臺北高等行政法院判決
105年度訴字第1629號106年5月18日辯論終結原 告 新賀斯國際有限公司代 表 人 晶昌股份有限公司（指定代表人：林嘉鴻）被 告 經濟部代 表 人 李世光（部長）訴訟代理人 胡美蓁
謝季芳曾盈華上列當事人間產業創新條例事件，原告不服行政院中華民國105年9月1日院臺訴字第1050163754號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定及原處分均撤銷。
被告應依本判決之法律見解，另為適法之處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
壹、程序方面：按「（第1項）訴狀送達後，原告不得將原訴變更或追加他訴。但經被告同意或行政法院認為適當者，不在此限。…（第3項）有下列情形之一者，訴之變更或追加，應予准許：
…。二、訴訟標的之請求雖有變更，但其請求之基礎不變。
…。」行政訴訟法第111條第1項、第3項第2款定有明文。經查，原告於起訴時，係聲明求為判決：「⒈撤銷訴願決定及原處分。⒉被告應將本案轉交衛生福利部（下稱衛福部）或公平交易委員會（下稱公平會）另為適法之處分。」嗣於民國106年3月31日準備程序時，變更上開第2項聲明為：「被告應將本案轉交衛福部另為適法之處分。」復於同年4月18日準備程序時，變更上開第2項聲明為：「被告應依原告100年6月3日（被告收文日100年6月20日）、101年5月28日（被告收文日101年5月31日）之申請另為適法之處分。」再於106年5月18日言詞辯論時，變更及追加聲明如下：「先位聲明：⒈訴願決定及原處分（即被告之研究發展計畫審查結果）均撤銷。⒉被告應將原告100年6月3日（被告收文日100年6月20日）、101年5月28日（被告收文日101年5月31日）之申請案移送衛福部。」、「備位聲明：⒈訴願決定及原處分均撤銷。⒉被告應就原告100年6月3日（被告收文日100年6月20日）、101年5月28日（被告收文日101年5月31日）之申請事件，另為適法之處分。」核原告固變更及追加其聲明，惟請求之基礎相同，且被告表示無意見而為本案之言詞辯論（見本院卷第366至370頁言詞辯論筆錄），並無礙於被告防禦及訴訟終結，揆諸前揭規定，原告所為訴之變更及追加，自應准許，合先陳明。
貳、實體方面：
一、事實概要：原告於民國100年6月3日及101年5月28日分別具製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書（被告收文日分別為100年6月20日、101年5月31日），向被告所屬工業局（下稱工業局）申請認定99年度及100年度研究發展活動符合行為時之公司研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱投資抵減辦法）第2條及第3條規定。工業局以101年9月7日工化字第10100754290號、101年6月5日工化字第10100428830號函請被告所屬商業司（下稱商業司，為被告內部單位）審查。商業司經審查後作成本件「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效研究發展計畫」（下稱系爭研究計畫），不符合高度創新之認定，遂以101年12月28日經商七字第10102444980號函（下稱原處分）檢送原告99年度及100年度研究發展活動認定意見書及原告所提99年度及100年度研究發展支出適用投資抵減稅額明細表，致財政部臺北市國稅局（102年1月1日起更名為財政部臺北國稅局，下稱臺北國稅局）並副知原告。臺北國稅局以系爭研究計畫經商業司以原處分函送99年度及100年度研究發展活動認定意見書，認定不符投資抵減辦法第2條及第3條規定，而就原告所辦理99年度及100年度營利事業所得稅結算申報，核定研究發展支出、可抵減稅額、99年度及100年度抵減稅額均為0元。原告不服，分別申請復查、提起訴願，均遭駁回，迭經臺灣臺北地方法院（下稱臺北地院）102年度簡字第247號及103年度簡字第30號行政訴訟判決駁回，本院103年度簡上字第45號及104年度簡上字第10號判決上訴駁回確定後，被告就原告不服原處分部分，移送訴願管轄機關即行政院審議，遭訴願決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、原告主張略以：㈠本件為多階段行政處分，原告抵減稅額遭剔除實質上係因臺
