臺北高等行政法院判決高等行政訴訟庭第四庭112年度訴字第1250號114年5月8日辯論終結原 告 遠通電收股份有限公司代 表 人 徐旭東（董事長）訴訟代理人 余景仁 會計師
梅芳琪 律師陳毓芬 律師複 代理 人 柯宗佑 律師被 告 財政部代 表 人 莊翠雲（部長）訴訟代理人 劉旭峯
林于斐吳靜惠上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服行政院中華民國112年8月31日院臺訴字第1125010286號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定、原處分均撤銷。被告應依本院法律見解，另為適法之處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
壹、事實概要：原告於民國（下同）111年7月14日具函，以其於96年8月22日與交通部臺灣區國道高速公路局（107年2月12日改制為交通部高速公路局，下稱高公局）依促進民間參與公共建設法（下稱促參法）簽訂高速公路電子收費系統建置及營運契約（下稱系爭營運契約），受高公局委託辦理高速公路電子收費營運系統（下稱ETC系統）之建置及營運案（下稱系爭投資計畫案），經交通部以111年4月25日交路（一）字第0000000000號函（下稱111年4月25日函）認定系爭投資計畫案符合重大公共建設之交通建設及範圍，及核定原告自96年8月22日開始營運，且於110年度首度產生課稅所得，依104年12月30日修正施行之促參法第36條及99年9月23日修正施行之民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法（下稱免稅辦法）第5條規定，向被告申請自110年度起5年內免納營利事業所得稅（下稱營所稅），經被告以111年8月29日台財稅字第00000000000號函（下稱原處分）否准。原告不服，提起訴願，業經行政院112年8月31日院臺訴字第0000000000號訴願決定（下稱訴願決定）駁回，原告仍不服，遂提起本件行政訴訟。
貳、本件原告主張：
一、本件為申請許可案件，應適用原告於111年7月14日提出本件申請時之最新法令即109年5月18日修正之免稅辦法第2條規定及財政部107年2月26日台財稅字第00000000000號令（下稱財政部107年令）：
（一）原告於111年7月14日提出本件申請（參原證1），依中央法規標準法第18條「從新從優原則」、稅捐稽徵法第1條之1第1項、本院112年度訴字第200號判決及最高行政法院109年度判字第261號判決意旨，被告即應依申請時之最新法令（包含解釋函令）作成處分，即循當時最新（109年5月18日修正）之免稅辦法第2條及財政部107年令之意旨，以促參法第36條第1項及免稅辦法第2條所定之課稅所得定義，將前10年內各期虧損扣除，以計算及認定原告究竟係在何一年度「首次出現」正數之課稅所得，而非以其所稱之「舊法」（即99年9月23日修正施行之免稅辦法），或稱課稅事實完結，逕予否定最新免稅辦法第2條規定及財政部107年令於本件申請案之適用。
（二）況財政部107年令僅係在闡明促參法第36條第1項及免稅辦法第2條有關「課稅所得」之原意，依司法院釋字287號解釋及法務部101年8月29日法律字第00000000000號函釋、本院93年度訴字第3805號判決意旨，以及納稅者權利保護法（下稱納保法）第3條第3項規定，應自相關法規生效之日即有適用，非可視為事後變更實體法規，而認僅得向後適用。於解釋本件所適用之促參法第36條第1項及免稅辦法第2條規定之「課稅所得」，即須參照財政部107年令，扣除前10年內各期虧損。
二、促參法第36條第1項規定之「課稅所得」，不論循體系解釋、歷史解釋、目的解釋等法律解釋方法，本應循營所稅體系下對於「課稅所得」之定義及計算公式，而應扣除前10年內各期虧損：
