臺北高等行政法院判決
100年度訴字第990號101年12月6日辯論終結原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 釋證嚴訴訟代理人 聶齊桓律師
林進富律師被 告 新北市政府稅捐稽徵處代 表 人 黃育民（處長）住同上訴訟代理人 陳金佩
黃雪珍上列當事人間房屋稅事件，原告不服新北市政府中華民國100年4月26日北府訴決字第1000005197號（案號：0000000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定、復查決定及原處分關於課徵99年度房屋稅逾新台幣3,048,953元部分均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件起訴時被告之代表人原為許慈美，嗣於本件訴訟程序進行中變更為黃育民，茲由其聲明承受訴訟，核無不合，應予准許，合先敘明。
二、事實概要：㈠緣原告所有坐落臺北縣新店市（現改制為新北市○○區○○
○里○○路○○○號房屋，原經被告所屬新店分處（以下簡稱新店稅稽分處）依房屋稅條例第5 條規定，核定自94年6月起按非住家非營業用稅率課徵房屋稅在案。嗣新店稅稽分處於95年間清查該建物使用情形，查獲該建物部分面積2,431.7 平方公尺係供作營業使用，乃自94年7 月起改按營業用稅率課徵房屋稅，嗣並繼續核定課徵系爭99年度房屋稅計新臺幣（下同）23,051,418元。
㈡又原告所有坐落臺北縣新店市（現改制為新北市○○區○○
○里○○路○○○號、287號2至8樓計14戶房屋，係供該院醫生值班室之使用，原經新店稅稽分處依房屋稅條例第5 條規定，核定按住家用稅率課徵房屋稅，並核定99年度之房屋稅計156,709 元。
㈢綜上，被告對原告所有上開共15戶房屋（以下簡稱系爭房屋
）核課99年度之房屋稅共計23,208,127元。茲原告對系爭房屋被告核定之99年度房屋稅總額逾3,048,953元部分不服，申經復查結果，未獲准變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟。
三、本件原告主張：㈠請求依據⒈原告之請求依據係房屋稅條例第15條第1項第2款：「業經立
案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」。
⒉「社會福利事業」並無資格主張依房屋稅條例第15條第1項
第2款免徵房屋稅，房屋稅條例第15條第1項第2款是規定「慈善救濟事業」免徵房屋稅。房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件，並沒有明文限制「慈善救濟事業」必須做政府機關依法律應做的社會福利事項，才算是「慈善救濟事業」。
⒊最高行政法院發回判決後，內政部100年5月23日內授中社字
第1000700490號函（以下簡稱內政部100年5月23日函）覆台中高等行政法院：「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、．．．等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管：上開團體均可辦理慈善救濟事業，本部有關法規並未就慈善救濟事業之型態範圍及其設立之法令依據與認定標準加以範定，準此，本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。．．．．．財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定。．．．查身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2 條規定屬社會救助項目，依上開4法涉及衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。」，故衛生署係慈善救濟事業範疇內『醫療財團法人』之主管機關。
⒋財政部100年7月8日台財稅字第10004525550號函（以下簡稱
財政部100年7月8日函）詢內政部：「有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業？又得否向貴部申請立案登記為慈善救濟事業？．．．按最高行政法院100年度判字第144號判決略以，依貴部組織法第4條及第13條規定，貴部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，足認慈善救濟事業之立案及監督，中央原則上應屬貴部掌管事項，．．．．．另按『．．．』為醫療法第1條及第5條第2項所明定，故醫療財團法人係以從事醫療事業辦理醫療機構為目的而設立，惟如醫療財團法人主張其為慈善機構，得否另向貴部申請立案登記為慈善救濟事業，涉及貴管權責，爰請惠賜卓見」，內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函（以下簡稱內政部100年7月19日函）釋覆稱：「本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關』。．．．查醫療財團法人係依據醫療法相關規定向衛生署申請設立，非屬本部（社會司）主管．．．爰醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案」，該函並檢附內政部100年5月23日函載明：「財團法人醫院是否慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定」及檢附內政部100年5月31日內授中社字第1000012304號函（以下簡稱內政部100年5月31日函）引用衛生署96年12月5日函所載：「財團法人慈濟醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業」。依前開最新之內政部函釋，內政部已否認伊是慈善救濟事業之中央主管機關，而應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定，且無須再向內政部立案。內政部並以檢附方式引用衛生署認定慈濟醫院是慈善救濟事業函釋，作為回覆。
⒌財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函（以下簡稱
財政部98年4月9日函）釋：「原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅．．．本案經函准內政部前揭函示，旨揭醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考該部相關規定。又案經行政院衛生署前揭函略以．．．本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形．．．本部（即財政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見。．．．旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅」，財政部前開函釋同意：(1)衛生署所認定向衛生署立案為醫療財團法人而未再向內政部立案為社會福利事業之「財團法人教會醫院」為慈善救濟事業；(2)衛生署所管醫療財團法人（慈濟醫院也是醫療財團法人）所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形，
(3) 並揭櫫醫療財團法人是慈善救濟事業之兩項要件：必須「從事慈善救濟工作」及具備「慈善救濟本質」。最高行政法院因誤會財政部似認教會係慈善救濟事業所以附設醫院得免徵房屋稅，從而認為慈濟醫院無財政部98年函之適用；惟查教會實係宗教團體，而非慈善救濟事業，詳如後述，故慈濟醫院應得比照援用該函釋，以符課稅公平。
⒍財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函（以下簡稱
財政部100年8月3日函）覆高雄高等行政法院稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋．．．免徵房屋稅」，是財政部認為祇要1.「對貧民等施予醫療救濟」，或2、「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」，就「符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質」，即符合主要目的事業之一是慈善救濟事業，而得免徵房屋稅。慈濟醫院非但對貧民、災區民眾等施以義診，有本院之「慈善救濟執行報告」可證，符合財政部前函「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，有「佛教慈濟綜合醫院社會服務室醫療補助辦法」，故收費標準與一般財團法人醫院不完全相同，且符合財政部前函「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅，以符課稅公平。
⒎財政部以64年12月19日台財稅字第38987號函（以下簡稱財
政部64年12月19日函）釋：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64.11.04台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」、財政部64年11月4日台財稅第37824號函（以下簡稱財政部64年11月4日函）釋：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」，同樣是醫院，同樣未在內政部社會司立案為社會福利事業，且因附設醫院為教會之內部事業單位並無法人格而無從立案，立案者為教會向內政部民政司立案為宗教團體，「教會附設醫院」仍被認定為「業經立案」之「私立慈善救濟事業」。是原告雖未向內政部社會司立案，因同係具宗教慈善性質之醫院，就醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應得比照援用上開函釋，同樣認屬直接供醫院使用之房屋，以符課稅公平。
⒏內政部審查原告之慈善救濟執行報告後，於100年11月24日
以內授中社字第10007010432號函（以下簡稱內政部100年11月24日函）釋認定：「二、本案依行政院衛生署認定，貴院91-99年慈善救濟執行報告內容辦理『經濟個案補助項目』，符合醫療法施行細則第30條之1規定所列醫療救濟事項之範圍，且前開各年度醫療救濟支出佔醫療收入結餘比例，皆已超過醫療法第46條規定之比例。三、本部就是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，說明如下：（一）統計表
二、『兒童少年照顧及福利類』頁18─頁22及頁115─頁148中，禪光育幼院醫療補助、新北市政府兒童醫療補助等，屬社會救助範疇，至兒童發展聯合評估中心（早期療育部分）、兒童復健中心團體（花蓮）、兒少保護個案（花蓮、大林、台中）等，屬社會福利服務範疇。（二）推動骨髓移植、安寧療護、器官捐贈及主動提供弱勢民眾貧病生活補助、健保費補助、低收入戶醫療補助及遊民免費義診等服務，係該醫院基於公益目的而自行辦理社會救助性質之優免措施；另該院慈善救濟執行報告內容（如55、56等頁內容），對於生活陷困民眾其醫療費用或喪葬費用無力負擔者，給予急難救助，核屬社會救助範疇，即執行報告內容第1頁91年至99年11月醫院慈善救濟統計表內『經濟個案補助費用』（醫療、看護、交通、生活、喪葬等費用）合計11億2,904萬464元。
（三）辦理『病友團體』『社區居家關懷』『社區公共衛生教育』3項目尚符合『身心障礙者權益保障法』第21條、第22條及第23條規定之服務提供，係屬提供身心障礙者健康維護及生育保健，與醫院應為住院身心障礙者提供出院準備計畫等相關服務。（四）辦理『老人照顧及福利類』項目計有18項，其中『社區長者關懷服務』、『貧困老人輔具轉贈』、『老人保護個案』、『社區老人獨居探訪』、『高齡老人情緒疏導』、『高齡長者就醫及保險資訊提供說明』、『主動關心高齡老人』、『銀髮族社區健康講座』等項目尚符合『老人福利法』第17條及第18條規定之服務提供。」，是內政部上開函釋已從實質認定慈濟醫院是慈善救濟事業，且已認為原告所從事之慈善救濟，確有參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函（以下簡稱內政部96年12月17日函）釋所稱「本部上開相關規定」。
⒐高雄高等行政法院嗣再於100年12月7日以高行瓊紀信100訴
更一00003字第1000006713號函（以下簡稱高雄高等行政法院100年12月7日函）詢：「請貴部就關於佛教慈濟綜合醫院是否為『業經立案之慈善救濟事業』，函覆本院參辦。」）內政部再度於101年1月4日以內授中社字第1000701331號函（以下簡稱內政部101年1月4日函）釋：「陳情案紀要：『．．．關於慈善救濟事業之認定，應由內政部主政，如涉及目的事業主管機關專業領域，可請各該機關表示意見供參。又該條款所稱『立案之慈善救濟事業』，並未明定應向何機關立案，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限。』有關財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟認定案，業經本部函請衛生署表示意見並於100年11月24日以內授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案」。是內政部再度闡明原告是業經立案之慈善救濟事業，並重申原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函（以下簡稱內政部96年12月17日函）釋所稱「本部上開相關規定」即符合兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。
⒑財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號函（以下簡
稱財政部100年12月12日函）釋：「有關貴院是否屬『業經立案之慈善救濟事業』等疑義一案，．．．二、有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政。此決議與本部100年7月6日台財稅字第10004717670號函、同年8月3日台財稅字第10000273810號函復台中高等行政法院、高雄高等行政法院意見尚屬一致。三、另查內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復台北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明」。財政部亦已表明尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。
㈡行政處分違法⒈被告就「業經立案」及「慈善救濟事業」要件所適用之認定
標準，違反中央法規標準法第5條第1項第2款及同法第6條，踰越法律授權，違反司法院大法官會議釋字第503及第478號解釋，增加法律所無之限制，係屬違法之行政處分。被告就「慈善救濟事業」要件所適用之認定標準，復違反行政程序法第6條課稅公平原則，係屬違法之行政處分。
⒉按行政程序法第6條規定：「行政行為，非有正當理由，不
得為差別待遇。」及財政部100年1月14日台財稅字第10004501830號函（以下簡稱財政部100年1月14日函）釋：
「稅捐稽徵機關行使課稅權應嚴守憲法租稅法定原則、平等原則．．．以免造成不公平之稅捐負擔及違反稅捐正義．．．．．」。次按最高行政法院88年判字第3724號判決：「所謂『平等原則』係指行政機關非有正當理由，作成行政行為時，對行為所規制之對象，不得為差別待遇而言。…」，究竟有沒有醫院可以被認定為「慈善救濟事業」，其認定之標準為何？原告不是主張教會醫院免徵所以原告亦得免徵，而是主張財政部或稅務局係以什麼標準，依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵教會附設醫院或財團法人教會醫院，就應該以同一標準免徵慈濟醫院。同樣是醫院，這是課稅標準應符合課稅公平的問題。原告是主張稅務機關即財政部或稅務局係以不同的免徵標準適用於原告及教會醫院（即教會附設醫院或財團法人教會醫院）間，也就是主張本件課稅處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，被告如果否認其免徵標準有違反課稅公平原則，應主張並舉證其免徵標準同一。被告迄未盡其主張及舉證責任，應認被告適用於原告之免徵標準違反課稅公平原則，係違法之行政處分，應予撤銷。聲請鈞院命被告說明被告是以如何之標準，認定「財團法人教會醫院」或「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」或其主要目的事業是「慈善救濟事業」？⒊按中央法規標準法第5條第1項第2款：「左列事項應以法律
定之：．．．二、關於人民之權利義務者」及第6條：「應以法律規定之事項，不得以命令定之」。無論是財政部、稅務局或法院均無權未經法律授權而以任何會計比例或量身定作之標準，排除慈濟醫院依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用。財政部或稅務局若認為房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用範圍有太廣之虞，或認為絕對應該要向內政部立案，是提案由立法院修法的問題。
⒋目前祇有房屋稅條例第15條第1項第2款使用「慈善救濟事業
」這六個字的法律名詞，沒有其他法規另有完全相同之法律名詞。是否「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之定義內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」，違反司法院大法官會議釋字第530號及第478號解釋，如果漠視內政部否認自己是慈善救濟事業中央主管機關之函釋，是行政權或司法權對立法權的僭越。無論財政部、地方稅務局或法院均無權「以命令」或「裁判」之形式，超出「慈善救濟事業」文義解釋之定義內涵，為原告或其他「醫療財團法人」量身定作「慈善救濟事業」的限制性或排除性之標準，遑論被告係以答辯狀之形式為之。
⒌財政部98年4月9日函就財團法人教會醫院已明示以具備慈善
救濟本質及從事慈善救濟工作，作為是否慈善救濟事業之標準，稅務局應以同一標準適用於原告，始符合課稅公平，所作行政處分才不是違法的行政處分。同理，衛生署96年函就醫療財團法人亦已明示持續提供醫療救濟服務，作為是否慈善救濟事業之標準，內政部96年函亦明示：「宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定」，稅務局係下級機關不得推翻上級機關之標準而另訂標準，否則違反課稅公平且逾越法律授權，也是違法之行政處分，應予撤銷。
⒍抑有進者，有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行
政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政後，內政部審查慈濟醫院之慈善救濟執行報告後，於100年11月24日內授中社字第10007010432號函（以下簡稱內政部100年11月24日函）釋及101年1月4日函，認定原告是業經立案之慈善救濟事業，並且指明原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日函釋所稱「本部上開相關規定」即符合兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。財政部100年12月12日函釋：「內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復台北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明」。財政部亦已表明尊重內政部所為慈濟醫院是慈善救濟事業之認定。
