照促進產業升級條例（下稱促產條例）第9 條第2 項關於
5 年免稅規定之立法目的，應認90年2 月版獎勵辦法業已將高階積體電路設計業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，納入免稅所得範圍，因此90年12月版獎勵辦法第5 條第3 項增訂目的，係為明確定義免稅收入範圍，以杜徵納雙方爭議，並非增加90年2 月版獎勵辦法項目，從而被告否准原告之第2 次5 年免稅申請案應適用90年12月獎勵辦法，屬對於免稅範圍進行目的性限縮，限制人民免稅權利，違反憲法所明訂之稅捐法律主義：
（一）司法院釋字第210 號解釋明示：「中華民國69年12月30日修正公布之獎勵投資條例第23條第3 項第1 款，關於限額免納所得稅之利息，係規定『除郵政存薄儲金及短期票券以外之各種利息』，並非排除私人間無投資性之借款利息，而中華民國70年8 月31日發布之獎勵投資條例施行細則第27條認該款『所稱各種利息，包括公債、公司債、金融債券、金融機構之存款及工商企業借入款之利息』，財政部（70）台財稅字第37930 號函並認『不包括私人間借款之利息。』縱符獎勵投資之目的，惟逕以命令訂定，仍與當時有效之首述法條「各種利息」之明文規定不合，有違憲法第19條租稅法律主義之本旨。」（原證4 號）。準此以解，有關免稅事項，應以法律規定之，不得以行政命令對於免稅之適用範圍，進行目的性限縮，限制人民之免稅權利，以符合稅捐法律主義之本旨。
（二）按促產級條例第2 章關於租稅減免之規定，係為達成「促進產業升級及經濟發展」目的之租稅減免，係屬以執行特定經濟政策為目的之稅法。另按促產條例第9 條第2 項5年免稅規定之立法目的，係為落實對重要科技事業之獎勵，特賦予符合新興重要策略性產業適用範圍者，得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅。又租稅優惠之本質，乃在於相同負擔能力，賦予其不同之租稅待遇，而以經濟政策或社會政策，作為不同待遇之合理正當事由；上述促產條例第9 條第2 項5 年免稅規定，即立法者基於經濟政策及促進產業升級之立法目的，所為合理之區別對待，即藉由租稅抵減之租稅優惠方式以達到促進產業升級之立法目的。故基於該租稅優惠意旨所制訂之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」第5 條，主管機關自應本於使重要科技事業之獎勵誘因充分發揮效果之目的解釋、適用之，始符合該租稅優惠規定之立法意旨。
（三）謹按，90年2 月版獎勵辦法第5 條第1 項第8 款第3 目規定：「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：（略）八、技術服務業…（三）高階積體電路設計：DRAM(128M 以上)…SOC、EDA 產品或IP。
」，換言之，90年2 月版獎勵辦法第5 條業已規範符合該條規定之高階積體電路設計業者，依其經核准投資計畫所生產之產品，屬於90年2月版獎勵辦法之免稅範圍。另外，根據原告針對系爭第2次5年免稅申請案所提出供工業局審查之系爭投資計畫書（原證5 號）清楚記載系爭投資計畫之產品為「高階積體電路設計：SOC （1）DVD-ROM單晶片（2）高 整合DVD-Player晶片組 (3)Combi 晶片組」（參見投資計畫書第2 頁「二、預計產銷」以下之說明以及第4 頁「八、產品製程/ 服務流程、建廠/ 建置時間表、設備開始作業及產品開始銷售或提供勞務時間表」，由此亦可明瞭原告據以申請系爭第2次5年免稅案件之投資計畫書，已將符合90年2 月版獎勵辦法第5 條第1 項第8 款第
3 目規定之產品納入投資計畫內，而此投資計畫並已經工業局予以審核並核發工業局核准函，為被告機關所不爭執之事實。
（四）次按，工業局核准函說明第4 項係就原告完成「投資計畫產品」之期限為規範，而該核准函所稱「投資計畫產品」，當然係指原告依經工業局核准之投資計畫完成之設計所產製之產品，並未區分原告將該設計提供他人產銷產品，或將自行使用該設計產製產品。故原告使用根據系爭投資計畫完成之設計所產製之產品，自應包含在經濟部工業局核准函所指明之「投資計畫產品」中。
（五）再按，根據免稅所得計算要點第3 點之規定，公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，其免徵營利事業所得稅之範圍，以新興重要策略性產業投資計畫完成證明所載生產之產品或提供之勞務為限。針對系爭第2 次5 年免稅案件，科管局係於91年7 月12日核發完成證明，其中揭示之投資計畫生產之產品或提供之技術服務為「高階積體電路設計-SOC」，而依系爭投資計畫，所謂「高階積體電路設計-SOC」，包含（1）DVD-ROM單晶片；（2）高 整合DVD-Player晶片組；（3）Combi晶片組等。從而根據免稅所得計算要點第3 點之規定以及科管局完成證明之記載，益證系爭第
2 次5 年免稅案之免稅所得範圍，包含原告依系爭投資計畫產銷自有品牌產品之收入，至為明確。
（六）此外，觀諸90年12月版獎勵辦法修正總說明第1 項明文指出：「…. 另明定屬於技術服務業者如選擇適用5 年免稅，其免稅範圍包括自行銷售依經核准之投資計畫完成設計產製之產品所得，以符業者需求。（修正條文…第5 條）」，而第5 條修正條文說明：「鑒於高階積體電路設計業除從事高階積體電路設計工作外，多數業者亦將所設計之成品委外製造，產製屬自有品牌之積體電路產品，惟財政部計算該等業者之五年免稅，未將上述產製之產品部分亦予以納入，滋生相當之爭議，爰增訂第3 項，以符合業者之需求。」（原證6 號），可知：被告在計算原告高階積體電路設計5 年免稅收入時，應將原告委外製造之成品銷貨收入納入，如此始符合法規規定。90年12月版獎勵辦法增訂目的，係著眼於倘財政部未將此類產品納入免稅範圍，產生徵納雙方爭議，勢必需循行政救濟途徑解決，徒然浪費司法資源並製造民怨，故法規增訂之目的並非有意賦予新申請者較原申請者更為有利之條件，而係將原來90年
2 月版獎勵辦法此項目投資計畫免稅之範圍予以闡明，以杜爭議。
（七）綜上說明可知，縱依90年2 月版獎勵辦法，財政部及被告本即應將原告委外製造之成品銷貨收入納入免稅產品之範圍，而此亦為促進產業升級條例第9 條及90年2 月版獎勵辦法所明文規定欲提供予原告免徵營利事業所得稅之優惠，然被告及訴願決定對於90年2 月版獎勵辦法第5 條之規定以及促產條例第9 條第2 項關於5 年免稅規定之立法目的，未予細查深究，即斷章取義認為90年2 月版獎勵辦法第5 條所規定之免稅範圍僅及於提供技術服務所產生之收入云云，此舉無疑係對於積體電路業者（如本件原告）依據促產條例所得享有之免稅優惠予以限縮，未經法律授權而以行政函令進行目的性限縮，限制人民之免稅權利，當然違反憲法第19條租稅法律主義之規定，因此原處分違法不當，當然應予撤銷。
四、原告就系爭第2 次5 年免稅案件，係於90年8 月向工業局申請並於同年9 月28日獲工業局核發「符合新興重要策略性產業」核准函（參見原證1 號），嗣於91年7 月12日獲科管局核發完成證明（參見原證2 號），之後於91年7 月24日向財政部提出申請自91年1 月1 日起5 年免徵營利事業所得稅，而財政部於同年9 月2 日核發5 年免稅核准函（參見原證3號），准許原告自91年1 月1 日起適用第2 次5 年免稅。於前述自90年8 月起至91年9 月止之申請期間，系爭獎勵辦法既已於90年12月間變更，而90年12月版獎勵辦法更於91年1月1 日起即生效實施，因此於系爭第2 次5 年免稅申請案之過程中，應構成中央法規標準法第18條所定處理程序終結前據以准許之法規有變更之情形，並有「從新從優原則」之適用。
