臺北高等行政法院判決
104年度訴字第1701號106年12月7日辯論終結原 告 日月光半導體製造股份有限公司代 表 人 張虔生（董事長）訴訟代理人 李念祖 律師
劉昌坪 律師蔡嘉昇 律師上 一 人複 代理人 李劍非 律師被 告 經濟部工業局代 表 人 呂正華（局長）訴訟代理人 盧碧黛
劉穎俊杜偉民上列當事人間產業創新條例事件，原告不服經濟部中華民國104年9月11日經訴字第10406312930號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件被告代表人原為吳明機，訴訟中變更為呂正華，業據被告新任代表人呂正華提出承受訴訟狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要：原告前以民國103年5月31日（103）明財字第080號函檢附申請書及相關資料（被告同年6月3日收文），依「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」（下稱投抵辦法）相關規定向被告申請認定102年度研發活動符合投資抵減資格（下稱系爭申請案）。案經被告審核，認原告於102年因違反環境保護相關法令且經中央主管機關裁定屬情節重大，不符合103年5月6日修正投抵辦法第2條之1規定之申請資格條件，以104年2月17日工電字第10400164561號函為「無法受理」之處分（下稱原處分）。原告不服，提起訴願，遭決定駁回後，遂提起本件行政訴訟。
三、原告主張略以：㈠本案應適用之99年5月12日制定公布之產業創新條例（下稱9
9年產創條例）第10條第1項及101年5月3日修正公布之投抵辦法（下稱投抵辦法一）：
⒈系爭申請案係申請認定原告於102年度（即自102年1月1日
起至102年12月31日）所進行之研發活動得否依產業創新條例（下稱產創條例）及投抵辦法取得抵減營利事業所得稅（下稱營所稅）之租稅優惠，是原告於系爭申請案中所涉之「實體法律關係」，應是原告102年度公司研發投資活動是否符合投資抵減之法定要件。依照產創條例第10條第1項規定，投資抵減之申請係配合營所稅以年度為單位作為抵減基準。又99年產創條例公布施行後，即形成信賴基礎，原告於年度伊始或稍後投入之研發活動，為信賴行為，且其投入之研發活動經被告認定符合該條例第1條及第10條第1項規定者，即具值得保護之信賴，而得享有年度性投資抵減請求權。故依照實體法律關係準據判斷及信賴保護原則，系爭申請案應以102年1月1日（102年投資抵減活動伊始）為實體法規之基準時，適用99年產創條例第10條第1項及投抵辦法一。被告以103年5月6日修正公布之投抵辦法（下稱投抵辦法二）為依據，自非適法。
⒉投抵辦法二第2條之1非但明顯違反法律保留原則，原處分
及訴願決定適用投抵辦法二第2條之1，認定原告因違反環境法令事由而不符合投抵申請資格，亦違反法律禁止溯及既往原則、平等原則、一事不二罰原則及不當聯結禁止原則：
⑴投抵辦法二第2條之1違反法律保留原則：
查99年產創條例未將投資抵減之「申請資格」授權行政機關發布命令為補充規定，迺經濟部及財政部於欠缺法律明文授權下，逕行於投抵辦法二中就抵減申請之資格作出限制，剝奪或限制企業享有租稅減免之財產上權利，顯與法律保留原則相違；原處分及訴願決定加以援用，自屬違法。此外，亦有學者認為該條違反中央法規標準法第6條、行政程序法第150條及同法第158條，應屬無效。⑵原處分對於原告102年度公司研發活動之抵減認定申請，適用投抵辦法二第2條之1，違反法律禁止溯及既往原則：
基於法律禁止溯及既往原則，新訂生效之法規原則上不得適用於該法規生效前業已終結之事實或法律關係。原告102年度研發抵減之相關事實，均在99年產創條例第10條第1項及投抵辦法一第12條第1項等規定之信賴下，於102年度發生完畢，此與原告是否於投抵辦法二第2條之1生效後提出系爭申請案、以及有無預見行政機關所提出並公布之投抵辦法二第2條之1並無關連。是原處分就原告102年度之已終結事件（即102年度研發投抵之相關事實），適用投抵辦法二第2條之1，明顯違反法律禁止溯及既往原則。
⑶查依產創條例第1條第1項規定及第10條第1項規定之立法
理由，該條例有其獨立鼓勵產業創新及研究發展之合理正當目的，而申請人是否違反環境保護、勞工或食品安全衛生等法規，已有諸如水污染防治法、土壤及地下水污染防治法等專法以行政罰、刑罰等手段達成其公益目的，立法實無必要再透過產創條例，以負面表列排除方式限制申請以達成相關環境或衛生法規等之嚇阻效果，且此將違反一事不二罰及平等原則。次查。投抵辦法二第2條之1係將年度、是否為同一事由、是否連續或數次、是否違反環保、勞工、食品安全衛生相關法規等，作為差別待遇基準，惟公司之產業是否創新、技術是否有競爭力、得否依法申請並享有投資抵減之優惠，與是否符合環保、勞工、食品安全或衛生等法規之間，並無實質正當之關聯。
⑷另查，就102年度之投資抵減認定之法定提起申請期間為1
03年2月1日至同年5月31日；投抵辦法二係於103年5月6日修訂，並新增舊法所無之申請消極資格條件（第2條之1）。若依被告主張，以「申請日」作為法規適用標準，將使103年5月6日後提出投資抵減申請之公司適用較嚴格之資格要件，係對本質上相同之事物，為不同之處理，無正當理由恣意予以差別待遇，顯與平等原則相違。是故，不論各申請案之「申請日」是否在投抵辦法二之生效日前，凡102年度之申請案均應適用99年產創條例第10條第1項及投抵辦法一之規定，方與平等原則無違。
⒊法務部103年10月14日法律字第10303511820號函釋（下稱
