臺北高等行政法院判決
101年度訴更二字第33號
101年7月31日辯論終結原 告 華儲股份有限公司代 表 人 謝世謙（董事長）訴訟代理人 袁金蘭 會計師訴訟代理人 林瑞彬 律師複代理人 張憲瑋 律師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 李慶華（局長）住同上訴訟代理人 陳奕璋
邱玉琴上列當事人間所得稅法事件，原告不服財政部中華民國97年2 月22日臺財訴字第09600453100 號訴願決定（案號：第00000000號），提起行政訴訟，前經本院以97年12月18日97年度訴字第955號判決駁回其訴，原告提起上訴，經最高行政法院98年10月22日98年度判字第1265號判決廢棄發回本院更為審理；本院以98年12月31日98年度訴更一字第147 號判決撤銷原處分及訴願決定，被告不服，提起上訴，復經最高行政法院101 年1 月12日101 年度判字第14號判決廢棄本院更審判決，發回本院審理，本院更為判決如下：
主 文原告之訴駁回。
第一審及發回前上訴審訴訟費用均由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件原告與被告之代表人於起訴時分別為劉乃珩與吳自心，訴訟繫屬中各變更為謝世謙、李慶華，均已具狀承受訴訟，核無不合，依法應予准許，合先敘明。
二、事實概要：㈠原告民國89年度期末即91年度期初股東可扣抵稅額帳戶餘額
為新臺幣（下同）86,837元；原告於90年3 月5 日召開股東會決議分配89年度未分配盈餘497,500,000 元，並於同日召開董事會決議分配基準日為90年3 月26日，當時股東可扣抵比率應為0.01％（股東可扣抵稅額帳戶餘額86,837元÷可供分配盈餘846,070,697 元），該次盈餘分配之正確可扣抵稅額應為49,750元（該次盈餘分配金額497,500,000 ×股東可扣抵比率0.01％）；惟因原告89年度符合獎勵規定之免稅所得994,230,318 元尚未經核定，原告遂依據結算申報自行繳納稅額248,460,743 元，先於90年3 月30日自行繳納220,000,000 元，再於90年5 月31日繳納28,460,743元；原告90年
4 月27日實際分配盈餘時，誤將在90年3 月30日分配基準日之後，自行繳納之89年度營利事業所得稅220,000,000 元計入該次分配之股東可扣抵稅額，致該次股東可扣抵稅額超額分配129,350,000 元（計算式：可扣抵稅額86,837元＋220,000,000 元＝220,086,837 元；可供分配盈餘846,070,697元；稅額扣抵比率＝可扣抵稅額220,086,837 元÷可供分配盈餘846,070,697 元＝26.01 ％；本次分配可扣抵稅額＝本次分配盈餘497,500,000 元×26.01 ％＝129,399,750 元；本次股東可扣抵稅額超額分配數＝本次實際分配數129,399,
750 －本次應分配數49,750元＝129,350,000 元）。㈡嗣財政部以90年12月4 日臺財稅字第0900457611號函核准原
告自89年起連續5 年度免徵營利事業所得稅，原告於90年12月4 日收受該核准免稅函後，旋即於91年1 月31日向被告申請更正89年度營利事業所得稅併退還已繳納之稅額248,460,
743 元，被告於91年12月16日核定退還原告89年度營利事業所得稅235,215,368 元。
㈢因原告超額分配股東可扣抵稅額，經被告函請說明，原告遂
於94年7 月申請更正列報91年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為170,879,561 元，期末餘額為負195,955,304 元；被告乃依原告90年度經核定之期末餘額170,879,561 元，核定原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額170,879,561 元，減除原告申請更正之89年度營利事業所得稅結算申報經調查核定減少稅額235,215,368 元、原告91年度分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定91年度提列之法定盈餘公積所含之已納營利事業所得稅額13,665,837元，以及91年度依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之已納營利事業所得稅額2,459,851 元，重行核定原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額為負183,741,007 元。
㈣被告審認原告91年度期末股東可扣抵稅額帳戶餘額為負183,
741,007 元，形同原告未實際繳納該稅額，卻將該稅額分配予股東，使股東得據以申報扣抵應納稅額或申請退還稅額，遂對原告發單補徵應納稅額183,741,007 元。原告不服，申請復查，經決定維持原查，提起訴願復經駁回，原告遂提起行政訴訟。先經本院97年度訴字第955 號判決（下稱本院原審判決）駁回原告之訴，次經最高行政法院以98年度判字第1265號判決（下稱最高行政法院第一次廢棄判決）廢棄本院原審判決，發回本院更為審理，再經本院以98年度訴更一字第147 號判決（下稱本院更審判決）撤銷發單補徵處分及訴願決定，被告不服，提起上訴，復經最高行政法院101 年度判字第14號判決（下稱最高行政法院第二次廢棄判決）廢棄本院更審判決，發回本院重為審理。
三、原告起訴略以：㈠原告於90年4 月27日分配股利並帶出股東可扣抵稅額時，以
及在同年5 月31日辦理89年度營利事業所得稅申報時，不具有適用免稅所得之資格，故當時原告實不可能知悉日後此等已納稅款有可能變成免稅性質，而有再予退稅之可能，是以，被告所稱之超額分配實不可歸責於原告，原告絕非明知可獲退稅而仍強予分配，被告認定原告超額分配股東可扣抵稅額，顯屬誤認事實。
㈡最高行政法院第二次廢棄判決認定本院更審判決未依職權調
查被告退稅處分是否合法，而得適用財政部89年7 月1 日臺財稅字第890454396 號函釋，已嫌違誤乙節，應屬有誤：
⒈本院更審判決已審認退稅處分之合法性，最高行政法院第
二次廢棄判決所指違法處分2 年之撤銷期限乙節，並不可能影響本院更審判決之心證及結果，不應以此無關之事由廢棄本院更審判決：
⑴上開財政部89年函釋已明言所得稅法第100 條之1 第1
項規定僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願決定或行政訴訟之應退還稅款始有適用，且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額出現負數之情形。
⑵原告於90年12月4 日獲財政部准許自89年起連續5 年免
徵營利事業所得稅，至91年12月31日止，原告帳列股東可扣抵稅額帳戶呈現負數係因原告取得5 年免稅之核准函後，於91年初申請退還已繳納之89年度稅款，於91年底經核准退還235,215,368 元，並非稽徵機關依所得稅法第100 條第3 項規定經復查、訴願或行政訴訟後應退還稅款之情形。
⑶本件並不可歸責於徵納雙方，被告依據所得稅法第100
條之1 及第66條之1 ，對原告發單補徵應納稅額183,741,007 元即屬違誤。
⑷被告主張所為退稅並未依所得稅法第100 條之1 第1 項
規定，保留超過退稅當時原告股東可扣抵稅額帳戶餘額數之稅額，致原告股東可扣抵稅額期末帳戶為負183,741,007元，而發單補徵同額所得稅，核有違誤。⒉是以，本院更審判決對於原退稅處分是否合法、是否適用
財政部89年函釋，均已作出明確宣示，絕非未依職權調查審認退稅處分是否合法，最高行政法院第二次廢棄判決對本院更審判決內容並未正確認知，即逕將本院更審判決廢棄，實屬誤解。再者，本院更審判決雖未對退稅處分是否逾2 年撤銷權除斥期間加以審酌，惟是否即可謂本院更審判決有未查明事項之違法，尚有可議，蓋若該事項查明與否並不影響判決結果，自無須逐一審酌。
⒊詳言之，無論退稅處分是否合法、其撤銷有無逾期，均非
本件爭執要點。本件爭點在於補稅處分是否合法，故無論本院更審判決調查審認原退稅處分是否合法之結果如何，仍須面對「股東可扣抵稅額帳戶為負數是否應補稅」之爭點，故原退稅處分合法與否之審斷結果並不會影響全案判決結果，本院更審判決遂未予審酌；然依行政訴訟法第25
5 第項2 條規定「原判決依其理由雖屬不當，而依其他理由認為正當者，應以上訴為無理由。」是以，本件被告實無任何補稅依據，且財政部89年函釋既已明示本件退稅並不受所得稅法第110 條之1 限制，如已分配股利而帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶將出現負數，自不容最高行政法院第二次廢棄判決以上開理由將本院更審判決廢棄。
⒋本件被告如係撤銷違法處分，即應准許原告得依據所得稅
法第100 條之1 規定取得留抵後再返還溢退稅款：⑴被告從未自認疏失致為退稅處分，故該補稅處分顯非屬
原退稅方式或金額之調整，而非屬行政程序法第117 條規定撤銷部分違法處分之情形。惟本院更審前之判決未察，憑依據被告臨訟答辯之詞，為為判決之依據，最高行政法院第二次廢棄判決亦然。
⑵本件被告於補稅處分僅指稱由國家補貼營利事業之不公
情事等理由，未敘明符合行政程序法第97條規定之事由，亦未援引同第117 條規定據以撤銷部分退稅處分，故本件補稅處分非屬原退稅處分之部分撤銷。
⑶最高行政法院第二次廢棄判決指示應就「被告於何時知
悉有撤銷原因、是否已逾2 年除斥期間」另為調查，惟被告如認為原全額退稅處分並無違法，自無最高行政法院判決所稱追繳違法退稅之情事；如被告亦認為原全額退稅處分違法，當初僅應就原告股東可扣抵稅額帳戶餘額之範圍內加以退稅，則形同自承本件應可類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項前段規定，同意將原告之補繳稅額留抵未來應納之營利事業所得稅，而非割裂適用，僅適用該項前段，而忽略後段，否則，即認為退稅處分不應使股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，同時又使未足額退稅之差額部分亦無從留抵未來稅額，造成租稅負擔之扭曲與不公，顯有違該規定意旨。是若本件為被告對違法退稅處分為部分撤銷，即應將本件法律效果回復原狀，亦即要求原告補繳稅款之同時，亦應同意原告取得留抵稅額，而非僅命原告返還溢退稅款。
⑷退言之，如認本件有行政程序法第117 條規定之適用，
被告亦違反同法第121 條規定，未於知悉原告91年底股東可扣抵稅額帳戶餘額出現負數後2 年內行使撤銷權：
①稅捐稽徵法第21條已有核課期間規定，故我國法律對
稅務案件之處理時限已有寬待，而稅捐稽徵法第1 條亦明定：稅捐之稽徵，依本法之規定；本法未規定者，依其他有關法律之規定。故在稅捐稽徵法未有類似行政程序法第117 條及第121 條之違法處分撤銷須於
2 年除斥期間完成之規定下，於特別法未有規定時，自應適用普通法之行政程序法規定，此已由最高行政法院判決理由指明上開規定於本案有其適用，被告不得再以稅務案件之特性為由，排除適用行政程序法之規定。
②倘違法原因發生後，對於處分相對人是否具有撤銷之
情形，基於社會通念及經驗法則，行政機關如略加調查而不難得知該撤銷原因應已發生而存在時，即得作為除斥期間之起算點；且撤銷違法行政處分之除斥期間起算點，應採取送達主義，以接獲有撤銷原因之事實時點為準，而不以其實際知悉之時點為準，否則，人民除因資訊不對稱而必有舉證困難之問題外，亦將導致行政機關消極不作為，而致行政處分長期處於不確定之狀態，此絕非規定除斥期間之立法目的，此參照最高行政法院100 年度判字第162 號、99年度判字第1104號及96年度判字第1578號判決意旨可明。
③原告於91年12月16日收到被告之退稅款235,215,368
元時，已先於91年5 月31日向被告申報90年度股東可扣抵稅額帳戶之期末餘額為144,776,967 元，依所得稅法第66條之2 規定，此90年度期末餘額等於91年度股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額，因此，當被告於91年9 月23日（此為89年度營利事業所得稅結算申報核定通知書之核定日期）核定退稅235,215,368 元時，被告即已明確知道該退稅款會導致原告91年度股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額。故被告知悉此一負數餘額之事實為91年9 月23日，距離被告於95年6 月1 日補徵183,741,007 元稅款之時點已逾3 年多，依行政程序法第121 條之年限規定，被告顯已逾2 年除斥期間，自不得違法撤銷前揭退稅處分，是以本件補稅處分自非合法。
④退步言之，縱謂被告於91年9 月23日之時點未能知悉
原告之股東可扣抵稅額將產生負數餘額之事實，但依據民法第95條第1 項規定，以及最高法院58年度臺上字第715 號、54年度臺上字第952 號裁判意旨，意思表示以通知到達相對人時發生效力，所謂達到係指相對人居於可以了解之地位，即屬已足。故原告於92年
5 月31日將營利事業所得稅申報書送達於被告時，即已向被告揭露原告91年底股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之事實，原告以書面所為之非對話意思表示已因送達而生效，不因被告審核速度是否過慢而有所改變。原告既已於92年5 月30日申報91年營利事業所得稅及股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表並明示期末股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之事實，被告實無從佯稱不知；此一時點即92年5 月30日距被告95年6 月1日作成補徵183,741,007 元稅款之處分已逾3 年，依行政程序法第121 條之年限規定，亦已逾2 年除斥期間，而無從再為追補稅款。
⑤原告於92年5 月申報91年股東可扣抵稅額帳戶時，既
已誠實呈現期末餘額為負數之事實，被告所稱其係信賴原告申請更正，故決定全額核退89年度營利事業所得稅云云，實與其撤銷權已罹於時效之認定無關，原告並無任何信賴不值得保護之情事。被告未依職權調查核定，已違背稅捐稽徵法第30條規定在先，復誤解信賴保護原則，自不足採。況被告實際上仍有進行查核，故最後核定退稅金額與原告申請金額亦不相同，可證被告所述並非真實。
⑥被告就非屬行政救濟而退稅之案件，如認仍應適用所
得稅法第100 條之1 第1 項之規定，須於股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，即應於每次核定退稅前詳加調查其營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額之多寡，以確認是否會因為過度退稅而產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額，惟因其未調查而於91年度全額退稅，導致原告股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，而當原告於92年5 月實際申報負數餘額之91年度股東可扣抵稅額帳戶時，被告卻視而不見，可見被告過往從未認為非屬行政救濟退稅情況應以股東可扣抵稅額帳戶餘額為限；且被告亦認為本件應有89年函釋之適用，嗣又改變見解，恰屬違背信賴保護原則之舉。
⑦被告亦稱原告因未於申請更正退稅時預減股東可扣抵
稅額帳戶餘額，故有信賴不值得保護之情事云云，然於申請更正退稅之時點即減除股東可扣抵稅額帳戶餘額本非財政部所認同之法令解釋方式，已如前述，而所謂值得保護之信賴，須是「正當」的信賴。原告並未有行政程序法第119 條所定信賴不值得保護之情事，蓋原告於申報91年度股東可扣抵稅額帳戶時已詳實記載股東可扣抵稅額帳戶並申報呈現其負數餘額之事實，並已於獲得5 年免稅核准而申請更正89年營利事業所得稅退稅時，在更正申請書第2 頁下方表明「擬申請之『更正後應收退稅款』248,547,580 元，係依據附隨之89年函釋辦理」，故原告已主動提及財政部89年函供被告參酌，希望被告依該函釋審酌「原查核定較原申報減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第
