臺北高等行政法院判決
105年度訴字第1845號107年4月26日辯論終結原 告 日月光半導體製造股份有限公司代 表 人 張虔生訴訟代理人 李念祖 律師
劉昌坪 律師蔡嘉昇 律師上 1 人複 代理人 李劍非 律師被 告 經濟部工業局代 表 人 呂正華訴訟代理人 盧碧黛
劉穎俊吳強生上列當事人間產業創新條例事件，原告不服經濟部中華民國105年10月24日經訴字第10506310990號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定及原處分均撤銷。
被告應依本判決之法律見解另為適法之處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告於民國104年5月29日，向被告申請認定其103年從事研究發展活動，符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱投抵辦法）所定投資抵減資格（下稱系爭申請案）。經被告審認原告於102年因違反環境保護相關法律且情節重大，不符合103年12月19日修正發布之投抵辦法（下稱103年12月投抵辦法）第2條之1第2款所定申請資格條件，以105年3月15日工電字第10500205631號函（下稱原處分）回復原告無法受理系爭申請案。原告不服，提起訴願復經決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、原告主張：㈠被告對系爭申請案，是否符合法定投資抵減資格，應適用之
實體準據法規，為伊於103年開始從事研究發展活動時有效之法令，即99年5月12日公布施行之產業創新條例（下稱99年產創條例）第10條第1項，及103年5月6日修正前之投抵辦法（下稱103年修正前投抵辦法）。且基於法律例外得溯及既往，係屬絕對法律保留事項，則103年6月18日修正公布之產業創新條例（下稱103年產創條例）第10條第1項，自不得溯及適用於其生效前已終結之事實，被告竟適用103年產創條例第10條第1項及同年12月19日始公布之投抵辦法第2條之1規定，以伊之K7廠於102年違反水污染防治法（下稱水污法）第7條第1項規定，經行政院環境保護署（下稱環保署）及高雄市政府環境保護局（下稱高雄市環保局）認定違反環境保護相關法令情節重大為由，否准伊之申請，致伊必須承擔無法預見之法律效果與責任，自已違背法律禁止溯及既往原則。
㈡103年修正前投抵辦法，對於公司之研發活動，並無任何負
面表列之「申請資格」限制，其所定投資抵減之相關要件，已形成人民可得信賴之基礎，伊依103年修正前投抵辦法規定，著手於103年度進行研發活動之投資，並預定於次年向被告提出認定符合抵減資格之申請，則係基於信賴基礎所為具體表現行為，伊於103年度全年研發計畫支出總金額達新臺幣（下同）1,266,293,876元，依103年修正前投抵辦法第9條規定，累計得抵減金額最高可達189,944,081元，則屬伊之信賴利益，被告逕依103年12月投抵辦法第2條之1第2款規定，以原處分不受理系爭申請案，顯違信賴保護原則。況被告及財政部業於103年產創條例第10條第1項通過後，對外解釋該規定並無溯及適用於生效日（即103年6月20日）前發生之違章事件，原處分卻採完全相反之見解，回溯適用103年產創條例及103年12月投抵辦法，亦與誠信原則、行政自我拘束原則及禁反言原則有悖。又被告作成原處分前，未給予伊陳述意見之機會，復有違正當法律原則及行政程序法第102條規定。且被告以伊違反環境法令為由，認伊不符合投資抵減申請資格，更違反不當聯結禁止原則。
㈢臺灣高等法院高雄分院103年度矚上訴字第3號刑事判決、高
雄高等行政法院103年度訴字第355號及最高行政法院106年度判字第289號等判決，已釐清、確認伊之K7廠事件並無高雄市環保局所指違反水污法第73條第6、7、8款情節重大之情形存在，該局就K7廠事件裁罰之高額罰鍰，亦因裁罰基礎有明顯違誤，經上開行政法院判決撤銷確定。至伊未針對高雄市環保局另為停工處分提起行政救濟，係因行政救濟曠日廢時，且停工期間過長對伊及客戶影響甚鉅，伊為儘速實現遵守環保法規之承諾，決定優先配合該局進行體檢改善，以全力爭取復工為主要目標，絕非認同該停工處分為適法，故停工處分雖仍存在，亦不足證明伊之K7廠事件已構成違反環境保護相關法令情節重大。被告於原處分說明㈢載明，高雄市環保局所作處分倘經行政救濟程序撤銷，該局將依行政程序法及投抵辦法相關規定，重新認定伊申請資格，並依規定補送103年度研究發展活動審查認定結果予稅捐稽徵機關，該項說明所載條件，因高雄市環保局之罰鍰處分經撤銷確定而成就，被告自應就系爭申請案重新審查並補送認定結果予稅捐稽徵機關。再者，被告係依其內部就103年12月投抵辦法第2條之1所訂「經濟部工業局研發投資抵減及補助案件申請公司或企業之資格有違法且情節重大認定要點」（下稱情節重大認定要點），認伊屬其中第3點第2項第2款即同一年度依同一法律裁罰達300萬元以上罰鍰，並有令其部分停工或停業，且未於6個月內准許復工或復業之情形，故屬情節重大，惟伊目前既未受罰鍰處分，即無被告自訂上開要點所指情節重大情形，原處分對伊所請不予受理，自屬違誤。