（一）本於體系解釋原則，就「促參法第36條第1項規定之課稅所得」之解釋，應與「營所稅體系下之課稅所得」之概念相同，自須減除前10年內各期虧損：
１、於我國營所稅體系，「全年所得（純益額）」（營所稅結算申報書第53欄）及「課稅所得」（營利事業所得稅結算申報書第59欄），均有其固有之定義及計算方式，亦即：
課稅所得＝全年所得（純益額）－前10年內各期虧損－其他依法得減除項目；全年所得（純益額）＝本年度收入總額－各項成本費用、損失及稅捐本於體系解釋原則，於解釋促參法第36條第1項規定之課稅所得，自應減除前10年內各期虧損，方符合營所稅體系之一貫性。
２、我國營所稅結算申報書之格式，業已明白表達「全年所得（純益額）」減除「前10年內各期虧損」以及其他依法得減除項目後之餘額，為「課稅所得」，茲以原告110年度營所稅結算申報書（參原證9）為例說明如下：
（1）第6欄（營業毛利）＝第04欄（營業收入淨額）－第05欄（營業成本）。
（2）第33欄（營業淨利）＝第06欄（營業毛利）－第08欄（營業費用及損失）。
（3）第53欄（全年所得額）（純益額）＝第33欄（營業淨利）＋第34欄（非營業收入總額）－第45欄（非營業損失及費用總額）。
（4）損益及課稅所得」大項下之第59欄（課稅所得額）＝第53欄（全年所得額/純益額）－第93欄－第99欄－第101欄－第57欄－第132欄－第58欄－第55欄（前十年虧損）－第125欄－第133欄－第134欄＋第126欄。
（5）由上可知，「全年所得額（純益額）」與「課稅所得」為完全不同之概念，各有其計算公式。前10年虧損為計算課稅所得之減除項目之一。
３、上述「全年所得（純益額）」、「前10年內各期虧損」與「課稅所得」間之關係，亦可由所得稅法第64條第1項規定予以驗證：「……清算所得－依法准予扣除之以往年度核定虧損額－各項依法免計入所得之收益－各項依法免稅之所得＝清算課稅所得」。
４、據上，我國營利事業所得稅體系對於「課稅所得」已有固有、嚴格之定義及計算公式，依體系解釋原則，解釋促參法第36條第1項規定之課稅所得，自應遵循營利事業所得稅體系對於課稅所得向來固有之解釋。然被告就促參法第36條第1項規定之「課稅所得」解釋為「純益額」，未將「前10年內各期虧損」予以減除，明顯有所混淆，不符體系解釋原則，自無可採。
（二）就歷史解釋原則而言，促參法第36條第1項規定之立法理由已明白指出該條所定「有課稅所得之年度」是指「開始課稅之年度」。針對尚未扣除前10年虧損之純益額，政府無從「開始課稅」，僅於課稅所得為正數始得開始課稅。從而，促參法第36條第1項規定之「有課稅所得之年度」，自係指「純益額扣除前10年虧損之餘額為正數之年度」。
１、查89年修正施行之促參法第36條第1項規定之立法理由：「
三、重大公共建設多為民間極待興建且為配合國家經濟建設之項目，又其施工期間多較長，營運初期營收可能難以支應成本支出，需賴往後年度之盈餘以彌補初期之虧損，爰於第一項規定得自開始課稅之年度起，至多以五年為限，免給營利事業所得稅。」。可知，促參法第36條第1項規定之「有課稅所得之年度」，參照立法理由係指「開始課稅之年度」。
２、而按，所得稅法第39條規定：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」準此，凡符合會計帳冊簿據完備、經會計師查核簽證之公司（如原告），政府係就「年度純益額扣除前10年內各期虧損後之餘額後，始行課徵所得稅。另觀營利事業所得稅結算申報書之格式即此概念之體現：第60欄（本年度應納稅額）＝第59欄（課稅所得）X營所稅稅率（20%）。換言之，以原告110年度營所稅申報書為例（參原證9），僅第59欄之課稅所得（153,575,237元）為營所稅課徵標的，而第53欄之全年所得/純益額（418,332,124元）則非營所稅之課徵標的。