100 條第3 項規定之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數）」；原告已告知退稅申請案將有股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數之情形，亦已明文告知被告本件不適用「應就退稅款時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還」之規定，應就核定退稅款全數退還，而被告亦於審酌該函釋內容對原告之適用性後，同意依此方式核准退稅235,215,368 元，不予考慮當時股東可扣抵稅額帳戶餘額將導致負數餘額，故89年度營利事業所得稅退稅申請事件，係因適用財政部89年函釋而產生，實屬一致，被告竟主張其與財政部89年函釋之適用係屬二事云云，被告為達補稅目的，前後認定相互矛盾，審查標準不一，實不應採信。
⑧依常理推論，只要被告具備正確核定稅捐之基本態度
而盡一般注意義務，自會於91年12月16日核准本件部分退稅前，對此負數餘額情形予以審酌，然而被告將原告已明確告知之事項視為未告知，並改口稱原告未隨同營利事業所得稅退稅申請書一併申請更正股東可扣抵稅額帳戶變動表，因此必須承擔遭補稅之結果，刻意忽略原告已揭露之重要股東可扣抵稅額資訊，再草率強稱原告未揭露任何資訊，誤導本件事實，實不足採。
⑨依被告於91年12月16日就原告更正申請件案件，作成
核退稅款235,215,368 元之行政處分形式觀之，即認同原告關於應適用財政部89年函釋之主張；若被告不承認當時有此意思表示，自應舉證加以反駁，而非出爾反爾的強稱原告未告知正確訊息，方使其核定錯誤；被告既已依原告提供之前述資料，就應退稅款是否應於股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還加以審酌，且審酌後仍決定退還全數稅款，致使原告股東可扣抵稅額帳戶成為負數，即不應卸責妄稱原告「有提供不正確資料或不完全陳述，致行政機關依該資料或陳述而作成行政處分之信賴不值得保護情形」。不論被告是否已善盡職責地衡酌財政部89年函釋對原告之適用性，原告已善盡納稅義務人誠實申報義務，提供正確資料與完全陳述，同時依法於接獲被告製發之退稅核定通知書日，將核退稅款自股東可扣抵稅額帳戶減除，而被告直到更審階段，方改稱原告有未充分揭露之不誠實情事，明顯以不正確之陳述欲使得法院誤信而為對其有利之判決，原告實無所謂信賴不值得保護之情形。
㈢有關最高行政法院第二次廢棄判決認定稽徵機關如有違法退
稅，即應本諸職權予以追繳，將退稅處分為全部或一部撤銷，並準用民法不當得利之規定請求返還等語，說明如下：
⒈最高行政法院第一次廢棄判決已經認定退稅處分之作成不
可歸責於徵納雙方，且可以適用財政部89年函釋，並無適用所得稅法第100 條之1 第3 項規定之餘地，除有牴觸其他法律之情節外，尚難指摘退稅處分違法；最高行政法院第二次廢棄判決亦未明確指稱徵納雙方何者有違法之問題，而留待本院審酌，故本件徵納雙方既無違法亦不可歸責，本件退稅處分即屬合法且可適用財政部89年函釋，因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之情形亦屬當然，並無可議之處，自無適用所得稅法第100 條之1 第1 項規定之餘地。
⒉所得稅法第100 條之1 第1 項之規定，僅依同法第100 第
3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款有其適用，並未規定一般營利事業所得稅結算申報案件經稅捐機關核定退稅時亦有適用。就此當然之法律解釋，財政部亦已公布89年函釋，明訂所得稅法第100 條之1 第1項所指應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之規定，僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用。至於稽徵機關原查或更正後核定較原申報或原核定減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之「行政救濟」之適用，故對於「非行政救濟」案件之退稅，的確可退還較當時股東可扣抵稅額帳上餘額更多之稅款，致使其成為負數餘額，並非應予補稅之異常情事，故被告實無權違反財政部公布之89年函釋，而另為相異解釋。
⒊原告係因5 年免稅核准函未及由相關主管機關於免稅適用
年度辦理所得稅申報前核發，故於嗣後取得5 年免稅核准函後，始提出更正申請退還溢繳之稅款，並經被告核定後退還，該應退稅款性質上本屬原查核定較原申報減少稅額應辦理之退稅款，絕非屬行政救濟產生之應退稅款，殆無疑義，被告亦未能否認。然被告仍錯誤援引所得稅法第10
0 條之1 第1 項，忽略明文之規定，僅依據該條項立法意旨，在未有法令依據之情形下，核定原告應補繳股東可扣抵稅額帳戶負數餘額，顯然違反前揭財政部89年函釋及所得稅法第100 條之1 第1 項規定，其違法至灼。⒋依司法院釋字第287 號解釋意旨，被告認為前揭財政部89
年函釋已遭財政部以90年11月30日臺財稅字第0900457339號令（下稱財政部90年令釋）規定「未編入90年版所得稅法令彙編者自民國91年1 月1 日起非經重行核定不再援引適用」，故前揭財政部89年函釋既未經收錄於90年版所得稅法令彙編中，自未能於本件90年度案件中加以適用云云，此等論證顯有錯誤：
⑴依司法院釋字第287 號解釋意旨，前揭財政部89年函釋
除確有違法之情形外，不應受之後其他解釋之影響；是以，既然財政部90年令釋、90年版所得稅法令彙編，及其他可查得之所有稅務法令、或財政部頒定之後續解釋函令中，皆未說明前揭財政部89年函釋有何違法情形，且前揭財政部89年函釋之內容，確實與所得稅法第100條之1 等規定並無不合，被告亦未能指稱前揭財政部89年函釋有何違法之處，故於本件之適用效力自不應受財政部90年令釋或其他之後函釋之影響。
⑵一般情形下，財政部稅制委員會所制定之法令彙編中，
其曾經例示過之免列理由繁多，諸如：對法令之當然解釋、個案核示、或因已列入法規、或因已不適用等原因，亦即，如一函釋之免列理由為「當然解釋」、「個案核示」或「已納入法規」等，將因其並非顯有解釋法律錯誤或不當方予免列，該函釋之規定及其意旨仍應得用以做為所得稅法應如何正確適用及解釋之參考。是以，被告如未證明前揭財政部89年函釋之免列理由係由於其確有違法，即不應逕予否定該函釋於本件之參考價值。
財政部既曾經針對所得稅法第100 之1 第1 項應如何正確解釋而研擬前揭財政部89年函釋，並將其公告周知，該89年函釋雖未編入90年版之所得稅法令彙編中，然就前揭法律本文以及解釋函令之文義觀之，所得稅法第
100 條之1 本來即是稽徵機關依同法第100 條第3 項「經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者……」之規定退還營利事業所得稅款時，方有其適用，故前揭財政部89年函釋重申此項當然之法律解釋後，僅再以反面舉例之方式，說明「原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款」非屬同法第
100 條第3 項之情形，不能適用同法第100 條之1 之規定，此函釋之說明並未能使納稅義務人更了解所得稅法第100 條之1 之本意，是以，財政部89年函釋之內容本為「對所得稅法第100 條之1 之當然解釋」，是以未被收錄至所得稅法令彙編之理由應僅係為避免無謂之重複，並非其解釋內容有違背法令、牴觸母法、錯誤解釋、文字誤植等基本錯誤；是以，被告僅以此函釋未再持續被收錄至法令彙編中，即謂其全無參考價值，絕非正確。本件即為所得稅法第100 條之1 第1 項應如何正確適用之法律爭議；原告退稅情況並非該條文所明定之情況，被告是否得主張類推適用該條文本即存有爭議；而該財政部89年函釋既為解釋所得稅法第100 條之1 第1 項之函釋，且係經稅務主管機關仔細研擬、審議與公告施行，自應有其效力及稅法上論理之正確性；且解釋函令既係解釋法律，除非經特別明訂生效日，否則應追溯至法規頒訂日起生效，前揭財政部89年函釋及其所闡述之內容未經明文廢止適用、未經稅務機關表明其免列理由、亦未被其他後續新函釋、法令或司法院解釋廢棄，更與現行稅務法令間無相違或矛盾之處，自無於本件中否准適用或參考之理。
⑶最高行政法院第二次廢棄判決指出，財政部89年函釋適用時，仍應以該稽徵機關所為之退稅處分合法為前提。
倘稽徵機關核定納稅義務人結算申報而有違法退稅情事，自應本諸職權予以追繳，亦即依職權將該退稅處分為全部或一部之撤銷，並準用民法關於不當得利之規定，請求返還，以符租稅法律主義及租稅之公平云云。然該判決並未指明何謂違法退稅情事、如有違法又是違背何項稅務法令；如其所稱之違法，係指違背所得稅法第10
0 條之1 之立法意旨，認為應超越法律文義範圍，將「以股東可扣抵稅額帳戶當時餘額內退還」之規定擴大適用至非行政救濟案件，則亦屬違法；蓋稅務機關與納稅義務人所遵循者，必為經立法者通過之立法明文，而非立法意旨，況立法意旨並非財政部加以公告周知之事項，不能期待納稅義務人會忽視稅法明文規定而遵循立法意旨，且一旦納稅義務人有違背稅務法令明文時，亦不得以其係遵循立法意旨而為抗辯；故如立法意旨與稅法明文之內容相違時，則屬於立法技術不佳之問題，惟在修法前仍應遵循稅法明文，是以被告主張其係依據所得稅法第100 條之1 之「立法意旨」進行補稅，即代表其補稅處分並非依據任何明文法律，已與租稅法律主義有違，違法情形自不待言。然而，最高行政法院第二次廢棄判決對於被告未引用法律，僅依據立法意旨即為補稅之脫法情事不置一詞，卻另在不告知任何被告退稅處分所涉違章之條文下，質疑被告退稅處分之合法性，更錯誤認為本院原審判決未依職權調查原退稅處分是否合法即率爾撤銷補稅處分，顯有重大爭議云云，最高行政法院第二次廢棄判決實有違誤。
⑷在稅法適用上，除法律有特別規定外，基於法律不溯及
既往原則，原則上應可採取「實體從舊，程序從新原則」（前行政法院56年判字第81號、56年判第24號判例參照）。亦即，除非基於特定重大公益要求，否則，有關租稅權利義務本體的發生及其內容如何，均應適用行為時或事實發生時所施行法律的規定。原告於90年12月4日取得被告核發之5 年免稅函，產生退稅請求權；原告於91年1 月31日向被告更正89年度營利事業所得稅申報，並申請退稅，而於91年12月16日實際獲得被告核退89年度營利事業所得稅，是以，關於原告得請求退還稅款之範圍屬於實體事項，應依據90年度當時法令決之。而前揭財政部89年函釋係自91年1 月1 日起始不再援用，故該函釋於本件應仍得適用，並無疑義。
㈣關於最高行政法院第二次廢棄判決認定「辦理營利事業所得
稅結算申報後，該結算申報書內載事項應予更正，其股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料亦應一併主動、據實更正，申報查核」部分，說明如下：
⒈原告於91年1 月31日向被告更正申請89年度營利事業所得
稅應退稅額時，即已主動檢具前揭財政部89年函釋，故被告於核定退還89年度營利事業所得稅以前，應即已知悉並考量前揭財政部89年函釋，並就應退稅款是否應於股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還加以審酌；被告既然於審酌後仍決定將應退稅款全數退還，致使原告股東可扣抵稅額帳戶成為負數，自難謂不知悉退稅處分是否違法，不得於事後撤銷。最高行政法院第二次廢棄判決雖謂原告應於更正營利事業所得稅時，一併據實更正股東可扣抵稅額帳戶餘額，惟原告並未違背此義務，蓋原告已將「全數核退稅款將致使股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額」之情形告知被告，並希望被告依法正確審酌股東可扣抵稅額帳戶餘額，故原告顯已主動據實告知所有相關資訊予被告，並依所得稅法第66條之3 及之4 之規定記載股東可扣抵稅額帳戶，僅係未依據被告之錯誤見解，於申請退稅日即先行調減股東可扣抵稅額帳戶，此外並無其他違背法令情事，亦無其他可歸責之處。被告於審酌後，仍決定將原告89年度應退稅款全數退還，致使原告91年之股東可扣抵稅額帳戶餘額成為負數，即可知被告作成退稅處分時，係認同本件應適用前揭財政部89年函釋，自不得於事後變更主張為不適用該函釋；是以，本件作成89年度退稅處分時，雙方對財政部89年函釋之適用並無爭議，於本件行政訴訟程序中亦無須對此再加以爭執；最高行政法院第二次廢棄判決謂本院前更審判決對被告退稅處分是否可適用前揭財政部89年函釋乙事未予審認云云，自無理由。
⒉退步言之，即便原告於91年1 月31日申請退還89年度營利
事業所得稅時，自行將申請退稅金額自股東可扣抵稅額帳戶中減除，亦無法避免股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額之結果，最高行政法院第二次廢棄判決以此質疑原告股東可扣抵稅額帳戶記載之正確性，實與本件「合法產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額後，應如何依法處理」之爭點無涉：
⑴依據原告91年度股東可扣抵稅額帳戶餘額變動明細申報
表，91年1 月1 日之帳載期初餘額僅144,776,976 元，當年度並無其他計入項目，故即便於原告91年1 月31日即先行減除申請退稅之248,547,580 元（日後實際獲得退稅金額為235,215,368 元），當時仍會產生負數之股東可扣抵稅額帳戶餘額，故本件爭議無從由此解決，仍須審酌者，為股東可扣抵稅額帳戶負數餘額是否應補稅，而非持續追究原告對於股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之產生有無責任。
⑵以常理推論可知，依據被告之主張無法避免股東可扣抵
稅額帳戶產生負數餘額，以簡例觀之，若某公司帳上股東可扣抵稅額帳戶餘額分配後僅有100 元，經計算後申請退稅90元，而依據被告之主張自行將此90元先於申報時自股東可扣抵稅額帳戶減除，則該帳戶餘額剩下10元，然若經稅務機關核定確認該公司計算錯誤，應退稅額應高達120 元，此時若原告股東可扣抵稅額帳戶減除此30元之應退稅額差額，則股東可扣抵稅額帳戶將產生負值20元；是以，只要在已納稅款有申請退稅之可能下，應退稅額就有可能大於當時之股東可扣抵稅額帳戶餘額，此時，稅務機關若認定股東可扣抵稅額帳戶不應有負數餘額，即應於退稅前詳盡調查，以類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項所定之方式，在股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還稅款，並將餘額以發給留抵證明之方式處理；否則即應接受股東可扣抵稅額帳戶係可能產生負數餘額之事實，在其不可歸責於徵納雙方下而不應對納稅義務人加以補稅。
⑶被告已先行合法退稅，導致原告之股東可扣抵稅額帳戶
產生負數餘額，斷無再就該負數餘額加以補徵稅款之理，如此先退還再補徵之方式，將使原本政府獎勵營利事業之退稅處分完全失去意義，而徒然增加徵納雙方之作業成本，被告此等主張顯不符合事理之常。
⒊按「議題14：賦稅署說明：營利事業於申報年度營利事業
所得稅並自行繳納後，該自繳稅款已依所得稅法第66條之