㈣並聲明：⒈撤銷訴願決定及原處分。⒉被告對於原告104年
5月29日申請之103年度公司研究發展活動認定案，應認定原告符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法之申請資格條件，及將原告103年度研究發展活動之審查認定結果，送交財政部高雄國稅局（下稱高雄國稅局）核定投資抵減稅額。
三、被告抗辯：㈠伊根據103年12月投抵辦法第2條之1第2款規定，審查原告所
提系爭申請案，依法務部103年10月14日法律字第10303511820號函釋，並無牴觸不溯及既往原則。又原告投資從事研究發展活動，係基於本身業務需求，且非當然已取得政府將給予抵減之法律地位，況原告最近3年內違反國內環境保護相關法律並情節重大，若仍給予投資抵減稅額之優惠，顯與獎勵投資或租稅公平等政策目的或公共利益相違，難謂其有值得保護之信賴利益，是本件無信賴保護原則之適用。
㈡伊作成原處分前，業於105年2月22日函請環保署、勞動部及
衛生福利部等機關協助清查原告資格，環保署於105年2月26日函送「最近3年違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關案件且情節重大說明表」，載明原告之違章事實為：「高雄市政府環保局派員於102年10月1日巡查後勁溪流域時發現，於德民橋下方排水道正排放異常水質之廢水，經檢測PH值為
3.02，隨即追查廢水來源確定為該公司K7廠所排放，於該廠放流槽採樣，經檢測結果PH值2.63、懸浮固體(SS) 96mg/L、化學需氧量(COD) 135mg/L、及鎳4.38mg/L，不符放流水標準6～9、30mg/L、100mg/L及1.0mg/L之規定。」及所違反法條為水污染防治法第7條第1項，依該表標題文字，已認定原告最近3年有違反環境保護相關案件且情節重大。且原告於102年10月1日之違規案件，經高雄市環保局102年12月20日高市環局水處字第00-000-000000號執行水污染防治案件裁處書，以原告違反水污染防治法第7條第1項，且符合同法第73條第6至8款規定，依同法第40條裁處罰鍰並命其停工，即已認定原告有違反環境保護相關案件，並符合水污染防治法第73條第6至8款所列「情節重大」情形。故原告於最近3年內有違反環境保護相關法律且情節重大之事實，業經環保署及高雄市環保局認定在案，伊據以作成原處分審查系爭申請案，並無違誤。至於伊自行訂定之「情節重大認定要點」並無對外公佈，僅係內部自行參考使用之行政規則，另高雄市環保局對原告所為停工處分既未經原告提起行政救濟而撤銷，原處分說明㈢所訂伊應重新認定原告申請資格，並補送103年度研究發展活動審查認定結果予稅捐稽徵機關之條件，即未成就，原告執上開情節重大認定要點及原處分說明㈢之記載，指摘伊對其所請不予受理，並非合法，亦非有據。又原處分並未限制或剝奪原告既有之權利，自無行政程序法第102條規定之適用。
㈢並聲明：駁回原告之訴。
四、如事實概要欄所載之事實，有申請書、原處分書及訴願決定書，附本院卷1第99、44至56頁可稽，且為兩造所不爭執，堪信為真實。
五、經核本件爭點為：原告主張被告對系爭申請案，應認定原告符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法之申請資格條件，及將原告103年度研究發展活動之審查認定結果，送交高雄國稅局核定投資抵減稅額，是否有據？經查：
㈠被告對系爭申請案，適用原告提出申請時業已施行之103年
產創條例第10條及103年12月投抵辦法第2條之1，作為審查依據，並無不合：
⒈按「（第1項）為促進產業創新，最近3年內未違反環境保護
