臺北高等行政法院判決
109年度訴字第384號110年4月1日辯論終結原 告 元大金融控股股份有限公司代 表 人 申鼎籛（董事長）訴訟代理人 李益甄律師
高文心律師陳以昕律師被 告 財政部臺北國稅局代 表 人 宋秀玲（局長）訴訟代理人 邱國強上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國109年2月12日台財法字第10813943620號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
甲、程序事項：本件原告起訴後，被告之代表人由許慈美變更為宋秀玲，茲由新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
乙、實體方面：
壹、事實概要：
（一）原告100年度營利事業所得稅採連結稅制，併同其子公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，列報子公司元大證券股份有限公司（下稱元大證券公司）：1.各項耗竭及攤提新臺幣（下同）60,440,862元、2.其他損失40,112,014元、3.停徵之證券、期貨交易所得（下稱『第99欄』）634,180,302元、4.「第58欄」投資收益減除相關營業費用及利息支出後淨額（下稱『第58欄』）0元，及列報原告：
1.前10年核定合併營業虧損本年度扣除額2,167,494,814元、2.合併結算申報公司依規定享有之投資抵減，合計本年度實際抵減之稅額（下稱合併申報本年度投資抵減稅額）0元、3.合併結算申報課稅所得額1,783,758,673元。經被告分別核定為0元、37,334,547元、417,158,824元、764,817,074元，及1,470,588,751元、0元、3,149,968,066元，併同其餘調整，應退稅額8,612,336元。
（二）原告對上開核定不服，申請復查，被告先作成107年6月19日財北國稅法一字第1070016278號復查決定（下稱復查決定），惟原告仍不服，提起訴願，經被告依訴願法第58條第2項規定重新審查結果，以108年8月12日財北國稅法一字第1080030061號重審復查決定（下稱重審復查決定），撤銷復查決定，追認元大證券公司「第99欄」69,077,250元、「第58欄」144,547元及追認原告前10年核定合併營業虧損本年度扣除額55,433,265元，分別變更核定為486,236,074元、764,961,621元及1,526,022,016元；及追認原告合併結算申報本年度投資抵減稅額6,992,898元，併同追減合併結算申報課稅所得額232,271,505元，分別變更核定為6,992,898元及2,917,696,561元，另就原告其他子公司元大商業銀行股份有限公司及元大國際資產管理股份有限公司列報各項耗竭及攤提、投資收益及一般股息與紅利（含國外）之原核定結果予以變更，駁回其餘復查。原告對重審復查決定不利部分仍表不服，提起訴願經決定駁回，遂就元大證券公司各項耗竭及攤提、其他損失、「第99欄」分攤營業費用及利息支出及其前10年核定合併營業虧損本年度扣除額部分，提起本件行政訴訟。
貳、本件原告主張：
一、元大證券公司各項耗竭及攤提與其他損失部分：
（一）元大證券公司因本件營業讓與而取得系爭證券公司之營業權，須經主管機關依法律規定許可方得為之，是因此所生之營業權自屬「源自法律授與之權利」，與被告所稱「特許」行業相當，符合被告對所得稅法第60條營業權攤折之認定標準；退步言之，如認營業權之攤折，應以財政部100年8月12日台財稅字第10004073270號令（下稱財政部100年令）所舉者為限，則此一認定標準顯已增加所得稅法第60條對於營業權攤銷所無之限制，而有悖於憲法第19條之租稅法律主義：
1.按證券交易法第44條第1項、第2項及第4項規定，證券商之營業權顯係主管機關依法律規定許可後方產生之權利，具特許權性質，如因收購取得他證券商之經營權利，應得適用所得稅法第60條第1項有關營業權攤銷之規定。非證券商不得經營證券業務，是如認公司須因合併或收購行為而新增證券業務，始得適用營業權攤折之規定，想像上殊無可能。
2.依司法院秘書長82年3月16日（82）秘臺廳民二字2537號函所示意旨，營業權應係指與經營有關之各種權利與利益之泛稱（如商號之設備、資財、與第三人間之權利等），是所得稅法第60條所稱之營業權，即應解釋為經營特定事業之權利，而不應以法律所定之權利為限；又前開條文既係就「營業權」及「各種特許權」分別列舉，即可知兩者性質不同，否則倘此處所稱營業權須限於須經法律授與之特許權範疇，便無另為列舉之必要。益證所得稅法第60條所指各項權利，彼此間性質不同，是該條所規定之營業權自毋須比照特許權而受限於「須經法律授與之權利」。被告及訴願決定未經法律授權遂為「營業權」解釋之限縮，已有不當增加原告之應納稅額，有違憲法第19條之租稅法律主義。
3.次查，依財務會計準則公報（下稱財會公報）第37號相關規定，「可被企業控制之未來經濟效益」此一營業權攤提要件，本不以「法律授與之權利」為必要條件，是被告稱顯與財會公報第37號關於「可被企業控制」之要件不符，據此認定所得稅法第60條所定「營業權」應源於法律授予之權利，並因此限縮原告所得主張之權利，顯有違誤。
（二）再退步言，縱被告認為元大證券公司受讓系爭證券公司而取得之證券商業務（包括經營權）非所得稅法第60條所稱營業權，惟其仍屬元大證券公司營業上所必須之無形資產，符合依財會公報第37號對於無形資產之定義，按營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第2條第2項之規範意旨，應得分年攤提並認列其他損失：
1.按財會公報第37號第2段、第10段、第11段、第12段規定，無形資產係指具有可辨認性、可被企業控制、具有未來經濟效益之無實體形式之非貨幣性資產。而前述無形資產如未來經濟效益很有可能流入企業且其成本能可靠衡量，企業即得認列該無形資產。就具有可辨認性而言，僅須符合財會公報第37號所列條件之一即足。就可被企業控制而言，若企業有能力取得標的資源所流入之未來經濟效益，且能限制他人使用該效益時，固屬「可被企業控制」；然因企業可能以其他方式控制資產之未來經濟效益，是具備執行效力之法定權利並非控制之必要條件。
2.經查，元大證券公司與系爭證券公司間之營業讓與標的，除取得該等證券公司原有之營業據點及營業場所設備外，亦全部承受包含該等證券公司與客戶間訂立之一切契約關係及其他全部營業及契約上權利及利益等營業權益。系爭權利可與元大證券公司分離並個別或隨元大證券公司之「營業讓與契約書」出售並移轉，且亦包括由合約所生之無形資產，是符合財會公報第37號所稱之「具有可辨認性」。其次，元大證券公司自系爭證券公司取得之市占率、行銷權等營業權益及由契約所生之法律關係，皆為元大證券公司經營證券商業務所需，則元大證券公司受讓取得後，自得自由運用系爭營業權益及契約等證券商業務（包括經營權），使元大證券公司取得因利用而生之未來經濟效益，亦滿足「可被企業控制」及「具有未來經濟效益」之要件。綜上，元大證券公司收購系爭證券公司而取得之營業權益及契約權利義務等，符合財會公報第37號對於無形資產之定義。依查核準則第2條第2項規範意旨，其攤折數及其他損失自得於稅務申報上予以認列。
（三）退萬步言，元大證券公司因營業讓與而取得系爭證券公司之營業權益，依行政法院見解及財會公報第37號規定，並依財政部賦稅署102年7月31日臺稅所得字第10200097700號函（下稱財政部賦稅署102年函）意旨，系爭營業讓與符合會計研究發展基金會97年3月10日（97）基秘字第074號函（下稱會研基金會97年函釋）所稱「事業收購」，應准予認列商譽，依法攤銷並認列其他損失：
1.按鈞院99年度訴字第1537號判決揭示可知，取得證券業之商譽自屬可攤銷為費用之項目。次按，財政部賦稅署102年函「……二、依財團法人中華民國會計研究發展基金會97年3月10日（97）基秘字第074號函（以下簡稱會計基金會97年函），一公司收購另一公司之事業，如符合該函有關事業之定義，亦適用財務會計準則公報第25號『企業合併–購買法之會計處理』。依財務會計準則公報第25號（第17段），因收購而取得之可辨認資產與承擔之負債，均應按收購日之公平價值衡量，並將所取得可辨認淨資產之公平價值與收購成本比較，若收購成本超過所取得可辨認淨資產公平價值，應將超過部分列為商譽。」亦肯認公司收購他公司之事業，若符合會計基金會97年函釋對於「事業」之定義，自得適用財會公報第25號計算收購所生之商譽而予核實認列，並依法攤銷。又按「無形資產之定義8.企業於取得、發展、維護或強化無形資源時，通常會消耗資源或發生負債。……9.前段所述之無形項目並非均符合本公報之無形資產定義，……惟該無形項目如係於企業合併時所取得者，則屬商譽之一部分。」為財會公報第37號第8段及第9段所明示。復按，最高行政法院103年1月份第2次庭長法官聯席會議決議認為，倘公司出價取得他公司之財產或收購另一家公司能經營管理之活動及資產組合（須兼含負債）而符合「事業」之定義，亦得適用財會公報第25號之規定，將收購成本超過公司所取得可辨認淨資產公平市價之部份列為商譽，依法攤銷。
2.元大證券公司於此營業讓與除取得系爭證券公司之固定資產及營業場所設備外，尚取得市占率、行銷權等營業權益、與客戶訂立之一切契約關係及其他全部營業及契約上權利及利益等，得認屬財會公報第37號第8段及第9段所揭商譽範疇之營業權益，且一併取得負債，已符合最高行政法院103年1月份決議之要求；又元大證券公司得利用受讓取得之固定資產、營業場所設備及營業權益，透過經營管理制度而為其賺取報酬，符合會計基金會97年函釋所稱「事業」定義；元大證券公司復就取得系爭證券公司營業權，委請專家分別出具資產鑑價及營業受讓價格評估報告。據此，元大證券公司應得適用財會公報第25號之規定，將收購成本超過公司所取得可辨認淨資產公平市價之部份列為商譽，依法攤銷，同理，因收購營業據點產生之商譽減損損失亦得認列為其他損失。
二、元大證券公司停徵之證券期貨交易所得分攤營業費用部分：
（一）行為時證券商財務報告編製準則第22條第1項第4款及其業務種類別損益表（下稱『業別損益表』）所規定者，不僅與所得稅法科目之認定無涉，亦未規定證券商不得以經紀、承銷及自營以外之分類劃分會計事務以製作財務報表，惟被告竟僅按前揭規定否准元大證券公司就金融交易部門營業費用之歸屬，實有錯誤適用法規之違誤。
（二）元大證券公司基於業務發展之實際需求，長期以來於自營業務下劃分為自營部門及金融交易部門，以確實反應元大證券公司之實際業務運作情形，且主管機關業已修正證券商管理規則及證券商財務報表編製準則，肯認證券商得依其所營之業務性質分設部門，其會計事務亦得依分設之部門辦理，俾使營業收入及營業費用之配合更加確實；被告竟以行為時證券商財務報告編製準則第22條第1項第4款，主張前揭規定係營業費用僅得歸屬至經紀、承銷及自營業務項目下之法源依據，實有認事用法之違誤。
（三）元大證券公司之自營部門及金融交易部門之人員、組織及會計事務各自獨立，惟被告未能證明二部門之會計事務並未獨立，僅以元大證券公司劃分之部門別與證券交易法所定之業務劃分不同，逕將元大證券公司金融交易部門之營業費用併入自營部門，再按應、免稅收入比例分攤，重新核算有價證券出售收入應分攤之營業費用，尚乏所據，應屬違法。