3 規定計入當年度股東可扣抵稅額帳戶，嗣後如有提出更正申報致減少應納稅額者，原則上應依據所得稅法第66條之4 規定，俟稽徵機關調查核定確定減少稅額者，始將該減少之稅額於核定通知書送達日，自其股東可扣抵稅額帳戶中減除。」為財政部賦稅署98年8 月20日臺稅一發字第09804555620 號函中所明載，用以向會計師公會、稅務代理人協會、及各大會計師事務所說明財政部對於稅務法令之意見，是以，財政部已明白表示其見解。本件原告於90年間申報89年度營利事業所得稅並自行繳納稅款後，自應將自繳稅款依所得稅法第66條之3 規定計入當年度股東可扣抵稅額帳戶，嗣後因於90年12月獲得5 年免稅之資格後，因應納稅額減少，故於91年1 月31日向被告提出更正申報請求退稅，即應依據所得稅法第66條之4 規定，俟被告於91年12月確定減少稅額之核定通知書送達予原告時，再將核定退稅款自91年12月之股東可扣抵稅額帳戶中減除，而非如被告及最高行政法院第二次廢棄判決主張原告應於
91 年1月31日申請退稅時即行將未經核課而不確定之退稅申請金額自股東可扣抵稅額帳戶中減除；故原告之股東可扣抵稅額帳戶記載與申報方式顯符合稅務主管機關之見解，並無任何過失可歸責，被告見解違反其上級機關之意旨，其解釋法令之方式顯有錯誤，所為之補稅處分亦無任何法令依據。詳言之，在提出該議題14者對於「公司更正主張退稅，但實際退稅金額須待稅務機關併同原申報核定案件，公司應得……」所為之說明中，其第2 點已明確列示
2 個解決方案供賦稅署定奪，其一為「於實際收到退稅通知單才自股東可扣抵稅額帳戶減除」，另一方案為「於提出更正日將主張減少之應納稅額自股東可扣抵稅額帳戶減除」，而前揭之賦稅署說明部分，已明確表達應以核定退稅通知單（書）收受時為準；於本件即為原告所採行者，亦即於91年12月實際收到退稅通知單才自股東可扣抵稅額帳戶減除，而不採後項於91年1 月申報退稅時即應先行減除；此等租稅事務經財政部賦稅署選擇至為明確，不容由被告於本案變更既有見解，而強稱原告未於申請退稅之時減除股東可扣抵稅額帳戶為可以歸責。
⒋原告分配予股東之稅款為已實際繳納之稅額，最高行政法
院第二次廢棄判決對此有所誤解；且原告於90年分配股利時，已申報股利憑單予被告，被告未覺查此事並不能歸責於原告：
原告於90年5 月31日申報89年度營利事業所得稅時，已依法繳納稅款，並將其計入股東可扣抵稅額帳戶中，當時原告申請5 年免稅得否獲准而取得退稅，並不確定，是以當時原告所繳納之稅款即屬已「實際繳納」予國家，且難以預期會被退回；故被告屢稱原告將未「實際」繳納之稅款分配予股東導致稅收損失等主張，實無理由而不可採；若被告之主張可以成立，則日後凡有一絲可能獲得退稅之已納稅額皆非屬已「實際」繳納之稅款，則除逾核課期間者外，即再無任何已繳納之稅款係屬於「實際」繳納之稅款。本件即便原告於日後獲得退稅（獲退金額仍少於申請退稅金額），亦無從否認原告當初實際繳納稅款之本質，而稅款既已實際繳納並依法計入股東可扣抵稅額帳戶中，則在兩稅合一制度下，自無不准將原告為股東預繳之稅款退還分配予原告股東扣抵之理，且原告於90年分配此等股利時已申報股利憑單予被告，被告理應對於：⑴如此必然會產生股東可扣抵稅額帳戶減項，以及⑵分配數必然可能會包括到屬於89年度之已納所得稅款等事項有所知悉，然因被告未覺查此等分配情事，導致退稅處分有所爭議，若其盡責且知悉，即不可能未查退稅情事所將造成之影響，故本件並不能歸責於原告。原告已經依法對被告盡所有法定告知義務，係被告疏於行使職權，亦未盡注意義務，方導致本件爭議產生。
㈤最高行政法院第二次廢棄判決謂所得稅法第100 條之1 規定
「稽徵機關依第100 條第3 項」之理由僅在於重申兩稅合一制下，稽徵機關對營利事業核定退稅之應遵守事項，避免因違法退稅造成政府補貼營利事業之現象等語，如果此見解正確，被告亦違反其應調查股東可扣抵稅額帳戶餘額之義務，致生本件溢退稅款之情事，不可歸責於原告。最高行政法院第二次廢棄判決賦予原告不合法亦不合理之協力義務，顯屬違誤：
⒈財政部臺灣省中區國稅局93年1 月16日新聞稿已指明「稽
徵機關辦理退還事項所得稅款時，應通知營利事業依限提示其股東可扣抵稅額帳戶餘額資料供核，其未依限提示或未提示者，稽徵機關得依查得資料，在其餘額內退還」，其法律依據為所得稅法第66條之1 ；是以，營利事業本來依法僅需將股東可扣抵稅額帳戶餘額正確記載，並備置於營利事業處以供稅捐機關查核，股東可扣抵稅額帳戶之正確維持義務本即是應由營利事業備置妥適，再由稅務機關前往查核，營利事業屬於被動；亦即，法令並非要求營利事業在何種情況下要向稅務機關申報其股東可扣抵稅額帳戶變動情形，明顯應由稅務機關採取主動查核之職責，最高行政法院第二次廢棄判決對此恐有誤解。
⒉是以，如被告所持「股東可扣抵稅額帳戶負數餘額即代表
國庫補貼營利事業股東而須以補稅處分」之論點為正確，被告為避免股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，無論是原告申請退稅，或是被告主動退稅，皆應由被告「主動」查詢營利事業之股東可扣抵稅額帳戶餘額，而營利事業有被動配合提供之義務，此見解向來毫無疑義，不能僅因本件即改變向來見解，而改為主張原告應在申請退稅時即提前主動將股東可扣抵稅額帳戶依申請退稅金額減除，以避免股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，此等見解絕非正確處理股東可扣抵稅額帳戶之行政方式，亦與所得稅法第66條之1 規定不符，實務上顯屬窒礙難行；蓋從原告申請退稅至被告准予退稅之期間，可能長達數年，這段期間股東可扣抵稅額帳戶餘額當然有變動的可能，被告也當然有不同意原告申請退稅之可能，試問如以前揭方式，股東可扣抵稅額帳戶要如何計算？綜上，最高行政法院第二次廢棄判決及被告之見解顯違反所得稅法第66條之1 及稅務機關向來之實務作法，將產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之責任不當歸屬於原告，此等見解絕非正確。
⒊依據財政部92年9 月22日臺財稅字第0920455920號函釋（
下稱財政部92年函釋），股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數乃屬正常，並非均須補繳稅款，亦可證最高行政法院第二次廢棄判決所採「退稅致產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之處分為非法處分而應予追繳」之見解錯誤：
⑴依據財政部92年函釋可知，因退稅產生股東可扣抵稅額
帳戶負數餘額本為常態，亦為財政部認同有可能會出現之事實態樣之一；產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額後並無須對該營利事業加以補稅，僅需由存續公司之股東可扣抵稅額帳戶繼續承受其負數餘額，一旦存續公司之股東可扣抵稅額帳戶金額過低，計入消滅公司之負數餘額後亦將再持續發生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之結果。由此可知，並非股東可扣抵稅額帳戶因退稅而產生負數餘額時，即必須予以補稅，亦可以藉由後續股東可扣抵稅額帳戶可分配餘額之減少來處理，其並非不正常之稅收損失情形，故其為何產生負數餘額亦因此不再重要。是以，股東可扣抵稅額帳戶為何產生負數餘額，實非應予審酌之重點，此可由財政部92年函釋及89年函釋得知稅務機關從未禁止股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，即便因退稅處分而產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額亦非法所不准，財政部甚至有明文函令規範此時應如何處理，故使股東可扣抵稅額帳戶餘額成負數餘額之退稅處分不必然屬違法處分。
⑵然而，最高行政法院第二次廢棄判決卻謂：退稅致產生
股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之處分為非法處分而應予追繳，此等法律見解不可能為正確，蓋財政部92年函釋已明文規定如因退稅產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額應如何處理，故實已無需再對本件退稅處分是否違法加以審酌，因主管機關已就其合法性加以確認；此外，本件爭點為「股東可扣抵稅額帳戶已產生負數餘額下應否補稅」，至於產生負數餘額之原因並非爭點，本院應審酌租稅法律主義，將補稅處分撤銷，方屬適法。
⑶本院97年度訴字第1000號案件事實與本件類似，被告亦
未因該案原告股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數而作成補稅處分，被告應證明其對於所轄營利事業之股東可扣抵稅額帳戶餘額呈現負數時，均會作成補稅處分，否則即屬違反平等原則。
㈥最高行政法院第二次廢棄判決認原告應於91年1 月31日向被
告更正股東可扣抵稅額帳戶餘額申報並申請退稅時，即應將溢繳稅款自期初股東可扣抵稅額帳戶中減除云云，與所得稅法第66條之3 及第66條之4 規定相違，並非正確：
⒈所得稅法第66條之1 規定：「營利事業，應自87年度起，
在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，以供稽徵機關查核。」，亦即，營利事業雖應正確計算股東可扣抵稅額帳戶餘額，但前提在於「依本法規定」，所謂本法規定，係指所得稅法之第66條之3 與第66條之4 之股東可扣抵稅額帳戶加項與減項規定，營利事業或稽徵機關均無決定何者應計入股東可扣抵稅額帳戶加項或減項之權，而須視所得稅法規定，方能加以調增或調減股東可扣抵稅額帳戶餘額；是以，即便被告及最高行政法院第二次廢棄判決認為退稅申請案件應於申請退稅時，即同步申報更正調減股東可扣抵稅額帳戶，然此與所得稅法第66條之4 「應於退稅核定書確定送達日方能減除股東可扣抵稅額帳戶」之規定相左，原告不可能任意於申請退稅時，在是否可退稅、退稅金額多寡皆未確定前，即將此列為股東可扣抵稅額帳戶減項，此乃法所不容。
⒉最高行政法院第二次廢棄判決以及被告所持應將申請退稅
金額予以減除之唯一依據，為營利事業所得稅申報書第14頁之股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表附註2 ，然而此顯非所得稅法第66條之1 中所稱之「本法規定」，故被告及最高行政法院第二次廢棄判決之見解即非正確，已違背所得稅法第66條之1 以及第66條之4 之規定。
⒊蓋若某營利事業申請更正過往年度營利事業所得稅申報數
，將申報之應納稅額提高而願意補繳稅款，並請稅務機關將審核後提高之稅額確認無誤後製發稅單加以徵收，在尚未繳稅之情形下，該營利事業可否於申報調增應納稅額時，即將該等調增數至記載至股東可扣抵稅額帳戶加項中？而當此舉與所得稅法第66條之3 「營利事業下列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：一、繳納屬87年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額。……營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如下：一、前項第1 款規定之情形，以現金繳納者為繳納稅款日……」之規定相違時，可否如同最高行政法院第二次廢棄判決以及被告之主張，以需正確記載股東可扣抵稅額帳戶為由，先將此調增數違法提前列為股東可扣抵稅額帳戶之加項？蓋若答案為否定，即亦無法認為原告須在申請退稅時將申請退稅金額列為減項；若答案為是，則已違反所得稅法第66條之3 明文規定。蓋所得稅法第66條之3 與第66條之4 本即為正確記載股東可扣抵稅額帳戶而設，然最高行政法院第二次廢棄判決卻認為「原告91年1 月31日向被告申請更正並退還89年度營利事業所得稅248,547,580 元時，即應依上述規定（註: 此乃指該附註2 ），將溢繳之自繳稅款自期初股東可扣抵稅額帳戶中減除」，此乃所得稅法所未規定之減除時點，即便此等處理方式再為正確，仍為違反所得稅法規定之違法見解，蓋先不論該附註2 有無法令效力，縱然其有法令效力，也將因違背母法而自始失效。是以，最高行政法院第二次廢棄判決與被告所主張者，與現行法律相違，不能採憑。
⒋況營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表中附註2並非有效法令，不應援用：
營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表附註
2 規定：「自繳稅額若有溢繳者，本欄項請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入。」被告據此認定原告之股東可扣抵稅額帳戶計算及記載有誤。惟此附註2 係稅捐機關為使納稅義務人明瞭申報及計算方法所製作之說明，稅務機關若欲以「人民未依循附註2 之內容進行申報」為由，對人民做出不利之裁決，則須證明該附註2 為對人民得產生拘束力之法規命令，始合於法治國精神下之法律保留原則（司法院大法官釋字第443 號解釋理由書參照）。況依行政程序法第150 至162 條規定可知，法規命令之制訂有一定應循之程序，然營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表之附註2 是否有立法者之授權、其制訂及發佈是否已遵循應循之程序，均未說明，實務上亦罕見行政機關將法規命令以「附註」之形式夾帶於行政表格當中，種種都使納稅義務人不可能預見該附註2 竟具強制性之規範效力，以及若未遵守附註2 將受不利益處分之可能性。是以，該附註2 絕非法規命令，勉強僅屬行政指導，亦即，僅屬稅捐機關在其職權或所掌事務範圍內，為實現一定之行政目的，得以輔導、協助、勸告、建議或以其他不具法律上強制力之方法，對人民為行政上之指導，促請納稅義務人為一定作為之行為；蓋行政指導依法不應對人民產生形式抑或實質上拘束力，故於本件中，被告所主張援引之附註2 屬不具強制規範效力之行政指導，自不應以此為核定或處分之依據，而對原告為不利益之決定或判決。⒌被告對於營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申
報表中附註2 之解釋，顯違所得稅法66條之4 規定，且現行見解與其處分方式間有所矛盾，其主張顯無可採：
⑴所得稅法第66條之4 規定，87年度或以後年度結算申報
應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額，於核定退稅通知書送達日得自股東可扣抵稅額帳戶中減除，並無於申請退稅時即應先自行減除之規定。故被告對該附註2 所為解讀顯然違反所得稅法第66條之4 規定；最高行政法院第二次廢棄判決持相同見解，亦屬脫法解釋，蓋被告及最高行政法院第二次廢棄判決見解所持依據僅為類推適用所得稅法第100 條之1 規定，明顯違反同法第66條之4 之明文規定。
⑵況若被告認定原告應該依據附註2 說明，在91年1 月申
請退稅時自行回溯減除股東可扣抵稅額帳戶，則被告即應本於該見解核定調整原告申請退稅之90年度股東可扣抵稅額帳戶，且不准原告在91年度之退稅核定書送達日將該等退稅金額列為減除項目，何以被告卻未如此辦理，反而在核定原告91年度股東可扣抵稅額帳戶時，認定該退稅款應於91年度核定退稅通知書送達日列為原告股東可扣抵稅額帳戶之減項？被告對申報書附註2 之見解與其所作出之行政處分，顯然完全矛盾，且違反所得稅法相關規定，顯不可採。
⒍被告於本件之作法、以及所援引之申報書附註2 內容，無
法符合所得稅法第66條之1 所欲達成正確記錄股東可扣抵稅額帳戶之規定內容與立法原意，且被告亦承認其作法僅符合穩健原則，亦即，被告已承認其作法不能達成股東可扣抵稅額帳戶餘額正確性之基本要求：
⑴被告稱「原告應以會計處理之穩健原則，保持正確股東
可扣抵稅額帳戶餘額紀錄」云云，所謂穩健原則，係指在資產評價及損益取決時，如果有2 種以上方法或金額可供選擇，會計人員應選擇對本期淨資產及純益較為不利的方法或金額；而會計權威機構在制訂會計原則時，亦可能從各種合理可行的方法中，選用較能達到穩健效果的方法。穩健原則的具體作法為：資產評價從低，負債估列從高，不預計任何收益，但只要有合理的基礎時，即應預計可能的損失。
⑵穩健原則本身並無堅強的理論基礎，純粹只是基於某種