、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。（第2項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」103年產創條例第10條定有明文。經濟部會同財政部訂定之投抵辦法，於103年12月29日修正發布之第2條之1規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件：一、依公司法設立之公司。二、最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」第17條第2項規定：「本辦法修正條文，……103年12月19日修正之條文，自103年6月12日施行……。」原告係於104年5月29日，向被告提出系爭申請案，斯時103年產創條例第10條及103年12月修正投抵辦法第2條之1均已公布施行，被告依據該等法令規定，審查系爭申請案，自無不合。
⒉原告雖主張：103年修正前投抵辦法對於公司之研發活動，
並無任何負面表列之申請資格限制，所定投資抵減之相關要件，已形成人民可得信賴之基礎，伊依103年修正前投抵辦法規定，著手於103年度進行研發活動之投資，並於次年向被告提出認定符合抵減資格之申請，而有基於信賴基礎之具體表現，被告竟適用103年產創條例第10條第1項及103年12月投抵辦法第2條之1規定，以伊之K7廠於102年違反水污法第7條第1項規定，違反環境保護相關法令情節重大為由，對系爭申請案不予受理，違背法律禁止溯及既往原則、信賴保護原則及不當聯結禁止原則云云。惟查：
⑴按法律不溯及既往原則，乃基於法安定性及信賴保護原則所
生，用以拘束法律適用及立法行為之法治國家基本原則，其意義乃指新訂生效之法規，對於法規生效前已發生事件，原則上不得適用。所謂事件，係指符合特定法規構成要件之全部法律事實；所謂發生，係指該全部法律事實在現實生活中完全具體實現而言。又新法規範之法律關係如跨越新、舊法施行時期，當特定法條之所有構成要件事實於新法生效施行後始完全實現時，則無待法律另為明文規定，本即應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法，根據新法定其法律效果。是除非立法者另設法律有溯及適用之特別規定，使新法自公布生效日起向公布生效前擴張其效力，或設限制新法於生效後適用範圍之特別規定，使新法自公布生效日起向公布生效後限制其效力，否則適用法律之司法機關，有遵守立法者所定法律之時間效力範圍之義務，尚不得逕行將法律溯及適用或以分段適用或自訂過渡條款等方式，限制現行有效法律之適用範圍（司法院釋字第577號及釋字第620號解釋理由書參照）。按產創條例第10條第1項原規定：「為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。」嗣於103年5月30日修正為：「為促進產業創新，最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。」依據其修正之立法理由：「一、原條文並未對申請投資抵減稅額之公司設限，致使少數多次違反法律規定之不肖公司，仍得申請投資抵減稅額，實有改正之必要。二、為提高企業社會責任之意識，針對最近3年內違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司，將不得申請適用研究發展投資抵減。爰修正原條文第一項。」足見此次修法係因部分企業未善盡社會責任，為其一己私利，破壞地方環境、損害勞工權益或危及人體健康，如仍使其得申請投資抵減稅額，形同政府變相鼓勵不肖業者，故為維護環境清潔、勞工權益、食品安全衛生之重大公益目的，明定最近3年內違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司，不得以研究發展投資申請抵減稅額。另投抵辦法係於103年5月6日修正時增訂第2條之1，其中第2款原規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件：……二、當年度無就同一事由連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事。」嗣因配合103年產創條例第10條第1項修正，於103年12月19日修正為：「二、最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。」並定自103年6月20日施行。是以，103年產創條例第10條第1項規定，係於修訂後自000年0月00日生效適用，103年12月19日修正之投抵辦法第2條之1第2款則自103年6月20日起施行，於原告104年5月29日提出系爭申請案時，均為有效施行之法令，揆諸前揭大法官解釋意旨，被告審查原告於103年間因投資研究發展活動所為支出，是否符合投資抵減資格時，本應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之該等新法規定，直接依據新法定其法律效果。