北國稅局依法尊重被告出具認定意見書所致。被告送認定意見書予臺北國稅局時，僅以副本通知原告已出具意見書給臺北國稅局，並未清楚告知原告意見書之內容及理由，亦未告知原告救濟期間及途徑，被告自始至終都未以行政處分名義告知原告，而原告於臺北國稅局作成處分決定時，依法提起行政救濟並對被告意見書之合法性為不服之表示，依行政程序法第98條第3項及訴願法第14條、第61條第1項規定，視為提起訴願，並無逾法定期間之問題。
㈡目前全球營養品之需求逐日增加，營養醫學之疾病輔助療法
，已逐日為醫學界所接受。而原告主要經營項目為營養保健食品銷售，佔全年營收9成以上。原告除了聘有專業營養醫學研發人員外，並與國內知名大學之營養醫學院所共同研究合作，致力於設計創新之產品，研究各種新發展技術之特有疾病的特殊營養配方。原告與國內知名大學產學合作系爭研究計畫之研究成果論文，除了在臺灣營養醫學推廣協會於2012年所舉辦的營養醫學專業論壇研討會上發表外，業已由弘光科技大學所長及副教授等人，於2013年聯合發表刊登於著名國際期刊「Nutrients」上。倘若依商業司之報告所言（審查委員實不具有營養或醫療專業背景），如系爭研究計畫不具有高度創新性，何以能在國際期刊發表？可見商業司出具之意見書顯非專業性意見，不足採用。
㈢依投資抵減辦法申請之投資抵減是否適用獎勵，由中央目的
事業主管機關認定。而依行政院101年10月22日院臺法揆字第1010061195號函及102年8月23日院臺法字第1020049414號函公告「個人資料保護法非公務機關之中央目的事業主管機關」，原告所從事多層次傳銷之中央目的事業主管機關為公平會，亦為行政院依據個人資料保護法（原名：電腦處理個人資料保護法）所發布。原告營利事業所得稅申報時，依中華民國稅務行業標準分類，行業別為4872-12多層次傳銷；又原告主營業項目係銷售營養食品，屬食品業，須向衛福部報備管理，所銷售之產品亦受國內衛生主管機關稽查管理，事業所由成立之專業法規為食品衛生管理法，其中央目的事業主管機關應為衛福部。則原告之中央目的事業主管機關應為衛福部或公平會，被告非本案之中央目的事業主管機關，不具有行政程序法第11條所述之管轄權，自無資格就本案設置審查小組進行審查。
㈣縱令本案得由被告審查，惟研發活動本有其專業性，非具有
產業專業知識之人員無法正確研判研發內容。本案屬於營養醫學高度創新研發活動，被告審查小組成員皆不具有醫學背景，其專業性及組織之適法性不足。被告之違法行為，導致原告99年度及100年度研發投資可抵減支出金額被臺北國稅局核定調減，已明顯違反法律明確性原則，並嚴重侵害原告之財產。為此，提起本件訴訟，並聲明求為判決：「先位聲明：⒈訴願決定及原處分均撤銷。⒉被告應將原告100年6月3日（被告收文日100年6月20日）、101年5月28日（被告收文日101年5月31日）之申請案移送衛福部。」、「備位聲明：⒈訴願決定及原處分均撤銷。⒉被告應就原告100年6月3日（被告收文日100年6月20日）、101年5月28日（被告收文日101年5月31日）之申請事件，另為適法之處分。」
三、被告答辯略以：㈠原處分係於101年12月28日發函，正本受文者雖為臺北國稅
局，惟原處分已副知原告，原告確已收受原處分在案。原處分雖未記載教示條款，然其救濟期間之計算係自處分書送達後1年，並不影響其處分之效力。查原告係以104年12月14日及104年12月15日申請書向被告提出訴願，並經被告以104年12月23日經商字第10402142610號及第00000000000號函移請行政院審議。是以，自原處分函送原告至原告提起訴願止，期間已將屆3年，已逾法定救濟期間。
㈡原告經營業務為食品什貨批發、零售業，被告為該行業之目
的事業主管機關，依法受理及審查系爭研究計畫，並無踰越權責：
⒈投資抵減辦法係依產業創新條例第10條第2項規定授權訂
