臺北高等行政法院判決
105年度訴字第1248號105年11月30日辯論終結原 告 萬海航運股份有限公司代 表 人 陳柏廷（董事長）訴訟代理人 陳長文 律師
陳東良 律師彭運鵾（會計師）被 告 財政部臺北國稅局代 表 人 何瑞芳（局長）訴訟代理人 鄭錦凰上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國105年6月27日台財法字第10513925960號訴願決定（案號：第00000000號），提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告民國99年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額新臺幣（下同）2,977,257,469元，經被告核定為98,297,608元，應補稅額490,556,793元。原告不服，申請復查，經被告以105年2月18日財北國稅法一字第1050005905號復查決定（下稱原處分）駁回。原告循序提起訴願遭駁回，遂向本院提起行政訴訟。
二、原告主張：
㈠、被告核減原告99年度營利事業所得稅核定通知書第55欄「前10年核定虧損本年度扣除額」部分金額2,878,959,861元（2,977,257,469元－98,297,608元），係源於原告申報並經核定之97年度營利事業所得稅核定通知書第57欄「合於獎勵規定之免稅所得」金額。然所得稅法第39條可供盈虧互抵之金額，係指核定通知書「課稅所得額（虧損）」之金額，該條並未規定應先扣除前年度之免稅所得，此由營利事業所得結算申報核定通知書「損益及課稅所得」項目及其編排之邏輯順序可證，而在未有其他稅法規定可調整之前提下，行政機關並無權任意對該金額加以調整增加或減少，此為租稅法定主義之當然解釋。
㈡、核定通知書「損益及課稅所得」之計算項目，除系爭免稅所得項目外，尚包含停徵之證券交易所得及免徵之土地交易所得，對於該兩類同屬免稅之所得，財政部均有函釋（分別為74年7月6日台財稅第18503號函及76年9月22日台財稅第0000000號函；下稱財政部74年7月6日、76年9月22日函釋）明文免自核定之虧損額中扣除。同屬免稅之系爭所得，原處分卻認為與其他免稅所得（即停徵之證券交易所得及免徵之土地交易所得）應有迥然不同之規定，並自行認定應自核定之虧損額中扣除，無論於法理上或邏輯解釋上均為矛盾，法令適用有誤。又原處分以證券交易所得及土地交易所得同為免稅，得於計算盈虧互抵時免自核定虧損額中減除，係分別因已就提高之證券交易稅中徵收替代，因而非真正免稅；土地已課徵土地增值稅，因而避免土地利得重覆課稅，故而得自核定虧損中扣除為由；惟何以在所得基本稅額條例仍規定，營利事業關於證券交易所得仍應計入營利事業之基本所得額，再依法課徵？再土地交易已課徵土地增值稅而避免重覆課稅，則營利事業免稅之土地交易所得何以分配予股東個人時，仍要再課一次股東個人綜合所得稅？是決定理由對同屬免稅所得之證券交易所得及土地交易所得，免自核定虧損額中減除之說明，顯然無法成立。而原處分認系爭投資國外收益為「真正免稅」而與證券交易所得及土地交易所得「非真正免稅」不同，則當更不得再於計算盈虧互抵時先為扣減以降低得為盈虧互抵之金額，因為此係促進產業升級條例第70條之1之特別規定，自不得任意以普通法地位之所得稅法加以限制，否則即令普通法優先於特別法而適用，顯然違反中央法規標準法之規定，益證原處分錯誤適用法令，所得稅法第39條實未有此一限制。
㈢、訴願決定僅以系爭免稅所得「與土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅及證券交易所得係依同法第4條之1課徵所得稅之所得性質及立法目的並不同」，以法條之條次不同及泛稱「所得性質及立法目的不同」，即推出不得相比附援引之結論，而未具體說明土地交易所得及證券交易所得之「所得性質」與系爭免稅所得不同處為何？「立法目的」不同處又為何？為何系爭免稅所得之課稅處理與財政部上開74年與76年函釋分別就證券交易所得及土地交易所得之解釋邏輯不一致？亦未回答原告提出之營利事業免稅之土地交易所得何以分配予股東個人時，仍要再課一次股東個人綜合所得稅？以及何以所得基本稅額條例仍規定，營利事業必須將證券交易所得併入營利事業之基本所得額計算課稅？等問題，顯然有違訴願法第89條規定訴願決定應記載理由之違法。
