臺北高等行政法院判決
105年度訴字第1324號107年1月18日辯論終結原 告 新光合成纖維股份有限公司代 表 人 吳東昇（董事長）訴訟代理人 陳建宏 會計師
林瑞彬 律師被 告 財政部臺北國稅局代 表 人 許慈美（局長）訴訟代理人 顏利真
陳季季上列當事人間所得稅法事件，原告不服財政部中華民國105年7月6日台財法字第10513929250號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、被告代表人原為何瑞芳，於訴訟進行中變更為許慈美，茲由其具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要：原告民國99年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，列報獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額新臺幣（下同）126,397,434元及因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額36,103,738元，經被告分別核定125,313,916元及0元，嗣原告申請更正因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額36,103,738元，被告乃重行核定為8,810元。原告不服，申請復查，經被告以105年1月12日財北國稅法一字第1050001620號復查決定追認當年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額17,199元、獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額1,083,518元，其餘復查駁回。原告仍不服，提起訴願，經決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
三、原告主張略以：（一）原告於98年11月5日吸收合併其原始投資設立之100%持股子公司新融投資股份有限公司（下稱新融公司）、新埕投資股份有限公司（下稱新埕公司）、新功投資股份有限公司（下稱新功公司）、群惠投資有限公司（下稱群惠公司）、泛隆投資有限公司（下稱泛隆公司）及美加投資有限公司（下稱美加公司）等6家公司（下稱新融等6家公司）；復於99年6月8日吸收合併其原始投資設立之100%持股子公司新鑫投資股份有限公司（下稱新鑫公司，與新融等6家公司合稱新鑫等7家公司）。99年度列報因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶依第66條之6規定計算之扣抵稅額36,103,738元並無任何違誤。然查，訴願決定不但在所得稅法第66條之3第1項第5款並未被廢除或修改之前提下，僅單以財政部96年4月10日台財稅字第09604520370號令（下稱96年令釋）及101年6月4日台財稅字第10100536790號函（下稱101年6月函釋），按公司與其100%持股之子公司合併時，存續母公司取得消滅子公司淨資產超過存續母公司對消滅子公司之出資額部分，應視同消滅子公司分配予存續母公司之股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅，並以合併基準日為分配日，依所得稅法第66條之6規定計算其可扣抵稅額，併同股利或盈餘分配；又消滅子公司淨資產之價值，應以存續母公司對該消滅子公司之長期股權投資帳面價值認定。即以新鑫等6家公司淨資產小於原始出資額，及美加投資公司依前開規定得計入之股東可扣抵稅額僅8,810元，完全未視所得稅法第66條之3規定，進而剔除原告申報繼受消滅公司扣抵稅額，使新鑫等7家公司之股東可扣抵稅額憑空消失，全然牴觸兩稅合一制度欲避免法人階段繳稅之金額與自然人股東一併計算之規範目的，有悖於法律保留原則及法律優越原則。（二）財政部101年6月函釋完全未考慮到合併消滅公司依規定計算視同股利所得後，其帳上仍可能留有累積未分配盈餘及股東可扣抵稅額之情形。有關合併消滅公司股東取得合併對價超過合併消滅公司出資額部分並未實際產生股利收入，而是由財政部透過前揭96年令釋及101年6月函釋之規定擬制股東就合併對價大過於出資額部分視為股東所實現之股利收入，並就該股利收入具以計算股東可扣抵稅額，然該令釋完全與所得稅法第66條之3第1項第5款之規定相異，顯強加母法所無之限制，嚴重違反租稅法定主義，自當廢棄不予適用。