合理的假設所推演出來的一種概念而已。如果過度樂觀的情況並不存在，或因採用過度的穩健原則，而將原本過度樂觀的結果轉變成過度悲觀，以致無法忠實表達，凡此皆違反採用穩健原則之本意。故會計資訊的提供，基本上仍應以忠實表達為目標，故穩健原則在應用時，應合理、適度，以免因過度穩健而造成財務報表的歪曲。
⑶被告要求原告依據穩健原則記載股東可扣抵稅額帳戶餘
額，其意旨應與原告之財務報表正確性或如何方能忠實表達無關，僅是為了盡可能讓股東可扣抵稅額帳戶餘額降低，減少納稅義務人之抵稅權，而使國庫損失較少；然而，我國兩稅合一制度下，營利事業之繳納稅款本來就應該移轉予自然人股東抵稅，不應刻意保留，被告強調對於國庫收入之穩健原則，亦即，被告認為應盡可能提早認列股東可扣抵稅額帳戶之減項，或盡可能晚認列加項，此等作為應不符合正確記載股東可扣抵稅額帳戶之本旨。
⑷蓋所得稅法第66條之1 之規定內容及立法理由為：「凡
依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，以供稽徵機關查核。新設立之營利事業，應自設立之日起設置並記載。」「實施兩稅合一後，營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，而股東可扣抵稅額帳戶之設置與記錄，攸關營利事業分配股東等股利或盈餘所含可扣抵稅額之正確性，爰於第1 項作原則性規定，以資規範。」皆僅是強調股東可扣抵稅額帳戶之餘額應隨時保持正確，並非應隨時依據穩健原則，在未確定之前，只要有任何可能產生股東可扣抵稅額帳戶減項之時點，皆應即時估列其金額以為股東可扣抵稅額帳戶減項；此等過早認列減項之結果，會使得股東可扣抵稅額帳戶餘額遭低估，與該條規定及立法意旨有違。
⑸是以，被告援引穩健原則，僅證明其原處分之作法與主
張皆不能使股東可扣抵稅額帳戶餘額保持在最正確之基礎上，而僅以稅收觀點考量，將論理方式建立在「盡可能提早減除股東可扣抵稅額帳戶餘額以降低納稅義務人抵稅權，即便屬未正確記載股東可扣抵稅額帳戶亦無所謂」之基礎上，顯違反所得稅法66條之1 之規定，自不待言。而被告依此所計算出之股東可扣抵稅額帳戶餘額，將僅是一個股東可扣抵稅額帳戶最小預估值，而非最正確之股東可扣抵稅額帳戶餘額。
⑹被告於本件審理時亦認同股東可扣抵稅額帳戶之記載關
係到自然人抵稅權之多寡，至為重要而必須保持正確，故所得稅法第66條之1 規定方要求股東可扣抵稅額帳戶被正確記載，然而，該條並非要求股東可扣抵稅額帳戶記載應盡可能保守，或應遵循穩健原則失真記載。故原告依據所得稅法第66條之4 規定，等待收到核定退稅款後再調整股東可扣抵稅額帳戶，方屬正確合法之股東可扣抵稅額帳戶餘額表達方式，被告所主張者與所得稅法第66條之1 不符。
㈦原告顯不符法定「超額分配」之要件，被告強徵超額分配稅
款，顯於法無明文之情況下恣意作成補稅處分，違背租稅法律主義。：
⒈依所得稅法第114 條之2 第1 項規定：「營利事業有下列
各款規定情形之一者，應就其超額分配之可扣抵稅額，責令營利事業限期補繳，並按超額分配之金額，處1 倍以下之罰鍰：一、違反第66條之2 第2 項、第66條之3 或第66條之4 規定，虛增股東可扣抵稅額帳戶金額，或短計第66條之6 規定之帳載累積未分配盈餘帳戶金額，致分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額者。
二、違反第66條之5 第1 項規定，分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過股利或盈餘之分配日其股東可扣抵稅額帳戶餘額者。三、違反第66條之6 規定，分配股利淨額所適用之稅額扣抵比率，超過規定比率，致所分配之可扣抵稅額，超過依規定計算之金額者。」，故對於營利事業之股東有溢抵稅款者，只有在該營利事業有發生法定「超額分配股東可扣抵稅額」情事之狀況下，方規定須責令營利事業予以補稅，此乃經所得稅法第114 條之2 所明定。觀諸所得稅法第114 條之2 並未將本件情況定為營利事業之「超額分配股東可扣抵稅額」情形之一，故自不須補稅；且其他所得稅法及其相關解釋函令亦皆完全未規定發生本件情況時須對營利事業加以補稅，而財政部89年函釋及92年函釋亦已明示營利事業之股東可扣抵稅額帳戶確實有可能會產生負數餘額，亦未規定此種情形須就負數餘額加以補稅，是以原告並未有符合所得稅法第114 條之2 第1 項所定超額分配之情形，被告責令原告應為股東補繳稅款，顯屬於法無據，原處分任意創造補繳稅款之原因，顯違反租稅法定主義，應予撤銷。
⒉原處分無異於以原告申報繳納89年度營利事業所得稅後所
發生之事件，回溯調整原告之股東可扣抵稅額帳戶，如此作法為適法，則原告依所得稅法第66條之6 計算可扣抵比率時將必須「預估」未來所可能發生之一切變動，顯與該條文有違，且不合理：被告無異於責令原告須對報繳89年度營利事業所得稅之後始發生之事件，於90及91年分配盈餘時，即須加以預知，且預測結果不能與實際有太大差異，否則因而造成之股東可扣抵稅額變動，被告將會回溯至原始年度（而非事件確定發生年度）觀之，要求原告額外多課以一筆類似罰款的稅捐，且該額外繳納之稅捐無法由股東抵繳，造成營利事業階段重複課稅之結果，使得兩稅無法合一。蓋股東可扣抵稅額比率係以截至分配基準日，營利事業所得稅已繳納之計入項目，以及已確知之減除項目，所形成之股東可扣抵稅額帳戶餘額（分子），和帳載可供分配盈餘（分母），來加以計算，前揭法條及同法第66條之3 、第66條之4 均未規定營利事業於分配基準日計算稅額扣抵比率時，須「預估」盈餘分配基準日後所發生之有關影響以前各年度股東可扣抵稅額及可供分配盈餘之事件及其結果。故原告係依法而為，且本件造成原告股東可扣抵稅額為負數之原因均非可歸責於原告，被告之補稅處分於法於理均有不合。財政部在90年12月4 日核准原告免徵營利事業之申請時，僅告知原告5 年免稅申請合於法定要件，應予准許，當時完全未確認確切之金額。免稅之金額乃係於91年1 月31日向被告提出更正申請，必須經過被告查核免稅所得公式之計算結果後方可正式核定。原告接獲確定退稅金額之核定通知乃係91年12月16日，在原告90及91年股利發放基準日之後。是以，財政部在90年底核准免稅時，原告無法確定可以免稅之金額，也完全未經告知須預留多少稅額不得分配，被告卻在原告90年及91年分配股利，並於被告全數核退後，方才認定原告有「超額分配」情事，無異於要求原告在未確定未來可實際收取之退稅金額時，應先預估可能之退稅金額，以計算可分配予股東之可扣抵稅額，並承擔「預估錯誤」所招致之「超額分配」風險，於法無據。
⒊股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額不表示國家稅收會產生有
損失，因為此負數餘額之帳戶於年度間必然產生自動弭平為正數之結果，被告實不應僅就此時間性之問題強行補徵稅款：
⑴原告於91年底時之股東可扣抵稅額帳戶雖因被告退稅，
須列計減項而確實產生負數餘額183,741,007 元，然此負數餘額在營利事業存續過程中，營利事業未來有繳稅時，依法仍應加計至該帳戶餘額中，亦即透過後續之計入項目漸漸轉為正數，而在此一由負數逐漸轉為正數過程中，該營利事業之股東縱然有獲配盈餘，也無法獲配任何股東可扣抵稅額並以之抵稅，亦即該等可扣抵稅額負數餘額縱代表先前之股東有多取得扣抵稅額，也必然因股東嗣後無法有任何扣抵稅額而弭平，只要營利事業均依所得稅法相關規定辦理股東可扣抵稅額帳戶減除與計入之記載，此等時點落差問題並不會造成國家稅收損失，被告實無須在95年度，當原告股東可扣抵稅額帳戶已轉為正數後，再強行補徵91年度之負數餘額稅款，進一步造成原告多1倍的負數稅額損失，此可由原告91至9
5 年度股東可扣抵稅額帳戶如下之變動明細得知：①91年股東可扣抵稅額帳戶期末餘額為207,384,399 元（註：此係原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末申報金額，待本件訴訟確定後始能調整為核定金額183,741,007 元。）；②92至95年度繳納稅款計入股東可扣抵稅額帳戶金額為224,883,879 元；③92至95年度原告分配盈餘減少股東可扣抵稅額帳戶金額為0 元；④95年股東可扣抵稅額帳戶期末餘額為17,499,540元（已經被告核定）。
⑵故營利事業之股東可扣抵稅額帳戶雖會因為稅務機關核
定稅捐結果與原申報情況不同，且核定落後於申報數年，致有時點差異（亦即稅捐核定與申報之差異會反映在後續各年度之股東可扣抵稅額帳戶之記載中），惟整體而言只是時間差異，國家不會產生稅收損失之風險，被告實無因股東可扣抵稅額暫時產生負數餘額而對營利事業補徵稅款之理。
⑶詳言之，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之設計，是為將
營利事業所繳納之所得稅額予以記載，以利於分配盈餘時，隨同盈餘將該等可扣抵稅額分配予股東抵稅。所得稅法對於股東可扣抵稅額帳戶之各種計入、減除、時點及金額均有詳細規定，惟就同一年度所得稅案件而言，原申報繳稅與稅務機關核定之金額往往有差異，加上核定時間往往落後申報時點數年，故營利事業申報繳納某一年度所得稅後，如嗣後稅務機關核定結果有差異而須退稅或補稅，即依所得稅法規定，於實際核定退還稅款時自股東可扣抵稅額帳戶減除，核定補稅亦須於實際補繳時作為加項，由此可知，就同一年度營利事業所得稅案件而言，營利事業股東可扣抵稅額反映真正繳納稅款之時間必定有所落差，此為所得稅法兩稅合一及股東可扣抵稅額帳戶制度設計之先天問題，並非本件才有之特殊問題。在本制度之下，先前年度股東多（少）拿到抵稅權將透過後續年度股東少（多）拿到抵稅權，自動達到弭平差異之結果。故本件股東可扣抵稅額帳戶餘額究竟是先正數再逐漸減少為0 、抑或先小於0 再逐漸回復為正數，對於國家稅收僅為時間性之選擇性問題，實無適法性之對錯可言；況被告作出本件原補稅處分之95年度，原告該年度之股東可扣抵稅額帳戶負數餘額已因後續計入項目而轉為正數17,499,541元，故被告於核定原告應就股東可扣抵稅額之負數餘額補徵稅款之處分顯屬無任何法律依據下強行徵稅之違法處分，自應予以撤銷。
⒋又依據財政部賦稅署99年2 月1 日臺稅一發字第09804163
110 號函釋意旨，可知稅務機關不應於日後回溯調整申報時點之股東可扣抵稅額帳戶餘額，再核定其有所謂超額分配情事，反而應於日後真正確定之時點再予調整，此等見解方能符合前揭對於所得稅法第66條之4 規定之闡述，亦經稅務主管機關財政部確認在案，故被告主張應在未確定金額前先行回溯減除之作法，其實並不被財政部賦稅署所支持。
⒌被告變更見解而認定原告有超額分配股東可扣抵稅額之情
形，即自承原處分認定原告未有超額分配股東可扣抵稅額之內容有所錯誤，在爭點主義之限制下，應將認定原告未有超額分配股東可扣抵稅額之原處分撤銷，依被告目前認定之見解重為處分：
⑴稅務機關一般對於超額分配股東可扣抵稅額之案件，核
課方式皆係在股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書的第60欄位與第31欄位加以調整，核定一個較低的「分配股利總額所含之可扣抵稅額」作為當年度該營利事業可分配之稅額上限，記載於第31欄，並將第31欄之申報數與核定數差額認定為該營利事業之股東可扣抵稅額帳戶超額分配金額，而將超額分配股東可扣抵稅額帳戶之金額記載於第60欄之「核定超額分配可扣抵稅額」，並對此金額予以補稅加罰。
⑵本件被告於原核定書之調整理由及法令依據說明書中，
自承本件並非股東可扣抵稅額帳戶超額分配情形，故僅補稅不罰，且該核定書中之調整欄位為第70欄之「實際已分配可扣抵稅額」並非用以核定股東可扣抵稅額帳戶超額分配之第60欄「核定超額分配可扣抵稅額」，該欄之申報數與核定數皆為0 ，而第31欄之「分配股利總額所含之可扣抵稅額」之申報數亦與核定數相同，被告自始即不認為本件屬超額分配，由此可知，本件並非股東可扣抵稅額超額分配之案件，此為徵納雙方自始即無異議之事實，亦非本件撤銷訴訟爭點，而所爭執者，僅為91年度期末之股東可扣抵稅額帳戶負數餘額應否補稅，故僅需審酌被告於第70欄之「實際已分配可扣抵稅額」之原核定補稅處分是否合法，對於非屬本件爭點之第60欄「核定超額分配可扣抵稅額」及第31欄，實無須再予審酌。
⑶然而，被告於本次更審中再次主張原告屬於股東可扣抵
稅額帳戶超額分配情事，但由原核定書之主張完全未有此意思，基於行政訴訟之爭點主義，被告不應於本件再行主張原告有超額分配股東可扣抵稅額帳戶情事；因原處分之法令依據乃類推適用所得稅法第100 條之1 第1項之規定，等於主張被告有不當得利之請求權，但被告現又主張依所得稅法第114 條之2 規定課徵超額分配稅額，屬稅捐請求權，兩者性質迥異，不容混淆。若被告仍堅持本件實屬第60欄之原告股東可扣抵稅額帳戶超額分配情事，而應同時調整第31欄，則應將被告錯誤認定原告未有超額分配股東可扣抵稅額帳戶之原核定處分撤銷，並命被告重為正確之處分，將本件於90年度或91年度之核定書表中載明原告有第60欄「核定超額分配可扣抵稅額」情事，並同時調整第31欄之金額，方為適法；但依據稅捐稽徵法之相關規定，被告應已逾核課期間而不得再為補稅處分。
⑷綜上，被告已自承其補稅處分僅係依據所得稅法第100
條之1 立法理由，並無明確法令依據，原處分自非合法；且被告另自承本件應屬原告之股東可扣抵稅額帳戶超額分配情事，既然被告如今之主張已與原核定內容不符，被告自應依法將錯誤之原處分撤銷並重為適法處分。
㈧被告之核定方式不僅無法因為原告補繳該稅款而使原告之股
東可扣抵稅額回復正確的狀態，亦將使原告所取得之5 年免稅失去其實益，與兩稅合一立法意旨有違：
⒈我國自87年實施兩稅合一制，目的在於「消除營利事業階
段重複課稅並建立公平合理之稅制」，而兩稅合一機制設計係透過營利事業將已繳納之稅款計入股東可扣抵稅額帳戶內，而於盈餘分配基準日，依所得稅法第66條之6 規定之公式計算稅額扣抵比率，並將股東可扣抵稅額隨盈餘分配予股東以供其抵稅。
⒉原告先申報納稅而嗣後申請退稅，純係因原告之5 年免稅
核准落後於申報時點所致，該5 年免稅是否能被核准、何時可取得核准，均非原告所得控制或預測，與一般營利事業申報繳納營利事業所得稅金額與嗣後稅務機關核定金額有所差異，本屬相同，均係兩稅合一制度下無可避免且經常發生之時間性差異，本無須特別處理，因為隨著時間經過，該等時間性差異便會漸漸消除；整體而言，股東可獲抵稅之金額，與營利事業階段所繳納之所得稅必定會相同，此亦兩稅合一設計之精神，被告實無須特別強令原告額外繳納該等股東可扣抵稅額負數之稅款。被告此種核定方式不僅無法因為原告補繳該稅款而使原告之股東可扣抵稅額回復正確的狀態，且在被告未明確承諾給予補繳稅款可扣抵以後年度營利事業所得稅之下，將使原告所取得之5年免稅失去其實益，虛增並扭曲原告之稅負，形成營利事業階段之重複課稅，與兩稅合一立法意旨有違。
㈨退萬步言，縱謂本件可類推適用所得稅法第100 條之1 第1
項前段規定，而有溢退者須加以補徵，但亦須一併類推適用該項後段規定，方屬適法；⒈所得稅法第100 條之1 第1 項規定：「稽徵機關依第100
條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」已明定在該等情況下，稽徵機關應僅就股東可扣抵稅額帳戶餘額範圍內予以退稅，未能退還部份則用以留抵以後應納稅額，該條文並非規定「稅務機關先將該等稅款全數退還後，再就股東可扣抵稅額帳戶餘額負數向營利事業補徵」，惟被告之處理方式卻係先全數退還稅款，之後再要求原告補繳稅款，二者之意義及經濟結果相去甚遠，倘如原處分之法律依據為所得稅法第10
0 條之1 第1 項，何以可不依該條文所規定方式辦理，而自行另創「先全數退還稅款，再要求補繳稅款」之處理方式？若被告執該條為原處分依據，卻於要求原告補繳稅款時，未明確同意核發補繳稅款得以抵減原告未來應納營利事業所得稅之許可證明，則被告核定之方式顯未注意到有利於原告之條文，僅選擇性適用所得稅法第100 條之1 第
1 項前段規定，顯係違法。⒉詳言之，如原退稅處分為違法，且最高行政法院第二次廢