（一）中央法規標準法第18條明訂：「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」換言之，中央法規標準法針對人民申請許可案件之相關法規，採取所謂「從新從優原則」，只要是在程序未終結前，法規發生任何變動，而新法規未有不利於當事人之規定，原則上均應適用新法。
（二）次查，「所謂多階段行政處分之作成，須二個以上機關本於各自職權共同參與而言，此際具有行政處分性質者乃屬最後階段之行為，亦即直接對外生效之部分…在例外情形，如法規明定其他機關之參與行為為獨立之處分，或其參與行為（許可或同意），依法應單獨向相對人為之者，則亦視為行政處分。」（參見前大法官吳庚所著「行政法之理論與實用」乙書；原證7 號）；此外，參酌本院91年度訴字第1138號判決認為：「…則依上開行為時課徵辦法之規定，貿調會貿委（九０）調字第09000034930 號函，通知原告及財政部等，指涉案國印尼進口產品未對國內產業造成實質損害，亦無實質損害之虞一節，顯係其法定職權所作之行政處分，此項行政處分，在課徵辦法已明定其為獨立之處分，並已通知原告等，其與被告財政部所作91年
1 月24日台財關字第0910550044號函通知原告等終止調查並予結案之行政處分，雖屬多階段行政處分，惟均屬具有法效性之行政處分…此種多階段行政處分，行政法院（現改制為最高行政法院）60年度判字第629 號判決，對外商取得該管機關經濟部之審核證明…向經濟部申請審核就其投資計畫所輸入之機器設備所製造加工之產品，亦得免稅五年，俾據以向財政部申請核准或減免稅捐，為經濟部否准…前行政法院即認其屬具法效性之多階段行政處分，而為實體之判決…。」（原證8 號），可知就人民申請案，倘為需經多數行政機關本於職權共同參與審核者，構成所謂多階段行政處分，並以屬最後階段且直接對外生效之部分為行政處分行為。
（三）原告就系爭第2 次5 年免稅，雖必須向工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函，並於增資擴展計畫完工後向科管局申請核發完成證明兩階段申請，惟原告如欲享受促產條例所規定之5 年免徵營利事業所得稅之優惠，必須依促產條例施行細則第19條規定，檢具相關文件向財政部申請核准，並於取得財政部核發5 年免稅核准函為止，始真正取得免稅資格。準此，揆諸前述見解，工業局、科管局以及財政部等行政機關根據促產條例及其相關法令就原告所提出之第2 次5 年免稅申請案，所各自作成之核准函，係屬一多階段行政處分，工業局於前階段所核發之符合新興策略性產業核准函，雖具有行政處分之性質，惟僅屬多階段行政處分之前階段行為，實則第2 次5 年免稅申請案各階段之主管機關，於原告申請增資擴展從事高階積體電路設計5 年免稅案所為各階段之處分，應構成一個整體之處理程序，於財政部最終核發免稅核准函前，處理程序尚未終結，其間如據以適用之法規有變更者，依中央法規標準法第18條之規定，自應適用新法規。
（四）按90年12月版獎勵辦法於91年1 月1 日開始實施，而財政部係於91年7 月24日收受原告提出之第2 次5 年免稅申請案，並於91年9 月2 日發文原告免徵營利事業所得稅核准函，則針對原告第2 次5 年免稅申請案，在財政部作成最終階段之核准之前，系爭獎勵辦法既已變更，財政部當然應依據中央法規標準法第18條規定，依職權根據90年12月版獎勵辦法核發原告免稅核准函。乃原訴願決定引用最高行政法院93年度判字第1183號判決意旨，指稱本件5 年免稅申請案於工業局核發90年9 月28日核准函時，即告終結云云，不僅誤解前揭最高行政法院判決意旨（詳見下述），更顯現其對於5 年免稅申請流程之不求甚解，應予撤銷，允無疑義。
五、被告指稱原告係90年12月31日前取得新興重要性產業核准函，故無論原告何時取得完工證明及5 年免徵所得稅核准函，皆應適用90年2 月版獎勵辦法，而無90年12月版獎勵辦法第
5 條第3 項規定之適用云云，顯違反中央法規標準法第18條「從新從優」原則及規定，亦違反行政程序法第1 條、第4條（依法行政原則）、第6 條（公平原則）之規定：
（一）按憲法保障人民平等權（憲法第7 條參照），國家公權力行為對本質上相同之事物，應為相同之處理，對於本質上不同之事物，亦須為不同之處理。換言之，國家應平等授與人民權利或課以人民義務及負擔，除非有正當之理由，亦即對於即將規制之權利義務關係具有本質上重要的差異，不得為恣意從事不同之處理。行政程序法第6 條要求「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇」，即將此平等原則之要求明文化。次按「租稅法所重視者，應為足以表徵納稅能力之實質的經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，實質課稅原則為租稅法律主義之內涵及當然歸趨。」行政法院82年度判字第2410號判決論述綦詳（原證9 號）。是以，行政機關除應依憲法第
7 條平等原則及行政程序法第6 條之規定，對於事物本質上相同之事件作相同處理，針對租稅案件，更應秉持租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅。
（二）被告以原告取得工業局核准函之時點為依據，指稱因原告於90年12月版獎勵辦法發布前取得工業局核准函，因此不得適用90年12月版獎勵辦法云云。惟查，倘依被告所稱以「取得工業局核准函」之時點為判斷適用90年2 月版獎勵辦法或90年12月版獎勵辦法之依據，如A 、B 兩家高階積體電路設計業公司均於90年間向工業局提出核發符合新興重要策略性產業核准函之申請，其中A 公司於90年12月26日取得工業局核發之核准函，而B 公司於91年1 月1 日取得工業局之核准函，而兩家公司之後繼續進行後續之5 年免稅申請流程（即申請科管局之完成證明以及申請財政部之免稅核准函），並同時於91年9 月2 日取得財政部核發之5 年免稅核准函，但卻因兩家公司取得工業局核准函之日期有短短5 天之差，導致僅B 公司得適用90年12月版獎勵辦法，而A 公司卻無法適用90年12月版獎勵辦法。如此一來，將造成因主管機關回覆時間之不同，而致使根據相同法規提出申請、於同一時間完成最終5 年免稅申請流程並取得免稅核准函之兩家公司，所獲得之免稅所得範圍卻不一致之偏差現象。
（三）承上所述，被告前開主張顯然將導致就相同之事物本質，為差別之待遇，並導致被告機關對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，課以不同之租稅，不僅違反中央法規標準法第18條「從新從優」原則及規定，更顯然違背憲法第7 條、行政程序法第1 條、第4 條（依法行政原則）、第6 條（公平原則）等規定、以及前開行政法院82年度判字第2410號判決揭示實質課稅公平原則之意旨。
