臺北高等行政法院判決
107年度訴字第1557號108年7月18日辯論終結原 告 采盟營造股份有限公司代 表 人 陳適庸訴訟代理人 王明勝 會計師被 告 財政部臺北國稅局代 表 人 許慈美（局長）訴訟代理人 曾立祥
黃筱軒邱瀞上列當事人間營業稅事件，原告不服財政部中華民國107年10月2日台財法字第10713935760號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告經臺北市政府於105年12月26日准予解散登記，嗣於106年5月22日具文申請依加值型及非加值型營業稅法（下稱「營業稅法」）第39條第1項第3款規定，退還溢付稅額31,170,291元；經被告審查結果，以其尚未依法完成清算程序及清算申報，乃以107年5月4日財北國稅松山營業字第1070355066號函，否准其申請。原告不服，提起訴願。經財政部107年10月2日台財法字第10713935760號（案號：第00000000號）決定訴願駁回，原告不服，遂提起行政訴訟。
二、本件原告主張：
1.原告因註銷登記溢付營業稅稅款之退稅請求權業已發生，而非俟清算完結提出營利事業所得稅申報書及核定通知書後，始得據以申請退稅。
①故被告命原告提出清算完結案件申報書及核定通知書後，
始得申請退稅之退稅要件，顯然係由違反法律授權之命令（違反法律保留原則），將原告退稅申請權之請求權時點，由註銷登記核准日違法延伸至清算完結日始得據以提出申請退稅，顯已增加法律所未明定之限制，是訴願決定及原處分均有違納稅者權利保護法第3條第3項、稅捐稽徵法第11條之3等規定及憲法第19條租稅法律主義及法律保留原則，應為無效之行政命令。本件不得再以違法之行政命令，命原告提出清算完結案件申報書及核定通知書後，始得申請退稅，違法另行創設法律所未明定之退稅要件，以致訴願決定及原處分均違背營業稅法第39條第1項第3款退稅之規定、侵害原告財產權之餘地。
②參最高行政法院101年度判字第895號判決意旨，原告發生
鉅額虧損產生留抵稅額，係因所承包之公共工程，下包廠商亦無力繼續履約，進而退場而不履行合約，造成違約。惟因與原廠商之介面、工程品質缺失等問題，及原廠商與其下包之相關工程債務問題，而造成該工程成本鉅幅堆疊增加，以至持續發生鉅額虧損之情事。相關之工程款，客戶亦因工程品質缺失等問題，而不願支付予原告相關工程款。
被告並無任何反證以證明有極高之可能是「虛進」之不實統一發票（從徵納雙方前後主張觀之，此等虛進類型應該是「取自非實際交易對象之統一發票」），是本件退稅案既無「對待證退稅事實之真實性有合理懷疑」之情形，原告已盡其他協力義務，包括提供工程明細總表、業主驗收證明書、99年至105年完工比例表及完工結算表供被告查明事實，而非如被告答辯所稱，未提供工程成本分析表及完工比例表供核。
③被告應自行依會計法第83條「各種會計憑證」及84條「各
種會計報告、帳薄及重要備查薄，與機器處理會計資料之貯存體暨處理手冊」之規定，自行內部調查並准予退稅。原告於106年度調查期間，已善盡舉證責任提示相關帳簿、會計憑證、合約等予被告審查，並派員至幫助被告查明事實並檢具相關資料到場說明，而非如被告答辯所稱，未提供進銷項憑證、帳簿憑證、工程收入明細、施工報表、工程合約、工程成分析表及完工比例表供核。又被告均未具體說明有何「有極高之可能是『虛進』之不實統一發票」，至今仍未具體指明可能『虛進』不實統一發票之字軌號碼，僅一再要求原告提示與待證事實認定無關之資料，以致違反行政程序法第5條之明確性原則及第7條之比例原則。
④69年5月27日營業稅法第39條原文：「營利事業欠繳之稅
款、利息、及改組、合併、歇業、『清算』時依法應徵而尚未開徵或在納稅截止限期前應納之稅款，應較普通債權優先受償」。74年修法時營業稅法第39條將「清算」改為「解散」，即是為避免「雞生蛋，蛋生雞」之問題發生。被告需先行退稅溢付稅款，稅捐債權之應收款始得除帳，清算始得完結，並始能辦理清算完結營利事業所得稅之結算申報，屆時清算人方能檢呈清算完結營利事業所得稅申報書等予被告。
2.本件除部分工程案虧損產生之留抵稅額外，主因是原告遭至日商丸紅公司惡意行使法律程序，對原告行使新台幣三億元之假扣押，造成原告相關工程款為彰化縣政府所扣押而無法領取。目前進行進度如下：
①桃園機場捷運工程部分偉盟工業股份有限公司（下稱「偉
盟公司」）、原告雙方與日商丸紅國際股份有限公司丸紅株式會社（下稱「丸紅公司」），如雙方就已繫屬事件及潛在事件均達成和解，所給付之和解金1,500萬元，全數歸偉盟公司。和解內如容下：偉盟工業股份有限公司（下稱偉盟公司）、原告雙方嗣後撤回起訴及上訴（案號：臺灣高等法院106年度重再字第39號、臺灣高等法院104年度建上第77號）得領回之裁判費，全數歸偉盟公司。依臺灣新北地方法院106年6月12日新北院霞105司執助廉字第344號函附分配表所載丸紅公司本得分配金額（6,345,536元），若因丸紅公司撤回而得由原告取回者，基此，桃園機場捷運工程款確定無法收回原告業於107年間將有關桃園機場捷運工程估列之應收帳款4.5億轉列呆帳損失，及相關在建工程成本轉列其他損失。
②彰化高鐵工程履約爭議偉盟公司、原告與台聯工程顧問股
份有限公司（下稱「台聯公司」）於100年6月2日與被告彰化縣政府共同簽立「高速鐵路彰化車站特定區區段徵收公共工程統包工程契約」，專案管理單位為亞新工程顧問股份有限公司（簡稱PCM)，亞新工程顧問股份有限公司並為監造公司。偉盟公司於106年4月10日經新竹地院106年度破字第1號裁定宣告破產，由揚保安會計師擔任破產管理人；原告業已辦理清算，清算人陳適庸博士（律師）已於106年1月20日就任清算人，現仍在清算中。經偉盟公司於106年10月18日向行政院工程會申請調解，歷經六次調解會議，工程會已於107年6月28日進行最後一次調解，惟無調解結論，原告等業於107年12月13日向彰化地院提起訴訟，追討之相關工程款。