棄判決「倘稽徵機關核定納稅義務人結算申報而有違法退稅情事，自應本諸職權予以追繳－亦即依職權將該退稅處分為全部或一部之撤銷，並準用民法關於不當得利之規定，請求返還。」之見解為正確，則在行使部分撤銷權而予以返還稅款時，原告自亦得以請求「倘稽徵機關核定納稅義務人結算申報而未有違法退稅情事，自應本諸職權就返還餘額部分同意原告得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」以免稅務機關在追回不當得利的同時，擴大限制原告依法本得享有之合法抵稅利益，此作法絕非符合大法官所揭示之衡平原則，亦違反行政機關就有利不利事項應一併予以注意之原則。
⒊又兩稅合一所得稅制稽徵作業手冊中曾提及「留抵稅額證
明書」，此留抵稅額證明書在實務上確實存在，被告亦確實曾依上開行政救濟案件退稅規定製發留抵稅額證明書予營利事業，做為抵繳其以後年度應納之營利事業所得稅之證明，於本件被告亦應比照辦理。
㈩被告答辯有諸多曲解本件事實及法律關係之陳述，茲說明如下：
⒈本件為撤銷訴訟，訴訟標的為被告就原告91年度股東可扣
抵稅額帳戶餘額為負數所作成之補稅處分，故本件應審酌者，為該補稅處分是否應予撤銷；至於原告89年度營利事業所得稅自繳稅額是否溢繳，進而導致超額分配90年度股東可扣抵稅額，非本件審酌標的：
⑴被告主張原告89年度營利事業所得稅之退補稅事宜有所
疏誤，故原告之信賴不應被保護等語；然而，本件為行政訴訟法第4 條之撤銷訴訟，原處分為被告就原告91年度股東可扣抵稅額帳戶負數餘額補稅，當時之負數餘額已為既定事實，在此既定事實下，應如何進行後續之稅務處理、被告所為之補稅處分是否符合行為時法令規範，方為審酌重點。
⑵被告主張原告89年度營利事業所得稅自繳稅額是否有溢
繳而未減除，進而導致超分配90年度股東可扣抵稅額，係屬原告「90年度」之股東可扣抵稅額帳戶申報與核定問題，實非撤銷「91年度」原處分訴訟所應審酌之標的。是以，如被告認為原告未於91年1 月31日更正申報營利事業所得稅時，一併更正減少股東可扣抵稅額帳戶餘額，致使原告於91年6 月3 日超額分配股東可扣抵稅額帳戶，且認為本件屬於被告對原告90年度超額分配89年度自繳稅款中之股東可扣抵稅額，而須予以弭補回復之補稅行為，則應直接以行政處分認定「90年度」之股東可扣抵稅額帳戶申報錯誤，而非另以「91年度」之補稅處分另行核定。
⒉原告並非在更正申報89年度營利事業所得稅後，明知將獲
退稅，方在91年6 月3 日分配全數該等可扣抵稅額予股東：
⑴原告於90年3 月30日先行繳納220,000,000 元之自繳稅
款，並於同年4 月27日時將股東可扣抵稅額129,399,75
0 元隨同89年度盈餘分配予股東；當時原告係處於90年
8 月1 日前，在法令上並無5 年免稅資格，自無向財政部申請適用免稅規定之問題，故原告不可能預知將在90年8 月1 日享有5 年免稅資格，並於90年12月獲得財政部核准而應予保留股東可扣抵稅額不得分配。故原告於90年4 月將自繳稅額隨同盈餘配發予股東，自屬理所當然，與法無違。
⑵原告於91年6 月3 日配發90年度股利時，自無從將90年
度已分配予股東之89年度已納營利事業所得稅款再次分配予股東，故原告91年1 月31日更正營利事業所得稅時，亦無須特別更正申報將股東可扣抵稅額帳戶金額調整降低，因為即便申請更正時已知悉其為免稅所得，但該等免稅所得在獲財政部核准成為免稅所得前，所應負擔之所得稅款皆已繳納並完成分配予股東，此等事實在原告確認取得5 年免稅資格前已存在，故被告對此亦無從歸責予原告。而被告亦自承原告於91年6 月3 日僅帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元，若此，原告如何能於91年超額分配更大金額之股東可扣抵稅額183,741,007元？足見被告曲解事實，刻意營造原告不遵循稅務法令之假象，然而錯誤之事實陳述不能改變真正之事實，亦即，原告在91年度不可能超額分配股東可扣抵稅額帳戶達183,741,007 元，致91年底產生負數餘額，因為於該年度中原告真正有分配的股東可扣抵稅額帳戶也未達該金額，可見被告曲解事實，實無足採。若被告執意對不可歸責於原告之91年股東可扣抵稅額帳戶負數餘額補稅，且金額高達183,741,007 元，將使得原告78.11 ％之免稅所得皆因此被抵銷，而喪失真正的租稅優惠利益，造成被告左手准許原告免稅，右手又以不可歸責原告之因素將免稅所得追回，亦絕非財政部要核准原告適用5年免稅之本意，被告實無須命原告額外繳納該等股東可扣抵稅額負數之稅款。
⑶原告依據所得稅法第66條之4 第1 項第2 款規定，將經
稽徵機關調查核定減少之稅額，於核定退稅通知書送達日予以減除，原告實際依此作為後，方使股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額。至於原告在91年1 月31日提出更正申報後，是否於91年6 月3 日將可扣抵稅額隨同前一年度之盈餘分配予股東，則完全不影響原告91年度股東可扣抵稅額帳戶勢必產生負數餘額之事實，二者差異僅在負數餘額的多寡而已，況原告91年6 月3 日實際分配股利時，係依所得稅法第66條之4 第1 項第1 款規定，將分配股利總額所含之可扣抵稅額自分配日予以減除，原告一切作為悉依法辦理。
⒊原告確實已於90年度分2 次實際繳納稅款，並計入股東可
扣抵稅額帳戶，被告所稱未實際繳納顯屬錯誤；而當原告申請更正退稅時，尚無法確認免稅所得計算之正確性以及該款項是否可獲得全數核退，仍需經被告依職權執行必要之審查程序；故原告無從逕將申請退稅金額視為必然得獲退稅金額：
⑴被告稱原告實質上未繳納營利事業所得稅，顯非事實。
原告獲財政部核准5 年免稅資格前，即已繳納89年度全數稅款248,460,743 元，包括先行於90年3 月30日繳納220,000,000 元，以及90年5 月31日申報營利事業所得稅時再繳納28,460,743元，有2 份原告89年度營利事業所得稅結算稅額繳款書可證。嗣後原告於90年度8 月1日獲得申請免稅資格，惟並非原告全部所得均屬免稅所得，而仍有應稅所得與免稅所得之別，故原告已繳納之稅款並非得以全額退稅，被告亦不得因原告日後獲得部分退稅即可稱為原告「實質上未繳納營利事業所得稅」；被告刻意忽略原告已先行繳稅，依所得稅法第66條之
3 記載為股東可扣抵稅額帳戶加項之事實，又刻意忽略同法第66條之4 已有應於被告核定退稅時方能將退稅款列為股東可扣抵稅額帳戶減項之明文機制，被告違法主張原告應自行估算應退稅金額而先行減除股東可扣抵稅額帳戶，其所稱之事實並非正確，法律適用亦有錯誤。
⑵原告獲得租稅獎勵資格之免稅所得比重，在被告核定前
難以確定，且日後原告實際獲得之退稅金額與申請退稅之金額不同，從實證的角度上來看，亦可證明原告所申請之退稅金額，或被告所稱溢繳金額之多寡，在被告91年12月16日實際核定退稅前，皆非正確，原告無法明確知悉應減除多少溢繳稅款，故被告所援引之營利事業所得稅結算申報書第14頁附註二明顯不應適用於本件，而應僅能適用於納稅義務人可於申報時點「明確知悉正確」溢繳稅額之情況。
⒋原告於90年5 月31日計算出89年度營利事業所得稅之「課
稅所得額」為994,230,318 元，並實際繳納自繳稅款248,460,743 元。因原告於申報自繳時尚非「原申報合於獎勵規定之免稅所得」，仍屬一般未受獎勵之普通課稅所得。至90年8 月1 日，行政院（90）臺財字第042483號令修正發布「民間機構參與交通建設免納營利事業所得稅辦法」第3 條附表：適用免稅所得範圍明細表，增列「倉儲費收入」、「設備使用費收入」，至此原告方取得適用免稅所得之資格，並依據此資格於90年12月4 日取得財政部核准函。故原告在90年5 月31日辦理89年度營利事業所得稅申報時，依當時相關法令規定，原告並不具有適用免稅所得之資格，根本不存在「尚未取具核准函」之問題；故被告稱原告89年度營利事業所得稅「原申報合於獎勵規定之免稅所得」、「因尚未取具核准函」等語，係屬被告自行揣測原告預謀先繳納89年度稅款，意圖將可扣抵稅額帶出予股東後，再辦理更正退還全數稅款，致有行政程序法第11
9 條規定之受益人其信賴不值得保護情事，實屬無稽。⒌原告90年及91年所分配出之所有股東可扣抵稅額帳戶金額
僅2 億餘元，但被告竟主張原告此2 年度已超額分配股東可扣抵稅額達3 億餘元，在經驗法則與論理法則下，實顯難想像此等核定超額分配之補稅處分未有錯誤：
原告於90年度及91年度分別分配股利497,500,000 元及884,999,759 元，其中有帶出予股東之股東可扣抵稅額則分別為129,399,750 元及103,279,512 元，兩者合計後亦僅為232,679,262 元；然而被告先於90年度核定原告超額分配股東可扣抵稅額129,350,003 元，後再核定原告於91年度因股東可扣抵稅額帳戶有負數餘額，而須補稅183,741,
007 元，非屬超額分配，又另於訴訟階段改口稱此183,741,007 元亦屬超額分配股東可扣抵稅額，以上皆屬被告無法否認之事實。故無論如何以此事實審酌本件，均會發現被告認為原告於此2 年度對於股東可扣抵稅額應予補稅之金額達313,091,010 元，完全超過原告於該2 年度已實際配出之股東可扣抵稅額金額232,679,262 元。原告實際分配數小於被告認定之超額分配數，其差額究竟為何人所分配？此等荒謬結果，就如同僅有100 元的被害人聲稱被搶劫了200 元，不論是從論理法則或經驗法則，皆難認為合理，被告所為之處分必有錯誤情事。
⒍被告主張原告應在所得稅法本文所未規定下，先行將申請
退稅數自行由股東可扣抵稅額帳戶中追溯減除，然而，該帳戶乃屬原告股東之抵稅權益，原告既有義務維持該帳戶之正確記載，即無從僅依據未有法令位階之所得稅申報書附註說明，而先行將可能不會獲得退稅之申請數列為股東可扣抵稅額帳戶之減項；一旦原告將此列為減項，而日後又未獲退稅，原告股東之抵稅權益喪失，即可能以原告違法侵害、任意減少其抵稅權益，未對股東權益盡力維護其抵稅權為由而對原告提起訴訟。故如被告無法逕依納稅義務人申請數額作成退稅處分，即實無從要求納稅義務人以侵害其股東權益之方式，先將申請退稅數自股東可扣抵稅額帳戶中先行減除，此種作法反將造成股東可扣抵稅額帳戶記載之違法與錯誤。被告於答辯時一再變更其原處分之法律依據，復主張除所得稅法第100 條之1 之立法意旨外，而同法第114 條之2 亦係其處分依據；然而，第114 條之2 係規範於所得稅法第五章之獎懲中，在本件並非屬罰鍰案件，被告援引此規定已不符合該法之體系解釋，顯為錯誤適用法令。另就所得稅法第114 條之2 之構成要件觀之，原告並不符合下列任何一款項規定：
⑴違反第66條之2 第2 項、第66條之3 或第66條之4 規定
，虛增股東可扣抵稅額帳戶金額，或短計第66條之6 規定之帳載累積未分配盈餘帳戶金額，致分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額者。
⑵違反第66條之5 第1 項規定，分配予股東或社員之可扣
抵稅額，超過股利或盈餘之分配日其股東可扣抵稅額帳戶餘額者。
⑶違反第66條之6 規定，分配股利淨額所適用之稅額扣抵
比率，超過規定比率，致所分配之可扣抵稅額，超過依規定計算之金額者。
⑷營利事業違反第66條之7 規定，分配可扣抵稅額予其股東或社員，扣抵其應納所得稅額者。
⑸綜上，被告僅能指稱原告有違反營利事業所得稅申報書
第14頁附註2 ，顯見原告並未違反上開⑴至⑷所舉規定，不可能符合所得稅法第114 條之2 之要件；如被告執意稱原告有所違反，被告應明確認定原告所違反之款項為何？抑或僅係違反該法條之「立法意旨」？被告亦承認，原告藉由股東可扣抵稅額帳戶分配，將稅款帶出供股東扣抵稅款，致有超額分配稅額103,279,512 元，而非183,741,007 元，然而被告卻對原告補稅達183,741,
007 元，超過被告所主張之超額分配金額；被告如今主張原告有違反所得稅法第114 條之2 之超額分配股東可扣抵稅額帳戶之情事，卻又不依據真正之超額分配金額加以補稅，實屬矛盾；蓋所謂超額分配，必須是納稅義務人之股東有收到過多之可扣抵稅額並加以抵稅使國家產生稅收損失，方有加以補稅之必要，由此可知，被告所為原處分之補稅金額必非正確，原處分應予撤銷。此外，被告另外提及法定盈餘公積所含稅額13,665,837元，以及董監職工紅利所含稅額2,459,851 元，皆非屬原告可分配予股東之稅額，自然與股東可扣抵稅額超額分配無關，謹此說明。
⒎被告一再答辯主張：「其第63欄扣繳稅額錯誤填列為248,
547,580 元，即為原告企圖混淆事實且錯誤陳述之事證，正確數應依更正前89年營利事業所得稅結算申報書損益表，其63欄扣繳稅額申報數86,837元及第64欄自繳稅額申報數248,460,743 元……刻意隱匿溢繳之自繳稅款，亦未依規定誠實自動併同更正相關影響90年度、91年度股東可扣抵稅額帳戶之申報內容為正確。」，惟被告所指並非屬實，原告並無任何不誠實或隱匿事實之情事。原告係將扣繳稅款86,837元與已納自繳稅款248,460,743 元併同表達於申報書第63欄「本年度抵繳之扣繳稅額」，此將2 項性質相同之項目予以合併表達（皆為已繳納之稅款），係原告受限於申報書之既定格式上無「已納自繳稅款」之欄位可供填列，原告不得已，方將於91年1 月31日更正申報書中本文第2 頁中明確揭示的「90年已繳納之稅款248,460,74
3 元」歸類至性質較相近之第63欄。被告主張原告應填列之第64欄係「本年度『應』自行向公庫補繳之營利事業所得稅額」，但該欄自文義一望即知所表達的，是要隨同申報書一併付現繳納之當期自繳稅款，必須檢附當期向公庫繳款證明，原告已於90年5 月自行繳納稅款248,460,743元，故與目前爭執之91年1 月31日更正申報書附件5 第64欄，兩者性質不同，自無法將其填列至該第64欄中，以免被告誤認原告對已納稅款再次重複補繳。再者，申報書中第64欄之計算公式為: 【60欄-112欄-95 欄-113欄-6 2欄-63 欄】，本件89年度申報書中60欄、112 欄、95欄、11
3 欄、62欄皆為0 ，而僅有第63欄為正數（無論是248,547,580 元或86,837元）下，依表訂公式所計算之結果必將為負值，然而，第64欄之欄位名稱既然為「本年度『應』自行向公庫補繳之營利事業所得稅額」，而「補繳數」在文義上即不可能以負數之方式表達，故該第64欄最低僅能填列為0 ，而原告於該申報書附件五即是將其填列為0 ，可見原告第64欄並未填列錯誤，亦未有隱匿任何事實之情形；至於表訂公式計算出來之負數結果，依據申報書之邏輯本即應填列到第65欄之應退稅額，亦即被告亦不能否認其正確性之第65欄申報數248,547,580 元；由此可見，原告無論是91年1 月31日申請書之本文或其附件5 ，皆未有任何錯誤或隱匿之處，反而是被告此等主張顯有刻意錯誤誤導之嫌，蓋若原告有意隱匿自繳稅款，則不可能在較不明顯之申請書附件五中之某一小格中加以「隱匿」，卻在至為明顯的申請書本文中2 次明載其已補納稅款之事實，以及其金額，如此之作法不可能有任何隱匿之效果，被告所言顯違反論理法則及經驗法則。而會有此等差異，僅係因制式所得稅申報格式未有已納自繳稅款之欄位所致，方導致申報書本文（不須限於制式格式）及附件5 （須限於制式格式）略有不同，但絕非隱匿，而被告所稱應填至第64欄之主張顯有錯誤。被告勉強將囿於申報書格式之不同表達方式荒謬認定為「隱匿」，唯一目的僅係為了反駁原告自稱「無不誠實或隱匿情事」之主張，然而其反駁立論錯誤如此明顯，亦可證明除此等不成立之「隱匿」情事外，原告確實已將所有案情皆予揭露給被告，並無隱匿或任何不實的陳述。
本件爭點在於原告繳納89年所得稅與分配此稅款之時點在取得免稅資格之前：