㈣、原告系爭免稅所得於97年度並未獲實質免稅之優惠，係因97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第53欄「全年所得額（虧損）」為負139,282,725元屬虧損，若無免稅所得則所得稅額為零元；若有免稅所得後，依法應再減除免稅所得（即第99欄「停徵之證券、期貨交易所得（損失）」金額566,290,719元及第57欄「合於獎勵規定之免稅所得」金額2,878,959,861元），其結果僅是將課稅所得之虧損額更形擴大為負3,584,533,305元（負139,282,725元－566,290,719元－2,878,959,861元），其所得稅仍為零元。若系爭免稅所得要享受免徵所得稅之優惠，必須全年所得額高於免稅所得，原告方真正享受到系爭免稅所得免徵所得稅之租稅優惠，然原告於97年度之營利事業所得稅之全年所得額為負值（即負139,282,725元），自無被告及財政部所謂造成取得系爭免稅所得年度得享免徵所得稅之優惠，若得再列為99年度虧損扣除金額，將有雙重獲益之情形。
㈤、依全年所得額係應稅所得及免稅所得之合計，依法而言，既為免稅所得本非所得稅課徵對象，因此免稅所得自始至終應得排除於所得計算之外。本件若將系爭免稅所得額自始即排除於所得計算之外，此時97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第53欄「全年所得額（虧損）」金額為負3,584,533,305元，自應為原告97年度之得扣抵虧損額（即第59欄金額），是該數額自得於以後年度全數申報扣抵。倘依被告及財政部之見解，於列報本件第55欄「前十年核定虧損本年度扣除額」時，必須將系爭免稅所得（即金額2,878,959,861元）自原告97年度核定虧損中減除，即為705,573,444元（3,584,533,305元－2,878,959,861元），方得列報於本件申報年度第55欄中，將造成系爭免稅所得之有無，影響可供盈虧互抵之金額不同，錯誤解釋稅法灼明。再者，依被告及財政部之見解，確實將造成相同免稅所得，但在不同公司分別於虧損年度匯回該合於獎勵規定而免稅之外國投資收益免稅所得，或於獲利年度方匯回者，卻有不同稅負效果，亦實質違反平等原則，自將產生人為操弄損益分配年度之誘因，導致公司公司為配合該見解，而刻意扭曲正常營運活動之情形，顯然已違反租稅中立性。
㈥、另以訴願決定書中所提「……所得稅法39條所稱之『虧損』，依同法第24條第1項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用損失及稅捐計算。所稱『收入總額』應包括免稅收入及應稅收入在內；……在核定通知書上所列課稅所得額之核定數，並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據，仍應考量該投資收益免稅部分之影響數，類此案例，有最高行政法院100年度判字第936號判決可資參照」云云。然該見解並未否認計算「正確之全年所得」時，係將應稅所得及免稅所得全數列入計算（即第53欄金額），但在計算課稅所得額時，必須將依法屬免稅之所得先行扣除後，才是所得稅法所規定之課稅所得，亦即才是國稅局核定納稅義務人應課稅之稅基（當金額為負時，自然就應稱為「核定虧損數」）（即第59欄金額），可見訴願決定書中，被告上級機關財政部顯然同意所得稅法第39條所稱之「核定虧損數」，事實上所指的即是結算申報書第59欄；且該判決之爭點為「在處理虧損年度倘有「投資收益」時，於計算「可用於依所得稅法第39條之規定抵減未來年度純益額之核定虧損數額」時，應否將該等收益納入計算該虧損年度營業虧損之問題，而非本案爭點「免稅所得自申報虧損數扣除」。事實上原告於計算97年度（即虧損年度）可用於依所得稅法第39條之規定抵減未來年度純益額之核定虧損數額時，即已將97年度之「投資收益」164,394,754元認定為「經會計師查核減除不可扣除數」而排除於該虧損數額外，而以97年度之核定虧損額扣抵99年度之純益額時，並未將該筆投資收益計入扣抵之數額中，顯見訴願決定理由中引用之判決，其事實與本件完全不同。
㈦、即便原處分據以調減原告系爭虧損金額所適用之財政部80年9月17日台財稅第000000000號函（下稱財政部80年9月17日函釋）本身並未違法，該函釋所涉事實（即「核定全年所得額，既未發生虧損」）與本件之事實（不論第53欄「全年所得額」金額為負139,282,725元或第59欄「課稅所得額」金額為負3,584,533,305元，均已發生虧損）亦不相同，被告顯然誤用，有不應適用法令而適用之錯誤。財政部80年9月17日函釋之真意若是「免稅所得額大於核定全年所得額，該免稅所得即不得用以供盈虧互抵」，則顯係以行政函釋變更法律規定之稅基，有違租稅法定主義。原處分及訴願決定認應先將系爭免稅所得自虧損年度之虧損額扣除，其餘額方得作為日後盈虧互抵之金額，形同將法律規定（即促進產業升級條例第70條之1第1項規定）之免稅所得，變更為應稅所得，實質變更法律之規定，顯屬違法之處分等語，並聲明：原處分（即復查決定）及訴願決定均撤銷。
