臺北高等行政法院判決
101年度訴字第306號101年7月3日辯論終結原 告 元大金融控股股份有限公司代 表 人 顏慶章（董事長）訴訟代理人 陳志愷 會計師被 告 財政部臺北市國稅局代 表 人 吳自心（局長）住同上訴訟代理人 鄧蓓蒂上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國10
0 年12月26日台財訴字第10000436850 號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
甲、程序事項：本件被告代表人於訴訟繫屬中由陳金鑑變更為吳自心，並已具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許，合先敘明。
乙、實體方面：
壹、事實概要：原告民國92年度採連結稅制，併同其子公司合併辦理營利事業所得稅結算申報及91年度未分配盈餘申報，（一）92年度營利事業所得稅結算申報：（1 ）原告列報投資損失新臺幣（下同）0 元、「第58欄」0 元及課稅所得額虧損1,797,715,942 元，經被告核定為0 元、71,135,021元及虧損254,46
6 元。（2 ）子公司元大商業銀行股份有限公司（原名復華商業銀行股份有限公司，下稱元大銀行公司）列報營業收入8,470,012,040 元、各項耗竭及攤提43,977,241元、職工福利12,903,237元、「第99欄」停徵之證券期貨交易所得834,258,261 元及課稅所得額虧損306,310,170 元，經被告分別核定為7,410,383,779 元、31,817,226元、11,313,794元、負25,149,561元及虧損215,656,504 元。（3 ）子公司元大證券股份有限公司（原名復華證券金融股份有限公司，下稱元大證券公司）列報營業收入總額1,357,470,979,632 元、交際費40,118,614元、各項耗竭及攤提75,199,956元、利息收入43,119,798元、「第58欄」負108,786,108 元、「第99欄」停徵之證券期貨交易所得451,283,722 元及課稅所得額174,973,245 元，經被告分別核定為1,365,383,949,373 元、19,830,372元、16,009,518元、63,617,436元、103,709,
678 元、負211,138,186 元及858,595,429 元。（4 ）子公司元大證券金融股份有限公司（原名復華證券金融股份有限公司，下稱元大證金公司）列報營業收入總額2,294,083,21
7 元、薪資支出208,307,991 元、「第99欄」停徵之證券期貨交易所得850,449,129 元及課稅所得額虧損118,951,710元，經被告分別核定為2,307,988,476 元、203,609,694 元、844,877,415 元及虧損94,186,943元。（5 ）合併結算申報課稅所得額虧損1,901,111,606 元，經核定課稅所得額695,606,267 元，併同其餘調整，應補稅額2,962,890 元。（二）91年度未分配盈餘：（1 ）原告列報項次19「已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額」1,222,294,273 元，經被告核定為0 元。（2 ）合併申報未分配盈餘負2,767,648,
822 元，經被告初查核定為負1,587,013,288 元。原告不服，申請復查結果，准予追認子公司元大銀行公司「第99欄」停徵之證券期貨交易所得13,585,316元及子公司元大證券公司交際費20,288,242元、「第99欄」停徵之證券期貨交易所得7,246,681 元及子公司元大證金公司薪資支出1,258,381元、「第99欄」停徵之證券期貨交易所得3,735,661 元；追減子公司元大證券公司利息收入18,259,009元，併同追減合併結算申報課稅所得額64,373,290元，其餘復查駁回。原告猶表不服，提起訴願，遂向本院提起本件行政訴訟。
貳、本件原告主張：
一、原告營利事業所得稅部分
（一）系爭營業費用及利息支出直接歸屬於投資收益項下之爭議。
1、被告及訴願決定以原告之主要業務為對子公司之管理及投資經主管機關核准之事業，遂認定其營業活動所發生各項損費及利息支出均應直接歸屬於投資收益項下減除，顯係未究明在連結稅制下金控公司與其子公司間於經濟實質為同一個體所致，自有誤解、誤用法令之情節。謹分述如下：
（1）金融控股公司法（下稱金控法）第1 條：「為發揮金融機構綜合經營效益，強化金融跨業經營之合併監理，促進金融市場健全發展，並維護公共利益，特制定本法。」之立法目的，略以金融跨業經營已成世界之潮流，為強化我國金融業競爭力，促進金融組織功能再造，乃制定本法，以發揮金融機構綜合經營效益，強化金融跨業經營之合併監理，促進金融市場健全發展及維護公共利益，以期健全金融市場之穩健發展。
配合此一立法目的，若同一人或同一關係人對一銀行、保險公司或證券商有控制性持股而達一定標準者，依金控法第6 條之規定，即應成立一金融控股公司以統籌管理集團轄下之金融各業，實係國家為健全金融市場之穩健發展，並達維護公共利益之目的，訂定特別法強制人民遵守，人民並無自由選擇之權利，如因此而增加了人民租稅上之負擔，實已破壞國家稅制上之平等，而違反人民在法律地位上應實質平等之「平等原則」。
（2）次按政府為配合金控公司設立之本質，避免因法之規定增加人民租稅之負擔，特以金控法第49條賦與金控公司與其持有90% 以上股權之子公司得選擇於每年度營利事業所得稅結算申報時採用合併申報之「連結稅制」之權利，顯係視金控公司及其持有90% 以上股權之子公司於經濟實質上為同一個體，與公司內部部門無異。此觀諸金融控股公司法暨相關子法涉及法令或實務程序疑義之問答彙編柒、有關租稅規定部分、二、（二）所述「按金融控股公司法第49條得選擇採用連結稅制之規定，係基於上開金融控股公司與各本國子公司，雖屬不同之納稅主體，但經濟上已近似同一主體，故金融控股公司如選擇採用連結稅制，其與持有達已發行股份總數90％之各本國子公司，應全部合併計算申報營利事業所得稅，始符合立法之意旨。」自明。
（3）再按「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3 年（現行為10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」及「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅結算申報者，依規定扣除前5 年（編註︰現行為10年）核定合併營業虧損時，合併申報呈虧損之年度，合併申報各公司之投資收益合計數中，屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得免依財政部66年3 月9 日台財稅第31580 號函（下稱66年3 月函釋）規定，先行抵減各該年度之核定合併營業虧損。」分別為財政部66年3 月及93 年7月5 日台財稅第0000000000號函釋（下稱93年7 月函釋）所規定。準此，一般公司（非金控公司）適用盈虧互抵之規定，於企業獨立以各自申報之概念下，其不計入所得課稅之投資收益應自核定虧損數額減除；而採用連結稅制之金控公司及其持有90％以上股權之子公司，於經濟實質上屬同一個體以合併申報之概念下，其取自上開同一個體子公司之投資收益因與合併營業盈餘屬同一申報主體下之相同所得來源，而具有虛擬性所得之性質，故於適用盈虧互抵時無庸自核定合併營業虧損中減除，益證該虛擬性之所得亦無可直接合理明確歸屬之營業費用及借款利息等各項支出之適用，至為明確。
（4）據此，採用連結稅制之金控公司取得合併申報子公司之投資收益，並無可直接合理明確歸屬之營業費用及借款利息等各項支出適用之情況下，由於金控公司依財政部96年7 月10日台財稅字第09604533440 號函釋（下稱96年7 月函釋）規定，非屬以有價證券買賣為業者，本無財政部部83年2 月8 日台財稅第00000000
0 號函及92年8 月29日台財稅字第0920455298號令釋（以下分稱83年2 月及92年8 月函釋）關於免稅所得及取得不計入所得課稅之投資收益應分攤一般營業發生之費用或利息之問題，則其基於投資而為經營及管理子公司所發生之營業費用及利息支出，性質上與各合併申報之子公司為自身經營及管理目的而發生之營業費用及利息支出無異，本應可由各合併申報之子公司列報於自身課稅所得額項下減除，其結果既與在採用連結稅制之金控公司認列之結果並無不同，自應全數於金控公司之應稅所得減除，始符合司法院釋字第
420 號解釋所闡明之「實質課稅原則」，以及司法院釋字第485 號解釋：「自得斟酌事物本質之差異而為合理之區別對待。」所闡明之「平等原則」意旨。
（5）乃被告及訴願決定未審酌上開金控公司係依法強制成立且與其子公司於經濟實質上屬同一個體，僅以財政部98年8 月5 日台財稅第00000000000 號函（下稱98年8 月函釋）所述金融控股公司與各子公司如有應稅、免稅收入，應個別計算課稅所得額，再予加總計算合併結算申報所得額此一所得計算手段之規定為由，而未究明其已屬同一經濟個體之實質，認系爭營業費用及利息支出應予直接歸屬至投資收益項下列報，自有誤解、誤用法令及適用法令錯誤之情，而屬違法處分，允應撤銷。
2、被告將已於被投資公司階段課稅之投資收益淨額253,347,
477 元，再予減除投資公司所發生系爭營業費用及利息支出182,212,456 元後，而將其淨額71,135,021元，核定於核定通知書第58欄項下，顯有未究明投資收益（即股利收入）係屬應稅所得之法律定性，自非有合，謹分述如次：
（1）按在所得稅法整體建制下，免稅所得係其第一章規定之事項，其免稅條款為所得稅法第4 條之規定，另觀諸78年12月30增訂證券交易所得免稅、86年6 月20日增訂期貨交易所得免稅及90年6 月13日增訂公益信託之受益人免稅，其免稅條款分別為第4 條之1 、第4條之2 及第4 條之3 即明；而應稅所得係第二章（即綜合所得稅）及第三章（即營利事業所得稅）規定之事項。系爭投資收益（即股利淨額）依據所得稅法第42條第1 項之規定，係不計入營利事業所得額課稅之所得項目，其性質等同同法第24條第3 項不計入營利事業所得額課稅之短期票券利息所得。茲因短期票券利息所得屬應稅所得，則在上開二法條並未列於所得稅法第一章之免稅條文中，而係列於第三章之營利事業所得額專章內之情況下，足見在所得稅法體系建制下，依法之體系解釋原則，系爭投資收益係應稅所得，至為明確。
（2）次按為配合兩稅合一制度之實施，政府於86年12月30日修正所得稅法第42條之規定，將投資收益不計入所得課稅比例由80 ％ 修正為100 ％，目的在避免投資收益於被投資公司階段課稅後，若於投資公司階段再予課稅，需就其在投資公司階段所繳納之稅額於個人股東階段設算扣抵之重複作業困擾，是其法律定性係屬應稅所得之性質。因此，投資公司對於上開轉投資收益應無「免稅所得相關成本費用歸由應稅所得負擔，使營利事業有雙重獲益」之問題，自無再予減除相關營業費用及利息支出之需，如此方能維持所得稅法第66條之6 第2 項所定稅額扣抵比率（即公司繳納之營利事業稅與帳載累積未分配盈餘之比例）之應有比例關係。乃被告及訴願決定對原告上開重要攻擊防禦方法並未提出論見，即遽予駁回，於法自難謂有合。
3、另財政部69年3 月27日台財稅第32464 號函釋（下稱69年
3 月函釋）「營利事業發行商業本票，其一次支付票券金融公司之簽證手續費、承銷費、本票成本費（印刷費）及支付保證機構之保證費，得以當年度利息費用列支」之規定，係在規範營利事業「得」將相關發行費用按利息支出之認列方式於當期認列而免予遞延，非在定義兩者之性質異同。又利息支出係使用資金之相對代價，其支出之金額多寡與借款之期間、約定之利率息息相關，且支付之對象為實際貸放資金者；而發行商業本票之承銷手續費、簽證手續費等發行成本，係支付予發行機構或保證機構相關發行之報酬，與商業本票本身借款之期間、利率等均無涉，故無論在性質上或支付之對象均與利息支出迥然不同，不容混淆。乃被告及訴願決定未審上情，猶以「發行商業本票之保證與簽證費用實質上係訴願人為向市場借得資金而需付出之對價，本質與利息並無二致，……原查將列報於其他損失之發行商業本票之保證與簽證費用8,688,729 元，轉列利息支出項下合理歸屬營業收入負擔，尚無不合」為由相駁，顯係對系爭商業本票發行費用與利息支出之法律定性有所誤解所致，自不足採。
（二）剔除投資損失之爭議：被告及訴願決定係以：營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第99條第1 款所稱投資損失「應以實現者為限」，係指投資後被投資公司所發生之損失實現而言，即投資後被投資公司發生虧損，原出資額發生折減者，始足當之。而原告所投資之元大銀行公司之每股價格8.3145元或該公司被投資時每股淨值8.35元，均低於減資時之每股淨值
9.51元，投資後並無發生虧損為由，剔除系爭投資損失1,615,136,280 元。惟上開理由，顯有誤解、誤用法令情節，並非有合。謹分述如下：
1、依「股份有限公司之資本，應分為股份，每股金額應歸一律……公司設立後得發行新股作為受讓他公司股份之對價」及「公司非依股東會決議減少資本，不得銷除其股份；減少資本，應依股東所持股份比例減少之。」、「投資損失：一、投資損失應以實現者為限，其所投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。二、投資損失應有所投資事業之減資或清算證明文件。三、因被投資事業減資而發生投資損失，其須經主管機關核准者，以主管機關核准之日為準，其無需主管機關核准者，以股東會議減資之基準日為準。」及「二、依查核準則第99條第1 款規定，投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。上開投資損失之計算，屬被投資事業虧損而減資者，應以實際投資成本乘以減資比例計算之；屬被投資事業清算者，應以實際投資成本減除清算後實際分配金額計算之。三、營利事業如經查明確有不當藉被投資事業增資、減資或清算等方式認列投資損失，以規避或減少其在中華民國境內之納稅義務之情事者，應就個案情形，依實質課稅原則核認其投資損失。」分別為公司法第156 條及第168 條、查核準則第99條第1 項前3 款及財政部96年6 月29日台財稅第0000000000
0 號函釋（下稱財政部96年6 月函釋）所規定。準此，公司法所稱「減資」既指公司減少登記資本總額時，股東按其持股比例所減少之股份，而被投資公司減資彌補虧損註銷投資公司所持有之股份，對投資公司並不負有返還原出資額之責任，是投資公司之出資額確因不能收回而發生折減之情形，自應認定為投資損失，否則，該股份經註銷而減損之出資額，將發生無人能列報投資損失之舛誤現象。又查核準則第99條前3 款已明定投資損失之認列要件，其中因被投資公司減資彌補虧損而得認列之投資損失，並無應以投資後被投資公司發生之虧損為限之規定，以及計算投資損失之原出資額究應以股票面額或實際成本發生爭議後，財政部發布前揭函釋說明二已明定係指取得被投資公司股權所投入之實際成本，且於說明三闡明營利事業如有藉減資認列投資損失以規避稅負者，仍得依實質課稅原則辦理之防杜條款，足見投資損失之列報範圍，並非以投資後被投資公司所發生之虧損為限，應無疑義。
2、原告之子公司元大銀行公司91年度之營業淨損及累積虧損2,772,489,000 元及1,623,624,000 元，為健全財務結構，故於92年9 月18日經董事會決議減資161,513,628 股以彌補虧損1,615,136,280 元，並以92年12月29日為減資基準日，業經財政部92年11月17日台財融（二）第0000000000號函及證券暨期貨管理委員會於92年12月26日（92）台財證（一）第0000000000號函（復查理由書附件五參照）核准在案。另原告亦已提示會計師減少資本額查核報告書、經濟部核准函暨公司變更登記表（98年4 月9 日復查補充理由書附件二參照）供核，足證元大銀行公司於92年度已依法辦理減資並取得合法之減資證明文件，列報系爭投資損失1,615,136,280 元，於法自屬有據。
3、原告係於91年度依據公司法第156 條第8 項「公司設立後得發行新股作為受讓他公司股份之對價」之規定，以發行普通股873,477,742 股，按1 ：1.387 之換股比率，換入元大銀行公司普通股1,211,513,628 股（873,477,742 股×1.387 ）。則在本件投資損失之計算以取得被投資公司股權所投入之實際成本為準之下，其依轉換基準日前原告資產負債表（98年4 月9 日復查補充理由書附件四參照）所載每股淨值13.846元換算之投資元大銀行公司股份之每股實際成本9.9827元（873,477,742 股×13.846元÷1,211,513,628 股），核計之投資損失為1,612,342,094 元（
9.9827元×161,513,628 股）。另其若依專業機構所出具「股份轉換換股比率合理性之複核意見」設算之元大銀行公司股份之每股價值9.683 元，所核計投資損失為1,563,902,542 元（9.683 元×161,513,628 股）。據此，上開原出資額既已因元大銀行公司減資彌補虧損註銷股份而折減，則在本件未經查明有不當藉被投資公司增資、減資或清算等方式認列投資損失，以規避或減少納稅義務之情況下，原告列報系爭投資損失，自屬適法，應予認定。
4、再者，本件依據金控法，以前述股份轉換方式所建構之金控公司及其子公司（即元大銀行公司股東將其持有之股份轉予原告，以換取原告之增資股份），係配合政府促進金融市場健全發展及維護公共利益之政策，實不存有租稅規避之可能，是元大銀行公司於此情形下減資所彌補之虧損，不問發生在原告為上開股份轉換之投資前或投資後，依據財政部96年6 月函釋之規定，均應准許系爭投資損失之認列，此再證諸本院91年訴字第2640號判決對投資公司因被投資公司減資彌補投資前之虧損而列報投資損失之爭訟項目，於作成訴願決定及原處分均撤銷之判決後，被告經審酌該投資公司並無藉此規避稅負之情形，未予上訴而告確定在案益明。乃被告對此一有利於原告之事項，竟不予置理，執意將查核準則第99條投資損失之規定，限縮在投資後被投資公司所發生之虧損為限，顯增加法所無之要件限制，違反租稅法律主義之意旨，亦背離行政程序法第9條「有利不利事項一律注意」之規定，均難謂適法。
（三）91年度未分配盈餘之爭議：被告及訴願決定以「財政部91年8 月19日台財稅第000000
000 號函釋，……，規範應歸課股東所得稅及股東可扣抵稅額計算方式，與該盈餘分配得否列為未分配盈餘減項，係屬二事。」及「復華證券公司與復華證金公司於91年度股份轉換時，因尚未做年度結算，……必屬90年度以前之未分配盈餘，非屬所得稅法第66條之9 所稱之『當年度盈餘』。」為由，否准原告當年度所分配之現金股利1,222,294,273 元列報為未分配盈餘減項乙節。謹分述如下：
1、依「前項所稱未分配盈餘，係指經稽徵機關核定之課稅所得額，……減除左列各款後之餘額：……三、已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額。」、「金融機構轉換為金融控股公司者，其未分配盈餘於轉換後，雖列為金融控股公司之資本公積，惟其分派不受公司法第241 條第1 項之限制。」及「金融機構依金控法第26條規定以股份轉換方式成立金融控股公司者，該金融控股公司因金融機構股份轉換時所貸記之資本公積，來自金融機構轉換前之未分配盈餘部分，依同法第47條第4 項規定，得分派現金股利，亦得於轉換當年度撥充資本。準此，金融控股公司以上述資本公積分派現金股利或撥充資本，係屬盈餘分配，應依所得稅法相關規定課徵股東之所得稅。同時，金融控股公司應依所得稅法第66條之6 規定，以股利分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘（含上述資本公積中屬於來自金融機構轉換前之87年度或以後年度未分配盈餘部分）帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，計算各股東可獲配之可扣抵稅額，併同盈餘分配。」分別為行為時所得稅法第66條之9 第2 項、金控法第47條第
4 項及財政部91年8 月19日台財稅字第0910454466號函釋（下稱財政部91年8 月函釋）所規定。準此，金融機構依金控法26條規定以股份轉換方式成立金融控股公司者，其「當年度」帳上資本公積如係來自金融機構轉換前之未分配盈餘，其分派現金股利或撥充資本不受公司法第241 條第1 項之限制，而股東自金控公司獲配該項資本公積分派之股利亦應併計於獲配年度之綜合所得額課徵所得稅，故其性質上即與金控公司自「當年度」盈餘分配股利予股東並無二致，按前揭所得稅法第66條之9 第2 項第3 款之規定，自應准予於核計未分配盈餘時認定減除，方屬適法。
2、原告係依金控法26條之規定，於91年2 月4 日由元大證金公司與元大證券公司以股份轉換方式共同新設成立，而轉換股份之淨值超過實收股本之部分，貸記「資本公積」8,689,890,337.8 元，其中屬來自子公司元大證金公司及元大證券公司之未分配盈餘分別為839,353,571 元及781,934,058 元，共計1,621,287,629 元，此部分原告已於98年
4 月9 日復查補充理由書附件六提示相關資料供核。又原告於92年6 月6 日依股東常會決議自上開於91年度產生之資本公積依法分派現金股利1,222,294,273 元，並依前揭財政部91年函釋規定，向被告申報股利分配資料，據以課徵股東所得稅，依法自應准許自91年度未分配盈餘項下減除，當無疑義。
3、原告於上開股份轉換下無論由子公司轉入資本公積之未分配盈餘是否為以前年度之盈餘，均係本（91）年度首次計入原告股東權益之加項，其性質上與原告91年度稅後純益亦屬當年度股東權益加項並能據為分配之本質相同。而原告於92年度因持有子公司股份已滿12個月，故對其上一年度（即91年度）未分配盈餘亦係與子公司合併辦理申報，則原告及子公司以各自之當年度（即91年度）課稅所得額合計數加計不計入所得課稅之投資收益及免稅所得額，減除各自之當年度盈餘分配之股利淨額合計數計算未分配盈餘，符合未分配盈餘加計項目與減除項目之計算規範，以及股東稅負課徵與未分配盈餘稅加徵之一致與衡平。乃被告及訴願決定見未及此，逕以原告所分配現金股利非來自子公司當年度盈餘為由，全數否准原告已由當年度盈餘分配之股利淨額1,222,294,273 元列報為91年度未分配盈餘之減項，明顯違反不當連結禁止之法則，抵觸所得稅法第66條之9第2 項第3 款之立法意旨，均難謂合。
二、元大銀行公司部分
（一）長期債券投資溢價攤銷得自利息收入項下減除之爭議
1、長期債券投資票面利率高於市場利率產生之溢價是否於債券流通期間內攤還列為利息收入之減項，稅法上並無明文規定，自應依財務會計準則公報第34號及第21號之規定處理，謹分述如下：