六、倘認工業局、科管局以及財政部針對5 年免稅申請案所各自核發之核准函，分屬獨立之行政處分，則各行政機關本應依職權適用其作成該獨立行政處分當時施行生效之法規；而本件財政部係於91年9 月2 日始做成系爭第2 次5 年免稅核准函，因此財政部本於職權自應適用當時業已生效施行之90年12月版獎勵辦法。
（一）最高行政法院93年度判字第1183號判決稱：「中央法規標準法第18條，係以人民申請許可案件，於申請後至處理程序終結前，據以准許之法規有變更之情形，始生新法規與舊法規比較之問題。該案上訴人於89年7 月1 日受讓被動元件廠，至90年6 月6 日申報完成證明及享受免稅獎勵，並無法規變動之情事。且申請是否符合重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準之核發，與申報完成證明及享受免稅，係各自獨立之聲請案件。前者（按指符合適用範圍之申請）該案被上訴人於88年12月9 日核發符合規定，該項聲請許可案件之處理程序即已終結。本件（按係指申報完成證明以及享受免徵營利事業所得稅申請案）自應適用申請時有效之法規，核與中央法規標準法第18條無涉。」（原證10號）；另最高行政法院95年度判字第1224號判決亦稱：「申請是否符合85年5 月5 日行政院發佈之重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準之核發，與申報完成證明以及享受免稅，係各自獨立之申請案件。前者，該案再審被告（按即經濟部工業局）於88年12月9 日核發符合規定，該項申請許可案件之處理程序即已終結。本件（按係指申報完成證明以及享受免徵營利事業所得稅申請案）自應適用申請時有效之法規，核與中央法規標準法第18條無涉。」（原證11號）。準此，倘認為事業根據促產條例於各階段向該管主管機關所提出之申請（自申請符合重要科技事業屬於製造業及技術服務業、申報完成證明至申請免稅等），均為各自獨立之申請案，當前一階段之申請或該管主管機關核發許可時，該件申請案即告終結，而當事業進行下一階段之申請案時，該管主管機關於審核此一階段之申請案時，應適用申請案提出當時有效之法規，以為核駁依據。
（二）依最高行政法院前揭見解，則原告向工業局申請核發符合新興重要策略性產業證明，以及嗣後向科管局申請核發完成證明及向財政部申請核發5 年免稅證明等各階段之申請案，均屬各自獨立之申請案，則各階段之主管機關就各該申請案，自應適用申請案提出時有效之法規，據以核駁原告之申請。查原告就本件第2次5年免稅申請，係於91年7月24日向財政部提出，此由財政部91年9 月2 日台財稅字第0910455539號函，明揭係依據原告91年7 月24日（90）聯發財字第91050 號函辦理即明（參原證3 號），而於原告提出本件申請案時，90年12月版獎勵辦法已自91年1 月
1 日起開始實施，則財政部自應適用原告提出申請時有效之90年12月版獎勵辦法，據以核准，而被告就免稅範圍之核定，自亦應以90年12月版獎勵辦法為據。
七、根據促產條例第4 條第2 項及促產條例施行細則第19條等規定，核定系爭5 年免稅申請案之免稅核准及其免稅所得範圍之主管機關為財政部，並非工業局，因此工業局之核准函並非核定「免稅所得範圍」，原訴願決定書指稱原告之系爭投資計畫書業經工業局核定其「免稅範圍」適用」90年2 月版獎勵辦法云云，有適用法規錯誤之違法：
（一）查促產條例第4 條第1 項以及第2 項分別明訂：「本條例所稱工業主管機關：在中央為經濟部工業局；在直轄市為直轄市政府建設局；在縣（市）為縣（市）政府。本條例所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理。」
（二）按原告係根據促產條例第8 條第3 項、第9 條第2 項以及促產條例施行細則第19條等規定，於提出投資計畫符合新興重要策略性產業範圍，完成該投資計畫，並擇定由原告適用5 年免徵營利事業所得稅之獎勵，而放棄股東階段之投資扣抵獎勵，其申請流程必須經歷下列三階段：1.檢具投資計畫書先向工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函；2.於完成投資計畫後向科管局申請核發「新興重要策略性產業完成證明」；3.向財政部申請核准5 年免稅（即系爭第2 次5 年免稅）。根據促產條例第8 條之規定，工業局就系爭第2 次5 年免稅案所應予以審查核定者，為原告之投資計畫是否符合「新興重要策略性產業之適用範圍」。換言之，工業局核發之「符合新興重要策略性產業」核准函，其效力僅在於核定原告之投資計畫符合獎勵辦法所規範之「新興重要策略性產業之適用範圍」，並不涉及原告根據系爭投資計畫產製產品之計算免稅所得範圍之認定。此觀（1）原 告針對系爭第2 次5 年免稅申請案所提出供工業局審查之投資計畫書（參見原證5 號）之內容，係說明系爭投資計畫下預計產銷產品、其年產量能及預估產銷情況、發展計畫及預估經費、以及產品製程/ 服務流程、建廠/ 建置時間表、設備開始作業及產品開始銷售或提供勞務時間表等項目，並無最高法院前揭判決所謂「可得新增之免稅範圍」云云；（2）工 業局就系爭第2 次5 年免稅案於90年9 月28日所核發予原告之符合新興重要策略性產業核准函（參見原證1 號），其「說明」欄第二點記載「貴公司前述投資計畫…准依同辦法第7 條規定核發符合新興重要策略性產業核准函」，而無所謂「可得新增之免稅範圍」之記載，可資證明。
（三）次按，促產條例施行細則第19條規定：「經依本條例第9條第1 項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於投資計畫完成之次日起1 年內，檢齊下列文件，向『財政部』申請5 年免徵營利事業所得稅：一、符合新興重要策略性產業核准函影本。二、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。三、中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。但全數以未分配盈餘轉增資擴充者免附。」準此，原告就系爭第2 次5 年免稅申請案，於取得工業局所核發之「符合新興重要策略性產業」核准函以及科管局所核發之完成證明後，得根據促產條例第9 條規定擇定適用免徵營利事業所得稅並放棄適用促產條例第8 條股東投資抵減。原告於擇定後，根據促產條例施行細則第19條之規定，檢具相關文件向「財政部」申請核定免稅優惠之起迄期間以及免稅範圍，從而原告最終享有5年 免稅優惠之免稅範圍，係於財政部審核階段予以核定，此觀促產條例施行細則第19條之明文規定，即堪明白。
（四）再者，90年12月版獎勵辦法第17條第1 項亦明文規定：「選擇適用本條例第9 條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之。」換言之，財政部就系爭免稅申請案，本有根據促產條例施行細則第19條規定審查核發免稅核准函以及根據90年12月版獎勵辦法第17條第1 項計算免稅額之權限，是以系爭5 年免稅申請案之「免稅所得範圍」之核定，應由財政部根據促產條例施行細則第19條規定，本於獨立權責審查核定原告之免稅要件以及免稅所得額之計算方法，與工業局之核准函係確定原告之投資計畫「符合新興重要策略性產業適用範圍」，兩者法律效果，各異其趣，顯見基於促產條例第4 條與第8 條第3 項授權訂定之獎勵辦法之規範，工業局僅為核定「是否符合新興重要策略性產業適用範圍」之主管機關，而財政部為核定「免稅所得範圍」之主管機關，允無疑義。