且由上述產創條例修法意旨可知，立法者係就企業違反環境保護、勞工及食品衛生安全對人民生命、身體、健康等公益之危害，及未給予租稅優惠對企業財產權之影響，兩相權衡比較後，認為前者公共利益之維護，應優先於後者企業權利之保障，故未另行訂定過渡條款或限制新法於生效後適用範圍之特別規定，此屬立法自由形成空間，並無法律漏洞可言。至於在103年產創條例第10條第1項及103年12月投抵辦法第2條之1第2款生效後，申請投資抵減之公司，如於申請前3年內有違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之事實，因而不符申請資格條件，係屬法律事實之回溯連結，並非因新法規範效力之回溯適用，而改變其原有之法律效果，故未牴觸法律不溯既往原則，是原告主張：被告適用103年產創條例第10條第1項及103年12月投抵辦法第2條之1第2款規定，否准系爭申請案，違反法律不溯及既往原則云云，並非可採。
⑵次按信賴保護原則攸關憲法上人民權利之保障，公權力行使
涉及人民信賴利益而有保護之必要者，不限於授益行政處分之撤銷或廢止（行政程序法第119條、第120條及第126條），即行政法規之廢止或變更固亦有其適用。惟任何行政法規皆不能預期其永久實施，受規範對象須已在因法規施行而產生信賴基礎之存續期間，對構成信賴要件之事實，有客觀上具體表現之行為，始受信賴之保護（司法院釋字第525號解釋意旨參照）。原告於103年間為研究發展活動所進行之投資，係為其本身業務之需求，因而支出之金額，並未因103年修正前投抵辦法，而當然取得給予抵減租稅之法律地位，故103年修正前投抵辦法自無從構成原告信賴之基礎，其自行依103年修正前投抵辦法，計算該年度全年研發計畫支出總金額，累計得以抵減之最高金額，乃其願望或期待，非屬因信賴103年修正前投抵辦法而可獲得之利益；又原告向被告提出系爭申請案，僅係請求被告審查其是否符合由政府對其投資行為予以補助之資格，亦不得謂係因信賴103年修正前投抵辦法，而為表現信賴之具體行為，則原告主張其係因信賴103年修正前投抵辦法對於公司研發活動並無負面表列限制，而於103年展開投資活動，並於次年提出系爭申請案，已有信賴基礎及信賴表現，被告未適用103年修正前投抵辦法審查系爭申請案，違反信賴保護原則云云，亦無足取。⑶再按憲法增修條文第10條第2項規定：「經濟及科學技術發
展，應與環境及生態保護兼籌並顧。」係課國家以維護生活環境及自然生態之義務，不得因發展經濟及科學技術而偏廢失衡。另按產創條例第1條規定：「（第1項）為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力，特制定本條例。（第2項）本條例所稱產業，指農業、工業及服務業等各行業。」第7章「產業永續發展環境」第26條第1項及第28條尚分別規定：「為鼓勵產業永續發展，各中央目的事業主管機關得補助或輔導企業推動下列事項：一、協助企業因應國際環保及安全衛生規範。二、推動溫室氣體減量與污染防治技術之發展及應用。三、鼓勵企業提升能資源使用效率，應用能資源再生、省能節水及相關技術。四、產製無毒害、少污染及相關降低環境負荷之產品。」「為促進企業善盡社會責任，各中央目的事業主管機關應輔導企業主動揭露製程、產品、服務及其他永續發展相關環境資訊；企業表現優異者，得予以表揚或獎勵。」其立法理由分別為：「我國企業面臨日益增加之國際環保及安全衛生規範，加以我國推行節能減碳政策，對中小企業及傳統產業影響甚鉅。為鼓勵產業永續發展，爰第1項明定中央目的事業主管機關得以補助或輔導等方式，協助企業符合國際環保及安全衛生之標準，提升利用能源、水及其他資源再生、清潔生產、安全衛生、溫室氣體減量管理等技術能力，並鼓勵運用無毒害、少污染技術進行生產，及揭露產品相關環境資訊。」「企業社會責任為企業承諾持續遵守之道德規範，為經濟發展做出貢獻，並改善員工及其家庭、當地整體社區之生活品質。由於產業永續發展必須兼顧經濟、社會與環境等三方面，因此企業社會責任已為國際間企業永續發展之重要指標，相關資訊之揭露，對企業及國家形象提升至為重要。爰明定各中央目的事業主管機關應以輔導方式，促進企業主動揭露企業對環境、社會及永續發展等相關資訊，其表現優異者，得予以表揚或獎勵，以資鼓勵。」準此，產創條例之中央目的事業主管機關為鼓勵產業永續發展，固得以補助或輔導方式為之，惟受補助或輔導之產業，基於企業社會責任，仍須承諾持續遵守道德規範，為經濟發展做出貢獻，並改善員工及其家庭、當地整體社區之生活品質以兼顧經濟、社會與環境等三方面發展，始符合產創條例之立法目的。