原告並未刻意提前繳稅或提前分配稅款，僅係因行政院於90年8 月所提出之免稅優惠係回溯至89年度生效，在此等事實基礎下，原告只要依法將已納之89年度所得稅款分配出去，即必然產生股東可扣抵稅額帳戶減項，且原告已納稅款之股東可扣抵稅額帳戶加項亦另遭調整減除，因此原告必然會因為政府租稅獎勵措施之過晚宣布，而產生股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之結果，此並非因為原告有不誠實申報之處，方導致本件股東可扣抵稅額帳戶發生負數餘額，無論原告是否於更正申報營利事業所得稅時一併更正申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，皆不會改變此一結果；故退步言之，縱依據被告所主張之營利事業所得稅申報書第14頁之股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表附註2 說明記載原告之股東可扣抵稅額帳戶，在原告91年1 月31日申請更正89年度營利事業所得稅退稅款前，早已於90年4 月27日實際分配股利時帶出部分稅額129,399,743 元，故倘依該申報表附註2 說明，將90年3 月30日與90年5 月31日之自繳稅款248,460,7430元全數回溯自股東可扣抵稅額帳戶中減除，抑或在90年期末將其減除，原告之90年度股東可扣抵稅額帳戶仍將因90年度分配帶出稅額的事實而產生負數餘額，與本件事實相比，僅係將股東可扣抵稅額帳戶負數餘額出現之時點提前，故適用該申報表附註2 實對解決本件「股東可扣抵稅額帳戶負數餘額是否應予補稅」之爭議並無幫助，被告仍可能須對原告90年股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額予以補稅。是以，本件股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額產生，係因政府所給予之免稅優惠時點過晚確定，不能因此處罰在此時點前依法繳稅並分配股利之正當商業行為，故實不應將產生股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之情事歸責予原告，更遑論命原告對此負數餘額補稅等語。並聲明求為判決撤銷原處分、復查決定及訴願決定中有關原告91年度應補繳股東可扣抵稅額183,741,007 元之核定。
四、被告答辯略謂：㈠原告89年度營利事業所得稅係屬會計師簽證申報案件，原申
報合於獎勵規定之免稅所得994,230,318 元，因尚未取具核准函，結算申報自行繳納稅額248,460,743 元（分別於90年
3 月30日繳納220,000,000 元及90年5 月31日繳納28,460,743元）。原告90年1 月1 日股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為86,837元，90年3 月5 日召開股東會議決議分配89年度盈餘，並決定分配基準日為90年3 月26日，90年4 月27日實際分配股利帶出股東可扣抵稅額129,399,753 元，因計算可分配之股東可扣抵稅額時誤將90年3 月30日繳納之稅額220,000,
000 元計入，致超額分配可扣抵稅額129,350,000 元，90年度股東可扣抵稅額期末餘額核定為170,879,561 元。嗣原告90年12月4 日經財政部核准自89年度起連續5 年內免徵營利事業所得稅，旋於91年1 月31日向被告申請更正89年度營利事業所得稅，並申請退還已繳納之自繳稅款248,547,580 元，再於91年6 月3 日分配90年度盈餘，帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元；原告申請退還之89年度營利事業所得稅，被告核定退稅金額為235,215,368 元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致原告股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007 元。依兩稅合一制基本立法精神，營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，抵繳其股東或社員之個人綜合所得稅，必須是實質上營利事業已繳納營利事業所得稅予政府，始得分配抵繳股東或社員之個人綜合所得稅。惟原告於90年12月4 日已知悉其獲准自89年度起連續
5 年內免徵營利事業所得稅，旋於91年1 月31日向被告申請更正89年度營利事業所得稅，並申請退還已繳納之自繳稅款248,547,580 元，且明知已將該89年度所自繳之營利事業所得稅已分配予股東，卻仍向被告申請更正89年度營利事業所得稅，申請退還全額之稅額248,547,580 元，並依據股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表註2 ：自繳稅額若有溢繳者，本欄項（繳納結算申報之自繳稅款）請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入，原告91年1 月31日向被告申請更正並退還89年度營利事業所得稅248,547,580 元時，即應依上述規定，將溢繳之自繳稅款自期初股東可扣抵稅額帳戶中減除，惟原告未依規定更正並正確計算股東可扣抵稅額，復於91年6 月3 日分配90年度盈餘，又帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元，有行政程序法第119 條規定之受益人其信賴不值得保護情事，嗣經被告核定其申請退還89年度營利事業所得稅，退稅金額為235,215,368 元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致原告股東可扣抵帳戶餘為負183,741,00
7 元，原告實質上並未繳納營利事業所得稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007 元予股東扣抵個人綜合所得稅，從而被告核定補徵其超額分配稅額183,741,007 元，並無不合。
㈡原告之所以於91年1 月31日申請更正其89年度營利事業所得
稅結算申報之原因，乃係就其本已自行辦理結算申報之自繳稅額248,460,743 元內容，因事後取得財政部核准其自89年度起連續5 年內免徵營利事業所得稅之5 年免稅函，而致其原申報內容有錯誤而為之，其利益即為可更正結算申報為退稅248,460,743 元及扣繳稅額86,837元，據此，原告89年度辦理結算申報之正確性即已於其91年1 月31日主動更正申請時，立即回溯予原錯誤之申報內容，此即申報之協力義務所該當正確申報義務，為一般論理及經驗之法則，故該更正申報以為正確之事，無庸待被告為事後之更正核定與否，即為確然，亦即原告更正正確89年度營利事業所得稅申報內容為無應納稅額，故其結算申報即有溢繳稅額之錯誤，而應退稅額248,460,743 元及扣繳稅額86,837元；蓋營利事業所得稅結算申報之制度設計即以納稅義務人誠實申報為前提，採事後查核以核定之，再申言之，原告89年度營利事業所得稅結算申報之正確乃為退稅248,460,743 元，而非自行繳納稅款248,460,743 元，此即更正申報於自動辦理結算申報制度下所當然發生之效果，故原告之89年度營利事業所得稅結算申報於此更正之時，即無預納稅額，而實際更應再繳納之情事，而係其辦理結算申報之溢繳稅額退稅情事；相對的，原告於此更正89年度營利事業所得稅結算申報為退稅之時，即有91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表因期初原已計入89年度錯誤繳納稅額248,460,743 元而不正確，故正確之股東可扣抵稅額餘額應減除該溢繳稅248,460,743 元方符，此一應行更正事項符合所得稅法第66條之1 規定，並可於原告分派盈餘時為正確計算其可帶出股東可扣抵稅額，方不生有本件因原告未為正確記錄計算股東可扣抵稅額餘額或因過失故意而造成虛增股東可扣抵稅額，且於分派盈餘時發生超額分配可扣抵稅額情事，遞經被告查得而依所得稅法第114 條之2 規定發單補徵其超額分配稅額。申言之，原告發生超額分配而違反所得稅法第114 條之2 規定之時點並非被告91年12月16日送達核定退還89年度稅款之時，而係其申請更正89年度營利事業所得稅稅款，卻未自行誠實記錄計算或更正其股東可扣抵稅額餘額導致其虛增股東可扣抵稅額，且再自行於分派盈餘時，就錯誤之股東可扣抵稅額計算而發生超額分配可扣抵稅額情事，此時點即為原告91年1 月31日未更正股東可扣抵稅額造成虛增情事，91年5 月23日決議分配盈餘，並於91年6 月3 日分配盈餘帶出錯誤之股東可扣抵稅額而發生超額分配情形，嗣經被告查得，核原告有首揭所得稅法第
114 條之2 規定之超額分配情事，遂依規定發單責令原告補繳超額分配稅額，原應就超額分配之金額，處1 倍之罰鍰。惟被告初查考量原告申請更正89年度營利事業所得稅之原因係取得財政部核准其連續5 年免稅函之落後，為不可歸責因素，但卻有提供不正確資料或不完全陳述，致行政機關依該資料或陳述而作成行政處分之信賴不值得保護情形，僅就其超額分配之稅額予以補徵，並基於行政救濟不得為更不利於原告之決定，而不予處罰，故不論係基於立法意旨或超額分配之觀點，皆乃闡明本件補徵稅額之依據既符合法意且符合法令規定。
㈢原告於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年內免
徵營利事業所得稅，其取得核准函件後，於91年1 月31日向被告申請更正89年度營利事業所得稅結算申報為退還原結算申報因錯誤而自行繳納稅額248,460,743 元及扣繳稅額86,837元。惟該退稅請求權自應以行使時始得以成就，當非徒具請求權而不行使之時為準，原告退稅申請所依之事實乃原告於結算申報後，已獲得財政部5 年免稅核准，致其原為自繳稅額變更不須申報自繳稅額，其申請更正退稅係須以原告之申報正確始得為之，故原告89年度營利事業所得稅退稅申請事件與財政部89年函釋所指之適用情形並不相同。況以原告於91年1 月31日申請退稅，而該函釋早已因未編入90年版「所得稅法令彙編」，自91年1 月1 日起不再援引適用，此有財政部90年11月30日臺財稅第0000000000號令可稽，本院98年度訴更一字第00147 號判決固以最高行政法院第一次廢棄判決之法律上判斷為判決基礎，又事實之究明本即繫之於法律之涵攝範圍，倘若法律或與事實狀態變更，即應依職權調查究明，此例外不受拘束情形諸如法規已修改或廢止、解釋、判例已變更或最高行政法院所持見解已與其全院會議決議相反者均屬之，而本件既有法律或與事實狀態變更未經究明，則被告為89年度營利事業所得稅申請退稅時點之行為時法令，已無財政部89年函釋可援引，況89年度營利事業所得稅退稅申請事件與適用89年函釋係屬二事，本件乃原告因91年度經查得有超額分配稅額情事而經被告追繳稅款處分，所依據者乃所得稅法第100 條之1 第1 項「立法意旨」及同法第
114 條之2 規定，並無不合。㈣91年度營利事業所得稅、股東可扣抵稅額帳戶及前一年度之
未分配盈餘申報，依規定皆需於92年5 月31日前辦理，然而稽徵機關尚需大量收件、整理、建檔、產出、列選、分案派查及調查等作業，是以，核定較為落後乃為結算申報制度必然，尤其行政救濟案件更是落後多年，準此，誠實申報及更正申報之正確性更是於落後核定之制度下所必需強調的納稅義務，一方面以正確申報納稅為誠實義務；一方面以事後調查為處罰之手段，運行本國徵納租稅之制度。故申報之正確性著實以誠實申報為主，若有錯誤，納稅義務人即應主動更正申報使之正確，稽徵機關並以事後調查處罰手段為輔，既然稽徵機關落後核定之態樣為股東可扣抵稅額帳戶餘額之當然影響，自然包含因事後更正情形及行政救濟情形要無疑義。被告於91年12月16日送達89年度營利事業所得稅核定退稅通知書時，並未覺查原告已將可扣抵稅額先行分配予股東扣抵綜合所得稅，此有原告於92年5 月31日前辦理91年度營利事業所得稅結算申報、90年度未分配盈餘申報及91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表申報之事實可證，被告固係信賴該更正申請之事項，豈料該退稅處分竟於原告已為不正確記錄並將虛繳稅額計入於股東可扣抵稅額帳戶致有虛增餘額情形下，更先行將未實際繳納之稅款分配予股東抵扣綜合所得稅，致有超額分配之情，被告未為覺查，此乃係原告有行政程序法第119 條規定對重要事項提供不正確資料之情事所致，原告顯有信賴不值得保護之情。經原告於94年5 月及
7 月間向被告申請更正90年度及91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表時，被告方查得其有不符所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨及所得稅法第114 條之2 超額分配稅額規定，而形同政府以稅收補貼原告之情，遂依規定予發單補稅183,741,007 元，故以94年5 月及7 月間覺查，至95年5月間作成原處分觀之，原處分並無違法之虞，更無逾2 年除斥期間之情事；原告逕以92年5 月30日申報日為被告知悉日，實為謬誤，蓋上開日期為原告申報日期，並非被告知悉日。原告於91年5 月23日決議分配盈餘時，以及91年6 月3 日辦理盈餘分配時，因已無股東可扣抵稅額餘額可供其分配盈餘而帶出可扣抵稅額致發生超額分配之情，被告未覺查而於嗣後發現依法補徵，與所得稅法第114 條之2 規定相合，原告既已於91年5 月及6 月間盈餘分派時發生超額分配稅額之情，自與被告89年營利事業所得稅於91年12月16日送達退稅核定通知書之事，已不生關係，所重要者僅為被告係於94年間查得原告於91年間有超額分配稅額而依所得稅法第100 條之1 第1 項「立法意旨」及同法第114 條之2 規定責令原告補繳超額分配稅額，並未逾稅捐稽徵法核課期間之規定，並無不合。
㈤原告以被告援引之財政部90年4 月2 日函釋略以：「……三
、㈡⒉：營利事業已自動補繳超額分配之可扣抵稅額者，無須再更正其獲配股利或盈餘日之股東可扣抵稅額帳戶餘額。
但該項自動補繳之稅額，係就已多分配予股東申報扣抵之稅額予以彌補，不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。」業經財政部100 年6 月9 日函釋規範停止適用，請本院於審核時，無須審酌90年4 月2 日函釋等語。惟查90年4 月2 日函釋三、㈡⒉，係就營利事業已自動補繳超額分配之可扣抵稅額者，無須更正股東可扣抵稅額，亦不得再計入股東可扣抵稅額為之規範，而補繳該超額分配稅額情形本與原告請求就未退還部分係留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅之間，並不具對待給付關係，既90年4 月2 日函釋三、㈡⒉自100 年6 月9 日函釋發布日起停止適用，應依100 年6 月9 日函釋辦理，亦即營利事業如有所得稅法第114 條之2 第1 項各款規定超額分配股東或社員可扣抵稅額之情形，且已補繳該超額分配之可扣抵稅額者，有關股東可扣抵稅額應辦理之規範。申言之，本件原告因違反所得稅法第114 條之2 相關規定，並未繳該超額分配之可扣抵稅額，自無100 年6 月9 日函釋適用。原告所訴並不足採。
㈥參照最高行政法院第二次廢棄判決理由，納稅義務人於稅捐