㈢「業經立案」之要件⒈房屋稅條例第15條第1項第2款係規定：「業經立案」並非規
定為：「業經『向內政部』立案」，內政部組織法或房屋稅條例均查無「慈善救濟事業」「應向內政部立案或原則上應向內政部立案」或「內政部係慈善救濟事業中央主管機關」之法律規定。故「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」或「內政部係慈善救濟事業中央主管機關」之解釋，是增加法律所無的限制，違反司法院大法官會議釋字第530號及第478號解釋意旨。
⒉「教會附設醫院」是教會向內政部立案為「宗教團體」，「
財團法人教會醫院」是向衛生署立案為「醫療財團法人」，「老人扶療養院」是向內政部立案為「社會福利事業」，以上均係向法院為財團法人登記，內政部從來就沒有所謂「慈善救濟事業主管機關」之法律規定，也就沒有所謂「向慈善救濟事業主管機關為慈善救濟事業立案」之程序，就房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案」之「私立慈善救濟事業」之要件，不管是社會福利事業之立案、宗教團體之立案、醫療財團法人之立案都可以，祇要有向政府機關立案，且具私立慈善救濟事業性質者，就符合「業經立案」之「私立慈善救濟事業」之要件，此由財政部100年8月3日函覆高雄高等行政法院稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋．．．免徵房屋稅」等語可資佐證，其中「原內政部主管立案之宗教團體附設醫院」一語，足覘財政部就「教會附設醫院」係向內政部立案為「宗教團體」，而非立案為「慈善救濟事業」，並未認為不符合「業經立案」之要件，不應要求原告應向內政部立案。
⒊關於「財團法人教會醫院」，財政部98年4月9日函釋：「．
．．．本案經函准內政部前揭函示，旨揭醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考該部相關規定。又案經行政院衛生署前揭函略以．．．本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形．．．本部（即財政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見。．．．旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅」即附設醫院自教會分割出來，成為向衛生署立案之獨立「醫療財團法人」，財政部同意「財團法人教會醫院」是否慈善救濟事業，應由衛生署認定。財政部並未再要求「財團法人教會醫院」應向內政部立案，而直接同意衛生署關於「財團法人教會醫院」係「慈善救濟事業」之認定，同理，不應要求原告應向內政部立案。
⒋台中高等行政法院函詢內政部：「貴部是否為『慈善救濟事
業』之主管機關，．．．如非貴部所主管，係屬何機關所主管？」，內政部100年5月23日函覆稱：「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、．．．等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業．．．本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。」，依內政部前開函釋明白表示其並非慈善救濟事業主管機關，而是慈善救濟事業範疇內之社會福利事業的主管機關，亦即衛生署才是慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關，而原告已向慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關衛生署立案。
⒌再經財政部函詢應否再向內政部立案，內政部100年7月19日
函釋覆稱：「本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關』．．．醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案」，亦即社會福利事業具慈善救濟事業性質者，向內政部所為立案，係社會福利事業之立案，並非慈善救濟事業之立案。所以內政部表明醫療財團法人無須為此再向內政部立案，故原告毋須再向內政部立案。
⒍財政部100年8月3日函覆高雄高等行政法院稱：「房屋稅條
例第15條第1項第2款．．．上開『立案』係指經『慈善救濟事業主管機關』核准設立許可。復依內政部組織法第4條及第13條規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、指導及監督事項。是以慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部職權。（最高行政法院99年度判字第1354號、100年度判字第150號等判決參照）．．．故是否屬慈善救濟事業，仍應以慈善救濟事業主管機關內政部認定為準，行政院衛生署尚不得遽以醫療法相關規定認定」云云，其見解與內政部100年7月19日函釋：「本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關』．．．．醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案」牴觸，無從得到內政部之認同與配合，要原告向內政部立案，在事實上已屬不能，財政部之上開見解已失其立論依據與執行之可能性。且財政部以上開函釋規定同級機關內政部該做什麼，係僭越立法院之權限，違反憲政體制，係屬違憲函釋。⒎內政部101年1月4日函釋：「本部．．．100年11月24日以內
授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案」。
⒏民國99年2月3日修正公布新的「行政院組織法」第3條第11
款規定：「行政院設下列各部：一、內政部。．．．十一、衛生福利部」，定於101年1月1日起生效，即將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」，此項修法具有前瞻性，不但與時俱進、符合時代潮流，而且是以功能為導向的政府改革趨勢。在101年1月1日以前，實務上有向衛生署立案，有向內政部社會司立案，也有向內政部民政司立案。但自101年1月1日起，祇有宗教團體附設醫院是向內政部民政司立案外，無論社會福利事業或醫療財團法人事實上均祇能向衛生署（即衛生福利部）立案，原告早已符合向衛生署立案之要件。
㈣衛生署並非僅係醫療業務之主管機關⒈民國99年2月3日修正公布新的「行政院組織法」第3條第11
款規定：「行政院設下列各部：一、內政部。．．．十一、衛生福利部」，定於101年1月1日起生效，足見在立法趨勢上，甚至必須將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」全面掌握慈善救濟，以符合國際潮流，擴大慈善救濟之功能與範圍，使受救助人得到更為全面的慈善救濟。
⒉被告辯稱依醫療法等法規，衛生署僅有醫療與衛生業務，而
沒有慈善救濟業務云云。惟查財政部函詢內政部，慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，內政部以96年12月17日函覆稱：「有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定」。內政部明示該部並無法規規範慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，若按被告之邏輯，依法律內政部就祇是「社會福利事業」及「宗教團體」等相關業務之主管機關，尚未及於慈善救濟業務，被告的邏輯顯然違反論理法則。
⒊實則既然沒有規定，基於「行政一體性原則」，在法理上是
開放由目的事業主管機關來決定慈善救濟事業之認定標準與從事認定，蓋目的事業主管機關較任何其他機關更清楚該目的事業有沒有具備慈善救濟本質及提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作。是以台中高等行政法院函詢內政部：「貴部是否為『慈善救濟事業』之主管機關，．．．如非貴部所主管，係屬何機關所主管？」。內政部100年5月23日函釋覆稱：「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、．．．等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業」等語，故被告所辯慈善救濟事業並非衛生署之業務云云，要與內政部之上開見解牴觸，已無可採。內政部鼓勵慈善救濟事業多元化，並未畫地自限，給慈善救濟事業充分多元發展的空間，才是符合國際慈善救濟的思潮，並且是有利於受救助人的正確解釋方向。
⒋內政部96年12月17日函釋明示：「財團法人醫院是否屬慈善
救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定」，即由衛生署參考內政部「上開相關規定」來認定。內政部以100年5月23日函釋進一步闡明：「查身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2條規定屬社會救助項目，依上開4法涉及衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。」，就上開兩函釋參互以觀，內政部係本於上開4法之規定，認為衛生署非但是醫療財團法人之主管機關，同時也是醫療慈善救濟事業之主管機關。而原告之「慈善救濟執行報告」即係按上開4法所示項目，依上開4法次序詳列原告已經做到上開事項並附相關證據為憑。故衛生署認定原告為慈善救濟事業並未違反內政部函釋之法律意旨，且衛生署認定原告是慈善救濟事業之結論與事實相符。
⒌「醫療法」第46條規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收
入結餘之．．．百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」，即辦理醫療慈善救濟績效卓著者，由衛生署獎勵之，衛生署顯有醫療慈善救濟之監督業務。另由「醫療法施行細則」、第30-1條規定：「本法第46條．．．所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。」，益證醫療慈善救濟確係衛生署主管監督之業務。
⒍抑有進者，「兒童及少年福利法」第23條規定：「．．．早
期療育所需之．．．教育等各項服務之銜接及協調機制，由中央主管機關會同衛生、教育主管機關規劃辦理。」、第35條規定：「兒童及少年罹患性病或有酒癮、藥物濫用情形者，其父母、監護人或其他實際照顧兒童及少年之人應協助就醫，或由直轄市、縣(市)主管機關會同衛生主管機關配合協助就醫；必要時，得請求警察主管機關協助。」；「老人福利法」第3條第3項規定：「前二項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：．．．二、衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健．．．之．．．推動．．．等事項。」；「身心障礙者權益保障法」第21條第1項規定：「(健康檢查及保健服務)中央衛生主管機關應規劃整合醫療資源，提供身心障礙者健康維護及生育保健。」、第22條規定：「（保健醫療服務之提供）各級衛生主管機關應整合醫療資源，依身心障礙者個別需求提供保健醫療服務，並協助身心障礙福利機構提供所需之保健醫療服務。」，要言之，「兒童及少年福利法」、「老人福利法」、「身心障礙者權益保障法」均有衛生署主管監督之醫療慈善救濟或社會福利事項，豈容被告視而不見？㈤教會是宗教團體，不是慈善救濟事業，故財政部是認為所附
設之醫院是慈善救濟事業最高行政法院判決略以：財政部64年11月4日函及財政部64年12月19日函，其似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之要件，從而認為慈濟醫院無從適用財政部98年4月9日函等情，係屬誤會，理由如下：
⒈按教會免徵房屋稅是依房屋稅條例第15條第1項第3款：「私
有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：．．．三、專供祭祀用之宗祠、宗教團體供傳教佈道之教堂及寺廟。但以完成財團法人或寺廟登記，且房屋為其所有者為限。」，而不是依房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋」免徵房屋稅。是故最高行政法院推論財政部似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，而認慈濟醫院無從適用財政部98年4月9日函等情，依房屋稅條例第15條第1項第3款其論述不能成立。故醫院不僅是醫院，也可以同時是慈善救濟事業。
⒉次按卷附財政部75年6月4日台財稅字第7548661號函（以下
簡稱財政部75年6月4日函）釋：「宗祠、宗教團體附設供民眾免費閱覽之圖書館，准照貴廳建議比照房屋稅條例第15條第1項第3款規定免徵房屋稅」，財政部認為宗教團體（包括教會）附設圖書館不是「慈善救濟事業」，對照財政部64年11月4日函及財政部64年12月19日函認為「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」，益證財政部是因「教會附設醫院」是醫院的緣故，所以是「慈善救濟事業」。畢竟「教會」是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。如果「教會」申請附設餐廳或申請附設藥房，「教會附設餐廳」或「教會附設藥房」都不會是房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」的原因，在於其醫院的本質及所從事之慈善救濟工作是「慈善救濟事業」。因為醫院不是教會，不適用房屋稅條例第15條第1項第3款，而應該歸類在房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。
⒊財政部100年8月3日函覆高雄高等行政法院稱：「又原內政
部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋．．．免徵房屋稅」等語，其中「內政部主管立案之宗教團體」一語，足證財政部認為教會是宗教團體，而非慈善救濟事業。「教會」本身是宗教團體，故不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。慈濟基金會是「社會福利事業」，且同時是符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。依被告之主張，不是「慈善救濟事業」的教會，所附設的醫院是「慈善救濟事業」，慈濟基金會是「社會福利事業」且是「慈善救濟事業」，其所捐助設立之佛教慈濟醫院，反而不是「慈善救濟事業」，被告之答辯顯然有失課稅公平。原告「財團法人佛教慈濟綜合醫院」與教會附設醫院同為「宗教醫院」，同具宗教性質，而且佛教慈濟醫院章程第3條規定係以「佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨」、「照顧低收入民眾，以服務社會為目的」而具備慈善救濟本質，並且直接由證嚴法師擔任佛教慈濟醫院的董事長，與「宗教團體」即「教會」所附設的醫院，在「醫療慈善法人」之本質上及在「醫療慈善救濟工作」上並無不同，何況慈濟醫院所做的「醫療慈善救濟工作」有過之而無不及，基於課稅公平原則，不容差別待遇，原告也應被認為是慈善救濟事業而免徵房屋稅。
㈥醫療與慈善救濟均係原告之主要目的事業⒈財政部100年8月3日函覆高雄高等行政法院稱：「又原內政
部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋．．．免徵房屋稅」等語，財政部係基於下述原因之一：即1.「對貧民等施予醫療救濟」，或2、「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」，而認定「教會附設醫院」係「符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質」，即符合慈善救濟係該教會附設醫院主要目的事業之要求，而得免徵房屋稅。慈濟醫院非但對貧民、災區民眾等施以義診，有本院之「慈善救濟執行報告」可證，符合財政部前函「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，有「佛教慈濟綜合醫院社會服務室醫療補助辦法」，故收費標準與一般財團法人醫院不完全相同，且符合財政部前函「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅，以符課稅公平。
⒉此外，財政部98年4月9日函又以祇要符合下述要件：即1.「
具備慈善救濟本質」，且2.「從事慈善救濟工作」者，就認定「財團法人教會醫院」屬「慈善救濟事業」，而符合慈善救濟係該「財團法人教會醫院」主要目的事業之要求，得免徵房屋稅。慈濟醫院同樣符合上開「具備慈善救濟本質」及「從事慈善救濟工作」之要件，詳如後述。
⒊慈濟醫院持續從事「社會救助法」、「兒童及青少年福利法
」、「老人福利法」、「身心障礙者權益保障法」之醫療救濟服務及慈善救濟工作，有「慈善救濟執行報告」附卷可稽，足證慈善救濟事業也是慈濟醫院的主要目的事業。被告誤以為因有健保制度，已無「醫療慈善」存在之空間。實則健保非但在醫療補助的功能極為有限，抑且未對社會救助法所規定的「生活扶助」、「急難救助」及「災害救助」施以救助。
⒋原告以偏遠醫療為主，就是以醫療慈善救濟為主要目的，故91至96年均係虧損，所以結餘為零；迄97及98年始有結餘。
但是慈濟醫院雖然虧損，每年仍有高額之醫療慈善救濟支出，且逐年增加，分別為91年48,030,089元，92年58,403,555元，93年79,004,372元，94年113,834,666元，95年161,368,507元，96年192,700,396元，97年198,129,165元，98年225,135,021元，有「原告91-98年慈善救濟支出明細表」在卷可證。91至96年因係虧損，故結餘為零作為分母，除以前開各年度醫療慈善救濟支出金額得到的數值是「無限大」，遠逾醫療法第46條結餘之百分之10用於醫療慈善救濟之要求。再參酌卷附「95-98年慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」慈濟醫院97年及98年有結餘，97年提撥23.41%，98年提撥86.76%；反觀同樣有結餘之「天主教聖保祿修女會醫院」97年提撥11.32%，98年提撥11.71%；「屏東基督教醫院」97年撥14.11%，98年提撥20.92%，固均較醫療法第46條之提撥標準為高，值得嘉許，但提撥之金額與比例均遠低於原告，原告提撥之比例是上開醫院比例的數倍，前開醫院均是以醫療及慈善救濟事業為主要目的事業，則對原告亦應作相同之認定。
⒌原告所提供之醫療救濟服務或慈善救濟工作，涉及內政部96
年12月17日函所指「本部上開相關規定」之四項法律，即社會救助法、兒童及少年福利法、老人福利法及身心障礙者權益保障法，比「財團法人老人扶療養院」僅係提供老人福利法「有償的醫療與照顧」所涉獵的項目為多，詳如卷附「慈善救濟執行報告」；慈濟醫院不祇提供「有償的醫療與照顧」，而且提供「無償醫療與照顧」（義診）及社會救助法上之「生活扶助」、「醫療補助」、「急難救助」、「災害救助」，都是「財團法人老人扶療養院」所沒有提供的慈善救濟，自應認定慈善救濟是原告的主要目的事業。