（五）根據促產條例第8 條及第9 條等所定新興重要策略性產業之獎勵申請流程，公司係於取得工業局之核准函以及科管局核發之完成證明，擇定是否適用免徵營利事業所得稅之獎勵，並於擇定後向財政部申請核發免稅證明，因此在工業局審核公司是否「符合新興重要策略性產業」之階段，提出申請之公司根本尚未決定是否要選擇適用免徵營利事業所得稅之獎勵，從而工業局之核准函事實上無法亦無從發生核定「免稅範圍」之效果：
1、根據促產條例第8 條及第9 條之規定，公司符合同法第8條所定新興重要策略性產業適用範圍者，就其增資擴展計畫所得享受之租稅優惠，得選擇由其股東自當年度起5 年內抵減各年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額（即股東投資抵減），或經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減（即公司5 年免稅）；公司如擇定股東投資抵減者，應向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發股東投資抵減稅額證明書（促產條例施行細則第16條）；反之，如擇定公司5 年免稅者，應向財政部申請核發免徵營利事業所得稅核准函（促產條例施行細則第19條）。
2、換言之，促產條例針對符合「新興重要策略性產業適用範圍」之公司所進行增資擴展計畫，提供兩項不同之租稅減免獎勵，即促產條例第8 條規定之「股東投資抵減」，以及同法第9 條規定之「公司5 年免稅」，並由公司於取得工業局所核發之「符合新興重要策略性產業」核准函以及科管局所核發之完成證明後，經由其股東會決定適用「股東投資抵減」或「公司5 年免稅」之獎勵，並於擇定後視其擇定適用方式向該管機關（公司所在地之稅捐稽徵機關或財政部）申請核發股東投資抵減稅額證明書或公司5 年免稅核准函。
3、觀諸上述規定可知：公司係於向財政部提出核發5 年免稅核准函之申請時，始發生擇定適用免徵營利事業所得稅之法律效果，而原告於向工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函以及投資計畫完成後向科管局申請完成證明之前階段申請流程時，既尚未（亦無須）擇定是否適用免徵營利事業所得稅，則工業局之審查核定範圍自不可能包含「免徵營利事業所得稅之免稅範圍」，從而工業局所核發原告之「符合新興重要策略性產業」核准函，當然亦無可能發生核定計算「免稅所得範圍」之效果，此觀前揭工業局核准函（參原證1 號）「說明」欄第6 點並且清楚記載「貴公司如欲適用促產條例第8 條股東投資抵減獎勵，請依施行細則第16條規定辦理；欲適用促產條例第9條免徵營利事業所得稅優惠者，請依施行細則第17條及第
18 條 規定辦理，未依限選擇者視為適用第8 條股東投資抵減」，益證工業局於核定原告之系爭投資計畫屬於新興重要策略性產業適用範圍時，原告尚未擇定就系爭投資計畫適用免徵營利事業所得稅，因此工業局所核發原告之「符合新興重要策略性產業」核准函，當然並無涉及認定原告投資計畫產品之免稅所得範圍，理殊淺顯自明。
（六）實則，觀諸原訴願決定書所引用之最高行政法院93年度判字第1183號判決（見原證10號）清楚指出：「申請是否符合重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準之核發，與申報完成證明及享受免稅，係各自獨立之聲請案件。前者（按指符合適用範圍之申請）該案被上訴人於88年12月9 日核發符合規定，該項聲請許可案件之處理程序即已終結。本件（按係指申報完成證明以及享受免徵營利事業所得稅申請案）」，可知最高行政法院亦已闡明：針對5 年免稅申請案，向工業局所提出之申請，係為取得「符合適用範圍」資格之申請，向科管局提出之申請，係為申報完成證明，而向財政部提出之申請，係為「享受免徵營利事業所得稅」之申請。綜上可知，原訴願決定指稱原告之系爭投資計畫申請案業經工業局於90年9 月28日核定其「免稅範圍」適用90年2 月版獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計云云，顯係混淆「新興重要策略性產業適用範圍」（按屬工業局核定職權）與「免稅所得範圍」（按屬財政部核定職權）所致。乃促產條例施行細則第19條以及90年12月版獎勵辦法第17條第1 項等既已明訂財政部為核定「免稅所得範圍」之主管機關，從而財政部確實為系爭第2 次5 年免稅申請案之「免稅所得範圍」核定機關，允無疑義，原訴願決定上開主張，顯不可採甚明。
八、訴願決定所依據之財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198 號函（下稱賦稅署91年函釋及工業局91年9 月20日工策組字第091000323502號函（「工業局91年9 月20日函」）違反行政機關依法行政原則及違反促產條例第4 條第2項、第8 條、第9 條、促產條例施行細則第19條、90年2 月版獎勵辦法第7 條及90年12月 版獎勵辦法第10條等規定：
（一）按行政程序法除於第1 條開宗明義明定以確保依法行政原則為立法目的外，亦於第4 條明文規定「行政行為應受法律及一般法律原則之拘束」；次按行政程序法第159 條第
1 項規定「本法所稱行政規則，係指上級機關對下級機關，或長官對屬官，依其權限或職權為規範機關內部秩序及運作，所為非直接對外發生法規範效力之一般、抽象之規定。」縱該行政規則未直接對外發生法規範效力，其仍屬於行政機關行政行為之一種，除受行政程序法規範，也應受「依法行政原則」之規範。基此，凡行政機關作成行政規則、行政函釋，均應依據法律或法律有明文授權之命令定之，否則即屬違反行政程序法第1 條及第4 條所定之依法行政原則。
（二）根據促產條例第4 條第2 項及促產條例施行細則第19條等規定，核定系爭5 年免稅申請案之免稅申請及其免稅所得範圍之主管機關為財政部，並非工業局，已詳前所述，因此儘管「新興重要策略性產業適用範圍」，核屬工業局核定職權，惟「免稅所得範圍」，核屬財政部核定職權。查賦稅署函以為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請工業局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中。而工業局於91年9 月20日工策組字第091000323502號函則明揭有關符合90年12月版獎勵辦法第5 條第1 項第8 款第3目高階機體電路設計及第6 目產品工程服務之投資計畫申請完成證明者，應載明其免稅範圍。前揭函釋增加新90年
2 月版獎勵辦法第7 條、第10條應備具文件規定所無之限制，除未說明其作成該等函釋之法律依據及理由而與依法行政原則有違外，亦違反促產條例施行細則第19條及90年12月版獎勵辦法第17條第1 項明訂財政部為核定「免稅所得範圍」主管機關之規定。故賦稅署91年函釋及工業局函自無得作為被告機關核定本件營利事業所得稅額及法院作成裁判之依據。