定，故就投資抵減辦法規定應為認定是否適用投資抵減之中央目的事業主管機關，應與產業創新條例第4 條規定應推動產業發展之中央目的事業主管機關同一。又依商業司公司登記資料查詢系統所載，原告向公司登記機關申請登記之所營事業，其中與食品相關之業務項目有「食品什貨、飲料零售業」及「食品什貨批發業」，次依行政院94年12月22日院臺經字第0940094790號函核定之「服務產業主管機關、法令依據及其許可別」表所列，食品什貨批發業（中華民國行業標準分類442），主管機關為被告（除菸酒進口業主管機關為財政部國庫署）；食品什貨零售業（中華民國行業標準分類462）之主管機關，亦為被告。是以，原告申請投資抵減之研究計畫與食品有關，被告基於主管機關權責，依法受理及審查系爭研究計畫，並無踰越權責。
⒉原告並未提出核有健康食品許可證之相關資料，又其提出
系爭研究計畫之申請時，已就目的事業主管機關之認定提出異議，故被告曾分別函移公平會及衛福部請依業管審查系爭研究計畫。然公平會以公平交易法所規範者為多層次傳銷行為之管制，相關事業之申請研究發展活動認定審查事宜，應由目的事業主管機關負責，移還被告。衛福部則以「食品試食臨床研究之審查及促進產業創新活動並非本署業務執掌」為由，函復被告表示無法認定。準此，被告針對原告所提主管權責之疑義，已於審查前先予釐清。
⒊原告援引之前揭行政院公告「個人資料保護法非公務機關
之中央目的事業主管機關」，係個人資料保護法有關非公務機關之中央目的事業主管機關之認定，此與系爭研究計畫係依產業創新條例及投資抵減辦法規定，所依據之法律不同，尚難比附援引。且法務部為個人資料保護法之法規主管機關，非產業創新條例之法規主管機關，故法務部針對個人資料保護法非公務機關之目的事業主管機關所為解釋，對產業創新條例及投資抵減辦法而言，自非屬有權解釋。況被告依上開行政院核定為食品什貨批發、零售業之主管機關，就產業輔導面而言，更符合產業創新條例之規範目的，自應優先於上開個人資料保護法之公告而為適用。
㈢產業創新條例及投資抵減辦法並未規定應以委員會之決議作
成行政處分。而被告於受理申請案並審查公司符合投資抵減辦法第2條之1規定之資格條件後，即組成審查小組進行審查是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定之「具高度之創新」。系爭研究計畫之審查作業係由商業司簡任以上人員1位及相關專長之學者專家6位組成，於101年12月13日召開審查小組會議，當日出席委員5人，並以出席委員之多數審查意見為審查結論。上開審查小組之功能，係在提供專家意見，以利被告作成審查之決定，故該小組乃屬諮詢性質，並非行政程序法第114條第1項第4款之「應參與行政處分作成之委員會」。有關系爭研究計畫之審查結果，依投資抵減辦法第12條規定，仍應由被告決定，故無原告所提專家人數不足及組織適法性問題。原告指摘被告不具營養食品或醫療專業背景之主張，實不足採。
㈣原告申請認定之系爭研究計畫，經被告審查認為係屬現有商
品、服務、技術或專門知識之改良、變更或補強等活動，故認定系爭研究計畫「不具高度創新」。縱如原告所稱，系爭研究計畫於營養醫學上具有療效，仍與投資抵減辦法所要求應具「高度創新」之要件不同。
㈤被告就原告99年度及100年度研究發展活動適用投資抵減申
請案，本於目的事業主管機關之權責為是否具高度創新性之認定後，即依投資抵減辦法第12條第2項規定，於101年12月28日以原處分將認定結果送臺北國稅局核定投資抵減稅額，均屬依法辦理，並無不當。至於本案被告以函副本送原告一節，上開條文尚無規定，非屬被告之法定義務，乃被告基於為民服務之考量，以副本使申請人（即原告）知悉申請案之進度。相關程序均依投資抵減辦法第12條規定辦理，於法並無不合。
㈥依行政程序法第11條第1項及第17條第1項規定，行政機關之
管轄權不得隨意設定或變更；同一事件應僅一個行政機關管轄，若數行政機關間有管轄競合或管轄爭議時，應依行政程序法第13條規定由各該機關協議，或依同法第14條規定由上級機關決定之，尚無由當事人自行選定或於數行政機關間任擇之規定。有關本案之目的事業主管機關，業經被告與相關機關協議後定之，符合行政程序法規定。綜上，原告聲明要求將本案移由衛福部或公平會管轄，明顯違反行政程序法規定。為此，求為判決：駁回原告之訴。
