臺北高等行政法院判決
103年度簡上字第45號上 訴 人 新賀斯國際有限公司代 表 人 晶昌股份有限公司指定代表人 林嘉鴻被 上訴 人 財政部臺北國稅局代 表 人 何瑞芳（局長）上列當事人間因營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國103年1 月29日臺灣臺北地方法院102 年度簡字第247 號行政訴訟判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、緣上訴人辦理民國99年度營利事業所得稅（下稱營所稅）結算申報，原列報研究發展支出新臺幣（下同）1,272,240 元及可扣抵稅額190,836 元。嗣被上訴人以其研發計畫經中央目的事業主管機關認定不符公司研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱研發投抵辦法）第2 條第2 項「具有高度之創新」要件，乃否准其認列，核定可扣抵稅額為0 元，課稅所得額為21,732,390元，應納稅額仍為3,694,506 元，應補徵營所稅額190,836 元。上訴人不服，於101 年6 月14日申請復查，經被上訴人以102 年2 月5 日財北國稅法一字第1020003612號復查決定書予以駁回。上訴人對未獲變更仍不服，循序提起訴願及行政訴訟，均遭駁回，乃提起本件上訴。
二、上訴人於原審起訴主張：㈠上訴人於99年度營所稅結算申報，針對其研發計畫「評估營
養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」，將從事研究發展工作之全職人員薪資、專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用及委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用，總計申報研究與發展支出金額1,272,24
0 元，此應符合研發投抵辦法第12條規定，得申請抵減當年度應納營所稅額。惟前揭研究與發展支出金額竟全數遭被上訴人核定為「予以剔除」。其99年度營所稅申報核定調整法令及依據說明書認為：依經濟部工業局（下稱工業局）出具99年度研究發展活動認定意見書，認為當年度研究計畫係有關現有產品或技術之經常性改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定，本年度研發支出抵減稅額予以剔除，調整後核定其研發支出可抵減稅額為零等語。此不合理之理由，起因於被上訴人不了解事實且錯誤使用工業局及經濟部商業司（下稱商業司）非專業且違法之意見書所致。
㈡研發投抵辦法第12條有關目的事業主管機關為何，須視該非
公務機關目的事業所由成立之專業法規之管轄權規定而定。上訴人為國內知名營養食品廠商，所營為營養醫學事業。營養食品依國內目前法規係歸類為食品，因此上訴人所營事業之中央目的事業主管機關應為行政院衛生署（下稱衛生署，現為行政院衛生福利部）。因此，上訴人提出研發抵減申請之食品研發活動是否符合高度創新，理應由衛生署依研發投抵辦法出具專業意見書。被上訴人竟以國內掌管經濟發展之經濟部意見為食品專業依據，實為不妥亦不具專業，上訴人實難信服。又研發活動本有其專業性，非具有產業專業知識之人員無法正確研判研發內容。上訴人依法於申請期間內向工業局提出書面資料後，工業局本有義務將上訴人之研發抵減申請移交衛生署審查。然而工業局非但未移交，更逕自審查出具非法及不專業之意見書給被上訴人。而被上訴人於收到不合法且不專業之意見書時，竟也未加詳究是否合法，即依此核定上訴人99年度營所稅並將該年度研究與發展支出金額全數「予以剔除」。嗣後上訴人申請復查，被上訴人改依據商業司的意見書，亦非上訴人之中央目的事業主管機關衛生署所出具，且商業司於復查期間，也未向上訴人提出任何要求及審查結果書表下，即向被上訴人出具非專業性及非適法性之意見書。由此可知，被上訴人在核定上訴人99年度營所稅該年度研究與發展支出金額時，所依據的是不合法之意見書。再者，上訴人的商品銷售係採多層次傳銷，行業別歸類為多層次傳銷，依公平交易法第23條之4 及第9 條規定，中央目的事業主管機關為公平交易委員會（下稱公平會），故上訴人於復查時，將公平會視為多次傳銷行為目的之中央主管機關，乃是依產品銷售行為認定。因此，原告之中央目的事業主管機關，不是就其主要營業項目而言，為衛生署；就是依其產品銷售行為而言，為公平會，絕非被上訴人所言之經濟部。上訴人申請適用投資抵減之所以向經濟部送件，乃因現行投資抵減申請表格上註明送件地點為經濟部工業局，並不代表上訴人認定經濟部為上訴人之中央目的事業主管機關。且按行政程序法第17條，行政機關對事件管轄權之有無，應依職權調查，其認無管轄權者，應即移送有管轄權之機關，就上訴人而言，經濟部既無管轄權，理應依法移送有管轄權之機關。然被上訴人卻一直認為送件機關即為中央目的事業主管機關，實有違誤。