（1）基於所得稅法及其授權制定之查核準則所未規定之事項，允應回歸商業會計法授權訂頒之商業會計處理準則第2 條所指一般公認會計原則之我國財務會計準則公報等有關法令規定辦理，無庸置疑。
（2）債券投資之金融資產溢價攤銷，應作為利息收入之調整，確有其法令依據。則在稅法對此未另定有不同規範之情況下，元大銀行公司以減除系爭債券溢價攤銷數之方式申報債券投資之利息收入，於法有據，自應認定。
2、被告及訴願決定援引所得稅法第62條、財政部75年7 月16日台財稅第0000000 號函釋（下稱75年7 月函釋）為其處分依據，且認財政部85年10月21日台財稅第000000000 號（下稱85年10月函釋）函釋係規定營利事業或個人持有無息票公債之利息收入認列方式，與財政部75年7 月函釋案情不同，顯有不適用法規及適用不當之情節，所為之處分當然違法。
（1）由於長期投資之債券溢價（折價）數額，係債券票面利率高於（低於）市場利率之預付費用（預收收益）所生，則該法條所稱之「原利率」，在採以票面利率所計算之現價並不會產生溢價及折價之情形下，當指市場利率而言，並非票面利率。因此，本件債券利息既需按照市場利率計算，故其依票面利率所計算之名目利息，自需減除系爭溢價之攤銷數額，否則將發生原屬利息收入之減除項目轉為證券交易之損益項目，背離實質課稅之公平、客觀原則之意旨。
（2）次按「貴行計畫以折價方式發行『零息票債券』，應於到期按面額支付時，以該債券折價發行之金額與面額之價差，作為該債券之利息，並以到期時之持有人為扣繳對象，依各類所得扣繳率標準辦理扣繳。」及「依據財政部81年5 月28日台財稅第000000000 號函規定，無息票公債發售價格與面額之差額為利息，營利事業持有是類債券，應將上開利息於公債償還期間平均分攤計算每日應攤計之利息，並按每日應攤計之利息乘以其於該課稅年度之持有天數，計算該課稅年度應申報之利息收入。」分別為財政部81年5 月28日台財稅第000000000 號函釋（下稱81年5 月函釋）及85年10月函釋所規定。據此以觀，票面利率為零而低於市場利率之零息票債券，其未攤銷折價既須於債券流通期間攤計為當期利息收入之加項，故系爭事物本質相同之債券未攤銷溢價，自應為相同之認定及處理，而得於債券流通期間攤計為當期利息收入之減項，方符合司法院釋字第682 號及688 號解釋理由書：「憲法第7 條保障人民平等權，旨在防止立法者恣意，避免對人民為不合理之差別待遇。法規範是否符合平等權保障之要求，其判斷應取決於該法規範所以為差別待遇之目的是否合憲，其所採取之分類與規範目的之達成之間，是否存有一定程度之關聯性而定。」之意涵。乃訴願決定竟以「至本部85年10月21日台財稅第000000000 號函釋，係就營利事業或個人持有無息票公債之利息收入認列方式，闡釋其中有關營利事業所得稅方面應依本部81年5 月28日台財稅第00000000
0 號函規定辦理，核與本部75年7 月函釋……不同」相駁，而未就其如何認定兩函釋規定之不同論明其與規範目的之達成間所應有一定程度之關聯性之理由，其論證跳躍自有判決理由不備、不適用法規及適用不當之情節，其處分當然違法。
（3）再者，財政部75年7 月函釋僅係規範兩付息日間買賣債券之利息收入及證券交易損益之計算方式，對於長期債券投資於溢、折價發行下之評價及利息收入認列方式，並非屬其規範之對象。乃被告及訴願決定逕援引此不應適用之法令為否准系爭債券溢價攤銷數51,686,806元自利息收入項下調減之依據，亦有適用不應適用法規之違背法令情事。
（二）剔除商譽攤銷之爭議
1、依「公司進行併購而產生之商譽，得於15年內平均攤銷。」、「營業權、商標權、著作權、專利權及各種特許權等，均限以出價取得者為資產。」、「無形資產應以出價取得者為限，其計算攤折之標準如下：……（四）商譽最低為5 年。」分別為企業併購法第35條、所得稅法第60條第
1 項及查核準則第96條第3 款第4 目所明定。據此，基於購買方式取得之無形資產，係屬出價取得之範疇，依上開法令規定，其計提之攤折費用，自應認定。
2、次依訴願決定以「訴願人雖提示勤業會計師事務所之執行協議查核程序報告書，惟除不動產－土地、房屋及設備等科目主張經宏大不動產鑑價公司鑑價外，其餘各項金額，僅做科目調整或補提備抵呆帳及折舊，並未就斗六信合社之各項可辨認資產及承擔之負債逐項依公平市價評估，尚難據以認定系爭商譽之價值。」為由相駁部分，顯有未憑證據認定事實之不法情節。謹析述如下：
（1）按「（一）公司進行合併，採「購買法」者，其產生之商譽，准予核實認列。（二）商譽成本之認定，屬個案事實查核認定問題，請本諸職權辦理。惟可參考『公司申請登記資本額查核辦法』第6 條8 項後段有關『公司因合併認列商譽，應查核其數字計算過程，瞭解存續公司或新設公司因合併而取得之可辨認資產與承擔之負債，是否按公平價值衡量，再將所取得可辨認淨資產之公平價值與收購成本比較，若收購成本超過所取得可辨認淨資產之公平價值，列為商譽』之查核規定。」為財政部95年3 月13日台財稅字第09504509450 號函釋（下稱95年3 月函釋）所規定。準此，營利事業採購買方式取得被併購事業之資產並承擔負債，如能證明其收購成本以及所取得可辨認淨資產公平價值之合理性，其因收購成本超過取得淨資產公平價值所產生之商譽，於法定攤折期間內所計提之攤折費用，依法自可核實認定。又因我國所得稅法相關法令並未明定商譽之計算標準，故依前揭查核準則第
2 條第2 項前段之規定，自應以構成商業會計法之我國財務會計準則第25號公報「企業合併－購買法之會計處理」之相關規定為商譽計算所應依循之依據，無庸置疑。
（2）次按「將所取得可辨認淨資產之公平價值與收購成本比較，若收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值，應將超過部分列為商譽；」為財務會計準則公報第25號第17項所明定。所謂之收購成本，其合理性之最佳證據應為在正常交易下，依具約束力銷售合約之出售價格；若無具約束力銷售合約但有活絡市場，應為該市場價格；若無具約束力銷售合約亦無活絡市場，則為按照可得之最佳資訊之估計金額。而所謂具約束力銷售合約之出售價格，在稅務上之含意，應為非關聯方於正常交易下所協議之交易對價，或關聯方以獨立交易原則所訂定之交易對價。以上經濟行為之從事，既無主觀上透過私法形成自由的濫用以達正常稅負縮減之目的，則在租稅課徵上自應予以尊重。查本案元大銀行公司係為響應政府鼓勵金融機構合併政策，擴大營運規模及提升經營效率與競爭力，於92年7 月28日收購「保證責任雲林縣斗六信用合作社（下稱斗六信合社）之全部營業並概括承受其資產及負債，因其非屬元大銀行公司之關係人，且對於所為之併購交易價格，業已取具元大銀行公司概括承受斗六信合社之契約書、勤業會計師事務所出具之執行協議查核程序報告書、主管機關核准函以及斗六信用合作社委託元大銀行公司代為轉換股金之委託書及元大銀行聯行往來發報明細表，當足可證其收購成本之合理性，堪信為真實。
（3）再按「企業因收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，其公平價值之決定如下：（1 ）金融商品：當金融商品有活絡市場存在時，公平價值以公開報價衡量；若無活絡市場，宜以適當評價方法估計公平價值。（
2 ）應收款項：以減除估計無法收回款項及收款成本後之餘額，按收購當時利率折算之現值。……（5 ）廠房與設備：按收購當時相似產能廠房設備之重置成本，但收購公司之預期使用價值較低者，應按預期使用價值。……（7 ）其他資產：例如土地及折耗性天然資源等，此類資產若有活絡市場存在時，公平價值以公開報價衡量；若無活絡市場，宜以適當評價方法估計公平價值。（8 ）應付帳款與票據、長期負債、及其他應付債務：按收購當時利率折算之現值。……
（10）其他負債及承諾事項：包括不利之租賃契約、合約、承諾事項，以及因收購而發生之部門結束費用等，按收購當時利率折算之現值。」為財務會計準則公報第25號第18項所明定。準此，該公報對於因併購取得可辨認資產及所承擔負債之公平價值如何決定已訂定明確之規範，且對於無活絡市場之各項資產及負債，均准以適當評價方法估計其公平價值，無庸置疑。本件商譽係概括承受斗六信合社全部資產及負債之收購成本超過被收購公司可辨認淨資產之公平價值而來，亦即按合約價款185,478,840 元減除可辨認淨資產之公平價值負106,361,498 元後，其商譽價值為291,840,338 元，則在含土地一項免稅資產之不動產項目業經取具專業機構鑑價報告之情況下，本件並無藉多報商譽以多報費用達到減少課稅所得額之疑慮。況且除不動產鑑價資料外，原告另依被告調查需要提示勤業報告書、斗六信合社截至92年7 月25日資產負債表及損益表、安侯建業會計師事務所對斗六信合社放款及催收款價值評估之工作底稿及元大銀行公司概括承受斗六信合社資產及負債交易之相關帳載紀錄供核在案，足證原告已善盡舉證證明責任及調查協力義務，在被告對此未能提出具體反證證明之情況下，實應予認定。
（4）本件斗六信合社之可辨認資產及負債之公平市價已按前揭財務會計公報第25號第18項之規定予以評價之情形，謹表列並逐項說明如原告附表（本院卷第32至33頁）。由前項表列資料可知，斗六信合社之各項可辨認資產及負債，除現金、銀行存款及定期存單等現金或約當現金資產，其帳面價值即為公平價值外，應收帳款、預付款項、短期墊款、放款及催收款，姑不論前三者金額微小，且均取有專業會計師採必要及適當之程序、方法評估無法收回之款項及收款成本後補提備抵呆帳，其價值衡量自屬公平價值之範疇；長期投資係按專業會計師之簽證報告調整至公平價值；不動產部分（包括固定資產及承受擔保品）業已依據不動產鑑價公司所出具鑑價報告為基準調整至公平市價。
至關於負債部分，存款人存放於斗六信合社之存款性質上係屬貨幣性負債，其公平價值應按存款總金額（即帳面價值）認定之；應付款項、預付款項等按前揭財務會計準則之規定，雖應按收購當時利率折算現值，惟其多為一年內到期之負債且金額並不具重大性，故折現後與帳面價值應屬相當。據此斗六信合社各項可辨認資產及負債已採適當評價方法估計其公平市價，且未與財務會計準則第25號公報第18項關於決定公平價值之規定有不相符情事，足證系爭商譽價值為真實，其攤折費用，自應認定，十分明確。
3、依「企業併購取得之商譽，係因收購成本超過收購取得可辨認淨資產之公平價值而生。商譽價值為所得計算基礎之減項，應由納稅義務人負客觀舉證責任。納稅義務人應舉證證明其主張之收購成本真實、必要、合理，及依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據。」為最高行政法院100 年度12月份第1 次庭長法官聯席會議決議在案。查原告為系爭商譽價值之計算，業已詳細說明收購成本之真實、必要及合理性，亦已就所取得之可辨認淨資產公平價值提出客觀上能達「一般有理性之人均不至於懷疑之確信程度」之證據資料或證明文件，而極盡舉證證明及稽徵調查協力義務之能事，則其收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值之部分，勢必會產生商譽而得分年攤銷費用。然被告及訴願決定未明此理，仍稱原告所提示之資料無法證明系爭商譽存在之事實及合理性，顯與最高行政法院100 年判字第727 號判決所闡「此等資產公平價值之證明介於客觀發現與主觀評價之間，有其證明上之難度，若稅捐機關對此視而不顧，納稅義務人將面臨怎樣證明都被挑剔之困境」之本旨不合，於法自有未洽。
4、元大銀行公司確已依上開財務會計準則公報第25號之規定，就所取得保證責任斗六信用合作社各項可辨認資產及負債逐項評估其公平價值，謹再就其所採用之評估方法說明如下：
（1）資產項目：①現金（帳面價值及公平價值均為55,654,973元）：係
經濟市場之通用貨幣，本身即為公平價值之評量單位，故經外部專家（獨立會計師）執行盤點現金之程序後，評估帳面價值即為其公平價值。
②存放銀行同業（帳面價值及公平價值均為2,081,703,
598 元）：係存放於合作金庫及台灣銀行之存款，其性質等同現金，故經外部專家執行存摺、銀行對帳單餘額及加總之核算及驗證之程序後，評估帳面價值即為其公平價值。
③買入定期存單（帳面價值及公平價值均為15,000,000
元）：係購入其他銀行之定存單，其性質等同現金，故經外部專家執行實際盤點定存單之程序後，評估帳面價值即為其公平價值。
④應收款項（帳面價值及公平價值均為9,907,320 元）
：係應收利息8,007,405 元及其他應收款1,899,915元，其中應收利息部分，經外部專家執行計算及核對「中華民國信用合作社聯合社南區聯合資訊處理中心」（下稱南資中心）之利息提列表等程序；而其他應收款項部分，經執行回收可能性以評估備抵呆帳有無低列之程序後，評估應收款項淨值即為其公平價值。
⑤預付款項（帳面價值及公平價值均為116,189 元）：
係預付之稅款，經外部專家執行核對帳證之程序後，評估帳面金額即為其公平價值。
⑥短期墊款（帳面價值及公平價值均為3,564,548 元）
：係墊付逾期放款戶之訴訟費用，經外部專家執行核對帳證之程序後，評估帳面價值即為其公平價值。
⑦放款及催收款（帳面價值為1,884,147,420 元；公平
價值為1,787,312,109 元）：係貸放予客戶之短、中、長期放款、擔保放款等，原經外部專家（勤業會計師）按放款金額劃分區塊並以隨機抽樣之方式，評估相關放款及催收款可能之損失（抽樣及評估損失之說明請詳96年3 月26日復查申請書附件十一之第5 至7頁及第15至17頁），並增提備抵呆帳139,488,070 元在案。嗣後，元大銀行公司再依據雲林縣政府92年6月19日府機財金字第9223000429號函之要求，委由外部專家（安侯會計師）依據行為時「信用合作社資產評估損失準備提列及逾期放款催收款呆帳處理辦法」（下稱信合社呆帳處理辦法）第3 條及第4 條之規定，評估備抵呆帳之適足性，將上開放款及催收款區分為第1 類：正常授信資產、第2 類：可全數收回之不良授信資產、第3 類：收回有困難之不良授信資產及第4 類：收回無望之不良授信資產，以按所得稅法第49條及信合社呆帳處理辦法第4 條之規定，分別依0.
5 % 、0.5%、50% 及100%之比率提列備抵呆帳以評估放款及催收款之公平價值。而經評估結果，因公平價值高估而應補提列備抵呆帳96,835,311元，故本項資產以減除補提備抵呆帳後之價值，評估為放款及催收款之公平價值。謹再檢附外部專家補提列備抵呆帳之計算說明函及相關計算過程之工作底稿供核。
⑧長期投資（帳面價值為1,354,800 元；公平價值為3,
018,542 元）：係投資未上市上櫃之公司，並無公開市場價格，經外部專家以被投資公司最近一期財務報告之淨值，作為評估公平價值之依據。
⑨固定資產淨額（帳面價值為234,246,071 元；公平價
值為161,952,938 元）：主要係不動產及其他固定資產，其公平價值之評估方式如下：
A、不動產：係委由外部獨立之宏大不動產鑑定顧問股份有限公司（下稱宏大公司）鑑價，宏大公司依其專業針對相關不動產之個別現況條件以及所座落區域之市場條件予以分析後，評估其可能之資產價值，並出具鑑價報告書予元大銀行公司以作為公平價值評估之參考。謹表列相關不動產之帳面淨值、宏大公司鑑價報告之參考價值及元大銀行公司入帳之公平市價如原告附表（本院卷第
143 至144 頁）。據上，可知系爭土地及房屋之公平市價，係以宏大公司鑑價報告之評估價值為參考依據，應屬公允合理。
B、其他固定資產：係資訊設備、運輸設備及其他設備等使用多年之二手設備，市場上無公開價格，經外部專家檢視相關資產之耐用年限均符合財政部頒訂固定資產耐用年限表之規定，並核算帳面累計折舊之正確性後，評估帳面淨值（1,670,59
6 元）即為其公平市價，應屬合理。⑩其他資產- 承受擔保品（帳面價值及公平市價均為15
,442,178元）：係承受消金戶房貸之土地及建物，且其公平市價係以宏大公司鑑價報告之評估價值為參考依據，應屬公允合理。謹就相關土地及建物之公平價值表列如原告附表（本院卷第145頁）。
⑪其他資產- 其他（帳面價值為24,319,228元；公平價
值為20,810,093元）：係遞延費用125,643 元、存出保證金14,667,450元、存出特種基金6,017,000 元以及遞延所得稅資產3,509,135 元。其中遞延費用及存出保證金部分，經外部專家核對帳證相符後，評估帳面價值即為其公平價值；而存出特種基金係提撥至南資中心之特種基金，經外部專家函詢該中心確認金額無誤後，評估帳面價值即為其公平價值；另遞延所得稅資產係因斗六信合社以前年度之虧損及未實現承受擔保品跌價損失所產生，經外部專家考量其未來實現之不確定性後，認定不具未來價值，故評估其公平價值為零。
（2）負債項目：①存款（帳面價值及公平價值均為4,198,439,941 元）
：係存款人存放於斗六信合社之支票存款、活期存款及定期存款等，因屬貨幣性負債，為避免損害存款人應有之權利，故經外部專家執行核對存單、支票及存摺等帳證資料之程序後，評估存款總金額（即帳面價值）即為其公平價值。
②應付款項（帳面價值為46,528,788元；公平價值為46
,258,656 元）：係應付利息、應付費用及其他應付款項等貨幣性負債，多為1 年內到期之負債，折現後之金額與帳面金額相當，故經外部專家執行核對帳證之程序後，調減應付費用多估列之270,132 元，其公平價值為46,258,656元。
③預收款項（帳面價值及公平價值均為2,336,678 元）
：因屬1 年內到期之貨幣性負債，折現後之金額與帳面金額相當，故經外部專家核對帳證之程序後，評估帳面價值即為其公平價值。
④其他負債（帳面價值及公平價值均為13,808,711元）
：係土地增值稅準備及公益金等。其中土地增值稅準備係斗六信合社87年度辦理土地重估所提列之增值稅準備金，經外部專家執行驗算及核對帳證之程序後，評估帳面價值即為其公平價值；而公益金係信合社於有盈餘年度依法提撥作為各種救災準備之公益金，經外部專家執行驗算及核對帳證之程序後，評估帳面價值即為其公平價值。
5、綜上，斗六信合社之可辨認資產及負債，其主要項目之固定資產及其他資產之公平市價，取有外部專家之鑑價報告，而放款及催收款之公平市價，則取有外部專家（會計師）出具評估意見書，乃至於非主要項目之資產及負債，亦有委由外部專家逐項評估其公平市價之事實，且評估方式與上揭財務會計準則公報第25號之規定相符，足證原告對於系爭商譽價值計算，已極盡調查協力之義務，依據最高行政法院100 年12月份第1 次法官聯席會議決議之意旨，自應認定，至為明確。
（三）職工福利超限之爭議
1、公債、短期票券、金融債券、上市（櫃）股票、受益憑證及認購（售）權證等有價證券之投資買賣等既屬商業銀行之法定經營業務範圍，則元大銀行公司以包含上開投資交易收益之營業收入總額計算職工福利之限額，與前揭事業主管法令及查核準則第81條之規定既無不符，應予認定。
2、系爭投資業務為商業銀行之主要營業項目，實為銀行法所明確規定之法定事項，被告實無爭執之餘地。是故，元大銀行公司將系爭投資標的之買賣利得1,111,315,067 元申報於營業收入總額8,470,012,040 元項下，併同計算職工福利限額，確屬法律保留之事項，應予認定。乃被告及訴願決定未審上情，猶以原告非以投資為業，遽認系爭買賣有價證券損益不應計入營業收入以計算系爭職工福利之限額，顯難謂適法。
三、元大證券公司部分
（一）發行認購權證之所得計算爭議
1、系爭認購權證項目之爭議，雖經司法院釋字第693 號解釋並無違憲在案，但行政法院對系爭認購權證仍有審理及不予適用該解釋及財政部86年12月11日台財稅第000000000號及同年7 月31日台財稅第000000000 號函釋（以下分稱86年12月及86年7月函釋）之權能。
（1）「財政部中華民國86年12月11日台財稅第0000000000號函前段謂：『認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入』，意指該發行價款係權利金收入，而非屬證券交易收入，無所得稅法第
4 條之1 之適用，與憲法第19條之租稅法律主義尚無違背。同函中段謂：『認購（售）權證發行人於發行後，因投資人行使權利而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應於履約時認列損益，並依所得稅法第4 條之1 規定辦理。』及財政部86年7 月31日台財稅第000000000 號函稱：『認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者……並依前開所得稅法規定停止課徵所得稅。』與憲法第19條之租稅法律主義並無牴觸，亦不生違反憲法第7 條平等原則之問題」為司法院釋字第693 號解釋闡明在案。準此，上開財政部86年7 月及86年12月函釋，並非在規範避險作業之稅務處理，故非上開解釋之標的，合先敘明。
（2）次按蘇永欽大法官對司法院釋字第693 號解釋所提協同意見書之說明二、從司法權的內部分權看租稅法律主義的審查方法：「租稅法律主義的控制，有其宏觀及微觀的面向。……前者為對行政權的控制，一方面行政部門依法律授權所做補充（法規命令）不得逾越授權範圍，另一方面行政部門基於職權對於法律的解釋（行政規則）也必須符合穩妥的解釋方法。就此部分，在現行法治下不僅本院得依聲請以該行政命令為本案的解釋標的……，行政法院也可以在審判中以其為先決問題為附帶的審查認定，而於確認已逾越法律或違反解釋方法時，在該案件中不予適用，本院和行政法院的審查可說處於競合的狀態，僅效力不同而已。……而行政規則有無違反解釋方法的審查，其性質又屬單純合法性的審查，與有無違反平等原則、比例原則等實質憲法原則的審查不同，本院原則上即應尊重有最終釋法權的終審法院。在終審法院未認定其違反解釋方法的情形，除非可從特殊憲法觀點發現解釋上的瑕疵，不應輕易做相反的認定。」可知釋字第69
3 號解釋對於上開財政部86年7 月及12月函釋是否符合租稅法律主義之審查範圍，僅為單純合法性的審查，而與實質憲法原則的審查不同。因此，在司法院釋字第693 號解釋之後，行政法院對上開財政部86年7月及12月函釋所規定之內容，仍得進行實質上之審理，亦有不予適用之權能，無庸置疑。
2、爭認購權證之發行價款，非屬權利金收入而屬出售有價證券收入之性質。
（1）司法院釋字第693 號解釋對前揭財政部函釋「認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入」之規定，僅為單純合法性的審查，而與實質憲法原則的審查不同，俱如前述。另依黃茂榮、葉百修及陳碧玉三位大法官對釋字第693 號解釋所提不同意見書所闡，略以：認購權證之法律性質為經證券化之選擇權，認購權證之製作人所以將該權證交付他人的原因關係是因為取得約定代價，而負擔該權證所載之選擇權債務關係。則以雙方約定之給付與對待給付所構成的對價關係的內容為基礎，認購權證之製作人第一次就該權證，與他人成立之法律關係，實與民法所定權利買賣的特徵相當，應論為以權利為標的的買賣契約。將交易之選擇權預先證券化的目的，在於創設該選擇權，並將其有體化，以方便其買賣及流通。在所謂認購權證之發行，製作人係取得代價，將該權證交付與其相對人。該交換關係之特徵與權利的買賣關係，相同，而與權利之使用與收益的授權關係，不同。是故，該代價之正確稱呼應當是民法第345 條之價金，而不是權利金收入。