103年產創條例第10條第1項，規定公司得以投資研究發展之支出抵減營利事業所得稅，屬國家為鼓勵公司積極投入研究發展之獎勵措施，亦屬國家對產業之一種補助方式，揆諸前揭說明，政府於藉此鼓勵產業創新同時，亦應促使公司善盡企業社會責任，期達到經濟發展與環境及生態保護兼籌並顧，實現產創條例之立法意旨。是103年12月投抵辦法第2條之1基於103年產創條例第10條第2項之授權，對於公司申請投資抵減之資格條件，設有第2款即最近3年內不得違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之限制，核屬投資抵減之本質上屬於獎勵補助性質所為之合目的性選擇，未逾越103年產創條例第10條第2項之授權範圍，所定申請資格復與目的之達成具有合理之關聯性，則原告又指稱：103年12月投抵辦法第2條之1第2款以公司違反環境法令作為不符投資抵減申請資格之要件，違反不當聯結禁止原則云云，亦難採取。
㈡原告於本件課予義務訴訟言詞辯論終結時，業經確定判決確
認其並無被告自訂情節重大認定要點第3點第2項第2款所列情事，被告未依同要點第6點規定及原處分說明三之記載，對系爭申請案重新認定，違反行政自我拘束原則及誠實信用原則：
⒈復按課予義務訴訟，行政法院對於原告之請求權是否成立，
係以事實審言詞辯論終結時之法律及事實狀態為判斷基準時點。另按行政機關為規範機關內部業務處理方式，及為協助下級機關或屬官統一解釋法令、認定事實，而訂定之行政規則，雖以下級機關及行政人員為相對人，原則上僅具有管控行政組織與行為之內部效力，惟因行政規則大多在指示行政機關及行政人員應如何對人民執行其行政任務，故經行政機關適用於關涉人民之具體個案結果，而發生事實之外部效力。申言之，行政機關如依據行政規則建立之一致性標準，在同類案件中，重複以相同方式解釋與適用法律，而形成規律之行政實務，則若無合理之理由，即不得對相同之案件，為不同該行政實務之處理，從而產生行政自我拘束。再按「行政行為，應以誠實信用之方法為之，……。」復為行政程序法第8條所明定。
⒉經查：
⑴被告於105年1月間訂定之情節重大認定要點第1點規定：「
經濟部工業局（以下簡稱本局）為『公司研究發展支出適用投資抵減辦法』第2條之1……有關違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之情事認定，特訂定本要點……。」第3點規定：「情節重大認定標準：申請人最近3年違反環保、勞工或食安衛法律，且符合下列情況者之一，以情節重大認定之：㈠各法令主管機關認定符合法律明定應停止並追回其違規行為所屬年度優惠待遇之情節重大違法情況者。㈡受各法令主管機關下列裁罰之一者：⒈撤銷或廢止公司、商業、有限合夥、工廠之登記或食品業登錄；或令歇業。⒉同一年度依同一法律裁罰達新臺幣300萬以上罰鍰，並有令其部分停工或停業，且未於6個月內復工或復業者。⒊同一年度依同一法律裁罰達新臺幣300萬以上罰鍰，並令其全廠停工或全營業場所停業，且未於1個月內復工或復業。⒋按日連續處罰逾90日。㈢其他違法事實有危害公共安全、健康或污染環境之虞，經本要點審查會議認定為情節重大者。」第4點規定：「資料審認：本局得於研發投抵申請截止日後2個月內、創新補助於年底前彙整申請人名單，函請各法令中央主管機關確認申請人最近3年是否有符合本要點所定違反環保、勞工或食安衛法律且情節重大情況，各法令主管機關並應於30日內將確認結果函復本局。」第5點第1項規定：「審查會議：研發投抵申請人是否違反環保、勞工或食安衛法律且情節重大之認定有疑義或爭議時，本局得召開審查會議進行審議。」第6點規定：「救濟處理：研發投抵申請人若經確定判決確認無本要點第3點所列情事，或依行政救濟程序認定審認結果有瑕疵或違法時，應依行政程序法、相關辦法及本要點之規定重新認定。」第7點規定：「事項修訂：本要點係供內部認定作業參考，並得依執行情況，隨時檢討、修正之。」有情節重大認定要點附本院卷2第153、154頁可稽。由上可知，情節重大認定要點係被告為使103年12月投抵辦法第2條之1第2款所稱「情節重大」此一不確定法律概念之解釋，有統一之標準，並就申請人是否構成情節重大之認定程序，有劃一之處理方式，而訂定之行政規則。⑵次查，被告曾於105年2月22日函請環保署、勞動部及衛生福