⒍依衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報告及卷附95年
至98年之「教會醫院慈善救濟支出明細表」顯示，原告所支出的「醫療社會服務費用」比「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」為多，各該教會醫院支出「醫療社會服務費用」最高者為彰化基督教醫院於98年度係占慈濟醫院的38.77%，最低者高雄基督教信義醫院於97年度係占慈濟醫院的0.24%，自應認定慈善救濟事業係原告的主要目的事業。
⒎財政部98年4月9日函於98年間認定了13家「財團法人教會醫
院」為「慈善救濟事業」，而前開13家「財團法人教會醫院」合計投入「社會醫療救濟支出」428,926,000元，而原告98年投入「社會醫療救濟支出」即高達223,671,941元，遠逾前開各家「財團法人教會醫院」投入之金額，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可證，在98年排名第一，約占前開13家總額的百分之52，應認定慈善救濟事業係原告的主要目的事業。
⒏原告從事慈善救濟之項目、受惠人次、投入人次、地域範圍
、訓練醫療志工的人數及慈善救濟支出之金額，均較「財團法人老人扶療養機構」、「教會附設醫院」及「財團法人教會醫院」為多，做得較多的慈濟醫院自然同屬以慈善救濟事業為主要目的事業。
⒐勸募器官不是醫療行為，所以不是醫院或醫護人員的責任，
而是慈善救濟行為。台灣各醫院都是人力吃緊，而勸募器官是無償行為，要耗費人力成本與機會成本。募得器官之醫院就器官之利用依法沒有決定權，必須陳報衛生署成立之「財團法人器官捐贈移植登錄中心」統籌決定究竟給那一家醫院需要器官的病患使用。所以進行勸募，非但對勸募醫院沒有好處，抑且未必對自己的病患有任何好處。原告非但動員醫護人員、醫療志工來勸募器官，使已沒有救治希望的病人及其家屬同意捐贈，原告均補助捐贈者醫療費用與喪葬費用，增加他人捐贈器官之誘因，以醫療為營利手段的醫院不會這麼做。原告不但不會因器官捐贈而盈收增加，反而為此支出醫療費用及喪葬費用。「慈善救濟執行報告」第1頁第3欄91-99年11月器官捐贈補助費用已高達19,123,850元。原告勸募器官愈多，支出的醫療費用及喪葬費用愈多，虧的也愈多，花的人力成本、機會成本愈多，足見原告勸募器官是慈善救濟行為，醫院是可以成為慈善救濟平台、從事慈善救濟，應認定慈善救濟事業係原告的主要目的事業。
⒑原告甚至對於在其他醫院就診的病患提供「醫療補助」，以
幹細胞採集費用補助為例，台北馬偕醫院、台南奇美醫院、台北榮總、台大醫院、三軍總醫院、成大醫學院附設醫院、中國醫藥大學附設醫院、林口長庚醫院、高雄醫學大學附設中和紀念醫院、林口長庚兒童醫院、高雄榮總、高雄長庚醫院、嘉義長庚醫院、台中榮總、和信治癌中心醫院等15家醫院，共計139件貧困病患個案，受到慈濟醫院就幹細胞採集費用之「醫療補助」，此有「財團法人佛教慈濟綜合醫院捐贈者幹細胞採集費用補助明細表（94-99年度）」6件及簽呈149件附卷可證。補助他醫院的病患，有如間接補助競爭對手，如果原告不是以慈善救濟事業為主要目的事業，有那家醫院會補助在別的醫院看病的病患？從上開簽呈所載個案訪查事實，其中不乏小康家庭是被醫療費用拖垮，也不乏各式各樣的貧困家庭雖有健保，仍付不起醫療費用，台灣需要完整的慈善救濟體系，醫院是不可或缺的重要環節，此一環節有賴鼓勵具備慈善救濟本質的醫療財團法人竭力投入，以彌補慈善救濟體系的不足。
⒒原告章程所載目的事業歸納起來祇有兩大部分，一為與「醫
療財團法人」有關之目的事業，一為與「慈善救濟事業」有關之目的事業；扣除原告有關醫療財團法人必需的目的事業部分外，全部都是慈善救濟，這點也與「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」章程相同，足證慈善救濟是原告的主要目的事業。
⒓「慈善救濟執行報告」記載了原告執行社會救助法、兒童及
少年福利法、老人福利法及身心障礙者權益保障法的社會福利項目，如果訂立章程時不嫌煩瑣，將「慈善救濟執行報告」所做所為，一一歸納，分門別類，而列載於章程，可以列出幾十項，數目遠逾原告章程依據衛生署制式章程範本而記載有關醫療財團法人應記載事項之數目。因此，慈善救濟是否醫院之主要目的事業其判斷標準，絕非章程的條文數量，而是要看原告實質上有無持續提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作、並訓練醫療志工。
⒔何況原告章程第4條第1項第13款「其他有關事項」，是概括
條款，已涵蓋可以從事之一切慈善救濟項目，這也就是為什麼原告從事「慈善救濟執行報告」所列各式各樣醫療救濟服務或慈善救濟工作，並沒有逾越章程目的事業範圍，而仍屬符合章程上所記載之目的事業。
⒕抑有進者，原告章程第16條規定：「決算後若有結餘提存充
實本院基金百分之50餘得撥充社會慈善救濟事業」。所謂「餘得撥充社會慈善救濟事業」即餘得用於「社會慈善救濟事業」這塊，是在章程定位上，原告之主要目的事業祇有兩塊，一為一般醫療財團法人之目的事業，一為「慈善救濟事業」。
⒖原告是否屬慈善救濟事業，應從被上訴人投入各項慈善救濟
工作之情形實質審查之，而不得逕行以章程所載業務項目之「數目」為形式判斷。
⒗繼衛生署認定原告是慈善救濟事業後，內政部亦已100年11
月24日函釋及101年1月4日函釋認定原告是慈善救濟事業，且財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號已函（以下簡稱財政部100年12月12日函）釋尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。易言之，無論內政部、衛生署及財政部，均未認為慈善救濟不是原告之主要目的事業。
㈦認定財團法人醫院為慈善救濟事業之標準⒈財政部100年8月3日函覆高雄高等行政法院稱：「又原內政
部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋．．．免徵房屋稅」，是財政部認為祇要1.「對貧民等施予醫療救濟」，或2、「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」，就「符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質」，即符合主要目的事業之一是慈善救濟事業，而得免徵房屋稅。原告非但對貧民、災區民眾等施以義診，有本院之「慈善救濟執行報告」可證，符合財政部前函「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，有「佛教慈濟綜合醫院社會服務室醫療補助辦法」，故收費標準與一般財團法人醫院不完全相同，且符合財政部前函「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅，以符課稅公平。
⒉退步言之，財政部98年4月9日函釋就財團法人教會醫院，建
立兩項標準，即1.「具備慈善救濟本質」，且2.「從事慈善救濟工作」者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。衛生署96年函釋就慈濟醫院亦建立兩項標準，即1.「持續」（持續性，而不是一時或偶然的行善），2.「提供醫療救濟服務」者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。參以最高行政法院判決發回意旨認為要參考內政部96年12月17日函釋所指「本部上開相關規定」，則歸納上開財政部、衛生署及內政部之上開函釋，「財團法人醫院」要成為「慈善救濟事業」之要件即為：1.「提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」，2.「持續性」，及3.「具備慈善救濟本質」三項要件：
A.慈濟醫院具備慈善救濟本質①原告係證嚴法師發心，由「慈濟慈善事業基金會」捐助成立
，並由證嚴法師親自擔任董事長之佛教醫院。由證嚴法師決定創辦原告的動機與目的是慈善救濟，是為了解決貧窮問題，有「真實之路」一書之摘文在卷可稽，足證原告在設立之動機與目的上是具備慈善救濟本質。
②由原告章程第3條可知原告係以「佛教慈濟精神辦理醫療服
務不以營利為宗旨」、「照顧低收入民眾，以服務社會為目的」，係具宗教背景之醫院，而具慈善救濟本質，與一般財團法人醫院顯有不同。
③證嚴法師是原告的董事長，風雨無阻，每週一至六清晨七時
起至八時三十分止，使原告各分院視訊連線，親自以志工早會方式，由醫院各級主管、醫護人員與志工分享醫療慈善救濟之人文精神與工作心得，並由原告董事長證嚴法師親自激勵與啟發醫護人員與志工之悲憫心，使眾人能無怨無悔、堅持恆心地走在慈善救濟的大道上，足證原告有其他財團法人醫院所不具有之慈善救濟本質。
④以八八水災為例，原告各分院均主動帶領醫護人員及醫療志
工前往八八水災現場救助，有「財團法人佛教慈濟綜合醫院台中慈院支援『醫療義診』暨『重建家園』報告書」、「財團法人佛教慈濟綜合醫院大林分院八八水災支援『醫療義診』暨『重建家園』報告書」、「財團法人佛教慈濟綜合醫院花蓮慈院支援『醫療義診』暨『重建家園』報告書」、「財團法人佛教慈濟綜合醫院玉里分院支援『醫療義診』報告書」、「財團法人佛教慈濟綜合醫院台北分院支援『醫療義診』暨『重建家園』報告書」、「財團法人佛教慈濟綜合醫院關山分院支援『醫療義診』報告書」在卷可證，有幾家老人扶療養院或教會醫院參與？原告的投入必然是排名第一，足證原告具備慈善救濟本質。
⑤虧損何必做慈善？依財政部臺灣省北區國稅局之核定通知書
，原告91至98年歷年來累積「課稅所得額」為－2,989,463,366元，原告自91年起至99年11月止，「醫院慈善救濟支出」高達1,509,102,063元，超過負課稅所得的一半，且已遠逾本案每年之房屋稅課稅金額，有「慈善救濟執行報告」內附之「91年至99年11月醫院慈善救濟統計表」詳第1-2頁可證，又已超過原告歷年來曾有之「盈餘」合計698,761,387元（即97年度632,222,218元及98年度66,539,169元，合計為698,761,387元）兩倍多，原告可以少做或不做慈善救濟工作，以降低虧損，在虧損情形下，猶不改初衷，「持續提供或從事醫療救濟服務或慈善救濟工作」，且「慈善救濟支出」之金額龐大並逐年遞增，足證原告具備慈善救濟本質。
⑥財政部98年4月9日函於98年間認定了13家「財團法人教會醫
院」為「慈善救濟事業」，而13家「財團法人教會醫院」合計投入「社會醫療救濟支出」428,926,000元，而原告98年投入「社會醫療救濟支出」即高達223,671,941元，遠逾前開各家「財團法人教會醫院」投入之金額，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可稽，在98年排名第一，約占前開13家總額的百分之52，足證原告具備慈善救濟本質。
⑦有那一家醫院會閒來沒事，未雨綢繆，利用醫院專業資源，
浪費時間與心力，持續大量訓練醫療志工？原告91年志工職前訓練人數3,020人，在職訓練人數54,241人；92年志工職前訓練人數10,790人，在職訓練人數54,777人；93年志工職前訓練人數11,336人，在職訓練人數58,610人；94年志工職前訓練人數13,970人，在職訓練人數71,881人；95年志工職前訓練人數13,754人，在職訓練人數67,889人；96年志工職前訓練人數41,206人，在職訓練人數154,040人；97年志工職前訓練人數34,013人，在職訓練人數167,908人；98年志工職前訓練人數23,203人，在職訓練人數130,471人；99年志工職前訓練人數28,256人,，在職訓練人數161,700人，有社服室組長謝侑書用印之「六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表」在卷可證。從91年職前訓練三千人、在職訓練五萬人到99年職前訓練兩萬多人、在職訓練十六萬人，這些都是可貴的社會資本，一旦遇到災變，就能發揮慈善救濟功用，足證原告具備慈善救濟本質。
⑧原告訓練之志工從事志工服務，91年有40,216人次；92年有
37,879人次；93年有38,777人次；94年有37,153人次；95年有38,811人次；96年有49,396人次；97年有50,304人次；98年有51,470人次；99年有50,568人次，有社服室組長謝侑書用印之「六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表」在卷可稽，足證原告具備慈善救濟本質。
⑨原告用醫院的人力與資源去推動成立「人醫會」，以醫院的
醫事人員作為「人醫會」的當然成員，並以「人醫會」作為原告「社區健康中心」的團隊之一，由原告花蓮總院院長林俊龍擔任「人醫會」的全球召集人，藉由原告的醫療專業人力與設備，作為「人醫會」的基礎，由原告發動並擬定計畫，以「人醫會」名義帶動原告以外的國內外醫生、護士，來擴大慈善救濟的力量與成效，共同投入慈善救濟之義診工作，國內外找不到第二家醫院對慈善救濟的投入做到這個程度，此有「慈善救濟執行報告」內附之「台灣地區慈濟人醫會義診服務統計」第183-190頁，及其例示證據，參見第191-208 頁，暨「國際慈濟人醫會義診服務統計」第209-213頁，及其例示證據，參見第214-225頁可證。從原告有志、有心結合國內外慈善救濟力量，以擴大慈善救濟之成效上，足證原告具備慈善救濟本質。
B.提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作①原告從事社會救助法所規定之社會福利項目即「生活扶助」
、「醫療補助」、「急難救助」、「災害救助」，詳見「慈善救濟執行報告」內附之「民91-99年慈濟醫院社會救助統計表」；「生活扶助」詳第3頁，及其例示證據，參見第33頁；「醫療補助」詳第3-7頁，及其例示證據，參見第34-54頁；「急難救助」詳第8頁，及其例示證據，參見第55-57頁；「災害救助」詳第9-13頁，及其例示證據，參見第58-83頁。
②原告從事身心障礙者權益保障法之社會福利項目，詳見「慈
善救濟執行報告」內附之「民91-99年慈濟醫院社會福利統計表」第23-29頁，及其例示證據，參見第149-170頁。
③原告從事兒童及少年福利法之社會福利項目，詳見「慈善救
濟執行報告」內附之「民91-99年慈濟醫院社會福利統計表」第18-22頁，及其例示證據，參見第115-148頁。
④原告從事老人福利法之社會福利項目，詳見「慈善救濟執行
報告」內附之「民91-99年慈濟醫院社會福利統計表」第14-17頁，及其例示證據，參見第84-114頁。
⑤「慈善救濟執行報告」經原告財務室主任謝秀圓及醫事室主
任陳星助會同用印，係私文書，具證據能力，其中所附統計表、私文書及照片等亦具證據能力。
C.持續性持續從事慈善救濟才是慈善救濟事業，醫療慈善救濟團隊不是天上掉下來的禮物，原告要能長久從事慈善救濟，將慈善救濟當作事業，因此長期訓練能參與醫療救濟服務或慈善救濟工作的人力，包括醫療志工在內，並持續不懈地從事醫療救濟服務及慈善救濟工作。由卷附「慈善救濟執行報告」足證原告係持續從事醫療救濟服務及慈善救濟工作。
㈧直接供辦理事業所使用之自有房屋⒈財務室就醫療補助優免之數據是依據病患就醫時，原告因其
身分折扣優免，透過電腦系統自動月結彙整的數據，優免時是電腦作業優免，有老人優待折扣、身心障礙折扣、福保折扣之電腦畫面各一件可證，一律由電腦直接進行「醫療補助」，其提供「醫療補助」及實施醫療行為，均係在醫院房屋內進行，且有「慈善救濟執行報告」第84頁「老人醫療費用折扣優免電腦系統畫面」可稽，足證原告房屋也同時是直接供醫療慈善救濟使用，符合直接供辦理事業所使用之自有房屋之要件。
⒉原告對於貧病老人，不問科別，均進一步再予「醫療補助」
，而決定「醫療補助」、提供「醫療補助」及實施醫療行為，均係在醫院房屋內進行，有「慈善救濟執行報告」第85頁「貧病老人醫療補助單」可稽，足證原告房屋也同時是直接供醫療慈善救濟使用。
⒊任何大型慈善救濟行動都須要結合人力與物資，擬訂計畫、
決策、調動人員、集合物資。原告的「急難救助」、「災害救助」也不例外，有關計畫的擬訂與決定、人員的調集、物資的調度、視訊連線以瞭解現場物資和人員的需求而作物資與人員的配置調度，及其他特殊狀況之協助處理決定，都是在醫院房屋內進行，不可能徒憑至災區現場臨時規畫可以成事。
⒋義診計畫（免費醫療補助）的擬訂與推動，義診人員包括醫
護人員與醫療志工的「職前訓練」與「在職訓練」也都是在醫院內進行。
⒌病友團體、衛教團體、老人健康講座等活動也多利用醫院房屋進行，有「慈善救濟執行報告」所附照片可證。
⒍社會救助法的「急難救助」、「災害救助」能限於醫院內進
行嗎？限於在醫院內做「急難救助」、「災害救助」始得免徵房屋稅，未免不食人間煙火。
⒎醫療慈善救濟豈有必須龜縮在醫院內才得免徵房屋稅之理，
這種坐在家裡慈善救濟的法律解釋與社會觀念未免落差太大，絕非慈善救濟事業免徵房屋稅之立法目的。很多身心障礙者、老人或貧困家庭是無力到醫院診治或身處醫療資源不足之偏遠地區，原告不遠千里、不辭辛勞前往提供義診服務、對老人、低收入戶等病患作居家關懷，前往災區從事社會救助法的「災害救助」，反而不能免徵房屋稅，依「舉輕以明重」之法理，應非房屋稅條例第15條第1項第2款之立法本旨。
⒏家扶中心補助低收入戶學生學費，也要到宅訪視，難道家扶
中心的房屋不能免徵房屋稅？此所以財政部於64年間業以64年11月4日函認定教會附設醫院為慈善救濟事業後，僅一個月後，還要再以64年12月19日函直接釋疑：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64.11.04 台財稅第三七八二四號函示免徵房屋稅。」，即財政部認為所謂「直接供事業使用之房屋」，在醫院之情形，係指「直接供醫院使用之房屋」免徵房屋稅，而不是必須「直接供進行醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務使用之房屋」或「直接供慈善救濟使用之房屋」；財政部並且直接例示醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等應屬「直接供醫院使用之房屋」，被告之見解顯與財政部之函釋牴觸，殊無可採。㈨衛生署之認定，符合法律規定之意旨⒈內政部100年5月23日函覆台中高等行政法院稱：「查財團法
人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、．．．等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管：上開團體均可辦理慈善救濟事業，本部有關法規並未就慈善救濟事業之型態範圍及其設立之法令依據與認定標準加以範定，準此，本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。」，內政部認為各目的事業都可以從事慈善救濟，社會福利事業祇是慈善救濟範疇的一塊，並非祇有向內政部立案的社會福利事業，才可以是慈善救濟事業，向衛生署立案的醫療財團法人，也可以是慈善救濟事業，是依前開內政部之函釋，衛生署認定原告是慈善救濟事業乙節，與內政部所認知之法律規定意旨並無不符之情形。被告辯稱原告未向內政部立案，且是醫療財團法人，不是社會福利事業，所以不是慈善救濟事業云云，與內政部之函釋牴觸，實無可採。
⒉內政部100年5月23日函覆台中高等行政法院又稱：「財團法