三、元大證券公司停徵之證券期貨交易所得分攤利息支出部分：
（一）被告將「債券附條件交易之利息支出」認定為不可明確歸屬之利息支出，違反所得稅法第24條第1項所揭示之收入成本費用配合與實質課稅原則：
1.依財政部85年8月9日臺財稅字第851914404號函（下稱財政部85年函釋）及財政部96年4月26日臺財稅字第09604520770號令發布之營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法第3條第2款第1目規定可知，證券交易所得停止課徵所得稅期間，綜合證券商從事有價證券買賣時，其成本費用損失之認列，應以「明確歸屬」為優先，亦即，如一筆支出得直接明確歸屬於一收入項下，即應直接歸屬，並依據該收入之應稅或免稅性質決定得否扣除；倘一筆支出無法直接明確歸屬者，始應依照分攤辦法之規定加以分攤。而支出是否可以「明確歸屬」，則應本於實質課稅原則，就其經濟實質予以探究，乃屬當然。
2.查，所謂債券附買回交易（簡稱Repo或RP），係指投資人與證券商在進行債券交易時，即約定一承作天期，到期時證券商再以原金額加上事先約定的利率買回該債券，因此投資人係賺取固定的利息收入，而不須承擔債券本身價格波動的風險，是足見債券附買回交易係一得作為提供短期資金融通之工具。
3.次查，元大證券公司係設置債券部專門從事債券、票券、受益證券及資產基礎證券之買賣斷、附買回、附賣回交易之承作，元大證券公司並針對前述之債券部門債券交易設置四組專用銀行帳戶，於債券買賣之操作上，元大證券公司如遇有投資人要求提前解約附買回債券或附買回債券有到期之情形時，係由另行承作附賣回債券以為支應。換言之，元大證券公司承作附買回交易借入之資金係均供債券部門使用於債券附條件交易，此亦可由元大證券公司債券部門，於100年度每一月份之債券附條件交易相關資金流入量與流出量相近似之情形得證據此，足見元大證券公司因從事債券附買回交易所生之利息支出，自得明確歸屬於其所承作之債券附條件交易部位。
4.據此，被告認定元大證券公司之債券附條件交易之利息支出係屬不可明確歸屬而應進行免稅分攤，即有違誤；又被告如以元大證券公司一方面以買賣債券所取得之利息收入為應稅，另一方面卻又以承作附買回債券之利息支出係不可直接歸屬而應進行免稅分攤者，亦與所得稅法第24條所揭示之收入與成本費用配合原則相違。
5.再者，原告已就元大證券公司從事債券附條件交易所生之利息支出，如何得直接明確歸屬於所承作之債券部位，並例示提出兩檔債券交易之相關佐證資料及相互勾稽說明，惟被告仍以銀行對帳單無法顯示一筆支出得直接明確對應於一筆存入項下，否認得直接明確歸屬，其要求之證明程度及方式，無異架空所得稅法第24條第1項及其授權訂定之營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法區分可否直接合理明確歸屬而給予不同認列方式之規範設計，有違實務上之經驗法則。
（二）被告僅以銀行對帳單明細顯示有資金自元大證券公司其他銀行帳戶中流入，認為原告主張設有債券交易專用帳戶，及主張得將債券附條件交易利息支出直接合理明確歸屬於應稅之債券利息收入項下，均不足採云云，惟元大證券公司債券部門係依證券商管理規則第43條設立該4組專用銀行帳戶，專門供承作債券買賣及附條件交易使用，並非不得於專用銀行帳戶內資金餘額不足交割時，先自其他自有資金銀行帳戶中匯入資金以為支應，而被告上述所指銀行帳戶明細即為此類情形，被告所指顯有與事實不符且有混淆誤認之情，應不足採。
四、原告前10年核定合併營業虧損本年度扣除額部分：
（一）財政部66年3月9日台財稅第31580號函釋（下稱財政部66年函釋）與所得稅法第24條第1項、第39條第1項、第42條第1項，乃至於所得稅法自87年起改採之兩稅合一制立法建制皆相互牴觸，實屬違法函釋，被告據以核定原告前10年核定合併營業虧損於本年度之扣除額，自屬違法，應予撤銷：
1.查財政部66年函釋謂：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」然查，稽徵機關既已核定各期之虧損額，依行為時所得稅法第39條第1項明文，即應「全額」核認可用以扣除往後年度之盈餘，稅捐稽徵機關當不得更行主張各期虧損另應減除依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益後，其餘額始可用以扣除往後年度虧損，系爭函釋在無法律規定，亦無法律具體授權之基礎下，增加法律所無之限制，影響納稅義務人行使盈虧互抵之租稅權利，自與憲法第19條所昭示之租稅法律主義有違，當非適法。
2.次查，財政部66年函釋之規定，營利事業前10年之各期虧損尚須扣除營利事業取自國內其他營利事業之股利淨額或盈餘淨額後，其餘額方可作為「虧損」適用盈虧互抵之規定，其盈虧計算公式事實上已變調為「收入總額－（成本＋費用＋損失＋稅捐）＋營利事業取自國內其他營利事業之股利淨額或盈餘淨額＝所得額（盈餘或虧損）」，而有將投資收益重新計入所得額之現象，此顯與所得稅法第42條第1項「不計入所得額」之明文規定有違，顯然未符法律優越原則，應屬無效。
3.再查，財政部66年函釋係於66年所發布，當時所得稅法仍採獨立課稅制，斯時所得稅法第42條僅為避免重複課稅而例外將投資收益不計入所得額，因此系爭函釋將之作為虧損之調整項目或尚有可據。惟行為時之所得稅法於87年後已改弦更張，在法制基礎截然不同之背景底下，系爭函釋87年斯時本應隨之立即檢討廢止，不應續為沿用，被告現據引系爭函釋核定原告前10年核定合併營業虧損於本年度之扣除額，自已不符行為時法制，原處分應予撤銷無疑。
4.又財政部66年函釋於投資事業取得投資收益年度虧損，但後續年度有盈餘時，實質上將生對投資收益課稅之效果，與行為時所得稅法第42條第1項「該投資收益僅在最終被投資事業階段，課徵一次營利事業所得稅」之修法意旨相悖，已有違法；且系爭函釋之適用，隨投資事業各年度盈虧狀態不同，對投資收益將產生課稅與否之差別待遇，亦非公允。
5.又免稅所得概念上本屬課稅所得，僅是因政策上之原因而被例外論為無應納稅額之所得，此種本應計入課稅所得之所得於免稅後既然毋須加回前十年核定虧損中，則在概念上為「不計入所得」，根本自始不屬於課稅所得一部分之投資收益，相較於本質上仍屬於課稅所得性質之免稅所得，其情節自然更輕微，營利事業於計算各期核定虧損扣抵之金額時，依舉輕以明重之法理，既然免稅所得毋庸抵減當年度核定虧損，系爭函釋更無理由要求營利事業將投資收益自核定虧損中減除。是以，系爭函釋並無合理之論理依據，且與租稅之公平性顯然相左，實不足採。
（二）另有關原告主張合併申報子公司投資收益包含子公司代投資人領取股利，實質上非屬子公司股利收入部分，原告實已檢具相關帳務明細供核，非如訴願決定所稱未提示資料等情。
五、並聲明：
（一）訴願決定及原處分（含重審復查決定）有關子公司元大證券股份有限公司之各項耗竭及攤提、其他損失、「第99欄」停徵之證券期貨交易所得分攤營業費用及利息支出之核定，及原告之前10年核定合併營業虧損本年度扣除額之核定中，不利原告部分均撤銷。
（二）訴訟費用由被告負擔。
參、被告則以：
一、元大證券公司各項耗竭及攤提與其他損失部分：
（一）所謂無形資產，可區分為「可辨認之無形資產」（如商標權、著作權、專利權等）及「不可辨認之無形資產」（如商譽）。觀諸所得稅法第60條之立法理由係「明定無形資產之估價方法，以資劃一明確」，可知該條係針對營利事業無形資產之「估價方法」所為之規定，而同條第3項第3款規定：「商標權、專利權及其他各種特許權等，可依其取得後法定享有之年數為計算攤折之標準。」可知所得稅法第60條第1項所規定之商標權、著作權、專利權及各種特許權，係有法律規定為準據之無形資產。又所謂「營業權」，依財政部100年令規定，所得稅法第60條規定之營業權，係應以法律（如民營公用事業監督條例、電業法第33條授權訂定之電業登記規則）規定之營業權為範圍，該令係財政部本於中央財稅主管機關職權，基於所得稅法第60條各種權利規範之一致性及衡平性，就所得稅法第60條（無形資產適用攤折）所為之釋示，並未增加所得稅法第60條對於營業權攤提所無之限制，依司法院釋字第287號解釋意旨，亦未悖於憲法第19條之租稅法律主義，應自法規生效之日起適用。準此，現行法律或法規中明定「營業權」者，為民營公用事業監督條例及電業登記規則（母法為電業法），其規範之事業包括電力、市內電話、自來水、公共汽車、船舶及航空運輸等，且訂有營業期限及政府備價收歸公營，且移轉予政府營業時，政府負有負擔義務之特性，並不包含經營證券業務，可知所得稅法第60條規定之營業權，並非指ㄧ般營業之行為所衍生之商業價值，而係應以法律（如民營公用事業監督條例、電業法第33條授權訂定之電業登記規則）規定之營業權，不包含經營證券業務之營業權。況以，本件元大證券公司本身即是證券業者，並非收購系爭證券公司之營業場所後，始得經營證券業，故系爭購買營業據點之交易，究其性質尚非屬所得稅法第60條規定之範疇，自無有關營業權攤提之適用。原告主張被告有違反法律保留原則及租稅法律主義之虞云云，核無足採。
（二）查財會公報第37號「無形資產之會計處理準則」對「無形資產」之定義有三：①具有可辨認性。②可被企業控制。③具有未來經濟效益。然元大證券公司非因購入系爭營業據點始得經營須特許之證券業，且原告亦未能指明元大證券公司依約有取得系爭證券公司營業據點之任何具體內容之營業權無形資產，則原告為系爭營業權無形資產之主張，已與財會公報第37號第11段關於無形資產所需具備之可辨識性要件有悖。次查元大證券公司就所受讓之客戶等營業資料，既無任何法定權利或其他可控制方式，可使該等客戶於元大證券公司購入該營業據點後即當然與其交易，則自無法就其未來經濟效益做合理預期，是亦與財會公報第37號第12段及第15段關於無形資產所需具備之「可被企業控制」之要件不合，即無從依財會公報規定，計算效益年限按年攤提。
（三）商譽（不可辨認之無形資產）係指企業所具超額獲利能力之價值，通常依存於企業，難以脫離企業單獨讓受，係建立於良好之顧客關係、經營地點、生產效率、服務態度、優良管理及可辨認資產間所產生之綜效，其價值難以明確單獨計算。商譽的特性之一，為「商譽與企業不可分」，必須連同企業一併購買，才能買入該企業之商譽，又依據一般公認會計原則，僅購入之商譽可以認列，自行發展之商譽不能認列。依最高行政法院100年度12月份第1次庭長法官聯席會議決議：「企業併購取得之商譽，係因收購成本超過收購取得可辨認淨資產之公平價值而生。商譽價值為所得計算基礎之減項，應由納稅義務人負客觀舉證責任。納稅義務人應舉證證明其主張之收購成本真實、必要、合理，及依25號公報第18段衡量可辨認淨資產之公平價值，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據。」之意旨，企業因併購取得商譽，如因收購企業之成本超過收購該企業所取得「可辨認淨資產」之公平價值，即有商譽價值存在，但因商譽之價值為所得計算基礎之減項，故應由原告對商譽價值存在負客觀舉證責任，因而，原告應就所主張之收購成本之「真實、必要及合理」舉證證明；至可辨認淨資產之公平價值，則可依財會公報第25號第18段為衡量，或提出足以還原公平價值之鑑價報告或證據等證明之。即企業並非因併購即當然取得商譽，而應先就商譽價值存在之客觀事實為舉證。亦即，原告應依財會公報第25號第18段規定提出被收購證券公司營業場所之設備、現有客戶、營業技術等可辨認淨資產之公平價值，以證明其所購得之「商譽」之價格為何。經查，原告僅提示元大證券公司與其他證券公司之營業讓與契約、付款資料及評價報告等文件，其餘均未提示，且上開報告主要係以現金流量折現法估算，未依財會公報第25號第18段規定逐一提出被收購證券公司之設備、資產、現有客戶、營業技術等可辨認淨資產之公平價值。是原告未能依最高行政法院100年度12月份第1次聯席會議決議就其所稱商譽價值存在之客觀事實為舉證，則被告否准認列系爭各項耗竭及攤提，並無不合。