３、據上，自促參法第36條第1項規定之立法理由可知，該條所定「有課稅所得之年度」係指「開始課稅之年度」。而依所得稅法第39條規定以及量能課稅原則之要求，於公司帳冊完備且經會計師查核簽證之情形，政府對於「尚未扣除前10年虧損之純益額」不得開始課稅。從而，依歷史解釋原則及體系解釋原則，解釋促參法第36條第1項規定之「課稅所得」，自應以「扣除前10年內各期虧損後」仍有正所得者始屬之。依「原證6-1」之原告重大公共建設課稅所得計算表，本案重大公共建設於100年度之課稅所得為「0」，並非國家得以開始課稅之年度，自不應認以100年度為有課稅所得之年度。
（三）從目的解釋原則而言，促參法第36條第1項規定之立法理由已明示該條之立法目的之一在於「使投資之民間機構實際獲得免稅之優惠」。被告於尚未有課稅所得（無須繳納營利事業所得稅）之年度即起算免稅之租稅優惠期間，被告如此解釋將使原欲給予免稅之租稅優惠目的不達，明顯矛盾，而無可採。
１、查促參法第36條第1項規定有其所欲達成之特定政策目的，於立法理由即明揭其立法目的在於「使投資之民間機構實際獲得免稅之優惠」。一般而言，參與重大公共建設之民間機構（如台灣高鐵及原告等），因施工期較長且需投入鉅額之興建成本，於前幾年度純益額為鉅額負數之情形，實屬常見。即令於某年度開始有正數之純益額，該年度及往後數年度之純益額於扣除前10年虧損後，課稅所得及應納稅額均為0或負數，依法本即毋須繳納任何營利事業所得稅（此亦可參促參法第36條第1項規定立法理由第三點之說明）。以原告為例，原告於96年至104年度，除100年度有些微之正數8,616,540元之純益額外，其餘年度均為鉅額之負數純益額，原告固於100年度有正數之純益額，然原告於100年至104年之課稅所得（營所稅核定通知第59欄）均為0或負數（請參原證8-1），本即毋須繳納任何營利事業所得稅（該等年度營利事業所得稅核定通知第60欄（核定應納稅額）均為0）。
２、倘依被告所述於純益額為正數即啟動免稅獎勵，無待扣除虧損，無須考慮該年度是否有課稅所得或應納稅額，如此解釋勢將使立法目的落空，完全架空促參法第36條第1項規定之適用，從事重大公共建設業者根本無從享有該免稅優惠，顯不符原欲追求「使投資之民間機構實際獲得免稅之優惠」之立法目的，益徵被告主張之謬誤。
（四）綜上，不論循體系解釋、歷史解釋、目的解釋等法律解釋方法，促參法第36條第1項規定之課稅所得，解釋上均須扣除前10年內各期虧損，至99年免稅辦法第2條規定是否為完整表述，並不影響其仍須按促參法所定之基本定義予以解釋及適用。如此，則本案有課稅所得之年度應為「110年」，原告並未逾申請免稅之期限。此無論由重大公共建設專屬之角度觀之（參「原證6-1」之各年度「重大公共建設（僅含委辦服務費）課稅所得」計算表），亦或由民間機構整體之角度觀之（參「原證8-1」之各年度「民間機構整體課稅所得」計算表），本案有課稅所得之年度為110年。
三、被告將重大公共建設部門之「課稅所得計算公式」以「純益額計算公式」取代，嚴重違背會計學基本原理：
（一）原告於111年間提出之各年度分拆報表（下稱「舊版分拆報表，乙證8），其中「高速公路電子收費系統業務（下或稱「A部門」）」之收入除委辦服務費收入外，當時尚包含其他類型之收入。為配合被告對於本案重大公共建設部門之定義（亦即，被告主張本案免稅範圍僅限於委辦服務費），原告現於訴訟階段另提出「新版分拆報表」（即原證19），僅委辦服務費收入（以及可合理歸屬於該收入之成本費用）劃歸「重大公共建設部門」（下或稱「A部門」），其他類型之收入（及其餘之成本費用）則均劃歸「非重大公共建設部門」（下或稱B部門）。惟無論是舊版或新版分拆報表，重大公共建設部分均係自110年度首次有正數之課稅所得，合先敘明。