人醫院是否屬慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定。」，醫療財團法人既係向衛生署立案，其是否慈善救濟事業，依「行政一體原則」自應由衛生署認定，內政部上開函釋與原告見解相同。衛生署每年考核原告經會計師簽證之財務報表，並以衛生署96年函認定原告係屬慈善救濟事業，其認定結果，復與「佛教慈濟綜合醫院慈善救濟執行報告（民91-99年）」（以下簡稱執行報告）顯示原告確實持續從事醫療救濟服務或慈善救濟工作而具備慈善救濟本質之事實相符，衛生署認定原告是慈善救濟事業之結論並無違誤。
⒊衛生署於96年12月5日以衛署醫字第0960053851號函（以下
簡稱衛生署96年12月5日函）以原告具備以下兩項要件，故屬「慈善救濟事業」：1. 「提供醫療救濟服務」；及2.「持續性」。衛生署該函之標準，並未超出房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」法律名詞文義解釋之定義內涵；並未違反行政程序法第6條課稅公平原則；且符合中央法規標準法第5條第1項第2款：「左列事項應以法律定之：．
．．．二、關於人民之權利義務者」及第6條：「應以法律規定之事項，不得以命令定之」之法律意旨，並未逾越法律之授權；復未與內政部96年12月17日函所示「本部上開相關規定」之法律意旨違反或牴觸；又未違反司法院大法官會議第530及第478號解釋替原告量身定作於法無據之限制性或排除性標準，或增加法律所無之限制。是衛生署認定原告為慈善救濟事業，符合法律規定之意旨。
⒋內政部100年7月19日函釋覆財政部稱：「本部（社會司）僅
係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關』。．．．．．查醫療財團法人係依據醫療法相關規定向衛生署申請設立，非屬本部（社會司）主管．．．爰醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案」，該函並檢附內政部100年5月23日函載明：「財團法人醫院是否慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定」及檢附內政部100年5月31日函引用衛生署96年12月5日函所載：「財團法人慈濟醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業」。依前開最新之內政部函釋，內政部已否認伊是慈善救濟事業之中央主管機關，而應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定，且無須再向內政部立案。內政部並以檢附方式引用衛生署所為原告是慈善救濟事業函釋之認定，據以回覆財政部，足證內政部認為衛生署之函釋符合法律規定之意旨，否則不至於檢附引用。⒌內政部審查慈濟醫院之慈善救濟執行報告後，以100年11月
24日函釋認定：「二、本案依行政院衛生署認定，貴院91-99年慈善救濟執行報告內容辦理『經濟個案補助項目』，符合醫療法施行細則第30條之1規定所列醫療救濟事項之範圍，且前開各年度醫療救濟支出佔醫療收入結餘比例，皆已超過醫療法第46條規定之比例。三、本部就是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，說明如下：（一）統計表二、『兒童少年照顧及福利類』頁18─頁22及頁115─頁148中，禪光育幼院醫療補助、新北市政府兒童醫療補助等，屬社會救助範疇，至兒童發展聯合評估中心（早期療育部分）、兒童復健中心團體（花蓮）、兒少保護個案（花蓮、大林、台中）等，屬社會福利服務範疇。（二）推動骨髓移植、安寧療護、器官捐贈及主動提供弱勢民眾貧病生活補助、健保費補助、低收入戶醫療補助及遊民免費義診等服務，係該醫院基於公益目的而自行辦理社會救助性質之優免措施；另該院慈善救濟執行報告內容（如55、56等頁內容），對於生活陷困民眾其醫療費用或喪葬費用無力負擔者，給予急難救助，核屬社會救助範疇，即執行報告內容第1頁91年至99年11月醫院慈善救濟統計表內『經濟個案補助費用』（醫療、看護、交通、生活、喪葬等費用）合計11億2,904萬464元。（三）辦理『病友團體』『社區居家關懷』『社區公共衛生教育』3項目尚符合『身心障礙者權益保障法』第21條、第22條及第23條規定之服務提供，係屬提供身心障礙者健康維護及生育保健，與醫院應為住院身心障礙者提供出院準備計畫等相關服務。（四）辦理『老人照顧及福利類』項目計有18項，其中『社區長者關懷服務』、『貧困老人輔具轉贈』、『老人保護個案』、『社區老人獨居探訪』、『高齡老人情緒疏導』、『高齡長者就醫及保險資訊提供說明』、『主動關心高齡老人』、『銀髮族社區健康講座』等項目尚符合『老人福利法』第17條及第18條規定之服務提供。」，是內政部上開函釋已從實質認定原告是慈善救濟事業，且已認為原告所從事之慈善救濟，確有參考並符合內政部96年12月17日函釋所稱「本部上開相關規定」。
⒍高雄高等行政法院嗣再以100年12月7日函詢：「請貴部就關
於佛教慈濟綜合醫院是否為『業經立案之慈善救濟事業』，函覆本院參辦。」、內政部再度以101年1月4日函釋：「陳情案紀要：『．．．關於慈善救濟事業之認定，應由內政部主政，如涉及目的事業主管機關專業領域，可請各該機關表示意見供參。又該條款所稱『立案之慈善救濟事業』，並未明定應向何機關立案，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限。』有關財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟認定案，業經本部函請衛生署表示意見並於100年11月24日以內授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案」。是內政部再度闡明原告是業經立案之慈善救濟事業，並重申原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日函所稱「本部上開相關規定」即符合兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。
⒎財政部100年12月12日函：「有關貴院是否屬『業經立案之
慈善救濟事業』等疑義一案，．．．二、有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政。此決議與本部100年7月6日台財稅字第10004717670號函、同年8月3日台財稅字第10000273810號函復台中高等行政法院、高雄高等行政法院意見尚屬一致。三、另查內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月
24 日分別函復台北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明」。財政部亦已表明尊重內政部所為慈濟醫院是慈善救濟事業之認定。
㈩醫療志工是慈濟醫院的志工⒈醫院要能持續從事慈善救濟才是慈善救濟事業。原告要能長
久從事慈善救濟，將慈善救濟當作事業，需要長期訓練能參與醫療救濟服務或慈善救濟工作的人力，包括醫療志工在內。鑒於全球暖化，災變頻仍，災區需要大量人力，才足以發現病患、清理環境、協助搬運大體、宣導衛教、建立醫療站、提供醫療補給、給與醫護人員協助，否則很快會成為疫區，不是祇靠少數的醫療團隊就能應付。一般志工如果沒有醫療志工的訓練，在惡劣環境下，極易受到感染，成為拖累。醫療救濟服務是專業的慈善救濟服務，訓練醫療志工是建立醫療慈善救濟體系的重要環節。在災區或貧困地區沒有人力如同沒有米一樣，都是沒有辦法發放賑濟。原告為了具備提供醫療救濟服務及慈善救濟工作中所需的人力要素，無償進行醫療志工的「職前訓練」與「在職訓練」，包括感染控制、醫學常識、護理照護病患的技巧、衛教宣導、生命教育、身心靈照顧等課程；慈濟醫院持續無償訓練醫療志工，就是屬於為醫療救濟服務及慈善救濟工作而付出。
⒉由於慈濟基金會沒有醫療專業人員，也沒有相關設備器材，
是無法訓練醫療志工。原告91年志工職前訓練人數3,020人，在職訓練人數54,241人；92年志工職前訓練人數10,790人，在職訓練人數54,777人；93年志工職前訓練人數11,336人，在職訓練人數58,610人；94年志工職前訓練人數13,970人，在職訓練人數71,881人；95年志工職前訓練人數13,754人，在職訓練人數67,889人；96年志工職前訓練人數41,206人，在職訓練人數154,040人；97年志工職前訓練人數34,013人，在職訓練人數167,908人；98年志工職前訓練人數23,203人，在職訓練人數130,471人；99年志工職前訓練人數28,256人,，在職訓練人數161,700人，有「六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表」在卷可證。經原告每年免費「職前訓練」及「在職訓練」而訓練出來的醫療志工，就是原告之志工，即使該志工也參與「陽光基金會」或其他基金會的活動而擔任他人的志工，甚至也接受他人的其他訓練，但仍無礙其具備原告醫療志工之資格，得隨時報名參加原告的義診活動或其他活動。
⒊醫療志工在慈濟醫院之義診活動或其他活動中，執行其志工
職務，過失致他人身體受傷甚至死亡，依民法第188條之解釋，該志工係屬慈濟醫院的「事實上受雇人」，原告應負僱用人之侵權行為連帶賠償責任，怎麼不是原告的志工？一旦報名參與原告規劃推動之義診活動或其他活動，在該活動中即屬原告之志工。
土地稅減免規則第8條第1項第5款⒈土地稅減免規則第8條第1項第5款規定：「私有土地減免地
價稅或田賦之標準如下：．．．經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣(市)主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」，完全沒有私立醫院不得為慈善救濟事業之法規意涵，否則「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」也無法符合慈善救濟事業之標準。
⒉土地稅減免規則並非房屋稅條例之授權命令，不得作為房屋
稅條例法律用語之解釋依據。且土地稅減免規則並無房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語，且並未定義何謂「私立慈善救濟事業」。
⒊土地稅減免規則第8條第1項第5款所稱「社會救濟慈善事業
」，與房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語不同，且無論「私立醫院」、「社會救濟慈善事業」均被土地稅減免規則第8條第1項第5款列為免徵地價稅之對象。而原告既是私立醫院，也是慈善救濟事業。
⒋土地稅減免規則第8條第1項第5款在最後要加上「及其他為
促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業」之概括用語，來擴大地價稅免徵對象之範圍。從而土地稅減免規則將「私立醫院」與「社會救濟慈善事業」分別例示，尚無法據此作出「醫療財團法人」不得被認定為「慈善救濟事業」之結論。
應否適用老人扶療養院之認定標準
被告援引財政部85年7月5日函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄載稱：「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：一、財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業」，而率認須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得免徵房屋稅云云。惟查：
⒈國內各財團法人醫院之成本及費用占其醫療收入均在90%以
上，多數在95%以上，平均約在97%，此有衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報表可證。以其中經營績效著稱之長庚醫院為例，該醫院院區位於「都會地區」，而其98年度醫務利益率僅為7%而已，換言之，100元的醫療收入，就要有93元的成本及費用，盈餘只有7元。然依被告所辯醫療財團法人必須將醫療收益全部投入慈善救濟，才算是慈善救濟事業云云。試想醫療財團法人如要符合此一標準，幾年或幾月內必然倒閉、破產，根本不可能持續性的從事慈善救濟，被告竟將祇需低成本經營之老人扶療養院之標準，適用於慈濟醫院，其所辯無異於「殺雞取卵」，在事實上根本不可行，抑且在法律上毫無依據。
⒉何況老人扶療養院與老人間係訂立「照護」、「醫療」及「
旅館」之有償的混合契約，老人扶療養院按月收費約在16,000-31,000元不等，有各該財團法人老人扶療養院之收費標準影本六件在卷可證。老人扶療養院收費提供「照護」、「醫療」及「旅館」之外，作了什麼「慈善救濟工作」？沒有。而依前開會議紀錄之標準僅係要求老人扶療養院收益全部用於其「目的事業」上，是老人扶療養院也未如被告所辯用於「慈善救濟事業」，有何法律理由援其例適用於原告，而不適用於「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」？⒊財政部85年7月5日函，並非財政部之函釋，祇是財政部檢送
內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄。內政部前開會議紀錄亦非函釋，無法規命令之效力。
⒋內政部係社會福利事業之主管機關，而非慈善救濟事業之主
管機關，且由該會議紀錄之文義，係就財團法人老人福利機構作出決議，與財團法人醫院無關，無從拘束「教會附設醫院」、「財團法人教會醫院」或原告。內政部自己也從未將此標準適用於向內政部民政司立案之「教會附設醫院」，財政部也從未將此標準適用於向衛生署立案之「財團法人教會醫院」。被告若主張有適用於「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」，因屬積極事實，請被告舉證。被告顯係為原告量身定作於法無據之上開排除要件，違反行政程序法第6條之規定。
⒌行政院衛生署98年1月12日衛署醫字第0970053721號函（以
下簡稱衛生署98年1月12日函）釋：「主旨：有關本署依醫療法規定認定所管醫療財團法人均為慈善救濟事業，相關疑義，．．．四、經查貴部97年11月4日台財稅字第09704553970號函所稱台灣基督教會附設紀念醫院，應屬於現行醫療法所指本署所管具宗教團體背景之醫療財團法人，．．．本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形。爰建請貴部（指財政部）依前開函說明二，考量各醫療機構權益不應因政府之行政管理需求而遭平白減損，予以覈實從寬認定」。財政部為此以98年4月9日函釋行文各地方稅務局稱：「．
．．．又案經行政院衛生署前揭函略以．．．本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形．．．本部（即財政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見。．．．旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅」等語。從前開各函釋可知，無論衛生署或財政部均未以全部收益用於目的事業之標準適用於具宗教慈善救濟性質之醫療財團法人。
⒍上開會議紀錄「將全部收益直接用於各該目的事業」始得免
徵房屋稅之見解，並非房屋稅條例15條第1項第2款之要件，其見解非但於法無據，抑且違反中央法規標準法第5條第1項第2款：「左列事項應以法律定之：．．．二、關於人民之權利義務者」及第6條：「應以法律規定之事項，不得以命令定之」。被告自不得以於法無據之決議拘束原告。
⒎「慈善救濟事業」是房屋稅條例第15條第1項第2款之法律名
詞，是否「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之定義內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」。「將全部收益直接用於各該目的事業」之見解，違反司法院大法官會議釋字第530號及第478號解釋而「增加法律所無之限制」。
⒏依卷附財政部64年12月19日函：「臺灣基督教××會附設×
×紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64.11.04台財稅第三七八二四號函示免徵房屋稅。」，財政部係直接認定教會附設醫院就是慈善救濟事業，並未要求教會附設醫院必須「將全部收益直接用於各該目的事業者」，始得認屬慈善救濟事業，祇要房屋係「直接供醫院使用」即得免徵房屋稅；原告同係醫院，殊無作不同解釋之理由。地方稅務局或其他任何機關均無權為原告量身定作限制性或排除性之標準。
⒐內政部96年12月17日函係要求認定醫療財團法人為慈善救濟
事業要「參考本部上開相關規定」，而非要求參考前開關於老人扶療養院之會議紀錄。
⒑何況財政部98年4月9日函、衛生署96年12月5日函、內政部
96年12月17日函已分別就「醫療財團法人」得否同時是「慈善救濟事業」設有認定之標準，即：1.「提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」，2.「持續性」，及3.「具備慈善救濟本質」三項要件，均未以「全部收益直接用於目的事業」作為認定標準要求「教會附設醫院」、「財團法人教會醫院」或其他醫療財團法人。下級機關無權推翻上級機關之標準而另訂標準。
⒒原告是否為慈善救濟事業，係主管機關事實認定之問題。衛
生署於96年12月5日函覆財政部稱：「財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」，是立案機關衛生署已行使職權明白認定慈濟醫院係慈善救濟事業。有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政後，內政部審查慈濟醫院之慈善救濟執行報告後，以100年11月24日函及101年1月4日函釋，已認定原告是慈善救濟事業，財政部100年12月12日函：「內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復台北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明」。綜上無論衛生署、內政部、財政部均未以須將全部收益用於目的事業作為認定原告是否慈善救濟事業之標準。
⒓退萬步言，原告否認有將收益用於目的事業外之情形，有衛
生署公開網站上原告經會計師簽證之財務報告為證，網站公開已屬公知之事實，被告就原告有將收益用於目的事業外乙節，係屬積極事實，應由被告負舉證責任，被告並未立證以實其說，所辯自無可取。
原告與教會醫院為維持醫院之運作，皆必然會產生人事費用
、藥品費用、醫材費用、折舊費用、租金費用、事務費用等醫務成本以及行政管理部門所發生之薪資等管理費用，此由原告與教會醫院各年度之「收支餘絀表」即可證明⒈依醫療法第34條第3項所訂定之醫療法人財務報告編製準則
第2條規定：「醫療法人財務報告之編製，應依本準則及有關法令規定辦理之；其未規定者，依一般公認會計原則辦理。」，準此，醫療法人之資產負債、收支餘絀、淨值變動及現金流量等報表，即應依前開準則編製，至為明確。
⒉而由醫療法人財務報告編製準則第20條規定：「．．．。二
、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等。．．．三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金．．．」即可知，任何一家醫療法人之運作，皆必然會產生人事費用、藥品費用、醫材費用、折舊費用、租金費用、事務費用等醫務成本以及行政管理部門所發生之薪資等管理費用，否則醫療法人根本就不可能開門營運，殆無疑義。
⒊財政部98年4月9日函核定為屬慈善救濟事業之醫療財團法人