退步而言，依101年6月函釋，合併消滅公司於視為股利分配後，縱算股東可扣抵稅額帳戶如仍有餘額，然而因消滅公司已無帳載累積未分配盈餘，存續公司已無從依所得稅法第66條之3第1項第5款規定繼受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。故依其反面解釋，若合併消滅公司於視為股利分配後，其股東可扣抵稅額帳戶如仍有餘額，且消滅公司尚有帳載累積未分配盈餘者，存續公司自得依所得稅法第66條之3第1項第5款規定繼受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額，足證原告依所得稅法第66條之3第1項第5款規定繼受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額並無違誤。（三）依所得稅法第42條規定，在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，無論營利事業轉投資層次之多寡，該投資收益僅在最終被投資事業階段，課徵一次營利事業所得稅，由於營利事業之轉投資收益不計入所得額課稅，自應計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，俟盈餘分配予個人股東時，由個人股東併計其綜合所得總額課稅並予以扣抵，而非用以扣抵投資事業當年度所得稅結算申報應納稅額。再按財政部96年令釋及101年7月11日台財稅字第10104530040號令（下稱101年7月令釋）亦明定公司與其100%持股之子公司合併應以母公司帳上對子公司之長期股權投資帳面價值（評估原長期股權投資減損損失後之金額）認定其取得之淨資產。本案前述被投資公司係原告原始設立並100%持有之轉投資公司，並透過該等投資公司轉投資上市櫃公司，投資公司獲配上市櫃公司所分配之股利時，原已帳列股利收入並將上市櫃公司所分配之股東可扣抵稅額計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，原告亦按權益法認列被投資公司之投資收入（該投資收入屬原告之當期淨利並轉入其帳載累積未分配盈餘），惟投資公司帳上另依財務會計準則規定將其所持有之上市櫃公司持股帳列「備供出售金融資產」，並按市價衡量該金融資產，市價與原始投資成本之差額帳列權益科目「金融商品未實現損益」，原告並依權益法分別認列被投資公司之股權淨值及一併調整金融資產未實現損益。故前開被投資公司帳上雖然有累積未分配盈餘（即歷年來所獲配上市櫃公司之股利收入），然因其所持有之上市櫃公司市價低於其原始取得成本導致其須調減備供出售金融資產之價值並認列金融資產未實現損失，故原告雖已分年認列被投資公司之投資收入並轉入累積未分配盈餘，然依財政部96年令釋及101年7月令釋之規定，原告合併系爭投資公司時雖然因其長期股權投資帳面價值因金融商品未實現損益之調整而低於其出資額，而無視同股利之適用，然在被投資公司合併前帳上尚有累積未分配盈餘之情形下，若未准其將股東可扣抵稅額帳戶之餘額計入原告之股東可扣抵稅額帳戶，勢必將嚴重違反兩稅合一股東可扣抵稅額之基本精神，況且已繳納之稅額實不應因合併而消失，如僅允許有股利所得情形之存續公司計入消滅公司股東可扣抵稅額，顯然係將股利所得作為前提，惟於合併情形，此種區別實無任何正當差別待遇的理由。足證財政部前開函釋實有重新審酌之必要。（四）原告雖係於98年11月5日吸收合併其原始投資設立之100 %持股子公司新融等6家公司，但該等合併消滅公司係於98年12月方取得經濟部商業司98年12月22日經授商字第09801280890號核准函，故該等合併消滅公司之決算申報實現應自98年12月23日起算之45日內。惟訴願決定似認為縱算要將合併消滅公司之股東可扣抵稅額計入原告之股東可扣抵稅額帳戶亦應在98年而非系爭99年度，顯見其完全忽略前開所得稅法施行細則第48條之6規定。（五）新鑫等7家公司係原告之100%之子公司，故原告於合併新鑫等7家投資公司時，必須以該等子公司淨資產之價值作為其合併對價，倘若新鑫等7家投資公司係由第三人公司合併而非由原告合併，雖其因投資之上市櫃公司市價低於其投資之帳面價值，而須調整金融資產未實現損失，導致股東權益低於其股本等原始投入金額，然其因獲配上市櫃公司之股利收入使其帳上仍存有累積未分配盈餘，故第三人公司於評估取得新鑫等7家公司時，除考慮其淨資產價值外，尚會考量因可取得被合併公司之控制權等因素，故多會採溢價合併，則存續公司可因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。