稽徵程序，不僅負有申報協力義務，且應善盡「誠實申報」之作為義務。而適用課人民以繳納租稅之法律時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用；另審查主管機關基於法定職權發布之命令是否符合租稅法律規範之意旨，應以各該法律本身之立法目的及其整體規定之關聯意義，並衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則為綜合判斷。準此，應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業，除負有應誠實、正確記載並保持足以核實計算該帳戶金額之憑證及紀錄外，於辦理營利事業所得稅結算申報時，並應依限、據實填列，申報上一年度包含「股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額」、「當年度『增加金額明細』、『減少金額明細』及其『餘額』」，供稽徵機關查核；申言之，股東可扣抵稅額帳戶變動明細，主要係「有關營利事業『繳稅』、『退稅』、『分配股利之可扣抵稅額』等資料」，營利事業依據所得稅法第71條規定辦理結算申報後，如更正該結算申報書內所載相關事項，且該更正事項影響「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」填列之股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額或減少金額明細及其餘額時，該相關之「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」自應一併據實更正，併同更正後之結算申報書申報該管稽徵機關查核。兩稅合一的基本立法精神，營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，抵繳其股東或社員之個人綜合所得稅，必須是實質上營利事業已繳納營利事業所得稅予政府，始得分配抵繳股東或社員之個人綜合所得稅；且應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業於辦理營利事業所得稅結算申報時，應依規定格式據實填列上一年度內包含股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額明細、減少金額明細及其餘額，併同結算申報書申報該管稽徵機關查核，倘辦理結算申報後，營利事業向該管稽徵機關申請更正時，其相關連而應併同結算申報書申報查核之「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」亦應一併主動、據實更正，申報查核，始為適法。
㈦事實之查證及真意之探尋為調查之必備程序。被告初查固以
國庫補貼，造成不公平現象而補徵稅款為由，不符合所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨，補徵原告超額分配稅額183,741,007 元，然而，何以會造成原告股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數而有國庫補貼及租稅不公平之情，始肇因未誠實更正股東可扣抵稅額帳戶餘額以保持股東可扣抵稅帳戶之正確性，反而更於決議分配盈餘時逕為不正確計算而帶出錯誤（即虛繳之自繳稅額）之股東可扣抵稅額，導致其有行政程序法第119 條規定，對重要事項提供不正確資料或不完全陳述，致行政機關依該資料或陳述而作成行政處分之信賴不值得保護情形，其結果是，原告因逕為就虛繳自繳稅額248,460,743 元為不正確之股東可扣抵稅額帳戶餘額計算可先行帶出股東可扣抵稅額後，原告於91年12月16日再就退稅核定通知書送達後，依法應為股東可扣抵稅額帳戶餘額之減除，造成該帳戶餘額為負數之情，被告嗣經查核認原告有不符首揭所得稅法第100 條之1 第1 項「立法意旨」及同法第114 條之2 規定之超額分配情事，遂依規定發單責令原告補繳超額分配稅額，不論係基於立法意旨或超額分配之觀點，皆乃闡明本件補徵稅額之依據既符合法意且符合法令規定；且依據股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表註2 ：自繳稅額若有溢繳者，本欄項（繳納結算申報之自繳稅款）請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入，已然明示申報時應為正確填列，豈非無據，原告仍執詞爭執實不足採。
㈧原告以財政部賦稅署98年8月20日臺稅一發字第09804555620
號函有關召開中華民國會計師公會全國聯合會對現行稅務法令規定研提興革意見座談會會議紀錄議題14主張原告無需更正股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表之理由，惟：
⒈該議題並非就股東可扣抵稅額帳戶有超額分配之情而為座
談紀錄，蓋該議題充其量僅就更正申報致減少應納稅額者，「原則上」依所得稅法第66條之4 規定於核定確定減少稅額於退稅通知書送達日自股東可扣抵稅額帳戶中減除之說明，故僅為重申所得稅法第66條之4 有關減少稅額減除時點之規定。
⒉該議題從未論及如本件之原告於更正89年度營利事業所得
稅結算申報，正確為「全額」退稅時，未誠實併同更正其已加計該自繳稅額於90年度股東可扣抵稅額帳戶餘額之紀錄，以及更正股東可扣抵稅額帳戶申報而使之正確，造成虛增該帳戶餘額，其自行就該虛增帳戶餘額作為盈餘分派時可帶出之稅額，致有超額分配稅額之情事，經被告查得，責令其補繳稅額183,741,007 元情形；換言之，該議題並未就原告知情而未正確記錄股東可扣抵稅額帳戶餘額及誠實更正申報下，仍以虛增該帳戶餘額作為其盈餘分派而帶出可扣抵稅額，造成原告超額分配稅額及國庫以稅收補貼原告之情而說明，是原告以不相涉之事，且僅為事後（98年8 月20日）業務興革意見紀錄，而非屬本件情形，原告之主張並不足採。
㈨有關原告以股東可扣抵稅額帳戶餘額出現負數之情形並非特
例，亦非罕見為由，舉本院97年度訴字第1000號判決為例，稱被告未予以補稅，因人適法之不一致處理方式恐違反平等原則乙節：
⒈被告前於本院101 年4 月11日準備程序庭陳明，股東可扣
抵稅額帳戶就等同銀行帳戶，一般而言都會是正數，因該帳戶記載的稅額是可以分配給股東去扣抵綜合所得稅的，若出現負數則屬異常，稽徵機關須查明異常原因，若有超額分配等情事，則會據以補稅，原告主張「股東可扣抵稅額帳戶出現負數餘額之情形並非特例，亦非罕見」顯非事實。原告91年度股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額183,741,007 元，不符所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨及同法第114 條之2 超額分配稅額規定，形同政府以稅收補貼原告分配及減除稅額，被告遂發單補稅183,741,007 元，並無不合。
⒉本院97年度訴字第1000號判決理由三略以：……其後因原
告91年股東可扣抵稅額帳戶於94年8 月8 日核定，期初餘額經核定為負5,087,389 元、期末餘額為負3,955,955 元，致92年度原核定之期初數應併同變更，被告乃於95年1月13日依職權按所得稅法第66條之6 規定，重新核算原告92年度分配股利時之稅扣額可扣抵比率為6.54％，股東可扣抵稅額帳戶變動明細表第31欄有關分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額由原核定之9,250,320 元，變更核定為5,696,591 元，核定超額分配可扣抵稅額則為3,553,
729 元、實際已分配之可扣抵稅額為9,250,320 元、期末餘額由負6,152,906 元更核定為負9,711,347 元。……原告於94年12月16日自動補繳因以前年度接獲88年本稅退稅款而重新計算稅扣比所繳納92年度超額分配可扣抵稅額3,553,729 元，並於95年11月7 日申請更正92年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細表為被告否准等情，為兩造所不爭執。由上可知，該案件92年度期末餘額負數原因，已由稽徵機關查明為來自91年期末餘額為負3,955,955 元及92年度超額分配可扣抵稅額3,553,729 元，又該超額分配已自動補繳，稽徵機關何須再予以補稅？本件並無原告所稱因人適法之不一致處理方式恐違反平等原則之情，原告以不相涉之訴外案件混淆事實，核不足採。
㈩原告再以財政部賦稅署就納稅義務人之債券前手利息扣繳稅
款因爭訟協談和解而放棄抵用權之情形應如何申報之時點規定，作為本件不應誠實更正股東可扣抵稅額帳戶申報內容以資正確之主張，惟原告所舉事項誠屬於不同事件及基礎上之援引，不足為據：
⒈其一，債券前手息因協談和解而放棄所含之扣繳稅款如何
於股東可扣抵稅額帳戶申報之情，無論就實體、要件及態樣皆與本件不相涉，自無從類推適用。
⒉其二，依所得稅法第66條之1 第1 項前段之規定，凡依本
法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及記錄，以供稽徵機關查核，原告徒以無須追溯申報時調減之案情，作為本件不相涉及之適用，迴避其應依上開規定，保持股東可扣抵稅額帳戶正確計算及紀錄，並為申報正確之基礎，空言無法令可依，誠不足採。
⒊綜上，原告援引債券前手利息扣繳稅款因爭訟協談和解而
放棄抵用權應如何申報股東可扣抵稅額帳戶之情，且經財政部賦稅署亦於該件說明二明載其屬事實認定問題，宜依個案事實辦理，換言之，即無通案之適用，況與本件並不相涉，自無類推適用之理，原告不得據以卸免其應誠實更正及申報股東可扣抵稅額帳戶餘額之義務等語。並求為駁回原告之訴。
五、本件兩造爭執要點如下：被告所為退稅處分關於183,741,00
7 元部分是否屬違法處分？被告得否予以撤銷，並命原告繳還該部分金額？被告作成原處分時是否已逾2 年之除斥期間？原處分援引所得稅法第101 條第1 項規定意旨據以撤銷，並排除適用財政部89年7 月1 日臺財稅字第890454396 號函釋，認事用法有無違誤？
六、本院判斷如下：㈠按「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87
年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及記錄，以供稽徵機關查核。」「營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額︰一、繳納屬87年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵稅額。」「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除：……二、87年度或以後年度結算申報應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額。」「營利事業依第3 條之1 規定，得分配予股東或社員之可扣抵稅額，以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。」「稽徵機關依第
100 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」「營利事業有下列各款規定情形之一者，應就其超額分配之可扣抵稅額，責令營利事業限期補繳，並按超額分配之金額，處1 倍以下之罰鍰：一、違反第66條之2 第2 項、第66條之3 或第66條之4 規定，虛增股東可扣抵稅額帳戶金額，或短計第66條之6 規定之帳載累積未分配盈餘帳戶金額，致分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額者。二、違反第66條之5 第1 項規定，分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過股利或盈餘之分配日其股東可扣抵稅額帳戶餘額者。三、違反第66條之6 規定，分配股利淨額所適用之稅額扣抵比率，超過規定比率，致所分配之可扣抵稅額，超過依規定計算之金額者。」分別為行為時所得稅法第66條之1 第1 項前段、第66條之3 第1 項第1 款、第66條之4 第1 項第2 款、第66條之5 第1 項、第
100 條之1 第1 項及第114 條之2 第1 項所規定所明定。又按「本法第66條之3 第1 項第1 款所稱繳納中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額，係指營利事業以其已繳納之暫繳稅款與扣繳稅款實際抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額及其結算申報自行繳納之稅額之總和。」「營利事業所得稅結算申報經稽徵機關調查核定增加應納稅額，致減少其應退還稅額者，其依本法第66條之3 第1 項第1款規定計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額之日期，為核定通知書送達日。」「本法第66條之4 第2 項第1 款所稱分配日、第3 款所稱提列日、第4 款所稱分派日及第66條之6 第
1 項所稱分配日，係指營利事業分派股息及紅利之基準日；其未定分派股息及紅利之基準日或分派股息及紅利之基準日不明確者，以營利事業股東會決議分派股息及紅利之日為準。」亦分別為所得稅法施行細則第48條之2 第1 項前段、第48條之5 第1 項及第48條之8 所規定。
㈡復按「除別有規定外，經廢棄原判決者，最高行政法院應將
該事件發回原高等行政法院或發交其他高等行政法院；前項發回或發交判決，就高等行政法院應調查之事項，應詳予指示；受發回或發交之高等行政法院，應以最高行政法院所為廢棄理由之法律上判斷為其判決基礎。」為行政訴訟法第26
0 條所明定。所謂法律上判斷係指依該個案事實應如何適用法令而言，而法院適用法令除詮釋條文概念外，尚及於具體事實是否涵攝於法律概念之內，故上開規定所指法律上判斷固不及於最高行政法院廢棄判決關於應調查事項之指示，但如其就個案事實應如何涵攝於法律構成要件，已具體表示法律見解者，高等行政法院更審時，如未變更認定該法律構成要件之事實者，即應受其法律見解拘束，並據為判決基礎（最高行政法院99年度裁字第3019號裁定意旨參照）。本件最高行政法院第二次廢棄判決理由意旨已表示如下：⒈納稅義務人於稅捐稽徵程序，不僅負有申報協力義務，且應善盡「誠實申報」之作為義務。而適用課人民以繳納租稅之法律時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用；另審查主管機關基於法定職權發布之命令是否符合租稅法律規範之意旨，應以各該法律本身之立法目的及其整體規定之關聯意義，並衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則為綜合判斷（見最高行政法院第二次廢棄判決理由七㈠後段）；⒉所得稅法自87年1 月1日 實施兩稅合一制後，營利事業繳納屬87年度或以後年度之營利事業所得稅，除本法另有規定外，得於盈餘分配時，由其股東或社員將獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵。而在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，無論營利事業轉投資層次之多寡，該投資收益僅在最終被投資事業階段課徵一次營利事業所得稅，因營利事業之轉投資收益不計入所得額課稅，該投資收益自應計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，嗣盈餘分配予個人股東時，由個人股東併計其綜合所得總額課稅，並予以扣抵（見最高行政法院第二次廢棄判決理由七㈡７⑴）；⒊公司股東之個人綜合所得總額，以其全年包含所獲分配股利總額等各類所得合併計算之；該公司股東個人所獲分配之股利，係包含營利事業已繳納之營利事業所得稅額之總額，是公司股東（個人）所獲分配之股利總額，應按股利憑單所載「股利淨額」與「可扣抵稅額」之合計數計算之。並於依所得稅法第71條規定辦理個人綜合所得稅結算申報時，按其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納，而所稱「可扣抵稅額」，係指上開「股利憑單」所載之可扣抵稅額（見最高行政法院第二次廢棄判決理由七㈡７⑵）；⒋實施兩稅合一制後，除依所得稅法第66條之1 第