，包括若瑟醫院、高雄基督教信義醫院、天主教耕莘醫院、基督長老教會新樓醫院、聖保祿修女會醫院、天主教聖功醫院、聖馬爾定醫院、屏東基督教醫院、嘉義基督教醫院、彰化基督教醫院、台東基督教醫院、恆春基督教醫院及埔里基督教醫院等，與原告同為醫療法所規定之醫療法人，有關資產負債、收支餘絀、淨值變動及現金流量等報表，皆應依前開準則編製，且為維持醫院之運作，亦皆必然會產生人事費用、藥品費用、醫材費用、折舊費用、租金費用、事務費用等醫務成本以及行政管理部門所發生之薪資等管理費用，此由原告與教會醫院95至99年度醫療社會服務費用占醫務收入與醫務成本計算表所檢附之各年度「收支餘絀表」即可證明。
被告以原告之「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本
之比例為由，質疑原告非屬慈善救濟事業，毫無法律依據，顯係「增加法律所無之限制」，已明確違反「租稅法定主義」；更何況，以「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本之比例作為認定醫療財團法人是否屬慈善救濟事業之標準，完全係誤用「分母」所致⒈實則，以「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本之比
例作為認定醫療財團法人是否屬慈善救濟事業之標準，完全係誤用「分母」所致，成本及費用不應作為「分母」之一部，應予扣除。蓋因，承前所述，任何一家醫療法人之運作，皆必然會產生人事費用、藥品費用、醫材費用、折舊費用、租金費用、事務費用等醫務成本以及行政管理部門所發生之薪資等管理費用，否則醫療法人根本就不可能開門營運，故而於計算實際上可供投入用於慈善救濟之金額時，必須先行將相關成本及費用予以扣除，方為適法。此外，亦不可以相關成本及費用支出之多寡作為認定醫療財團法人是否屬慈善救濟事業之計算基準，否則，即會造成支出較少者（即分母較小，「醫療社會服務費用」所佔比例自然就會較高）可能會被認定為慈善救濟事業，而支出較多者（即分母較大，「醫療社會服務費用」所佔比例自然就會較低）反而不被認定為慈善救濟事業，此一標準荒謬至極，不言可喻。
⒉以99年度為例，原告係支出約新台幣123億的醫務成本以及
約新台幣18.5億的管理費用，才取得約新台幣142.5億的醫務收入淨額；換言之，該年度原告係總共支出將近新台幣
141.5億的成本及費用才取得約新台幣142.5億的醫務收入。如以醫務收入作為「分母」來計算「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例，顯然是誤認醫務收入的取得是無需支出任何成本及費用，故而可以全部用於慈善救濟，此一假設基礎完全置為取得醫務收入而必須支出的成本及費用於不顧，顯然與事實及經驗法則不符。
⒊正確的「分母」應該是每一年度「所有可以自由運用於慈善
救濟的資金」，亦即每一年度的醫療收入扣除相關成本及費用後在未投入慈善救濟工作前之餘額，此一金額方為可以自由運用於慈善救濟的資金。準此，檢驗醫療財團法人是否以從事慈善救濟為主要目的事業的標準，應該要看其將多少「可以自由運用於慈善救濟的資金」投入慈善救濟工作，方為適法。
⒋準此，原告於99年度投入慈善救濟工作的金額約新台幣2.9
億元，而該年度原告的醫療收入扣除相關成本及費用後之餘額在未投入慈善救濟工作前約為新台幣3.9億元（計算式為新台幣142.5億－新台幣141.5億＋新台幣2.9億＝新台幣3.9億元），換言之，原告於「所有可以自由運用於慈善救濟的資金」僅約為新台幣3.9億元的情況下，實際投入救濟工作的金額竟高達約新台幣2.9億元，比例高達74%，足證原告係以從事慈善救濟為主要目的事業，至為明確。
更何況，原告95至99年度之「醫療社會服務費用」占醫務收
入及醫務成本之比例亦遠高於經財政部核定為屬慈善救濟事業之大多數教會醫院，被告認定原告為非屬慈善救濟事業，亦有違「租稅公平原則」⒈經查其他經財政部核定為屬慈善救濟事業之教會醫院，其大
多數之「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本之比例亦遠較原告為低。原告謹以行政院衛生署網站上所提供之原告及該等教會醫院之收支餘絀表為比較基準，分別計算原告及該等教會醫院之「醫療社會服務費用」占其「醫務收入」及「醫務成本」之比例，可知原告99年之「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本之比例分別為2.02％及2.34％，惟該等教會醫院之比例則多半遠較原告為低，甚至低至0.25％，而該等教會醫院皆已經財政部核定屬慈善救濟事業。反之，原告之「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本之比例遠高於該等教會醫院，竟遭被告認定為非屬慈善救濟事業，被告之認事用法，亦顯有違「租稅公平原則」。
⒉準此，原告95至99年度之「醫療社會服務費用」占醫務收入
及醫務成本之比例亦遠高於經財政部核定為屬慈善救濟事業之大多數教會醫院，惟竟遭被告認定為非屬慈善救濟事業，被告之認事用法，亦顯有違租稅公平原則，故其認事用法之謬，至為明顯。
原告歷年來確係經營虧損，建院及擴建資金皆係由慈濟基金
會「專款專用」補助，歷年來「非醫務利益」之所以會有結餘及淨值之所以會有增加，即係因慈濟基金會之補助而來；被告錯認原告歷年來決算後之餘絀及所增加之淨值係全部可供投入慈善救濟工作，其係將慈濟基金會「專款專用」（亦即無法移作他用）於原告建院及擴建之用之補助款項「誤認」係原告歷年來之「收入結餘」，而可任意動支以充作慈善救濟事業之用，顯係被告誤解原告歷年來之報表所致：
原告確係經營虧損多年，直至97年方始轉虧為盈，且原告91至98年歷年來累積「課稅所得額」為－2,989,463,366元，此有財政部臺灣省北區國稅局之核定通知書可證，實不容質疑。而原告歷年來「非醫務利益」之所以會有結餘，係因慈濟基金會歷年來皆以「專款專用」之方式補助原告建院及擴建資金之需所致；而91至98年，慈濟基金會對原告補助之捐贈款項即有130億元；被告錯認原告歷年來決算後之餘絀及所增加之淨值係全部可供投入慈善救濟工作，其係將慈濟基金會「專款專用」（亦即無法移作他用）於原告建院及擴建之用之補助款項「誤認」係原告歷年來之「收入結餘」，而可任意動支以充作慈善救濟事業之用，顯係被告誤解原告歷年來之報表所致。須知，既是「專款專用」於補助原告建院及擴建之用，豈能任意「移作他用」。被告所言，顯不足採。
被告似乎認為因原告未將其醫務收入百分之百全部投入慈善
救濟，故非屬慈善救濟事業，此一認定標準無異於認為醫療財團法人必須「傾家蕩產」來做慈善救濟，才算是慈善救濟事業，故在事實上根本不可行，且在法律上亦毫無所據：
此外，被告似乎認為因原告未將醫務收入百分之百全部投入慈善救濟，故非屬慈善救濟事業。殊不知，醫療財團法人收取醫療收入時，必然會有成本及費用的支出，如將其醫療收入百分之百全部投入慈善救濟，那醫生護士薪資、醫療設備、藥品、行政管理人員的費用，從何而來？豈不是要醫療財團法人必須「傾家蕩產」來做慈善救濟，才算是慈善救濟事業嗎？那一家醫療財團法人有辦法長期「傾家蕩產」來做慈善救濟而不倒閉、破產呢？然依被告之主張，似乎醫療財團法人必須將醫療收入全部投入慈善救濟，才算是慈善救濟事業。試想，這樣的話，醫療財團法人如要符合被告認定慈善救濟事業的標準，幾年內必然倒閉、破產，根本不可能有辦理持續性的從事慈善救濟，故被告此一之主張無異於「殺雞取卵」，在事實上根本不可行，且在法律上亦毫無所據。更何況，原告係以慈善救濟為其本旨，自開業以來一直至96年都是呈現虧損狀態，100元的醫療收入，就可能有101元的成本及費用，但原告於虧損連連的情況下，依然「不計盈虧」地投入各類慈善救濟，且金額逐年增加，累計金額早已超過歷年來的盈餘總額，說原告不是慈善救濟事業，真不知天理公道何在。
傳統上「濟世救人」、「仁人濟世」的扁額是贈予醫生，自
古醫療行業儘管收費，但醫生就是被期許以「濟世救人」、「仁人濟世」的榮耀與光環，這才是正確的思惟與政策定位。將醫院商業化、消費化的結果，醫生淪為賺錢的職業之一，「濟世救人」、「仁人濟世」的榮耀與光環不在，雖無礙醫術進步，但醫道因此式微。醫道式微的結果就是沒人要當外科醫生、婦產科醫生，那個科別賺錢，往那個科別跑，輕鬆賺錢的醫美趨之若騖，十多萬護士畢業生寧可夜市賣香腸，也不願進醫院辛苦救人。以台中為例，健保急診預算已事先劃分給幾大醫院，健保限制各該醫院祇能有多少張急診病床，超出此數的急診病患健保不給付。造成各大醫院達到急診病床上限就拒收急診病人，被拒收的病人就會被送到慈濟醫院台中分院，因為原告是慈善救濟醫院的定位，不能也不會拒絕急診病人，致病床不夠，又不能讓急診病人躺在地上或坐在椅上，這不符合慈善救濟的醫道理念，原告為病患著想，挪用慢性病房的空床給急診病人使用，卻被罰鍰。對於醫療慈善救濟如此惡劣的法規環境，原告還是得做，因為是慈善救濟理念。此事突顯了政府的政策、訂定法規及解釋法規都很有問題，沒有深層思考與大的格局。有一天你我發生急診事故，被當人球在各大醫院間轉送時，就會深深體會需不需要慈善救濟醫院及什麼是慈善救濟醫院。醫生不是祇需要有醫師資格證書，更重要的是要有慈善救濟的襟懷，如何創造出培養醫生有慈善救濟襟懷的環境是政府的責任。外科、婦產科等科別的醫生如果既不賺錢又有成敗壓力及民刑事風險，卻沒有醫道榮耀與光環的自我期許時，有誰願意以此為職業？政策鼓勵醫院走向商業化、消費化的結果，就是醫道蕩然，現在已經有醫院的婦產科主任是緬甸籍，還好有緬甸人願意幫忙，可預見將來重要科別的醫生都會嚴重缺乏。風行草偃，政策鼓勵醫院走向商業化、消費化明顯是不對的。
房屋稅條例第15條第1項第2款並未限制財團法人醫院可以同
時是慈善救濟事業，政府就應高瞻遠矚鼓勵財團法人醫院導入慈善救濟理念，成為慈善救濟事業，不應劃地自限。且財政部早已認定教會附設醫院及財團法人教會醫院是慈善救濟事業，原告也同樣免徵房屋稅達20年，有何必要及有何正當理由要增加法律所無之限制，不採財政部98年4月9日函及財政部100年8月3日函之標準，而為原告量身訂作認定慈善救濟事業之標準，據以認定原告不是業經立案之慈善救濟事業，而違反行政程序法第6條行政行為不得為差別待遇之規定？稅務局又為何始終不引用前開財政部函示之標準以適用於原告？財政部98年4月9日函就財團法人教會醫院已明示以具備慈善救濟本質及從事慈善救濟工作，作為是否慈善救濟事業之認定標準，稅務局應以同一標準適用於原告，始符合課稅公平，所作行政處分才不是違法的行政處分。而財政部100年8月3日函係基於下述原因之一：即1.「對貧民等施予醫療救濟」，或2、「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」，而認定「教會附設醫院」係「符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質」，稅務局應以同一標準適用於原告，始符合課稅公平，所作行政處分才不是違法的行政處分。不應再為原告量身訂作其他標準而違反行政程序法第6條行政行為不得為差別待遇之規定；並聲明求為判決訴願決定、復查決定及原處分關於課徵99年房屋稅逾3,048,953元部分均撤銷。
四、被告則以：㈠按「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：．．．二、非
住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3％，最高不得超過5％。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.5％，最高不得超過2.5％。」、「直轄市及縣(市)政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」、「私有房屋有左列情形之一者，免徵房屋稅：二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」，分別為房屋稅條例第5條第1項第2款、第6條及第15條第1項第2款所明定。又依臺北縣政府所訂之房屋稅徵收率表規定，本件系爭房屋分屬「一、住家用房屋按房屋現值課徵1.2％。二、營業用房屋按房屋現值課徵3％。三、私立醫院．．．等非營業用房屋按房屋現值課徵2％」。
㈡又「臺灣基督教××會附設××紀念醫院，如查明完成財團
法人登記者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」、「臺灣基督教××會附設××紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」、「××紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」、「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅一節，因乏法令依據，歉難照准。」，為財政部64年11月4日函、64年12月19日函、前台灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函（以下簡稱前台灣省稅務局68年5月14日函）及財政部71年12月8日台財稅第38854號函（以下簡稱財政部71年12月8日函）所釋示。
㈢按據房屋稅條例第15條第1項第2款規定得免徵房屋稅者，須
具備4項要件：（1）業經立案之私立「慈善救濟事業」；（2）不以營利為目的；（3）完成財團法人登記者；（4）直接供辦理事業所使用之自有房屋，如四者缺一，即不得享有免徵房屋稅之優惠。查公益乃社會公共利益，慈善救濟乃是對貧困或危難之救助，兩者顯然有異，是慈善救濟事業當然是公益事業，然公益事業並不當然等於慈善救濟事業，亦即公益事業範圍應大於或等於慈善救濟事業。例如財團法人董氏基金會，其業務範圍為菸害防制等，雖合乎「公益性」，惟並不具有「慈善救濟」之性質；又例如財團法人黎明文化事業基金會，其業務範圍為舉辦有益社會大眾身心之文化活動、設立各類獎學金，其雖亦合乎「公益性」，惟亦不具有「慈善救濟」之性質。是本件縱使原告取得衛生署之設立許可，並章程明定不以營利為目的，且完成財團法人登記，惟仍需符合「慈善救濟事業」，始符合房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之規定，合先敘明。查原告自身章程，其中第3條雖記載不以營利為目的等語，然此僅能證明原告所經營之事業符合「公益性」，並不足以證明原告所經營之事業合乎「慈善救濟事業」。
㈣次按財政部85年7月5日函釋規定：「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：
一、財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」，是得認可屬於慈善救濟事業者，其（1）收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的。（2）其且將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認屬慈善救濟事業。按房屋稅條例第15條第1項第2款乃是基於辦理社會福利慈善救助事業者，其營收全部及資本孳息係僅能辦理社會福利慈善救助事項，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要，經查原告收費標準乃根據健保局標準向就醫民眾收取自費額，並依健保局的標準向健保局請款，與一般診所收費標準無異，是原告僅依醫療法第46條規定提撥年度醫療收益結餘之10%辦理醫療救濟、社區醫療服務事項，核與首揭房屋稅條例第15條第1項第2款規定之立法精神及上開財政部函釋有違。
㈤內政部96年10月2日內授中社字第0960015743號函（以下簡
稱內政部96年10月2日函）及96年12月17日函，認原告是否屬慈善救濟事業，須由醫療財團法人之主管機關行政院衛生署認定，行政院衛生署96年12月5日函雖認定原告係慈善救濟事業，然依前台灣省稅務局68年5月14函及財政部71年12月8日函釋示：「××紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」、「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅一節，因乏法令依據，歉難照准。」，即未認定醫療財團法人即為慈善救濟事業，醫療財團法人是否符合慈善救濟事業，仍須就該醫療財團法人事實上是否具慈善救濟本質及是否從事慈善救濟工作為實質審查。（最高行政法院99判字第1359、1360號判決參照）。經查原告捐助章程第4條關於業務範圍之規定，其業務事項共臚列13項，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，而第12項「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」是依照醫療財團法人捐助章程參考範定堪認慈善救濟事務實質上非屬原告主要目的事業，是原告主張，核無足採。
㈥再按「公有房屋供左列各款使用者，免徵房屋稅：四、公立
學校、醫院、社會教育學術研究機構及救濟機構之校舍、院舍、辦公房屋及其員工宿舍。」、「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：一、業經立案之私立學校及學術研究機構，完成財團法人登記者，其供校舍或辦公使用之自有房屋。」、「私立醫學院附設醫院房屋，如經查明該醫學院已依法辦妥財團法人登記，該醫院房屋稅應准依照房屋稅條例第15條第1項第1款規定，予以免徵。」，為房屋稅條例第14條第1項第4款、第15條第1項第1款所明定及財政部62年1月19日台財稅第30490號令（以下簡稱財政部62年1月19日令）所明定。經查台大醫院係國立臺灣大學醫學院附設醫院，屬公立醫院性質，適用房屋稅條例第14條第1項第4款免稅規定；中山醫院係中山醫學大學附設醫院，依上開財政部令釋，如經查明該醫學院已依法辦妥財團法人登記，該醫院房屋稅應准依照房屋稅條例第15條第1項第1款規定，予以免徵。原告係經行政院衛生署准予設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，性質非屬公立醫院或私立醫學院附設醫院，尚難與台大醫院、中山醫院免徵房屋稅情形比附援引。
㈦經查本案系爭289號房屋原告係於94年4月25日向被告申報新
建房屋設籍，且申請按房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅，經審查後否准，並函復原告應自94年6月起課徵房屋稅。嗣被告於95年房屋稅清查使用情形時，查獲系爭289號房屋地下1層部分面積1477.1平方公尺供餐廳、商店、停車場辦公室使用及地上1層部分面積294.8平方公尺，供靜思書軒等營業使用，依房屋稅條例第5條規定，應自94年7月起改按營業用稅率課徵房屋稅；又被告於98年房屋稅使用情形清查時，再次查獲系爭289號房屋地下2層部分面積575平方公尺，自94年6月起出租萬安生命科技股份有限公司作太平間及助念堂使用，地上1樓部分面積10平方公尺出租作銀行提款機使用，地上2層部分面積74.8平方公尺自94年11月起出租供星巴克商店等營業使用，依房屋稅條例第5條規定改按營業用稅率課徵房屋稅；至於地下1樓、地下2樓永發停車場、地下3樓醫院員工收費停車場（均含車道）使用面積各計2,027平方公尺、8,550平方公尺、13,928.7平方公尺部分，及其餘供作醫院院區使用之面積則仍按非住家非營業稅率課徵，並繼續核定課徵99年房屋稅計23,051,418元。又系爭14戶房屋，經被告依改制前臺北縣政府工務局使用執照副本通知書於97年7月21日派員至現場勘查結果，該系爭14戶房屋係供該院醫生值班室之使用，原告於97年7月25日向該分處申報房屋稅籍有關事項及使用情形，是新店稅稽分處遂依97年7月21日現場勘查結果及使用執照副本通知書上註明主要用途「醫院附屬醫生值班室」，通知原告該14戶房屋自97年6月起課房屋稅，並繼續核定課徵99年房屋稅總計156,709元。綜上，本案系爭房屋扣除原告所不爭執之系爭289號房屋營業使用部分及出租停車場使用部分，被告對其核課99年房屋稅總計20,159,174元，揆諸前揭法令規定，並無違誤，應予維持。