然本案原告合併其100%持股之子公司時，僅因子公司按財會處理準則認列金融商品未實現損失，以致其股東權益低於其股本，原告卻無從透由前開函釋規定繼受消滅公司扣抵稅額，使該股東可扣抵稅額憑空消失，已違反衡平原則。（六）原告同時兼具合併消滅存續公司與合併消滅公司之股東兩身分，若依被告及財政部之見解，勢將造成相同之未分配盈餘，但在合併前先進行盈餘分配即可將合併消滅公司之股東可扣抵稅額併同盈餘分配給股東即原告，但卻無法透由合併當下以視同盈餘分配之概念分配給原告繼受。且在被告之見解下，將導致公司為配合上開函令，而刻意扭曲正常營運活動之情形，而在合併基準日之前先行分配盈餘，若此，租稅之課徵已明顯影響私經濟部門之資產配置，嚴重違反租稅中立性。退步而言，原處分使合併消滅公司股東權益項下之金融商品未實現損益，將因衡量日之不同而有所差異，亦即原處分竟認在其他條件不變下，僅因為合併消滅公司所持有之上市櫃公司股價差異而可認定本案原告得否繼受子公司之股東可扣抵稅額將受影響，實與兩稅合一架構下股東可扣抵稅額併同盈餘分配給股東之基本概念明顯相悖。（七）按財政部92年6月10日台財稅字第0920453015號函釋明定存續公司承受消滅公司股東可扣抵稅額帳戶餘額上限之計算方式。依100年11月23日公布稅捐稽徵法第1條之1所規定於100年11月8日修正施行日尚未確定案件應適用變更見解前之法令規定，本案自始即無從適用101年6月函釋之餘地。況財政部101年6月函釋明顯強加母法所無之限制，已違反租稅法定主義，本院自當予以摒棄不予適用。被告一再辯稱本案應係原告認列該等被投資公司因合併而產生之損失，而非將該等被投資公司之股東可扣抵稅額計入原告之股東可扣抵稅額帳戶，然本案之主要爭點在於合併存續公司（原告）得否依據所得稅法第66條之3規定，將系爭合併消滅公司之股東可扣抵稅額計入原告之股東可扣抵稅額帳戶，與原告得否認列投資損失無涉。（八）退步而言，縱算依財政部96年令釋意旨（原告認該函令違反租稅法令主義而應不予適用），認系爭股東可扣抵稅額非屬
99 年度，被告仍應本諸職權予以轉正為98年度，並同意原告追認98年度股東可扣抵稅額，惟被告卻仍援引錯誤之函令否准原告計入該等股東可扣抵稅額，顯已違反行政法上有利不利均應注意之原則等語。並聲明求為判決訴願決定及原處分（復查決定）關於原告99年度合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額不利原告部分均撤銷。被告應追認股東可扣抵稅額35,020,220元。
四、被告則以：（一）原告主張於98年11月5日合併新融等6家公司，應有承受該等消滅公司股東可扣抵稅額帳戶餘額36,103,738元之適用，惟查上開金額係新融等6家公司合併時餘額，除原告對其中美加投資公司之長期股權投資帳面價值232,037,926元，超過出資額232,000,000元，致原告獲有投資收益37,926元，得以分配所含股東可扣抵稅額8,810元（37,926元×23.23%）外，原告對其餘消滅公司之長期股權投資帳面價值，均低於原告相對之出資額，本無因合併而承受該等消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額可言，亦無追認98年度股東可扣抵稅額事宜。（二）合併消滅公司股東可扣抵稅額帳戶餘額，係消滅公司於存續期間，其股東可用以扣抵綜合所得稅之權利，如公司業因合併而消滅，其股東可扣抵稅額帳戶可於合併時併同累積未分配盈餘由存續公司承受，但仍應以所得稅法第66條之6規定計算之可扣抵稅額為限，此有所得稅法第66條之3第1項第5款立法理由可參。而合併消滅公司須於合併基準日將其資產負債轉銷而為解散，其股東權益（含累積未分配盈餘）於該合併基準日即應予結算，於該日視其淨資產與股東出資額之差額，計算可返還之資本或可分配之股利所得（投資收益），於該合併基準日結清帳務後，合併消滅公司應已無盈餘可得分配。又依所得稅法第66條之3第1項第5款計算可計入股東可扣抵稅額帳戶之日，依同法條第2項第5款規定為合併生效日，該日依同法施行細則第48條之6規定係指合併消滅之營利事業依同法第75條第1項規定辦理當期決算申報之日，即在合併基準日之後，是以，合併消滅公司於該合併生效日當已無盈餘可得分配，自無從依所得稅法第66條之6規定計算之可扣抵稅額限額。