（四）又會研基金會97年函釋：有關一公司收購另一公司之「事業」，若取得之活動及資產組合符合「事業」之定義，亦可適用財會公報第25號。其所謂組成「事業」定義為需具備投入（例如非流動資產－包括無形資產或使用非流動資產之權利、智慧財產、取得或使用必要料或權利之能力，以及員工）、處理程序（包括制度、標準、作業規範、慣例及規則等。例如策略管理程序、作業程序及資源管理程序。處理程序通常會予以書面化……）及產出之3要素。經查，依元大證券公司與其他證券公司分別簽訂之營業讓與契約，就讓與標的之條款記載，元大證券公司除受讓營業據點、營業場所設備及營業權益外，並未及於債務之負擔及員工。又原告並未舉證系爭營業讓與之內容包括使用出賣人之商標、智慧財產、員工、制度（例如策略管理程序、作業程序及資源管理程序）、作業規範、慣例、規則及產出情形，亦未證明取得前揭事項與可辨認資產間可產生收購事業之綜效，自難謂係收購他公司之「事業」而產生商譽，則被告否准認列系爭各項耗竭及攤提，並無不合。
（五）原告另主張主張本件應比照財政部賦稅署102年函准其認列商譽乙節，查該函係釋明銀行因合併取得分行執照之無形資產攤提疑義，與本件原告主張受讓之營業據點，係屬二事，自難援引比附。原告再主張鈞院99年度訴字第1537號判決揭示取得證券業之商譽自屬可攤銷為費用之項目乙節，查原告係引用該案原告凱基證券股份有限公司所為之主張，且該案業經最高行政法院102年度判字第11號判決廢棄在案。「商譽」具有與企業不可分割及不可分離之特性，與「營業權」性質有別，認列要件及攤提年數不同，不容混淆，原告帳列「營業權」、攤提，卻又主張應列為「商譽」，顯有誤解法令之情形，所訴自難採據。況原告
92、96、97及98年度營利事業所得稅事件，與本件相同系爭項目「營業權」攤提，業經最高行政法院102年度判字第505號、108年度判字第544號、108年度判字第389號及458號判決駁回在案，是被告原核定並無不合，請續予維持。
二、出售有價證券收入分攤營業費用部分：
（一）按行為時證券交易法及證券商財務報告編製準則第22條第1項第4款規定，證券商財務報告及「業務種類別損益表」係分為經紀商（受託買賣及辦理融資融券業務收取手續費收入）、自營商（出售營業證券所獲得之利益）及承銷商（承銷證券取得承銷業務收入）等3種證券業務，各部門之組織架構及業務明確，是各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列，僅管理部門（無營業收入）之損失費用因無法明確歸屬，始可按其費用性質，依首揭規定，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，合先敘明。
（二）查元大證券公司組織結構，自營商部門包含自營部（應稅）、自營部（免稅）、債券部及新金融商品部等；承銷商部門包含股務代理部及承銷部；經紀商部門則包含經紀部、結算部、國際部及各分公司。元大證券公司自行選定以員工人數作為基準分攤管理部門費用至自營、承銷及經紀部門，被告原查亦以此基準分攤（稱之為一次分攤），為原告所不爭。至於同一部門有應稅所得及免稅所得者，應就一次分攤至各營運部門中歸屬自營部門之管理費用，再依首揭規定按自營部門應、免稅收入比例分攤計算免稅收入營業費用（稱之為二次分攤）。元大證券公司另創新金融商品部等部門，將新金融商品等部門就應免稅歸屬方式分攤營業費用，與前揭規定未合，其所謂已於費用發生時根據費用性質、發生原因、所屬業務及部門，辨認係直接歸屬應稅業務或免稅業務之直接歸屬方式應不可採。又營利事業之費用及損失既為免稅收入及應稅收入所共同發生，如免稅收入項目之相關成本、費用全歸由應稅項目吸收，則營利事業將雙重獲益，不僅有失立法原意，亦不符所得稅法第24條規定之成本與費用配合及課稅公平原則。是被告原查調增免稅所得分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用17,181,408元，核無不符。
（三）至原告主張主管機關已修正證券商管理規則及證券商財務報表編製準則，肯認證券商得依其所營之業務性質分設部門乙節，查證券商管理規則第7條係於102年12月30日修正該規定係自發布日施行，並無溯及適用之規定，原告自難據上開規定，以其100年度營利事業所得稅得依分別編製各該部門別損益表，為其營業收入，損失、費用之歸屬依據。
三、出售有價證券收入應分攤利息支出部分：
（一）綜合證券商從事有價證券買賣時，其成本費用損失之認列，應以可直接合理明確歸為原則，亦即一筆支出得直接明確歸屬於一收入項下，即應作個別歸屬認列；倘一筆支出無法直接合理明確歸屬者，即應按分攤辦法之規定計算分攤之。又債券附條件交易之實務操作，係綜合證券商持有債券但有資金需求時，可就持有之債券承作附買回交易，用以換取資金，承作期間（1年內）屆滿需支付利息，並返還原先週轉進來之資金，其經濟實質為融質行為，為綜合證券商短期資金融通之工具，為原告所不爭執。
（二）原告為綜合證券商，當原告先以自有資金（見元大證券公司處分卷第1169頁主張為自有資金）購入持有債券時，帳上借記：A債券，貸記：銀行存款－購入A債券（為銀行存款之支出），當年度有取得A債券利息收入。原告因資金需求，就A債券承作附買回交易以借入資金，帳上借記：銀行存款－借入資金B（為銀行存款之存入），貸記：附買回A債券負債。原告原先購入持有A債券之銀行存款－購入A債券資金之來源自有資金（先支出）並非原告之後將A債券承作附買回交易之借入資金B（後存入）。而原告取得A債券承作附買回交易之銀行存款－借入資金B，經原告使用後可能產生應稅收入如融資業務利息收入，或產生免稅收入如購買股票獲配股利收入，也可能購買B債券並出售而同時產生應稅B債券利息收入及出售B債券免稅收入，亦有可能原告無法證明借入資金B之用途等4種情形，原告如能提示借入資金B明確使用於前3種情形之證明文件（原告主張應一筆支出可直接明確歸屬於一收入項下），則該借入資金B之資金成本－利息支出B（即本案系爭附買回債券利息支出）得直接合理明確歸屬於前3種應、免或應免稅收入項下，即應作個別歸屬認列。反之如無法證明借入資金B之用途（即第4種情形），該借入資金B之資金成本－利息支出B（即本案系爭附買回債券利息支出）則屬無法直接合理明確歸屬，原告於原查、復查及訴願階段均未提示借入資金B明確使用於前3種情形之證明文件（原告主張使用於第3種情形），即應按分攤辦法之規定計算分攤之。
（三）原告主張債券承作附買回交易所產生之利息支出，自得明確歸屬於其所承作之債券利息收入，因債券利息收入之性質係屬應稅收入，則債券附買回交易所生之利息支出自亦屬應稅支出。以上開釋例進一步說明，原告主張借入資金B之資金成本－利息支出B自得明確歸屬於其所承作之A債券利息收入，然原告實際取得A債券利息收入之資金來源係銀行存款－購入A債券（自有資金）顯非借入資金B，原告主張顯有誤解，足不可採。
（四）原告另主張以自有資金持有債券部位，為活化資金之運用，藉由從事債券附條件交易將債券質押取得現金並得再購入另一債券，此一債券又可繼續質押取得現金並購入另一債券，如此反覆操作債券承作，故債券附條件交易之利息收入與支出為同一個交易循環下一體之兩面。以上開釋例進一步說明，當原告先購入持有債券時，帳上借記：A債券，貸記：銀行存款－購入A債券（原告主張為自有資金），原告並未提示使用A債券承作附買回交易之銀行存款－借入資金B再購入另一債券之證明文件，嗣於行政訴訟階段提示國泰世華銀行等銀行之存摺封面影本、網路銀行戶名及帳號畫面以及債券承作附買回每月及全年度借入及償還之金額，主張因債券附條件交易相關資金流入及流出量相近，可得證原告承作附買回交易借入之資金均供債券部門使用於債券附條件交易，惟前開文件無法足資佐證原告主張應一筆利息支出可直接明確歸屬於一應稅或免稅收入項下，亦無法證明前開釋例借入資金B明確使用於前3種情形，則借入資金B之資金成本－利息支出B（即本案系爭附買回債券利息支出）自屬無法直接合理明確歸屬之利息支出，原告主張反覆操作債券承作，足不可採。
（五）原告又主張如遇債券承作附買回交易到期或有投資人要求提前解約之情形，係另承作債券承作附買回交易借入資金來支應，故債券承作附買回交易借入資金均供債券部門使用於債券承作附買回交易。以上開釋例進一步說明，原告原使用A債券承作附買回交易產生之附買回A債券負債到期或提前解約必需償還，原告另將C債券承作附買回交易以借入資金，帳上借記：銀行存款－借入資金D，貸記：附買回C債券負債，原告將銀行存款－借入資金D用來支付或償還附買回A債券負債到期或提前解約，則帳上借記：附買回A債券負債、附買回A債券負債利息支出（即借入資金B－利息支出B），貸記：銀行存款－借入資金D，原告之操作如同借新債還舊債，因為債券承作附買回交易借入之資金在帳上仍為銀行存款－借入資金B，只不過因使用借入資金B之資金成本從借入資金B－利息支出B變成為借入資金D－利息支出D，負債科目則從附買回A債券負債變成為附買回C債券負債。如同前所述，原告並未提示明確繼續使用借入資金B於前3種情形之證明文件，則借入資金B之資金成本－利息支出B及D（即本案系爭附買回債券利息支出）自屬無法直接合理明確歸屬之利息支出，原告主張不可採。
（六）原告主張元大證券公司債券部門有設置4組專用之銀行專戶，並提示之銀行對帳單資金之一筆支出得直接明確對應於一筆存入項下乙節，惟查原告提示原證16銀行對帳單第16－2頁有元大證券公司自其元大商業銀行南京東路分行（匯入金融機構代號0000000；非屬原告原證6主張之4組專用銀行專戶）將1,069,810元匯入原告所稱專用之元大證券公司國泰世華商業銀行支存帳戶，即原告主張之4組專用銀行專戶與原告其他銀行帳戶之間有資金之往來，原告主張有設置4組專用銀行專戶，專責買賣債券、承作債券附買回及附賣回之交易，以及一筆債券附買回交易利息支出得直接明確歸屬於一應稅債券利息收入項下，核不足採。次查，原告主張銀行對帳單帳戶資金之支出可以對應至存入之方式係以螢光筆之顏色標註區分資金之存入及支出，惟原告對於無螢光筆標註之存入及支出資金是否為債券相關之交易，以及在無螢光筆標註之資金存入或支出後，該帳戶之餘額已有變動時，某一時點之交易餘額之新臺幣如何個別辨認，原告均未進一步說明並提示佐證文件。又原告101年度營利事業所得稅事件業已為相同主張，經鈞院109年度訴字第428號判決認定不可採。
四、原告前10年核定合併營業虧損本年度扣除額部分：