㈧經查原告行政訴訟準備書四狀陳述內政部96年12月17日函所
指「本部上開相關規定」無論是社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法，都就「醫療」設有規定，列為社會福利重要工作項目之一，所以「醫療」本身就是符合內政部96年12月17日函所指「本部上開相關規定」的慈善救濟項目，且原告從事符合「本部上開相關規定」的慈善救濟項目，應被認定為以慈善救濟為主要目的事業之一云云。按醫療法第1條及第5條第2項規定「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。本法未規定者，適用其他法律規定。」、「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」，足見醫療法並非為慈善救濟事業目的而訂定，醫療財團法人亦並非從事慈善救濟事業目的而設立，其從事之項目自與醫療有關，唯尚不得以此作為醫療財團法人即慈善救濟事業之依據。又同法第46條雖規定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10%以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，是上述所為之服務事項支出，係於該醫療財團法人年度醫療收入結餘後，方提撥10％作為醫療救濟服務，其與「慈善救濟事業」係以從事慈善救濟為主要目的事業，自不能相提並論。且按財政部85年7月5日函釋規定：「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：一、財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」，是得認可屬於慈善救濟事業者，其收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認屬慈善救濟事業。經查原告收費標準乃根據健保局標準向就醫民眾收取自費額，並依健保局的標準向健保局請款，與一般診所收費標準無異。按房屋稅條例第15條第1項第2款乃是基於辦理社會慈善救助事業者，其全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。原告主張應被認定為以慈善救濟為主要目的事業之一而適用房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，洵屬無理由。
㈨原告陳述「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」的原因，在
於其醫院的本質及所從事之慈善救濟工作是「慈善救濟事業」。因為醫院不是教會，不適用房屋稅條例第15條第1項第3款，而應該歸類在房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」認定財政部實係因「教會附設醫院」是醫院，故以其為「慈善救濟事業」而免徵房屋稅云云。按「台灣基督教××會附設××紀念醫院，如查明完成財團法人登記者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」、「台灣基督教××會附設××紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」、「××紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」、「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」，分別為財政部64年11月4日函、64年12月19日函、前台灣省稅務局68年5月14日函及財政部71年12月8日函所釋示，且上述函釋收錄於97年11月財政部稅制委員會編印房屋稅契稅法令彙編第77頁二、私立慈善救濟事業房屋-第1項第2款。是「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」的原因是教會屬經立案之慈善救濟事業，其所附設醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定。若如原告所述「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」的原因，在於其醫院的本質及所從事業慈善救濟工作是「慈善救濟事業」等語，則凡屬立案的醫療財團法人醫院皆可認定為「慈善救濟事業」，其所有房屋均可適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅規定，財政部及前台灣省稅務局即無須再以68年5月14日函及71年12月8日函釋示說明，××紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅；醫事財團法人所屬房屋除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業外，其餘尚無特別減免。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」，原告雖由慈濟基金會捐助，但二者間分屬單獨成立之財團法人，並非慈濟基金會之附設醫院，核與上開規定本質不符，尚無免徵房屋稅之適用，是原告聲請調查證據，核不足採。
㈩又查原告於行政訴訟準備書五狀命被告舉證證明兩家以上業
經免徵房屋稅的基督教附設醫院，執行了那些符合96年內政部函所指「本部上開相關規定」之慈善救濟工作一節。依財政部98年4月9日函謂：「．．．又案經行政院衛生署前揭函略以：『．．．本署現管具教會背景之各醫療財團法人，多陸續由其他部會主管改隸本署主管。所有宗教財團法人附設醫療機構於改隸本署前即免徵房屋稅。前開改隸本署主管醫療機構，係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，其所屬財團法人之公益性亦未嘗稍異，其自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損．．．』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。三、本案之適用對象為．．．旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」，前開函釋係就原經核准立案屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損，核與本件原告原即屬醫療財團法人事實有別，是原告聲請調查證據，核不足採。
按「本辦法所稱之救濟物資，指辦理救濟事業之政府機構或
公益、慈善團體（以下簡稱申請人）進口或受贈之物資，其範圍如下：一、無償捐贈貧民之衣鞋、被褥、糧食、藥品及其他日用必需品。二、辦理免費義診所必需之醫療器材、原裝備救護車、原裝備醫療巡迴車。三、幫助傷殘重建之傷殘器材，製造傷殘器材之機具及訓練傷殘技能之器具。四、無償協助貧民謀取生計之機具、材料、種籽及家畜、家禽等。
五、供災區救災與重建所需之民生物資、醫療藥品及器材、工程機械與器（機）具及設備、環境清理消毒所用機具及藥劑等物品。申請人本身自用之物資或非供救濟用途之物資，不適用本辦法。本辦法救濟物資之用途，以供無償救助老弱貧病傷殘及緊急災害之用為限。本辦法所稱之公益、慈善團體，指國內依法成立或經政府核准設立，以辦理公益、慈善救濟為職志而不求報償之法人。本辦法所定之免稅範圍，為免徵救濟物資自國外進口所需之進口稅費。」，為救濟物資進口免稅辦法第2條規定，是所謂慈善救濟團體依前開規定應係指國內依法成立或經政府核准設立，以辦理公益、慈善救濟為職志而不求報償之法人，所從事者概為無償救助老弱貧病傷殘及緊急災害之重建等事項。從而慈善救濟事業雖具有公益之本質，然公益事業未必具有慈善救濟之性質，是慈善救濟事業其定義應是狹義性之公益，必須要有「救助」之行為始足當之。次由原告91年至99年慈善救濟執行報告（以下簡稱執行報告）觀之，其貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助，另貧病轉介申請政府醫療補助、新北市政府新希望醫療補助等，原告對該經濟個案醫療補助費用支出皆可向政府機關申請相對補助款收入，是原告非係對該等個案直接行使救助行為，亦非不求報償之行為，是從事上述補助行為難謂為慈善救濟行為。
又原告以加拿大政府對「加拿大慈濟基金會」不但不課徵房
屋稅，抑且由於「加拿大慈濟基金會」對四川大地震募款加幣450萬元以「1+1的配對捐款政策」為由，主張被告竟仍罔顧公平課稅原則，與受救助人爭利一節。經查財團法人中華民國佛教慈濟慈善事業基金會與原告二者間分屬單獨成立之財團法人，佛教慈濟慈善事業基金會募款所從事慈善救事業並不能認定是原告所為，是原告主張核不足採。
另原告主張持續大量訓練醫療志工從事志工服務即為慈善救
濟事業一節，查志願服務法第1條、第3條及第9條明定：「為整合社會人力資源，使願意投入志願服務工作之國民力量做最有效之運用，以發揚志願服務美德，促進社會各項建設及提昇國民生活素質，特制定本法。」、「本法之名詞定義如下：一、民眾出於自由意志，非基於個人義務或法律責任，秉誠心以知識、體能、勞力、經驗、技術、時間等貢獻社會，不以獲取報酬為目的，以提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務。．．．三、志願服務運用單位：運用志工之機關、機構、學校、法人或經政府立案團體」、「為提昇志願服務工作品質，保障受服務者之權益，志願服務單位應對志工辦理下列教育訓練：．．．二、特殊訓練。．．．第二款訓練課程，由各目的事業主管機關或各志願服務運用單位依其個別需求自行訂定。」，故舉凡合乎提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事自願服務工作，且志願服務運用單位應就個別需求對志工辦理特殊訓練為事理之所然，難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業，是原告主張，洵屬無理由；並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、本件兩造之爭點厥為原告所有之系爭建物，是否有房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定之適用？本院之判斷如下：
㈠按「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：．．．二、非
住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3%，最高不得超過5%。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.5%，最高不得超過2.5%。」、「直轄市及縣(市)政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」、「私有房屋有左列情形之一者，免徵房屋稅：二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」，房屋稅條例第5條第2款、第6條及第15條第1項第2款分別定有明文。又「．．
．．二、營業用房屋按房屋現值課徵3%。三、私立醫院．．
．等非營業用房屋按房屋現值課徵2%。」，亦為改制前台北縣政府訂定之房屋稅徵收率表所規定。由房屋稅條例第15條第1項第2款規定，可知經立案之私立慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅者，須具備3項要件：⑴必須經慈善救濟事業主管機關立案者；⑵不以營利為目的；⑶完成財團法人登記者；如三者缺一，即不得享有免徵房屋稅之優惠，合先敘明。
㈡本件原告所有坐落臺北縣新店市（現改制為新北市○○區○
○○里○○路○○○號建物，原經新店稅稽分處依房屋稅條例第5條規定，核定自94年6月起按非住家非營業用稅率課徵房屋稅在案。嗣新店稅稽分處於95年間清查該建物使用情形，查獲系爭建物部分面積2,431.7平方公尺係作營業使用，應自94年7月起改按營業用稅率課徵房屋稅，嗣並繼續核定課徵99年度房屋稅計23,051,418元；又原告所有坐落同上開建國路285號、287號2至8樓計14戶房屋，係供該院醫生值班室之使用，經新店稅稽分處依房屋稅條例第5條規定核定按住家用稅率課徵房屋稅，並核定99年度之房屋稅計156,709元；茲原告對被告上開99年度房屋稅之核定（共計23,208,127元）中逾3,048,953元部分表示不服，申經復查結果，未獲准變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟，兩造並主張如事實欄所載。經查：
⑴本件原告為經依法許可設立之醫療財團法人：
①按「醫療財團法人所得稅、土地稅及房屋稅之減免，依有關
稅法之規定辦理。」、「（第一項）本法所稱醫療法人，包括醫療財團法人及醫療社團法人。（第二項）本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」、「醫療財團法人之設立、組織及管理，依本法之規定；本法未規定者，依民法之規定。」，分別為醫療法第38條第2項、第5條第1項、第2項及第30條第1項所規定。
②經查原告係非營利之公益財團法人，前經目的事業主管機關
衛生署以76年7月4日函許可准予設立，並經花蓮地院同意財團法人設立登記之聲請，予以核發法人登記證書在案，業經原告提出上開函及花蓮地院法人登記證書等影本各1份在卷可資參照。第以上開法人登記證書之「目的」一欄記載：「本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為目的，地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的」等字樣；且原告捐助章程第20條亦明定：「本院存立時期為永久性，如因故解散時其剩餘財產應歸屬本院所在地之地方自治團體或政府主管機關指定之慈善公益團體。」等語。是原告乃係屬不以營利為目的，且經完成財團法人登記，而從事於慈善救濟與醫療業務之法人組織，自該當於房屋稅條例第15條第1項第2款所定「不以營利為目的」及「完成財團法人登記」之要件，堪以確定。
⑵房屋稅條例第15條第1項第2款規定所指「『業經立案』之私
立慈善救濟事業」，並非指必須經向內政部為「慈善救濟事業」之立案，始足當之，本件原告已該當於該款規定之「業經立案」要件；且原告是否為該款所稱之「慈善救濟事業」，除應考量內政部及衛生署等相關函釋外，尚應就醫療財團法人之原告依法向衛生署申報之財務報表關於「醫療收益」等項，依「實質課稅原則」實質審查其「慈善救濟事業」支出、費用，爰析述如下：
①本件被告依醫療法第5條第2項及第1條規定，以醫療財團法
人並非以從事慈善救濟事業為目的而設立，與內政部辦理宗教團體興辦公益慈善及社會教化事業獎勵要點規定有間，是原告係有慈善救濟支出之事業，並非「慈善救濟事業」，且其既非慈濟基金會附設醫院，與該基金會分屬不同財團法人，本應分別以觀；又參照所得稅法規定，其醫療收入係銷售貨物或勞務之收入，有對價關係，應課徵所得稅，與慈善救濟事業係無償的、並無對價關係迥異，原告雖主張所得虧損，惟係與其成本費用有關，非作慈善事業虧損，實質上尚難謂係以從事慈善救濟為主要目的之事業云云資為主張，固非泛稱無憑。
②惟查房屋稅條例第15條第1項第2款所謂「業經立案之私立慈
善救濟事業」，法未明文其定義，亦未限於須經「內政部」立案之私立慈善救濟事業始足當之，自應依其立法目的及精神，再以慈善救濟事業之型態、範圍及其設立法令依據與認定標準予以認定，殆無疑義。且我國並無規範私立慈善救濟事業之專法，而符合上揭免徵房屋稅之事業，既須完成財團法人登記，解釋上，自應依民法及其他法律規定，向主管機關登記後成立，且法人之業務屬於主管機關監督（民法第25條、第30條、第32條參照）；參以醫療法第11條業已明定衛生署為該法之中央目的事業主管機關，並監督醫療財團法人之業務，按理，殊無再向內政部立案登記為醫療財團法人之必要；況倘如被告所稱須在內政部設立登記始能獲得房屋稅減免云云為可採，則醫療法第38條第2項：「醫療財團法人所得稅、土地稅及房屋稅之減免，依有關稅法之規定辦理。」規定，勢將形同具文，此徵諸行政院提案說明：「第1項及第2項有關稅賦之減免依有關稅法之規定。」及賴勁麟委員等提案說明：「為鼓勵私人及團體捐贈設立醫療財團法人，提供高品質醫療服務，增進民眾就醫之基本人權保障，爰增訂第1項、第2項明定對醫療財團法人之捐贈，及其設立機構、提供服務均屬公益性行為，依相關稅法之規定減免稅賦。」等語亦明。故被告所稱房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用，限於經「內政部」立案之私立慈善救濟事業云云，顯係增加法律所無之限制，委不足採。
③且按「醫療法人經中央主管機關及目的事業主管機關之許可
，得附設下列機構：．．．三、老人福利法等社會福利法規規定之相關福利機構。」、「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之10以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」、「醫療機構應接受政府委託，協助辦理公共衛生、繼續教育、在職訓練、災害救助、急難救助、社會福利及民防等有關醫療服務事宜。」，乃醫療法第31條第3項、第46條、第77條分別明定。
④由上開規定，可知依醫療法設立之醫療機構，得辦理與「社
會福利」或「社會救助」有關之業務，且醫療財團法人辦理醫療救濟，係法律所規定應受獎勵之事項（按：原告多次獲主管機關衛生署來函證明原告醫療業績具有成績）；又醫療法第46條明定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之「百分之10以上」辦理「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」，乃法定義務之揭示，固不得以該規定即逕謂醫療財團法人係慈善救濟事業，然依該條規定，醫療財團法人辦理「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」如績效卓著，中央主管機關應予以獎勵之精神，自不得因醫療財團法人有依醫療法第46條規定之提撥辦理醫療救濟等服務事項義務，即遽以排除房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定之適用，堪以確定。是被告從無償、有償（或有無對價關係）及醫療院所成本、收入、支出費用等流向，作為是否屬「慈善救濟事業」之區分標準，尚嫌速斷，仍應從系爭規範事務之實證特徵著手，全面斟酌其實際狀況，方符稅捐稽徵原則。
⑤就稽徵實務作業言，原告已該當於房屋稅條例第15條第1項
第2款所指「業經立案」之要件，在未經主管機關衛生署予以撤銷之前，自得依醫療法第38條第2項規定適用上開規定，就其所有使用之系爭房屋，是否應予免徵房屋稅，悉應依其本質及是否從事慈善救濟工作為實質認定，茲分別說明如下：
A.財政部於75年11月24日醫療法公布前之71年12月8日，以台財稅字第38854號函釋示：「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。」，固認醫事財團法人並非當然即屬經立案之慈善救濟事業，惟其亦認醫事財團法人所有之房屋，如符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅甚明。