九、免稅所得計算要點第12點第2 項規定之計算方式，並不適用於「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，因此被告否准原告之第2 次5 年免稅申請案應適用90年12月獎勵辦法，並錯誤引用計算要點第12條第2 項規定計算系爭免稅所得，有適用法規不當之違法：
（一）被告指稱：原告就系爭第2 次5 年免稅產品之營業收入為18,177,018,991元，原告按100%列報為新增投資計畫之產品收入淨額，惟因該次增資擴展投資計畫係經核准符合90年2 月版獎勵辦法，其免稅範圍並不包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，因此被告機關乃依免稅所得計算要點第12點第2 項之規定，按76.74% [IC設計利潤率26% ÷（IC設計利潤率26%+IC買賣利潤率8%）] 核算第2 次5 年免稅之新增投資計畫之產品收入淨額云云（見訴願理由書第4 頁第15行以下）。然查免稅所得計算要點第12點第2 項（原證12號）係規定：技術服務業以符合投資計畫勞務（產品）產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），其符合投資計畫勞務（產品）收入之計算如下：『投資計畫勞務（產品）收入＝含投資計畫勞務（產品）之最終勞務×｛財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率收入淨額/ 財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率』
（二）換言之，免稅所得計算要點第12點第2 項所規定之計算方式，係適用於計算「技術服務業以經工業局核准之投資計畫之勞務或產品，產銷非屬經核准之投資計畫內之最終勞務或產品」之免稅所得，並非適用於「技術服務業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，乃被告機關錯誤引用免稅所得計算要點第12點第2 項關於計算「產銷非屬經核准之投資計畫內勞務或產品之所得」之規定，據以計算原告「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，原處分自屬於適用法規不當之違法行政處分甚明。
（三）實則，免稅所得計算要點中並無任何條文針對「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」明訂其計算免稅所得方式，此乃因根據90年2 月版獎勵辦法，財政部及被告本即應將「技術服務業以經工業局核准之投資計畫之勞務或產品，自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，全額納入免稅產品收入之範圍，因此無庸於免稅所得計算要點中另定計算方式。準此，90年2 月版獎勵辦法本欲就系爭經工業局核准之第
2 次5 年免稅投資計畫之勞務或產品，提供原告全部免徵營利事業所得稅之優惠，包含其自行銷售依該核准之投資計畫之產品所得，應納入免稅產品之範圍，應堪明白。
十、原告請求准予增列之免稅所得額之計算：謹按，原告95年度營利事業所得稅結算申報，其中屬第2 次5 年免稅（即以90年度增資擴展新增投資計畫）產品收入淨額部分，原列報23,092,696,464 元 ，經被告按76.47%核算調減為20,558,047,299元。惟原告認為被告應就全額（即23,092,696,464元）認列為免稅所得額，因此訴請判決撤銷原處分，俾維持原告就95年度營利事業所得稅所申報關於第2 次5 年免稅部分之全額23,092,696,464元等情。並聲明求為判決訴願決定及原處分（即原復查決定及原核定通知）關於第2 次5 年免稅所得所為不利於原告之部分，均予撤銷。
參、被告則以：
一、原告係經營積體電路製造業，其91至94年度經核准4 次增資擴展（以下分別稱新興第2 次、第3 次、第4 次及第5 次5年免稅），符合促進產業升級條例第9 條規定，分別選定自91至94年各年度1 月1 日起，連續5 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，以研發支出為要件之公式計算免稅所得（卷第63頁）。95年度列報免稅所得23,092,696,464元（卷第56頁），被告以其新增投資計畫之產品收入淨額列報52,670,803,250元（收入比99.49%），其中新興第2 次5 年免稅產品之收入淨額12,417,209,002元（卷第320 頁，本頁所附免稅銷售額計算表，其中新興第2 次5 免誤植為新興第1 次5免），原告按100 ﹪列報為新增投資計畫之產品收入淨額，惟查該次增資擴展投資計畫係經核准符合舊獎勵辦法第3 條第3 款及第5 條第1 項第8 款第3 目之規定（卷第354 及35
5 頁），其免稅範圍並不包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，乃依前揭要點第12點第2項規定，按76.47 ﹪〔IC設計淨利率26﹪÷（IC設計淨利率26﹪＋IC買賣淨利率8 ﹪）〕（卷第56頁）核算新興第2 次
5 年免稅之新增投資計畫之產品收入淨額為9,495,512,774元；又以其中2,861,145,864 元核屬應稅產品予以調減，核算95年度新增投資計畫之產品收入淨額46,887,961,158元〔52,670,803,250－（12,417,209,002－9,495,512,774 ）－2,861,145,864 〕及收入比率88.57%（46,887,961,158÷全部產品收入淨額52,941,604,720），核定免稅所得20,558,047,299元（卷第320 頁）。
二、答辯理由：
（一）系爭新興第2 次5 年免稅投資計畫案，係經經濟部工業局90年9 月28日工（90）電字第09000322410 號函核發符合新興重要策略性產業核准函（原證1 號），並經科學工業園區管理局91年7 月12日園商字第0910017104號函核發新興重要策略性產業完成證明（原證2 號），其中經濟部工業局函所載內容略以：「貴公司增資擴充從事高階積體電路設計－SOC 之投資計畫，申請核發符合新興重要策略性產業核准函乙案……二、貴公司前述投資計畫……經核符合90年2 月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3 條第3 款及第5條第1 項第8 款第3 目之規定，准依同辦法第7 條規定核發符合新興重要策略性產業核准函。」，另科管局函所載內容略以：「貴公司增資擴充從事高階積體電路設計－
SOC 之投資計畫，依據90年2 月20日發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第8 條規定，申請核發完成證明乙案，經查符合規定，准予證明……貴公司如選擇適用免徵營利事業所得稅者，應依據促進產業升級條例施行細則第19條、第20條及第21條規定辦理。
……本完成證明係僅就貴公司之增資行為及購置全新機器、設備部分，予以核定。」