（一）按「基於量能課徵之目標，所得稅法原則上均將同一稅捐主體之全部所得納入規範，並以綜合計算方式為稅基量化，僅於立法政策另有考量時，才將特定種類之稅捐客體如土地交易所得、證券交易所得以免稅或分離課稅之方式，排除在綜合課徵之範圍。而該法第39條所規範之盈虧互抵，在現行法制下被視為對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，能將不同稅捐週期內之盈虧得以互補。外國法例有將以往年度虧損後轉或前轉等方法，惟前轉使以往年度稅負不確定，且退稅手續繁瑣，我國則採後轉辦法並針對以藍色申報制度、帳證齊全且申報正確者，予以優待。而此等優惠須針對『所得稅法中加總計算並適用通用稅率之綜合所得』才有意義，故分離課稅之土地交易所得及免稅之證券交易所得，自會排除在計算範圍內。至轉投資收益所得在所得種類之歸屬上仍被歸為『營利所得』，而屬綜合計算並適用通用稅率之所得。惟因其在前階段被投資公司分配營利所得前，已課過營利事業所得稅，為免重複課徵，因而有制定所得稅法第42條規定之規範需求，而歷經多次修正，該條規範本旨仍在於『認知該等所得種類屬性應歸入【綜合計算並適用通用稅率】之一般所得』基礎下，達成『避免重複課稅』之目的，與『基於立法政策考量，針對特定種類稅捐客體之特殊性，自始將之自合併計算範圍中抽離，單獨給予免稅或單一特別稅率』之情形有別，故於計算前後盈虧互抵時，仍應計入虧損之減項。是以，依所得稅法第24條第1項規定，同法第39條所稱之『虧損』應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱『收入總額』應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條第1項但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。而所得稅法第42條始終建立在避免公司轉投資收益重複課稅之意旨上，故該投資收益部分雖免予計入所得額課稅，惟仍屬營利事業之所得，於計算年度營業之虧損時，應將此收益計入判斷，始符『營業之虧損』之意義。財政部66年函釋符合所得稅法第39條所稱之『虧損』之意義，與該條規定無違，且該函非將投資收益加入當年度純益額，並無重複課稅之虞，亦無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計。況依該法第42條規定而獲實質免稅優惠之投資收益，因未計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算前10年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，致有違租稅公平原則。又土地交易所得及證券交易所得係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象，而投資收益則係因被投資公司已繳納營利事業所得稅，如再由投資公司將投資收益作為課稅所得合計，將產生重複課稅之情形，彼等間所得性質不同，尚無比附援引之餘地。」有最高行政法院105年度判字第661號判決可資參照。是財政部66年函釋係財政部本於主管機關地位就適用所得稅法第39條規定所為釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定，原告主張財政部66年函釋不當增加法律所無之限制，與憲法第19條租稅法律主義有違，核不足採。
（二）另原告主張合併申報子公司投資收益包含子公司代投資人領取股利乙節，原告說明因特定投資人將集保帳戶設立於原告子公司元大證券金融股份有限公司名下，該特定投資人因故未領取股利，並僅提示其他應付款明細帳1紙，原告未提示該特定投資人將集保帳戶設立於原告子公司元大證券金融股份有限公司名下之佐證文件及該特定投資人投入該集保帳戶之資金匯入證明文件等資料，且系爭股利帳列其他應付款迄未沖轉，原告主張核不足採。
（三）原告主張本件應參照最高行政法院108年度判字第262號判決乙節，惟該案事實與本件應將所得稅法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除乙節，係屬二事，自難援引比附，原告主張，容有誤解等語，資為抗辯。
五、並聲明：
（一）駁回原告之訴。
（二）訴訟費用由原告負擔。
肆、兩造不爭之事實及兩造爭點：如事實概要欄所述之事實，業據提出元大證券公司100年度營業費用分攤計算表（見元大證券公司處分卷第1058頁）、被告編製之元大證券公司自營部門收入表（見元大證券公司處分卷第1056頁）、被告編製之元大證券公司利息收支計算表（見元大證券公司處分卷第1054頁）、元大證券公司100年度營利事業所得稅申報核定通知書調整法令及依據說明書（見元大證券公司處分卷第1132至1133頁）、元大證券公司100年度營利事業所得稅結算申報書暨會計師查核報告書（見元大證券公司處分卷第411頁及第294至351頁）、元大證券公司分別與利通證券公司等19家證券公司簽訂之營業讓與契約（見原告合併申報卷第929至1037頁）、元大證券公司營業權攤銷明細表（見原告合併申報卷第1396頁）、被告核定原告95年及96年可抵減營業虧損明細表（見原告合併申報卷第508至510頁）、元大證券公司100年度購買有價證券、債券部位、債券以外部位平均動用資金占可運用資金之比率計算表（見原告合併申報卷第1247頁）、原告及其子公司100年度合併申報書及被告核定通知書（見原告合併申報卷第2、6、208至209頁）、復查決定（見原告合併申報卷第1064至1085頁）、重審復查決定（見原告合併申報卷第1324至1348頁）、訴願決定（見原告合併申報卷第1599至1632頁）等原處分卷、訴願卷所附證物為證，其形式真正為兩造所不爭執，堪信為真，兩造之爭點厥為：
一、元大證券公司收購取得利通等19家證券公司之營業據點，是否符合營業權或商譽之要件，而得認列各項耗竭及攤提或其他損失？
二、元大證券公司於自營商業務下劃分金融交易部門，並以該部門收入全屬於應稅收入，而直接歸屬及依比例分攤應稅之營業費用，據以計算所得稅，是否有據？
三、原告主張元大證券公司從事之債券附買回交易係應各債券部位所承作，故債券附買回交易所生之利息支出得明確歸屬於承作債券之利息收入，是否可採？
四、財政部66年函釋將轉投資收益計入虧損之減項，是否增加法律所無之限制，而違反租稅法律主義？與行為時所得稅法第42條第1項之規定是否牴觸及違反平等原則？
伍、本院之判斷：
一、爭點1－元大證券公司各項耗竭及攤提與其他損失部分：
（一）應適用之法條與法理：
1、按「營業權、商標權、著作權、專利權及各種特許權等，均限以出價取得者為資產。」「各項耗竭及攤折：一、……三、無形資產應以出價取得者為限，其計算攤折之標準如下：（一）營業權為10年。……（四）商譽最低為5年。
」為行為時所得稅法第60條第1項及查核準則第96條第3款所規定。又營利事業所得稅之會計事項，除依所得稅法等相關法令規定，應於申報時予以帳外調整外，本應參照商業會計法、商業會計處理準則及財會公報等據實記載。依財會公報第37號無形資產之會計處理準則第2段規定，該公報所謂無形資產，係指無實體形式之非貨幣性資產，並同時符合①具有可辨認性，②可被企業控制，③具有未來經濟效益之要件者；而予以認列之條件則為①資產之未來經濟效益很有可能流入企業，②資產之成本能可靠衡量。關於上開無形資產認定而得以成本逐年攤銷之要件，現行稅法或特別法上均無相異之規定，在營利事業所得稅之申報上，自應援用。是以，企業認列「營業場所使用之全部設備、現有客戶及營業技術」等「營業權」無形資產時，須有證據顯示該項資產同時符合可辨認性、可被企業控制及具有未來經濟效益暨其成本能可靠衡量等條件。第按，商譽亦屬無形資產，但其為「不可辨認」之無形資產，指企業所具超額獲利能力之價值，企業進行合併，採取購買法者，於財務報表上之處理，依財會公報第25號第17段所示：「……將所取得可辨認資產之公平價值與收購成本比較，若收購成本超過所取得之可辨認資產公平價值，應將超過部分列為商譽；……。」由於商譽之特性，通常依存於企業，具有「與企業不可分」之特質，故原則上難以脫離企業單獨讓受，必須連同企業一併購買，才能買入該企業之商譽，始生商譽無形資產攤折之問題。併購企業若欲主張商譽之攤折，除須證明被併購企業客觀上具有商譽要素存在外，更要證明該商譽要素於脫離原企業後會依舊存在，且內部管理階層確實經過內部控制「量化」評估（不可辨認並非不可量化評估）其脫離原企業後依舊存在之商譽價值，否則，無從證明其收購成本之合理與必要，即無從予以認列。
2、次依行政訴訟法第4條第1項規定，撤銷訴訟之訴訟標的應為「原告所為行政處分違法且侵害其權利或法律上利益之主張」，且依同法第213條規定，上開撤銷訴訟之訴訟標的，於確定之終局判決中經裁判者，有確定力。是原告提起撤銷訴訟如經判決駁回確定者，該判決之確定力（既判力）自及於確認「原告所主張之行政處分並無違法或侵害原告之權利或法律上利益」。準此，對行政處分提起撤銷訴訟，在其主張的原因事實範圍內，該處分之合法性為撤銷訴訟訴訟標的之內容，如撤銷訴訟經法院實體判決認處分並無違法而駁回原告之訴確定者，行政處分之合法性已經裁判而對該原因事實涵攝於法律後之法律效果之確認有既判力，該撤銷訴訟之當事人均應受其拘束，後訴訟法院於法律與事實狀態均未變更之情況下，即應以前訴訟判決關於訴訟標的所為之確認作為其裁判基礎，不能為相反於該確定判決內容之判斷，此即撤銷訴訟判決既判力之確認效（最高行政法院109年度判字第561、436號判決意旨參照）。惟法院於確定判決理由中，就訴訟標的以外當事人所主張之重要爭點，本於當事人辯論之結果已為判斷時，除有顯然違背法令，或當事人已提出新訴訟資料足以推翻原判斷之情形外，於同一當事人就與該重要爭點有關所提起之他訴訟，不得再為相反之主張，法院亦不得作相反之判斷，以符訴訟法上之誠信原則，此即學理上所謂之「爭點效」。亦即雖仍允許當事人在訴訟中對已有「爭點效」之爭點為新訴訟資料之提出，惟必須足以推翻原判斷，否則，即有爭點效之適用，當事人不得再為相反之主張，法院亦不得作相反之判斷（此段係取自本院109年度訴字第750號及109年度訴字第86號判決）。
（二）查原告子公司元大證券公司100年度列報各項耗竭及攤提60,440,862元及其他損失40,112,014元（見元大證券公司處分卷第411頁），各項耗竭及攤提全數為該子公司收購利通證券等19家公司營業讓與之營業權於本年度攤銷數，而其他損失中金額2,777,467元部分則為上揭營業權以前年度認列之減損損失而於本年度調整之財稅差異攤銷數額。亦即，元大證券公司總計列報因上開營業讓與案之營業權所衍生相關費用或損失共計63,218,329元（即60,440,862元＋2,777,467元），有營利事業所得稅結算申報書（同前卷第411頁）、會計師查核簽證報告書就無形資產及其他損失等科目之說明（同前卷第308、332頁）、被告核定通知書調整法令及依據說明書（同前卷第1133頁）及營業權攤銷明細表（原告合併申報卷第1396頁）附卷可稽。