利部協助清查包括原告在內之公司，是否符合申請以103年度之研究發展投資抵減租稅之資格，環保署於105年2月26日之回函，檢附「最近3年違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大說明表」（下稱說明表），記載包括原告在內4家公司之「違章事實說明」、「違反法律及條文」及「屬性說明：A至E類（詳註）」，該說明表之末並註記：「A類：屬要點草案第3點第1項。B類：屬要點草案第3點第2項第1款（撤銷或廢止公司、商業、有限合夥、工廠之登記或食品業登錄；或令歇業。）C類：屬要點草案第3點第2項第2款。D類：屬要點草案第3點第2項第3款。E類：屬要點草案第3點第2項第4款。F類：屬要點草案第3點第3項（其他違法事實有危害公共安全或健康之虞）。」又原告為該說明表序號1之公司，其「違章事實說明」欄記載：「高雄市政府環保局派員於102年10月1日巡查後勁溪流域時發現，於德民橋下方排水道正排放異常水質之廢水，經檢測PH值為3.02，隨即追查廢水來源確定為該公司K7廠所排放，於該廠放流槽採樣，經檢測結果PH值2.63、懸浮固體（SS）96mg/L、化學需氧量（COD）135 mg/L、及鎳4.38mg/L，不符放流水標準6～9、30mg/L、100 mg/L及1.0mg/L之規定。」「違反法律及條文」欄記載：「水污染防治法第7條第1項」，「屬性說明：A至E類（詳註）」欄則記載：「C類」，「C類」係指原告有前引情節重大認定要點第3點第2項第2款所定「同一年度依同一法律裁罰達新臺幣300萬以上罰鍰，並有令其部分停工或停業，且未於6個月內復工或復業」之情形，有被告105年2月22日工策字第10500162950號函、環保署105年2月26日環署督字第1050015704號函及所附說明表，附本院卷1第99、339至344頁可稽，並據被告訴訟代理人於本院107年3月14日準備期日陳明（參見本院卷2第161頁之準備程序筆錄）。由該說明表註記之B類、F類違規情節，與情節重大認定要點第3點第2項第1款及第3點第3項規定內容完全相同，另經註記為「屬要點草案第3點第2項第2款」之C類，則指該要點第3點第2項第2款規定之情形以觀，被告顯係依情節重大認定要點第4點規定，將以103年研究發展支出申請投資抵減之公司名單，函請各法令中央主管機關確認申請人最近3年是否有符合該要點所定違反環境保護、勞工或食品安全衛生法律且情節重大情況。再觀諸被告嗣後對於申請104年度研究發展支出適用投資抵減案之公司，亦檢附上開情節重大認定要點，函請環保署協助認定申請人有無違反相關法令情節重大之情事，經環保署依該情節重大認定要點查核後，於105年8月14日回復被告等情，有被告105年7月13日工策字第10500613990號函說明二記載：「請大部（署）參考本局情節重大認定要點（如附件3），就所附公司清單於105年8月15日下班前協助認定有否違反相關法令規定。」（參見本院卷2第136頁）及環保署105年8月14日環署督字第1050064478號函說明二記載：「貴局所送清單，經本署函請臺北市政府環境保護局等19個地方環保單位依貴局情節重大認定要點查核結果，計有日月光半導體製造股份有限公司……等2家公司符合貴局認定之情節重大案件。」等語（參見本院卷2第138頁），可資證明。由此足見，上開情節重大認定要點規定，業經被告重複具體適用於投資抵減申請人資格條件之審查，故已對外發生規範效力，被告抗辯；情節重大認定要點僅係被告內部自行參考使用，對外不生效力云云，尚非可採。
⑶再查，高雄市環保局因原告於102年10月1日，有上開說明表
「違章事實說明」欄記載之違章事實，違反104年2月4日修正前（下同）水污法第7條第1項，符合同法第73條第6至8款規定，於102年12月20日，依同法第40條規定，裁處原告罰鍰110,064,517元，並命原告K7廠產出重金屬鎳之晶圓製造程序製程停工，原告對上開罰鍰處分不服，提起訴願經決定駁回，復提起行政訴訟，請求撤銷罰鍰處分，及高雄市環保局應返還其所繳納罰鍰，經高雄高等行政法院分為103年度訴字第355號事件（下稱另案訴訟）受理；高雄市環保局嗣於另案訴訟審理中更正罰鍰處分金額為102,013,867元（下稱系爭罰鍰處分），原告亦據而變更聲明為：①訴願決定及系爭罰鍰處分部分均撤銷。②高雄市環保局應返還原告已繳納之罰鍰102,013,867元。該另案訴訟由高雄高等行政法院於105年3月22日判決，撤銷訴願決定及系爭罰鍰處分，駁回原告其餘之訴，兩造就敗訴部分均不服，分別提起上訴，最高行政法院則於106年6月8日以106年度判字第289號判決，駁回高雄市環保局就原審判決撤銷系爭罰鍰處分所提上訴，另將原審判決駁回原告請求返還罰鍰部分廢棄，改判高雄市環保局應給付原告102,013,867元而確定等情，有高雄市環保局102年12月20日高市環局水處字第00-000-000000號執行水污染防治案件裁處書（下稱裁處書）、上開高雄高等行政法院判決及最高行政法院判決附本院卷1第347、188至246、441至466頁足憑，復據本院調取另案訴訟案卷查明無誤。