財政部爰據以96年令釋、101年6月函釋及101年7月令釋說明合併消滅公司股東之股利及股東可扣抵稅額課稅方式，此係主管機關本於職權所作成有關事實認定之解釋，並未逾越所得稅法規定之範疇。（三）又第三人買價高於或低於消滅公司淨資產，是否會影響其承受之股東可扣抵稅額餘額乙節，依財團法人中華民國會計研究發展基金會（下稱會計基金會）101年3月9日（101）基秘字第0000000060號函可知，合併公司之會計處理不因消滅公司係原始投資或購買取得而有不同，其買價高低僅影響存續公司公司調整投資成本與消滅公司股權淨值之差額，實無涉其承受之股東可扣抵稅額餘額。亦即第三人買價高低僅影響存續公司調整投資成本與消滅公司股權淨值之差額，而影響合併消滅公司之股東可否獲配股利所得及可扣抵稅額，係合併對價是否超過其出資額，即合併消滅公司之股東惟有在合併對價超過出資額時，方得獲配股利所得及可扣抵稅額，茲舉一簡例說明：「消滅公司股東出資額100元，消滅公司淨值80元，合併對價90元」，此例雖屬溢價合併，惟因合併對價小於出資額，消滅公司之股東仍無從獲配股利所得及可扣抵稅額，是原告主張並不足採。另外，原告主張如由第三人採溢價合併者，則存續公司可因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額一節。查若公司合併基準日在97年12月31日以前，因合併公司得適用財政部72年3月23日台財稅第31904號函規定，消滅公司帳列未分配盈餘（保留盈餘），以原科目轉併存續公司，即存續公司仍應以未分配盈餘（保留盈餘）列帳，從而存續公司既已轉併消滅公司之未分配盈餘（保留盈餘），自得依所得稅法第66條之3第5款規定，承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。然本件之合併基準日皆在98年1月1日以後，依財政部97年10月17日台財稅字第09704552910號令規定，已無前揭財政部72年函釋之適用，且消滅公司合併前帳載未分配盈餘係包含於合併對價超過其全體股東出資額之餘額內，已於合併基準日視為股利分配，其分配後，股東可扣抵稅額帳戶如仍有餘額，因消滅公司已無帳載累積未分配盈餘，存續公司已無從依所得稅法第66條之3第1項第5款規定繼受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。（四）本件新融等6家公司既因合併而消滅，則消滅公司之價值自應以含股東權益減項之淨值考量，以避免有虛盈實虧之情。況消滅公司就「淨值」結算剩餘財產本即與一般公司於正常營運期間之盈餘分配有所不同。又公司合併與否，或是合併後由何公司存續或消滅，均由合併雙方決定，若不合併而由被投資公司進行股利分配，亦由該等公司選擇決定之，本件原告與新融等6家公司既選擇合併，則合併消滅公司之合併對價自為含股東權益減項之淨值，被告依其所採取之法律行為，而適用不同之法律規定，產生不同之法律效果，於法自無不合，亦與租稅中立原則無違。（五）又原告主張消滅公司帳上尚有帳載累積未分配盈餘及股東可扣抵稅額乙節，查渠等子公司合併前帳載保留盈餘「並不會」轉至原告，而係由原告以其帳上對子公司之長期股權投資帳面價值（評估原長期股權投資減損損失後之金額），沖轉為各項「資產」及「負債」科目。是無論母子公司合併或第3人合併，存續公司皆僅就淨資產合併。從而，合併消滅公司須於合併基準日將其資產負債轉銷而為解散，其股東權益（含累積未分配盈餘）於該合併基準日即應予結算，並計算可返還之資本或可分配之股利所得（投資收益），即於該合併基準日結清帳務後，合併消滅公司應已無盈餘可得分配，存續公司自無從繼受消滅公司之股東可扣抵稅額等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、本院之判斷：
（一）按「（第1項）營利事業下列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：……二、因投資於中華民國境內其他營利事業，獲配屬87年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。……五、因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。但不得超過消滅公司帳載累積未分配盈餘，按稅額扣抵比率上限計算之稅額。……（第2項）營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如下：……二、前項第2款規定之情形，為獲配股利或盈餘日。