是以，本件訴訟之先決問題為元大證券公司於87年間至95年間陸續自利通證券等19家公司取得之「營業權」（明細詳本院卷1第263頁之元大證券公司其他無形資產表），是否屬所得稅法第60條第1項所規定無形資產之範疇。經查，元大證券公司與利通證券等19家公司簽訂營業讓與契約，是否取得營業權而得成本攤提乙節之判斷，業經最高行政法院102年度判字第505號、108年度判字第389號、458號及第544號判決（分別為92年度、97年度、98年度及96年度）判決確定在案，均認元大證券公司並未因利通證券等19家公司之營業讓與而取得營業權，且經最高行政法院109年度上字第1136號判決（為101年度）判決確定，認為後訴法院受前訴法院判決對原因基礎事實判斷之拘束，應以前訴訟判決關於訴訟標的所為之確認作為其裁判基礎。是上列最高行政法院102年度判字第505號及108年度判字第389、458、544號等前訴訟判決就「元大證券公司未因受讓利通證券等19家公司而取得營業權」之確認，已有既判力，原告不得為與前開確定判決意旨相反之主張，本院亦不得為與前開確定判決意旨相反之判斷。
（三）至原告主張，縱認元大證券公司與利通證券等19家公司訂立上開營業讓與契約書，並未取得營業權，惟其仍屬營業上所必須之無形資產，符合財會公報第37號對於無形資產之定義，又系爭營業讓符合會研基金會97年函釋所稱「事業收購」，應准予認列商譽云云。惟查，元大證券公司與利通證券等19家公司簽訂營業讓與契約，是否取得財會公報第37號所定無形資產或是得否認列商譽而得成本攤提乙節，受理原告92年度、96年度、97年度及98年度案件之各該前案法院亦就此審理，並經上開所列最高行政法院判決確定，均以元大證券公司所取得者與財會公報第37號第12段及第15段關於無形資產所需具備之「可被企業控制」及「未來經濟效益」之要件不符，且元大證券公司購入營業據點及營業權益不符合「購入事業」之定義，認元大證券公司亦未因利通證券等19家公司之營業讓與而取得財會公報第37號所定無形資產或商譽，又原告在本件中所提訴訟資料亦與各該前案所提出者相同，並無足以推翻原判斷之新訴訟資料提出，則依上開爭點效法理，本院亦不得對此等爭點與前開確定判決意旨為相反之判斷。
（四）綜上，本件既無從認定元大證券公司因上開營業讓與案而受讓有營業權或商譽此等無形資產，原告即無從援引首揭所得稅法及查核準則之規定，而主張其受讓自利通證券等19家公司無形資產為100年度之攤折（包含以前年度認列減損損失而於此年度調整之財稅差異攤銷數），被告就此否准認列，並無不合。
二、爭點2－元大證券公司「第99欄」及「第58欄」分攤營業費用部分：
（一）應適用之法條與法理：
1、行為時所得稅法第4條之1規定：「自中華民國79年1月1日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」第24條第1項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」第42條第1項前段規定：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，……。」
2、行為時查核準則第2條第1項與第2項規定：「（第1項）營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法、所得稅基本稅額條例及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。（第2項）營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、……本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。」
3、財政部96年4月26日台財稅字第09604520700號令發布之營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法（下稱分攤辦法）第2條第1項規定：「下列免納或停止課徵所得稅或不計入所得額課稅之免稅所得，應依本辦法規定分攤其相關之成本、費用或損失：……二、依本法第4條之1規定停止課徵所得稅之證券交易所得。……四、依本法第42條第1項規定不計入所得額課稅之股利淨額或盈餘淨額。……」第3條第1款第1目（備註：分攤辦法於107年11月7日修正時此部分並未修正）規定：「營利事業以房地或有價證券或期貨買賣為業者，於計算應稅所得及前條第1項各款免稅所得時，其可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列；其無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，應依下列規定分別計算各該款免稅收入之應分攤數：一、營業費用之分攤：（一）營利事業因目的事業主管機關規範而分設部門營運且作部門別損益計算者，得選擇按營業費用性質，以部門營業收入、薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為基準，分攤計算之。其未經選定者，視為以部門營業收入為基準。其計算基準一經選定，不得變更。如同一部門有應稅所得及免稅所得，或有二類以上之免稅所得者，於依本目規定分攤計算後，應再按部門之免稅收入占應稅收入與免稅收入之比例或免稅收入占全部免稅收入之比例分攤計算之。」第6條規定：「依本辦法規定計算第2條第1項各款之可直接合理明確歸屬及應分攤之成本、費用、利息或損失，不得列為計算當年度課稅所得額之減除項目，應分別轉作當年度各免稅收入之減項。」經核分攤辦法乃所得稅法授權制訂之法規命令，旨在將收入與成本費用配合原則予以具體化，補充一般會計原則，未逾越母法授權範圍，納稅義務人及稽徵機關均應遵守，無再持其他主觀認定「合理」之分攤基準而為稅務上所得計算之餘地。營利事業兼營免稅及應稅業務，如非依上開營業費用分攤及利息支出分攤方式計算稅務所得，即使其財務報表為各營利事業之目的事業主管機關所認可，稽徵機關仍應以經分攤辦法規定調整後之所得淨額，計算應納稅額，此乃租稅法定主義之基本要求。
4、證券交易法第15條規定：「依本法經營之證券業務，其種類如左：一、有價證券之承銷及其他經主管機關核准之相關業務。二、有價證券之自行買賣及其他經主管機關核准之相關業務。三、有價證券買賣之行紀、居間、代理及其他經主管機關核准之相關業務。」第16條規定：「經營前條各款業務之一者為證券商，並依左列各款定其種類：一、經營前條第1款規定之業務者，為證券承銷商。二、經營前條第2款規定之業務者，為證券自營商。三、經營前條第3款規定之業務者，為證券經紀商。」又行為時證券商財務報告編製準則（下稱財報編製準則，按：財報編製準則於100年8月16日修正發布全文38條，並自102年1月1日施行，故本件應適用100年8月16日修正前條文）第3條規定：「本法（按即證券交易法）第45條規定兼營同法第15條規定業務2種以上者，其會計事務應依其業務種類分別辦理。」同準則第22條第1項第4款所訂業別損益表格式，亦以經紀、自營及承銷部門分別編製其部門別損益表，是以，行為時綜合證券商之目的事業主管機關所規範之營業分類為承銷、自營及經紀等三類，乃至為明確。則綜合證券商各部門因經營部門業務所發生相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用核實認列，僅如管理部門（無營業收入）之損失費用因無明確歸屬，始可按其費用性質，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。
（二）經查:
1、元大證券公司100年度營利事業所得稅結算申報，列報（「第99欄」634,180,302元及「第58欄」0元（見元大證券公司處分卷第411頁）。查元大證券公司係以該公司「國內營業證券出售利益」249,648,075、「期貨契約利益」1,636,416,576元、「選擇權契約利益」117,570,470元、「借券及附賣回債券融券回補利益」85,509,516元等屬免稅之營業收入淨額計2,089,144,637元，減除對應之營業成本1,166,759,566元及可直接合理明確歸屬之營業費用252,433,180元，再減除無法直接合理明確歸屬之營業費用9,338,816元，另再減除處分投資損失26,432,773元，而將前開計算所得634,180,302元（即2,089,144,637元－1,166,759,566元－252,433,180元－9,338,816元－26,432,773元），全數列報在免稅項目「第99欄」（同前卷第296頁之會計師查核報告書第51頁參照）；而其中無法直接合理明確歸屬營業費用之分攤，元大證券公司係將其營業部門劃分為「自營部門－國內投資」、「自營部門－國外投資」、「自營部門－新金（融商品）」、「經紀部門」、「承銷部門－其他」及「承銷部門－國內投資」等6部門，並依此分類，將無法直接歸屬之營業費用1,315,326,276元按員工人數進行分攤，免稅之「自營部門－國內投資」及「承銷部門－國內投資」所受分攤7,365,827元及1,972,989元合計9,338,816元（同前卷第294頁之會計師查核報告書第53頁參照）。換言之，元大證券公司將自營部門及承銷部門自行區分為應稅業務及免稅業務，而無再按各該部門之應稅、免稅收入比例進行二次分攤。
2、然元大證券公司自創金融商品部門分攤營業費用，且未按自營、承銷、經紀等部門應稅、免稅收入比例進行二次分攤，與行為時證券交易法第15、16條、行為時財報編製準則第22條第1項第4款及分攤辦法第3條第1款第1目等規定，均不符合。被告乃以元大證券公司原計算之無法直接歸屬之營業費用1,315,326,276元，按元大證券公司各部門員工人數比為分攤基準，重行計算攤計行政部門營業費用至經紀部門、承銷部門及自營商部門，自營部門應分攤之無法直接歸歸屬費用為29,857,906元〈自營部門（國內投資）7,365,827元＋自營部門（國外投資）394,598元＋自營部門（其他應稅）20,124,492元＋元大證券公司歸類於承銷部門（國內投資）1,972,989元，參見同前卷第294頁之會計師查核報告書第53頁〉，再按應稅、免稅收入比進行二次分攤，核算免稅收入（不含免稅股利）及股利收入（免稅）應分攤之無法直接歸屬營業費用分別為26,520,224元及55,495元（參見同前卷第1056頁之被告計算營業費用分攤表）。上開免稅收入（不含免稅股利）分攤無法直接歸屬營業費用26,520,224元扣除元大證券公司原列報分攤營業費用9,338,816元，調增免稅所得（不含免稅股利）無法直接合理明確歸屬之營業費用17,181,408元（26,520,224元－9,338,816元），併同應分攤之利息支出199,840,070元（詳下述），核定「第99欄」417,158,824元（即申報數634,180,302元－調增無法歸屬費用分攤17,181,408元－分攤利息支出199,840,070元）；並按元大證券公司取得依所得稅法第42條第1項規定不計入所得額之股利淨額765,290,743元，減除上開股利收入（免稅）分攤無法直接歸屬營業費用55,495元，併同應分攤之利息支出418,174元（詳下述），核定「第58欄」為764,817,074元（765,290,743元－55,495元－418,174元）（見元大證券公司處分卷第1132至1133頁之被告核定通知書調整法令及依據說明書科目代號58及99參照），揆諸前揭規定及說明，並無違誤。