（二）被告係依舊版分拆報表（乙證8）之100年度所得分拆表「高速公路電子收費系統業務」此項目之第53欄「全年所得額（純益額）」新臺幣（下同）18,158,187元，認定本件重大公共建設部分於100年有正數（即18,158,187元）之「課稅所得」（為便鈞院檢閱，謹將100年度所得分拆表另檢附於原證15），被告顯將分拆報表中重大公共建設部門之純益額扭曲為課稅所得，並再稱原告之重大公共建設部門於100年度即有正數之課稅所得。然而，被告將重大公共建設部門之純益額強稱為課稅所得，嚴重違反基本會計學原理。
（三）分拆報表之編製原則如下：
１、各年度分拆報表（或稱拆分損益表）係仿照營所稅申報書「損益及稅額計算表」之格式，將原告公司整體拆分成「重大公共建設部門」（A部門）以及「非重大公共建設部門」（B部門）。分拆報表中A部門（倒數第2欄）、B部門（倒數第1欄）、原告整體（倒數第3欄）於各科目（如營業收入總額、營業成本及營業費用等）之定義及計算公式，均與營所稅申報書一致。
２、分拆報表各科目皆遵循「A部門數額+B部門數額＝原告整體」之定理。「原告整體」各科目數額（即分拆報表倒數第3欄）均可與各年度營所稅核定通知之對應科目數額相互勾稽。以103年度為例，103年度分拆報表「原告整體」第59欄課稅所得之數額為負的316,390,721元（參原證19之頁8），此與原告103年度營所稅核定通知（參原證21）第59欄課稅所得額所示之數額相同。又分拆報表第59欄，「重大公共建設（A部門）金額：負的261,057,395」與「非重大公共建設（B部門）金額：負的55,333,326」之總和，即為原告整體之金額（負的316,390,721）。
（四）由上可知，分拆報表之整體邏輯係將公司整體損益表上之各科目均拆分為A、B兩個部門，因此，若對於某特定科目（如第53欄純益額或第59欄課稅所得），「A部門之公式」竟與「B部門或公司整體之公式」不一致，將會造成A部門與B部門之總和不等於公司整體，而無法與營所稅核定通知相互勾稽。例如，被告將舊版100年度分拆報表第53欄重大公共建設（A部門）之純益額（18,158,187）強稱為課稅所得，則A部門是否仍有純益額，公司整體之純益額是否仍為A、B之總和，是否仍得與原告100年度營所稅核定通知之數額相勾稽？更加證明，被告將促參法第36條第1項所定之課稅所得曲解為營所稅體系之純益額，不僅有悖於各種法律解釋原則，更嚴重違反會計學基本原理，實有明顯計算錯誤之違法。
四、99年免稅辦法第2條第1款規定課稅所得係指「依所得稅法規定應被課徵營所稅之數額/標的」，即於營所稅申報書「第59欄之課稅所得」，計算上應扣除前10年虧損，以符量能課稅原則之要求：
（一）按99年免稅辦法第2條第1款規定：「本辦法用詞，定義如下：一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。」準此，99年免稅辦法第2條第1款有關「課稅所得」之定義為「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」，即指「依所得稅法規定應被課徵營利事業所得稅之數額/標的」。
（二）次按，財政部107年令所明揭：「二、民間機構依前開辦法規定計算『依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得』，應以其所參與重大公共建設之當年度所得額，減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度。減除時，應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。」。其已闡明了免稅辦法第2條第1款所定「依所得稅法規定應課徵營所稅之所得」之意涵，該課稅所得應解釋為應扣除前10年各期虧損。而於我國營所稅之體系，即指營所稅申報書「第59欄之課稅所得」（而非營所稅申報書「第53欄之尚未扣除前10年內各期虧損純益額」）。