㈢被上訴人核定調減上訴人99年度研發投資可抵減支出1,272,
240 元時，並未清楚告知調減理由，有違明確性原則。㈣上訴人委託國內知名大學共同研究之產學合作費用，為醫學
上對治療的最新理念之「營養醫學」研究。所研究各種新發展技術之特有疾病的特殊營養配方，對於病人的生活品質與治癒率都有顯著的改善，在醫學治療癌症病患的存活率有著極大的幫助，絕對是符合高度創新性，絕非現有產品或技術之經常性改良、變更或補強，應屬符合產業創新條例暨相關抵減稅額之辦法等語。爰求為判決撤銷訴願決定及原處分。
三、被上訴人於原審答辯略以：㈠產業創新條例第10條係考量所得稅法第5 條營所稅稅率已由
25% 調降為17% ，大幅降低營利事業租稅負擔，惟為協助國內企業加速產業結構調整，積極投入具關鍵性、風險性高之研發計畫，考量我國國情及目前財務狀況，故仍有實施租稅獎勵之必要，但獎勵範圍應僅限於其從事之研究發展活動，應具高度之創新，而不至於過度寬鬆，乃明定公司研發活動應具有高度之創新水準，始適用研發投資抵減，如僅為現有產品、技術或服務之改良、變更、補強等活動，非為研發投抵辦法獎勵範疇。另依據研發投抵辦法第12條明定研究發展支出適用投資抵減，係採行政機關專業分工之審查機制，公司研究發展活動須先經中央目的事業主管機關審查認定，並出具意見作為稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額之依據。本件上訴人申請適用投資抵減，其依研發投抵辦法第12條規定向經濟部送件，即已認定中央目的事業主管機關為經濟部，惟工業局及商業司均已出具上訴人研究發展活動不符合研發投抵辦法第2 條及第3 條規定，租稅上即無研發投資抵減之適用，上訴人主張其中央目的事業主管機關為衛生署，惟亦經該署101 年9 月21日署授食字第1010062602號函說明產業創新活動非其職掌。
㈡產業創新條例第10條規定，投資抵減之適用範圍、申請期限
、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之，而研發投抵辦法係由經濟部會同財政部所訂定，其中央主管機關即為經濟部，況食品衛生管理法第1 條規定，該法係為管理食品衛生安全及品質，維護國民健康而制定，與上訴人申請認定其研究發展計畫是否符合研發投抵辦法第2 條及第3 條規定無涉。
㈢本件依商業司出具之研究發展活動認定意見書載明，上訴人
列報之研究發展計畫「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」，係屬現有商品、服務、技術或專門知識之改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定。故非屬產業創新條例所定租稅獎勵範疇，其相關支出自不得享受抵減當年度應納營所稅額之租稅優惠，原核定否准認列洵屬有據。綜上，依首揭規定，原核定研究發展支出、其可抵減稅額及本年度准予抵減稅額均為0 元並無不合等語。
並聲明：駁回上訴人之訴。
四、原審審酌全辯論意旨及調查證據之結果，略以：㈠上訴人為適用投資抵減之獎勵，依研發投抵辦法第12條第1
項規定，於辦理99年度營所稅結算申報後，向工業局申請認定是否符合研發投抵辦法第2 條及第3 條規定。經工業局認定不符合高度創新，被上訴人乃據此核定上訴人所申報之可抵減稅額190,836 元為0 元。上訴人不服，除申請復查外，並於101 年5 月28日向工業局再次提出認定之申請，經該局函轉商業司辦理，商業司則以上訴人行業別為多層次傳銷，函移公平會辦理，然公平會以公平交易法所規範者為多層次傳銷行為之管制，相關事業之申請研究發展活動認定審核事宜，應由目的事業主管機關負責，乃移還商業司辦理。商業司復以上訴人之研究計畫內容係屬衛生署執掌，乃函請衛生署辦理；又因上訴人申請復查後，被上訴人就其復查理由，函請工業局協助查明，經工業局併請商業司辦理，商業司併請衛生署辦理，嗣經衛生署以「食品試食臨床研究之審查及促進產業創新活動並非本屬業務執掌」為由，函復商業司表示無法認定。商業司乃就上訴人申請認定事項，於101 年12月13日召開審查小組會議，決議本案商品研究發展活動不符合高度創新之認定，並函知被上訴人，被上訴人乃據此駁回上訴人復查之申請。
㈡依研發投抵辦法第12條規定，是否符合同辦法第2 條及第3
條規定，公司應送請中央目的事業主管機關認定，再將認定結果送交稅捐稽徵機關核定，始得適用投資抵減之獎勵，是上訴人就此稅捐減免優惠事項，自負有舉證責任。上訴人所提出申請認定之「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」研發計畫，分別經工業局、商業司認定並不具有高度之創新性，上訴人復未能提出證據證明其前開研究發展計畫確實符合高度創新性而得據以主張租稅減免之優惠，被上訴人據此將其列報之可扣抵稅額190,836 元核定為0 元，並補徵稅額190,836 元，自屬有據等語，駁回上訴人在原審之訴。