（2）又依所得稅法第8 條第6 款，權利金指「專利權、商標權、著作權、秘密方法及各種特許權利，因在中華民國境內供他人使用所取得」之代價，可知在所得稅法上，權利金從來就沒有用來指稱選擇權之使用代價。因此，系爭認購權證之發行價款非屬權利金收入，而為買賣有價證券之性質。上開見解自足本件對前揭財政部函釋規定內容進行實質審查之參考。
3、系爭認購權證之避險操作，係發行認購權證之法定作為義務，則避險操作從事買賣標的股票之損失，自應與發行認購權證收取之價金相配合，始符合實質課稅及收入與成本費用配合之原則。
（1）按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。稅捐稽徵機關認定課徵租稅之構成要件事實時，應以實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬與享有為依據。」為98年
5 月13日修正增訂稅捐稽徵法第12條之1 為落實86年司法院釋字第420 號解釋公布以降，多號司法院解釋所一再揭櫫實質課稅原則之旨意而賦予法律明文，又「租稅法所重視者，應為足以表徵納稅能力之經濟事實，而非其外觀之法律行為，故在解釋適用稅法時，所應根據者為經濟事實，不僅止於形式上之公平，應就實質上經濟利益之享受者予以課稅，始符實質課稅及公平課稅之原則」復為改制前行政法院81判字第2124號判決所闡明。
（2）次按目的事業主管機關行政院金融監督管理委員會所發布發行人申請發行認購（售）權證處理準則第7 條第6 款規定，發行人無適當之風險管理措施者，主管機關得不予認可其發行資格。準此，系爭認購權證之避險操作既有公權力之監督，且係屬發行認購權證之法定應作為義務，則發行認購權證從事避險操作買賣標的股票之損失，為取得系爭權證買賣價金之必要條件，自有所得稅法第24條第1 項所規定收入應與相關成本費用配合之所得核實計算原則之適用，應甚明確。
（3）再按權證發行時發行人向投資人收取買賣價金，同時負有應投資人履約請求而交付股票之義務，故標的股票之市價漲，發行人損失趨大，反之標的股票之市價跌，損失趨小，故須避險操作之機制，於標的股票漲即買進（減少未來損失），標的股票跌即賣出（無避險需要），此種必要而無主觀意志之操作，目的在避險，並非獲取標的股票之買賣價差，在發行人採「漲買跌賣」之模式下，權證避險操作只會有損失發生，發行人並無負擔所得稅負之能力，實無所得稅法第4條之1 所定證券交易所得免稅其交易損失亦不予認定之適用，亦為明灼。
（4）又權證業務獲取價金之損益結構，當標的股票漲價，避險部位之獲利將歸權證投資人；反之若標的股票跌價，發行人避險部位之虧損則由獲取之價金部分抵掉。因此，在課稅條件上，若完全依據權利金之收入作為課稅依據，而不考慮避險操作之損失，將嚴重扭曲發行人之整體損益，有違實質課稅及收入與成本費用配合原則之本旨。則基於當不同法律規範間產生衝突時，於權衡取捨上應探求其規範目的之「法之目的性解釋」原理，所得稅法第4 條之1 於本件並無適用之餘地，方為公允。
（5）據上，元大證券公司91年度屆履約期之認購權證買賣價金計660,000,000 元，減除避險部位股票出售損失61,961,741元、認購權證買回再出售損失429,723,57
0 元、認購權證發行費用836,858 元及避險部門營業費用58,691,723元後，申報認購權證所得為108,786,
108 元，於法並無不合，自應認定。
4、「憲法第19條規定人民有依法律納稅之義務，固係指人民有依據法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅義務之意，然課人民以繳納租稅之法律於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。」為司法院釋字第385 號解釋所闡明。發行認購權證依法必須從事避險操作，故發行時收取之買賣價金，與發行後從事避險操作所生買賣標的股票之損失，係屬權利義務相關連事項，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用，則系爭避險操作之損失，被告否准列為系爭權證買賣價金之減除項目，違反上開司法院解釋之本旨，已見不合。而財政部86年7 月及86年12月函釋之規定，並非在規範避險作業之稅務處理，被告及訴願決定援引為系爭認購權證之發行價款為應稅收入，而避險操作之損失為免稅損失，以及應稅收入不得減除避險操作之免稅損失之依據，亦有誤解、誤用法令情事，自無足採。
（二）營業收購產生無形資產之攤銷爭議
1、依「公司進行併購而產生之商譽，得於15年內平均攤銷。」、「營業權、商標權、著作權、專利權及各種特許權等，均限以出價取得者為資產。」、「費用及損失，其列支之科目混雜者，應按其性質分別查核。」及「無形資產應以出價取得者為限，其計算攤折之標準如下：（一）營業權為10年。……（四）商譽最低為5 年。」分別為企業併購法第35條、所得稅法第60條第1 項、查核準則第65條及查核準則第96條第3 款第1 目與第4 目所規定。據此，基於營業收購方式取得之無形資產，係屬出價取得供營業上長期使用之資產範疇，因無形資產於會計處理上評價之價值減損於稅務申報上並不能認列，則依上開法令規定，其計提之攤折費用，自應認定，方為公允。縱被告以財政部
100 年8 月12日台財稅字第10004073270 號函（下稱100年8 月函釋）為由，認定元大證券公司所取得之無形資產非屬營業權之範疇，仍應按照前揭查核準則第65條之規定，本諸職權按該攤折費用之經濟實質予以轉正至商譽依法審認，並不得以該費用非屬營業權之範疇即予全數剔除，至為明確。
2、次依綜合證券商基於拓展營業據點增加競爭力之行業特性，採取收購其他證券公司之營業及財產，並於原址設立分公司之作法，於實務上十分常見。元大證券公司於87至92年度間陸續購買15家其他證券公司之營業及財產共計603,783,922 元，並已提示其他無形資產明細表、包括利通證券等15家之營業讓與契約書、內部評估報告、會計師出具之評價報告、案關價金給付之銀行存根、支票存款或收據等資料供核，當足以證明元大證券公司購入系爭營業及財產確有支付相對價款及被收購公司之淨資產價值係屬公平市價之事實，則元大證券公司對於上開營業收購而產生確供營業上長期使用之無形資產，於5 年至15年之期間內，按10年計提攤折費用，而於本（92）年度申報各項耗竭及攤提59,190,438元，自無不合。
3、被告及訴願決定以元大證券公司所提示之資料無法充分表達其公平價值為由，否准系爭營業收購產生無形資產之攤提乙節，顯漏未斟酌系爭營業或財產收購於非關係人交易下具有雙邊談判之實證特徵。茲將理由分述如下：
（1）按企業間之營業收購，因買賣雙方談判原則上是在「雙邊獨占」的架構下完成，而非於自由競爭市場架構下之交易，無法透過供需曲線決定市場客觀均衡價格，故其最終之約定價格取決於併購買方對被併購企業價值之主觀認知與買賣雙方之談判能力。況且收購交易具有「搭售」之性質，買賣雙方不是將企業內之各別資產拆解開來議價，而是所有資產合併成一個標的，作為議價基礎，而併予出售，在此交易模式下，企業內各別資產之買入價格即無法特定並各別計算，而需由買方將購買價格合理分攤至其所收購之營業及財產，此觀諸最高行政法院100 年判字第723 號、727號判決及本院99年訴字第1249號判決之意旨自明。
（2）次依元大證券公司所提示之其他無形資產明細表，歷次收購中所取得者主係為營業收購產生之無形資產，約佔總價款之69% ，固定資產之金額佔31% ，而其收購價格為元大證券公司與其他非屬關係人之各家證券公司於正常交易下所協商議價之結果。在此前提下，出售方既已將出售價款一次列報於收入項下課稅，基於衡平課稅原則，系爭營業收購產生之無形資產於收購方之攤提數，自應准許認定。況且，在本件支付總金額係併同購買不含有免稅土地之固定資產及無形資產之下，元大證券公司所支付之價金不論於兩者之間如何分配，其相對應之折舊費用及攤折費用依法均可認定。故被告縱認原告不能證明無形資產之價值存在而認定為0 元，則本件支付之總價金將全數歸屬購買固定資產之成本，於本件固定資產之耐用年限多短於10年之情況下，上開收購成本自無形資產劃分歸屬至固定資產之結果，反增加其於本年度得減除之費用而降低應課稅之所得額。乃被告及訴願決定未審此情，一味剔除系爭無形資產之攤折費用，任將確屬真實存在之部分系爭收購成本一刀兩斷式地讓其憑空消失，於法自難謂合。
4、元大證券公司取得系爭因收購溢價而產生之無形資產符合查核準則及財務會計準則第25號公報因收購而產生之「商譽」相關規定，依法自得分年攤銷費用。
（1）依「一、財務會計準則公報第25號『企業合併─購買法之會計處理』之適用範圍，包括一公司取得一家或多家公司之控制能力等情況。一公司收購另一公司之事業（business），如符合下述對事業之定義，亦適用第25號公報。二、事業係指一能經營管理之活動及資產組合，其目的係為投資人、業主、成員或參與者賺取報酬，報酬之形式包括股利、較低之成本或其他經濟利益。事業之組成包括有能力提供產出之投入及處理程序。事業通常有產出，惟產出非該組合符合事業定義之必要部分（例如尚處於創業期間之事業）。
組成事業之三要素，定義如下：1.投入……2.處理程序……3.產出……如由市場參與者取得一事業且能繼續提供產出，例如與其原本事業之投入及處理過程整合，則該取得之事業不必包括賣方經營事業之所有投入或處理程序。……取得之活動及資產組合是否為事業，應依據該組合是否能由市場參與者經營及管理來作判斷，而非依據賣方是否將其當作事業經營或買方是否意圖將其當作事業經營來作判斷。」為構成商業會計法等財務會計法規範一部之我國財務會計準則公報之解釋（會計研究發展基金會97年3 月10日基秘字第074 號函）所規定。據此，一公司收購另一公司能經營管理之活動及資產組合之事業（business），包括買方所取得能與自身事業之「投入」及「處理程序」相整合以供繼續經營及管理之用而排除重複之投入及處理程序之事業，亦屬財務會計準則第25號公報之適用範圍。故依據查核準則第96條第3 款第4 目規定，該收購成本仍應適用於所取得各項淨資產價值間分攤後之溢額所生「商譽」之認列攤折處理，其理甚明。
（2）元大證券公司87至92間陸續購買15家其他證券公司之營業及財產共計603,783,922 元，並已提示購入系爭營業及財產確有支付相對價款之事證。由於所取得之資產結構單純，主要為折舊性生財器具並不含負債，且不具重大性，故以帳面價值作為實際成交之公平價值，符合所得稅法第45 條 、第50條及第65條之規定，亦無資產價值低估致商譽金額高估之疑慮，則元大證券公司對於上開營業收購而產生確供營業上長期使用之無形資產（商譽），於不短於5 年之期間內按10年計提攤折費用，而於本年度申報59,190,438元，自無不合。縱被告否定本件被收購公司有系爭商譽之存在，惟在原告收購總金額屬實之下，該總價款自應全數歸屬購買有形資產之對價，以重新核算其應認列之折舊費用，則在財政部頒訂固定資產耐用年數表所規定電子計算機與其週邊設備及工具、器具等生財器具分別為3 年及5 年，皆短於10年之情況下，本件反有少認列費用之情事。乃被告未審上情，所為否准系爭無形資產（商譽）攤銷費用之處分，於法實非有合，自不足採。
（三）證券交易所得－交際費之爭議
1、依「補充核釋『綜合證券商暨票券金融公司』於證券交易所得停止課徵所得稅期間從事有價證券買賣，其營業費用及利息支出之分攤原則。說明二、以有價證券買賣為專業之營利事業，其屬兼含經營證券交易法第15條規定三種證券業務之綜合證券……分攤原則補充核釋如下：（一）綜合證券商：1.營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。」為財政部85年8 月9 日台財稅第000000000 號函釋（下稱財政部85年8 月函釋）所規定。上開函釋係財政部專為「綜合證券商及票券公司」發布之函釋，自屬綜合證券商出售有價證券收入應如何分攤其營業費用（含交際費）之準據。而元大證券公司為綜合證券商，其交際費之歸屬既依上開函釋之規定辦理，自應認定。乃被告認系爭交際費之歸屬分攤，應先核算應稅業務部分交際費可列支之限額後，將全部交際費超過該部分限額悉予歸由免稅業務負擔，其認事用法自有違誤，難謂有合。
2、依最高行政法院100 年判字第280 號判決業已闡明：「所得稅法第37條第1 項規定所謂『業務上直接支付』係在強調必須與經營之業務直接相關，並非在規範款項支付之方式，是交際費之支付方式並不以『交易時現時支付』或『成交時直接支付』為限，尚包括商業習慣上事後請款或以支票付款之情形。又相對於交際費係為建立企業良好公共關係對特定人所支出之費用」等語，可知交際費應與收入無直接關聯而為ㄧ期間費用性質。準此，所得稅法第37條規定之交際費限額之計算，應以營利事業整體為單位，並非由該法條各款分別計算其限額後作為交際費歸屬於應稅及免稅收入之依據，此觀之所得稅法第37條第1 項第1 款規定，其以進貨為目的所計算之限額，雖與應稅收入或免稅收入俱無關連，仍應予認定其所計算之交際費限額益明。乃被告見未及此，認以所得稅法第37條各款所分別計算之限額，係作為歸屬應稅及免稅收入項下負擔之依據，而將本應歸屬於應稅費用之交際費20,361,586元轉列停徵之證券交易所得項下減除，顯與上開最高行政法院所闡述之意旨不合，甚為明確。
四、元大證金公司部分
（一）長期債券投資溢價攤銷得自利息收入減除之爭議本件被告將債券溢價攤銷數13,905,259元調增為營業收入課稅之事項，其起訴理由請詳：前述關於元大銀行公司核定調整事項：長期債券投資溢價攤銷之爭議之相關論述，茲不再贅述。
（二）證券交易所得計算之爭議訴願決定以「本件就單一債券部門營業費用之分攤，核與一般投資公司無異，原處分機關核定其營業費用比照財政部83年2 月8 日台財稅第000000000 號函釋，按『收入比』計算應稅免稅收入應分攤之營業費用之計算方式，符合收入成本配合原則，並無不合。」為由，認定被告將系爭租金支出1,380,000 元及水電管理費96,000元調整至停徵之證券交易所得項下減除之處分並無違誤乙節，實屬未洽。蓋元大證金公司之債券部門人數極少，辦公地點係與管理部門共同使用，故其租金費用及水電管理費用無法直接歸屬於該項業務，殊為合理。茲因元大證金公司並非以買賣有價證券為業，依財政部83年2 月函釋規定本無分攤系爭費用之問題；又債券部門之費用縱有應歸屬至應稅及免稅業務負擔者，當應以實際發生數額為準，不容將預算金額執為分攤之基礎，殆無疑義。乃被告見未及此，竟以債券部門之「預算金額」作為系爭費用分攤之依據，其認事用法均有違誤，實不足採。
（三）退休金費用認列之爭議按「營利事業設置職工退休基金，與該營利事業完全分離，其保管、運用及分配等符合財政部之規定者，報經該管稽徵機關核准，每年度得在不超過當年度已付薪資總額之百分之八限度內，提撥職工退休金，並以費用列支。」及「七、營利事業職工退休金費用認列規定如下：（一）營利事業訂有職工退休辦法者……設置職工退休基金，符合營利事業設置職工退休基金保管運用及分配辦法之規定者，每年得在不超過當年度已付薪資總額百分之八限度內提撥職工退休基金，並以費用列支。」分別為行為時所得稅法第33條第1 項後段及查核準則第71條第7 款所規定。準此，營利事業報經該管稽徵機關核准設置職工退休基金，依法即可在當年度已付薪資總額8%限度內提撥職工退休基金，並列報於薪資費用項下，且其限額之計算係以全公司為單位，並無應按一般員工及經理人個別薪資總額分別計算其限額之適用，此觀諸營利事業所得稅申報書第7 頁之限額計算表之表達方式自明。乃被告雖於復查決定追認系爭薪資支出1,258,381 元，惟仍認一般員工及經理人之退休金提撥限額應分別計算，就其已付薪資總額133,251,57
0 元及37,819,789元，分別計算限額為10,660,126元及3,025,583 元，遂核定經理人之職工退休基金提撥數8,910,
818 元超限5,885,235 元（8,910,818 元－3,025,583 元），減除原申報全公司超限數2,445,319 元，仍有3,439,
916 元未予追認，顯有增加法所無之限制及限縮法律適用之違背租稅法律主義之情事，自不待言等情。並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分（含復查決定）不利原告部分。
參、被告則以：
一、原告92年度營利事業所得稅
（一）「第58欄」（不計入所得之投資收益應分攤營業費用及利息支出）
1、「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為行為時所得稅法第24條第1 項所明定。準此，營利事業之所得無論係應稅所得或免稅所得，皆須依收入與成本費用配合原則計算之；倘將免稅所得之相關成本費用，歸於其他應稅收入項下減除，即有違上揭所得稅法規定及配合原則。
2、行為時所得稅法第42條規定所謂「不計入所得額課稅」，係指所得或收入不必依所得稅法第24條第1 項規定列入收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額課稅，並未排除股利淨額亦應為利息支出及營業費用之分攤，即收入與成本費用配合原則於所得稅法第42條亦有適用。所得稅法第4 條之1 規定停止課徵所得稅之證券交易所得及同法第42條第1 項規定不計入所得額課稅之投資收益，其所得態樣雖有不同，惟均屬所得稅法明定免徵所得稅之所得，是故非以有價證券買賣為專業之營利事業，如有依所得稅法規定停止課徵所得稅之證券交易所得或不計入所得額課稅之投資收益等免稅所得者，除可直接歸屬之費用、利息，應自有價證券出售收入或投資收益項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用、利息，首揭財政部83年2 月及92年8 月函釋甚明。
3、本件原告係經經濟部核准登記之金融控股公司，其主要業務為對被投資公司之管理及投資經主管機關核准之事業，有原告92年度營利事業所得稅結算申報查核簽證報告書附被告審查報告卷可稽。是原告既為對被投資公司之管理及投資經主管機關核准之事業支出各項損費，以獲取被投資事業所分配之投資收益，且該投資收益依所得稅法第42條第1 項規定係不計入所得額課稅之免稅收入，則其為營業活動所支出之各項損費，誠難謂非屬可直接合理歸屬於其投資及被投資事業管理之支出。況依原告申報資料分析，長期投資收益等經營金融控股公司法第36條業務收入占營業收入比例達100 ﹪，且長短期等投資亦占全部資產比率
98.02 ﹪，依所得稅法第24條規定及收入與成本費用配合原則，申報損費歸屬於投資收益應為合理；又長短期等投資金額占實收資本額比率為137.45﹪，占長短期借款比率為764.52﹪，顯可推定其借款資金全部挹注於投資資金，又原告並未舉證有經營金控法第36條以外業務，故被告將系爭營業費用及利息支出認屬可直接合理明確歸屬於投資及對被投資事業管理之各項支出為核定「第58欄」金額，並無不妥，且原告亦未就相關損費性質說明其直接合理明確歸屬之依據基礎，參行政法院36年度判字第16號判例，原告之主張自無足採。
4、原告主張金融控股公司採連結稅制，依財政部93年7 月函釋意旨，其自子公司獲配之投資收益毋須分攤相關之成本、費用及損失乙節，按財政部92年2 月2 日台財稅字第0910458039號函（下稱92年2 月函釋）頒之「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則」規定，係就合併辦理結算申報者，依規定扣除前5 年度核定合併營業盈虧之計算方式，尚非認定連結稅制下母公司之投資收益與一般投資公司獲取之投資收益性質不同，併予說明。
5、原告主張金融控股公司採連結稅制，其自子公司獲配之投資收益毋須分攤相關之成本、費用及損失，及應歸屬子公司列報減除等節，參依財政部98年8 月函釋：「連結稅制應以個別公司按所得稅法第24條及相關規定計算之課稅所得額為連結基礎，公司間之交易損益或投資損益仍以個別公司為主體分別計算，不予消除。是金融控股公司與各子公司如有應稅、免稅收入，應依上開規定計算個別公司之課稅所得額，再予加總計算合併結算申報所得額。」意旨，所訴洵無足採。
6、發行商業本票之保證與簽證費用實質上係原告為向市場借得資金而需付出之對價，本質與利息支出並無二致，且為原告為確保公司業務健全經營所發生之費用，依據財政部69年3 月函釋：「營利事業發行商業本票，其一次支付票券金融公司之簽證手續費、承銷費、本票成本費（印刷費）及支付保證機構之保證費，得以當年度利息費用列支」意旨，被告將列報於其他損失中之發行商業本票之保證與簽證費用8,688,729 元，轉列利息支出項下合理歸屬營業收入負擔，尚無不合，應予維持。相似案件有本院96年度訴字第2283號判決可資參照。
（二）投資損失
1、原告92年度營利事業所得稅結算申報，列報營業成本1,615,136,280 元及投資損失0 元。被告以前開營業成本係原告轉投資公司- 復華銀行減資彌補虧損數，轉列投資損失科目，又因其減資時較投資時之每股淨值並未減少，不予認定，核定營業成本及投資損失均為0 元。
2、查核準則第99條第1 款所稱投資損失「應以實現者為限」，係指投資後被投資公司所發生之損失實現而言，即投資後被投資公司發生虧損，原出資額發生折減者，始足當之，若為投資前被投資公司已發生之損失，並非投資者投資後實際參與經營所發生之損失，即非屬前揭查核準則所謂之投資損失，此有最高行政法院91年度判字第2035號判決、89年度判字第1105號判決，可資參照。
3、本件原告於91年度採股份轉換方式，發行新股873,477,74
2 股換入亞太商業銀行股份有限公司股票1,211,513,628股，其成為原告100%持有之子公司（合併後改名復華銀行），嗣於92年復華銀行辦理減資161,513,628 股，按每股面額10元，列報減資損失1,615,136,280 元。惟依勤業會計師事務所王小蕙會計師出具雙方公司之「股份轉換換股比率合理性之複合意見」設算復華銀行每股淨值為7.4483元（已綜合考量各項條件），小於減資時每股淨值9.51元，又依原告提供復華銀行股東權益變動表及虧損撥補表載，復華銀行91年度營業淨損為2,772,488,676 元，帳上累積虧損為1,623,624,125 元，即原告投資當時發生虧損，按原告91年度會計師簽證報告載明原告於91年溢價發行新股10,073,080,568元取得復華銀行1,211,513,628 股，其每股成本8.3145元（10,073,080,568元÷1,211,513,628股）與復華銀行91年底每股淨值8.35元（10,111,231,724元÷1,211,513,628 股）相當，亦均小於92年減資時每股淨值9.51元（11,527,444,215元÷1,211,513,628 股），即原告投資後，亦無發生經營虧損待彌補情事。綜上，本件損失既非原告投資後實際參與經營所發生，被告依據首揭規定及實質課稅原則，核定系爭投資損失0 元，並無不合，應予維持。
二、92年度營利事業所得稅－子公司元大銀行公司
（一）營業收入總額