3.本件被告應准許原告申請溢付營業稅稅款之退稅。①原告經股東會決議通解散，並已於105年12月26日奉臺北
市政府府產業商字第10595863800號函核准解散登記在案。嗣於106年2月7日奉臺灣臺北地方法院北院隆民翔106年度司司字第58號函，准予聲請人陳適庸君為原告之清算人，並核備在案，已符營業稅法第39條第1項第3款規定之「解散」要件，並依公司法第331條及營業稅法第39條第1項第3款等有關規定，向被告申請退稅以收取稅捐債權。被告應先行退稅溢付稅款，稅捐債權之應收款始得除帳，以完結清算程序。是訴願決定及原處分現階段命原告提出營利事業所得稅清算完結案件申報書及核定通知書，始得申請留抵稅額之退還，均顯有違行政程序法第9條、第36條、第111條、營業稅法第39條第1項第3款等規定，及違反論理法則及經驗法則，並增加法律所未明定之限制，有違納稅者權利保護法第3條第3項、稅捐稽徵法第11條之3等規定及憲法第19條租稅法律主義及法律保留原則。
②被告應依納稅者權利保護法第10條、會計法第83條「各種
會計憑證」及84條「各種會計報告、帳簿及重要備查簿，與機器處理會計資料之貯存體暨處理手冊」等規定，依職權自行向財政部財稅資料中心調取相關營業稅申報資料並准予退稅。參最高法院92年度台抗字第621號、89年台抗字第388號、86年台抗字第305號、嘉義地院95年度司字第27號、板橋地院95年度司字第362號、208號、96年度司字第401、101年度司字第318號民事裁定，資產負債表記載之留抵稅額未辦理退稅者，清算事務自無法終結。故被告應先行退稅溢付稅款，稅捐債權之應收款始得除帳，清算始得完結，並始能辦理清算完結之結算申報。惟被告卻違法命原告應先行向法院辦理形式清算完結報備，始得申請留抵稅額之退還，顯有違納稅者權利保護法第3條第3項、公司法第334條準用同法第84條第1項規定、行政程序法第111條等規定。
4.並聲明：⑴訴願決定及原處分均撤銷。⑵被告應退還原告溢付營業稅稅款31,170,291元；並自原處分之處分日期（107年5月4日）起，至填發收入退還書或國庫支票之日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併退還。⑶訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：
1.原告105年決算申報之資產負債表記載尚有存貨-在建工程2,498,108,492元等未出（結）清，原告係屬包作業，應依營業稅法第32條規定按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票。
①查原告應按工程驗收進度開立銷項發票，惟機場捷運及彰
化高鐵工程等案之驗收程序分別因仲裁及訴訟而中斷，應收未收工程款6億餘元，俟訴訟及爭議調解結束，應依營業稅法施行細則第34條第1項及第2項規定開立發票及申報銷售額繳納營業稅完成清算申報，倘帳上仍有溢付稅額，主管稽徵機關再依營業稅法第39條規定查明後退還。
②原告於106年12月26日向法院聲請清算展期，尚未依法完
成清算程序及清算申報，依公司法第24、25條及經濟部95年5月8日經商字第09502067450號函規定，公司視為尚未解散，法人人格既存續，即不符營業稅法第39條第1項第3款規定之「解散」要件。另依財政部80年3月27日台財稅第000000000號函規定，清算人須了結現務、收取債權、清償債務等，才為清算結束之日，屆時辦理清算申報後，俟被告松山分局查明確有溢付營業稅額後再予退還。
③依司法院釋字第217號解釋，憲法第19條規定可知，關於
個別事件，課稅原因事實之有無及有關證據力如何，屬事實認定問題，不屬於租稅法律主義之範圍。被告松山分局否准退還該留抵稅額，尚無違辨並無原告所述另行創設法律未明訂退稅條件之情事，亦未違反納稅者權利保護法第3條第3項、稅捐稽徵法第11條之3等規定及憲法第19條租稅法律主義及法律保留原則。
④原告就最高行政法院101年度判字895號判決之舉證責任乙
節，與本案事實有別，容無援引適用之餘地。依稅捐法律關係，稽徵機關並未直接參與當事人之經濟活動，其所掌握之資料多存於納稅義務人手中，而符合營業稅法第39條第1項規定之證據方法，又均由營業人掌握，自應由請求退還進項稅額之營業人，對許可退還事由及事實，負擔其積極舉證責任，而非原告所提由稽徵機關自行依會計法第
83、84條之規定，自行內部調查並准予退稅。⑤參財政部74年4月21日台財稅第14819號函及89年12月15日
台財稅字第0890456942號函可知，營業稅溢付稅額依營業稅法第39條規定須經稽徵機關查明後始得退還，自無加計利息之適用。本件倘於行政救濟確定後有應予退還之溢繳稅款，原告並無現金移轉國庫致有利息損失，該應退還部分，自不宜加計利息退還。是原告主張，核無足採。
2.被告松山分局先後以106年6月27日財北國稅松山營業字第1060357511號函、106年8月31日財北國稅松山營業字第1060360246號函、107年1月9日財北國稅松山營業字第1070350224號函及107年2月9日財北國稅松山營業字第1070351770號函，請原告提供相關帳冊資料供核，原告則於106年11月1日、107年1月26日、106年1月30日、107年2月23日及107年4月9日主張：留抵稅額除部分係工程款虧損外，主因係遭業主日商丸紅公司行使假扣押，致原告應收未收工程款約4.5億元為彰化縣政府所扣押而無法領取，故未開立發票；帳上之應收未收工程款及未結之訴訟案件（機場捷運及彰化高鐵工程等案之請求權標的金額約642,049,764元），將於訴訟結束再專案請領開立統一發票、繳清稅款。