⑷由以上⑵、⑶可知，被告對於系爭申請案，係經函請環保署
查明原告有無其自訂情節重大認定要點第3點各項所定違反環境保護法律情節重大之情事，由該署回復：原告於提出申請前3年內之102年12月20日，經高雄市環保局以其違反水污法第7條第1項，符合同法第73條第6至8款規定，依同法第40條，對原告裁處超過300萬元之罰鍰，且命部分停工，有該要點第3點第2項第2款應認定為違反環境保護相關法律情節重大之情形，因認原告不符103年12月投抵辦法第2條之1第2款所定資格條件，故不予受理。惟原告對系爭罰鍰處分所提另案訴訟，業經法院判決其勝訴，並於106年6月8日確定，故依本院就本件訴訟於107年4月26日言詞辯論終結時之事實狀態，原告業經確定判決確認無情節重大認定要點第3點所列情事，則依該要點第6點規定，被告本應依行政程序法、相關辦法及該要點之規定，重新認定原告是否符合申請資格；尤以被告於原處分說明三：「前開高雄市環境保護局所作處分案，倘經行政救濟程序撤銷該處分，本局將依行政程序法及本辦法相關規定，重新認定貴公司申請資格並依規定補送103年度研究發展活動審查認定結果予稅捐稽徵機關。」更將其於系爭罰鍰處分經法院判決撤銷確定後，應踐行之重新認定程序，予以載明並告知原告，其迄未遵循辦理，明顯違反行政自我拘束原則及誠實信用原則。
⒊被告雖抗辯：伊係因環保署於105年2月26日函送之說明表，
其標題「最近3年違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關案件且情節重大說明表」，即已認定原告最近3年內違反環境保護相關法律情節重大，及高雄市環保局裁處書記載原告前述違章行為，符合水污法第73條第6款、第7款、第8款規定，亦即認定原告有違反環境保護相關案件，並符合前揭水污法所定情節重大情形，暨其於105年3月22日，依情節重大認定要點第5點，召開「103年度研發投資抵減申請公司有無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大」審查會議時，與會代表均一致同意原告符合情節重大認定之結論，始以原告有103年12月投抵辦法第2條之1第2款所定情事為由，對系爭申請案不予受理，並無違誤；另依上開高雄高等行政法院判決所載，原告違反水污法第7條第1項規定之違章行為明確，高雄市環保局得依同法第40條規定予以裁罰，僅因不法利得計算基礎有誤，應重為適法之裁罰，故系爭罰鍰處分遭撤銷，不代表原告未受罰鍰處分，且高雄市環保局對原告所為停工處分未據原告提起行政爭訟，故原處分說明三所訂條件尚未成就，被告未重新認定原告是否具備申請資格，自無違法云云。惟查：
⑴環保署於105年2月26日函復被告之上開說明表，實係依據附
註所列被告自訂情節重大認定標準第3點規定之各類情形，判斷原告等4家公司最近3年違反環境保護相關法律情節重大，及其違規屬性，業如前述。又情節重大認定要點第3點第1、2項所定符合情節重大之情況，係分別以：公司經環境保護、勞工、食品安全衛生之主管機關認定應停止及追回違規行為所屬年度之優惠待遇；或經各該主管機關撤銷或廢止公司、商業、有限合夥、工廠之登記或食品業者登錄或令歇業；或同一年度依同一法律裁罰達300萬元以上，經命全部或一部停工或停業，未於一定期間准許復工或復業；抑或經按日連續處分超過一定日數，為其要件，各該判斷標準清楚明確，不致發生歧異認定之情形。故該要點第5點所定因申請人是否違反環境保護、勞工、食品安全衛生法規且情節重大之認定有疑義或爭議，得由被告召開審查會議進行審查者，應限於同要點第3點第3款所定「其他違法事實有危害公共安全、健康或污染環境之虞，經本要點審查會議認定為情節重大者。」之情形。前述環保署說明表所列4家最近3年內違反環境保護法律情節重大之公司中，除原告之屬性說明為「C類」（即屬情節重大認定要點第3點第2項第2款之情形）外，另3家公司之屬性均為「F類」，即有同要點第3點第3款所定情形（參見本院卷1第342至344頁）；是以，被告於105年3月22日，依該要點第5點規定召開之審查會議，顯係為審查該說明表上所列原告以外之另3家公司，應否認定為情節重大，而與原告無關，此由被告早在該次會議召開前之同年月15日，即已作成原處分，益足證明。是被告抗辯：伊係因環保署已以上開說明表，認定原告最近3年內違反環保法律情節重大，及伊於105年3月22日所召開審查會議中，與會人士一致同意將原告認定為最近3年內違反環保法規情節重大，始對系爭申請案不予受理云云，並非可採。