三、被告則以：
㈠、按所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算，即係指營業之虧損。而「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內。而因廢止前促進產業升級條例第70條之1規定，在符合相關要件之投資國外關係企業取得投資收益之所得，免徵營利事業所得稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含上開投資國外關係企業取得投資收益免稅部分（即該投資收益免稅部分不計入課稅所得額以計算所得稅額），故在核定通知書上所列課稅所得額之核定數，並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條但書規定時，自不能徒以之前年度核定通知書所載核定結果為據，仍應考量該投資收益免稅部分之影響數，類此案例，有最高行政法院100年度判字第936號判決可資參照。是系爭97年度投資國外關係企業取得投資收益免稅部分2,878,959,861元，仍屬原告97年度之獲利，為正確計算其以往年度虧損，應將系爭免稅2,878,959,861元併入計算，以避免可扣除虧損金額有虛增之情事，始得正確適用所得稅法第39條之規定。原告主張所得稅法第39條「以往年度營業之虧損」即指核定通知書上第59欄課稅所得額之金額容有誤解。
㈡、依據廢止前促進產業升級條例第70條之1規定，營運總部投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益，免徵營利事業所得稅，其目的係鞏固企業在臺之經營及海外（包含大陸地區）投資之資金回流，所訂定符合要件部分給予免徵營利事業所得稅，而不計入該年度課稅所得額計算之租稅優惠。是於營利事業所得稅之計算，投資國外關係企業之「投資收益及處分利益」如為所得，則不予計入課稅所得額；如係損失仍應自所得額中減除，並於適用所得稅法第39條規定之「盈虧互抵」時併入各該期核定虧損中。至土地及證券交易所得係屬財產交易所得之一種，本應課徵所得稅，始符合課稅公平原則，惟因土地交易所得已課徵土地增值稅。故為避免重複課稅，乃於所得稅法第4條第1項第16款規定，個人及營利事業出售土地之交易所得，免納所得稅，如因土地交易而有損失，亦不計入所得額；又自79年1月1日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。又公司組織之營利事業於適用所得稅法第39條規定之「盈虧互抵」時，各該虧損年度土地及證券交易所得雖可免予先抵減各該期之核定虧損，惟其交易損失亦不得併入各該期核定虧損中，以達到衡平原則。足見，土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅，證券交易所得係依同法第4條之1停止課徵所得稅，而本件系爭投資國外關係企業取得之投資收益係依據廢止前促進產業升級條例第70條之1規定免徵營利事業所得稅，三者據以免納所得稅之法令規定均不相同，原告比附援引關於土地交易所得及證券交易所得等函釋，主張免自核定虧損額中減除，洵非可採。
㈢、按所得稅法第39條之規定，「以往年度虧損」原則上不得列入本年度計算，惟對公司組織之營利事業，會計帳冊簿完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，予其以往年度虧損扣除之優待。原告系爭虧損調整金額，係源自97年度免徵營利事業所得稅之免稅所得，於計算其以往年度虧損，若未將系爭免稅所得併入計算，將造成該免稅所得除有於所得年度免除課徵所得稅之租稅優惠，如該年度為虧損，尚可藉由所得稅法第39條盈虧互抵之機制，將該優惠遞延至以後年度，造成同樣適用前揭促進產業升級條例第70條之1規定之營利事業，因是否符合所得稅第39條盈餘互抵規定之要件，而產生不同租稅優惠效果之不合理現象，難謂非雙重受惠。又本件系爭投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益，如係損失，則自所得額中減除（合併所得額），於適用所得稅法第39條規定之「盈虧互抵」時，並併入各該期核定虧損中；而本件系爭免稅所得（因免徵營利事業所得稅，免計入課稅所得額），如未予併入該期核定虧損，將造成於適用所得稅法第39條「盈虧互抵」規定時，如有損失時，始併入各該期核定虧損；如有所得，則不予併入，有違租稅公平原則。