1、稅務會計與財務會計之計算依據與基礎原即有異，雖查核準則第2 條第2 項前段規定：「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。」但關於租稅之課徵，則應以租稅法之有關規定為準據，此觀查核準則第2 條第1項規定：「營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。」及第2 項前段規定：「至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。」自明。即財稅會計差異於辦理結算申報時，應依稅法規定於申報內自行調整（及帳外調整申報），有最高行政法院99年度判字第495 號、98年度判字第715 號判決可資參照，合先敘明。
2、營利事業為債券之投資，該債券於評價上係屬營利事業之資產，至營利事業因長期投資而購入債券者，關於該債券之成本，參諸所得稅法第62條規定，自係指債券之原始取得成本，故不論營利事業就該債券是高於或低於票面價格取得，均不影響其原始取得成本金額之認定。所稱利息收入，則係指依債券面值按票面利率所計算者，至債券溢、折價部分，則列為收回年度之損益。又債券因屬證券交易法所稱有價證券，是其買賣有所得稅法第4 條之1 停徵證券交易所得稅規定之適用，故營利事業為債券之買賣，若賣出時（含持有至到期日）之價格低於原始取得成本者，固有損失，惟因其屬證券交易損失，自不得於當年度營利事業所得稅結算申報時予以列報減除；若尚未賣出，則營利事業因該債券投資之損益尚未實現，亦不得於持有期間之年度營利事業所得稅結算中列報。另財務會計準則公報第21號第26條及第26號第22條雖有關於長期投資之公司債，應按溢、折價攤銷作為利息收入之調整；惟此乃基於財務會計之穩健原則，為允當表達營利事業財務情形所為之規範。而稅務會計與財務會計因規範依據及目的有所不同，本即會有所差異，關於債券之溢、折價，前開所述乃基於其為資產之本質，依相關法律規定所為之當然解釋，是於稅法並無明文其溢、折價得為攤銷之情況下，營利事業之財務報表雖依財務會計準則公報規定為攤銷，然於營利事業所得稅結算申報時，此即屬應依查核準則第2 條第2項規定為調整之事項，併予敘明。
3、又所得稅法第62條所稱「長期投資」，除債券外，尚包括存款及放款，至「原利率」，就債券而言則為「票面利率」，應按票面利率計算申報每期利息收入，否則債券利息將因市場利率經常性變動而難以計算，故債券利息收入所指之利率，係「票面利率」而非原告所稱「市場利率」。由於買賣債券之交易所得停止課徵所得稅，若債券持有期間所獲得之「利息所得」與債券處分時之「證券交易所得」未明確劃分，將造成課稅計算上之爭議。因此，投資人溢價購入債券，其溢價部分為購入債券之成本，不應於債券持有期間每年自利息收入減除。如准予減除即發生原屬免稅證券交易損益項目之成本轉換於每年之應稅利息收入項下減除之情事，不符所得稅法第4 條之1 及第62條第2項之規定，有違租稅法律主義。另財政部75年7 月函釋，更具體闡明債券買賣區分成利息收入及債券交易損益，利息收入係按債券持有期間，依債券之面值及利率計算，至債券交易損益係依售價減除其購進該債券之價格，如為兩付息日間購入債券並於取息前出售者，則以售價減除其購進該債券之價格及依上述計算之利息收入後之餘額，視為其證券交易損益，並債權於到期收回時，其超過現價之利息部分，列為收回年度之收益。長期投資之存款、債券等其損益計算時點，係在債券收回或出售時，在本件有溢價購入之情形，因溢價為債券購進價格之一部分，屬債券成本，則營利事業即應按債券之面值及票面利率計算利息收入，並以原始價作為出售債券之成本，亦即債券持有期間並不認列溢、折價攤銷，應將購進成本與面值之差額於出售時認列為證券交易損益，而不調整持有期間之利息收入，有最高行政法院101 年判字第145 號判決、99年度判字第49 5、118 號判決、98年度判字第715 、490 、363 、
115 號判決可資參照。
4、至財政部85年10月函釋，係就營利事業或個人持有無息票公債之利息收入認列方式，闡釋其中有關營利事業所得稅方面應依財政部81年5 月函釋規定辦理，核與財政部75年
7 月函釋規定「營利事業，可由該事業按債券持有期間，依債券之面值及利率計算『利息收入』」不同，自不可混為一談，有最高行政法院99年度判字第495 、118 號判決、98年度判字第490 號判決可資參照。綜上，被告原核定並無不合，應予維持。
（二）各項耗竭及攤提
1、營利事業之會計事項，除依所得稅法等相關法令規定應於申報時予以帳外調整外，本應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，有關無形資產應註明評價基礎，行為時商業會計處理準則第19條第4 項即有明文規定，至於商譽價值之衡量，依行為時財務會計準則公報第25號企業合併─購買法之會計處理第17段規定，收購公司應將收購成本分攤至取得之資產與承擔之負債，該收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，應按收購日之公平價值衡量，所謂「公平價值」係以「收購日」為基準，依據獨立專家之估價報告，或參考資產於收購價格分攤期間出售之價格，逐項分別予以衡量，而其公平價值之決定，則依該公報第18段之規定就各資產負債項目逐一評估公平價值，將所取得可辨認淨資產公平價值與收購成本比較，收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值部分方為商譽，合先敘明。
2、依首揭財政部95年3 月函釋意旨，公司進行合併，採「購買法」者，其產生之商譽，准予核實認列。其次，有關營利事業商譽之認列及攤銷，查核準則第96條第3 款亦明定應以出價取得者為限，至商譽之出價取得金額，基於查核準則第2 條第2 項規定，應依財務會計準則公報第25號「企業合併- 購買法之會計處理」（第17段）所定，按併購成本超過所取得被併購公司可辨認淨資產公平價值部分計算；取得可辨認淨資產之公平價值中，各項可辨認資產、負債之公平價值則依循該公報（第18段）之規範衡量決定。又依財務會計準則公報第25號企業合併－購買法之會計處理第17段規定，收購公司應將收購成本分攤至取得之資產與承擔之負債，首先，收購成本應依該公報第6 段至第
9 段規定決定總金額，其次，應將該收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，按收購日之公平價值衡量入帳，而其公平價值之決定則依該公報第18段之規定就各資產負債項目逐一評估公平價值，最後，再將所取得可辨認淨資產公平價值與收購成本比較，收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值部分方得認列為商譽，此亦有相同之規定。另依會計研究發展基金會97年3 月10日（97）基秘字第074號解釋，符合一定條件，概括承受（收購）公司或其事業亦適用上開第25號公報，即採概括承受（收購）另一公司或其事業，符合該號解釋之要件，關於商譽之認列仍須依照上開規定辦理。
3、「企業併購取得之商譽，係因收購成本超過收購取得可辨認淨資產之公平價值而生。商譽價值為所得計算基礎之減項，應由納稅義務人負客觀舉證責任。納稅義月人應舉證證明其主張之收購成本真實、必要、合理，及依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據。」有最高行政法院100 年度12月份第1 次庭長法官聯席會議決議可資參照。按稅務訴訟之舉證責任分配理論與一般行政訴訟相同，即主張權利或權限之人，應就權利發生事實負舉證責任；又稅捐稽徵機關並未直接參與當事人間私經濟活動，其能掌握之資料自不若當事人，是稅捐稽徵機關如已提出相當事證，客觀上已足能證明當事人之經濟活動，即難謂未盡舉證責任。再者，屬稅捐債權減縮或消滅之性質，主張權利之當事人，就其疑義應就權利發生事實負舉證責任，若其要件事實不明，則應終極負擔「事證不明」之不利益。換言之，如經被告職權調查後，當事人是否有此筆減項存在及其多寡仍處於真偽不明之情況時，稅捐稽徵機關自具有決定是否接受或認定多少額度將之列為減項之認定權限。
4、本件元大銀行公司於92年3 月27日與斗六信合社簽訂概括承受讓與契約書，原告雖提示勤業會計師事務所之執行協議查核程序報告書，惟除不動產─土地、房屋及設備等科目，主張經宏大公司鑑價外，其餘各項金額，僅做科目調整或補提備抵呆帳及折舊，並未就斗六信合社之各項可辨認資產及承擔之負債逐項依公平市價評估，尚難據以認定系爭商譽之價值，又依勤業會計師事務所函原告有關執行協議程序查核結果說明一、「……由於本會計師並未完全按照一般公認審計準則查核，因是本會計師僅就協議程序執行結果提出說明，並未就斗六信合社整體之財務報表是否允當表達提供任何程度之保證。」，尚難謂其已依首揭財政部函釋規定，將所取得之淨資產公平市價與收購成本比較，以證明其商譽存在，原告復未提示斗六信用合作社具有賺取超額利潤之能力評估，以證明其列報商譽存在之事實及合理性，是被告否准系爭概括承受斗六信用合作社取得商譽分年攤銷部分，核定各項耗竭及攤提31,817,226元，揆諸首揭規定，並無不合，應予維持。類似案例，有最高行政法院101 年度判字第282 號判決、100 年度判字第1403號判決、99年度1355及1139號判決可資參照。
（三）職工福利
1、營利事業出售有價證券之交易所得納入免稅範圍，雖有其特殊意義，惟宜正確計算「免稅所得」之範圍。否則，設若免稅項目之相關成本費用歸由應稅項目吸收，營利事業將雙重獲益，不僅有失立法原意，並造成侵蝕稅源及課稅不公平現象。
2、所得稅法第37條規定交際費之列支係以與業務直接有關者為限，且查核準則第81條規定職工福利之列支係以營業收入為基礎，而本件元大銀行公司92年度列報營業收入8,470,012,040 元（包含利息收入6,294,577,843 元＋手續費收入974,972,221 元＋買賣證券利益1,111,315,067 元＋其他收入89,146,909元），業經被告以其非以投資為專業，買賣有價證券損益1,111,315,067 元不應計入營業收入，併同以債券利息收入不應扣除債券溢價攤銷數51,686,806元，核定營業收入7,410,383,779 元。又原告對買賣有價證券損益自營業收入項下調減，並不爭執，則被告以其非屬以有價證券買賣為專業而於計算應稅業務職工福利可列支限額時，將非屬應稅收入性質之處分公債及公司債等債券投資利益與處分股票及受益憑證利益部分排除，自無不合，應予維持。
三、92年度營利事業所得稅－子公司元大證券公司
（一）營業收入總額及「第58欄」認購權證利益
1、按100 年12月9 日公布司法院釋字第693 號解釋，業已指明財政部86年7 月及86年12月函釋有關認購（售）權證發行價款非屬證券交易收入，並無所得稅法第4 條之1 之適用，而履約或避險交易損失不得自應稅所得減除之認定，與租稅法律主義及平等原則並無牴觸在案，合先敘明。
2、認購權證係屬衍生性金融商品之一種，係證券商與客戶約定，針對標的股票，當客戶付出一定數額後，證券商向該客戶承諾，在一定期間經過後，客戶可以特定價格向證券商買入一定數量之標的股票。因此，證券商發行認購權證時，係與第一次購買認購權證者訂立一個契約，而於訂約時自投資人處取得購買之對價，依財政部86年12月函釋，係屬應稅之權利金收入，此係認購權證之「形成」收入，與認購權證形成之後，於市場上買賣之「證券交易」，自屬有別。
3、又所得稅法第4 條之1 所稱之證券交易，倘符合證券交易之形式外觀即屬之，並不問買賣雙方對該證券交易之動機及內在主觀意思為何，否則自有違證券交易之安定性及國家稅收之一致性，況原告所為之避險交易表面觀之似有虧損，惟迄履約期間屆至亦非必然為虧損，且為避險交易亦為防止發行該認購權證者之證券商之經營風險，非全然對證券商為不利。又所得稅法第4 條之1 已明文規定證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中扣除，如獨對權證發行者特別待遇，即有違反平等原則。故不論是認購權證或標的股票之交易，縱使係為避險，均符合行為時形式上或實質上「有價證券交易」之定義，自有所得稅法第4 條之1 之適用，而不得將相關交易損失自應稅項下認列。
4、證券商發行認購權證，主管機關固規定證券商應進行避險交易，且該避險交易之特性，在於股價上漲時買進標的股票以履行權證持有人履約要求、股價下跌時賣出標的股票以防權證持有人棄權時發生巨額跌價損失。惟依上開事實可知，證券商對標的股票漲即買、跌即賣之避險交易行為，為其履約之準備，而其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用。綜上，依首揭規定，被告核定營業收入總額1,365,383,949,373 元及「第58欄」103,709,678 元並無不合，應予維持。
（二）各項耗竭及攤提
1、依關於營業權之攤提，所得稅法第60條之立法理由明白揭示：「明定『無形資產』之估價方法，以資劃一明確。」可知係針對營利事業無形資產之「估價方法」所為之規定，而同條第3 項第3 款規定：「商標權、專利權及其他各種特許權等，可依其取得後法定享有之年數為計算攤折之標準。」因此，所得稅法第60條第1 項所規定之商標權、著作權、專利權及各種特許權，係有法律規定為準據之無形資產，均屬法律所定之權利，則所得稅法第60條規定之營業權，係應以法律（如民營公用事業監督條例、電業法第33條授權訂定之電業登記規則）規定之營業權為範圍，為財政部100 年8 月函釋所規定。現行法律（規）中明定營業權者，為民營公用事業監督條例及電業登記規則（母法為電業法），其規範之事業包括電力、市內電話、自來水、公共汽車、船舶及航空運輸等，且訂有營業期限及政府備價收歸公營規定，及移轉予政府營業時政府負有負擔義務之特性，此乃該等法律所賦予營業權之內涵。因此，所得稅法第60條規定之營業權，並非指一般營業之行為所衍生之商業價值，而係應以法律（如民營公用事業監督條例、電業法第33條授權訂定之電業登記規則）規定之營業權為範圍，合先敘明。
2、依財務會計準則公報第37號（無形資產之會計處理準則）第2 段、第9 段、第11段、第12段及第15段規定「2.（1）本公報無形資產之定義：具有可辯認性、可被企業控制及具有未來經濟效益。……9.前段（第8 段客戶名單及市場占有率等）所述之無形項目並非均符合本公報之無形資產定義，……11. 可辨認性係指符合下列條件之一：（1）無形資產係可分攤，亦即無形資產可與企業分離並個別或隨相關合約、資產或負債出售、移轉、授權、租賃或交換。（2 ）無形資產係由合約或其他法定權利所產生，而不論該等權利是否可移轉或是否可與企業或其他權利義務分離。12、企業有能力取得標的資源所流入之未來經濟效益，且能控制他人使用該效益時，則企業控制該資產。企業控制無形資產所產生未來經濟效益之能力，通常源自於法律授與之權利，若無法定權利，企業較難證明能控制該項資產，……15、企業可能擁有顧客族群或市場佔有率並致力於建立顧客關係及顧客忠誠度，預期顧客將持續與企業進行交易。但缺乏法定權利之保護或其他控制方式，企業通常無法充分控制顧客關係與顧客忠誠度等項目所產生之預期經濟效益，致使該等項目（例如顧客族群、市場占有率、顧客關係、顧客忠誠度）不符合無形資產定義。」即無形資產之定義須符合：具有可辨認性、被企業控制及具有未來經濟效益。本件讓受契約約定由利通證券、宜豐證券、南投證券、友利證券、高統證券、國裕證券、大鑫證券、萬泰證券、鼎台證券、大富證券、大統證券、大裕證券、中農證券、西螺證券、世界證券等15家公司將「固定資產設備及營業權益」轉讓予原告（大鑫證券、鼎台證券、大富證券及西螺證券含不動產轉讓），因並未有特許權存在，形式上即不屬於所得稅法第60條無形資產之範圍，且營利事業通常無法充分控制其團隊所產生之未來經濟效益，其客觀上之經濟價值及可使營利事業獲得之經濟效益實難以認定，更無法定可享有之年數可為估計攤折之標準。原告雖補提供利通證券等15家公司之營業讓與契約，惟僅提示友利證券、高統證券、萬泰證券、世界證券、元益證券等5 家公司之付款資料及第一聯合會計師事務所之「利通證券股份有限公司評價報告」、「元益證券股份有限公司評價報告」、「大府城證券股份有限公司評價報告」及國立政治大學副教授吳啟銘博士之「世界證券評價報告」與未註明出處之「友利證券評估分析報告」、「高統證券評估報告」、「萬泰證券台北分公司評估報告」、「中農證券評估報告」，其餘均未提示。按會計上所謂之資產，係指一企業透過交易或非交易事項所獲得之經濟資源，能以貨幣衡量，並預期未來能提供經濟效益，依元大證券公司與利通證券等15家公司間營業讓與契約所載，利通證券等15家公司對其從業人員負有資遣義務（服務人員為創造收入之要素），自已無法控制利通證券等15家公司原擁有之專業技能團隊所產生之未來經濟效益，縱有經濟效益，亦為原告本身組織所創造，原告提示評（估）價報告亦無法合理舉證證明利通證券等15家公司之「客戶名單」、「顧客或供應商關係、顧客忠誠度、市場占有率及行銷權」受法定權利之保護或其他控制方式及所產生之預期經濟效益，即指原告無從自利通證券等15家公司之行為直接取得無實體形式之非貨幣性資產，未能舉証證明其取得之資源具有可辨認性、可被企業控制、具有未來經濟效益之特性，與前述財務會計準則公報第37條所稱之無形資產定義有間。是以既無法評估受讓產生之經濟效益及產生經濟效益期限，即該營業權益無分攤之依據，自無法列報各項耗竭及攤提。
3、又商譽與營業權各有認列要件，攤銷年數不同，原告既主張原所列報系爭各項耗竭及攤提之本質為營業權，被告依原告申報查核，同一金額自非屬商譽。況營利事業之會計事項，除依所得稅法等相關法令規定應於申報時予以帳外調整外，本應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，有關無形資產應註明評價基礎，行為時商業會計處理準則第19條第4 項即有明文規定，至於商譽價值之衡量，依行為時財務會計準則公報第25號企業合併─購買法之會計處理第17段規定，收購公司應將收購成本分攤至取得之資產與承擔之負債，該收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，應按收購日之公平價值衡量，所謂「公平價值」係以「收購日」為基準，依據獨立專家之估價報告，或參考資產於收購價格分攤期間出售之價格，逐項分別予以衡量，而其公平價值之決定則依該公報第18段之規定就各資產負債項目逐一評估公平價值，將所取得可辨認淨資產公平價值與收購成本比較，收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值部分方為商譽。依據一般公認會計原則，亦僅購入之商譽可以認列，自行發展之商譽不能認列。系爭收購交易若為原告與利通證券等15家公司進行合併之行為，自應依規定提供公平價值衡量之專業鑑價資料以為入帳證明，惟原告並未提供專業鑑價資料供被告查核審酌，主張依法攤提委無可採。
4、本件原告就訟爭之營業權，應負擔協力義務，並有客觀之舉證責任，而原告既未能舉證證明自利通證券等15家公司取得之無形資產（營業權）資源具有可辨認性、可被企業控制、具有未來經濟效益三項特性，又無法針對利通證券等15家公司產生之經濟效益及產生經濟效益期限等，依法合理評估，被告以訟爭營業權無分攤之依據，無法列報各項耗竭及攤提，核無違誤。
（三）交際費及「第99欄」停徵之證券期貨交易所得
1、按「以買賣有價證券為專業之營利事業，因業務需要支付之交際費，其全年支付總額，以不超過左列標準為限：（一）買賣有價證券，依所得稅法第37條第1 項第1款 及第
2 款規定辦理。（二）因有價證券所取得之股息、紅利及利息（包括短期票券之利息收入）等投資收益，准併入營業收入總額，依所得稅法第37條第1 項第4款 規定辦理，但投資收益80% （現行法係全額免計）免計入所得額部分，因實質免稅，則不應併計。」、「主旨：補充核釋「綜合證券商暨票券金融公司」……（一）綜合證券商：1 、營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。」為財政部83年11月23日台財稅第000000000 號函（下稱83年11月函釋）及85年8 月函釋所明釋。
2、本件原告92年度採連結稅制，併同子公司元大證券公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證券公司92年度列報交際費40,118,614元及「第99欄」停徵之證券期貨交易所得451,283,722 元，被告以其應稅業務交際費可列支限額為19,228,283元（應稅收入3,183,713,984 元×0.6 ﹪＋126,000 元），而經紀及承銷部門自行列報交際費計39,516,525元，超限20,288,242元（39,516,525元－19,228,283元），自交際費科目項下剔除，核定交際費19,830,
372 元；並依會計師提示之部門別費用分攤表計算，核定「第99欄」停徵之證券期貨交易所得負211,138,186 元（將原列報「第99欄」451,283,722 元，加計避險證券交易收入7,273,440,098 元，並加回發行認購權證費用1,139,
731 元及選擇權交易損失14,694,175元，減除避險證券交易成本7,765,125,409 元，並扣除發行認購權證價值變動利益121,949,041 元、屬證券交易成本之前手息扣繳稅款21,942,891元、營業費用分攤數調整71,952元、出售短期投資利益24,894,424元及選擇權交易利益17,712,195元）。
3、營利事業之費用及損失，既為應稅收入及免稅收入所共同發生，且營利事業出售證券之交易所得已納入免稅範圍，其相關成本費用自亦不得歸由其他應稅之收入項下減除，業經司法院釋字第493 號解釋闡明在案。
4、元大證券公司既係綜合證券商，下設經紀（有價證券買賣之行紀、居間、代理）、承銷（有價證券之承銷）及自營（有價證券之自行買賣）部門，依證券商財務報告編製準則第3 條規定，其會計事務應依其業務種類分別辦理，是各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列，僅管理部門（無營業收入）之損失費用因無法明確歸屬，始可依財政部85年函釋，按其費用性質，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。