（三）原告雖主張，行為時財報編製準則第22條第1項第4款及其業別損益表所規定者，不僅與所得稅法科目之認定無涉，亦未規定證券商不得以經紀、承銷及自營以外之分類劃分會計事務以製作財務報表，惟被告僅按前揭規定否准元大證券公司就金融交易部門營業費用之歸屬，實有錯誤適用法規之違誤；又元大證券公司之自營部門及金融交易部門之人員、組織及會計事務各自獨立，惟被告未能證明二部門之會計事務並未獨立，僅以元大證券公司劃分之部門別與證交法所定之業務劃分不同，逕將元大證券公司金融交易部門之營業費用併入自營部門，再按應、免稅收入比例分攤，重新核算有價證券出售收入應分攤之營業費用，尚乏所據，應屬違法云云。惟查：
1、因綜合證券商經營業務中包含出售有價證券，該交易所得依所得稅法第4條之1規定乃係免稅，則在計算綜合證券商之成本費用時，即應詳為區分，以正確計算其免稅所得之範圍，以防免稅項目之相關成本費用歸由應稅項目吸收，致營利事業將雙重獲益，不僅有失立法原意，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。是應稅收入及免稅收入應分攤之相關成本費用之首要原則，乃視其可否直接合理明確歸屬而定，如可直接合理明確歸屬者得個別歸屬，換言之，證券公司經紀、承銷、自營等各部門經營業務所支付之相關費用，自應歸屬於各該業務部門項下之營業費用（最高行政法院100年度判字第881號判決、101年度判字第524號判決及102年度判字第585號判決意旨參照）。又綜合證券商之業務種類採取經紀、自營、承銷等3大部門劃分法，係業務主管機關出於管制目的而強制訂定，劃分之必要性及各部門間營業活動之獨立性，因受主管機關監管，可信度較高，稽徵機關在查核時無須特別檢驗綜合證券商申報之真實性；惟若營業部門之劃分單純出於證券商之管理考量，而無業務主管機關之事前強制及事後監督，部門劃分之合理性與部門營業活動之獨立性，即可能因稅捐規劃之考量而發生扭曲現象，因而增加稽徵機關之調查成本，稽徵機關自不受綜合證券商對其新設部門應、免稅屬性之主觀認定所拘束，而得依長期慣行之判準，決定營業費用應如何核實歸屬。
2、依原告提供之元大證券公司組織結構及各主要部門所營業務之記載，元大證券公司除自營部外，另再自行創設「金融交易部」，查該部門所營業務為「負責發行認購權證，國內外新金融商品之研發及業務拓展等業務。」（見本院卷1第457頁）是此部門其經營業務乃發行認購權證及衍生性金融商品等，核其業務性質應歸入上開自營商（部門）範疇，不因元大證券公司另設金融交易部，而改變其屬自營商（部門）之業務，元大證券公司自行創設金融交易部門，與前揭主管機關規定之業務種類別不符，難認具有合理性及可信性，與分攤辦法第3條第1款第1目規定營業費用之分攤應按「目的事業主管機關規範而分設之部門」為基準者，並非相符。則被告將元大證券公司歸屬分攤至金融交易等部門之營業費用，併入自營部門二次分攤至應稅及免稅業務，並無不合。原告上開主張，洵非可採。
（四）原告復主張：102年12月30日修正之證券商管理規則第7條及103年2月5日修正之財報編製準則第3條第3項等規定，肯認證券商得依其所營之業務性質分設部門，其會計事務亦得依分設之部門辦理，俾使營業收入及營業費用之配合更加確實；被告依行為時財報編製準則第22條第1項第4款規定，認營業費用僅得歸屬至經紀、承銷及自營業務項目之下，自屬違誤云云。惟按102年12月30日修正發布之證券商管理規則第69條規定：「本規則施行日期，除中華民國101年10月11日修正發布之第16條及第47條自102會計年度施行；102年12月30日修正發布之第37條及第37條之1自103年1月6日施行外，自發布日施行。」是同日修正發布之該規則第7條，依中央法規標準法第13條規定，應自發布之日起算至第3日始發生效力；另依103年2月5日修正發布之財報編製準則第38條規定：該日修正之同準則第3條，係自103年1月1日施行，故上述證券商管理規則與財報編製準則條文於本件訴訟所涉原告100年度營利事業所得稅結算申報事件，並無適用。是原告以前揭增訂條文之規定，溯及主張本件設立金融交易等部門，可得使營業收入及營業費用之配合更加確實，容有誤解，不足採據。
三、爭點3－元大證券公司「第99欄」及「第58欄」分攤利息支出部分：
（一）應適用之法條與法理：
1、行為時分攤辦法第3條第2款規定：「營利事業以房地或有價證券或期貨買賣為業者，於計算應稅所得及前條第一項各款免稅所得時，其可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列；其無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，應依下列規定分別計算各該款免稅收入之應分攤數：……二、利息支出之分攤：（一）如利息收入大於利息支出，則全部利息支出得在應稅所得項下減除；如利息收入小於利息支出時，其利息收支差額分別按購買前條第1項第1款土地、第2款有價證券或第3款期貨之平均動用資金，占全體可運用資金之比例為基準，採月平均餘額計算分攤之。所稱全體可運用資金，包括自有資金及借入資金；所稱自有資金，指淨值總額減除固定資產淨額及存出保證金後之餘額。（二）其購買之前條第1項第1款土地、第2款有價證券或第3款期貨，於出售當年度，經運用後產生應稅收入及免稅收入，或產生二類以上之免稅收入者，於依前目規定分攤計算後，應再按全部免稅收入占應稅收入與全部免稅收入之比例或各項免稅收入占全部免稅收入之比例分攤計算之。（三）前目所稱全部免稅收入，指處分其購買之前條第1項第1款土地、第2款有價證券或第3款期貨產生之收入及經運用後產生免稅收入之合計數。」第6條規定：「依本辦法規定計算第2條第1項各款之可直接合理明確歸屬及應分攤之成本、費用、利息或損失，不得列為計算當年度課稅所得額之減除項目，應分別轉作當年度各免稅收入之減項。」
2、嗣於107年11月7日修正時，前揭第3條第2款規定除配合第2條第1項第2款同次修正內容而新增文字外，增列第4目規定：「（四）其購買之前條第1項第3款有價證券屬債券者，依本款第1目規定計算分攤屬債券之利息支出後，於出售當年度，經運用後產生應稅債券利息收入及處分債券免稅收入，得選擇以全部處分債券免稅利益及損失合併計算之淨損益絕對值占全部處分債券免稅利益及損失合併計算之淨損益絕對值與應稅債券利息收入合計數之比例，計算處分債券免稅收入應分攤之利息支出，不適用本款第2目規定。其經選定者，當年度全部債券處分損益及債券利息收入應依本目規定計算應分攤之利息支出。」第3條並增訂第2項：「本條中華民國107年11月7日修正發布之前項第2款第4目施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正後之規定。」
（二）經查：
1、元大證券公司100年度發生「借貸款項利息收入」1,725,889元、「債券業務利息收入」259,392,952元、「融資業務利息收入」2,645,565,851元、「融券業務利息收入」1,199,918元、「轉融通利息收入」27,192元、「定存活存息」105,677,292元、「短票利息收入」3,455,584元、「債券利息收入」33,406,786、「其他利息收入」8,592,747元，利息收入合計金額3,059,044,211元；並發生「分公司融券利息支出」15,216,608元、「融券存入保證金利息支出」2,621,797元、「附買回債券負債利息支出」109,129,693元、「可轉債利息支出」2,115,606元、「銀行借款及發行可轉債利息支出」86,677,780元、「設算息－關係人」624,150元、「銀行保證函利息支出」523,621元及「其他利息支出」267,716,880元，利息支出合計金額484,626,135元。元大證券公司以上揭利息收入總數大於利息支出總數，乃將利息支出484,626,135元全數列報於課稅所得項下減除（列報於05欄及46欄），以致「第99欄」及「第58欄」項下並未計列應分攤之利息支出，此有元大證券公司100年度營所稅申報簽證會計師所提供之利息收支明細表可稽（見元大證券公司處分卷第1097頁）。
2、惟元大證券公司係綜合證券商，依行為時財報編製準則第3條第1項前段規定，其營業收入與營業費用應依其發生內容分部門歸屬，故經被告核算，元大證券公司100年度有不可直接明確歸屬之利息收入120,269,659元（即『借貸款項利息收入』1,725,889元、『轉融通利息收入』27,192元、『定存活存息』105,677,292元、『其他利息收入』8,592,747元、『債券業務利息收入』中之『附賣回債券投資利息收入』4,246,539元）；並有不可直接明確歸屬之利息支出460,359,062元（即『附買回債券負債利息支出』109,129,693元、營業外利息支出264,551,589元及『銀行借款及發行可轉債利息支出』86,677,780元），認有無法明確歸屬之利息收支差額340,089,403元（不可直接明確歸屬之利息支出460,359,062元－不可直接明確歸屬之利息收入120,269,659元），乃將該差額340,089,403元，按購買有價證券之資金動用比率約58.88%（取至小數點第2位），再按有價證券交易收入及股利收入占自營部門應免稅收入之比例分別約99.7911%及0.2088%（取至小數點第4位），計算免稅收入（不含免稅股利）及股利收入應分攤利息支出分別為199,840,070元及418,174元（元大證券公司處分卷第1054頁之被告計算利息支出分攤表參照），併同其餘調整，核定元大證券公司100年度「第99欄」及「第58欄」分別為417,158,824元及764,817,074元，有被告之查核說明或核定通知書調整法令及依據說明可稽（同前卷第1128至1129、1132至1133頁）。
3、原告不服，申請復查，經被告重審復查決定以原告補提示之明細分類帳，應稅業務應調整減列，重新計算購買有價證券動用資金比例應為約54.43%（取至小數點第2位，下同），其中購買債券及購買非債券之資金動用比率分別約
17.09%及37.34%，並援用107年11月7日修正發布之分攤辦法第3條第2項規定，就尚未確定案件適用修正後同條第1項第2款第4目之規定，將該利息收支差額340,089,403元，按購買債券之資金動用比率17.09%及債券淨損益絕對值比例6.94%（即處分債券免稅收入應分攤利息支出比例為
1.19%＝17.09%×6.94%），計算出售債券免稅收入應分攤利息支出4,047,064元（340,089,403元×1.19%），加計購買非債券之資金動用比率37.34%計算應分攤利息支出126,989,383元（340,089,403元×37.34%），總計應分攤利息支出131,036,447元，再依出售有價證券收入及免稅股利淨額之比例，計算免稅收入（不含免稅股利）及股利收入應分攤利息支出分別為130,762,820元及273,627元，併同其餘調整，重行核定「第99欄」及「第58欄」分別為486,236,074元及764,961,621元，此有被告復查決定審查報告中之「元大證券公司100年度免稅所得分攤利息支出明細表」及重審復查決定書內容可稽（分別參原告合併申報卷第1268頁及第1334至1335頁之重審復查決定書第14至15頁），揆諸前揭規定及說明，並無違誤。