B.迨至85年7月5日，財政部又以台財稅字第851116753號函釋示：「一、財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」等語，認非以營利為目的，而將全部收益直接用於其慈善目的之事業，屬房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「慈善救濟事業」，得免徵其房屋稅。
C.且另件房屋稅事件，經改制前之花蓮縣稅捐稽徵處及財政部向內政部查詢結果，內政部分別以96年10月2日函及96年12月17日函覆，略以：「主旨：貴處函請本部查告財團法人佛教慈濟綜合醫院，為醫事財團法人，不以營利為目的，是否符合立案之私立慈善救濟事業案，復如說明，請查照。說明：．．．二、查財團法人佛教慈濟綜合醫院為醫事財團法人，非本部主管範疇，請逕向行政院衛生署洽詢。」、「主旨：貴部函詢慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，以及財團法人醫院是否屬慈善救濟事業等疑義，復如說明，請查照。說明：．．．
二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為．．．施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。．．．四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」等語在案。
D.嗣財政部經向衛生署函查結果，衛生署於96年12月5日以衛署醫字第0960053851號函（以下簡稱衛生署96年12月5日函）函覆，略以：「主旨：有關財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業乙案，復如說明段，請查照。說明：．．二、查醫療法第46條規定略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10%以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10%以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。』爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為其目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。三、復查貴部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」等語在卷。
E.又財政部於98年4月9日以台財稅字第0980452660號函（以下簡稱財政部98年4月9日函）明示「主旨：原屬宗教團體法人附設醫院（例如該函說明欄三、所稱之台灣基督教長老教會新樓醫院、財團法人天主教耕莘醫院等），經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅。．．．」，既係依衛生署98年1月12日衛署醫字第0970053721號函（以下簡稱衛生署98年1月12日函）「．．．政府自不應因管理權責劃分，而致使權益平日受到減損．．．本署《即衛生署》所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部《即內政部98年3月18日內授中社字第0980700165號函，以下簡稱內政部98年3月18日函》規定有不一致情形．．．」之意旨，而同意內政部及衛生署意見，核係基於醫療法規定及「實質課稅原則」（容於後述）精神之展現，自不得以該函係就原屬宗教團體法人附設醫院依醫療法規定改設為醫療財團法人所作之函釋，而本件原告係獨立醫療財團法人，兩者性質不同，即異其適用（此由下述衛生署98年7月27日函即可見一斑）。
F.況衛生署亦以98年7月27日函財政部（副本：內政部及訴外人財團法人恩主公醫院《嗣更名為行天宮醫療志業醫療財團法人》），於說明欄三、四、明揭「．．．三、．．
．．爰該法人與貴部前開函示免徵房屋稅之法人《按：指前開財政部98年4月9日函所稱原始慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院依醫療法規定改設之醫療財團法人》均為本署許可之醫療財團法人，其所從事之公益慈善工作與上開免徵房屋稅之法人並無不同，爰實不宜有不同之租稅待遇。四、綜上，基於前開考量，建請貴部秉租稅公平原則予以覈實從寬認定該法人為適用房屋稅條例第15條第1項第2款之規定得免徵房屋稅。」等語，有上開函影本1份附卷可稽。
G.由是以觀，內政部既已明白表示辦理慈善救濟事業之財團法人醫療機構，其並非立案主管機關，原告自無再向內政部重複立案之必要；且原告之立案機關衛生署，亦已依其職權認定原告等宗教團體興辦之醫院係屬慈善救濟事業，則在上開認定經有權機關予以撤銷之前，各機關均應予以尊重，自包括被告在內無疑。
⑥又在司法審判實務上，並未認房屋稅條例第15條第1項第2款
免徵房屋稅所應具備之「業經立案之私立慈善救濟事業」要件，其「立案」係指應經慈善救濟事業之主管內政部立案之意思：
A.按「內政部設左列各司、室：．．．三、社會司。．．．」、「社會司掌理左列事項：一、關於社會福利之規劃、推行、指導及監督事項。．．．三、關於社會救助之規劃、推行、指導及監督事項。」、「本法所稱社會救助，分生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助。」、「本法所稱主管機關：在中央為內政部」，分別為內政部組織法第4條、第13條及社會救助法第2條及第3條第1項所明文規定。
B.然而「慈善救濟事業」並不等同於社會福利事業或社會救助事業，且財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業；內政部社會司僅係慈善救濟事業範疇內「社會福利事業」之主管機關；而醫療財團法人辦理慈善救濟事業，並不須向內政部社會司申請立案，業經內政部以100年7月19日內授中社字第1000015998號函釋示在案，內政部嗣於101年1月4日亦基於同上意旨，以內授中社字第10000701331號函復高雄高等行政法院。
C.經查內政部上開函釋，究其性質乃其身為社會福利之中央主管機關，基於職權所為釋示，核與相關法律規定之意旨相符，自有其拘束力。是被告以內政部組織法第4條、第13條及社會救助法第2條及第3條第1項等規定，主張本件原告未經內政部為慈善救濟事業之立案，而無房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用，顯違內政部上揭函釋意旨，殊無可取。至內政部97年8月19日內授中社字第0970013498號函（覆改制前之花蓮縣稅捐稽徵處）略以：
「．．．查全國性及省級財團法人社會福利慈善事業基金會，主管機關為本部，本部並訂定『內政部審查內政業務財團法人基金會設立許可及監督要點』據以輔導：在縣市設立者，其主管機關為縣市政府。」等語，係就屬「社會福利慈善事業基金」之財團法人為前提所為之說明，與本件有關醫療財團法人之情形不同，自不能相提併論，附此陳明。
D.又財政部以100年7月6日台財稅字第10004717670號函復臺中高等行政法院，略以「．．．復依內政部組織法第4條、第13條規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、指導及監督事項。是以，慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部之職權。（最高行政法院100年度判字第144號判決可資參照），．．．醫療法並非為慈善救濟之目的而制定，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立，故醫療財團法人雖係經行政院衛生署許可並向法院登記之財團法人，並非屬經立案之慈善救濟事業。．．．」等語，所引最高行政法院100年度判字第144號判決，雖於理由中表示「．．．慈善救濟事業之立案及監督，在中央原則上應屬內政部掌管事項．．．」，然亦稱此僅係「原則」，且其理由尚謂：「．
．內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函係謂：『．．．二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，．．．至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。
』等語，則原判決未進一步查明上述衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函認被上訴人可認屬慈善救濟事業之結論是否合於法律規定意旨，亦未依原判決所援引之內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所稱『並參考本部上開規定』之意旨，參酌該函所引用之相關規定，即逕援引衛生署96年12月5日衛署醫字第096005385 1號函認被上訴人屬房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『經立案之私立慈善救濟事業』，亦嫌速斷．．．」等語，此對照上開2判決即明。
E.由是以觀，最高行政法院100年度判字第144號判決並未認房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅所應具備之「業經『立案』之私立慈善救濟事業」要件，其「立案」係指應經慈善救濟事業之主管內政部立案之意思；該判決僅認原判決未審酌該件原告是否合於內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所稱應參考社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法等4法之相關規定予以認定，逕依衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函認該件原告屬房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱「經立案之私立慈善救濟事業」，尚欠依據而已。從而，本件原告所有之系爭房屋究否應予免徵房屋稅，仍應從實質上有無從事慈善救濟工作審斷認定，至為灼然。
⑦再按房屋稅條例第15條第1項第2款對於業經立案之私立慈善
救濟事業雖有免徵房屋稅之規定，惟所謂「慈善救濟事業」究係為何，則未予定義。是上開規定所指「慈善救濟事業」，於以醫療財團法人為房屋稅課稅對象時，究應如何認定，爰依實務分述如下：
A.財政部曾就所謂「慈善救濟事業」一節函詢內政部，經內政部以96年12月17日內授中社字第0960018943號函（以下簡稱內政部96年12月17日函）覆，略以「．．．二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。．．．四、至財團法人醫院是否屬慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人，是以，財團法人醫院是否慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」等語。
B.嗣經臺中高等行政法院向內政部函詢，內政部於100年5月23日以內授中社字第1000700490號函（以下簡稱內政部100年5月23日函）復稱：「．．．二、本部是否為「慈善救濟事業」主管機關，如非本部所主管，係屬何機關所主管：查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利．．．等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業，本部有關法規並未就慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準加以範定，準此，本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。．．．
（二）又依行政院衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函復財政部略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為目的．．．又在現今醫療體系中，醫療財團法人依據醫療法規定，仍具【救濟】之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之【慈善】事業』。（三）綜上，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定。四、本部96年12月17日內授中社字第0960018943號函（以下簡稱96年12月17日函）略以：醫療財團法人是否是慈善救濟事業，『宜』向主管機關行政院衛生署洽詢，並參考社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法等4法之相關規定，其依據為何？能否說明應如何參考，有無認定標準：（一）本部96年12月17日函僅就社會福利慈善事業認定如下：1、經社會福利事業主管機關許可之社會福利慈善事業基金會興辦社會福利事業者。2、依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法（已修訂為『身心障礙者權益保障法』）及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣（市）社會福利事業機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。3、財團法人附設之社會福利機構興辦社會福利事業者。（二）查身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2條規定屬社會救助項目，依上開4法涉及衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。（三）是以本部96年12月17日函復財政部，行政院衛生署於認定財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，並可參考本部上開就社會福利慈善事業之相關規定。」等語，有上開函影本附於臺中高等行政法院100年度訴更一字第8號房屋稅事件可資參照。
C.第以內政部100年5月23日函，仍重申醫療財團法人除依醫療法第46條規定辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項外，就「社會福利事業」範疇尚應參考社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法等4法之相關規定，由醫療事業主管機關行政院衛生署認定之意旨。經查內政部前揭函釋，其內容核與現行相關實定法之規定相符，復合於財團法人設立及監督之法理，參以醫療法第11條明定衛生署為該法之中央目的事業主管機關，並監督醫療財團法人之業務，別無另立其他權責機關，是以，所謂「慈善救濟事業」究係何指，在以醫療財團法人為房屋稅課稅對象時，自應尊重其目的事業主管機關行政院衛生署之判斷，甚為顯然。
D.徵之另件衛生署對於財政部函詢財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業一案，雖以96年12月5日衛署醫字第0960053851號函，表示「財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業」，然該函係以「．．
．二、查醫療法第46條規定略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。三、復查 貴部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人依據醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業」為理由。
E.惟按財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上固屬公益法人，然所謂慈善救濟僅係「公益」類型之一，故已完成財團法人之登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業；而醫療法第46條之規定，並不得作為醫療財團法人即當然為慈善救濟事業之依據。職此，衛生署上開函文之判斷理由，尚難認已依法為適當之判斷，亦即，本件尚難僅據該函文作為認定原告確係房屋稅條例第15條第1項第2款所指「慈善救濟事業」之依據；但亦難以此即推認原告非屬慈善救濟事業。
F.從而，本件原告是否係慈善救濟事業，本院認除應斟酌上揭內政部96年12月17日函、100 年5 月23日函及衛生署96年12 月5日函、98年7 月27日函等件意旨，就原告是否實際從事「醫療救濟、社區醫療服務及與社會福利事業」有關之相關慈善救濟業務為觀察外，並應就實務業務運作上之事實，即醫療財團法人依法向其權責機關衛生署申報之財務報表（即收支餘絀表）關於「醫療收益」等項，是否確有「慈善救濟事業」支出、費用等事實為整體考量，方符「實質課稅原則」本旨。
⑶本件依「實質課稅原則」，就系爭99年度原告向衛生署所申
報之財務報表即收支餘絀表，分析說明原告確具「慈善救濟事業」本質，而該當於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之免徵房屋稅要件：
①先就「實質課稅原則」法理基礎說明之：
A.按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」，業經司法院大法官會議著有釋字第420號解釋闡明在案。次按「租稅法所重視者，應為足以表徵納稅能力之經濟事實，而非其外觀之法律行為，故在解釋適用稅法時，所應根據者為經濟事實，不僅止於形式上之公平，應就實質上經濟利益之享有者予以課稅，始符實質課稅及公平課稅之原則。」、「有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則勢將造成鼓勵投機或規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。」，亦有行政法院（現改制為最高行政法院）81年度判字第2124號判決及82年度判字第2410號判決可資參照。
B.又按「實質課稅原則」向被稱為稅法基本原則之一，乃經濟實質之租稅法解釋原則之體現，我國稅法雖無明文規定，惟依憲法平等原則及稅捐正義之法理，稅捐機關把握「量能課稅」精神，在解釋及適用稅法規定時，考察經濟上之事實關係及其所產生之實際經濟利益，亦得為此一原則之運用，而非依照事實外觀形式之判斷，前開司法院大法官會議釋字第420號解釋及行政法院判決意旨，即係此一原則之引申。再基於憲法所肯定之平等主義，在稅法上即應實施核實課稅原則，蓋因所謂負擔公平之原則，不僅止於形式上之公平，更應就實質上使其實現，亦即，稅捐之課徵，原則上應以納稅義務人真實的稅捐為基礎，即所謂核實課稅之原則，而非以應有的、擬制的稅捐基礎為計算。
C.是以，所謂「實質課稅原則」，係指基於憲法所肯定之平等原則，有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，以求租稅公平，並杜投機及濫行規避稅捐。易言之，倘納稅義務人在經濟上已具備課稅構成要件，有時為規避租稅，違反租稅法之立法意旨，不當利用各種法律或非法律方式，製造外觀或形式上存在之法律關係或狀態，使其不具備課稅構成要件，以減輕或免除應納之租稅，此種稅捐規避之行為，應予以否認，並應依事實上存在之事實予以課稅，始符租稅公平之原則，並符合憲法第19條所揭櫫「人民有依法律納稅之義務」之立法精神。亦即，課稅之認定發生形式上存在之事實與事實上存在之事實不同時，租稅之課徵基礎與其依據，應著重在事實上存在之事實，俾防止納稅義務人濫用私法上之法律形成自由，以規避租稅，形成租稅不公平。故實質課稅原則既否認濫行規避稅捐之行為，俾達租稅法律之立法目的，以妥適適用法律，自與稅捐法定主義無違。則被告基於執掌，在課稅處分上，自應依司法院大法官釋字第420號解釋意旨，援引適用量能平等負擔之實質課稅原則處理稅務事件，殆無疑義，此在本件自無例外。