（二）依上開經濟部工業局及科管局核准函，系爭新興第2 次5年免稅投資計畫案之免稅範圍係適用90年2 月20日發布之90年2 月版獎勵辦法，並非90年12月27日發布之新獎勵辦法已明。依首揭促產條例施行細則第19條規定，財政部於受理原告5 年免徵營利事業所得稅申請案時，依原告檢附之文件（即上開規定之符合新興重要策略性產業之核准函影本、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明、全新設備清單影本及中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本）所載法令依據（即90年2 月20日發布之90年2 月版獎勵辦法）據以核發免稅核准函，被告賡續依據前揭核准函所載符合90年2 月20日發布之90年2 月版獎勵辦法規定，據以核定系爭免稅所得，先予陳明。
（三）次按促進產業升級條例之立法目的係「促進產業升級，健全經濟發展」，為經濟部之職掌目的及管轄範圍，經濟部基於推動國家經濟政策之業務執掌目的，常藉由「補助」、「技術指導」、「技術合作」及「委託研發」等方式協助國家所欲扶植之產業，並透過立法將該經濟政策落實執行。而首揭條例第8 條及第9 條有關「租稅減免」之規定，係經濟部為達成上開經濟政策目的，以「稅式支出」之方式「補助」新興重要策略性產業。又「稅捐之稽徵」為財政部之職掌目的及管轄範圍，依所得稅法規定，納稅義務人無論係個人或營利事業如有中華民國所得來源或國內外營利事業所得，均應課徵稅捐。因此「租稅減免」係「量能課稅」及「租稅公平」之例外，必須依據中央主管機關所根據之國家政策（如經濟政策、社會福利政策及教育政策等）經立法明定之範圍始得為之。準此，新興重要策略性產業之「免稅範圍」取決於經濟部依國家經濟政策所定欲扶植之產業範圍，自應由首揭條例所定之中央主管機關（即經濟部工業局）核定。
（四）按所謂多階段處分指行政處分之作成，須2 個以上機關本於各自職權共同參與而言，此際具有行政處分性質者乃屬最後階段之行為，亦即直接對外生效之部分……在例外情形，如法規明定其他機關之參與行為為獨立之處分，或其參與行為（許可或同意），依法應單獨向相對人為之者，則亦視為行政處分（註38）……註38：依照49年公布之獎勵投資條例第18條及50年發布之生產事業輸入機器設備分期繳納進口稅捐實施辦法之規定，享有租稅優惠之生產事業，須先取得該管機關經濟部之審核證明，財稅主管機關始能據予核准減免稅捐。經濟部之審核證明即屬此種例外情形，行政法院亦認其為獨立之行政處分而予以受理。（摘錄吳庚著行政法之理論與實用增訂10版第337 頁及第33
8 頁）本件經濟部工業局核定原告系爭「免稅範圍」之參與行為，即屬前述多階段處分之例外情形，依法應單獨向相對人為之，核屬行政處分，已直接對外發生法律上之效果，原告如未再以通常之救濟途逕，向經濟部工業局申請變更，該核定「免稅範圍」之行政處分，即具有存續力或確定力及不可撤銷力，財政部自無可能擴充或變更該處分，其理自明。
（五）本件系爭項目為免稅所得，惟爭執點為系爭新興第2 次5年免稅投資計畫案之免稅產品範圍，究竟有無90年12月版獎勵辦法第5 條第3 項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，依首揭規定，系爭免稅所得之法源依據為促產條例，該條例第4 條明定工業主管機關為經濟部工業局，又依90年2 月版、12月版獎勵辦法第6 條之規定，申請適用新興重要策略性產業之獎勵，向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。依前揭規定，原告取得之核准函係由經濟部工業局審查核定，再依據促產條例施行細則第19條之規定，檢具符合新興重要策略性產業核准函、完成證明文件及全新設備清單影本等資料，向財政部申請5 年免徵營利事業所得稅。被告就上開證明資料查核後，系爭新興第2 次5 年免稅投資計畫案，係經經濟部工業局90年9 月28日核准符合90年2 月版獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，90年2 月版獎勵辦法並無90年12月版獎勵辦法第5 條第3 項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，依首揭要點第12點規定，按76.47 ﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額並無不合，原告指摘有適用法規錯誤之違法等語，顯有誤解。
（六）按「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」為中央法規標準法第18條所明定，依前揭規定所稱處理程序，已明文係「各」機關（單一機關）受理人民聲請許可案件之處理程序，並非指受理具有關聯性之人民聲請許可案件之「所有」機關處理程序。查本件系爭新興第2 次5年免稅投資計畫案之「免稅範圍」，原告對核定適用舊獎勵辦法規定之行政處分不服，因該系爭免稅申請案業經經濟部工業局於90年9 月28日核定其「免稅範圍」適用舊獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計，則該聲請許可案件之處理程序於90年12月27日90年12月版獎勵辦法發布前即已終結，是本件應適用申請時有效之法規，並無原告所稱中央法規標準法第18條規定之適用。
（七）財政部賦稅署91年號函復經濟部工業局（卷第416 頁）內容略以：「有關91年1 月1 日以後取得完成證明之投資計畫，其選擇適用5 年免稅者，得否適用90年12 月27 日發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』乙案……（一）有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用90 年12 月版獎勵辦法之餘地。」核該函釋係財政部基於主管機關權責就有關「90年12月31日以前」取得新興重要策略性產業核准函者，是否適用90年12月版獎勵辦法所為之解釋，核無違租稅法律主義及立法之本旨，且90年12月27 日 發布之90年12月版獎勵辦法，無溯及既往規定之適用，基於法之安定性考量，被告辦理相關案件自得援用，尚無原告所稱有法規適用不當之違法，原處分請續予維持。
（八）原告91至94年度案件，相同系爭項目分別經本院98年度訴更一字第111 號（91及92年度）、98年度訴字第387 號（93年度）、98年度訴字第2564號（94年度）判決駁回及最高行政法院98年度判字第1501號判決（93年度）上訴駁回確定在案，併予陳明等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
肆、兩造不爭之事實及兩造爭點：如事實概要欄所述之事實，業據提出原告95年營利事業所得稅結算申報核定通知書、經濟部工業局90年9 月28日工（90）電字第09000322410 號函核發符合新興重要策略性產業核准函、科管局91年7 月12日園商字第0910017104號函核發新興重要策略性產業完成證明、財政部91年9 月2 日台財稅字第0910455539號函核發原告5 年免稅核准函影本附本院卷為證，其形式真正為兩造所不爭執，堪信為真，兩造之爭點厥為：
一、系爭免稅產品之範圍，有無90年12月版獎勵辦法第5 條第3項有關免稅範圍包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」之適用？