5、又元大證券公司之所得實際上分為應稅所得與免稅所得。如免稅所得之交際費限額歸由應稅所得之交際費限額吸收，則營利事業將雙重獲益，不僅有失交際費限額列支之立法原意，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。且所得稅法第37條規定交際費之列支係以與業務直接有關者為限，綜合證券商之經紀、承銷、自營等各部門經營業務所發生之交際費，自應依交際對象及營業收入歸屬於各業務部門項下之營業費用（屬可明確歸屬之費用，應個別歸屬認列），並依所得稅法第37條及首揭函釋，核算其非屬出售有價證券之應稅業務部分交際費可列支之限額，及出售有價證券免稅業務部分交際費可列支限額後，再將超過應稅業務部門可列支之交際費及職工福利限額部分，移由免稅部門核認。此係採對業者最有利之計算方式，即將非屬出售有價證券之應稅業務部分，讓業者享受全部之交際費限額，再將超過應稅業務部門可列支之交際費限額部分，歸屬為出售有價證券免稅業務部分之費用，轉至有價證券出售收入項下認列，以正確計算其免稅所得。本件被告核算原告非屬出售有價證券之應稅業務部分交際費可列支之限額，將非屬出售有價證券之應稅業務部分，讓業者享受全部之交際費限額，其餘交際費，轉至屬出售有價證券免稅業務部分之費用，扣除自營部門已列報交際費後，餘則轉列免稅部門，自有價證券出售收入項下認列，經核並無不合。至最高行政法院100 年度判字第280 號判決意旨，係闡明依所得稅法第37條規定所謂業務上直接支付之適用範圍，及交際費和廣告費之概念分類上有所指摘。原告以此論斷，交際費應與收入無直接關聯而為一期間費用性質乙節，顯係誤解，併予說明。綜上，原告所訴核無足採，應予維持。
四、92年度營利事業所得稅－子公司元大證金公司
（一）營業收入總額
1、依稅務會計與財務會計之計算依據與基礎原即有異，雖查核準則第2 條第2 項前段規定：「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。」但關於租稅之課徵，則應以租稅法之有關規定為準據，此觀查核準則第2 條第
1 項規定：「營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。」及第2 項前段規定：「至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。」自明。即財稅會計差異於辦理結算申報時，應依稅法規定於申報內自行調整（及帳外調整申報），有最高行政法院99年度判字第495 號、98年度判字第715 號判決可資參照，合先敘明。
2、營利事業為債券之投資，該債券於評價上係屬營利事業之資產，至營利事業因長期投資而購入債券者，關於該債券之成本，參諸所得稅法第62條規定，自係指債券之原始取得成本，故不論營利事業就該債券是高於或低於票面價格取得，均不影響其原始取得成本金額之認定。所稱利息收入，則係指依債券面值按票面利率所計算者，至債券溢、折價部分，則列為收回年度之損益。又債券因屬證券交易法所稱有價證券，是其買賣有所得稅法第4 條之1 停徵證券交易所得稅規定之適用，故營利事業為債券之買賣，若賣出時（含持有至到期日）之價格低於原始取得成本者，固有損失，惟因其屬證券交易損失，自不得於當年度營利事業所得稅結算申報時予以列報減除；若尚未賣出，則營利事業因該債券投資之損益尚未實現，亦不得於持有期間之年度營利事業所得稅結算中列報。另財務會計準則公報第21號第26條及第26號第22條雖有關於長期投資之公司債，應按溢、折價攤銷作為利息收入之調整；惟此乃基於財務會計之穩健原則，為允當表達營利事業財務情形所為之規範。而稅務會計與財務會計因規範依據及目的有所不同，本即會有所差異，關於債券之溢、折價，前開所述乃基於其為資產之本質，依相關法律規定所為之當然解釋，是於稅法並無明文其溢、折價得為攤銷之情況下，營利事業之財務報表雖依財務會計準則公報規定為攤銷，然於營利事業所得稅結算申報時，此即屬應依查核準則第2 條第2項規定為調整之事項，併予敘明。
3、又所得稅法第62條所稱「長期投資」，除債券外，尚包括存款及放款，至「原利率」，就債券而言則為「票面利率」，應按票面利率計算申報每期利息收入，否則債券利息將因市場利率經常性變動而難以計算，故債券利息收入所指之利率，係「票面利率」而非原告所稱「市場利率」。由於買賣債券之交易所得停止課徵所得稅，若債券持有期間所獲得之「利息所得」與債券處分時之「證券交易所得」未明確劃分，將造成課稅計算上之爭議。因此，投資人溢價購入債券，其溢價部分為購入債券之成本，不應於債券持有期間每年自利息收入減除。如准予減除即發生原屬免稅證券交易損益項目之成本轉換於每年之應稅利息收入項下減除之情事，不符所得稅法第4 條之1 及第62條第2項之規定，有違租稅法律主義。另財政部75年7 月函釋，更具體闡明債券買賣區分成利息收入及債券交易損益，利息收入係按債券持有期間，依債券之面值及利率計算，至債券交易損益係依售價減除其購進該債券之價格，如為兩付息日間購入債券並於取息前出售者，則以售價減除其購進該債券之價格及依上述計算之利息收入後之餘額，視為其證券交易損益，並債權於到期收回時，其超過現價之利息部分，列為收回年度之收益。長期投資之存款、債券等其損益計算時點，係在債券收回或出售時，在本件有溢價購入之情形，因溢價為債券購進價格之一部分，屬債券成本，則營利事業即應按債券之面值及票面利率計算利息收入，並以原始價作為出售債券之成本，亦即債券持有期間並不認列溢、折價攤銷，應將購進成本與面值之差額於出售時認列為證券交易損益，而不調整持有期間之利息收入，有最高行政法院101 年判字第145 號判決、99年度判字第495 、118 號判決、98年度判字第715 、490 、363 、
115 號判決可資參照。
4、至財政部85年10月函釋，係就營利事業或個人持有無息票公債之利息收入認列方式，闡釋其中有關營利事業所得稅方面應依財政部81年5 月號函規定辦理，核與財政部75年
7 月函釋規定「營利事業，可由該事業按債券持有期間，依債券之面值及利率計算『利息收入』」不同，自不可混為一談，有最高行政法院99年度判字第495 、118 號判決、98年度判字第490 號判決可資參照。
（二）「第99欄」停徵之證券期貨交易所得本件就單一債券部門營業費用之分攤，核與一般投資公司無異，被告核定其營業費用比照財政部83年2 月函釋，按「收入比」計算應稅免稅收入應分攤之營業費用之計算方式，符合收入成本配合原則，並無不合；原告雖主張其子公司元大證金公司債券部門人數極少，辦公地點係與管理部門共同使用，故無法直接歸屬於該項業務，縱應分攤減除，亦應以部門薪資、員工人數或辦公室使用面積作為合理分攤基礎等，惟其迄今仍未補具相關佐證資料，致被告無從審酌，原告主張，核無足採，應予維持。
（三）薪資支出
1、按「依所得稅法第33條規定，營利事業設置職工退休基金，與該營利事業完全分離，每年得在不超過當年度已付薪資總額之8 ﹪限度內，提撥職工退休金，並以費用列支。
至該項基金係按月或按年提撥，稅法並無限制規定。」、「營利事業依公司法『委任』之經理、總經理，其退休金不得自勞工退休準備金專戶撥付，惟基於提列或提撥基礎不重複之原則，准另依所得稅法第33條規定，擇一提列職工退休金準備或提撥職工退休基金。」為財政部75年7 月26日台財稅第0000000 號及83年5 月11日台財稅第000000
000 號函所明釋（以下分稱75年7 月26日及83年5 月函釋）。
2、營利事業依公司法「委任」之經理、總經理因不具勞動基準法之勞工身分，為維護其權益，財政部乃以83年5 月函釋，營利事業依公司法「委任」之經理、總經理，基於提列或提撥基礎不重複原則下，准另依所得稅法第33條第1項規定，擇一提列職工退休金準備或提撥職工退休基金。其次，93年修正查核準則有關第71條規定，依修正說明五：「第7 款有關營利事業職工退休金費用認列規定，分目規範如下：（一）第1 目明定營利事業提列職工退休金準備或提撥職工退休基金之規定。並參照財政部69年3 月函釋規定，增訂但書不得同時提列職工退休金準備及提撥職工退休基金之規定。（二）第2 目明定適用勞動基準法之營利事業，提撥勞工退休準備金之規定。並參照財政部83年5 月及90年函釋規定。增訂除不符勞動基準法勞工身分之職工，未經就其薪資總額提撥勞工退休準備金者外，不得再提列職工退休金準備或提撥職工退休基金，重複列報退休金費用。」從而，有關營利事業職工退休金費用之認列，上開相關規定既已就是否符合勞動基準法勞工身分之職工為不同之規範，則原處分機關於計算相關限額之計算時自應受其規範而為相應之處理。
3、原告於前中央信託局勞工退休準備金專戶與中聯信託退休基金專戶分別提撥勞工退休準備金7,220,210 元（一般員工）及中聯信託退休信託資金8,767,202 元（經理人），有臺北市政府勞工局核發勞工退休準備金監督委員會設立登記資料表、中央信託局受託辦理勞工退休準備金對帳單及中聯信託投資股份有限公司退休信託資金存摺明細附卷可稽。
4、本件原告係以全公司（經理人及非經理人）之薪資合併計算退休金限額，而實際提撥之退休基金係專戶專用，應按一般員工已付薪資總額133,251,570 元及經理人已付薪資總額37,819,789元，分別計算限額10,660,126元（133,251,570 元×8 ﹪）及3,025,583 元（37,819,789元×8 ﹪），因一般員工實際提撥數7,220,210 元並未超過一般員工已付薪資總額計算之限額10,660,126元，經准予全數認列，而經理人退休金帳戶實際提撥數8,910,818 元，於扣除非依給付薪資總額8 ％提撥7,000,000 元及扣繳稅款143,616 元後餘額1,767,202 元，因未超過經理人已付薪資總額計算之限額3,025,583 元，經准予追認其差額1,258,
381 元（3,025,583 元－1,767,202 元）並無違誤，應予維持。
五、91年度未分配盈餘－原告未分配盈餘項次19
（一）營利事業未作分配之盈餘，依行為時所得稅法第66條之9規定，應以當年度經稅捐機關核定之課稅所得額（或經會計師查核簽證申報數）為準，加計減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已扣除之虧損及減除該條第2項所列各款後之餘額計算。其中列舉扣減項目之「已由『當年度』盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額」，即指若分配之盈餘非屬當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額，納稅義務人即不得將其列為計算未分配盈餘之減除項目，合先敘明。
（二）按財政部91年8 月函釋，係就金融控股公司得以來自金融機構轉換前之未配盈餘分派現金股利或撥充資本，認定係屬盈餘分配，規範應歸課股東所得稅及股東可扣抵稅額計算方式，與該盈餘分配得否列為未分配盈餘減項，係屬二事，未涉該未分配盈餘究係「以前年度」或「當年度」，併予敘明。
（三）本件原告經由子公司元大證券公司與元大證金公司於91年度以換股方式共同設立，因股份轉換時，尚未做91年當年度年終結算，由於未分配盈餘尚包括過去年度之保留盈餘或累積虧損，及本期純利或純損結算後轉入，依92年度股東常會議事錄討論事項案由（二）原告以來自子公司轉換前未分配盈餘所產生之資本公積分配之股利，屬「90年度以前」之未分配盈餘，而非屬所得稅法第66條之9 所稱之「當年度盈餘」，應無疑義，原告以來自子公司轉換前未分配盈餘於91年度首次計入原告股東權益之加項，即應屬「當年度」未分配盈餘之主張，與前揭規定並不相符等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
肆、兩造不爭之事實及兩造爭點：如事實概要欄所述之事實，業據提出勤業會計師事務所出具之「股份轉換換股比率合理性之複合意見」（原告處分卷第
391 至392 頁）、勤業會計師事務所之執行協議查核程序報告書（元大銀行公司卷第349 至367 頁）、宏大公司所出具之鑑定報告書（斗六信用合作社）、不動產資產價值評估明細表（斗六信用合作社）等資料影本為證，其形式真正為兩造所不爭執，堪信為真，兩造之爭點厥為：
甲、原告部分：
一、92年度營利事業所得稅：
（一）原告轉投資之復華銀行嗣經減資彌補虧損，原告投資損失是否已實現？被告否准認列有無違誤？
（二）原告「第58欄」（不計入所得之投資收益應分攤營業費用及利息支出）部分：
１、原告營業費用及利息支出應否自投資收益項下扣除？
２、原處分核定「第58欄」投資收益淨額為71,135,021元（股利收入253,347,477 元－應分攤之營業費用與利息支出182,212,456 元），有無違誤？
二、91年度未分配盈餘－原告未分配盈餘項次19部分：原告自子公司轉換前未分配盈餘所產生之資本公積分配之股利，是否係屬所得稅法第66條之9 所稱之「當年度盈餘」？
乙、元大銀行92年度營利事業所得稅：
一、債券溢價攤銷數51,686,806元，得否自營業收入及債券利息收入中扣除？被告核定營業收入7,410,383,779 元，有無違誤？
二、元大銀行概括承受斗六信用合作社，有無商譽可攤提？被告不予認列商譽攤銷數31,817,226 元，有無違誤？
三、元大銀行公司92年度列報職工福利，被告將超過可列支限額之部分（1,589,443 元）剔除，核定為11,313,794元，有無違誤？
丙、元大證券92年度營利事業所得稅：
一、認購權證發行價款是否為權利金收入？抑或出售有價證券收入？
二、避險交易損失應否自權利金收入中扣除？
三、被告核定權利金收入660,000,000 元營業收入總額1,365,383,949,373 元及「第58欄」103,709,678 元，有無違誤？
四、元大證券購買其他證券公司之營業據點，得否認列無形資產之攤提？
五、交際費之計算，得否先核算應稅業務部分交際費可列支之限額後，再將全部交際費超過該限額部分，歸由免稅業務負擔？
丁、元大證金公司92年度營利事業所得稅：
一、債券溢價攤銷數13,905,259元，得否自利息收入項下減除？被告核定營業收入總額2,307,988,476 元，有無違誤？
二、租金支出1,380,000 元及水電管理費支出96,000元是否可直接歸屬債券部門？被告依預算數比例調整免稅所得應分攤之費用，核定「第99欄」停徵之證券期貨交易所得848,613,076元之處分，有無違誤？
三、營利事業提撥職工退休基金之限額計算，是否應以全公司為單位？抑或應區分一般員工限額及經理人個別薪資總額分別計算？被告認經理人之退休金帳戶中，超過已付經理人薪資總額8%部分否准認列，變更核定為204,868,075 元之處分，有無違誤？
伍、本院之判斷：
甲、原告部分：
一、92年度營利事業所得稅，原告投資損失部分：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、行為時所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」
２、營利事業所得稅查核準則第99條第1 款規定：「投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。」，該查核準則係被告為查核營利事業所得稅案件更具體化而訂定之技術性、細節性行政規則，與立法意旨相符，自無違誤。
３、原告投資損失並未實現，被告否准認列尚無違誤：
Ⅰ、本件原告92年度營利事業所得稅結算申報，列報營業成本1,615,136,280 元及投資損失0 元。被告以投資損失並未實現，不予認定，核定營業成本及投資損失均為0 元，尚無違誤。
Ⅱ、原告雖主張投資損失無應以投資後被投資公司發生之虧損為限之規定，且其經註銷之股份，不能向元大銀行（復華銀行）要求返還，原出資額已折減，符合列報投資損失要件云云。
Ⅲ、惟按查核準則第99條第1 款所稱投資損失「應以實現者為限」，係指投資後被投資公司所發生之損失實現而言，即投資後被投資公司發生虧損，原出資額發生折減者，始足當之，若為投資前被投資公司已發生之損失，並非投資者投資後實際參與經營所發生之損失，即非屬前揭查核準則所謂之投資損失（最高行政法院91年度判字第2035號判決可資參照）。本件原告於91年度採股份轉換方式，發行新股873,477,742 股換入亞太商業銀行股份有限公司股票1,211,513,628 股，其成為原告100%持有之子公司（合併後改名復華銀行，現為元大銀行），惟依原告提供復華銀行股東權益變動表及虧損撥補表記載，復華銀行91年度營業淨損為2,772,488,676 元，帳上累積虧損為1,623,624,
125 元，可知原告「投資當時」復華銀行已發生虧損，原告仍在此時點願意為投資行為，即表示願意承擔風險繼續維持被投資公司之營運，主觀上並無認列損失之意圖，自不應認在稅法已符合損失認列之要件。
再就股東權益總額而論，復華銀行股東權益總額於原告投資前即已因虧損而減少（從Ａ１減為Ａ2 ），原告投資時無論是以多少價格買入股分，其所購買者是當時該股分所表彰之「復華銀行股東權益總額（Ａ2）」，原告投資時之原出資額，理論上應等於該購入股數所表彰之「復華銀行股東權益總額（Ａ2 ）」，嗣復華銀行隨即減資彌補虧損，因時間相距很近，復華銀行減資時之股東權益總額與Ａ2 相差甚微，且在原告預料之中，減資後Ａ2 不會改變，原告所持有股數雖減少，但減資後每股淨值必然上升，原告投資股數所表彰之之股東權益總額Ａ2 並無改變，其原出資額不會因減資而有折減，原告主張92年復華銀行辦理減資161,513,628 股，每股面額10元，減資損失1,615,136,280 元即為投資額之折減，且該折減已經實現云云，不足採信，被告核定系爭投資損失0 元，尚無不合（但被告以復華銀行減資後每股淨值9.51元大於減資前每股淨值8.35元，作為核定理由之一，則有誤會）。
二、92年度營利事業所得稅，原告「第58欄」（不計入所得之投資收益應分攤營業費用及利息支出）部分：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、所得稅法第4 條之1 規定：「自79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」
２、所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」
３、所得稅法第42條第1 項前段規定：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅」
４、財政部以下函釋核乃執行母法之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤。
①69年3 月函釋稱：「營利事業發行商業本票，其一次
支付票券金融公司之簽證手續費、承銷費、本票成本費（印刷費）及支付保證機構之保證費，得以當年度利息費用列支。」②83年2 月函釋稱：「非以有價證券買賣為專業之營利
事業，其買賣有價證券部分，除可直接歸屬之費用及利息，應自有價證券出售收入項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用及利息。」③92年8 月5298號令稱：「公司組織之營利事業，投資
國內其他營利事業所獲配之投資收益，依所得稅法第
42 條 第1 項規定，不計入所得額課稅者，其營業費用及利息支出，應按下列規定計算分攤，自該投資收益項下減除，不得在課稅所得項下減除：一、非以有價證券買賣為專業之營利事業，除直接歸屬之費用或利息，應自投資收益項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用或利息。」④96年7 月函釋稱：「主旨：關於金融控股公司是否屬
『以買賣有價證券為業之營利事業』之認定，……說明：……二、依據金融控股公司法第36條規定，金融控股公司應確保其子公司業務之健全經營，其業務以投資及對被投資事業之管理為限，其得投資之事業並有明文規定。準此，金融控股公司依上開規定經營投資及管理，尚非屬以有價證券買賣為業；其於申報營利事業所得稅時，除可直接合理明確歸屬於投資及被投資事業管理之各項支出，得自投資收益項下減除外，免分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。三、依金融控股公司法第37條及第39條規定，金融控股公司得向主管機關申請核准，投資同法第36條第2 項所定以外之事業，或運用短期資金購買政府債券或金融債券等。如金融控股公司從事上開投資或買賣有價證券之金額龐大，致其買賣有價證券之收入及投資收益遠超過其依金融控股公司法第36條規定經營業務之營業收入，足認其係以買賣有價證券為業者，除可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列外，尚應依法分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。」
（二）原告投資收益253,347,477 元應轉列營業收入總額：
１、原告92年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入總額0 元及「第58欄」0 元，被告以其92年度取得股利收入253,347,477 元，核定營業收入總額253,347,477 元，因投資收益不計入課稅所得，依收入費用配合原則，按收入比計算投資收益應分攤之營業費用與利息支出為182,212,456 元（含原告列報其他損失8,688,729 元，經被告調整轉列利息支出，併同分攤），核定「第58欄」投資收益淨額為71,135,021元（股利收入253,347,47
7 元－應分攤之營業費用與利息支出182,212,456 元），尚無違誤。
２、原告雖主張（1 ）原告依金融控股公司法第36條規定經營投資及管理子公司業務，非屬以有價證券買賣為業，依財政部96年函釋之意旨，對其無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，自應准許自應稅收入項下減除。（2 ）按金融控股公司法第49條之立法精神，在避免增加同一經濟實體租稅負擔為目的之連結稅制下，對於金控公司發生之營業費用及利息支出，與各合併申報子公司發放股利前已減除之一般營業費用及利息支出之性質相同，則金控公司基於經營投資及管理被投資事業需要所發生之營業費用及利息支出，應認與應稅業務有關，而於合併申報之連結稅制下當應得予在金控公司自身列報減除。準此連結稅制法理，金控公司所轄子公司分配之投資收益為一虛擬所得，於經濟實質上並不存在，此觀諸財政部93年7 月函釋：「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅結算申報者，依規定扣除前5 年核定合併營業虧損時，合併申報呈虧損之年度，合併申報各公司之投資收益合計數中，屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得免依財政部66年3 月9 日台財稅第31580 號函規定，先行抵減各該年度之核定合併營業虧損。」意旨自明。（3 ）原告發生之營業費用諸多為期間費用，不論有無從事子公司之管理活動均會發生，而其資金係統籌運用，無法為一對一之勾稽核對，實際上營業費用及利息支出之歸屬並不明確，依財政部96年7 月函釋之規定，自應全數在應稅收入項下減除。又金控公司之經營範圍，其功能等同總管理處，與一般投資人投資後等待被投資公司分配股利截然不同。是以，縱被告認系爭營業費用及利息支出應歸屬至投資收益項下減除，則仍應按金控公司各項費用可歸屬各子公司之金額，分別適用各該子公司應稅及免稅業務之分攤方式計算後，就其歸屬免稅業務之費用合計數自金控公司投資收益項下減除，俾反映金控公司之經營實質，並符課稅公平原則。（