①雖原告已提示99年至105年日記帳、分類帳、各工程合約
、驗收單、銀行存摺、會計憑證、進銷項發票及營業稅與營利事業所得稅申報紀錄等等，惟表示無法依工程別編列工程成本分析表及完工比例表，又所檢附之彰化高鐵工程資料，各期估驗單及總估驗單金額無法核對，開立之金額、日期亦與合約不同；桃園國際機場捷運工程資料，其承攬比例與開立發票金額不一，開立金額與合約不同，被告松山分局尚無法據其所提示資料查明留抵稅額之正確數額。
②原告申請退稅31,170,291元時帳上仍有存貨（在建工程）
2,498,108,492元未結清，應收工程款項642,049,764元尚未開立發票報繳營業稅32,102,488元，按營業稅法第39條第1項第3款之規定提出退還留抵稅額之請求，其退還留抵稅額請求權之成立，繫諸進項稅額有無合法抵銷項稅額，自應附其「形成留抵稅額之進項憑證」、「依法開立完工工程之銷項憑證」、「各工程成本裏」、「各工程完工比例表」等等資料，稽徵機關才有辦法核實「其申報之進項稅額為自身營業上使用」、「工程依合約完工部分依法應開立之銷項發票以開立」、及所提出營利事業所得稅清算申報書及核定通知書，若未提示致無法查明，此不利益之結果，繫屬於原告不作為，應由原告承擔。
3.被告所屬松山分局，按經濟部91年7月29日經商字第09102143940號函，係在處理公司解散基準日之問題，亦即股份有限公司之解散效力，經股東會決議即生效，探求爭點為解散基準日之問題；另是否向主管機關登記解散，僅生對抗效力（參經濟部99年4月7號經商字第09900551060號函，如營業人不登記解散，不代表清算無法開始）。而營業人是否符合營業稅法第39條第1項第3款之構成要件，仍須回歸營業稅法上處理；又69年6月29日舊營業稅法第39條條文僅在處理營業稅款優先於普通債權受償之規定，查其74年時修訂之立法理由：「配合第30條規定，將改組、合併、歇業、清算」修訂為「合併、轉讓、解散或廢止」及30條修訂立法理由，皆未提到原告所稱「雞生蛋，蛋生雞」之問題。
①依稅捐法律關係，稽徵機關並未直接參與當事人之經濟活
動，其所掌握之資料多存於納稅義務人手中，而符合營業稅法第39條第1項規定之證據方法，又均由營業人掌握（即形成該留抵稅額之進貨行為，其所進貨物或勞務，因自身已結束其稅捐週期，確無再供營業或轉作他人之用，且其自身亦非最終消費者而不屬自身應負擔之營業稅額），自應由請求退還進項稅額之營業人，對許可退還事由及事實，負擔其積極舉證責任。
②行政機關雖負有「行政程序對當事人有利及不利一律注意
」「依職權調查事實」之義務，然而並無明訂對舉證責任分配之規範，如類推行政訴訟法第136條準用民事訴訟法第277條之規定，當事人本就應對自己有利之所有事實負起舉證責任，即原告尚有在建工程2,498,108,492元未結清、應收工程款642,049,764元迄今尚未依規定開立發票及申報銷售額繳納營業稅，且亦未提出營利事業所得稅清算申報，故當原告提出依營業稅法第39條第1項第3款之退稅請求時，自應附其足夠證明其符合該條款所需之證據。只有當事人已完成其舉證責任時，此時行政機關才負有提出反證之義務。
③稅捐稽徵法第6條：「稅捐之徵收，優先於普通債權。」
，此不僅營業人應當遵守，亦是稽徵機關應當遵守。本案經查原告105年度決算申報之資產負債表尚有存貨-在建工程2,498,108,492元未出（結）清，且有應收工程款642,049,764元，其自應踐履開立統一發票，報繳營業稅32,102,488元（642,049,764元x5%)之義務，自無法先將留抵稅額退還予營業人償還員工資遣費（其稅捐債權優先於員工資遣費債權），被告松山分局原處分並無違反行政程序法第9條、第36條及第111條規定。
4.並聲明：原告之訴駁回，訴訟費用由原告負擔。
四、兩造不爭之事實及兩造爭點：
1.如事實欄所述之事實，業據提出原處分（參本院卷一p31-33）、訴願決定（參本院卷一p251-263）、北院102建231民事判決（參本院卷一p35-71）、民事上訴狀（參本院卷一p73-75）、民事訴訟起訴狀（參本院卷一p77-141）、最高法院106年台上2370民事裁定（參本院卷一p143-145）、內政部營建署105年8月2日營署水字第1053685875號函（參本院卷一p197-201）、105年7月29日第0000000000號函（參本院卷一p203-235）、臺北市政府105年12月26日府產業商字第10595863800號函（參本院卷一p237-247）、申報書（參本院卷一p265）、工程結算明細表（參本院卷一p211-235）、被告所屬松山分局106年6月27日財北國稅松山營業字第1060357511號函（參本院卷一p319）、106年8月31日第0000000000號函（參本院卷一p321-322）107年1月9日第0000000000號函（參本院卷一p323-324）、107年2月9日第0000000000號函（參本院卷一p325-326）、107年4月16日第0000000000號函（參本院卷一p327-329）、107年5月4日第0000000000號函（參本院卷一p353-355）、說明書及申請書（參本院卷一p331-352）、調解筆錄（參本院卷一p465-469）、民事起訴狀（參本院卷一p471-487）、營業稅退稅申請書（參本院卷一p497-501）、和解協議書（參本院卷一p529-533）、資產負債表（參本院卷一p535-539）、彰化縣政府工程估驗單（參本院卷p541-543）、和解協議書（參本院卷二p23-27）、轉帳傳票（參本院卷二p29-45）、彰化縣政府105年8月4日府地開字第1050266020號函（參本院卷二p53-55）、107年6月20日第0000000000