法務部103年函釋）係針對103年6月18日修正公布之產創條例（下稱103年產創條例）第10條第1項之適用範圍作成解釋，與本案爭執之99年產創條例第10條第1項及投抵辦法一或投抵辦法二無涉。且依上開函釋，法務部認為103年產創條例第10條第1項之構成要件，係於申請人提出申請之後才完全實現所有構成要件事實。惟查，「提出申請」之行為乃係「行使行為」，不應被解讀為構成要件，且不論是99年或103年產創條例第10條第1項，其規範結構均不包括申請人「提出申請」之行為。法務部103年函釋顯然錯誤解釋申請人資格條款，學者亦認為該函釋顯然罹有若干瑕疵，非盡然可採。
㈡縱使投抵辦法二第2條之1適法而可適用於系爭申請案，原告
亦無該條第2款規定當年度就同一事由連續違反環境保護法令，且經主管機關裁定情節重大之情事：
⒈依投抵辦法二第2條之1條規定，須當年度無就同一事由連
續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定，始符情節重大之要件。所謂「當年度」，應指原告申請認列之投資抵減年度（即102年1月1日至102年12月31日）；且該條文既明揭必須為「同一事由」，應指「同一法規」方為合理明確；「連續」應指「所有違規行為均須經主管機關裁定情節重大」。
⒉被告105年3月1日工策字第10500139960號函（下稱被告10
5年3月1日函）就投抵辦法二第2條之1第2款之「當年度」，係以「裁罰年度」作為認定依據，等同將投資抵減資格之申請人資格，繫諸於裁罰處分行政救濟程序與後續重為處分之日期，顯非合理，亦與法律明確性原則不符。再且，法條明揭「同一事由」違反相關法令，被告就公司違反法律且情節重大之認定方式，亦係以「同一規定」為認定標準；被告105年3月1日函恣意擴張解釋為「同種類法規」，牴觸產創條例之立法意旨，擴張曲解投抵辦法二第2條之1所明訂之負面表列事由。
⒊原處分及訴願決定係以行政院環境保護署（下稱環保署）
103年12月30日環署管字第1030112014號函（下稱環保署103年12月30日函）及其所附之調查表，與104年5月25日環署督字第1040040095號函及其所附資料（下稱環保署104年5月25日函），認定原告不符合申請資格云云。惟查，在環保署104年5月25日函之附表內，固列有6件於102年間因違反空氣污染防制法、水污染防治法及廢棄物清理法遭裁罰之事件，然違反空氣污染防制法之日期為101年12月25日，另2件違反水污染防治法事件，違反日期分別為101年9月13日及101年9月25日，僅「裁處開立日期」於102年間，自不應計入102年度之違規事件。承上，得計入原告102年間之違規事件共3件，其所違反之法規分別為空氣污染防制法第24條第2項、水污染防治法第7條第1項（即102年10月1日原告K7廠違規事件，下稱K7廠事件）及廢棄物清理法第36條，均非違反同一法規，且僅有K7廠事件被註記為情節重大，當不符合投抵辦法二第2條之1規定之申請資格除外之構成要件。
㈢退步言之，縱使投抵辦法二第2條之1第2款僅需一件違規事
件被認定為情節重大即符合該條之要件，然K7廠事件經過歷次法院調查審理後，已可確認該事件非所謂「情節重大之違規事件」：
⒈高雄市政府環境保護局（下稱高雄市環保局）雖就K7廠事
件認定有行為時（下同）水污染防治法第73條第6款至第8款所述之「情節重大」情形，裁處原告停工及新臺幣（下同）1億200萬餘元之高額罰鍰，惟K7廠事件業經臺灣高等法院高雄分院103年度矚上訴字第3號刑事判決及高雄高等行政法院103年度訴字第355號判決（經最高行政法院106年度判字第289號判決駁回高雄市環保局之上訴而告確定）等詳予調查，於判決中清楚釐清K7廠事件並無高雄市環保局所指有水污染防治法第73條第6款至第8款所述「情節重大」之情形。是上開判決足證K7廠事件確不構成投抵辦法二第2條之1第2款所定「違反環境保護相關法令且情節重大」之情事，且被告全然未針對上開相關刑事及行政訴訟判決之內容予以反駁，足認原告所言非虛。
⒉再者，事業違反放流水標準之排放行為是否屬水污染防治
法之「情節重大之違章行為」，仍應視該行為是否符合水污染防治法第73條各款規定而定，否則事業一有「違規行為」即被認屬「情節重大之違規行為」而不具投資抵減之申請資格，顯違立法之原意。K7廠事件固然有違反水污染防治法第7條第1項排放超標廢水之違章事實，但絕無構成同法第73條第6款至第8款所述情節重大之情事。原告係基於損失評估及儘速實現遵守環保法規之承諾，選擇全力配合主管機關進行環保體檢，未針對適法性顯有疑義之停工處分提起行政救濟，僅是原告不行使憲法所保障之訴訟權，絕非認同高雄市環保局之停工處分適法或適當，不應據此即認定原告受處罰乃屬當然。
⒊臺灣高等法院高雄分院106年度矚上更㈠字第1號刑事判決
已明白指出原告所屬員工等人係共同犯修正前之「廢棄物清理法」，並未認定K7廠構成水污染防治法第73條之情節重大（且該案目前已提起上訴，尚未確定），亦不足以證明K7廠事件構成「違反環境保護相關法令且情節重大」之情事。被告執上開與水污染防治法毫無關聯之判決，指稱K7廠事件確已符合同法第73條第6款至第8款規定之情形，洵屬無據。
㈣原處分不受理原告請求認定符合投資抵減資格條件之申請，