四、上開事實概要欄所述之事實經過，除下列爭執事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原告100年6月3日及101年5月28日製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書（原處分不可閱覽卷第175頁及第109頁）、工業局101年9月7日工化字第10100754290號函（原處分不可閱覽卷第171至172頁）、101年6月5日工化字第10100428830號函（原處分可閱覽卷次57第4頁）、臺北地院102年度簡字第247號行政訴訟判決（本院卷第287至305頁）、臺北地院103年度簡字第30號行政訴訟判決（本院卷第269至281頁）、本院103年度簡上字第45號判決（訴願可閱覽卷第50至61頁）、本院104年度簡上字第10號判決（訴願可閱覽卷第10至25頁）、原處分（本院卷第219至220頁）、訴願決定（本院卷第27至34頁）等影本在卷可稽，自堪認為真正。是本件爭執事項厥為：被告是否為作成認定投資抵減之有權管轄機關？倘有，被告依審查小組之審查結果作成原處分是否適法？
五、本院之判斷：㈠按「行政處分之作成，須二個以上機關本於各自職權先後參
與者，為多階段行政處分。此際具有行政處分性質者，原則上為最後階段之行政行為，即直接對外發生法律效果部分。
人民對多階段行政處分如有不服，固不妨對最後作成行政處分之機關提起訴訟，惟行政法院審查之範圍，則包含各個階段行政行為是否適法。」（最高行政法院91年判字第2319號判例可資參照）次按「行政機關作成之處分須其他機關參與並提供協力者，為多階段行政處分，先前階段之行為如具備：一、為作成處分之機關（即最後階段行為之機關）依法應予尊重，換言之，當事人權益受損害實質上係因先前階段行為所致；二、為先前階段之行為具備行政處分之其他要素；
三、為以直接送達或以他法使當事人知悉者，則應許當事人直接對先前階段之行為，提起救濟。」（最高行政法院98年度判字第646號判決可參）。準此，多階段行政處分之前階段行為可視為獨立之行政處分者，係因該前階段之行政行為已對外發生法律上之規制作用，而使人民公法上權利義務關係發生變動。又按行為時（99年5月12日制定公布）產業創新條例第10條規定：「（第1項）為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。（第2項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。
」次按行為時（101年5月3日修正發布）投資抵減辦法第1條規定：「本辦法依產業創新條例第10條第2項規定訂定之。」第12條第1、2項規定：「（第1項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條及第3條規定，始得適用投資抵減之獎勵：……。（第2項）中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間2個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。」準此可知，稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，係先由中央目的事業主管機關依其專業而作成申請人當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定之認定，嗣由稅捐稽徵機關依此認定，而對納稅義務人所申請費用抵減當年度應納營利事業所得稅額予以核定。且觀諸卷附原處分已副知原告，且原處分之說明二載明：「查『公司研究發展支出適用投資抵減辦法』第12條第2項規定，各中央目的事業主管機關應將公司研發活動審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，但以稅捐稽徵機關核定稅額為準」（見本院卷第219頁），由此足認稅捐稽徵機關所作成核定投資抵減稅額，屬多階段行政處分，係由稅捐稽徵機關與中央目的事業主管機關此等2個機關本於各自職權先後參與，稅捐稽徵機關尊重其前階段行政行為即係中央目的事業主管機關之審定結果，而作成核定研究發展支出可抵減稅額，致對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係發生變動，則該前階段行政行為應可視為獨立之行政處分。是以，揆諸前揭最高行政法院判例、判決意旨及說明，原處分認定原告99年度及100年度研究發展活動不符投資抵減辦法第2條及第3條規定，應可視為獨立之行政處分，自當許原告依法對原處分提起行政救濟，合先敘明。