號函（參本院卷二p261-262）、入帳分錄（參本院卷二p57）、資產負債表（參本院卷二p59-61）、完工比例工程表（參本院卷二p63）、原告107年10月19日采總字第1071019001號函（參本院卷二p65-67）、工程結算驗收證明書（參本院卷二p69-71）、日記帳（參本院卷二p73-75）、台南地院101年建2號民事判決（參本院卷二p77-191）、上訴狀（參本院卷二p193-199）、新北市政府108年3月20日新北府購調自第0000000000號函（參本院卷二p201-203）、內政部營建署105年11月11日營署工務字第1050070877號函（參本院卷二p225-227）、被告所屬松山分局107年6月7日財北國稅松山營業字第1070356280號函（參本院卷二p259-260）、108年6月5日第0000000000號函（參本院卷二p265）、估驗總表（參本院卷二p299）、彰化縣政府107年6月20日府地開字第1070197000號函（參本院卷二p303-304）等為證，其形式真正為兩造所不爭執，堪信為真。
2.兩造爭點為：被告以原告尚未依法完成清算程序及清算申報，而否准原告申請退稅，是否增加法律所未明定之限制，而違反納稅者權利保護法第3條第3項、稅捐稽徵法第11條之3及憲法第19條租稅法律主義、法律保留原則？而要求原告提出相關帳冊以供查核，是否違反行政程序法第9條、第36條等規定？
五、本院判斷：
1.本件應適用之法條與法理：①營業稅法第39條：「（第1項）營業人申報之左列溢付稅
額，應由主管稽徵機關查明後退還之：一、因銷售第7條規定適用零稅率貨物或勞務而溢付之營業稅。二、因取得固定資產而溢付之營業稅。三、因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅。前項以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得報經財政部核准退還之。」營業稅法施行細則第34條「（第1項）本法第四章第一節規定計算稅額之營業人解散或廢止營業時，於清算期間需處理餘存貨物或勞務者，仍應向主管稽徵機關申請領用統一發票，並依本法第三十五條規定申報其應納或溢付之營業稅額。（第2項）營業人清算期間屆滿當期之銷售額及應納或溢付營業稅額，應於清算期間屆滿之日起十五日內向主管稽徵機關申報繳納或退還。（第3項）前二項清算期間，公司組織者，依公司法規定之期限；有限合夥組織者，依有限合夥法規定之期限；非屬公司或有限合夥組織者，自解散或廢止之日起三個月。（第4項）營業人未依第一項及第二項規定申報應納稅額者，主管稽徵機關應依本法第四十三條規定核定其銷售額及應納稅額並補徵之。
②納稅者權利保護法第1條：「（第1項）為落實憲法生存權
、工作權、財產權及其他相關基本權利之保障，確保納稅者權利，實現課稅公平及貫徹正當法律程序，特制定本法。（第2項）關於納稅者權利之保護，於本法有特別規定時，優先適用本法之規定。」第3條：「（第1項）納稅者有依法律納稅之權利與義務。（第2項）前項法律，在直轄市、縣（市）政府及鄉（鎮、市）公所，包括自治條例。（第3項）主管機關所發布之行政規則及解釋函令，僅得解釋法律原意、規範執行法律所必要之技術性、細節性事項，不得增加法律所未明定之納稅義務或減免稅捐。」③稅捐稽徵法第11條之3【舊】：「財政部依本法或稅法所
發布之法規命令及行政規則，不得增加或減免納稅義務人法定之納稅義務。」第11條之3【107年11月21刪除】。另第30條：「（第1項）稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員，為調查課稅資料，得向有關機關、團體或個人進行調查，要求提示帳簿、文據或其他有關文件，或通知納稅義務人，到達其辦公處所備詢，被調查者不得拒絕。（第2項）前項調查，不得逾課稅目的之必要範圍。（第3項）被調查者以調查人員之調查為不當者，得要求調查人員之服務機關或其上級主管機關為適當之處理。…」④公司法第24條：「解散之公司除因合併、分割或破產而解
散外，應行清算。」第25條：「解散之公司，於清算範圍內，視為尚未解散。」第87條第3項「清算人應於六個月內完結清算；不能於六個月內完結清算時，清算人得申敘理由，向法院聲請展期。」第331條：「（第1項）清算完結時，清算人應於15日內，造具清算期內收支表、損益表、連同各項簿冊，送經監察人審查，並提請股東會承認。（第2項）股東會得另選檢查人，檢查前項簿冊是否確當。（第3項）簿冊經股東會承認後，視為公司已解除清算人之責任。但清算人有不法行為者，不在此限。（第4項）第1項清算期內之收支表及損益表，應於股東會承認後十五日內，向法院聲報。（第5項）清算人違反前項聲報期限之規定時，各處新臺幣一萬元以上五萬元以下罰鍰。（第6項）對於第2項之檢查有妨礙、拒絕或規避行為者，各處新臺幣2萬元以上10萬元以下罰鍰。」⑤經濟部91年7月29日經商字第09102143940號函釋：「有關
股份有限公司股東臨時會決議解散，另授權董事會決議解散基準日，是否適法乙案，按公司解散事宜，依公司法第316條規定，係屬股東會決議事項，一經股東會決議通過即生效，尚無解散基準日問題。」又經濟部95年5月8日經商字第09502067450號函：「…公司除因合併、分割或破產外，並非一經解散，其法人人格即為消滅，必待清算終結，該解散公司之法人人格始行消滅（最高法院75年度臺抗字第385號裁定）。又公司之撤銷或廢止登記與解散後，必俟清算終結，法人人格始行消滅。」以及財政部80年3月27日台財稅第000000000號函：所稱『清算結束之日』，參照公司法第331條等有關規定應係指清算人了結現務、收取債權、清償債務、分派賸餘財產時而言，並非指清算完結，已向法院聲報備查之日，否則法人人格已消滅，納稅主體不存在，如何辦理清算申報。…」這是主管機關於職權範圍內適用之法律，本於法定職權就相關規定予以闡釋，均係秉持憲法原則及相關之立法意旨，遵守一般法律解釋方法為之，即與法律規範之意旨無違，本院自得援用。