效果上係剝奪原告以其102年度研究發展支出抵減當年度應納營所稅之資格，屬不利益決定，自應依行政程序法第102條規定給予原告陳述意見之機會。然被告於原處分作成前，未給予原告表達相關意見之機會，剝奪原告合理、公平參與法律程序之權利。被告雖稱本件案情明確，依行政程序法第103條第5款規定，得不給予原告陳述意見之機會。惟原告違反水污染防治法是否屬「情節重大」非單純事實問題，尚需審酌同法第73條第6款至第8款事由，故本案並未達「客觀上明白足以確認」之程度。且本案涉及限制原告投資抵減權利影響重大，非屬同條第6款規定，限制自由或權利之內容及程度，顯屬輕微而無事先聽取相對人意見之必要者，自必須給予原告陳述意見之機會。
㈤被告於作成原處分前，僅例行性地於103年10月24日以工策
字第10301009180號函請環保署等機關協助清查原告是否符合申請投抵之資格，而環保署103年12月30日函檢送「經濟部工業局受理公司研究發展支出適用投資抵減申請案最近3年有無重大違法行為調查表」。被告雖嗣後於104年1月5日召開「本局受理102年度研究發展支出適用投資抵減申請案最近3年有嚴重違法情事案確認會議」，惟仍未見被告於作成原處分前，就原告是否符合投抵申請資格，有任何自行判斷認定之過程。被告亦自承係依環保署104年5月25日函及高雄市環保局106年9月13日高市環局土字第10638156200號函，認定K7廠事件符合投抵辦法二第2條之1第2款之消極要件。再查，環保署或高雄市環保局所提供之函復意見，並不具有拘束被告之構成要件效力，是縱環保署與高雄市環保局業就K7廠事件是否構成情節重大等情事表達意見，仍不減被告應依其職權調查原告102年度投資抵減一案是否該當投抵申請消極資格之義務。被告怠於依職權進行調查及認定本案事實，顯然構成裁量怠惰。為此，提起本件訴訟，並聲明求為判決：⒈訴願決定及原處分均撤銷。⒉被告就原告系爭申請案，應依法院判決之法律見解另為適法之處分。
四、被告答辯略以：㈠為督促企業踐行企業社會責任，經濟部與財政部於103年5月
6日會銜修正投抵辦法第2條之1，明定申請適用研究發展投資抵減之公司應符合「當年度無就同一事由連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事」之資格條件，並於同年12月19日再次修訂申請公司應符合「最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大」之資格條件。103年產創條例修訂第10條規定，「最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。」原告係於103年5月31日提出申請，故仍應受前開辦法及條例之規範。
㈡被告依據投抵辦法二第2條之1規定，於103年10月24日函請
各中央主管機關調查申請投抵公司最近3年是否有違反相關法令且裁定為情節重大之情事，經環保署103年12月30日函復被告表示，原告於102年間違反環境保護相關法律且情節重大。又環保署104年5月25日函再次表示，原告於102年間多次違反環境保護相關法律並經高雄市環保局及桃園市政府環境保護局裁處在案，且原告於102年10月1日違反水污染防治法，已符合水污染防治法第73條第6款至第8款規定情形，業經高雄市環保局依法予以裁處，並由該署與高雄市環保局共同認定屬情節重大案件。
㈢投抵辦法二第2條之1規定係屬原告申請時之消極資格條件，
依據法務部103年函釋，「公司申請抵減營利事業所得稅之法律關係如跨越上開規定生效施行前、後時期，而於該規定生效施行後申請抵減者，因其仍係於該規定生效施行後始完全實現所有構成要件事實，並無牴觸法律適用上不溯及既往原則」。本案非就已終結之申請案予以溯及適用之情形，尚無原告所指違反法律不溯及既往原則之情形。
㈣查高雄市環保局就原告是否違反環境保護相關法令且屬情節
重大乙事，以106年9月13日高市環局土字第10638156200號函復略以，最高行政法院106年度判字第289號判決並未撤銷高雄市環保局對原告K7廠晶圓製造程序製程停工部分，K7廠事件仍屬違反行為時水污染防治法規定情節重大無誤；且高雄高等行政法院103年度訴字第355號判決則明揭原告違反水污染防治法第7條第1項規定之違章行為明確，高雄市環保局依行為時同法第40條第l項規定為裁罰，並無不合等語。另有關原告所屬人員蘇炳碩等4人涉及刑事責任部分，依臺灣高等法院高雄分院106年8月24日106年度矚上更㈠字第1號刑事判決認定仍需負起刑事責任，渠等分別處有期徒刑1年4月至1年10月不等，並均有4至5年緩刑。
㈤綜上，原告於102年度因同一事由連續違反環境保護相關法
律，經主管機關環保署與高雄市環保局共同認定K7廠事件違反水污染防治法第7條第1項規定，係屬情節重大，依申請時投抵辦法二第2條之1規定，不得申請當年度研究發展活動適用投資抵減之獎勵，原處分洵無違誤。為此，求為判決：駁回原告之訴。
五、上開事實概要欄所述之事實經過，除下列爭執事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原告103年5月31日製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書（原處分卷第118頁）、原處分（本院卷1第87頁）、訴願決定（本院卷1第88至96頁）等影本在卷可稽，自堪認為真正。是本件爭執事項厥為：㈠被告針對原告系爭申請案，應適用之準據法為何？㈡系爭申請案是否符合所應適用準據法之核准要件？㈢原處分是否違反行政程序法第102條規定？
六、本院之判斷：㈠按「行政處分之作成，須二個以上機關本於各自職權先後參