4 ）被告所核定不計入所得課稅之股利淨額，顯與所得稅法第42條及第66條之6 之規定不合，自屬違法處分。
依所得稅法第66條之6 第1 項及第2 項規定，其獲配股利淨額之範圍，並無減除營業所發生之費用及利息支出問題，如此，方能維持該法條所定兩稅合一稅制下稅額扣抵比率之應有比例關係。（5 ）系爭投資收益依據所得稅法第42條第1 項之規定，係不計入營利事業所得額課稅之所得項目，其性質等同同法第24條第3 項不計入營利事業所得課稅之短期票券利息所得。因短期票券利息所得屬應稅所得，列於第3 章之營利事業所得額專章內之情況下，依法之體系解釋原則，系爭投資收益應認屬應稅業務之所得云云。
３、然依金控法第36條第1 項規定，金融控股公司應確保其子公司業務之健全經營，其業務以投資及對被投資事業之管理為限，爰此，其主要收入來源應為投資收入；又商業會計法第27條第1 項第4 款規定，營業收入類，指銷貨收入、勞務收入、業務收入、其他營業收入等項，則就金融控股股份有限公司投資子公司之收益本質以觀，應為其營業收入。是以本件原告92年度營利事業所得稅結算申報，原列報營業收入總額0 元，經被告機關初查以其投資收益253,347,477 元應轉列營業收入總額，尚無不合。
（三）原告營業費用及利息支出應依依比例自系爭投資收益項下扣除，原處分核定「第58欄」投資收益淨額為71,135,021元（股利收入253,347,477 元－應分攤之營業費用與利息支出182,212,456元），尚無違誤：
１、按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」原經司法院釋字第420 號解釋闡明在案。而此一解釋內容業於85年5 月13日增訂為稅捐稽徵法第12條之1 第1 項規定。其立法意旨為：
租稅法所重視者，係應為足以表徵納稅能力之經濟事實，非僅以形式外觀之法律行為或關係為依據。故在解釋適用稅法時，所應根據者為經濟事實，不僅止於形式上之公平，應就實質經濟利益之享受者予以課稅，始符實質課稅及公平課稅之原則。從而有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，應以其實質上經濟事實關係及所產生實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則勢將造成鼓勵投機或規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。
２、原告為經濟部核准登記之金融控股公司，主要業務範圍為投資經主管機關核准之國內金融相關事業及對被投資事業之管理，從而舉凡與其經營投資或管理轉投資事業之相關行為，均應屬其主要營業活動行為。原告92年度之各項收入皆源自於投資金控法第36條第2 項規定事業所衍生之收入，尚無從事同法第37條及第39條規定經營之投資及資金運用，亦即原告無投資金控法第36條第2項所定以外之事業，且無運用短期資金購買政府債券或金融債券，原處分認定原告非屬以買賣有價證券為業，尚無不合。
３、原告雖非屬以買賣有價證券為業，然依行為時所得稅法第4 條之1 、第24條第1 項及第42條第1 項之規定，營利事業之費用及損失既為免稅收入及應稅收入所共同發生，如免稅收入及不計入所得項目之相關成本、費用全歸由應稅項目吸收，則營利事業將雙重獲益，不僅有失立法原意，亦不符成本與費用配合及課稅公平原則。故原告投資收益部分既依所得稅法第42條第1 項規定不計入所得額課稅，則其相關營業費用及利息支出，即應依前揭財政部96年函釋規定就各項費用判斷是否可「直接」「合理」明確歸屬於投資及對被投資事業管理，並自投資收益項下減除。而所稱「直接」，依文義解釋認定，當指因該等投資或管理行為所由而生，又所稱「合理」者，乃在於雖不可「直接」歸屬，惟導因有鉅額之投資收益，必有相關之損費與其連結，依所得稅法第24條規定及收入費用配合原則，其自得依費用性質予以「合理」歸屬。
４、原告92年度各項損費均與營業有關，且均無法直接歸屬至各項收入，又各項借款主要係支應一般日常營運（包括投資子公司）之資金需求，均無特定用途，是原告本期申報之營業費用與利息支出（按收入比計算投資收益所應分攤者）為182,212,456 元（含原告列報其他損失
8,688,729元，經被告調整轉列利息支出，併同分攤），雖非與被投資事業自身相關，然究該經濟事實，均為投資及對被投資事業之管理，維持公司基本運作、遵循相關法令規定執行控管功能或做集團經營策略整體規劃之必要性支出，且隨經營而必然發生，該經濟事實，其應屬為成就原告從事金控法第36條業務活動行為所生之各項支出，且隨經營而必然發生，是原告之主要營業項目既為「投資國內金融相關事業」及「對被投資事業之管理」，且其主要營業收入來源亦為子公司獲利有盈餘分配予股東（母公司，即原告）之投資收益，則就該等隨營業必然發生之各項支出、利息，應可「合理」歸屬於原告投資及被投資事業管理行為之範疇，自可全部自投資收益項下扣除。
５、且經以原告申報資料分析，長期投資收益等經營金控法第36條業務收入占營業收入比例達100 ﹪，且長短期等投資亦占全部資產比率98.02 ﹪，依所得稅法第24條規定及收入與成本費用配合原則，申報損費歸屬於投資收益應為合理；又長短期等投資金額占實收資本額比率為
137.45﹪，占長短期借款比率為764.52﹪，顯可推定其借款資金全部挹注於投資，是該利息顯可合理歸屬於原告投資及被投資事業管理行為之範疇，應全部自投資收益項下扣除。而依首揭財政部96年7 月函釋核算「第58欄」本應為70,693,099元（253,347,477 元－營業費用124,581,692 元－利息支出58,072,686元），但原核定原告之股利收入淨額253,347,477 元，而將其應分攤之營業費用及利息支出計182,212,456 元，合併調整於「第58欄」計71,135,021元（253,347,477 元－182,212,
456 元），對原告有利，基於行政救濟不利益變更禁止原則，原核定「第58欄」71,135,021元，應予維持。且所謂「不計入所得額課稅」，係指所得或收入不必依所得稅法第24條第1 項規定列入收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額課稅，並未排除股利淨額亦應為利息支出及營業費用之分擔；又依行為時所得稅法第24條第1 項規定可知，收入與成本費用配合原則於上述所得稅法第42條亦應適用之。至關於營利事業應稅及免稅收入，應如何分攤營業費用及利息支出，財政部83年函釋闡明以收入比例作為計算營業費用之分攤公式，即本於收入與成本配合原則，以解決此費用難以明確歸屬之問題，且此函釋，並經司法院釋字第493號解釋與憲法尚無牴觸在案，原告主張「獲配股利淨額之範圍，並無減除營業所發生之費用及利息支出問題」云云，自無足採（最高行政法院101 年度判字第145 號判決參照）。
６、所得稅法第4 條之1 規定停止課徵所得稅之證券交易所得及同法第42條第1 項規定「不計入所得額」課稅之投資收益，其所得態樣雖有不同，惟均屬所得稅法明定免徵所得稅之所得，首揭財政部83年函釋及92年8 月函釋稱「非以有價證券買賣為專業之營利事業，如有『不計入所得額』課稅之投資收益等『免稅所得』者，……」，認定「不計入所得額」之投資收益係免稅所得，尚無違誤。又92年2 月函釋令訂定營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則第1 項第6 款合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算規定：「（一) 各公司依所得稅法第24條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額及合於所得稅法第39條但書規定之個別營業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。（二) 各公司課稅所得額之合計數，為合併結算申報所得額。（三) 合併結算申報所得額，扣除合於所得稅法第三十九條但書規定之合併營業虧損後之餘額，為合併結算申報課稅所得額。（四) 合併結算申報課稅所得額，依規定稅率計算之應納稅額，為合併結算申報應納稅額；各公司暫繳稅額及尚未抵繳之扣繳稅額，得自合併結算申報應納稅額中減除。」，即明示先由各母子公司計算其收入減除各項成本費用、損失後之所得額，再循序合併計算集團之課稅所得額及應納稅額，並非以金控母公司與其子公司之收入合計數減除母子公司之各項成本費用、損失之合計數後計算課稅所得額及應納稅額。是金融控股公司與各子公司如有應稅、免稅收入，應計算個別公司之課稅所得額，再予加總計算合併結算申報所得額，財政部98年8 月5 日台財稅字第09800176880 號函釋意旨，與立法意旨相符，行政機關予以援用，自無違誤。至財政部93年7 月函釋，僅係就合併辦理結算申報者，依規定扣除前5 年度核定合併營業盈虧之計算方式，尚非認定連結稅制下母公司之投資收益與一般投資公司獲取之投資收益性質不同（最高行政法院100 年度判字第2122號、
101 年度判字第224 號判決參照），原告主張「金控母公司所獲自其子公司上繳之股利淨額，為一虛擬所得，於經濟實質上並不存在」、「系爭投資收益性質等同（屬應稅所得之）短期票券利息所得，系爭投資收益應認屬應稅業務之所得（故營業費用利息支出應由應稅收入吸收）」云云，均不足採。
７、又被告已就系爭營業費用及利息支出，如何可以「合理」明確歸屬於投資收益項下，詳加論證，原告如主張系爭營業費用及利息支出無法「直接合理明確歸屬」，不應在投資收益項下認列，而應在計算課稅所得時減除，依前揭說明，即應負客觀舉證責任，使法院相信其除經營金控法第36條之業務外，尚經營何項業務，致系爭營業費用及利息支出無法「直接合理明確歸屬」何項業務，本件原告既未盡任何協力義務，自難為其作有利之認定（最高行政法院100 年度判字第2122號判決參照），原告主張「金控公司並非以投資有價券為本業之經濟實體，不應就相關損費作為費用分攤基礎，歸屬所得稅負」、「縱被告認系爭營業費用及利息支出應歸屬至投資收益項下減除，則仍應按金控公司各項費用可歸屬各子公司之金額，分別適用各該子公司應稅及免稅業務之分攤方式計算後，就其歸屬免稅業務之費用合計數自金控公司投資收益項下減除，俾反映金控公司之經營實質」云云，均不足採。
８、原告復主張利息支出係使用資金之相對代價，其支出金額多寡與借款期間、約定利率息息相關，且支付之對象為實際貸放資金者，而發行商業本票之承銷手續費、簽證手續費等發行成本，係支付與發行機構或保證機構相關發行之報酬，與商業本票本身借款之期間、利率等均無涉，故兩者之性質與支付對象均與利息支出迥然不同，被告將列報於其他損失之發行商業本票之承銷手續費、簽證手續費及發行成本攤銷數計8,688,729 元轉列利息支出，而核定利息支出為58,072,686元，再併入計算系爭投資收益應分攤之利息支出，顯未查前開支出經濟實質云云。
９、惟財政部69年3 月函釋稱：「營利事業發行商業本票，其一次支付票券金融公司之簽證手續費、承銷費、本票成本費（印刷費）及支付保證機構之保證費，得以當年度利息費用列支」，核乃執行母法之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤。本件系爭發行商業本票之保證與簽證費用，實質上係原告為向市場借得資金而需付出之對價，本質與利息支出並無二致，且為原告為確保公司業務健全經營所發生之費用，並非其他損失，被告因而將原告列報於其他損失中之發行商業本票之保證與簽證費用8,688,729 元，轉列利息支出項下合理歸屬營業收入負擔，尚無不合。
三、91年度未分配盈餘－原告未分配盈餘項次19（已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額）部分：
（一）本件應適用之法條與法理：所得稅法第66條之9 規定：「（第1 項）自87年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵10% 營利事業所得稅，不適用第76條之1 規定。（第2 項）前項所稱未分配盈餘，係指經稽徵機關核定之課稅所得額，加計同年度依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額、……減除左列各款後之餘額：一、……三、已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額。」
（二）原告自子公司轉換前未分配盈餘所產生之資本公積分配之股利，非屬所得稅法第66條之9 所稱之「當年度盈餘」：
１、本件原告91年度未分配盈餘申報，列報已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額1,222,294,273 元，被告以其92年度股東常會議事錄討論事項案由（二）股利分配來自於資本公積，否准認列，核定0 元。
２、原告雖主張（１）金融機構依金融控股公司法第26條規定以股份轉換方式成立金融控股公司者，以來自金融機構轉換前之未配盈餘分派現金股利或撥充資本不受公司法第241 條第1 項之限制，又股東獲配股利亦應併計課徵獲配年度之綜合所得稅，故其性質上即與自當年度盈餘分配股利予股東並無二致。（２）原告係經由子公司復華證券公司與復華證金公司於91年度以換股方式共同「新設立」，無論由子公司轉入資本公積之未分配盈餘是否為以前年度之盈餘，均係91年度本年度首次計入原告股東權益之加項，其性質上與原告91年度稅後盈餘亦屬當年度股東權益加項並能據為加以分配股利之本質並無二致云云。
３、按營利事業未分配之盈餘，依所得稅法第66條之9 規定，應以當年度經稅捐機關核定之課稅所得額（或經會計師查核簽證申報數）為準，加計減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已扣除之虧損及減除該條第
2 項所列各款後之餘額計算。其中列舉扣減項目之「已由『當年度』盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額」，可知只有當年度已經股東會決議發放之稅後盈餘，才可以列為未分配盈餘項次19之「已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額」，此於金融機構依金融控股公司法第26條規定以股份轉換方式成立金融控股公司者，亦無不同。
４、而「已分配之股利或盈餘」，除「當年度稅後盈餘已經股東會決議分配」者外，尚包括過去年度之保留盈餘或累積虧損，及本期純利或純損結算後轉入者，並非全屬「當年度已經股東會決議發放之稅後盈餘」。本件原告經由子公司復華證券公司與復華證金公司於91年度以換股方式共同設立，因股份轉換時，尚未做(91 年) 當年度年終結算，當(91)年度之「稅後盈餘」尚未經股東會作出「分派盈餘」之決議，即當(91)年度「稅後盈餘」尚未轉換為「當(91)年度已經股東會決議發放之稅後盈餘」，而依92年度股東常會議事錄討論事項案由（二）觀之，原告係以來自子公司轉換前未分配盈餘所提撥之資本公積來分配股利，該股利屬「90年度以前」之未分配盈餘，而非屬所得稅法第66條之9 所稱之「當(91)年度盈餘」，自不得列於未分配盈餘項次19之「已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額」內作為減項，此結論不因原告是否於91年度經由換股方式共同「新設立」而有不同，原告主張「無論由子公司轉入資本公積之未分配盈餘是否為以前年度之盈餘，均係91年度本年度首次計入原告股東權益之加項」云云，與是否「當(91)年度已經股東會決議發放之稅後盈餘」之認定無涉。被告因而核定原告未分配盈餘「項次5 」為520,997,390元，並無不合。
５、至財政部91年8 月函釋稱「該金融控股公司因金融機構股份轉換時所貸記之資本公積，來自金融機構轉換前之未分配盈餘部分，……得分派現金股利……應依所得稅法相關規定課徵股東之所得稅。……應依所得稅法第66條之6 規定，……計算各股東可獲配之可扣抵稅額」，只是規範應歸課股東所得稅及股東可扣抵稅額之計算方式，與該盈餘分配得否列為未分配盈餘減項，並不相干，未涉該未分配盈餘究係「以前年度」或「當年度」之認定，不能作為有利原告之憑據，原告主張尚不足採。
乙、元大銀行公司92年度營利事業所得稅：
一、元大銀行公司之營業收入總額：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」
２、所得稅法第62條規定：「長期投資之存款、放款、或債券，按其攤還期限計算現價為估價標準，現價之計算，其債權有利息者按原利率計算，無利息者按當地銀錢業定期1 年存款之平均利率計算之。前項債權於到期收回時，其超過現價之利息部份，應列為收回年度之收益」。
３、查核準則第2 條第1 項及第2 項規定：「營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與所得稅法、……本準則暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」，又財政部75年7 月函釋稱：「營利事業或個人買賣發行之公債、公司債及金融債券，買受人若為營利事業，可由該事業按債券持有時間，依債券之面值及利率計算『利息收入』，如其係於兩付息日間購入債券並於取息前出售者，則以售價減除其購進該債券之價格及依上述計算之利息收入後之餘額作為其證券交易損益。」，核乃執行母法之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤。
（二）債券溢價攤銷數51,686,806元，不得自營業收入及債券利息收入中扣除，被告核定營業收入7,410,383,779 元，並無違誤：
１、本件原告92年度採連結稅制，併同元大銀行公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大銀行公司原列報營業收入8,470,012,040 元（包含利息收入6,294,577,843元＋手續費收入974,972,221 元＋買賣證券利益1,111,315,067 元＋其他收入89,146,909元），被告以其非以投資為專業，買賣有價證券損益1,111,315,067 元不應計入營業收入及債券利息收入不應扣除債券溢價攤銷數51,686,806元，核定營業收入7,410,383,779 元（列報營業收入8,470,012,040 元－買賣證券利益1,111,315,
067 元＋債券溢價攤銷數51,686,806元），尚無違誤。
２、原告雖主張( 1)系爭債券溢價數額應在債券流通期間內攤還列為利息收入之減項，與財務會計準則公報第34號及第21號之規定相符，自應認定。(2) 財政部81 年5月函釋及85年10月函釋明定債券未攤銷折價，應於債券流通期間攤計為當期利息收入課稅，足證被告所指摘「稅務會計上，債權持有期間並不認列溢、折價攤銷」部分，並非事實，故系爭債券未攤銷溢價，自應於債券流通期間攤計為當期利息收入之減項，方符合實質課稅及公平、平等原則。(3) 又財政部75年7 月函釋，僅係規範兩付息日間交易之利息收入計算方式，對於長期債券投資於溢、折價發行下之評價及利息收入認列方式，並未有規定，故原告依據財務會計準則公報將此債券溢價攤銷數列為利息收入之減項，自屬適法云云。
３、惟查：(1) 取得債券投資時之市場利率不等於票面利率時（即購進成本不等於面值），長期投資債券續後評價固按財務會計準則公報第21號規定攤銷溢、折價，惟「債券溢價攤銷」係財務會計之作法，與稅法相關規定有別，蓋依首揭所得稅法第62條及財政部75年函釋，營利事業應按債券之面值及票面利率計算利息收入，並以原始購價為出售債券之成本，可知於稅務會計上，債券持有期間並不認列溢、折價攤銷，即將購進成本與面值之差額於出售時認列為證券交易損益，而不調整持有期間之利息收入。是以長期投資債券溢、折價攤銷之處理，在財務會計與稅務會計上即產生差異，原告主張「財政部75年7 月函釋對於長期債券投資於溢、折價發行下之評價及利息收入認列方式，並未有規定，故原告可將此債券溢價攤銷數列為利息收入之減項」云云，尚無足採。(2) 至財政部85年10月函釋，係就營利事業或個人持有無息票公債之利息收入認列方式，闡釋其中有關營利事業所得稅方面應依財政部81年5 月函釋規定辦理，並未明定「債券未攤銷折價，應於債券流通期間攤計為當期利息收入課稅」，原告顯係誤解法令，其主張尚不足採。
二、元大銀行公司之各項耗竭及攤提部分：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、行為時所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」，財政部95年3 月函釋稱：「（一）公司進行合併，採『購買法』者，其產生之商譽，准予核實認列。（二）商譽成本之認定……可參考『公司申請登記資本額查核辦法』第6 條第8 項後段有關『公司因合併認列商譽，應查核其數字計算過程，瞭解存續公司或新設公司因合併而取得之可辨認資產與承擔之負債，是否按公平價值衡量，再將所取得可辨認淨資產之公平價值與收購成本比較，若收購成本超過所取得可辨認淨資產之公平價值，列為商譽』之查核規定。……」，核乃執行母法之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤。
２、行為時第25號公報企業合併－購買法之會計處理第10段、第17段及第18段規定：「10、一公司收購他公司時，應依第6 段至第9 段規定決定總成本，並將所取得之個別資產及承擔之負債按其公平價值入帳」、「17、收購公司應按第10段之規定，將收購成本分攤至取得之資產與承擔之負債，其步驟如下：（1 ）因收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，不論是否列示於被收購公司之財務報表上，均應按收購日之公平價值衡量。（2 ）將所取得可辨認淨資產之公平價值與收購成本比較，若收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值，應將超過部分列為商譽；」、「18、企業因收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，其公平價值決定如下：……（4 ）廠房與設備：①供使用之廠房與設備：按收購當時相似產能廠房設備之重置成本，但收購公司之預期使用價值較低者，應按預期使用價值。②擬出售之廠房與設備：按收購當時之淨變現價值。（5 ）可辨認無形資產：例如……客戶及供應商名單……按估計價值。（6 ）其他資產：包括土地、自然資源及無流通市場之證券，按估計價值。」
３、最高行政法院100 年12月份第1 次庭長法官聯席會議決議：「企業併購取得之商譽，係因收購成本超過收購取得可辨認淨資產之公平價值而生。商譽價值為所得計算基礎之減項，應由納稅義務人負客觀舉證責任。納稅義務人應舉證證明其主張之收購成本真實、必要、合理，及依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據。」