⑵次查，上開高雄市環保局裁處書，雖以原告違反水污法第7
條第1項：「事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施，排放廢（污）水於地面水體者，應符合放流水標準。」規定，符合同法第73條第6款、第7款、第8款：「本法第40條、第43條、第46條、第49條、第52條、第53條及第54條所稱之情節重大，係指下列情形之一者：……六、大量排放污染物，經主管機關認定嚴重影響附近水體品質者。七、排放之廢（污）水中含有有害健康物質，經主管機關認定有危害公眾健康之虞者。八、其他經主管機關認定嚴重影響附近地區水體品質之行為。」之情形，依同法第40條第1項規定，對原告裁處300萬元以上罰鍰，及命原告K7廠產出重金屬鎳之晶圓製造程序製程停工，原處分說明二亦援引該裁處書，認原告業經高雄市環保局確認係屬違反環境保護相關法規且情節重大，故不符103年12月投抵辦法第2條之1第2款申請條件資格，無法受理系爭申請案；惟原處分既另以說明三所載：該裁處書如經行政救濟程序撤銷，被告將依行政程序法及投抵辦法相關規定，重新認定原告申請資格等語，表明情節重大認定要點第6點規定之意旨，則如有符合該要點第6點所定情事發生時，被告自當遵照該規定及原處分說明三之記載辦理，始符誠信。高雄市環保局對原告所為裁處中之系爭罰鍰處分，既經另案判決撤銷確定，且高雄市環保局迄至本院於107年4月26日進行言詞辯論時止，並未再作其他處分，復據被告訴訟代理人於本院言詞辯論期日所自承（下稱本院卷2第180頁），是依本件訴訟於本院言詞辯論終結時之事實狀態，原告雖因違反環境保護法規致受部分停工處分，然因其原受300萬元以上之罰鍰處分，業經法院確定判決撤銷而不存在，故不符情節重大認定要點第3點所定應認定為情節重大之情形，被告卻怠於依同要點第6點規定，重行認定原告是否符合投資抵減之申請資格條件，僅以停工處分未經撤銷，及高雄市環保局尚得另為罰鍰處分等理由，主張其對系爭申請案不予受理並無違法，殊無可採。
六、綜上所述，被告以原處分不予受理原告所提系爭申請案，有違反行政自我拘束原則及誠實信用原則之違法，訴願決定未予糾正，亦有未洽，原告執此指摘原處分及訴願決定違背法令，求予撤銷，為有理由，應予准許。次按「行政法院對於人民依行政訴訟法第5條規定請求應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟，原告之訴雖有理由，惟案件事證尚未臻明確，應判命行政機關遵照其判決之法律見解對於原告作成決定。」行政訴訟法第200條第4款規定甚明。原處分對原告所提系爭申請案，係以原告有103年12月投抵辦法第2條之1第2款所定情事，不予受理，惟103年12月投抵辦法第2條之1第3款，對於依該辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，尚規定應具備研發能力，及所從事研究發展活動，應具有高度創新之資格條件，原告是否符合該款規定，尚未經被告審查，則被告應否作成原告符合申請適用研究發展投資抵減資格條件之行政處分，事證仍非明確，原告另請求判決被告應認定原告符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法之申請資格條件，及將其103年度研究發展活動之審查認定結果，送交高雄國稅局核定投資抵減稅額之行政處分，尚未達全部有理由之程度，揆諸前揭規定，其所提此部分課予義務訴訟，於請求命被告遵照本院判決之法律意見對其作成處分部分為有理由，應予准許，其餘部分則無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法與舉證，經核與判決結果不生影響，爰不分別斟酌論述，併予敘明。
八、據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，依行政訴訟法第104條、第200條第4款，民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 5 月 17 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 李 玉 卿
法 官 李 君 豪法 官 鍾 啟 煒
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 107 年 5 月 17 日
書記官 李 建 德