②就系爭99年度言，自醫療財團法人向主管機關衛生署所申報
之財務報表（即收支餘絀表）觀之，原告與前經財政部核准房屋稅免稅之宗教團體附設醫院（即訴外人財團法人台東基督教醫院等），在「課徵租稅構成要件」認定上，依被告之主張－「依財政部85年7月5日函釋意旨，應將『全部收益』直接用於直接用於目的事業，方得認屬『慈善救濟事業』」，有差別處遇之情形，爰分述如下：
A.按各個稅法法規範在對個案事實進行涵攝時，其構成要件要素應如何來加以詮釋，原應依稅捐法定原則之精神為之；惟在實務運作上，實則各別法規範是否符合明確性原則之要求，基本上與其規範事務之實證特徵有關。又「禁止差別待遇原則」主要來自「平等原則」，「平等原則」要求相同之事物為相同之處理；但二事務是否相同，係由法規範之觀點決定之。
B.就醫療財團法人而言，同受醫療法規範，其規範事務之實證特徵之一，係每年度依法應向主管機關衛生署申報財務報表（即收支餘絀表），本件原告與其他經財政部核准房屋稅免稅之宗教團體附設醫院（即基督教、天主教等醫療財團法人）皆同受該規範規制，是本件自應審酌所謂醫療財團法人投入醫療服務支出占本年（期）稅後餘絀比率，是否符合「平等原則」所要求相同之事物為相同之處理之適用甚明。
C.本件原告依衛生署網站公告之財務報表，將訴外人財團法人天主教若瑟醫院等13家醫療財團法人及原告（即共計14家醫療財團法人）之收支餘絀表，製作95年度起至99年度之「教會醫院慈善救濟支出明細表」如附表1所示、「教會醫院之醫療社會服務費用占醫務成本及醫務收入之比例表」如附表2所示。
D.由上開附表，可知原告所支出之「醫療社會服務費用」金額較「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」（現均為醫療財團法人）為多，且各該（天主教或基督教）教會醫院支出「醫療社會服務費用」最高者為彰化基督教醫院，其在98年度之該項支出係占慈濟醫院之38.77%，最低者為高雄基督教信義醫院，其在97年度之該項支出係占慈濟醫院之0.24%；又財政部以98年4月9日函認財團法人天主教若瑟醫院等13家醫療財團法人係屬「慈善救濟事業」，然查該13家醫療財團法人投入「社會醫療救濟支出」之金額共計428,926,000元，而原告在98年度所投入之「社會醫療救濟支出」金額即高達223,671,941元，遠逾各（天主教或基督教）教會醫院所投入之金額，業據原告陳述甚詳，並有上開各該醫療財團法人98年度向衛生署申報之財務報表（即收支餘絀表）在卷可佐，自堪認「慈善救濟事業」係屬原告之主要目的事業之一。
E.經查本院另案100年度訴字第1306號原告行天宮醫療志業醫療財團法人（原名：財團法人恩主公醫院）與被告新北市政府稅捐稽徵處間房屋稅事件，亦係就99年度房屋稅為爭執；該件原告依99年度衛生署網站公告之財務報表，將其與訴外人屏基醫療財團法人等14家醫療財團法人（即共計15家醫療財團法人）之收支餘絀表，分別計算得出「99年度財務報表－醫療社會服務支出及醫療優待占稅後餘絀之比率統計表」如附表3所示、「99年度財務報表－醫療社會服務支出及醫療優待占醫療收益之比率統計表」如附表4所示。
F.第以本期（即99年度）屏基醫療財團法人等15家醫療財團法人之收支餘絀表顯示，關於醫療社會服務支出（含醫療優待）占本年（期）餘絀，依附表3「99年度財務報表－醫療社會服務支出及醫療優待占稅後餘絀之比率統計表」所示，未達本年（期）稅後餘絀（盈餘）百分之百者（按：被告主張依財政部85年7月5日函釋意旨，應將『全部收益』直接用於目的事業，方得認屬「慈善救濟事業」，亦即醫療社會服務支出（含醫療優待）占本年（期）稅後餘絀（盈餘）應為『百分之百』），計有屏基醫療財團法人、財團法人彰化基督教醫院、財團法人天主教若瑟醫院、財團法人嘉義基督教醫院（更名為戴德森醫療財團法人）、財團法人台東基督教醫院、財團法人恆春基督教醫院、財團法人天主教耕莘醫院及埔里醫療財團法人等8家，其中6家財團法人醫院投入醫療服務支出占本年（期）稅後餘絀比率低於財團法人恩主公醫院，此對照上揭附表即明。
G.又按憲法第7條所定「平等原則」，係為保障人民在法律上地位之實質平等；而所謂「禁止恣意原則」，係在禁止行政機關之行為欠缺合理充分之實質理由，且禁止任何客觀上違反憲法基本精神及事物本質之行為。故平等原則之真意乃在於禁止恣意，要求「相同事情為相同處理；不同事情不同處理」，國家機關不得將與事物性質無關之因素納入考量，而作為差別處理之基準。又所謂「租稅法定原則」，係指租稅之徵納及減免悉以法律為據；是苟該當於「課徵租稅構成要件」事實，身為稅捐稽徵機關之被告自應一體適用，方合「平等原則」，至為明白。
H.然依系爭99年度當期屏基醫療財團法人等15家醫療財團法人之收支餘絀表所載內容及上述事實顯示，前經財政部核定為慈善救濟事業之教會醫院（即基督教、天主教等醫療財團法人），縱有該當於「課徵租稅構成要件」情形，卻因早經核定係屬「慈善救濟事業」之宗教醫院，而有房屋稅豁免之優惠，除顯違行政程序法第6條「禁止差別待遇」之規定外，更與「平等原則」相悖，原告起訴指摘，非無理由。
I.是被告徒以財政部98年4月9日函係就原屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件原告原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別，逕謂本件與有無違反行政程序法第6條規定無涉云云，實已忽略「租稅法定原則」在「課徵租稅構成要件」事實認定上，係受「平等原則」之羈束，所稱委無可採。
③又被告以財政部85年7月5日函釋業就「慈善救濟事業」為明
確定義，逕謂醫療財團法人之『全部收益』應『百分之百』用於慈善救濟事業，方該當於房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅要件，因認原告當年度結餘款（即扣除相關醫務成本、折舊等後之當期稅後餘絀），該『全部收益』必須『百分之百』用於慈善救濟事業，始為適法，顯誤解醫療財團法人享有稅賦減免之立法原由，復忽略醫療財團法人之主要目的事業係以「提供醫療服務」為先，更有稅捐稽徵規範評價上之錯謬，違反稅捐稽徵原則，茲說明如下：
A.首先特別言明，當引用行政函釋為個案之法規範時，一定要確認該函釋制定時所立基之實證背景與待處理之個案事實，在規範評價上相同。
B.依內政部96年12月17日函所載「有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定」字樣顯示，所謂「慈善救濟事業」，主管機關內政部尚無以任何法規界定其定義，則稅捐稽徵機關（按：非「慈善救濟事業」之權責機關）援引下位階之行政函釋處理個案時，尤應注意是否與首揭規範評價相符，方合於稅捐稽徵原則。
C.本件被告主張醫療財團法人是否以從事慈善救濟為其主要目的事業，應以其有無將「全部收益」直接用於各該目的事業為斷，而非看收支餘絀表云云，無非以財政部85年7月5日函為據。
D.惟查醫療財團法人基本上係以「提供醫療服務」為其最主要之目的事業（醫療法人財務報告編製準則第20條參照），其得以享有稅賦減免（即醫療法第38條第2項「醫療財團法人所得稅、土地稅及房屋稅之減免，依有關稅法之規定辦理。」規定），依當時賴勁麟委員等之提案說明，係「為鼓勵私人及團體捐贈設立醫療財團法人，提供高品質醫療服務，增進民眾就醫之基本人權保障，爰增訂（醫療法第38條）第1項、第2項明定對醫療財團法人之捐贈，及其設立機構、提供服務均屬『公益性行為』，依相關稅法之規定減免稅賦。」，業如前述。
E.徵諸醫療法規，醫療法第46條所明定醫療財團法人之最低法定義務，係以『收入結餘百分之10』辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，既明揭其所占比例，以醫療財團法人有每年度依法應向主管機關衛生署申報財務報表（即收支餘絀表）之規範觀之，原告是否確有從事於「慈善救濟事業」之事實，本不難勾稽查對；況將「醫療法施行細則」第30-1條「本法（即醫療法）第46條．．．
所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。」規定，對照醫療法第38條第1項、第2項之立法理由（「．．
．明定對醫療財團法人之捐贈，及其設立機構、提供服務均屬『公益性行為』，．．．」）以觀，醫療財團法人除以「醫療」業務為其主要目的事業外，其另從事之上開服務事項，實與『慈善救濟事業』本質性並無不合之處，自堪認『慈善救濟事業』係屬醫療財團法人之主要目的事業之一無訛。
F.苟被告之主張－醫療財團法人之『全部收益』應『百分之百』用於慈善救濟事業，方得據以免徵房屋稅（按：內政部101年9月19日台內社字第1010285673號函《以下簡稱內政部101年9月19日函》稱85年6月22日研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議並未針對「全部收益」予以討論）云云為可採，無異將醫療財團法人之主要目的事業－「提供醫療服務」業務，變更為僅存「慈善救濟事業」業務一項而已，除顛覆醫療財團法人之「醫療」業務屬性外，復與實證特徵大相逕庭（試問有何「『醫療』財團法人」並無從事「醫療」醫務業務？），而且醫療法第38條第2項減免稅賦規定之適用勢將遙遙無期、永無實施之日（請注意：經財政部核准房屋稅免稅之宗教團體附設醫院《即基督教、天主教等醫療財團法人》係依財政部98年4月9日函免徵房屋稅，並非依醫療法第38條第2項規定免稅），自非立法意旨。故被告所稱醫療財團法人之『全部收益』應『百分之百』用於「慈善救濟事業」，始該當於房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅要件，得以免徵房屋稅云云，要無可取。
G.況稅捐稽徵引用行政函釋為個案之法規範，首在確認該函釋制定時所立基之實證背景與待處理之個案事實，在規範評價上相同，當為稅捐稽徵機關之被告所深知，並應予遵行。經查本件被告援引之財政部85年7月5日函釋，係針對「財團法人老人扶、療養機構」免徵房屋稅及地價稅事宜為闡釋，該財團法人與本件之『醫療財團法人』之法人屬性截然不同，業務內容亦相去甚遠，要無相提併論之餘地。被告援引規制對象迥異、立論基礎不同之財政部85年7月5日函釋關於「慈善救濟事業」之定義闡示，逕謂醫療財團法人之『全部收益』應『百分之百』用於慈善救濟事業，方該當於房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅要件云云，依首開說明，其有稅捐稽徵規範評價上之錯謬，顯與稅捐稽徵原則相悖，本無可採；遑論該次（即85年6月22日）會議並未針對「全部收益」予以討論，被告竟擅自擴張解讀（此部分容於後述），罔顧醫療法第38條第2項之立法意旨，其有違「租稅法定原則」，至為灼然，其據此否准免徵系爭房屋稅，改按營業用、住家用稅率課徵，所為原處分（即系爭99年度房屋稅之核定，原告不服者為逾3,048,953元部分）自非適法，原告請求撤銷，即屬有據。
④退萬步言，縱認被告所稱醫療財團法人之『全部收益』應『
百分之百』用於「慈善救濟事業」有其立論基礎（按：此部分有稅捐稽徵規範評價上之錯謬，已如上述），所稱之『全部收益』亦違反一般會計原理原則，復與醫療財團法人實證特徵及實務作業情形不符，據此所為認定，於法即屬不合，茲分析如下：
A.依醫療法第34條第3項所訂定之醫療法人財務報告編製準則第2條明定：「醫療法人財務報告之編製，應依本準則及有關法令規定辦理之；其未規定者，依一般公認會計原則辦理。」。準此，醫療法人之資產負債表、收支餘絀表、淨值變動及現金流量等財務報表，除應依上開準則編製外，復應依一般公認會計原則辦理，則一般會計原理原則自應予適用無疑。
B.次按「第9條第5項第3款所定醫療財團法人資產負債表之淨值，其科目分類與其帳項內涵及應註明事項如下：．．
．（三）本期餘絀：指計算當期營運之結果。．．．」、「．．．一、醫務收入：指因提供醫療服務所獲得之收入：其認列應依財務會計準則公報第三十二號規定辦理：．
．．．㈠門急診收入－健保。㈡門急診收入－非健保。㈢住院收入－健保。㈣住院收入－非健保。㈤其他醫務收入－健保。㈥其他醫務收入－非健保。二、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等。．．．三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金．．
．．四、非醫務活動收益及費損：．．．．五、利息收入、利息費用及研究計畫收入、研究計畫費用，應分別列示。．．．．．」，分別為醫療法人財務報告編製準則第18條、第20條所規定。
C.由上以觀，任何一家醫療財團法人之運作，皆必然會產生醫務收入及包括人事費用、藥品費用、醫材費用、折舊費用、租金費用、事務費用等醫務成本暨因行政管理部門所發生之薪資等管理費用等多項，故就實務言，所謂「醫療收益」，本應將「醫務收入」減除「醫務成本」及「管理費用」，方符一般會計原理原則；又關於「非醫務收入」部分，因有些「非醫務收入」金額非常龐大（例如財團法人之大額基金之銀行孳息收入等；此部分由天主教耕莘醫院之醫療社會服務費用占醫務成本及醫務收入之比例，即可知其「非醫務收入」金額甚鉅，否則如何投入高達數百倍差距之支出費用？），其會計科目為「非醫務活動收益」或「非營業收入」，因與醫務無關，應予剔除；甚或有醫療財團法人將其所有不動產建物出租，所得租金收入支會計科目係「非醫務活動收益」或「非營業收入」，因與醫療業務無涉，自不應列入；況醫療財團法人之實務運作非必然有「醫療收益」，亦可能虧損，此觀系爭醫療法人之收支餘絀表中「99年度財務報表－醫療社會服務支出及醫療優待占醫療收益之比率統計表」第4欄列有「本年（期）醫療收益（損失）（D）」一欄亦明，諸如此類情形屢見不鮮，是以，因各醫療財團法人醫療實務處理作業情形各異，致無從分析、比較，即堪以確定。
D.再自醫療財團法人規範事務之實證特徵觀之，各醫療財團法人從事慈善救濟事業之資金固然不一，惟依附表4「99年度財務報表－醫療社會服務支出及醫療優待占醫療收益之比率統計表」顯示，系爭99年度醫療社會服務支出（含醫療優待）占本年（期）醫療收益，核有馬偕紀念醫院、財團法人彰化基督教醫院、屏基醫療財團法人、財團法人嘉義基督教醫院（嗣更名為戴德森醫療財團法人）共計4家醫療財團法人，渠等之社會服務支出（含醫療優待）未達本年（期）醫療收益百分之百，其中有2家財團法人醫院投入醫療服務支出占本年（期）醫療收益比率，甚且低於財團法人恩主公醫院，益徵被告所稱醫療財團法人之『全部收益』（按：此係被告援引財政部85年7月5日函釋，但其有稅捐稽徵規範評價上之錯謬，已如上述）應『百分之百』用於「慈善救濟事業」云云，與醫療財團法人實證特徵及實務作業情形不符，據此認原告系爭99年度結餘款並未『全部百分之百』用於慈善救濟事業，而不該當於房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅要件，其認事用法，顯違「租稅公平原則」，至為灼然。
E.從而，於計算醫療財團法人實際上可供投入用於「慈善救濟事業」之金額時，所謂「醫療收益」既須先將相關成本及費用予以扣除，且「非醫務收入」（會計科目為「非醫務活動收益」或「非營業收入」等項）復不宜納入「醫療收益」計算，甚且醫療財團法人之實務運作有可能產生虧損情形，自不可能產生被告所稱之『全部收益』（依財政部85年7月5日函釋意旨之稱謂），甚為顯然。是被告以原告之「醫療社會服務費用」占醫務收入及醫務成本之比例為由，認原告非屬「慈善救濟事業」，該公式「分母」既未扣除相關成本及費用，復未審酌「非醫務收入」（會計科目為「非醫務活動收益」或「非營業收入」等項）不宜納入「醫療收益」計算暨有可能產生虧損情形，其立論基礎已不合於稅捐稽徵原則，本無可採。退步論之，即便有所謂「醫療收益」，依前述各家醫療財團法人之財務實際運作情形，渠等關於會計科目等項認列之處理既不一而足，要難有齊頭適用之餘地，是被告所稱醫療財團法人（包括本件原告在內）『當年度結餘款』究係何指，即有疑義，所稱『全部收益』顯違一般會計原理原則，亦與醫療財團法人實證特徵暨實務作業情形不符，殊無可採，其據此所為之認定，於法即屬不合，原告起訴指陳，非泛稱無憑。
⑷綜合上情以觀，內政部既已明白表示辦理慈善救濟事業之財
團法人醫療機構，其並非立案主管機關，原告自無再向內政部重複立案之必要；且原告之立案機關衛生署，亦已依其職權認定原告等宗教團體興辦之醫院係屬慈善救濟事業，則在上開認定經有權機關予以撤銷之前，各機關均應予以尊重，自包括被告在內無疑，依上開說明，自堪認原告業已符合房屋稅條例第15條第1項第2款所定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件。被告徒以原告僅係「公益性」之事業，並非「慈善救濟事業」，依財政部85年7月5日函釋意旨，並未將『全部收益』『百分之百』用於「慈善救濟事業」，遽認其不符房屋稅條例第15條第1項第2款所定免徵房屋稅之要件，而予以否准免稅，所為認定不無率斷，殊有違誤，原告起訴指摘，非無理由。
⑸另財政部與衛生署及內政部於101年11月28日會銜發布「具
宗教性質之醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之私立慈善救濟事業認定基準」，據財政部表示，係為使宗教團體或具宗教性質社會福利事業捐助成立醫療財團法人之醫院，於適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱「業經立案之私立慈善救濟事業」有一致性準據，因係自102年期（課稅所屬期間101年7月1日至102年6月30日）起之房屋稅案件方開始適用，自無礙於本件之事實認定，附予指明。
綜上，本件原告乃係經衛生署立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，並完成醫療財團法人登記，則系爭建物既係供其（或醫生值班）使用，自屬其直接供辦理事業所使用之自有房屋，徵之房屋稅條例第15條第1項第2款規定，應予免徵房屋稅。被告率以原告係屬非經向內政部立案之慈善救濟事業財團法人，且財政部85年7月5日函釋業就「慈善救濟事業」為明確定義，逕謂醫療財團法人之『全部收益』應『百分之百』用於慈善救濟事業，方該當於房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅要件，認本件與上開規定不符，應按營業用、住家用等稅率課徵，分別核定系爭99年度房屋稅共計23,208,127元，所為原處分（按：原告係對逾3,048,953元部分不服），揆諸前揭法條規定及上述說明，殊有違誤，復查決定、訴願決定未察而遞予維持，亦皆不無疏漏，原告請求予以撤銷，即無不合，應予准許，故應由本院將原處分、復查決定及訴願決定關於課徵99年度房屋稅逾3,048,953元部分予以撤銷（按：房屋稅之課徵，個別之房屋得分別計算其應納之房屋稅，而屬可分者），著由被告依「實質課稅原則」覈實查明後另為適法之核定。至餘兩造其餘之陳述及主張，因與本件判決結果不生影響，爰不予一一指駁論究，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 12 月 20 日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 闕 銘 富
法 官 黃 桂 興法 官 林 育 如
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 101 年 12 月 20 日
書記官 劉 育 伶