……五、前項第5款規定之情形，為合併生效日。」「營利事業分配屬87年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配。……」「營利事業遇有解散、廢止、合併或轉讓情事時，應於截至解散、廢止、合併或轉讓之日止，辦理當期決算，於45日內，依規定格式，向該管稽徵機關申報其營利事業所得額及應納稅額，並於提出申報前自行繳納之。」行為時所得稅法第66條之3第1項第2款、第5款、第2項第2款、第5款、第66條之6第1項、第75條第1項定有明文。又「本法第66條之3第2項第5款、第66條之5第3項所稱合併生效日，係指合併消滅之營利事業，依本法第75條第1項規定辦理當期決算申報之日。」亦為行為時同法施行細則第48條之6所明定。
（二）次按「投資損失：一、投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。
……四、因被投資事業合併而發生投資損失，以合併基準日為準。」為營利事業所得稅查核準則第99條第1款及第4款所規定。又「一、公司與其100%持股之子公司合併，其合併存續之母公司於合併時取得合併消滅之子公司淨資產超過其對消滅公司出資額部分，應視同合併消滅之子公司分配予母公司之股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅，並以合併基準日為分配日，依所得稅法第66條之6規定計算其可扣抵稅額，併同股利或盈餘分配。」「主旨：
公司合併基準日在98年1月1日以後，存續公司可否承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額等疑義乙案。說明：依本部93年9月21日台財稅字第09304538300號函及97年10月17日台財稅字第09704552910號令規定，以股份或現金為對價進行合併，消滅公司所取得之合併對價超過其全體股東之出資額，其股東所獲分配該超過部分之金額，應視為股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。消滅公司合併前帳載未分配盈餘係包含於合併對價超過其全體股東出資額之餘額內，已於合併基準日視為股利分配，而其截至合併基準日止之股東可扣抵稅額帳戶餘額，係以合併基準日依所得稅法第66條之6規定計算之稅額扣抵比率，按股東獲配股利淨額計算其可扣抵稅額，併同分配予股東，其分配後，股東可扣抵稅額帳戶如仍有餘額，因消滅公司已無帳載累積未分配盈餘，存續公司已無從依所得稅法第66條之3第1項第5款規定繼受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。」「本部96年4月10日台財稅字第09604520370號令第1點有關『公司與其100%持股之子公司合併，其合併存續之母公司於合併時取得合併消滅之子公司淨資產』之價值，依前開財團法人中華民國會計研究發展基金會101年3月9日函說明四（一）及（三）之規定，應以母公司帳上對子公司之長期股權投資帳面價值（評估原長期股權投資減損損失後之金額）認定。」為財政部96年令釋、101年6月函釋及101年7月令釋所釋。上揭財政部令釋及函釋，就合併消滅公司股東之股利及股東可扣抵稅額之認定方式，核其內容與前開所得稅法規定意旨無違，並無逾越母法規定之限度或對人民之財產權增加法律所無之限制，難認有違租稅法定主義，自得適用。
（三）再按「母公司與其原始投資設立之100%持股子公司合併：母公司應以帳上對子公司之長期股權投資帳面價值轉為資產及負債科目，前述長期股權投資帳面價值應為母公司評估原長期股權投資減損損失後之金額，如有減損應一次認列損失。由於子公司係母公司100%原始投資，故母公司對子公司之長期股權投資與子公司股權淨值間並無差異。」亦有財團法人中華民國會計研究發展基金會（下稱會計基金會）101年3月9日（101）基秘字第0000000060號函說明四第（一）點可參。