與者，為多階段行政處分。此際具有行政處分性質者，原則上為最後階段之行政行為，即直接對外發生法律效果部分。人民對多階段行政處分如有不服，固不妨對最後作成行政處分之機關提起訴訟，惟行政法院審查之範圍，則包含各個階段行政行為是否適法。」（最高行政法院91年判字第2319號判例可資參照）次按「行政機關作成之處分須其他機關參與並提供協力者，為多階段行政處分，先前階段之行為如具備：一、為作成處分之機關（即最後階段行為之機關）依法應予尊重，換言之，當事人權益受損害實質上係因先前階段行為所致；二、為先前階段之行為具備行政處分之其他要素；
三、為以直接送達或以他法使當事人知悉者，則應許當事人直接對先前階段之行為，提起救濟。」（最高行政法院98年度判字第646號判決可參）。準此，多階段行政處分之前階段行為可視為獨立之行政處分者，係因該前階段之行政行為已對外發生法律上之規制作用，而使人民公法上權利義務關係發生變動。又按申請行為時之99年產創條例第10條規定：
「（第1項）為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。（第2項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」次按投抵辦法第1條規定：「本辦法依產業創新條例第10條第2項規定訂定之。」行為時之投抵辦法一第12條第1項、第2項規定：「（第1項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條及第3條規定，始得適用投資抵減之獎勵：……。（第2項）中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間2個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。」準此可知，稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，係先由中央目的事業主管機關依其專業而作成申請人當年度研究發展活動是否符合投抵辦法第2條及第3條規定之認定，嗣由稅捐稽徵機關依此認定，而對納稅義務人所申請費用抵減當年度應納營所稅額予以核定。足認稅捐稽徵機關所作成核定投資抵減稅額，屬多階段行政處分，係由稅捐稽徵機關與中央目的事業主管機關此等2個機關本於各自職權先後參與，稅捐稽徵機關尊重其前階段行政行為即係中央目的事業主管機關之審定結果，而作成核定研究發展支出可抵減稅額，致對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係發生變動，則該前階段行政行為應可視為獨立之行政處分。是以，揆諸前揭最高行政法院判例、判決意旨及說明，原處分認定原告102年度因違反環境保護相關法令且經中央主管機關裁定屬情節重大，不符合投抵辦法二第2條之1規定之申請資格條件，應可視為獨立之行政處分，自當許原告依法對原處分提起行政救濟，合先敘明。
㈡本案應適用99年產創條例第10條第1項及投抵辦法二第2條之
1：⒈按中央法規標準法第18條規定：「各機關受理人民聲請許可
案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」其本文係宣示行政程序進行中，相關法規有變更時，原則上應適用處理程序終結時有效之新法規（從新原則）；但若舊法規有利於當事人，而新法規未廢除或禁止當事人所聲請之事項時，依該條但書之規定，應適用舊法規（從優原則），皆不生法規溯及既往問題。次按「中央法規標準法第18條所稱：『處理程序』，係指主管機關處理人民聲請許可案件之程序而言，並不包括行政救濟之程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理。」改制前行政法院72年判字第1651號判例可資參照。
⒉又按99年產創條例第10條規定：「（第1項）為促進產業創
新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。（第2項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」於103年產創條例第10條第1項係規定：「為促進產業創新，『最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大』之公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。」同條第2項規定則並未修正。考諸第10條第1項立法理由係「為提高企業社會責任之意識，針對最近3年內違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司，將不得申請適用研究發展投資抵減。」準此，被告既係於103年6月3日受理系爭申請案，上開舊法規（即99年產創條例第10條）並未明文以「最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大」之公司為限，始得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內抵減當年度應納營所稅額百分之30，經依中央法規標準法第18條規定為新舊法比較結果，舊法規有利於原告，而新法規並未廢除或禁止原告所申請之事項，於系爭申請案之處理程序終結前，應適用舊法規。
⒊另依產創條例第10條第2項規定授權訂定之投抵辦法，投抵