（三）原告雖主張，元大證券公司設置債券部，專門承作債券之買賣斷、附買回、附賣回交易，並就上開債券交易設立4組專用銀行帳戶，其從事債券附買回交易係因應各債券部位承作，而賺取中間利差，依實質課稅原則，債券附買回交易所生之利息支出，自得明確歸屬於其所承作之債券部位；且債券利息收入之性質係屬應稅收入，則其承作附買回債券交易之利息支出自亦屬應稅支出。被告將「債券附條件交易之利息支出」認定為不可明確歸屬之融資利息支出，違反所得稅法第24條第1項所揭示之收入成本費用配合與實質課稅原則（見本院卷1第42至46頁之起訴狀內容）云云。惟查：
1、所得稅法第24條之1第4項已明定：「自中華民國99年1月1日起，營利事業以第1項、前條第2項、第3項規定之有價證券或短期票券從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之『利息所得』，應依第88條規定扣繳稅款，並計入營利事業所得額課稅；該扣繳稅款得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。」且該條立法理由亦載明：營利事業從事以債（票）券及證券化商品之附條件交易，其經濟實質為「融資」行為，且依據財務會計準則第33號公報及行政院金融監督管理委員會發布之證券商財務報告編製準則、公開發行銀行財務報告編製準則，均規定附條件交易應視為融資行為入帳，爰增訂第4項明定，自99年1月1日起適用融資說（最高行政法院107年度判字第527號判決意旨參照）。是以依所得稅法第24條之1第4項規定，自99年1月1日起，營利事業以短期票券從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之利息所得，應計入營利事業所得額課稅，亦即，票券附條件交易自99年起採融資說，僅就到期賣回金額超過原買入金額部分之利息所得課稅，非屬買賣之交易行為。按融資說之觀點，債券附條件交易負債之資金，所負擔之資金成本（即債券附條件交易之利息支出），應就「借入資金用途面」觀察是否可明確歸屬，如無法認定，則因該借入之資金未限定用途，經綜合證券商運用後，其可能產生應稅收入及免稅收入，則該利息支出即屬無法明確歸屬之利息支出。
2、原告所提元大證券公司專供債券交易使用之銀行帳戶彙整表，僅就元大證券公司100年間買斷賣斷債券總金額、還本、領息以及承作債券附買回交易（RP）、附賣回交易（RS）之起作總金額及到期總金額等進行統計（見本院卷1第469頁），並無各筆附買回交易借入資金用途之相關記載，自無從證明元大證券公司承作債券附買回交易之利息支出，究係用於產生應稅或免稅收入。原告雖另提出元大證券公司於100年6月14日及11月25日，就代號B64445及B401CS債券進行之相關交易明細、內部報表及銀行對帳單等（見本院卷2第71至89、91至111頁），旨欲證明其不斷承作債券附買回條件交易以支應相關買入債券交割款或附條件交易到期款項，故附條件交易之利息收入與支出為同一交易循環，利息支出可明確歸屬於應稅收入。惟依原告所述及其提出之對帳單（見本院卷2第85至89、103至111頁）所示，元大證券買進代號B64445及B401CS債券，因分別約定於100年6月14日及11月25日為交割日而應支付交易金額，故於當日就該債券進行附買回條件交易，自客戶取得資金以為支應，客戶則將資金匯入元大證券公司於國泰世華銀行或華南商業銀行開立之銀行專用帳戶；然觀諸上開對帳單內容，元大證券公司因承作該2筆債券附買回交易而取得資金同日，上開帳戶尚有多筆存入紀錄，且有不只一筆支出紀錄，各筆支出之用途為何則無記載。姑不論上述銀行帳戶既供元大證券公司從事債券交易使用，其因從事債券附買回交易而取得之所有資金流入該等帳戶後，即由元大證券公司統籌運用，前開對帳單所示現金支出中，究竟何筆支出係以元大證券公司於100年6月14日及11月25日承作上述2筆債券附買回交易取得之資金支付，已無從區辨；加以各該筆支出係用於產生應稅或免稅收入，並無證據可佐，則原告所提前開證據，均難為其有利之認定。原告此部分主張，核無足採。
四、爭點4－原告前10年核定合併營業虧損本年度扣除額部分：
（一）應適用之法條與法理：
1、所得稅法第39條第1項：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」
2、財政部66年3月9日台財稅第31580號函釋（下稱財政部66年函釋）：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（註：現為前10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之盈虧核定數，並非實際營業上之盈虧，故適用所得稅法第39條第1項但書規定時，即不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。財政部66年函釋是建立於所得稅法第39條所稱之「虧損」係指「營業之虧損」而為，自無違反前開法律規定。再者，該函釋指明「應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除」，非指應將投資收益加入當年度純益額，故並無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計。是以，財政部66年函釋，係財政部本於主管機關地位就適用所得稅法第39條所為釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定（最高行政法院105年度判字第661號判決意旨參照）。
3、營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則（下稱合併申報處理原則）第5點第2款：「五、營業虧損之扣除規定：……（二）自合併申報年度起，各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算。其經合併計算抵銷之虧損額，不得再適用所得稅法第39條但書規定；其經合併計算後仍為虧損者（以下稱合併營業虧損），得依所得稅法第39條但書規定，自合併營業虧損發生年度起5年（註：現為前10年）內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。……」
（二）經查，原告與其子公司於95年度及96年度依所得稅法第39條及金融控股公司法第49條規定，採連結稅制合併辦理營利事業所得稅結算申報，經復查核定該等年度合併結算申報課稅所得額分別為虧損4,146,707,574元及2,595,739,509元，嗣於100年度合併申報營利事業所得時，列報前10年（含95年度及96年度）核定合併營業虧損本年度扣除額為2,167,494,814元、尚未扣抵金額4,566,711,479元，後提出申請，更正前10年（僅含95年度）核定合併營業虧損本年度扣除額為1,583,505,736元、尚未扣抵金額0元，有95年度及96年度合併申報核定通知書（原告合併申報卷第502至503頁）、原告申報書（同前卷第2、6頁）及更正函及更正後申報書（同前卷第12、21、31頁）附卷可稽。惟經被告查得其前10年核定合併營業虧損（即95年度及96年度合併營業虧損），依財政部66年解釋函規定，應將免計入所得額之投資收益先行抵減核定虧損，併同調整子公司因股權變動改採個別申報減除依比例計算之虧損金額，故其95年度可扣除虧損應為3,757,008,197元（即95年度合併申報課稅所得額虧損4,146,707,574元－投資收益386,920,226元－子公司改採個別申報之營業虧損2,779,151元），96年度可扣除虧損則為0元（因96年度投資收益3,639,554,314元大於合併申報課稅所得額虧損2,595,739,509元），且其99年度已扣除前10年核定合併營業虧損2,286,419,446元，遂核定100年度可扣除虧損為1,470,588,751元（即95年度可扣除虧損3,757,008,197元＋96年度可扣除虧損0元－99年度已扣除虧損2,286,419,446元），此亦有99年度合併結算申報調查項目調整數額報告表（同前卷第190頁）及被告核定可抵減營業虧損明細表（同前卷第180至181頁）在卷可參。原告不服，申請復查，經被告重審復查決定以原告與其子公司於95年度合併結算申報課稅所得額虧損變更為4,199,198,874元及原告補提示其子公司元大商業銀行股份有限公司（下稱元大銀行公司）之股利收入調節表及課稅資料歸戶清單，審酌元大銀行公司95年度投資收益淨額2,957,215元為信託部代投資人投資海外基金獲配之投資收益，實際上非元大銀行公司之投資收益，並重新計算前揭子公司改採個別申報依比例計算虧損金額為2,794,401元，核定95年度可扣除虧損為3,812,441,462元〈即95年度合併申報課稅所得額虧損4,199,198,874元－（投資收益386,920,226元－元大銀行公司代投資人獲配股利2,957,215元）－子公司改採個別申報之營業虧損2,794,401元〉，變更核定原告前10年核定合併營業虧損本年度扣除額1,526,022,016元（即95年度可扣除虧損3,812,441,462元＋96年度可扣除虧損0元－99年度已扣除虧損2,286,419,446元），此有被告重新計算之可抵減營業虧損明細表（同前卷第508至510頁）及重審復查決定（同前卷第1325至1326頁）附卷可證。從而，被告以原告及其子公司95及96年度各有不計入課稅所得額之投資收益分別為383,963,011元（即投資收益386,920,226元－元大銀行公司代投資人獲配股利2,957,215元）及3,639,554,314元，惟仍屬營利事業所得，於100年度計算實際營業虧損扣抵時，為免虛增營業虧損金額，乃依財政部66年函釋將核定虧損數先減除投資收益後計算實質之營業虧損扣除額，合於前揭法律規定、函釋意旨及說明，自無違誤。
（三）原告雖主張，財政部66年函釋與所得稅法第24條第1項、第39條第1項、第42條第1項，乃至所得稅法自87年起改採兩稅合一立法建制皆相互抵觸，屬違法函釋；且隨投資事業各年度經營狀況之不同，將對投資收益產生課稅與否之差別待遇，亦非公允；又停徵之證券交易所得與免稅之土地交易所得，免稅之政策因素雖有不同，但皆無須抵減各該期之核定虧損，該函釋獨將投資收益列入虧損扣除計算，與租稅公平原則有違云云。惟查：