二、縱本件應適用90年2 月版獎勵辦法，「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」是否應為免稅產品範圍？是否該當計算要點第12點第2 項所稱「產銷非屬經核准之投資計畫內勞務或產品之所得」？
伍、本院之判斷：
一、本件應適用之法條與法理：
（一）行為時促進產業升級條例第9 條第1 項、第2 項規定：「公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起2 年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理︰一、……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」
（二）行政院90年2 月20日台經字第010445號令發布之舊獎勵辦法第5 條第1 項第8 款第3 目規定：按「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：一、……八、技術服務業㈠……㈢高階積體電路設計：……」
（三）行政院90年12月27日台經字第071943號令發布之新獎勵辦法第5 條第1 項第8 款第3 目、第3 項前段規定：「第2條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：一、……八、技術服務業㈠……㈢高階積體電路設計：……第1 項第8 款第3 目，選擇適用5 年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。」
（四）計算要點第12點規定：「技術服務業依第7 點增加銷貨量方式及第8 點公式計算新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額者，得以投資計畫完成之日起投資計畫勞務（產品）收入減基準年度投資計畫勞務（產品）收入為準。技術服務業以符合投資計畫勞務（產品），產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），其符合投資計畫勞務（產品）收入之計算如下：
投資計畫勞務（產品）收入＝含投資計畫勞務（產品）之最終勞務 (產品)收 入淨額×{ 財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率÷〔財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率〕}依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第5 條第3 項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」，係屬處理「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得」案件更具體化而訂定之技術性、細節性行政規則，與立法意旨相符，自無違誤。
二、系爭免稅產品之範圍，並無新獎勵辦法（90年12月版）第5條第3 項有關免稅範圍包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」之適用：
（一）查原告系爭第2 次5 年免稅申請案，係於90年8 月間向主管機關經濟部工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函，而工業局係於舊獎勵辦法時期即90年9 月28日，核發「符合新興重要策略性產業」核准函，該函說明欄二記載：「．．．核符90年2 月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3 條第3 款及第5 條第1 項第8 款第3目 之規定（即舊獎勵辦法）．．．。」有該核准函附卷足稽，被告據該核准函，以原告適用90年2 月20日發布之舊獎勵辦法核定系爭免稅所得，並無不合。又財政部賦稅署曾以91年9 月10日台稅一發字第0910454198號函復經濟部工業局，於說明二表示有關「90年12月31日以前」取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，核該函釋，乃財政部基於主管權責，就有關「90年12月31日以前」取得新興重要策略性產業核准函者，是否適用新獎勵辦法所為之解釋，核無違租稅法律主義及立法之本旨，且90年12月27日發布之新獎勵辦法，無溯及既往規定之適用，基於法之安定性考量，稽徵機關辦理相關案件自得援用。
（二）按促進產業升級條例之立法目的係「促進產業升級，健全經濟發展」，為經濟部之職掌目的及管轄範圍，經濟部基於推動國家經濟政策之業務執掌目的，常藉由「補助」、「技術指導」、「技術合作」、「委託研發」等方式協助國家所欲扶植之產業，並透過立法將該經濟政策落實執行。而上開條例第8 條及第9 條有關「租稅減免」之規定，係經濟部為達成上開經濟政策目的，以「稅式支出」之方式「補助」新興重要策略性產業。又稅捐稽徵法立法目的係「稅捐之稽徵」，為財政部之職掌目的及管轄範圍，依稅法相關規定，納稅義務人無論係個人或營利事業如有中華民國來源所得或國內外營利事業所得，均應課徵稅捐。因此「租稅減免」係「量能課稅」及「租稅公平」之例外，必須依據中央主管機關所根據之國家政策（如經濟政策、社會福利政策、教育政策等）經立法明定之範圍始得為之。本件原告申請核發符合「新興重要策略性產業」之申請案，係由經濟部工業局受理並審定；投資計畫完成後申請核發完成證明之申請案係由新竹科學園區管理局受理並審定；享受適用5 年免稅之申請案係由財政部受理並審定，以上係各自獨立之申請案，各機關受理申請事項各別，審定權限範圍自屬各別，核屬多階段之行政處分，而經濟部工業局核定原告系爭「免稅範圍」之參與行為，係屬前述多階段處分之例外情形，依法應單獨向相對人為之，核屬行政處分，已直接對外發生法律上效果，原告如未再以通常之救濟途逕，向經濟部工業局申請變更，該核定「免稅範圍」之行政處分，即具有存續力或確定力、不可撤銷力，財政部自無可能擴充或變更該處分。
（三）蓋依行政程序法第51條規定，如行政機關未訂定人民申請案之處理期間者，其最長處理期間為4 個月。另依首揭促進產業升級條例及獎勵辦法第6 條、第8 條、第9 條規定，公司組織申請適用新興重要策略性產業免稅規定之案件，其向經濟部工業局、新竹科學園區管理局及財政部申請期間最長為6 年，加計上開行政機關最長處理期間1 年（