辦法二第2條之1規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件：一、依公司法設立之公司。二、當年度無就同一事由連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事。三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」於103年12月19日修正發布之投抵辦法（下稱投抵辦法三）第2條之1則係規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件：一、依公司法設立之公司。二、最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」基上可知，投抵辦法二第2條之1第2款規定僅以「『當年度』無就『同一事由』『連續』違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事」為申請適用研究發展投資抵減之公司資格條件，而投抵辦法三第2條之1第2款規定卻係限於「『最近3年內』未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大」之公司始得申請之，此申請資格顯較為嚴格，亦即只要公司最近3年內有一次違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大，即不具申請投資抵減資格。是以，被告既係於103年6月3日受理系爭申請案，經依中央法規標準法第18條規定為前揭新舊法比較結果，舊法規（即投抵辦法二第2條之1第2款）有利於原告，而新法規（即投抵辦法三第2條之1第2款）並未廢除或禁止原告所申請之事項，於系爭申請案之處理程序終結前，應適用投抵辦法二第2條之1第2款規定。
⒋雖原告主張：99年產創條例未將投資抵減之「申請資格」授
權行政機關發布命令為補充規定，經濟部及財政部於欠缺法律明文授權下，逕行於投抵辦法二中就抵減申請之資格作出限制，剝奪或限制企業享有租稅減免之財產上權利，有違法律保留原則、平等原則及不當聯結禁止原則云云。惟查：
⑴按憲法增修條文第10條第2項規定：「經濟及科學技術發展
，應與環境及生態保護兼籌並顧。」係課國家以維護生活環境及自然生態之義務，不得因發展經濟及科學技術而偏廢失衡。又按產創條例第1條規定：「（第1項）為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力，特制定本條例。（第2項）本條例所稱產業，指農業、工業及服務業等各行業。」已揭示該條例之立法目的及適用產業範圍。該條例於第7章「產業永續發展環境」第26條第1項及第28條尚有分別規定：「為鼓勵產業永續發展，各中央目的事業主管機關得補助或輔導企業推動下列事項：一、協助企業因應國際環保及安全衛生規範。二、推動溫室氣體減量與污染防治技術之發展及應用。三、鼓勵企業提升能資源使用效率，應用能資源再生、省能節水及相關技術。四、產製無毒害、少污染及相關降低環境負荷之產品。」「為促進企業善盡社會責任，各中央目的事業主管機關應輔導企業主動揭露製程、產品、服務及其他永續發展相關環境資訊；企業表現優異者，得予以表揚或獎勵。」考諸上開規定之立法理由各為：「我國企業面臨日益增加之國際環保及安全衛生規範，加以我國推行節能減碳政策，對中小企業及傳統產業影響甚鉅。為鼓勵產業永續發展，爰第1項明定中央目的事業主管機關得以補助或輔導等方式，協助企業符合國際環保及安全衛生之標準，提升利用能源、水及其他資源再生、清潔生產、安全衛生、溫室氣體減量管理等技術能力，並鼓勵運用無毒害、少污染技術進行生產，及揭露產品相關環境資訊。」「企業社會責任為企業承諾持續遵守之道德規範，為經濟發展做出貢獻，並改善員工及其家庭、當地整體社區之生活品質。由於產業永續發展必須兼顧經濟、社會與環境等三方面，因此企業社會責任已為國際間企業永續發展之重要指標，相關資訊之揭露，對企業及國家形象提升至為重要。爰明定各中央目的事業主管機關應以輔導方式，促進企業主動揭露企業對環境、社會及永續發展等相關資訊，其表現優異者，得予以表揚或獎勵，以資鼓勵。」準此可知，中央目的事業主管機關為鼓勵產業永續發展固得以補助或輔導方式為之，惟受補助或輔導之產業，基於企業社會責任，仍須承諾持續遵守道德規範，為經濟發展做出貢獻，並改善員工及其家庭、當地整體社區之生活品質以兼顧經濟、社會與環境等三方面發展，始符合產創條例之立法目的。
⑵又按99年產創條例第10條第2項已明文規定：「前項投資抵
減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及『其他相關事項』之辦法，由中央主管機關（按：指經濟部）會同財政部定之。」而投資抵減營所稅之租稅優惠乃屬國家為鼓勵公司積極投入研究發展之獎勵措施，亦屬國家對產業之一種變相補助方式，係藉此鼓勵產業創新，同時亦促使該公司善盡企業社會責任，期達到經濟發展與環境及生態保護兼籌並顧，以符合前揭產創條例之立法目的。是以，倘若主管機關即被告就公司投資研究發展之支出金額是否得抵減營所稅乙事，僅一昧著重於以該公司產業是否創新為條件，卻未衡酌產業是否有善盡其企業社會責任，反與產創條例立法目的相違悖。而從文義解釋及目的解釋以觀，99年產創條例第10條第2項所為授權之目的、內容及範圍尚屬明確，有關「投資抵減之申請資格」既與投資抵減之適用有重大相關，則投抵辦法二第2條之1明文規定申請適用研究發展投資抵減之資格條件，自核屬該當於99年產創條例第10條第2項所指「其他相關事項」。而投抵辦法二第2條之1就申請資格條件之規定，乃因投資抵減之本質上屬於獎勵補助性質所為之合目的性選擇，並未逾越99年產創條例第10條第2項之授權範圍，其所規定之申請資格與目的之達成具有合理之關聯性，亦未牴觸憲法所規定之平等原則與比例原則。⒌原告尚主張：系爭申請案係申請認定原告於102年度所進行