2.按法人之清算，屬於法院監督，法院得為監督上必要之檢查及處分，法院辦理公司清算完結之聲報事件，對清算人向法院提出清算期內之收支表及損益表是否經監察人審查及股東會承認，加以審認，固非無其法律依據（民法第42條第1項，公司法第93條、第331條第4項參照)。惟公司清算完結，經向法院聲報准予備查，在性質上屬於非訟事件，該備查之處分，並無實質上之確定力，故清算中之公司，其人格之存續，仍須以合法清算為前提，倘該公司違章漏稅情事確經法院裁判確定，即難謂該公司業經合法清算，其公司人格自未消滅，亦不因經法院依非訟程序准予清算完結備查而有影響。是以：
①營業稅法第39條第1項第3款，原告稱「因合併、轉讓、解
散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅應由主管稽徵機關查明後退還之」者，究竟該如何操作？參照營業稅法施行細則第34條之規定，營業人解散或廢止營業時，於清算期間需處理餘存貨物或勞務者，仍應向主管稽徵機關申請領用統一發票，並依營業稅法第35條規定申報其應納或溢付之營業稅額。營業人清算期間屆滿（公司組織者，依公司法第87條第3項為6個月，參本院卷一p291）當期之銷售額及應納或溢付營業稅額，應於清算期間屆滿之日起15日內向主管稽徵機關申報繳納或退還。是因營業法第35條採自動報繳制，亦即不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額；其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。而應納稅額是營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。而溢付營業稅額，應由營業人留抵之後逐期發生之應納營業稅。因此，溢付之營業稅應由主管稽徵機關查明後退還之，所應查明者就是有無依法自動申報繳納營業稅；而原告係屬包作業，應依營業稅法第32條規定按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票（原告依完工百分比法認列之工程損益表，參見本院卷一p357）。
②故於清算期間，所為之清算作業是了結現務、收取債權、
清償債務、分派賸餘財產，其中了結現務、收取債權、清償債務、就是處理尚待釐清之債權債務關係，按被告之查證，原告尚有六項工程未能了結現務（參本院卷二p295，其中疑有漏開發票者為彰化高鐵站工程及臺北港特區第一分標工程），而原告稱：
⑴與合作廠商偉盟公司達成和解（本院卷二p23）：桃園
機場捷運：雙方與日商丸紅公司和解，收取和解金1500萬元歸原告，雙方與丸紅公司之訴訟均撤回。於新北地方法院執行案件中分配表，所示丸紅公司本得分配之金額（6,345,536元），如因丸紅公司撤回而由偉盟公司取回者，偉盟公司應全額給付原告，以為清償債務之用。中和汙水下水道系統第二期工程第七標，偉盟公司可取得之款項，偉盟公司應全額給付原告，以為清償債務之用。但原告可取得之款項，仍歸原告。南科園區第二期基地汙水處理廠第第一期工程、彰化高鐵站、土城汙水下水道系統第六標：偉盟公司可取得之款項，50%歸偉盟公司、50%歸原告，各自作為清償債務之用。但原告可取得之款項，仍歸原告。原告同意於偉盟公司已依約履行完畢時，拋棄對偉盟公司債權總額14億930萬849元範圍內之請求權，以利偉盟公司辦理清算終結程序。
⑵進而，就桃園機場捷運工程款確定無法收回原告業於10
7年間將有關桃園機場捷運工程估列之應收帳款4.5億轉列呆帳損失，及相關在建工程成本轉列其他損失。而彰化高鐵站工程，經偉盟公司於106年10月18日向行政院工程會申請調解，歷經六次調解均無結論，原告等業於107年12月13日向彰化地院提起訴訟，追討之相關工程款。原告因註銷登記溢付營業稅稅款之退稅請求權業已發生，而非俟清算完結提出營利事業所得稅申報書及核定通知書後，始得據以申請退稅。原告經股東會決議解散，並已於105年12月26日奉臺北市政府核准解散登記在案。嗣於106年2月7日奉臺灣臺北地方法院准予陳適庸為原告之清算人，並核備在案，已符營業稅法第39條第1項第3款規定之「解散」要件，並依公司法第331條及營業稅法第39條第1項第3款等有關規定，向被告申請退稅以收取稅捐債權，應屬於法有據。
③然查：
⑴清算之目的是了結現務、收取債權、清償債務，如有剩
餘則分派所餘之財產，尤其是透過收取債權、清償債務的方式來了結現務，當有可收取之債權待收取，或有應清償之債務待清償，則非屬清算完結。收取或清償的方式很多，但無論方式如何，是以了結該債權債務關係為各別清算程序之完成。而了結「該債權債務關係」是清算人責任，應於清算期間6個月屆滿前，將該債權債務關係釐清，並收取債權、清償債務，而確認有無剩餘，裨益進行分配。又公司除因合併、分割或破產外，並非一經解散，其法人人格即為消滅，必待清算終結，該解散公司之法人人格始行消滅（最高法院75年度臺抗字第385號裁定）。又公司之撤銷或廢止登記與解散後，必俟清算終結，法人人格始行消滅。而清算中之公司，其人格之存續，仍須以合法清算為前提，倘該公司違章漏稅情事確經法院裁判確定，即難謂該公司業經合法清算，其公司人格自未消滅，亦不因經法院依非訟程序准予清算完結備查而有影響。
⑵故參照營業稅法施行細則第34條之規定，營業人解散或