（四）經查，原告於98年11月5日吸收合併（見原處分卷第1347頁）其原始投資設立之100%持股子公司新融等6家公司，復於99年6月8日吸收合併（見原處分卷第1360頁）其原始投資設立之100%持股子公司新鑫公司。99年度列報因合併而承受新融等6家消滅子公司之股東可扣抵稅額，承受金額分別為127,568元（新融）、121,571元（新埕）、89,268元（新功）、2,660,559元（群惠）、13,982,221元（泛隆）、19,122,551元（美加）等6筆，合計則為36,103,738元；至於原告對新鑫公司，並無股東可扣抵稅額之承受（原告主張承受可扣抵稅額之計算表見原處分卷第1173頁）。嗣被告以原告僅有對美加公司之長期股權投資帳面價值232,037,926元超過出資額232,000,000元（見原處分卷第1173頁），此部分投資收益37,926元所含股東可扣抵稅額為8,810元，得視同合併消滅子公司分配股利所得（投資收益），而認原告對美加公司有可扣抵稅額8,810元之承受，至於原告列報自美加公司承受之其餘可扣抵稅額19,113,741元（原告列報19,122,551元－被告核認8,810元）部分，則否准列報。又認對新融、新埕、新功、群惠、泛隆等5家消滅子公司，原告所取得各消滅子公司淨資產未超過出資額，無以視同合併消滅子公司分配股利所得（投資收益），即無股東可扣抵稅額之分配，而否准原告列報承受自新融等5家消滅子公司之可扣抵稅額16,981,187元。亦即就原告所列報其自新融等6家消滅子公司承受股東可扣抵稅額36,103,738元，被告僅核認其中8,810元，其餘36,094,928元部分，則否准列報。揆諸前揭說明，本件原告（合併存續之母公司）於合併時，取得消滅公司之淨資產（消滅公司之全部資產減全部負債之淨額），其價值以「母公司帳上對子公司之長期股權投資帳面價值」認定。而原告於98年11月5日吸收合併新融等6家公司時，原告帳載對該6家子公司之「長期股權投資帳面價值」（見原處分卷第1173頁）分別為110,337,781元（新融）、110,551,974元（新埕）、109,957,945元（新功）、255,319,359元（群惠）、199,896,578元（泛隆）、232,037,926元（美加），即係原告對該等合併消滅子公司取得之淨資產。相較於原告對其等之出資額（見原處分卷第1173頁）111,100,000元（新融）、111,350,000元（新埕）、110,800,000元（新功）、377,000,000元（群惠）、284,000,000元（泛隆）、232,000,000元（美加），其中僅有對美加公司之長期股權投資帳面價值232,037,926元超過出資額232,000,000元，此部分投資收益37,926元，得視同合併消滅子公司分配股利所得（投資收益），進而認原告對美加公司併同獲有可扣抵稅額8,810元之分配。至於原告所列報自美加公司承受之其餘可扣抵稅額19,113,741元部分，則無視同合併消滅子公司分配股利所得（投資收益）之適用。此外，涉及新融、新埕、新功、群惠、泛隆等5家子公司部分，如上所述，原告所取得各該消滅子公司之淨資產並未超過其出資額，無以視同合併消滅子公司分配股利所得（投資收益），即無股東可扣抵稅額併同分配之適用。從而，就原告列報因合併而承受新融等6家消滅子公司之股東可扣抵稅額36,103,738元，被告僅核認其中8,810元，其餘36,094,928元部分則否准列報，於法尚無不合。
（五）原告主張本件合併消滅公司帳上尚有帳載累積未分配盈餘及股東可扣抵稅額，原告自可依所得稅法第66條之3第1項第5款規定繼受合併消滅公司之股東可扣抵稅額云云。按「股份有限公司，有左列情事之一者，應予解散：一、……五、與他公司合併。……」為公司法第315條所明定。
又合併消滅公司於進行合併時，應將公司全部資產及負債讓與存續公司，存續或新設公司所給付之對價，應分配予消滅公司之股東，消滅公司並應收回股東持有之股份，予以註銷，進而解散。亦即，合併過程中，實際取得合併對價者，並非消滅公司，而是消滅公司之股東（公司法第317條之1第3款規定參照）。是一般公司合併時，合併消滅公司之股東所獲配之對價，超過其出資額之差額部分，其性質與消滅公司解散清算而分配股利所得相同，亦如同合併消滅公司之股東因投資而獲有收益，即依規定計算消滅公司股東之股利所得（投資收益）及對應之可扣抵稅額。