之研發活動得否依產創條例及投抵辦法取得抵減營所稅之租稅優惠，依照產創條例第10條第1項規定，投資抵減之申請係配合營所稅以年度為單位作為抵減基準，又99年產創條例公布施行後，即形成信賴基礎，原告於年度伊始或稍後投入之研發活動，為信賴行為，且其投入之研發活動經被告認定符合該條例第1條及第10條第1項規定者，即具值得保護之信賴，而得享有年度性投資抵減請求權。故依照系爭申請案所涉實體法律關係準據判斷及信賴保護原則，系爭申請案應以102年1月1日（102年投資抵減活動伊始）為實體法規之基準時，適用99年產創條例第10條第1項及投抵辦法一云云。惟信賴保護原則之適用需有信賴基礎、信賴表現及值得保護的信賴利益，查原告從事投資活動係為本身研究發展所需，其研發活動所支出金額並非當然已取得政府將給予抵減之法律地位，且信賴表現應為原告從事投資之活動合法，亦即任何人均不可能信賴政府將給予補助而從事違法的投資行為。況且，原告投資行為已違反國內相關法令且情節重大者（詳如後述），若仍給予抵減稅額之優惠，與獎勵投資或租稅公平等政策目的或公益相違，難謂此時仍有值得保護的信賴利益。準此，本件並無信賴保護原則之適用。
⒍原告另主張：投抵辦法二第2條之1規定違反法律禁止溯及既往原則及一事不二罰原則云云。惟查：
⑴按法律不溯及既往原則，乃基於法安定性及信賴保護原則所
生，用以拘束法律適用及立法行為之法治國家基本原則，其意義乃指新訂生效之法規，對於法規生效前「已發生事件」，原則上不得適用。所謂「事件」，指符合特定法規構成要件之全部法律事實；所謂「發生」，指該全部法律事實在現實生活中完全具體實現而言。又新法規範之法律關係如跨越新、舊法施行時期，當特定法條之所有構成要件事實於新法生效施行後始完全實現時，則無待法律另為明文規定，本即應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法，根據新法定其法律效果。是除非立法者另設「法律有溯及適用之特別規定」，使新法自公布生效日起向公布生效前擴張其效力；或設「限制新法於生效後適用範圍之特別規定」，使新法自公布生效日起向公布生效後限制其效力，否則適用法律之司法機關，有遵守立法者所定法律之時間效力範圍之義務，尚不得逕行將法律溯及適用或以分段適用或自訂過渡條款等方式，限制現行有效法律之適用範圍（司法院釋字第577號及第620號解釋理由書參照）。
⑵次按非真正溯及既往，乃指法規變更或廢止對將來生效，此
種生效方式原則上受承認，但應顧及利害關係者信賴利益之保護，通常作法由法規本身定過渡條款，減輕人民因法律狀態改變所受之損害（參照司法院釋字第525號解釋意旨）（吳庚，行政法之理論與實用，增訂十版《2007年9月》；第308頁）。換言之，行政法規公布施行後，制定或發布之機關依法定程序予以修改或廢止時，除法規預先定有施行期間或因情事變更而停止適用，不生信賴保護問題外，其因公益等原因之必要廢止法規或修改內容，致人民客觀上具體表現其因信賴而生之實體法上利益受損害，應採取合理之補救措施，或訂定過渡期間之條款，俾減輕損害。因此，對於尚未終結持續進行之基礎事實，因法規命令修訂而致利害關係人權益受到影響，雖非前述之溯及既往（法規不能溯及既往），又屬前揭學理上之「不真正溯及既往」，該法規命令自應兼顧受新修訂法規命令影響之利害關係人信賴利益之保護。同理，如同上開說明，在不真正溯及既往之情形下，新修訂之法規命令，適用於已發生進行且尚未終結之基礎事實，所為之行政處分，必須兼顧利害關係人之信賴保護，始能謂合法。
⑶因而依上開二分法，真正「溯及既往」是「原則上禁止」；
反之「不真正溯及既往」則是「原則上容許」，但將施行中之法令加以修正，而讓新法規所影響發生之新秩序有不真正溯及既往之效力，本應由立法者依職權裁量決定，同時，為前開職權裁量時，除應考慮案例事實尚未終結，且使已經存在之事實受到新法實施而發生秩序，該新法秩序之正當性外，且應注意新法秩序對尚未終結之案例事實，應併納入適當的（當事人）信賴保護措施，亦為當然。又前開之「真正溯及既往」及「不真正溯及既往」之二分法，晚近當有以「法律效果的溯及生效」與「法律事實的回溯連結」加以分類，法律在「時間上之適用範圍」上，早於其「公布日」為「法律效果的溯及生效」，此種情形有法律溯及既往適用問題，因而應有特別的正當事由（相較於前述「不真正溯及既往」為「原則上容許」）；但法律在「時間上之適用範圍」上，晚於其「公布日」，則不發生「法律溯及既往生效」問題，但因新法令的執行可能對於過去所發生事實或法律關係有所影響，故稱之為「法律事實的回溯連結」。再者，以「時間上之適用範圍」，區分「法律效果的溯及生效」與「法律事實的回溯連結」及分類，雖然使法令形式未將時間上的適用範圍往前溯及擴張，但似可經由「構成要件的界定」，將既存事實納入規範（亦即納入新法秩序的「事物上適用範圍」之中），以致於對既存事實造成重大的衝擊。因此，向未來生效的法令，對於既存事實的衝擊，也有必要納入「法令溯及適用」的概念加以討論；因此縱然採取「法律效果的溯及生效」與「法律事實的回溯連結」之「時間上適用範圍」分類，於適用新法時亦應裁量受法律變動影響當事人間之信賴保護原則，並應在新法上明文規定，始為合法。
⑷查固然系爭申請案之投資研發活動所支出金額係發生於000