五、本院按：㈠按「為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力，特
制定本條例。」「本條例所稱主管機關：在中央為經濟部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」「（第1 項）為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限。（第2 項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」「本條例自公布日施行。但第十條施行期間自中華民國九十九年一月一日起至一百零八年十二月三十一日止。」修正前產業創新條例第
1 條第1 項、第3 條、第10條、第72條分別定有明文。經濟部依上開條例第10條第2 項之授權，會同財政部於99年11月
8 日會銜訂定發布研發投抵辦法（即本件行為時法）第2 條規定：「（第1 項）本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品、技術、勞務或服務流程之創新活動。（第
2 項）公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」第3 條規定：「前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：一、為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。」第4 條第1項規定：「本辦法所稱研究發展之支出，指公司研究發展單位從事前二條研究發展活動所支出之下列費用：一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。」第12條規定：
「（第1 項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵：一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。四、研究計畫、紀錄或報告。五、其他有關證明文件。（第2 項）中央目的事業主管機關應於受理前項申請後四個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關認有必要時，得延長審查期間二個月，並通知公司所在地稅捐稽徵機關。」第13條規定：「（第1 項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附前條第一項規定之文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。（第2 項）前項申報表格之格式，由財政部定之。（第3 項）公司依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。」第17條規定：「本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。」上開行政命令，係就投資抵減適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關等事項，本於法律授權所為細節性、技術性、解釋性之補充性規定，核未逾越授權範圍，與母法意旨亦無牴觸，自得援用。
㈡經查，上訴人以其「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌
患者之輔助治療成效」研發計畫，應適用投資抵減之稅捐優惠，遂依研發投抵辦法第12條第1 項規定，於100 年5 月31日辦理99年度營所稅網路結算申報後，於100 年6 月20日（工業局收文日）檢附系爭研發計畫資料，填具「製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書」，向工業局申請認定是否符合研發投抵辦法第2 條及第3 條規定，有上開申報書及申請書在卷可稽（原處分卷第22至173 頁、