廢止營業時，於清算期間需釐清債權債務關係，而有因貨物或勞務之處分，自應領用統一發票，並依營業稅法第35條規定申報其應納或溢付之營業稅額。即使處於清算期間亦同。而整理債權、債務關係，而了結現務，就必須針對有所參與之「桃園機場捷運」、「中和汙水下水道系統第二期工程第七標」及「南科園區第二期基地汙水處理廠第一期工程」、「彰化高鐵站」、「土城汙水下水道系統第六標」與「臺北港特區第一分標」等工程，並依營業稅法第35條規定申報其應納或溢付之營業稅額。而原告係屬包作業，應依營業稅法第32條規定按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票。所以，原告應於營業場所提供了結現務、整理債權及債務關係，而有整理債權、債務關係之機會裨益了結現務。故就必須針對有所參與之「桃園機場捷運」、「中和汙水下水道系統第二期工程第七標」及「南科園區第二期基地汙水處理廠第一期工程」、「彰化高鐵站」、「土城汙水下水道系統第六標」與「臺北港特區第一分標」等工程有所清算（查明究竟還有多少工程款）；而就其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票。
⑶就「桃園機場捷運工程款」，原告稱確定無法收回原告
業於107年間將有關桃園機場捷運工程估列之應收帳款
4.5億轉列呆帳損失，及相關在建工程成本轉列其他損失。查相關在建工程成本轉列其他損失約8億，加上應收帳款4.5億轉列呆帳損失，共計約12.5億元（參本院卷二p31），而原告就桃園機場捷運工程，全案總攬金額約31億元（參本院卷二p63），原告部分（占20%）之合約總價約4.6億元，如何造成應收帳款4.5億轉列呆帳損失，以及在建工程成本轉列其他損失約8億，原告並未提出相當之證據以供查核，且此項工程係100%完工（參本院卷二p63）。在未結算「彰化高鐵站」至107年損益前（參本院卷一p539），應為結算「桃園機場捷運工程」後之損益表，就是列計在建工程成本轉列其他損失約8億（列為營業外費用），加上應收帳款4.5億轉列呆帳損失（列為營業費用），也僅屬列計，而無其他相關證物可供參酌。就營業稅法第39條稱營業人申報溢付稅額之退還，應由主管稽徵機關查明後退還之；而其前提是就其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票。故營業稅溢付稅額之退還，所應查明者就是「有無」依法自動申報繳納營業稅；而原告係屬包作業，應依營業稅法第32條規定按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票，須查明營業人留抵之溢付稅額數額始得退還。
而原告稱「應收帳款」4.5億轉列呆帳損失（列為營業費用），此應收帳款是否屬原告就桃園機場捷運工程，原告部分（占20%）之合約總價約4.6億元，所衍生或造成之應收帳款（本應收到之工程款，依法應報繳營業稅），已經是很特殊之情形，令人難以置信，逐期工程所列計之應收帳款，竟以接近工程合約總價之數額，而幾乎是完全轉入呆帳。應收帳款收不到之情形下，連同超過原告部分（占20%）之合約總價約4.6億元，所列計之在建工程成本，也無法回收，而轉列其他損失約8億（列為營業外費用）。原告以占合約20%之4.6億元，參與此項「桃園機場捷運工程」，卻造成將近3倍之損失，而損益表上營業收入卻無任何記載；被告以課稅資料存於原告之管領力範圍，而認原告有協力義務，自得依稅捐稽徵法第30條規定，請原告提供相關帳冊資料，以資查核，當屬於法有據。關於職權調查部分，行政法院應依職權調查事實關係，不受當事人主張之拘束；行政法院於撤銷訴訟，應依職權調查證據，行政訴訟法第125條第1項、第133條前段分別定有明文，是行政法院在審理案件時應盡闡明義務，使當事人盡主張事實及聲明證據之能事，並盡職權調查義務，以查明事實真相，避免真偽不明之情事發生，惟如已盡闡明義務及職權調查義務後，事實仍真偽不明時，則作舉證責任之分配，使應負舉證責任之人負擔該不利之結果。故原告因註銷登記，申請溢付營業稅之退稅者，就營業稅法施行細則第34條之完備，原告之客觀舉證責任（清算期間如有需處理存貨或勞務，仍應請領發票，並依營業稅法第35條規定申報其應納或溢付之營業稅額。並清算期間屆滿當期之營業稅應於15日內申報繳納或退還）並不能因法院採職權調查（證據）而免除。
⑷就結算「彰化高鐵站」至107年損益後（參本院卷二p11
），原告稱在建工程成本為1,269,286,938元（=在建材料169,364,013元+在建工程款1,034,206,166元+在建費用65,716,759元；參本院卷二p59），而帳上預收工程款為1,249,389,091元（=預收空屋費28,023,848元+預收工程款1,136,381,215元+預收保留款84,984,028元）。而「在建工程成本1,269,286,938元」與「預收工程款1,249,389,091元」之差數為20,242,229元，即為「彰化高鐵站」尚未收取亦未入帳之應收工程款（參本院卷二p11）。但在107年12月31日之帳載（參本院卷二p57）彰化高鐵站應收工承保留款為42,492,014元，卻將保留款債權轉清償偉盟公司，此與彰化高鐵站尚未收取亦未入帳之應收工程款20,242,229元，互不一致；也與原告與偉盟公司達成和解（本院卷二p23）所示：彰化高鐵站部分「偉盟公司可取得之款項，50%歸偉盟公司、50%歸原告，各自作為清償債務之用，但原告可取得之款項，仍歸原告」無法核對。且本院於準備程序，詢問被告「彰化高鐵部分原告的承攬比例究竟多少？」被告稱：彰化高鐵是原告100%承攬後再分出給下包，分出去多少不詳，彰化縣政府公文第2頁有總價2,666,225,773元（本院卷二第262頁）」。