年度，投資抵減之申請係配合營所稅之年度作為抵減基準，惟系爭申請案係於103年6月3日始向被告申請，則被告依投抵辦法第12條第2項規定，應於當年度營所稅結算申報期間截止日（即103年5月31日）後7個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，而被告係於104年2月17日作成原處分，揆諸前揭大法官解釋意旨及說明，本應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法（即申請時之投抵辦法二第2條之1第2款規定），直接依據新法定其法律效果，縱原告之當年度研究發展活動及違反環境保護相關法令之違規事實發生於舊法時期，惟其僅係「法律事實之回溯連結」，並非新法規範效力之回溯適用，而改變其原有之法律效果，則被告就系爭申請案適用投抵辦法二第2條之1第2款規定，並未違反法律不溯及既往原則。原告主張原處分有違反法律禁止溯及既往原則云云，容屬其一己主觀見解，委無足取。
⑸再按行政罰法第24條第1項、第2項規定：「一行為違反數個
行政法上義務規定而應處罰鍰者，依法定罰鍰額最高之規定裁處。但裁處之額度，不得低於各該規定之罰鍰最低額。」、「前項違反行政法上義務行為，除應處罰鍰外，另有沒入或其他種類行政罰之處罰者，得依該規定併為裁處。但其處罰種類相同，如從一重處罰已足以達成行政目的者，不得重複裁處。」之意旨可知，種類相同之行政罰且從一重處罰已足以達成行政目的者，則不得重複裁處（一事不二罰原則）。查本件原告申請系爭申請案之行為，與原告違反環境保護法令之行為，並非同一行為，且原處分就系爭申請案所為無法受理處分，雖為不利處分，然並非裁罰性處分，自無一事不二罰問題。原告主張原處分有違反一事不二罰原則云云，顯有誤解，並不足採。
㈢原告符合投抵辦法二第2條之1第2款規定「當年度就同一事
由連續違反環境保護法令，且經主管機關裁定情節重大之情事」：
⒈查被告於103年10月24日工策字第10301009180號函（本院卷
1第302至303頁）請各中央主管機關調查申請投抵公司最近3年是否有違反相關法令且裁定為情節重大之情事，經環保署103年12月30日函（本院卷1第304至305頁）復被告表示，原告於102年間違反環境保護相關法律且情節重大。又環保署104年5月25日函（本院卷1第306至307頁）亦再次表示原告於102年間共6次違反環境保護相關法律（即違反空氣污染防制法、水污染防治法、廢棄物清理法）並經高雄市環保局及桃園市政府環境保護局裁處在案，且原告於102年10月1日違反水污染防治法，已符合水污染防治法第73條（函文贅載第1項）第6款至第8款規定情形，業經高雄市環保局依法予以裁處，並由環保署與高雄市環保局共同認定屬情節重大案件，此有上開被告及環保署函在卷可稽。而觀諸環保署104年5月25日函所附之補充說明資料表（本院卷1第307頁）可知，原告於102年間共有6次違反環境保護相關法律，並經高雄市環保局及桃園市政府環境保護局裁處，其中3次之違規日期係為101年間，另3次之違規日期則為102年間。
⒉雖被告係主張投抵辦法二第2條之1第2款規定「當年度」係
指公司適用研究發展支出抵減營所稅之會計年度，並以「當年度」申請公司有無經主管機關作成裁罰處分認定，而非以「違規行為」是否在「當年度」作為認定等語（本院卷1第367頁）；而原告則係主張以「裁罰年度」作為認定依據，繫諸於裁罰處分行政救濟程序與後續重為處分之日期，顯非合理，亦與法律明確性原則不符等語。惟查，固然投抵辦法二第2條之1第2款規定所謂「當年度」並未予以明確定義，而投抵辦法二第2條之1第2款既僅規定「當年度無就同一事由連續『違反』環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關『裁定』情節重大之情事」，則依該款之文義解釋，確可能有二種解讀，一為以「違反」環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令之年度，二為以經主管機關「裁罰」之年度，惟系爭申請案既係原告為申請適用研究發展支出抵減營所稅之會計年度為102年度，則不論係指經主管機關作成裁罰處分之當年度，抑或原告違反環境保護相關法律行為之當年度，原告於102年間確已有連續3次違反環境保護相關法令之行為並於同年度受裁罰之事實，足堪認定已該當投抵辦法二第2條之1第2款所規定「連續違反環境保護相關法令」之要件至明。
⒊原告經高雄市環保局派員於102年10月1日巡查高雄市楠梓區
後勁溪流域之德民橋下方排水道時，發現有排放異常水質之廢水，經檢測氫離子濃度指數（PH值）3.02，並查出係原告K7廠所排放，旋即前往原告K7廠地下1樓放流槽採集放流水樣本，經檢驗結果氫離子濃度指數（PH值）2.63、懸浮固體（SS值）96mg/L、化學需氧量（COD值）135mg/L及鎳4.38mg/L，均逾放流水標準第4條所定PH值6.0至9.0、SS值30mg/L、COD值100mg/L及鎳1.0mg/L之水質標準之事實，經高雄市環保局核認原告違反水污染防治法第7條第1項規定之事實明確，並已構成同法第73條第6款、第7款及第8款所定情節重大之要件，且自96年1月1日起至102年9月30日止期間有應支出而未支出之廢水、污泥處理費用及孳息之不法利得，爰依同法第40條、行政罰法第18條第2項及環境教育法第23條第2款等規定，於102年12月20日以高市環局土字第10243758100號函檢送同日高市環局水處字第00-000-000000號執行違反水污染防治法案件裁處書，裁處原告新臺幣（下同）110,064,517元罰鍰，並命K7廠產出重金屬鎳之晶圓製造程序製程停工及環境教育講習8小時。