4 個月×3 階段），則該免稅申請案之處理期間將長達7年。然產業之發展與時俱進，經濟部為因應各時期推動之經濟政策，相關法令規定將因經濟部更替所欲扶植產業之「免稅範圍」而迭有變更，倘依原告主張，系爭處理程序包括財政部之處理程序，且財政部得逕自變更經濟部工業局已確定之行政處分，則對於稅捐機關而言，其所受理之免稅案將因法規迭有變更，致經濟部工業局核定「免稅範圍」之行政處分長期處於不確定狀態，造成法律之安定性無以維持。而對於納稅義務人而言，為適用較有利之法規，亦將產生規避租稅之誘因，造成於相同期間取得經濟部工業局核准免稅範圍之核准函，因後續申請時點不同而適用不同「免稅範圍」之情形，顯有違租稅公平原則，此當非立法初始之本意。況類此案件，被告於稽徵實務經驗上，如受理90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均依行為時據以准許之法令規定作成行政處分，此有財政部賦稅署91年9 月10日台稅一發字第0910454198號函說明二、（一）（二）及三回覆經濟部工業局所研提意見之意旨略以「二、貴局所研提意見，本署意見如次：（一）有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函（註：係經濟部工業局核發）者，無論其何時取得完成證明（註：係科學工業園區管理局核發），均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，本署敬表同意。（二）至於公司之投資計畫依據舊獎勵辦法申請，且於91年1 月1 日以後始取得新興重要策略性產業核准函之案件，其據以准許之法規已有變更，應可適用新法規，其5 年免稅範圍可包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得乙節，本署原則同意，惟仍宜請貴局於核發新興重要策略性產業核准函前，通知申請公司於限期內改按獎勵辦法規定申請辦理完竣，方得適用，以免發生公司申請與核准項目不一致之情形。三、另為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請貴局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中。」可資參照。該函並未逾越稅捐稽徵法等相關法規之規範意旨，未增加法律所無之限制或負擔，與最高行政法院93年判字第1392號判例亦無違背，依行政程序法第6 條規定，相同事項應為相同處理之原則，本件自不得為差別之待遇，
（四）按「中央法規標準法第18條，係以人民聲請許可案件，於聲請後至處理程序終結前，據以准許之法規有變更之情形，始生新法規與舊法規比較之問題。本件上訴人於89年7月1 日受讓系爭被動元件廠，至90年6 月6 日申報完成證明及享受免稅獎勵，並無法規變更之情事。且申請是否符合『重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準』之核發，與申報完成證明及享受免稅，係各自獨立之聲請案件。前者被上訴人於88年12月9 日核發符合規定，該項聲請許可案件之處理程序即已終結。本件自應適用申請時有效之法規，核與中央法規標準法第18條及稅捐稽徵法第一之一條之規定無涉，亦無適用不真正溯及既往原則之可言。至於司法院釋字第142 號解釋，係針對稅捐核課期間，法律修正後營業稅應否補徵所為釋示，於本件無其適用之餘地。……」（最高行政法院93年度判字第1183號判決意旨參照）。中央法規標準法第18條所稱處理程序，已明文係「各」機關（單一機關）受理人民聲請許可案件之處理程序，並非指受理具有關聯性之人民聲請許可案件之「所有」機關之處理程序。本件原告新投資創立生產高階積體電路設計之投資計畫申請核發符合新興重要策略性產業案，業經經濟部工業局於90年9 月28日核准其「免稅範圍」適用舊獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計（舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5 條第3 項增訂之免稅範圍－包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得），則該聲請許可案件之處理程序於90年12月27日新獎勵辦法發布前即已終結，參照前揭說明，本件應適用申請時有效之法規，並無中央法規標準法第18條規定之適用。
三、本件應適用90年2 月版獎勵辦法（舊獎勵辦法），其中「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」非為免稅產品範圍，而係計算要點第12點第2 項所稱「產銷非屬經核准之投資計畫內勞務或產品之所得」：
（一）查舊獎勵辦法第5 條第1 項第8 款技術服務業，包括具備網際網路功能之軟體或內容、網際網路服務、高階積體電路設計等12目。若經經濟部核准符合上述12目之1 者，該公司必然以從事技術服務為專業，從而於適用免稅所得計算要點時，免稅範圍應以提供技術服務所產生之收入為限。嗣經濟部基於國家政策或經濟發展於新獎勵辦法第5 條增訂第3 項，針對高階積體電路設計及產品工程服務等2目，將免稅範圍擴大至最終產品。以高階積體電路設計而言，將免稅範圍由舊獎勵辦法之研發設計階段，擴大至新獎勵辦法的全程免稅。倘認「新獎勵辦法增訂之目的並非賦予新申請者較原申請者更多之優惠，而只是將舊獎勵辦法所定此項投資計畫之免稅範圍予以闡明，從而舊獎勵辦法發布施行時，高階積體電路設計業即應適用『全程免稅』」之規定，則同屬技術服務業之其他11項業別，亦應併同適用「全程免稅」之規定，既然獎勵辦法所定適用5年免稅之所有技術服務業均應適用「全程免稅」之規定，首揭免稅所得計算要點即無訂定第12點計算公式之必要，新獎勵辦法第5 條第3 項係「增訂免稅範圍」自明，尚難認舊獎勵辦法就「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」亦已納入免稅範圍，此於原告爭執93年度營利事業所得稅免稅所得範圍之訴訟中，本院98年度訴字第387 號、2564號判決，亦採同一見解，並經最高行政法院98年度判字第1501號、100 年度判字第580 號判決所是認，而駁回原告之上訴，原告主張「依90年12月27日新獎勵辦法第5 條第3 項之修正理由，可知因為財政部就舊辦法免稅範圍之解讀常有爭議，故在新辦法的修正理由載明『自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得』亦為免稅，以杜爭議，該免稅範圍並非增訂，舊獎勵辦法就『自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得』亦已認定為免稅產品範圍」云云，尚難採信。
（二）從而，原處分（含復查決定）以原告第2 次5 年免稅投資計畫，經濟部核發其符合新興重要策略性產業核准函係載明符合90年2 月版獎勵辦法，90年2 月版獎勵辦法既無90年12月版獎勵辦法第5 條第3 項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，乃依首揭計算要點第12點第2 項規定，按76.47 %計算其新增投資計畫免稅產品銷售額，因而核定95年度合於獎勵規定之免稅所得20,558,047,299元，補徵營利事業所得稅316,831,146 元，經核尚無不合。訴願決定予以維持，亦屬正確。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
四、兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 5 月 26 日
臺北高等行政法院第七庭
審判長法 官 李玉卿
法 官 林惠瑜法 官 畢乃俊上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 100 年 5 月 26 日
書記官 簡若芸