㈣、參照司法院大法官釋字第706號解釋理由書，本件原告於97年度（收益實現年度）取得投資國外關係企業之投資收益依權責基礎及所得稅法第24條規定，屬97年度營利事業所得額，是依廢止前促進產業升級條例第70條之1規定，係免徵97年度營利事業所得稅（有別於廢止前同條例第6條「自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額」之規定，兩者不容混淆。），自不得利用所得稅法第39條盈虧互抵之機制，將免稅所得之租稅優惠遞延至以後年度。原告主張既為「免稅所得」，自始「應得排除所得計算之外」，當年度除免稅所得外之虧損，得全部於以後年度扣除，顯無法律依據，任意擴充前揭廢止前促進產業升級條例第70條之1之獎勵範圍，亦與所得稅法第39條「盈」「虧」互抵之規定有違。
況依廢止前促進產業升級條例第70條之1規定，「投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益」如為損失，亦未如原告所稱「應得排除所得計算之外」之理。
㈤、按前揭財政部80年函釋，乃財政部基於中央財稅主管機關職權為闡明所得稅法第39條之原意所為之釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定，核與租稅法律主義無違。該函釋就營利事業合於獎勵投資條例規定之免稅所得因自全年所得額排除，致使課稅所得額之核定數為負數（減少）所為之釋示，其中課稅所得額非屬實際營業盈虧之部分，於適用所得稅法第39條但書規定時，自不能以該年度之核定通知書所載之核定課稅所得額為據。原告將免稅所得自第53欄全年所得額（為虧損）排除，致虧損同額增加，其中免稅所得部分（即系爭免稅所得2,878,959,861元）既未發生虧損，應無所得稅法第39條規定之適用等語，資為抗辯。並聲明：駁回原告之訴。
四、本件如事實概要欄所載之事實，有被告105年2月18日財北國稅法一字第1050005905號復查決定書（第0000-0000頁）、被告99年度營利事業所得稅結算申報核定通知書（第1500頁）、被告97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書（第1497頁）、原告97年度依促進產業升級條例核定減免稅額通報單（第0000-0000頁）、原告97年度營利事業所得稅結算申報書（第302頁）、原告99年度營利事業所得稅結算申報書（第227頁）影本附原處分卷；財政部105年6月27日台財法字第10513925960號訴願決定書（第44-51頁）影本附本院卷可稽，洵堪認定。是本件爭點乃在原告於99年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第55欄「前十年核定虧損本年度扣除額」，其中列報屬於97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第57欄「合於獎勵規定之免稅所得」金額2,878,959,861元部分，係因廢止前促進產業升級條例第70條之1第1項第3款規定之投資收益免稅所得，該2,878,959,861元投資收益除免徵97年度營利事業所得稅外，是否得再取得以後年度抵減純益額之權利，而作為本件99年度全年所得額之減項？
五、本院判斷如下：
㈠、按「（第1項）凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定，課徵營利事業所得稅。（第2項）營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。……。」、「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」所得稅法第3條第1項、第2項、第39條第1項定有明文。準此，於中華民國境內經營之營利事業，應就其中華民國境內及境外之全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。且所得稅法原則上不許可營利事業以往年度之虧損扣抵當年度之營利事業所得稅，惟鑑於虧損以年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重，為促進稅制之公平合理，乃於上述所得稅法第39條但書規定「帳冊齊全，申報正確」者，容許以前10年度之虧損來扣抵當年度之純益額。是上述所得稅法第39條關於盈虧互抵規定之適用，既須以往年度有營業之虧損為必要，其所稱之營業「虧損」，依同法第24條第1項前段及規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」自應以營利事業以往年度各期之全部損益(全部所得）判斷之，即依同法施行細則第31條規定之計算公式，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算，方符合該法條「有虧損才可以扣抵」之立法精神及課稅公平原則；所稱「該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損」係乃指稽徵機關核定之全年所得(虧損)額，且經財政部80年9月17日函釋：「○○電信公司75年度之核定全年所得額，既未發生虧損，應無所得稅法第39條規定之適用。」