220 頁）。嗣經工業局認定上開計畫不符合高度創新之認定，並以100 年11月4 日工化字第10001044330 號函知被上訴人及上訴人，被上訴人據此就上訴人所申報之可抵減稅額190,836 元核定為0 元。上訴人不服，除於101 年6 月14日申請復查，主張其行業別為多層次傳銷，中央目的事業主管機關應為公平會外，並於101 年5 月28日再向工業局提出認定其是否符合研發投抵辦法第2 條及第3 條規定之申請，經該局函轉商業司辦理，該司先後函移公平會、衛生署，均未獲辦理。商業司嗣開審查小組會議，決議本件不符合高度創新之認定，以101 年12月28日經商七字第10102444980 號函復被上訴人及上訴人，被上訴人並據以駁回上訴人之復查等情，有工業局、商業司、公平會及衛生署各函在卷可稽（原處分卷第17至19頁、第215 至236 頁），均據原判決認定在案。依上開研發投抵辦法第12條規定，公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於規定期限內，檢附相關文件資料，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合同辦法第2 條及第3 條規定，中央目的事業主管機關原則上應於受理申請後4 個月內，將審查結果送交稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。可知關於當年度公司研究發展活動是否符合同辦法第2 條及第3 條規定（包括是否具有高度之創新性），係先由中央目的事業主管機關依其專業而為認定，其作成符合或不符合之認定，嗣由稅捐稽徵機關依其認定，再對納稅義務人所申請薪資、費用抵減當年度應納營所稅額予以核定。此見工業局出具之上開研究發展活動認定意見書註記：「依據『公司研究發展支出適用投資抵減辦法』規定，公司研究發展活動由中央目的事業主管機關審認並出具認定意見，作為貴局（即被告）核定投資抵減稅額之依據，至於公司研發支出項目及金額之查核係屬貴局之權責。該公司申報研發支出金額是否符合前開投抵辦法規定，尚請貴局詳實查核。」益明（原處分卷第18頁）。足認中央目的事業主管機關係就該申請案是否符合該辦法第2 條及第3 條規定為審查，其核定對外即直接發生法律效果，性質上應屬行政處分，稅捐稽徵機關係就稅額如何抵減為審查，其以中央目的事業主管機關上開認定為前提，自應就其處分之構成要件效力予以尊重。至工業局於認定意見申請書之表格上載稱：「本局對公司研究發展計劃所認定之結果並非行政處分……」等語（原處分卷第215 、220 頁），則是對於行政處分性質之誤認，非屬的論，附此敘明。是以，本件經上訴人所提出之申請，前經工業局、商業司先後作成其不符合該辦法應具高度創新要件之認定，亦即本件抵減稅額之申請仍未符合中央目的事業主管機關已認定其有高度創新之要件，被上訴人據此將上訴人列報之可扣抵稅額190,836 元核定為0元，補徵稅額190,836 元，於法並無違誤。
㈢上訴人上訴意旨指摘工業局、商業司均非屬其中央目的事業
主管機關，且不具有審查系爭研究發展計畫之專業性，應由公平會或衛生署出具專業審核意見書，然原判決未詳究何為其中央目的事業主管機關，即採無管轄權機關所出具之意見書，作成不利上訴人之處分，有不適用法規或適用不當之情形，亦有判決不備理由之違背法令云云。惟查，上開工業局、商業司就本件研究發展計畫所提出之審查結論，性質均屬行政處分，業如前述。上訴人如對其審查結論之實質內容不服，或認工業局、商業司非其中央目的事業主管機關，程序上未移轉予公平會或衛生署管轄，有所違誤等情，自應就該處分依法提起訴願尋求行政救濟（依上開工業局100 年11月
4 日函及商業司101 年12月28日函所載，業以副本通知上訴人），工業局及商業司上開處分既未經撤銷、廢止，亦未因其他事由而失效，依行政程序法第110 條第3 項規定，該處分之效力仍繼續存在，因抵減要件未獲滿足，被上訴人故而作成不予扣抵及補徵稅額之處分，尚無違誤，已如前述，是上訴意旨指摘原判決違背法令，自非可採。至於上訴人於10
1 年6 月14日申請復查時曾就上開工業局100 年11月4 日函之合法性有所爭執（本院卷第206 頁），如其得依訴願法第61條第1 項視為訴願之提起，因工業局該函未為救濟期間及途徑之告知，上訴人所為上開不服之表示，仍於行政程序法第98條第3 項規定之1 年救濟期間內，附此敘明。
㈣綜上，原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，駁回上訴人
之訴，核無違誤。原判決對上訴人在原審之主張如何不足採之論據取捨等，均已詳為論斷，並無上訴人所稱判決適用法規不當、理由不備或理由矛盾等違背法令情事。上訴人其餘所訴各節，無非就原判決業已論駁之理由以及就原審證據取捨、認定事實之職權行使事項，任加爭執，指摘原判決有違背法令情事，求予廢棄，難認有理由，應予駁回。
六、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第236 條之2第3 項、第255 條第1 項、第98條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 104 年 4 月 30 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 王碧芳
法 官 程怡怡法 官 高愈杰上為正本係照原本作成。
不得上訴。
中 華 民 國 104 年 4 月 30 日
書記官 何閣梅