㈡本件原告提起訴願，並無逾法定期間：
⒈按訴願法第14條第1項規定：「訴願之提起，應自行政處
分達到或公告期滿之次日起30日內為之。」第61條第1 項規定：「訴願人誤向訴願管轄機關或原行政處分機關以外之機關作不服原行政處分之表示者，視為自始向訴願管轄機關提起訴願。」。次按行政程序法第98條第3項規定：
「處分機關未告知救濟期間或告知錯誤未為更正，致相對人或利害關係人遲誤者，如自處分書送達後1年內聲明不服時，視為於法定期間內所為。」又被告為認定商業服務業是否符合投資抵減辦法第2條、第3條規定而依職權訂定之「經濟部認定商業服務業從事研究發展活動作業要點」（下稱系爭作業要點）第11點規定：「（第1項）本部應就公司研究發展活動之認定結果，繕具認定意見書，函送公司所在地稅捐稽徵機關。經認定不符合本辦法第2條及第3條規定者，應於意見書中載明理由。（第2項）前項認定意見書不函復申請公司，但應將該意見書已函送公司所在地稅捐稽徵機關之意旨通知申請公司。」⒉查被告於101年12月28日檢送本件原告99年度及100年度研
究發展活動認定意見書予臺北市國稅局時，依上開系爭作業要點第11點第2項規定，僅以副本通知原告已函送意見書予臺北國稅局之意旨，並未告知原告有關意見書之內容及理由，亦無教示條款之記載，此為被告所不爭執，並有原處分在卷可稽（本院卷第219頁），原告自無從知悉原處分所檢送「原告99年度及100年度研究發展活動認定意見書」之具體內容，迄原告接獲臺北國稅局作成之原告99年度及100年度營利事業所得稅核定稅額通知書及繳款書，始知悉其該等年度申報研發投資抵減稅額，遭臺北國稅局依據原處分而均核定為0元，故原告分別於102年3月21日及同年9月25日提出訴願書中，已載明對原處分為不服之表示（見可閱訴願卷之原告所提申請書補充說明所附證據4及證據6所示訴願書），核諸上開規定，可認原告已於原處分到達之日（知悉原處分之內容）1年內為不服之表示，視為訴願之提起，是本件原告提起訴願，並未逾期，應堪認定。
㈢雖原告主張被告並非系爭研究計畫之目的事業主管機關，其審查亦不具專業性，應將本案移由衛福部管轄並審查云云。
惟查：
⒈按行為時產業創新條例第3條規定：「本條例所稱主管機
關：在中央為經濟部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」第4 條第2 項、第3 項規定：「各中央目的事業主管機關應訂定產業發展方向及產業發展計畫，報行政院核定，並定期檢討。」「各產業之中央目的事業主管機關，應負責推動所主管產業之發展。」而投資抵減辦法係依產業創新條例第10條第2項規定授權訂定，故就投資抵減辦法規定應為認定是否適用投資抵減之中央目的事業主管機關，應與產業創新條例第4條規定應推動產業發展之中央目的事業主管機關同一。
⒉查原告於商業司申請登記之所營事業，其中與食品相關之
業務項目有「食品什貨、飲料零售業」及「食品什貨批發業」，此有公司及分公司基本資料查詢（明細）可稽（見本院卷第8頁）。復觀之行政院94年12月22日院臺經字第0940094790號函核定之「服務產業主管機關、法令依據及其許可別」表列，食品什貨批發業（中華民國行業標準分類442）（除菸酒進口業主管機關為財政部國庫署）及食品什貨零售業（中華民國行業標準分類462）之主管機關為被告，此有被告95年1月編印之「服務產業主管機關、法令依據及其許可別」在卷可考（見本院卷第243頁、第247頁）。是以，原告申請投資抵減之研究計畫既與食品有關，則被告基於食品什貨批發、零售業之主管機關權責，依法受理及審查系爭研究計畫，洵屬有據，並無踰越權責。
⒊況且原告係依行為時投資抵減辦法第12條規定，向工業局
提出申請認定系爭研究計畫符合同辦法第2 條及第3 條規定，此有原告100年6月3日及101年5月28日製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書在卷可憑（原處分不可閱覽卷第175頁及第109頁）。嗣經工業局移請商業司處理，商業司就有關目的事業主管機關之認定爭議，曾分別以101年6月11日經商十一字第10102075550號函移請公平會、101年7月12日經商十一字第10102424460號函移請衛福部主政，經公平會101年6月18日公競字第1010009873號函略以：公平交易法所規範者為多層次傳銷行為之管制，相關事業之申請研究發展活動認定審核事宜，應由目的事業主管機關負責，檢還原告申請書予被告（見可閱原處分卷附件8）；衛福部101年9月21日署授食字第1010062602號函則以：「有關食品試食臨床研究之審查及促進產業創新活動並非本署業務執掌」為由，函復被告表示無法認定（見可閱原處分卷附件9）。可知，被告於審查前，就原告主張有關中央目的事業主管機關之疑義，已先予釐清，原告再事爭執，已有未合。