嗣高雄市環保局發現罰鍰部分有計算費用及孳息年利率誤植及小數點取捨錯誤之顯然錯誤情形，依行政程序法第101條之規定，於103年4月9日以高市環局土字第10333732000號函附103年4月7日高市環局土字第10333501200號函附件資料更正罰鍰為109,359,562元。原告對上開處分關於罰鍰部分不服（原處分其餘部分未經不服而確定），循序提起行政訴訟（高雄市環保局嗣於高雄高等行政法院以103年度訴字第355號〈下稱另案原審〉審理中，又於104年9月4日以高市環局土字第10438160201號函更正罰鍰處分金額為102,013,867元〈下稱系爭罰鍰處分〉；高雄市環保局上開函文及裁處書，以下合稱為另案原處分），經另案原審以高雄市環保局認定原告有違反水污染防治法第7條第1項規定之違章行為，並依行為時同法第40條第1項規定為裁罰，並無不合，惟因系爭罰鍰處分認定原告不法利得之計算基礎尚有違誤，且有裁量不足之違法瑕疵，因而判決撤銷另案訴願決定及另案原處分關於罰鍰部分，並駁回原告其餘之訴。原告與高雄市環保局均不服，各就其不利部分提起上訴，經最高行政法院106年度判字第289號判決明確肯認另案原審判決以高雄市環保局認定原告有違反水污染防治法第7條第1項規定之違章行為，並依行為時同法第40條第1項規定為裁罰，並無不合等語，此有另案原審判決及最高行政法院106年度判字第289號判決存卷可考（本院卷2第43至104頁、本院卷1第628至653頁）。又查，高雄市環保局已就原告是否違反環境保護相關法令且屬情節重大乙事，以106年9月13日高市環局土字第10638156200號函復略以，最高行政法院106年度判字第289號判決並未撤銷高雄市環保局對原告K7廠晶圓製造程序製程停工部分，K7廠事件仍屬違反行為時水污染防治法規定情節重大無誤，亦有上開高雄市環保局函在卷足憑（本院卷2第17至19頁）。綜上，原告於102年度有違反環境保護相關法令（即水污染防治法第7條規定）且經主管機關即高雄市環保局裁定屬情節重大之情事乙節，已堪認定。
⒋原告尚主張投抵辦法二第2條之1第2款規定所謂「同一事由
」應指「同一法規」方為合理明確；所謂「連續」應指「所有違規行為均須經主管機關裁定情節重大」云云。惟查，從文義解釋以觀，投抵辦法二第2條之1第2款既僅規定「當年度無就同一事由『連續』違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事」，並非規定「當年度無就『同一法規』連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且『連續』經主管機關裁定情節重大之情事」，職是，一旦公司於投資抵減之適用年度有連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生相關法令並受裁罰之情事，且其中之一經主管機關裁定為情節重大，即屬不符投抵辦法二第2條之1第2款消極資格規定，並無必要以各次違規行為均係違反同一法規且均經主管機關認定情節重大至明。再者，依投抵辦法二第2條之1第2款規定之目的，既係就申請投資抵減之資格所為之限制，俾使申請投資抵減之公司善盡企業社會責任，期達到經濟發展與環境及生態保護兼籌並顧，以期符合前揭產創條例之立法目的，則倘若對於當年度一次違反環境保護相關法令且情節重大之公司尚可得容任而給予投資抵減，豈非與產創條例之立法本旨相違背。是以，原告此部分主張，容屬一己主觀見解，並非可採。
㈣另原告主張：被告不受理原告請求認定符合投資抵減資格條
件之申請，效果上係剝奪原告以其102年度研究發展支出抵減當年度應納營所稅之資格，屬不利益決定，自應依行政程序法第102條規定給予原告陳述意見之機會，被告於原處分作成前，未給予原告表達相關意見之機會，剝奪原告合理、公平參與法律程序之權利云云。惟按「行政機關作成限制或剝奪人民自由或權利之行政處分前，除已依第39條規定，通知處分相對人陳述意見，或決定舉行聽證者外，應給予該處分相對人陳述意見之機會。但法規另有規定者，從其規定。」行政程序法第102條固有明文，惟同法第114條第1項第3款規定「違反程序或方式規定之行政處分，除依第111條規定而無效者外，因下列情形而補正︰……三、應給予當事人陳述意見之機會已於事後給予者。」查被告所為原處分之理由已於事後以訴願答辯書及補充答辯函記明（訴願卷第26至29頁、第79至80頁），並於訴願程序終結前給予原告陳述意見之機會，由原告出具訴願書及訴願補充理由書（訴願卷第3至11頁、第63至77頁、第93至98頁），並未影響行政處分之實體決定，亦即原有瑕疵之處分已因此而補正。
七、綜上所述，原告所訴各節，均非可採，原處分並無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請判決如其聲明所示，為無理由，應予駁回。
八、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法及訴訟資料均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
九、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 106 年 12 月 28 日
臺北高等行政法院第二庭
審判長法 官 曹瑞卿
法 官 林麗真法 官 林淑婷
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 106 年 12 月 28 日
書記官 黃玉鈴