（二）元大銀行概括承受斗六信用合作社，並無商譽可攤提，被告不予認列商譽攤銷數31,817,226 元，並無違誤：
１、本件原告92年度採連結稅制，併同元大銀行公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大銀行公司原列報各項耗竭及攤提43,977,241元，其中商譽攤銷數12,160,015元，係其於92年7 月25日概括承受斗六信用合作社，帳列商譽291,840,338 元，分10年攤提，被告以系爭商譽未能提出證明其列報商譽存在之事實，不予認列，核定各項耗竭及攤提為31,817,226元，尚無違誤。
２、原告雖主張元大銀行公司對於系爭斗六信合社之可辨認淨資產公平市價，已極盡舉證證明及稽徵調查協力義務之能事，最高行政法院100 年判字第727 號判決已闡明「此等資產公平價值之證明介於客觀發現與主觀評價之間，有其證明上之難度，若稅捐機關對此視而不顧，納稅義務人將面臨怎樣證明都被挑剔之困境」，及同院10
0 年判字第727 號判決已作成有利於納稅義務人之判決在案云云。
３、惟原告所提示勤業會計師事務所之執行協議查核程序報告書，除不動產─土地、房屋及設備等科目，主張經宏大公司鑑價外，其餘各項金額，僅做科目調整或補提備抵呆帳及折舊，並未依行為時第25號公報企業合併－購買法之會計處理第18段規定就斗六信合社之各項可辨認淨資產之公平價值，尚難據以認定系爭商譽之價值。又依勤業會計師事務所函原告有關執行協議程序查核結果說明一、「……由於本會計師並未完全按照一般公認審計準則查核，因是本會計師僅就協議程序執行結果提出說明，並未就斗六信合社整體之財務報表是否允當表達提供任何程度之保證。」，尚難謂其已依首揭財政部函釋規定，將所取得之淨資產公平市價與收購成本比較，以證明其商譽存在，原告既未舉證收購成本之合理性，亦未依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據，被告否准系爭概括承受斗六信用合作社取得商譽分年攤銷部分，核定各項耗竭及攤提31,817,226元，並無不合（類似案例未認定商譽攤提者，亦有最高行政法院101 年度判字第282 號判決、100 年度判字第1403號判決、99年度1355及1139號判決可資參照）。
４、原告雖主張如果被告認為該公平價值應高估，讓商譽減少，則原告各期之資產折舊、攤提、耗竭也會對應提高，且可辨認淨資產之公平價值乃客觀上可得確定之事實，稽徵機關仍應就該購入各項淨資產之公平價值為估定云云。
５、惟按查核準則第96條雖有「各項耗竭及攤折，其原始之資產估價如有不符，應予轉正」之規定，但依最高行政法院100 年12月份第1 次庭長法官聯席會議決議見解，商譽價值為所得計算基礎之「減項」，應由納稅義務人負客觀舉證責任，原告應依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據，可知被告不因該「轉正」規定反而負有「可辨認淨資產公平價值」之舉證責任，如若不然，納稅義務人只要提出毫無參考價值之鑑定報告未經採信，即可將舉證責任轉換給稽徵機關，納稅義務人等於免除舉證責任，即與前揭主流實務見解（最高行政法院100 年12月份第1 次庭長法官聯席會議決議）不符。易言之，若納稅義務人之舉證不足採信時，稽徵機關並不須依職權認定一個「客觀上可得確定之數值」，該可辨認淨資產未來應以多少客觀上可得確定之數值來折舊、攤提、耗竭，仍由納稅義務人自行舉證，尚與被告無關，原告主張尚不足採。至原告所主張最高行政法院100 年度判字第723 號及727 號判決，尚與前揭主流實務見解不同，尚難引有利於原告之憑據。
三、元大銀行之職工福利部分：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」
２、查核準則第81條第2 款第2 目規定：「職工福利：一、……二、合於前款規定者，其福利金不得超過左列標準：（一）……（二）每月營業收入總額內提撥0.05% 至
0.15% 。」
３、按「營利事業之費用及損失，既為應稅收入及免稅收入所共同發生，且營利事業出售證券之交易所得已納入免稅範圍，則其相關成本費用自亦不得歸由其他應稅之收入項下減除」，業經司法院釋字第493 號解釋在案。
（二）元大銀行公司92年度列報職工福利，被告將超過可列支限額之部分（1,589,443 元）剔除，核定為11,313,794元，尚無違誤：
１、原告子公司元大銀行公司92年度列報職工福利12,903,23
7 元，被告以其應稅業務職工福利可列支限額為11,313,
794 元{[列報營業收入總額8,470,012,040 元＋短期票券利息收入總額132,145,730 元＋債券息溢價攤銷數51,686,806元－處分公債及公司債等債券投資利益790,528,126元－處分股票及受益憑證利益320,786,941 元] ×0.15 ﹪} ，剔除超限之職工福利1,589,443 元，核定為11,313,794元，尚無違誤。
２、原告雖主張公債、短期票券、金融債券、上市（櫃）股票、受益憑證及認購（售）權證等有價證券之投資買賣等屬商業銀行之法定經營業務範圍，則元大銀行公司將系爭投資標的之買賣利得1,111,315,067 元申報於營業收入總額8,470,012,040 元項下，併同計算職工福利限額，自有所據，被告以原告非屬以有價證券買賣為專業而於計算職工福利限額時自應稅收入項下排除，違反法律保留原則云云。
３、惟查：
(1)依所得稅法第37條第1 項規定內容，可知計算費用係以營利事業所經營之目的為計算基礎。則同一營利事業如經營兩項以上之業務時，各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列。本件元大銀行之營業收入包括應稅、免稅二種，自應正確計算「應稅所得」之範圍用以分攤職工福利費用，如若不然，免稅項目之相關成本費用將歸由應稅項目吸收，營利事業即會雙重獲益，非僅有失立法原意，並會造成侵蝕稅源及課稅之不公平。
（2）查核準則第81條規定職工福利之列支係以營業收入為基礎，依前揭說明，計算應稅業務職工福利限額時，自限於「應稅營業收入總額」之0.15% ，至「免稅」營業收入，於計算職工福利限額時，不應計入應稅營業收入總額內。
(3)而本件原告子公司元大銀行公司並非以投資為專業，其92年度列報之營業收入8,470,012,040 元（包含利息收入6,294,577,843 元＋手續費收入974,972,221元＋買賣證券利益1,111,315,067 元＋其他收入89,146,909 元），其中買賣有價證券損益（處分公債及公司債等債券投資利益與處分股票及受益憑證利益）1,111,315,067元並非應稅所得，於計算職工福利限額時不應計入營業收入，同時債券利息收入不應扣除債券溢價攤銷數51,686,806元，理由已如前述，被告因而核定用以計算應稅業務職工福利限額之「應稅營業收入總額」7,410,383,779 元，並未將系爭免稅收入之買賣證券利益1,111,315,067 元併同計算職工福利限額，且系爭免稅收入縱來自商業銀行法定經營業務範圍，但既屬免稅所得，依司法院釋字第493 號解釋，於計算職工福利限額時，仍應自「應稅營業收入總額」中剔除，並未違反法律保留原則，原告主張尚無足採。
丙、元大證券公司92年度營利事業所得稅：
一、認購權證發行價款是為權利金收入，避險交易損失不應自權利金收入中扣除：
（一）本件應適用之法條與法理：
1、按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為所得稅法第24條第1 項所明定。
２、司法院釋字第657 號解釋稱：「財政部中華民國86年12月11日台財稅第000000000 號函前段謂：『認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入』，意指該發行價款係權利金收入，而非屬證券交易收入，無所得稅法第4 條之1 之適用，與憲法第19條之租稅法律主義尚無違背。同函中段謂：『認購（售）權證發行人於發行後，因投資人行使權利而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應於履約時認列損益，並依所得稅法第4 條之1 規定辦理。』及財政部86年7 月31日台財稅第000000000 號函稱：『認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者……並依前開所得稅法規定停止課徵所得稅。』與憲法第19條之租稅法律主義並無牴觸，亦不生違反憲法第7 條平等原則之問題」。
３、財政部86年7 月函釋稱：「有關認購（售）權證及其標的股票交易之相關稅捐之核課，應依下列規定辦理：（一）財政部86年5 月23日86台財證（五）第03037 號公告，已依證券交易法第6 條規定，核定認購（售）權證為其他有價證券，則發行後買賣該認購（售）權證，應依證券交易稅條例第2 條第2 款規定，按買賣經政府核准之其他有價證券，依每次交易成交價格課徵千分之一證券交易稅，並依現行所得稅法第4 條之1 規定，停止課徵證券交易所得稅。（二）認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，按約定行使價格向發行人購入（售出）標的股票者，係屬發行人（持有人）出賣標的股票之行為，應就所出售之標的股票，依證券交易稅條例第2 條規定，按履約價格課徵千分之3 證券交易稅。（三）至認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者，係屬認購（售）權證之標的股票之交易，應對認購（售）權證之發行人（持有人）依標的股票之履約價格按千分之3稅率課徵證券交易稅，及對認購（售）權證持有人（發行人）依標的股票之市場價格按千分之3 稅率課徵證券交易稅，並依前開所得稅法規定停止課徵所得稅。」，財政部86年12月函釋稱：「認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入，依現行所得稅法第22條有關公司組織之會計基礎應採權責發生制之規定，應於發行期間內分期計算損益或於履約時認列損益。認購（售）權證發行人於發行後，因投資人行使權利而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應於履約時認列損益，並依所得稅法第4 條之1 規定辦理。」，核乃執行母法之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤。
（二）本件原告92年度採連結稅制，併同元大證券公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證券公司92年度列報營業收入總額1,357,470,979,632 元，並採到期履約計算損益方式列報認購權證利益108,786,108 元（92年到期之復華
02、03、04權證發行價格660,000,000 元列為權利金收入，扣除認購權證發行費用及避險部位證券交易損失計551,213,892 元），因其發行認購權證之相關損益，僅於營業收入項下申報認購權證價值變動利益121,949,041 元，又同額列報於「第99欄」停徵之證券期貨交易所得項下，形同未列報認購權證所得，遂於減項「第58欄」列報負108,786,108 元。被告以其權利金收入660,000,000 元僅於營業收入項下列報121,949,041 元（其同額列報「第99欄」停徵之證券期貨交易所得已於原核定調減），遂調增538,050,959 元，併同其他調整（調減利息收入2,238,629 元、調增股利收入103,717,313 元及證券交易收入7,273,440,098 元，此為原告所不爭），核定營業收入總額1,365,383,949,373 元及「第58欄」103,709,678 元（併同其他調整計入分攤營業費用及利息支出後之投資收益103,709,
678 元，此為原告所不爭），並無違誤。
（三）原告雖主張：1 、證券商發行權證收取之發行價款非為權利金收入，應屬「免應稅所得」。2.系爭認購權證避險操作從事買賣標的股票之損益，應與發行認購權證收取之權利金收入相配合，始符合實質課稅及收入與成本費用配合之原則，被告否准系爭避險部門成本550,074,161 元自應稅收入項下減除，顯未全盤了解相關交易之特性及避險操作之經濟實質，自難適法。3.元大證券公司進行風險沖銷之交易，係主管機關規範得以發行認購權證不可或缺之合法要件，並非可單獨分離之「證券交易」，被告援引財政部86年12月函釋，否准避險操作之損失列為權利金之減項，顯有割裂適用權利義務之情云云。
（四）惟依財政部86年12月函釋，以證券商發行權證收取之發行價款為權利金收入，屬「應稅所得」，應依所得稅法第24條規定課徵稅款，而系爭認購權證業經財政部於86年5 月23日以（86）台財證（五）第03037 號公告，依證券交易法第6 條規定，核定為其他有價證券，依財政部86年7 月函釋意旨，發行後買賣該認購權證，依所得稅法第4 條之
1 規定，停止課徵證券交易所得稅，則依損益配合原則，證券交易損失自亦不得從所得額中減除。且所得稅法第4條之1 證券交易免稅所得並無排除收入成本配合原則之適用，業經司法院釋字第493 號解釋在案，故被告將系爭認購權證權利金收入與避險交易所生之證券交易所得，個別認定成本費用及其損益，自屬於法有據。
（五）按證券商發行權證，依主管機關前財政部證券暨期貨管理委員會86年5 月31日發布之「發行人申請發行認購（售)權證處理要點」第8 點第11款規定與第11點規定（註：89年11 月3日證期會另發布「發行人申請發行認購（售) 權證處理準則」取代之，惟必須避險之基本精神一致），及88年8 月6 日「臺灣證券交易所股份有限公司認購（售)權證上市審查準則」第6 條第7 款、第8 條第11款規定（註：93年6 月14日修正條文第8 條第1 項第5 款、第10條第6 款第8 目規定同此精神），固強制證券商應進行避險交易，且該避險交易之特性，在於股價上漲時買進標的股票以履行權證持有人履約要求、股價下跌時賣出標的股票以防權證持有人棄權時發生巨額跌價損失，惟券商對標的股票漲即買、跌即賣之避險交易行為，為其履約之準備，而其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用。況個別之收入有其對應之成本費用，所產生個別之損益，不能成為他項收入之成本費用，此觀所得稅法施行細則第31條規定自明，故所得稅法第4 條之1 之規定，係因證券交易之收入不課稅，所對應之成本費用亦不准自應稅項下認定，導致損失亦不得自所得額中減除。若採原告主張，將避險證券交易損失認定為認購權證之成本減除，則侵蝕了應稅之認購權證所得；再證券商於發行認購權證時，因前開法規規定證券商須強制為避險交易，而該避險交易復基於保護投資者及維持金融秩序，證券商須於股價上漲時買進標的股票、股價下跌時賣出標的股票，證券商可能因避險交易行為而造成損失，為證券商於發行該認購權證所知悉，財政部86年7 月函釋亦已指明認購權證發行人於發行後，因投資人行使權利，而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應依所得稅法第4 條之1 規定辦理，則證券商於發行時，可自行斟酌其可能發生之損失成本費用，且依其從事證券業之專業知識，亦可知悉所得稅法第4 條之1 規定，係屬證券交易所得因而免稅，其避險而生之證券交易損失不得自所得額中減除，證券商自應充分衡量其發行該認購權證之利潤後，再決定該權利金之金額，以發行最符合其經濟效益之商品，不得僅因其依照於發行認購權證時約定應買進或賣出股票時之證券交易，即謂該種證券交易，係出於強制，而與一般消費者為證券交易有所不同，並要求於稅收上異其計算。
（六）再者，所得稅法第4 條之1 所稱之證券交易，倘符合證券交易之形式外觀即屬之，並不問買賣雙方對該證券交易其動機及內在主觀意思為何，否則將有違證券交易之安定性及國家稅收之一致性，況元大證券公司所為之避險交易表面觀之似有虧損，惟迄履約期間屆至亦非必然為虧損，且為避險交易亦為防止發行該認購權證證券商之經營風險，非全然對證券商為不利。又元大證券公司所為之避險措施既係因證券交易所致，依所得稅法第4 條之1 規定，即無法認列為成本作為應稅收入之減項，縱然元大證券公司權利金收入扣除避險措施所受之損失後，實際淨所得低於核課之所得稅屬實，致應稅所得虛增，亦屬所得稅法第4條之1 於此種情形應否作例外規定或修法之問題，於所得稅法第4 條之1 修正之前，仍應受該法條之拘束。且各種收入可否扣除成本費用及何種支出始得作為成本費用自收入項下減除，於稅法上各有規定，縱系爭避險損失可認為本件權利金收入之成本，亦因所得稅法第4 條之1 規定而不得自所得額中減除，尚難以稅法承認於收入內扣除成本費用，即當然於本件可將原告避險措施所造成證券交易之損失作為成本費用予以扣除，此係依法律明文規定而生之結果，並非割裂適用不同之法律，原告此部分之主張，亦難採信（最高行政法院95年度判字第2206號判決、96年度判字第186 號判決、98年度判字第558 號判決、98年度判字第786 號判決、98年度判字第801 號判決及99年度判字第21號判決參照）。
二、元大證券購買其他證券公司之營業據點，不得認列無形資產之攤提：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、所得稅法第60條第1 項規定：「營業權、商標權、著作權、專利權及各種特許權等，均限以出價取得者為資產。」
２、行為時商業會計處理準則第19條規定：「無形資產指無實體存在而具經濟價值之資產；其科目分類與評價及應加註釋事項如左：一、商標權：指依法取得或購入之商標權；商標權按未攤銷之成本評價。…五、商譽：指出價取得之商譽。商譽按未攤銷之成本評價。…自行發展之無形資產，其屬不能明確辨認者，如商譽，不得列記為資產；其屬能明確辨認者，如專利權，僅可將申請登記之成本，作為專利權成本。…無形資產應註明評價基礎，且應於效用存續期限內以合理而有系統之方法分期攤銷。但最長不得超過20年；其攤銷期限及計算方法應予註明。」
３、財務會計準則公報第37號無形資產之會計處理準則第2段規定：「本公報所稱之無形資產係指無實體形式之非貨幣性資產，並同時符合下列條件：(1) 本公報無形資產之定義：①具有可辨認性。②可被企業控制。③具有未來經濟效益。(2) 本公報規範之認列條件：①資產之未來經濟效益很有可能流入企業。②資產之成本能可靠衡量。」、第3 段規定：「下列項目不適用本公報之規定：……(6) 企業合併採購買法而取得之商譽……」。
（二）本件原告92年度採連結稅制，併同元大證券公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證券公司係綜合證券商，92年度列報各項耗竭及攤提75,199,956元，其中59,190,438元，係購買其他證券公司之營業據點，將收購價格超過取得資產淨值部分列為無形資產－營業權，分10年攤提；被告以其未能證明營業權存在之事實，否准認列，核定各項耗竭及攤提16,009,518元，尚無違誤。
（三）原告雖主張事業（business），如符合對事業之定義，亦適用第25號公報。系爭併購訂有營業讓與契約書，內部評估報告、會計師評估報告或大學教授出具之評價報告等，被告應斟酌歷次收購價格為原告與其他非屬關係人之各家證券公司於正常交易下所協商議價之結果，縱被告否定本件被收購公司有系爭商譽之存在，惟在原告收購總金額屬實之下，該總價款自應全數歸屬購買有形資產之對價，以重新核算其應認列之折舊費用，則在財政部頒訂固定資產耐用年數表所規定電子計算機與其週邊設備及工具、器具等生財器具分別為3 年及5 年，皆短於10年之情況下，本件反有少認列費用之情事云云。
（四）惟按商譽係一種無形資產，指企業所具超額獲利能力之價值，通常依存於企業，難以脫離企業單獨讓受，係建立於良好之顧客關係、經營地點、生產效率、服務態度、優良管理及可辨認資產間所產生之綜效，其價值難以明確單獨計算。商譽的特性之一，為「商譽與企業不可分」，必須連同企業一併購買，才能買入該企業之商譽，又依據一般公認會計原則，僅購入之商譽可以認列，自行發展之商譽不能認列，此觀之行為時所得稅法第60條及查核準則第96條第3 款規定即明。
（五）本件並不具備併購事業（business）之要件：所謂組成「事業」定義為需具備①「投入」（例如非流動資產－包括無形資產或使用非流動資產之權利、智慧財產、取得或使用必要材料或權利之能力，以及員工）、②「處理程序」（包括制度、標準、作業規範、慣例及規則等。例如策略管理程序、作業程序及資源管理程序。處理程序通常會予以書面化…）及③「產出」之三要素。本件元大證券僅係購入世界證券等15家公司營業據點，並未舉證證明系爭件營業讓與之內容包括使用出賣人之商標、智慧財產、員工、制度（例策略管理程序、作業程序及資源管理程序）、作業規範、慣例及規則及產出情形，亦未舉證證明前揭事項與可辨認資產間可產生收購事業之綜效，自難謂係收購他公司之「事業」而產生商譽（類似情形未認列商譽者，最高行政法院101 年度判字第422 號判決、10
1 年度判字第471 號判決、101 年度判字第323 號判決、
101 年度判字第521 號判決理由參照）。
（六）本件並不符所得稅法第60條第1 項、查核準則第96條規定之「營業權」攤提要件：
１、所謂無形資產，可區分為「可辨認之無形資產」（如商標權）及「不可辨認之無形資產」（如商譽）。觀諸所得稅法第60條之立法理由係「明定無形資產之估價方法，以資劃一明確」，可知該條係針對營利事業無形資產
一、之「估價方法」所為之規定，而同條第3 項第3 款則規定：「商標權、專利權及其他各種特許權等，可依其取得後法定享有之年數為計算攤折之標準」，可知所得稅法第60條第1 項所規定之商標權、著作權、專利權及各種特許權，係有法律規定為準據之無形資產。
２、又所謂「營業權」，依財政部100 年8 月12日台財稅字第10004073270 號令釋：「所得稅法第60條規定之營業權，係應以法律（如民營公用事業監督條例、電業法第33條授權訂定之電業登記規則）規定之營業權為範圍」，該令釋係財政部本於中央財稅主管機關職權，基於所得稅法第60條各種權利規範之ㄧ致性及衡平性，就所得稅法第60條（無形資產適用攤折）所為之釋示，尚無違法律保留原則，應自法規生效之日起適用（司法院釋字第287 號解釋意旨參照）。準此，現行法律或法規中明定「營業權」者，為民營公用事業監督條例及電業登記規則（母法為電業法) ，其規範之事業包括電力、市內電話、自來水、公共汽車、船舶及航空運輸等，且訂有營業期限及政府備價收歸公營，且移轉予政府營業時，政府負有負擔義務之特性，並不包含經營證券業務，可知所得稅法第60條規定之營業權，並非指ㄧ般營業之行為所衍生之商業價值，而係應以法律（如民營公用事業監督條例、電業法第33條授權訂定之電業登記規則）規定之營業權，不包含經營證券業務之營業權，何況元大證券公司本身即是證券業者，並非收購系爭營業場所後，始得經營證券業，亦無須被收購營業據點之公司授予營業權，亦難認有營業權之購入價格可供攤銷，原告主張系爭併購對象符合所得稅法第60條第1 項、查核準則第96條規定之「營業權」定義云云，尚無足採。