原告稱：差異原因是全案承攬總額因為有變更，原本的是「附件29（參本院卷二p11，放大版參本院卷二p63）」，經過第4次的變更是「附件34（參本院卷二p63）」，全案承攬金額為2,539,262,641元未稅價，完稅價是2,666,225,773元；但「附件34」的部分無法與彰化縣政府的函文比對，因為原告「附件34」的部分是以50%為列計標準，全案承攬總額因為第4次變更總價降低，請以「附件34」為準（參本院卷二p287）。就此工程未稅總價應為2,539,262,641元（參本院卷二p63），而完工比例為99.97%，且認列累計收入為1,269,286,939元，而該部分金額，也無法與原告與偉盟公司共同向彰化縣政府起訴請求給付工程款之起訴書（參本院卷一p471）核對；也無法與原告提出之估驗總表互為核對（參本院卷二p299；完工比例為93.49%，而計價金額為2,528,886,973元，即使原告占50%，應為1,264,443,486元，也差距500多萬；尚未包括就工程保留款約1.5億元，而工程扣款3千多萬元），則原告稱此部分應屬現務了結者，自無足採。
④原告105年決算申報之資產負債表記載尚有存貨-在建工程
2,498,108,492元等未結清，另應收工程款項642,049,764元尚未開立發票報繳營業稅32,102,488元（參本院卷一p328），原告又稱結算「彰化高鐵站」後（參本院卷二p59）107年12月之資產負債表，仍列計在建工程款1,034,206,166元，及預收工程款1,136,381,215元，自屬尚未完成合法清算。而原告自應針對有所參與之重要工程如「桃園機場捷運」、「彰化高鐵站」、「中和汙水下水道系統第二期工程第七標」及「南科園區第二期基地汙水處理廠第一期工程」、「土城汙水下水道系統第六標」與「臺北港特區第一分標」等工程為現務之了結，而原告係屬包作業，應依營業稅法第32條規定按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票，並依營業稅法第35條規定申報其應納或溢付之營業稅額。其中：
⑴原告與偉盟公司達成和解（本院卷二p23）：桃園機場
捷運：雙方與日商丸紅公司和解，收取和解金1500萬元歸原告，雙方與丸紅公司之訴訟均撤回。於新北地方法院執行案件中分配表，所示丸紅公司本得分配之金額（6,345,536元），如因丸紅公司撤回而由偉盟公司取回者，偉盟公司應全額給付原告，以為清償債務之用。此項和解金實質為給付工程款之一部分，而執行案款轉為供原告清償債務者，其性質是否也是工程款，而有營業稅法第32、35條規定之適用，在清算期間自應循營業稅法施行細則第34條之程序處理，使可謂合法之清算。
⑵原告稱就結算「彰化高鐵站」至107年損益後，在建工
程成本為1,269,286,938元（參本院卷二p59），而帳上預收工程款為1,249,389,091元。二者之差數為20,242,229元，即為「彰化高鐵站」尚未收取亦未入帳之應收工程款（參本院卷二p11）。此預收工程款是否即為營業稅法第32條規定按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票，是否即足以充轉在建工程成本之在建工程款，在原告尚有諸多未能釐清（如汙水下水道工程等），原告僅憑單純之減項處理（預收工程款-在建工程成本=尚未收取亦未入帳之應收工程款），自無法確認各項工程款之數據，及按其工程合約所載每期應收價款時開立銷項發票之稽核。況按原告提出之估驗總表（參本院卷二p299）工程進度僅93.49%，就工程保留款約1.5億元，而工程扣款3千多萬元，而原告與偉盟公司共同向彰化縣政府訴請給付之工程款即為1億元。就此部分，當屬尚未完成清算。
⑶清算之目的是了結現務、收取債權、清償債務，如有剩
餘則分派所餘之財產，尤其是透過收取債權、清償債務的方式來了結現務；原告所稱「原告因註銷登記溢付營業稅稅款之退稅請求權業已發生，而非俟清算完結，始得據以申請退稅」自無足採。
⑤營業人清算期間屆滿（公司組織者，依公司法第87條第3
項為6個月，參本院卷一p291）當期之銷售額及應納或溢付營業稅額，應於清算期間屆滿之日起15日內向主管稽徵機關申報繳納或退還。是因營業法第35條採自動報繳制，亦即不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額；其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。而應納稅額是營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。這是清算程序中申請溢付營業稅稅款之退還，所應處理之內容。
⑴原告之情形，參照營業稅法第32條規定按其工程合約所
載每期應收價款時開立銷項發票，並依營業稅法第35條規定申報其應納或溢付之營業稅額。即使於清算程序中，仍得依據各項工程清算之結果，循營業稅法第32條、第35條之規定於收到工程款時開立銷項發票，並向稅捐稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額；而應納稅額是營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。這是計算上的處理，原告得經由清算程序，詳細敘明各項工程之工程款，列計營業收入，並開立銷項發票，同時就清算期間內銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為清算期間之應納或溢付營業稅額，這是計算上得以獲取之數據。
⑵憑此數據即足以計算出應再繳納之營業稅，而得計算出