⒋至原告尚援引前揭行政院公告「個人資料保護法非公務機
關之中央目的事業主管機關」認定原告所從事多層次傳銷，其中央目的事業主管機關應為公平會云云。惟上開公告係針對個人資料保護法有關非公務機關之中央目的事業主管機關之認定，核與原告係依產業創新條例及投資抵減辦法規定申請目的事業主管機關認定系爭研究計畫審查結果，所依據之法律迥然不同，尚難比附援引。是以，依前揭產業創新條例規定及行政院公告「服務產業主管機關、法令依據及其許可別」表列，以被告為食品什貨批發、零售業之主管機關，就產業發展輔導面而言，核與產業創新條例係為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力之規範目的相符。故原告主張其中央目的事業主管機關應為衛福部或公平會云云，均無足取。
㈣另原告主張：縱令本案得由被告審查，惟本案屬於營養醫學
高度創新之研發活動，被告審查小組成員皆不具有醫學背景，無法正確研判研發內容，其專業性及組織之適法性不足等語。雖被告答辯稱：產業創新條例及投資抵減辦法並未規定應以委員會之決議作成行政處分，而系爭研究計畫之審查作業係由商業司簡任以上人員1位及相關專長之學者專家6位組成，於召開審查小組會議當日，係以出席委員5人之多數審查意見為審查結論，上開審查小組之功能屬諮詢性質，係在提供專家意見，以利被告作成審查之決定，有關系爭研究計畫之審查結果，依投資抵減辦法第12條規定，仍應由被告決定，故無原告所提專家人數不足及組織適法性問題云云。然查：
⒈按行政訴訟法第201條規定：「行政機關依裁量權所為之
行政處分，以其作為或不作為逾越權限或濫用權力者為限，行政法院得予撤銷」。行政法院對行政機關依裁量權所為行政處分之司法審查範圍限於裁量之合法性，而不及於裁量行使之妥當性。行政機關行使裁量權限，如出於錯誤之事實認定或不完全之資訊，其裁量即非合法，依行政訴訟法第201 條規定，行政法院即得予撤銷（最高行政法院
100 年度判字第2043號判決意旨可參）。⒉次按行為時產業創新條例第1條第1項規定：「為促進產業
創新，改善產業環境，提升產業競爭力，特制定本條例。」次按行為時投資抵減辦法第2條規定：「（第1項）本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品、技術、勞務或服務流程之創新活動。（第2項）公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」第3條第1項規定:「前條第1項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：一、為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。」第12條規定：「（第1項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條及第3條規定，始得適用投資抵減之獎勵：一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。四、研究計畫、紀錄或報告。五、其他有關證明文件。（第2項）中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間2個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。……。」且該條第2項於100年12月27日修正時之立法理由已載明：「各中央目的事業主管機關於辦理本條審查認定時，期以較客觀、超然、公平立場予以審認，大多透過籌組學者專家審查小組方式辦理，而須花費較多時間與人力；且基於便民考量，將研究發展支出專案認定與本條審查認定併案辦理，爰修正第2項將審查結果意見書送交公司所在地稅捐稽徵機關之期限由現行中央目的事業主管機關受理申請後4個月內修正延長為當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內為之。……。」準此可知，有關公司是否具備研究發展能力及研發活動是否具高度之創新，中央目的事業主管機關大多係透過「籌組學者專家審查小組方式」，就申請人所檢附之研究計畫等相關證明文件辦理實質審查予以認定。