2 項之營利事業或機關、團體免予設置股東可扣抵稅額帳戶者外，凡依所得稅法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，誠實、正確的記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，供稽徵機關查核；且應於每年1 月底前，將上一年內分配予股東之股利或社員之盈餘，填具股利憑單、全年股利分配彙總資料，一併彙報該管稽徵機關查核，並應於2 月10 日 前將股利憑單填發納稅義務人；復應在辦理結算申報時，依規定格式據實填列上一年內股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，併同結算申報書申報該管稽徵機關查核，上開所稱「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」，係指股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額明細、減少金額明細及其餘額而言。倘未依規定設置、記載；或未依規定期限按實填報或填發股利憑單；或未依限據實填報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，除限期設置或記載股東可扣抵稅額帳戶；或限期責令補報或填發股利憑單；或限期補報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料外，並應處以罰鍰。準此，應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業，除負有應誠實、正確記載並保持足以核實計算該帳戶金額之憑證及紀錄外；於辦理營利事業所得稅結算申報時，並應依限、據實填列，申報上一年度包含股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額明細、減少金額明細及其餘額，供稽徵機關查核；申言之，股東可扣抵稅額帳戶變動明細，主要係有關營利事業繳稅、退稅、分配股利之可扣抵稅額等資料，營利事業依據所得稅法第71條規定辦理結算申報後，如更正該結算申報書內所載相關事項，且該更正事項影響「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」填列之股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額或減少金額明細及其餘額時，該相關之「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」自應一併據實更正，併同更正後之結算申報書申報該管稽徵機關查核（見最高行政法院第二次廢棄判決理由七㈡７⑶）；⒌實施兩稅合一制後，個人股東獲配之股利是否含可扣抵稅額及其金額之大小，完全視營利事業階段納稅之多寡而定，故營利事業實際繳納之87年度或以後年度結算申報應納稅額（包括暫繳稅款、扣繳稅款及結算申報自行繳納稅款）核定補繳稅款及就每一年度未分配盈餘依規定扣繳率加徵之稅款，應分別於繳納日或年度結算日，計入股東可扣抵稅額帳戶，其中以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者，由於僅抵繳稅額為其實際之稅負，超過部分將獲退稅，故僅得就已抵繳應納稅額部分之稅額於年度結算日計入股東可扣抵稅額帳戶，至結算申報自行繳納稅額、核定補繳稅額及未分配盈餘加徵之稅額，則應於繳納稅款日計入股東可扣抵稅額帳戶。又實施兩稅合一制後，營利事業階段繳納之所得稅得併其股利分配予股東，故營利事業分配股利或盈餘之可扣抵稅額，應於分配日自股東可扣抵稅額帳戶減除；而營利事業依所得稅法規定，經稽徵機關調查核定結算申報應納所得稅減少之稅額，係營利事業原繳納稅款之減少，應於核定通知書送達日，自股東可扣抵稅額帳戶減除。再前揭所得稅法第
3 條之1 「營利事業繳納屬87年度或以後年度之營利事業所得稅……得於盈餘分配時，由其『股東』或社員將『獲配股利總額』或盈餘總額『所含之稅額』，『自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵』」，乃兩稅合一制度之基本規定，從而，營利事業個人股東可扣抵稅額帳戶，不論係營利事業分配予該股東之可扣抵稅額或稽徵機關依所得稅法第10
0 條規定核定退稅時，皆應以該股東可扣抵稅額帳戶之餘額為分配或核退數額，乃屬當然。至納稅義務人依稅捐稽徵法第35條規定申請復查，並對復查決定之應納稅額繳納半數，依法提起訴願，暫緩移送強制執行，其爭訟之結果應予退稅者（按即所得稅法第100 條第3 項之情形），所得稅法第10
0 條之1 第1 項規定「稽徵機關依第100 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就『退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還』，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額」，其立法理由並載明：「營利事業所得稅係落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第100 條第3 項規定，對營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於應退稅款，表示營利事業已將行政救濟繳納之二分之一所得額部分或全部分配予股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配於股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。」僅在重申兩稅合一制下，稽徵機關對營利事業行政救濟案件核定退稅時應遵守之事項，避免因違法退稅形成政府以稅收補貼營利事業之現象甚明（見最高行政法院第二次廢棄判決理由七㈡７⑷）；⒍財政部89年
7 月1 日臺財稅第000000000 號函釋（按本函業經財政部以90年11月30日臺財稅第0000000000號函自91年1 月1 日起不再援引適用）說明欄後段雖載有「至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數）」等語，惟適用該函釋時，仍應以該稽徵機關所為之退稅處分合法為前提。倘稽徵機關核定納稅義務人結算申報而有違法退稅情事，自應本諸職權予以追繳，亦即依職權將該退稅處分為全部或一部之撤銷，並準用民法關於不當得利之規定，請求返還，以符租稅法律主義及租稅之公平等法律上判斷（見最高行政法院第二次廢棄判決理由七㈡７⑸），本院自應據為本件更審判決之基礎。
㈢經查：原告前於90年3 月30日及同年5 月31日接續自行繳納
89年度營利事業所得稅額220,000,000 元與28,460,743元（此總金額248,460,743 元，因經被告認其分配基準日在90年
3 月26日，原告卻將其後所繳之220,000,000 元計入股東可扣抵稅額帳戶餘額分配129,399,753 元，係屬超額分配，而命原告補稅並予以裁罰，原告未依被告處分補繳該稅額，循提起行政爭訟，經復查決定追減3 元為129,399,750 元）。
嗣原告因獲財政部核准自89年度起連續5 年免徵營利事業所得稅，乃於91年1 月31日向被告申請更正89年度營利事業所得稅，經被告憑以核定退稅235,215,368 元，並於91年12月16日送達通知書，已據原告於同年12月18日領訖，惟原告在分配90年度股息同時，業以91年6 月3 日為分配基準日，而將股東可扣抵稅額帳戶餘額103,279,512 元（即至89年度止繳納之稅額部分）分配予股東。而原告申報91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，列報期初餘額144,776,976 元及期末餘額負207,384,336 元，經被告分別核定期初餘額144,776,976 元及期末餘額41,163,244元，因原告於94年7 月
4 日申請更正列報期初餘額170,879,564 元及期末餘額負195,955,304 元，被告乃依其90年度經核定之期末餘額170,879,561 元，核定91年度期初餘額170,879,561 元，減除申請更正89年度營所稅結算申報經調查核定減少之稅額235,215,
368 元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851 元，重行核定期末餘額負183,741,007元，並以91年更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368元，其中包括原告已分配予股東由其申報扣抵或退還稅額部分之183,741,007 元，經被告重行核定其期末餘額為負183,741,007 元，超額分配可扣抵稅額應補稅183,741,007 元，原告不服，循序申請復查及提起訴願均經決定駁回等情，有原告91年5 月23日91年度股東常會議事錄、91年1 月31日更正申請書、退稅主檔選擇畫面、90年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書、原告94年7 月4 日更正申請書、更正前後原告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表、復查決定書、被告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書、更正核定通知書、財政部97年2 月22日臺財訴字第09600453100 號訴願決定書等件影本附卷可稽（分見原處分卷第18至20頁、第21至24頁、第26頁、第42頁、第72至73頁、第66至71頁、第134 至139 頁、第126 至127 頁；本院訴字卷第43至51頁），堪予認定。
㈣原告雖以上開情詞指摘原處分違法云云；惟：
⒈稽徵機關核定退稅處分應以納稅義務人有溢繳應納稅額為
其前提，若其基礎事實係屬錯誤認定者，該處分構成違法，屬於應予撤銷之事由。遵照前揭最高行政法院第二次廢棄判決所示之法律上判斷，自87年1 月1 日所得稅法實施兩稅合一制後，個人股東或社員獲配之股利有無包含可扣抵稅額及其金額之大小，端視營利事業階段納稅之多寡而定，故營利事業實際繳納之87年度或其後年度結算申報應納稅額應分別於繳納日或年度結算日，計入股東可扣抵稅額帳戶，不論營利事業分配予該股東之可扣抵稅額或稽徵機關依所得稅法第100 條規定核定退稅，皆應以該股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限；且僅得就營利事業已抵繳應納稅額部分之稅額於年度結算日計入股東可扣抵稅額帳戶，至結算申報自行繳納稅額、核定補繳稅額及未分配盈餘加徵之稅額，則應於繳納稅款日計入股東可扣抵稅額帳戶。再者，營利事業用以分配股利或盈餘之可扣抵稅額，應於分配日自股東可扣抵稅額帳戶減除；且其經稽徵機關核定減少之應納所得稅額，係屬原繳納稅款之減少，自不得逾股東可扣抵稅額帳戶餘額。準此，若稽徵機關因營利事業建置之股東可扣抵稅額帳戶不正確，而有逾該帳戶之餘額為退稅之核定者，該核定退稅處分所認定之基礎事實即有錯誤，構成違法，若任其存續，不予撤銷，無異於政府違法以稅收補貼營利事業，自非法所容許。至於財政部89年
7 月1 日臺財稅第000000000 號函釋之適用範圍，則應以稽徵機關原為之退稅處分合法為前提，若屬違法者，自應本諸職權予以追繳，亦即依職權將該退稅處分為全部或一部之撤銷，並準用民法關於不當得利之規定，請求返還，方符租稅法律主義及租稅公平原則。
⒉查本件原告以90年3 月26日為股利分配基準日，而於同年
4 月27日實際分配股利帶出股東可扣抵稅額129,399,753元，但將90年3 月30日繳納之稅額220,000,000 元一併計入可分配之股東可扣抵稅額，而分配可扣抵稅額129,350,
000 元，經核定該年度股東可扣抵稅額期末餘額為170,879,561 元，原告於90年12月4 日經財政部核准自89年度起連續5 年內免徵營利事業所得稅，旋於翌年1 月31日申請更正89年度營利事業所得稅，並申請退還已自行繳納之稅款248,547,580 元，復於91年6 月3 日分配90年度盈餘，帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元等情事，已詳如前述，則被告於91年9 月核定原告89年度營利事業所得稅退稅金額235,215,368 元時，原告股東可扣抵帳戶餘額即成為負183,741,007 元，核諸上開說明，被告所為核定退稅處分關於183,741,007 元部分即構成違法，則原告於其股東可扣抵帳戶餘額實際上為0 元時，即無受領183,741,007元之正當權源，被告將此部分之退稅核定處分予以撤銷，並命原告繳還，核與前引所得稅法第100 條之1 第1 項規定之旨趣無違，自屬適法有據。
⒊次查原告於91年1 月31日向被告申請更正89年度營利事業
所得稅，並請求退還已繳納之自繳稅款248,547,580 元時，已知悉其自89年度起連續5 年內免徵營利事業所得稅，卻誤分配89年度自繳之營利事業所得稅可扣抵帳戶餘額予股東，且未正確記錄該帳戶數額，復於91年6 月3 日分配90年度盈餘，而帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元，尚難認其已善盡誠實申報之作為義務，則被告因依據原告所建置不正確之股東可扣抵稅額帳戶資料，致作成上開違法退稅處分，核其情形，原告自具有行政程序法第119 條第
2 款規定信賴不值得保護之情事，被告行使撤銷權亦無違反同法第117 條但書規定可言。
⒋至於原告雖稱被告行使撤銷權已逾2 年之除斥期間云云，
然依稅捐稽徵法第1 條及行政程序第3 條第1 項之規定，關於稅捐之稽徵，應優先適用稅捐稽徵法及相關稅法之規定，須未規定者，始依行政程序法或其他有關法律之規定。而稅捐之核課期間，如納稅義務人未於規定期間內申報，或故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者為7 年，否則，其核課期間為5 年，此稽之稅捐稽徵法第21條之規定可明。是行政程序法係對行政機關之一般行政行為為普通性規範，而稅捐稽徵法則專就稅捐事項之納稅義務人及稽徵程序為特別規定，應優先適用，而無行政程序法第121條第1 項所規定2 年除斥期間適用之餘地（最高行政法院94年度判字第1657號判決意旨參照）。查被告係於91年9月23日作成89年度營利事業所得稅結算申報核定通知書而於91年12月16日送達於原告生效，嗣被告發現有上開部分違法應再追補之情事，而於95年5 月作成原處分予以核課，顯未逾上開稅捐稽徵法第21條規定之5 年或7 年核課期間。況審酌稅務行政實務，稅捐稽徵機關受理營利事業所得稅之結算申報，因數量大宗，事實上無從立即逐件查核其申報資料之虛實，故僅能從形式上暫予核定，俟派查時始為實質查核，故被告辯稱其因於94年5 月及7 月間受理原告申請更正90年度及91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表時，方查悉原核定退稅處分有超過原告股東可扣抵帳戶餘額之情形乙節，要與事理無違，堪予採信，則縱認本件被告撤銷原退稅處分，仍應受行政程序法第121 條第1 項所定2 年除斥期間之限制，被告於94年間查悉原退稅處分有部分違法情形，旋於翌年作成原處分予以追徵，亦未逾法定期間。是原告主張被告於91年9 月23日核定時，即知悉原告當時之股東可扣抵稅額帳戶餘額，其於撤銷權之除斥期間屆滿後，始作成原處分予以撤銷云云，容有誤解，委難採取。
七、綜上所述，本件原告上開主張各節，均非可取。原處分即重核復查決定審認被告原為退稅處分關於183,741,007 元部分構成違法，乃予以撤銷，而對原告發單補徵該應納之稅額，認事用法俱無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。從而，原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
八、本件為判決基礎之事實已臻明確，至兩造其餘陳述及舉證，核判決結論不生影響，爰不逐一論述，附此敘明。
據上論結，原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 8 月 14 日
臺北高等行政法院第七庭
審判長法 官 黃 秋 鴻
法 官 陳 心 弘法 官 蔡 紹 良上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 101 年 8 月 15 日
書記官 林 俞 文