在清算程序中，所得申請留抵稅額的退款數據；則清算程序就會將之列在非現金債權類，而完成了結現務、收取債權、清償債務、分派賸餘財產之清算程序。這並不發生原告所稱「雞生蛋，蛋生雞」之問題，而營業稅法施行細則第34條之處理程序，參照釋字第514號解釋，有關營業許可之條件，營業應遵守之義務及違反義務應受之制裁，依憲法第23條規定，均應以法律定之，其內容更須符合該條規定之要件；若其限制，於性質上得由法律授權以命令補充規定時，授權之目的、內容及範圍應具體明確，始得據以發布命令。就營業稅法第39條第1項第3款、第32條、第35條之規範本質，營業稅法施行細則第34條，正是主管機關經法律授權所發布法規命令，並不違反授權之目的、內容及範圍，應屬於法有據。
⑶足見，原告所稱「原告因註銷登記溢付營業稅稅款之退
稅請求權業已發生，而非俟清算完結，始得據以申請退稅」、「本件不得再以違法之行政命令，命原告提出清算完結案件申報書及核定通知書後，始得申請退稅，違法另行創設法律所未明定之退稅要件，以致侵害原告財產權之餘地。」自無足採。另原告稱帳上之應收未收工程款及未結之訴訟案件（機場捷運及彰化高鐵工程等案之請求權標的金額約642,049,764元；參訴願可閱卷p34
7：將「機場捷運（重大變更）」「機場捷運（工期延展）」「機場捷運（解除履保）」「彰化高鐵履約爭議」等4項歸屬原告之金額相加），將於訴訟結束再專案請領開立統一發票、繳清稅款；似乎接近於計算上的可能性。然原告並未據此報繳營業稅；而原告稱確定無法收回原告業於107年間將有關桃園機場捷運工程估列之應收帳款4.5億轉列呆帳損失，及相關在建工程成本轉列其他損失約8億，並無相關資料可供查考，卻衍生無需開立發票、報繳營業稅之情形。而彰化高鐵履約爭議之數據，一直無法確定，而衍生訴訟，原告又不願以訴訟上請求之金額，作為報繳營業稅及申退溢付營業稅之計算，自與營業稅法第39條第1項第3款、第32條、第35條之規範本質，及營業稅法施行細則第34條之規範不合，而無由可採。
3.至於，「中和汙水下水道系統第二期工程第七標」及「南科園區第二期基地汙水處理廠第一期工程」、「土城汙水下水道系統第六標」與「臺北港特區第一分標」等工程之結算，雖與業主間容有爭議，但：
①關於107年12月31日之005傳票（參本院卷二p57）：有關
「中和汙水下水道系統第二期工程第七標」應收帳款1筆（沖第13期工程款）及應收未收工程款2筆（是沖結算工程款及工程款），及「土城汙水下水道系統第六標」應收帳款1筆（沖第10期工程款）及應收未收工程款1筆（沖尾款），及「南科園區第二期基地汙水處理廠第一期工程」應收未收工程款1筆（沖工程爭議款），均為工程款理應按營業稅法第32條、第35條之規定逐期報繳營業稅。②而同日同傳票亦載明應付帳款11筆均沖轉偉盟公司或支付
偉盟公司。但就原告與偉盟公司達成和解（本院卷二p23），原告同意於偉盟公司已依約履行完畢時，拋棄對偉盟公司債權總額14億930萬849元範圍內之請求權，以利偉盟公司辦理清算終結程序（簽訂和解協議書之時間僅載明107年，並無月日之記載，參本院卷二p27）。但證據上足以認定，是在107年間原告同意於偉盟公司已依約履行（其他和解內容，參本院卷二p23，內容參本判決：五、本院判斷：2.之②之⑴）完畢時，拋棄對偉盟公司債權總額14億930萬849元範圍內之請求權。自無於同日同傳票亦載明應付帳款11筆均沖轉偉盟公司或支付偉盟公司之必要。③既然原告有預估要拋棄對偉盟公司債權總額14億930萬849
元範圍內之請求權，也同時針對彰化高鐵工程之應收工程保留款債權轉清償偉盟公司（金額：帳列應收工程保留款84,984,028元之半數42,492,014元）。該【84,984,028元】」，即為結算「彰化高鐵站」至107年損益後（參本院卷二p11），原告稱在建工程成本為1,269,286,938元（=在建材料169,364,013元+在建工程款1,034,206,166元+在建費用65,716,759元；參本院卷二p59），而帳上預收工程款為1,249,389,091元（=預收空屋費28,023,848元+預收工程款1,136,381,215元+【預收保留款84,984,028元】），而「在建工程成本」與「預收工程款」之差數為20,242,229元，即為原告所認定「彰化高鐵站」尚未收取亦未入帳之應收工程款。
④在同一和解架構下，就107年12月31日之005傳票，應付帳
款11筆仍均沖轉偉盟公司或支付偉盟公司，應收帳款2筆、應收未收工程款4筆、應收工程保留款1筆，其他收入1筆（偉盟公司應付帳款轉入），渠等處理方式，與和解書意旨之貫徹，仍有相當之差距。故被告稱「雖原告已提示99年至105年日記帳、分類帳、各工程合約、驗收單、銀行存摺、會計憑證、進銷項發票及營業稅與營利事業所得稅申報紀錄等等，惟表示無法依工程別編列工程成本分析表及完工比例表」被告仍無法據其所提示資料查明留抵稅額之正確數額，及應予退稅之範圍，自屬可採。則原告主張「營業稅法第39條，營業人申請退還溢付稅額，應由主管稽徵機關查明後退還」及「僅一再要求原告提示與待證事實認定無關之資料，以致違反行政程序法第5條之明確性原則及第7條之比例原則」當無足憑。
4.綜上所述，原告上開所訴各節，均非可採，原處分並無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請判決如其聲明所示，為無理由，應予駁回。本件判決基礎已臻明確，兩造其餘之攻擊防禦方法及訴訟資料經本院斟酌後，核與判決不生影響，無一一論述之必要，併予敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 108 年 8 月 1 日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 陳金圍
法 官 畢乃俊法 官 陳心弘
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 108 年 8 月 1 日
書記官 林淑盈