有案。乃財政部本於稅捐主管機關職權就所得稅法第39條之適用所為釋示，並未牴觸該法條之立法本旨，所屬稽徵機關自得予援用。原告主張財政部上開函釋規定之「核定之全年所得額」，應指經稽徵機關核定之第59欄課稅所得額，且其之真意若是「免稅所得額大於核定所得額，該免稅所得即不得用以供盈虧互抵」，則顯係以行政函釋變更法律規定之稅基，有違租稅法定主義云云，乃其主觀見解，洵非可採。
㈡、次按「為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，在中華民國境內設立達一定規模且具重大經濟效益之營運總部，其下列所得，免徵營利事業所得稅：……三、投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益。」、「所稱免徵營利事業所得稅，指在計算課稅所得額時，應將該項所得自全年所得額中減除之。」廢止前促進產業升級條例第70條之1第3款及同條例施行細則第17條第1項後段著有規定。揆其立法意旨，係為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，對於在國內設立營運總部，其投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益而給予之租稅優惠，惟該投資收益及處分利益仍屬於營利事業之收益，故於計算營利事業以往年度營業之虧或盈時，自應將上開收益計入判斷，始符合「營業之虧損」之意義。是關於屬於廢止前促進產業升級條例第70條之1第3款規定之免徵營利事業所得稅所得，係於計算課稅所得額時，將該所得自全年所得額中減除；非謂該「免徵營利事業所得稅」之所得，自始即排除於所得計算之外，而以其餘虧損扣抵以後年度盈餘。此觀營利事業所得稅之核定通知書，「第53欄」全年所得額減除「第55欄」前10年核定虧損本年度扣除額等，為「第59欄」課稅所得額；其中「第55欄」前10年核定虧損本年度扣除額與「第53欄」全年所得額，性質皆為「經核定之所得額」(即收入-成本費用、損失)，相減後，始得出課稅所得額，以符所得稅法第24條及39條規定益明。
故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上全年所得額，始屬營利事業當年度之實際盈（虧）數；至作為「第53欄」全年所得額減項之「第57欄」有關合於獎勵規定之免稅所得，僅係於計算課稅所得額時，將該所得自全年所得額中減除（惟於計算營利事業當年度實際所得盈虧時，其性質仍屬獲利面之所得，而非所得之減項）。故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上之課稅所得額，即未包含上開投資國外關係企業當期取得投資收益免稅部分，所列之課稅所得額之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條但書規定時，於營利事業之前年度有投資國外關係企業取得投資收益免稅部分，自不能徒以其之前年度之核定通知書所載之課稅所得額核定數為據，而應將該部分免稅收益併回其所得計算，始得正確反映營利事業之前年度之實際盈虧。原告主張由營利事業所得結算申報核定通知書「損益及課稅所得」項目及其編排之邏輯順序可知，所得稅法第39條可供盈虧互抵之金額，係指核定通知書「課稅所得額（虧損）」之金額云云，不符前揭所得稅法第24條規定，洵非可採。
㈢、查原告99年度營利事業所得稅結算申報之「全年所得額」金額為6,145,350,487元，扣除「停徵之證券、期貨交易所得（損失）」金額為負83,223,470元及「前十年核定虧損本年度扣除額」金額為2,977,257,469元後，「課稅所得額」金額為3,251,316,488元（即6,145,350,487－(-83,223,470)－2,977,257,469＝3,251,316,488）（見原處分卷第227頁）。其中列報前10年核定虧損本年度扣除額2,977,257,469元(97年度虧損3,584,533,305元－97年度投資收益164,394,754元－98年度已扣除虧損442,881,082元)，經被告依財政部80年函釋，計算原告97年度准予扣除之虧損扣除額金額為541,178,690元(97年度核定虧損3,584,533,305元－97年度投資收益164,394,754元－企業營運總部免稅所得額2,878,959,861元)，減除98年度已扣除虧損442,881,082元，核定前10年核定虧損本年度扣除額98,297,608元(541,178,690元－442,881,082元)，揆之上開規定及說明，自無不合。