1、按現行所得稅法之基本建制原則，基於「量能課徵」之目標，原則上將同一稅捐主體之全部所得均納入規範，並以「綜合計算」方式為稅基量化，且適用通用稅率。只在立法政策另有考量時，才將特定種類之稅捐客體例如土地交易所得及證券交易所得以免稅或分離課稅之方式，排除在綜合課徵之範圍。而所得稅法第39條規範之盈虧互抵，在現行法制下被視為對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，在不同稅捐週期內之盈虧得以互補，其立法理由係以往年度虧損原則上不得列入本年度計算，但年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重。外國法例有將以往年度虧損後轉或前轉等方法，惟前轉使以往年度稅負不確定，且退稅手續繁瑣，殊非所宜，故本法採後轉辦法，並為建立藍色申報制度，對帳證齊全，申報正確者，予以優待。此等優惠當然必須針對「所得稅法中加總計算並適用通用稅率之綜合所得」才有意義，因此上述分離課稅之土地交易所得及免稅之證券交易所得，自然會排除在計算範圍內，此乃法理上之當然。至於轉投資收益所得部分，其在所得種類之歸屬上仍被劃歸為「營利所得」，而屬綜合計算並適用通用稅率之所得。不過因其在前階段被投資公司分配營利所得前，已課過一次營利事業所得稅，因此有「重複課徵」之問題產生，而有制定所得稅法第42條規定之規範需求，該條之規定內容，雖歷經多次變化（44年12月23日所得稅法第38條第2項規定：『前項收益，如係公司組織投資於其他事業之營利所得時，得僅以其50%數額，計入所得額課稅。』52年1月29日變更為所得稅法第42條規定：『公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益免予計入所得額課稅。』69年12月30日修正為：『公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益之80%，免予計入所得額課稅。』86年12月30日修正之現行規定，其第1項為：『公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。』），規範外觀也有「免稅」或「部分免稅」或「不計入所得額課稅」，但論之實質，以上歷次規定內容之真正規範本旨都是在「認知該等所得種類屬性應歸入『綜合計算並適用通用稅率』之一般所得」基礎下，達成「避免重複課稅」之目的。與「基於立法政策考量，針對特定種類稅捐客體之特殊性，自始將之自合併計算範圍中抽離，單獨給予免稅或單一特別稅率」之情形有別，因此在計算前後盈虧互抵時，仍應計入虧損之減項。雖所得稅法自87年起採行「二稅合一」法制後，立法者「期待」，就營利事業賺得而歸股東享有之企業獲利（所得），只課一次個人所得稅，而不重複課徵企業所得稅。然而依86年12月30日新增所得稅法第66條之6規定內容觀之、所得稅法對某些分離課稅所得稅稅款未納入可扣抵稅額範圍內、對某些稅捐主體取得股利所得排除「二稅合一」適用範圍以及轉投資收益項下仍須認列費用（此認列結果導致『扣抵稅額與其實際轉投資收益所得』比例超過所得稅法第66條第2項所定分配比例上限）法律見解之採行等稅捐稽徵實務及司法實務之法律見解，均明顯可見「二稅合一」法制不保證已繳之稅款一定可以分配予受配股利之股東扣抵，清楚說明當轉投資收益及其對應之可扣抵稅額，在留存於營利事業之內部帳戶中時，其不屬於任何特定股東所有。因此，稅捐機關對所得稅法第39條所稱「虧損」之解釋（按：即指財政部66年函釋），並不成立造成「二稅合一」規範目標之落空，以致違反所得稅法制之規範體系（最高行政法院102年度判字第111號判決意旨參照）。是而，原告主張系爭函釋有違所得稅法第24條第1項、第39條第1項、第42條第1項等規定及兩稅合一法制，抵觸租稅法律主義及法律優越原則，均無可採。
2、又依所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4規定可知，土地交易所得免納所得稅，如其交易有損失，亦不得扣除，惟另依土地稅法課徵土地增值稅，亦即土地交易所得係採取「分離課稅」之立法方式；而證券交易所得停止課徵所得稅，其損失亦不得自所得額中減除，兩者均係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象。而投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，其目的係因被投資公司已繳納營利事業所得稅，如再由投資公司將投資收益作為課稅所得合計，將產生重複課稅之情形，僅為避免重複課稅而不計入課稅所得；又兩稅合一法制下，投資收益及其對應之可扣抵稅額，在留存於營利事業帳戶中時，並不屬於任何特定股東所有，前已詳述，故留存於營利事業帳戶中之投資收益，當然屬於投資事業之所得。職是，不論在87年兩稅合一制實施前或是在兩稅合一法制下，投資收益均仍具所得屬性，惟土地交易所得及證券交易所得係基於政策考量而免稅，三者所得性質不同，適用之法令依據、立法目的及稅捐優惠效果，均屬有別，自非屬同一事物本質，尚無比附援引之餘地。故而，原告主張財政部66年函釋獨將投資收益列入虧損扣除計算而為不同之課稅待遇，與租稅公平原則有違云云，亦無可取。
3、而所得稅法第39條第1項所規範之盈虧互抵，在現行法制下屬於對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，得將其不同稅捐週期內之盈虧予以互抵，此一優惠自當以「所得稅法中加總計算之實際綜合所得」為前提，始能達其規範目的（最高行政法院106年度判字第618號判決意旨參照）。因此，依行為時所得稅法第42條第1項規定（按：即86年12月30日因『二稅合一』法制所修正），投資收益不計入當年度所得課稅，惟該投資收益本質上仍屬於營利事業之收益，如於嗣後年度計算虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，即有違課稅公平原則。況且，本案原告有所得稅法第39條「盈虧互抵」規定之適用，若一般營利事業無此規定之適用，而處於與原告相同之狀態，其轉投資收益仍然會因為與當期其他綜合計算所得相扣抵後，而無從將該轉投資收益及其「對應之被投資公司已繳稅額」分配予個人股東，這樣的結果比原告更為不利（其虧損不可在將來扣抵），卻認為是法律適用之當然結果，並無救濟機會。而所得稅法第39條規定之適用，應只能讓符合該條規定之納稅義務人取得盈虧互抵之法律利益，不能因此在「二稅合一」之適用上，讓其所受之法律處遇，比其他不適用所得稅法第39條規定者更為優越，此已超出所得稅法第39條之適用邊界（最高行政法院102年度判字第112號判決理由參照）。準此，原告主張所得稅法第39條第1項規定跨年虧損扣抵乃量能課稅原則之展現，並非租稅優惠云云，容有誤解。固原告又抗辯：依最高行政法院108年度判字第262號判決見解，納稅義務人之損失在當年度所得金額的計算上未被扣除完畢時，准許跨越年度扣除，並非租稅優惠，屬於量能課稅原則的表現，如果適用所得稅法第39條第1項所規定有限度的跨年虧損扣抵時，加以限縮解釋，恐將悖離量能課稅原則，而有違憲之虞（見本院卷2第47頁之補充理由狀內容）云云。惟查，上開判決係針對合併後存續公司，於辦理年度營利事業所得稅結算申報時，依所得稅法第39條第1項規定，列報其自身於合併前經核定而尚未扣除之前10年內虧損，遭稅捐稽徵機關以應優先適用行為時企業併購法第38條第1項規定為由，否准列報超過5年部分之虧損扣除額，循序提起行政訴訟，經高等行政法院判決駁回後，提起上訴，所為前審判決之廢棄，故僅涉及跨越年度之虧損額得否予以扣抵之問題，與本件原告所爭執者，為可扣除虧損金額之計算是否先行加回不計入課稅所得額之投資收益，情節有別，無從比附援引。故原告執此抗辯，尚非可採。
（四）原告又主張，其合併申報子公司元大證券金融股份有限公司（下稱元大證金公司）投資收益包含該子公司代投資人領取股利，實質上元大證金公司非該等股利之所得人，無須將系爭股利收入抵減95年度及96年度之合併營業虧損（見本院卷1第63至64頁之起訴狀內容）云云。惟按稅務訴訟之舉證責任分配理論與一般行政訴訟相同，即主張權利或權限之人，於有疑義時，除法律另有規定外，應就權利發生事實負舉證責任，而否認權利或權限之人或主張相反權利之人，對權利之障礙或是消滅、抑制之事實，負舉證責任，此觀諸行政訴訟法第136條準用民事訴訟法第277條之規定自明。又「當事人主張事實，須負舉證責任，倘其所提出之證據，不足為主張事實之證明，自不能認其主張之事實為真實。」改制前行政法院36年判字第16號著有判例。是納稅義務人對其主張之事實不提出證據，或所提之證據不足為其主張事實之證明者，自難為有利於納稅義務人之認定（最高行政法院103年度判字第71號判決意旨參照）。經查，本件被告係以股利憑單課稅資料歸戶清單以及原告及其子公司申報資料（兩者取其大）等為據，認定95及96年度原告合併申報各公司之投資收益合計數分別為383,963,011元（此已排除元大銀行公司信託部代收部分2,957,215元）及3,639,554,314元（按：前揭投資收益依財政部66年函釋，須先行抵減各該年度之核定合併營業虧損後，始可列報扣除所得，故為所得計算基礎之『加項』而由被告負舉證責任）。則原告對前揭投資收益其中分別有27,402元及126,878元部分，抗辯因屬於特定投資人未領取之中華開發金融控股股份有限公司、台灣水泥股份有限公司及台灣苯乙烯工業股份有限公司等之股利所得，主張元大證金公司並非所得人，而無須將此等股利抵減95及96年度之核定合併營業虧損云云，揆諸前開說明，即應由原告就該等投資收益非屬元大證金公司所有之事實，負舉證責任。然查，原告所稱以107年1月26日資稅字第18000420號函檢具之相關帳務明細（見原告合併申報卷第659頁），僅係原告或是其子公司本身自行製存之內部憑證或文件，無從徒憑此內部資料，可得證明確實有特定投資人將集保帳戶設立於元大證金公司名下，導致該等特定投資人未領取股利而以元大證金公司名義開立股利憑單。因此，原告所提以上證據，不足以證明該等投資收益非屬元大證金公司所有，則被告重審復查決定未准許原告將系爭股利所得自元大證金公司95及96年度投資收益中減除後，再抵減原告各該年度之核定合併營業虧損，難認有違誤。原告上述主張，核無足採。
五、從而，原處分（含重審復查決定）並無違法，訴願決定予以維持，核無不合。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
六、兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文中 華 民 國 110 年 4 月 22 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 楊得君
法 官 侯志融法 官 畢乃俊
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ ，亦得為上訴審訴│ 。 ││ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或││ │ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴││人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明││文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 110 年 4 月 22 日
書記官 李依穎