３、再者依行為時商業會計處理準則第19條第1 項及第4項規定：「無形資產指無實體存在而具經濟價值之資產；…無形資產應註明評價基礎，…其攤銷期限及計算方法應予註明」，即無形資產須可得單獨評價。商譽既係指收購成本超過有形及可辨認無形資產之公平價值扣除承擔之負債後淨額部分，即商譽＝收購成本─所取得可辨認淨資產之公平價值，屬非可「單獨估價」之資產，所得稅法第60條規定之無形資產自不包括「商譽」。且本件元大證券並未舉證已同時取得前揭15家公司營業據點之員工、客戶、營業資料及相關技術，縱確同時受讓員工、客戶、營業資料及相關技術，但原告亦未舉證證明受法定權利之保護或有其他控制方式可控制或處分交易該客戶名單，無法預期「該客戶於併購後將與原告進行交易」及「有如何之經濟效益」，元大證券顯無從評估該員工、客戶、營業資料之經濟價值，尚不符合行為時商業會計處理準則第19條有關無形資產入帳之規定，顯非屬所得稅法第60條所列舉之無形資產（營業權）範圍，原告主張尚不足採。
（七）原告未舉證收購價格之合理性及可辨認淨資產之公平價值：
１、縱認元大證券公司購買世界證券等15家現有營業場所價金，減除設備後之差價，有所得稅法第60條所稱之「營業權」價格，而可得逐年攤提，但依最高行政法院100年度12月份第1 次庭長法官聯席會議決議：「企業併購取得之商譽，係因收購成本超過收購取得可辨認淨資產之公平價值而生。商譽價值為所得計算基礎之減項，應由納稅義務人負客觀舉證責任。納稅義務人應舉證證明其主張之收購成本真實、必要、合理，及依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據。」，此於營業權之攤提自可適用，原告亦應依第25號公報第18段提出被合併營業場所之設備、現有客戶、營業技術等可辨認淨資產之公平價值，以證明其所購得之「營業權」之價格為何。然原告僅補提供利通證券等15家公司之營業讓與契約，及友利證券、高統證券、萬泰證券、世界證券、元益證券等5 家公司之付款資料及第一聯合會計師事務所之「利通證券股份有限公司評價報告」、「元益證券股份有限公司評價報告」、「大府城證券股份有限公司評價報告」及國立政治大學副教授吳啟銘博士之「世界證券評價報告」與未註明出處之「友利證券評估分析報告」、「高統證券評估報告」、「萬泰證券台北分公司評估報告」、「中農證券評估報告」，其餘均未提示，原告並未依第25號公報第18段逐一提出被合併營業場所之設備、現有客戶、營業技術等可辨認淨資產之公平價值，以證明其所購得之「營業權」之價格為何，原告主張亦不足採。
２、又查核準則第96條雖有「各項耗竭及攤折，其原始之資產估價如有不符，應予轉正」之規定，惟依最高行政法院100 年12月份第1 次庭長法官聯席會議決議見解，商譽價值為所得計算基礎之「減項」，應由納稅義務人負客觀舉證責任，原告應依財務會計準則公報第25號第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據，可知被告不因該「轉正」規定反而負有「可辨認淨資產公平價值」之舉證責任，如若不然，納稅義務人只要提出毫無參考價值之鑑定報告未經採信，即可將舉證責任轉換給稽徵機關，納稅義務人等於免除舉證責任，即與前揭主流實務見解（最高行政法院100 年12月份第1 次庭長法官聯席會議決議）不符。易言之，若納稅義務人之舉證不足採信時，稽徵機關並不須依職權認定一個「客觀上可得確定之數值」，該可辨認淨資產未來應以多少客觀上可得確定之數值來折舊、攤提、耗竭，仍由納稅義務人自行舉證，尚與被告無關，原告主張「縱被告否定本件被收購公司有系爭商譽之存在，惟在原告收購總金額屬實之下，該總價款自應全數歸屬購買有形資產之對價，以重新核算其應認列之折舊費用，則在財政部頒訂固定資產耐用年數表所規定電子計算機與其週邊設備及工具、器具等生財器具分別為3 年及5 年，皆短於10年之情況下，本件反有少認列費用之情事」云云，尚不足採。
三、交際費之計算，可先核算應稅業務部分交際費可列支之限額後，再將全部交際費超過該限額部分，歸由免稅業務負擔：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」
２、所得稅法第37條第1 項規定：「業務上直接支付之交際應酬費用，其經取得確實單據者，得分別依左列之限度，列為費用或損失：一、以進貨為目的，於進貨時所直接支付之交際應酬費用：……全年進貨貨價超過6 億元者，……經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之零點五為限。二、以銷貨為目的，……全年銷貨貨價超過
6 億元者，……經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之一點五為限。……四、以供給勞務或信用為業者，……全年營業收益額超過4,500 萬元者，……經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之六為限。」
３、按「營利事業之費用及損失，既為應稅收入及免稅收入所共同發生，且營利事業出售證券之交易所得已納入免稅範圍，則其相關成本費用自亦不得歸由其他應稅之收入項下減除」，業經司法院釋字第493 號解釋在案。
４、財政部83年11月函釋稱：「以買賣有價證券為專業之營利事業，因業務需要支付之交際費，其全年支付總額，以不超過左列標準為限：（一）買賣有價證券，依所得稅法第37條第1 項第1 款及第2 款規定辦理。（二）因有價證券所取得之股息、紅利及利息（包括短期票券之利息收入）等投資收益，准併入營業收入總額，依所得稅法第37條第1 項第4 款規定辦理，但投資收益80% （現行法係全額免計）免計入所得額部分，因實質免稅，則不應併計。」，又經財政部85年8 月函釋稱「主旨：
補充核釋「綜合證券商暨票券金融公司」……（一）綜合證券商：1 、營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。」，係中央財稅主管機關財政部基於職權，依上開規定之立法意旨所作成之解釋，因屬簡化採認程序，統一認列標準，避免浮濫列報及不當分攤，以維繫實質課稅及稅制公平所必要，且未逾越法律規定之範圍之目的，亦未增加人民之負擔，行政機關予以適用，自無違誤。
（二）本件原告92年度採連結稅制，併同元大證券公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證券公司92年度列報交際費40,118,614元及「第99欄」停徵之證券期貨交易所得451,283,722 元，被告原查以其應稅業務交際費可列支限額為19,228,283元（應稅收入3,183,713,984 元×0.6 ﹪＋126,000 元），而經紀及承銷部門自行列報交際費計39,516,525元，超限20,288,242元（39,516,525元－19,228,283元），自交際費科目項下剔除，核定交際費19,830,372元；並依會計師提示之部門別費用分攤表計算，核定「第99欄」停徵之證券期貨交易所得負211,138,186 元；嗣被告復查決定以原查係按經紀手續費收入淨額2,047,609,21
7 元、選擇權交易利益17,712,195元、認購權證權利金收入660,000,000 元、衍生性金融商品利益186,362,015 元及其他收入272,030,503 元核算應稅收入總額為3,183,713,984 元，其中選擇權交易利益17,712,195元既認定屬停徵之證券期貨交易所得性質，應予排除，另應加計債券利息收入2,238,629 元及短票利息收入3,249,643 元，重行核算應稅交際費限額為19,154,940元[ （3,183,713,984元－選擇權交易利益17,712,195元＋債券利息收入2,238,
629 元＋短票利息收入3,249,643 元）×0.6 ﹪＋126,00
0 元] 。原告原列報交際費40,118,614元，減除應稅業務可列支限額19,154,940元，超限20,963,674元應歸屬有價證券出售收入項下負擔，扣除已自行分攤交際費602,088元，應再轉列有價證券出售收入項下減除之交際費20,361,586元；原核定自交際費科目項下直接剔除之超限金額20,288,242元應自交際費科目項下加回，變更核定為40,118,614元，並無違誤。
（三）原告雖主張交際費應與收入無直接關聯而為一期間費用性質，故所得稅法第37條規定交際費限額之計算，應以營利事業整體為單位，並非由該法條各款分別計算其限額後作為交際費歸屬於應稅及免稅收入之依據，最高行政法院10
0 年度判字第280 號判決闡述之意旨甚明云云。
（四）惟依所得稅法第37條第1 項，可知計算費用係以營利事業所經營之目的為計算基礎。則同一營利事業如經營兩項以上之業務時，各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列。本件元大證券係依證券交易法第44條規定，經財政部證券暨期貨管理委員會許可，經營同法第15第1 款至第3款三種證券業務之綜合證券商，其經紀（經紀部門受委託買賣及辦理證券業務收取手續費收入）、承銷（承銷部門承銷證券取得承銷業務收入，如證券之報酬、代銷證券手續費收入，承銷作業處理費收入、承銷輔導費收入及其他收入）、自營（自營部門出售營業證券所獲得之利益）等各部門之組織架構及業務均甚明確，各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用核實認列，僅管理部門（無營業收入）之損失費用因無明確歸屬，始可按其費用性質，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。但所得稅法第37條規定之交際費係以與業務直接有關者為限，而查核準則第81條規定之職工褔利之列支係依據各營業部門收入所計算發生，綜合證券商之經紀、承銷、自營等各部門經營業務所支付之交際費及職工褔利，自應依交際對象或經紀、承銷、自營等各部門經營業務之營業收入歸屬於各業務部門項下之營業費用（屬可明確歸屬之費用，應個別歸屬認列），並分別依所得稅法第37 條及查核準則第81條規定限額列報。如由管理部門列支，並依業務部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，將造成自營部門免稅項目之相關成本費用歸屬由應稅項目吸收，亦造成自營部門免稅項目之交際費及職工褔利限額歸由經紀部門應稅項目交際費及職工褔利限額吸收，則綜合證券商將雙重獲益，不僅有失交際費及職工褔利列支之立法原意，將造成侵蝕稅源及課稅不公平與不合理，是被告為正確計算免稅所得，依所得稅法第37條及查核準則第81條暨財政部85年函釋意旨分別核算原告非屬免稅業務部分交際費、職工福利可列支之限額及出售有價證券免稅業務部分交際費、職工福利可列支之限額，即以應稅及免稅業務部門分別核算交際費、職工福利限額後，再將超過應稅業務部門可列支之交際費、職工福利限額部分，移由免稅部門核認。此係採對業者最有利之計算方式，即將非屬出售有價證券應稅業務部分，讓業者享受全部之交際費、職工福利限額，再將超過應稅業務可列支之交際費、職工福利限額部分歸屬為出售有價證券免稅業務部分之費用，轉自有價證券出售收入項下認列，於法並無不合。至最高行政法院100 年度判字第280 號判決意旨，係闡明依所得稅法第37條規定所謂業務上直接支付之適用範圍，及交際費和廣告費之概念分類上有所指摘，並未認定「交際費與收入無直接關聯而為一期間費用性質」，原告主張，尚無足採。
丁、元大證金公司92年度營利事業所得稅：
一、元大證金公司之營業收入總額部分：
（一）債券溢價攤銷數13,905,259元，不得自利息收入項下減除，理由見前揭伍、本院之判斷：乙、元大銀行公司92 年度營業所得稅一、( 二）部分。
（二）被告核定營業收入總額2,307,988,476 元（列報營業收入總額2,294,083,217 元＋債券溢價攤銷數13,905,259元），尚無違誤：
本件原告92年度採連結稅制，併同元大證金公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證金公司92年度列報營業收入總額2,294,083,217 元，其中列報債券利息收入127,280,151 元（已扣除債券溢價攤銷數）；被告初查，以債券溢價攤銷數13,905,259元，不得自利息收入項下減除，核定營業收入總額2,307,988,476 元（列報營業收入總額2,294,083,217 元＋債券溢價攤銷數13,905,259元），自屬正確。
二、租金支出1,380,000 元及水電管理費支出96,000元不能直接歸屬債券部門，被告依收入比例調整免稅所得應分攤之費用，核定「第99欄」停徵之證券期貨交易所得848,613,076 元之處分，尚無違誤：
（一）本件應適用之法條與法理：
１、所得稅法第4 條之1 規定：「自79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所得稅。」
２、財政部83年2 月函釋稱：「核釋營利事業於證券交易所得停止課徵所得稅期間從事有價證券買賣，其營業費用及利息支出之分攤原則。……二、非以有價證券買賣為專業之營利事業，其買賣有價證券部分，除可直接歸屬之費用及利息，應自有價證券出售收入項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用及利息。三、以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」
（二）本件原告92年度採連結稅制，併同元大證金公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證金公司92年度列報「第99欄」停徵之證券期貨交易所得850,449,129 元，被告初查，以1.其中列報可直接歸屬營業費用4,138,184 元，依債券部門損益表，7 月及12月（誤植為10月）發生之營業費用分別為負2,706,462 元及負933,199 元，因原告未能說明原因，經原查予以加回；另租金支出1,380,000 元及水電管理費192,000 元因未計入債券部門營業費用，併予以調增。2.未准扣抵之扣繳稅款360,053 元應列為出售有價證券成本，核定844,877,415 元（850,449,129 元－2,706,462 元－933,199 元－1,380,000 元－192,000 元－360,053 元）。嗣被告復查決定略以，1.依原告提示之部門別費用明細表、買賣損失準備明細分類帳、員工金之轉帳傳票及明細分類帳，主張核屬可採，應予追減可直接歸屬營業費用3,639,661 元（2,706,462 元＋933,199 元）。2.元大證金公司係非以有價證券買賣為專業之營利事業，並未分攤一般營業費用，惟依債券部門費用明細表，未列報可直接歸屬債券部門之租金支出及水電管理費，原查按收入數調整固非無據，惟其中水電管理費應為96,000元，原核定重複計為192,000 元，應予以調減96,000元。3.綜上，原核定「第99欄」停徵之證券期貨交易所得844,877,415 元，應予追認3,735,661 元（3,639,661 元＋96,000元），變更核定為848,613,076 元，尚無違誤。
（三）原告雖主張元大證金公司之債券部門人數極少，辦公地點係與管理部門共同使用，故其租金費用及水電管理費用無法直接歸屬於該項業務始合理，縱應分攤予債券業務項下減除，亦應以部門薪資、員工人數或辦公室使用面積作為合理分攤基礎始稱為適法云云。
（四）惟查：租金支出及水電管理費，無從認定為可歸屬債券部門之營業費用，自不能由應稅收入項下扣除，而應由免稅收入項下分攤。而元大證金公司係非以有價證券買賣為專業之營利事業被告比照財政部83年2 月函釋，按「收入比」計算應稅免稅收入應分攤之營業費用之計算方式，符合收入成本配合原則，並無違誤。又縱認系爭租金費用及水電管理費用應依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積作為合理分攤基礎，但原告迄今仍未補具相關佐證資料，被告亦無從審酌，原告主張尚無足採。
三、營利事業提撥職工退休基金之限額計算，應以區分一般員工限額及經理人個別薪資總額分別計算，被告認經理人之退休金帳戶中，超過已付經理人薪資總額8%部分否准認列，變更核定為204,868,075 元之處分，尚無違誤：
（一）本件應適用之法條與法理：
1、所得稅法第33條規定：「（第1 項）營利事業定有職工退休辦法者，得報經該管稽徵機關核准，每年度提列職工退休金準備……。但營利事業設置職工退休基金，與該營利事業完全分離，其保管、運用及分配等符合財政部之規定者，報經該管稽徵機關核准，每年度得在不超過當年度已付薪資總額之8%限度內，提撥職工退休金，並以費用列支。」、「（第2 項）適用勞動基準法之營利事業，報經該管稽徵機關核准，每年度得在不超過當年度已付薪資總額之15% 限度內，提撥勞工退休準備金，並以費用列支。」「（第3 項）凡已依前兩項規定逐年提列退休金準備、提撥職工退休基金或勞工退休準備金者，以後職工退休，依規定發給退休金或資遣費時，應儘先由職工退休金準備或職工退休基金或勞工退休準備金項下支付；不足支付時，始得以當年度費用列支。
」。
２、財政部75年7 月函釋稱：「依所得稅法第33條規定，營利事業設置職工退休基金，與該營利事業完全分離，每年得在不超過當年度已付薪資總額之8 ﹪限度內，提撥職工退休金，並以費用列支。至該項基金係按月或按年提撥，稅法並無限制規定。」，財政部83年5 月函釋稱：及「營利事業依公司法『委任』之經理、總經理，其退休金不得自勞工退休準備金專戶撥付，惟基於提列或提撥基礎不重複之原則，准另依所得稅法第33條規定，擇一提列職工退休金準備或提撥職工退休基金」，核乃執行母法之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤。
（二）本件原告92年度採連結稅制，併同元大證金公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，元大證金公司92年度列報薪資支出208,307,991 元，其中職工退休金實際提撥數16,131,028元（一般員工7,220,210 元＋經理人8,910,818 元），因超過已付薪資總額8%之限額13,685,709元（171,071,
359 元×8 ﹪），會計師自行調減2,445,319 元，申報退休金費用13,685,709元（16,131,028元－2,445,319 元）。被告初查，以其中經理人之退休金帳戶中，包含非依給付薪資總額8%存入之7,000,000 元及扣繳稅款143,616 元，否准認列，核定退休金費用8,987,412 元（16,131,028元－7,000,000 元－143,616 元），剔除薪資支出4,698,
297 元（13,685,709元－8,987,412 元），核定203,609,694元。被告復查決定以實際提撥之退休基金係專戶專用，應按一般員工已付薪資總額133,251,570 元及經理人已付薪資總額37,819,789元，分別計算限額10,660,126元（133,251,570 元×8%）及3,025,583 元（37,819,789元×8%），實際提撥數分別為7,220,210 元及8,910,818 元，其中經理人退休金帳戶實際提撥數8,910,818 元，於扣除非依給付薪資總額8 ％提撥7,000,000 元及扣繳稅款143,
616 元後餘額1,767,202 元，未超過經理人已付薪資總額計算之限額3,025,583 元，原核定退休金費用8,987,412元應予追認1,258,381 元（3,025,583 元－1,767,202 元），92年度列報薪資支出變更核定為204,868,075 元，尚無違誤。
（三）原告雖主張營利事業所得稅結算申報書第7 頁之限額計算表之表達方式，營利事業提撥職工退休基金之限額計算係以全公司為單位，並無應按一般員工及經理人個別薪資總額分別計算云云。
（四）惟查：
１、依93年修正查核準則有關第71條規定修正說明五：「第
7 款有關營利事業職工退休金費用認列規定，分目規範如下：（一）第1 目明定營利事業提列職工退休金準備或提撥職工退休基金之規定。並參照財政部69年3 月函釋規定，增訂但書不得同時提列職工退休金準備及提撥職工退休基金之規定。（二）第2 目明定適用勞動基準法之營利事業，提撥勞工退休準備金之規定。並參照財政部83年5 月及90年函釋規定。增訂除不符勞動基準法勞工身分之職工，未經就其薪資總額提撥勞工退休準備金者外，不得再提列職工退休金準備或提撥職工退休基金，重複列報退休金費用。」，可知營利事業職工退休金費用之認列，須就是否符合勞動基準法「勞工身分」之職工為不同之規範，而營利事業依公司法「委任」之經理、總經理因不具勞動基準法之勞工身分，財政部乃以83年5 月函釋，規定營利事業依公司法「委任」之經理、總經理，基於提列或提撥基礎不重複原則下，准另依所得稅法第33條第1 項規定，擇一提列職工退休金準備或提撥職工退休基金，可見相關職工退休基金提撥限額，亦應就「勞工身分」之有無，分別計算。
２、原告於前中央信託局勞工退休準備金專戶與中聯信託退休基金專戶分別提撥勞工退休準備金7,220,210 元（一般員工）及中聯信託退休信託資金8,767,202 元（經理人），惟應按一般員工已付薪資總額133,251,570 元及經理人已付薪資總額37,819,789元，分別計算限額10,660,126元（133,251,570 元×﹪）及3,025,583 元（37,819,789元×8 ﹪），因一般員工實際提撥數7,220,21
0 元並未超過一般員工已付薪資總額計算之限額10,660,126元，被告准予全數認列，然經理人退休金帳戶實際提撥數8,910,818 元，於扣除非依給付薪資總額8 ％提撥7,000,000 元及扣繳稅款143,616 元後餘額1,767,20
2 元，因未超過經理人已付薪資總額計算之限額3,025,
583 元，是以復查決定准予追認其差額1,258,381 元，92年度元大證金公司列報薪資支出變更核定為204,868,
075 元，尚無違誤，原告主張尚不足採。
戊、從而，原處分（即復查決定）並無違法，訴願決定予以維持，亦屬正確。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
已、兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 7 月 17 日
臺北高等行政法院第七庭
審判長法 官 黃秋鴻
法 官 蔡紹良法 官 畢乃俊上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 101 年 7 月 17 日
書記官 簡若芸