而合併存續公司若基於股東身分，自消滅公司獲配股利所得，可於分配日併同獲配股東可扣抵稅額（依所得稅法第66條之6規定計算），並按同法第66條之3第1項第2款規定，計入合併存續公司之股東可扣抵稅額帳戶。惟若合併對價「未超過」合併存續公司對消滅公司之出資額，合併存續公司即無獲配股利所得（投資收益），亦無從自消滅公司取得股東可扣抵稅額。又合併消滅公司股東可扣抵稅額帳戶餘額，係消滅公司於存續期間，其股東可用以扣抵綜合所得稅之權利，如公司業因合併而消滅，其股東可扣抵稅額帳戶可於合併時併同累積未分配盈餘由存續公司承受，但仍應以所得稅法第66條之6規定計算之可扣抵稅額為限。而合併消滅公司須於合併基準日將其資產負債轉銷而為解散，其股東權益（含累積未分配盈餘）於該合併基準日即應予結算，於該日視其淨資產與股東出資額之差額，計算可返還之資本或可分配之股利所得（投資收益），已如前述，於該合併基準日結清帳務後，合併消滅公司應已無盈餘可得分配。再者，所得稅法第66條之3第1項第5款計算可計入股東可扣抵稅額帳戶之日，依同法條第2項第5款規定為合併生效日，該日依同法施行細則第48條之6規定係指合併消滅之營利事業依同法第75條第1項規定辦理當期決算申報之日，即在合併基準日之後，是以，合併消滅公司於該合併生效日當已無盈餘可得分配，自無從依所得稅法第66條之6規定計算存續公司可承受之可扣抵稅額之限額。
（六）原告復主張如由第三人進行合併，除考慮其淨資產價值外，尚會考量因可取得被合併公司之控制權等因素，故多會採溢價合併，則存續公司可因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。而本案原告合併其100%持股之子公司時，僅因子公司按財會處理準則認列金融商品未實現損失，以致其股東權益低於其股本，原告卻無從透由前述函釋規定繼受消滅公司扣抵稅額，使該股東可扣抵稅額憑空消失，違反衡平原則云云。惟其他公司是否以溢價方式或折價（購價低於淨資產）方式購入新融等公司，須實際發生後經核實認定，本無以憑空臆測。再者，若係其他公司以股份或現金為對價進行合併，則原告係消滅公司之原股東，尚須所取得之合併對價超過原告之出資額，該超過部分之金額，始有視為股利所得（投資收益）之餘地。且第三人買價高低僅影響存續公司調整投資成本與消滅公司股權淨值之差額，而影響合併消滅公司之股東可否獲配股利所得及可扣抵稅額，係合併對價是否超過其出資額，即合併消滅公司之股東惟有在合併對價超過出資額時，方得獲配股利所得及可扣抵稅額。是原告此部分主張尚難憑採。
（七）原告另主張消滅公司在合併前先進行盈餘分配即可將合併消滅公司之股東可扣抵稅額併同盈餘分配給股東，但卻無法透由合併當下以視同盈餘分配之概念分配給原告繼受，財政部96年令釋及101年函釋之見解將導致相同之租稅行為卻有不同稅負效果，顯然違反租稅中立原則云云。惟公司是否分配盈餘及分配若干盈餘，公司法定有相關應遵守之要件及程序（公司法第232條、第237條等參照）。又公司合併與否，或是合併後由何公司存續或消滅，均由合併雙方決定，若不合併而由被投資公司進行股利分配，亦由該等公司選擇決定之。本件原告與新融等6家公司既選擇合併，新融等6家公司因合併而消滅，則消滅公司之價值自應以含股東權益減項之淨值考量，以避免有虛盈實虧之情。況消滅公司就「淨值」結算剩餘財產，本即與一般公司於正常營運期間之盈餘分配有所不同，蓋原告與新融等
6 家公司係各自獨立之法人，原告投資設立新融等6家公司，即原告係該等公司之股東，則新融等6家公司因註銷而分配剩餘財產，與該等公司於正常營運期間分配盈餘，此乃不同之法律行為，而發生不同之法律效果，自屬當然之理。本件新融等6家公司既未於合併消滅前依法分配盈餘予原告，即無於合併前分配股東可扣抵稅額之適用，至於合併後原告得列報若干承受自消滅公司之股東可扣抵稅額，與前述合併消滅前依法分配盈餘相較，兩者之法定要件及程序相殊，分屬不同之法律關係，尚難相提並論，原告此部分主張亦難採據。
（八）綜上所述，就本件系爭股東可扣抵稅額36,094,928元部分，尚無視同分配股利（投資收益）予原告之適用，即無應併同分配予原告之股東可扣抵稅額，被告否准其列報，洵屬有據。
六、從而，原告主張均非可採，原處分於法並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原告徒執前詞，訴請判決如聲明所示，為無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘主張及陳述，經核於判決結果不生影響，爰不逐一論列，附此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 2 月 1 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 李玉卿
法 官 鍾啟煒法 官 李君豪
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 107 年 2 月 1 日
書記官 樓琬蓉