⒊再按系爭作業要點第1點規定：「經濟部（以下簡稱本部
）為認定商業服務業從事研究發展活動是否符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法（以下簡稱本辦法）第2條及第3條規定，特訂定本作業要點。」第2點規定：「本辦法第2條第2項所稱高度之創新，指公司之研究發展活動具有高度前瞻性、風險性與開創性，其認定原則及指標應參考下列因素：（一）具備商品、技術、專門知識、勞務或服務流程之創新水準。（二）具有目前產業經營者所不能輕易完成之技術或專門領域。（三）具備產業目前技術或專門知識所無法達成之顯著貢獻。（四）顯著解決產業長期存在之技術或專門知識問題。（五）經營模式與技術領域具備領先帶動之作用。」第4點規定：「公司依本辦法第12條規定向本部申請研究發展支出適用投資抵減專案及研發活動認定，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內（曆年制公司為2月至5月），依本部規定之格式，備具申請書及檢附下列相關文件：……（二）研發活動認定：⒈商業服務業研究發展計畫重點摘要書。⒉公司研究發展支出適用投資抵減明細表及電子檔。⒊公司研究發展支出適用投資抵減申請專案認定明細表及電子檔。⒋公司之組織系統圖及研究人員名冊。（請註記研究人員參與之研發計畫名稱）⒌研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。（明細資料）⒍購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。⒎研究計畫、紀錄或報告。⒏其他有關證明文件。」第7點規定：「（第1項）本部於受理申請後，應依研究發展活動性質組成審查小組，召開會議進行審查。（第2項）前項審查小組置委員7人，由商業司專門委員以上人員1人及相關專長之學者專家6人組成，並由商業司專門委員以上人員擔任召集人。」第9點規定：「審查會議應有委員2分之1以上出席，出席之委員過半數同意行之。」第11點規定：「（第1項）本部應就公司研究發展活動之認定結果，繕具認定意見書，函送公司所在地稅捐稽徵機關。經認定不符合本辦法第2條及第3條規定者，應於意見書中載明理由。（第2項）前項認定意見書不函復申請公司，但應將該意見書已函送公司所在地稅捐稽徵機關之意旨通知申請公司。」經核系爭作業要點，係被告本於中央主管機關職權，依前揭產業創新條例第10條第2項及投資抵減辦法第12條規定，為執行認定商業服務業從事研究發展活動是否符合上述投資抵減辦法第2條、第3條規定之必要，就申請適用研發投資抵減之公司應檢具之申請書、相關文件資料，及被告如何組成審查小組進行審查等細節性、技術性事項所為之規範，俾所屬機關公務員執行職權之依據，並未逾越前揭法令之規範意旨及限度，自得予適用。
⒋查商業司以原告所營事業以食品批發零售為主，就原告申
請系爭研究計畫辦理實質審查，依批發零售業之定義及系爭作業要點之規定，由商業司邀集7位委員（內含商業司專門委員以上1人）組成審查小組，於101年12月13日召開審查會議，有委員5人出席，其中有連鎖加盟相關協會2位、零售業者代表（即系爭作業要點之起草委員之一）1位及企業管理系教授1位（未出席委員2位為臺灣大學工商管理學系教授及成功大學工業與資訊管理學系教授各1位），以進行有關「業別審查」及「本案研發活動是否符合”高度創新”條件」之審查，而5位出席委員均認為原告之業別是符合「批發及零售業」定義（即包含從事有形商品之批發、零售、經紀及代理之行業，銷售商品所附帶不改變商品本質之簡單處理，如包裝、清洗、分裝、運送、安裝、修理等）；且5位出席委員中有4位係外部代表分別出具「缺乏商標及專利，也沒有商品創新，『涉及醫療行為的部分也不是零售業能界定的專業』，在高度創新上並沒有明顯帶動作用」、「與其他傳銷業者比較，該研發活動並無顯著差異之貢獻，且尚無具體之成果舉證」、「此項研究涉及對人體之影響，研究雖有相當的創新度，但是實驗的時間長度不夠。