原告主張免稅所得本非所得稅課徵對象，本應排除於所得計算之外，若將系爭免稅所得額自始即排除於所得計算之外，此時97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第53欄「全年所得額（虧損）」金額為負3,584,533,305元，自應為原告97年度之得扣抵虧損額（即第59欄金額），是該數額自得於以後年度全數申報扣抵，被告誤用財政部80年9月17日函釋云云，已然有悖前揭相關稅法規定，要無可取。
㈣、復按，依所得稅法第39條之立法意旨，所能盈虧互抵者，係指核定之營業虧損，原告適用廢止前促進產業升級條例第70條之1之獎勵規定之上開免稅所得，既屬於其97年度之收益，於計算原告97年度營業之盈虧數時，自應將該所得納入計算，前已述及。而依所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4規定可知，土地交易所得免納所得稅，如其交易有損失，亦不得扣除；證券交易所得停止課徵所得稅，其損失亦不得自所得額中減除，惟原告因投資國外關係企業取得之上開收益，依促進產業升級條例第70條之1規定免徵營利事業所得稅，且依營利事業所得稅查核準則第99條規定，其已實現之投資損失仍應予認列，足見系爭免稅所得，與免納所得稅之土地交易所得或停止課徵所得稅之證券交易所得，雖均屬營利事業所得稅全年所得額項下應減除之免稅所得，但適用之法令依據、立法目的及稅捐優惠效果，並不相同，自非屬於同一事物本質，此對照系爭企業營運總部免稅所得與土地交易所得、證券交易所得，在營利事業所得稅申報書及核定通知書所列載之項次及內容均有所不同〔分別為「第57項：合於獎勵規定之免稅所得」、「第99項：停徵之證券、期貨交易所得(損失)」、「第101項：免徵所得稅之出售土地增益(損失)」〕，益徵明瞭；而財政部亦係依上述所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4之規定，認土地交易損益及證券交易損益，既均不列入所得課稅或列為損失減除，基於稽徵作業之便利，乃以上揭76年9月22日函及74年7月6日函釋有關土地交易損益及停徵證券交易損益均不列入盈虧互抵範圍，與所得稅法第39條規定尚無牴觸。原告主張核定通知書「損益及課稅所得」之計算項目，除系爭免稅所得項目外，尚包含停徵之證券交易所得及免徵之土地交易所得，經財政部函釋免自核定之虧損額中扣除，同屬免稅之系爭所得，原處分卻認定應自核定之虧損額中扣除，適用法令係有違誤，乃係以普通法地位之所得稅法限制促進產業升級條例第70條之1特別規定之適用；訴願決定僅以系爭免稅所得「與土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅及證券交易所得係依同法第4條之1課徵所得稅之所得性質及立法目的並不同」，以法條之條次不同及泛稱「所得性質及立法目的不同」，即推出不得相比附援引之結論，顯然有違訴願法第89條規定訴願決定應記載理由之違法；依被告及財政部之見解，將造成相同免稅所得，但在不同公司分別於虧損年度匯回該合於獎勵規定而免稅之外國投資收益免稅所得，或於獲利年度方匯回者，卻有不同稅負效果，亦實質違反平等原則，並違反租稅中立性云云，乃屬原告主觀歧見，亦無可採。至原告系爭免稅所得於97年度是否獲實質免稅之優惠乙節，則與系爭之前年度虧損之計算無關，是原告主張其因97年度全年所得額為負139,282,725元係屬虧損，致未享受系爭免稅所得免徵所得稅之租稅優惠云云，仍無足為其有利之認定。
六、綜上所述，原告主張並無可採。原處分尚屬適法有據，訴願決定遞予維持，亦無不合。原告猶執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘之攻擊及防禦方法，經本院審酌後，核與本件判決結果不生影響，故不逐一論究說明，附敘明之。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 105 年 12 月 21 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 許瑞助
法 官 洪慕芳法 官 林玫君
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 105 年 12 月 21 日
書記官 徐子嵐