實驗的技術難度並不具高度的程度，研究成果在海外發表的樣本取得時間為2007年，與本案研發採樣時間有所差異，非常不當」、「針對高度創新之創新水準較不符合」等意見，雖上述外部代表中有2名認為「本案研發活動」是符合「具備商品、技術、專門知識、勞務或服務流程之創新水準」之高度創新條件，惟5名出席代表仍全數一致認為原告申請之研發活動案，係屬現有商品、服務、技術或專門知識之改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定等情，此有被告102年12月19日經商七字第10202143200號函、被告106年4月6日經商字第10602407890號函附被告出具原告99年度及100年度研究發展活動認定意見書、審查原告申請認定99年度及100年度研究發展活動具創新性適用投資抵減案會議出席人員簽名冊、審議表決結果暨會議資料及被告106年4月12日經商字第10602408450號函附不可閱覽之出席委員背景資料（見本院卷第362頁、第218至231頁及本院卷證物袋內資料）在卷可稽。基上可知，7人委員均係企業管理、連鎖加盟、零售業等領域之學者專家，並無任何1位係具有食品營養學或醫學相關學經歷背景之學者專家。惟查，觀諸系爭研究計畫名稱既為「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效研究發展計畫」，顯見該研究活動係與食品之營養處方有關，並非關涉「批發及零售業」之勞務或服務（如包裝、清洗、分裝、運送、安裝、修理等）流程；況且，已有其中1位審查委員於審議本申請案件時明確指出「涉及醫療行為的部分也不是零售業能界定的專業」等語（見本院卷第224頁）。是以，被告就本件申請案件所組成之前述7位審查小組成員，就原告所檢附系爭研究計畫等相關證明文件，是否具備足夠專業知識或技術以進行實質審查？是否能充分衡酌原告從事系爭研究計畫之研究發展活動「是否具備商品、技術、專門知識之創新水準」、「是否為目前產業不能輕易完成之技術或專門領域」、「是否具備產業目前技術或專門知識無法達成之顯著貢獻」或「是否顯著解決產業長期存在之技術或專門知識問題」等因素而為審查？實屬有疑。則被告以上開審查小組之認定意見為基礎，所為之判斷是否出於充足完全正確之資訊，亦同屬有疑，揆諸前揭最高行政法院判決意旨，應認其裁量並非合法。故原告主張審查小組之組成不具專業性，即難謂無據。
六、綜上所述，被告本於目的事業主管機關之權責，係有權受理本件申請案，故原告以先位聲明訴請將本件申請案移送衛福部部分，為無理由。惟被告未依本件研究發展活動性質，由若干具有相關食品營養或醫學專長背景之學者專家組成審查小組，召開會議進行實質審查，所作之認定意見書尚欠缺專業性，被告據此認定意見書所為之判斷，係出於不完全之資訊，其所為裁量即非合法，故原處分難謂無違誤，訴願決定未予糾正，亦有疏略，原告執此指摘原處分及訴願決定違法，為有理由，自應由本院予以撤銷。惟按「原告之訴雖有理由，惟案件事證尚未臻明確或涉及行政機關之行政裁量決定者，應判命行政機關遵照其判決之法律見解對於原告作成決定。」行政訴訟法第200條第4款定有明文。本件原告之申請，其從事之研究發展活動是否合於投資抵減條例第2條及第3條規定之高度創新，乃事涉被告之行政裁量決定，應由被告依本判決之意旨，重新召集至少若干具有相關食品營養或醫學專長之學者專家組成審查小組，並進行充分完整之審查後，依據完全之資訊，另行作成適法處分。從而，原告請求判決如其備位聲明所示部分，為有理由，其餘部分，為無理由，不應准許，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為部分有理由，部分無理由，爰依行政訴訟法第104條、民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 106 年 6 月 8 日
臺北高等行政法院第三庭
審判長法 官 曹瑞卿
法 官 林惠瑜法 官 林淑婷
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 106 年 6 月 8 日
書記官 黃玉鈴