（三）此外，縱法條以「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」之概括簡明文字表彰第59欄課稅所得之概念，於解釋適用免稅辦法第2條規定時，仍不應率以免稅辦法第2條文字未明確提及所得稅法第39條（跨年度盈虧互抵）規定即認「依所得稅法規定應課徵營所稅之所得」有刻意排除所得稅法第39條規定適用之意思。
（四）另外，由憲法法庭111年度憲判字第5號判決可知，所得稅法第39條跨年度盈虧互抵規定係「量能課稅原則」之體現，解釋上自必須扣除前年度各期虧損，始得確切表彰納稅義務人經濟上給付稅捐能力，是就課稅所得之解釋上不論係何法規，均應容許扣除前年度各期虧損，以呈現客觀淨額所得作為被課徵營所稅之標的，財政部107年解釋令即做此闡明。
（五）反而，被告對其所主張，於促參法第36條第1項規定之「課稅所得」須改以「純益額」來認定，此一差別待遇之正當理由究竟為何，被告並未提出任何法律基礎，僅一味表示應排除所得稅法第39條規定之適用云云，並無可採。即便被告稱促參法第36條第1項規定係「稅捐優惠」，未必適用所得稅法第39條規定云云，亦有論理謬誤，亦即，即便係「稅捐優惠」之情形，為何就此條文之「課稅所得」須為他解，而無須與所得稅法體系為相同解釋？用意何在？被告仍應提出正當理由，然其始終未說明採取不同處理之理由何在，其主張仍屬無據。
五、免稅辦法第2條第1款後段規定「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」，不僅為99年所新增之法律明文，更為財政部107年令明確闡釋其涵義，自不容被告於解釋及適用時得任意忽略或無視，否則即屬違背法令：
（一）被告以免稅辦法第2條第1款規定於99年9月23日之修正理由所載「參照所得稅法施行細則第三十一條規定，修正第一款課稅所得定義」等語，主張免稅辦法第2條第1款所定課稅所得之計算即「純益額」，無庸扣除前10年各期虧損云云。惟查，被告所提修正理由實仍不足以說明免稅辦法第2條第1款為法律所明文（新增）之「後段規定」（即「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」之文字）其涵義究竟為何。
（二）就此一漏未說明修正理由之部分，其乃透過財政部107年令提供明確答案，清楚闡釋：「一、促進民間參與公共建設法第36條規定，民間機構得自所參與重大公共建設開始營運後有課稅所得之年度起，最長以5年為限，免納營利事業所得稅。所稱課稅所得，依民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法第2條第1款規定，指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。二、民間機構依前開辦法規定計算『依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得』，應以其所參與重大公共建設之當年度所得額，減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度。減除時，應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。」即已清楚闡明課稅所得之計算仍應扣除前10年虧損。
觀諸文字內涵，此明顯係透過函釋針對法規所為修正理由之補正說明，明確闡釋法規文義，並非變更法規，遑論其根本無權透過函釋創設或變更法規，是被告此部分主張並不可採。
（三）據上，免稅辦法第2條第1款後段規定「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」，不僅為99年修訂時之法律明文，更為財政部107年令明確闡釋其涵義，自不容被告於解釋及適用時得任意忽略或無視。再者，回歸母法規定，促參法第36條第1項規定之立法理由已明示該條之立法目的在於「使投資之民間機構實際獲得免稅之優惠」。倘採被告對免稅辦法第2條第1款所定「課稅所得」之解釋（即指純益額，不允許扣除前10年虧損），則於納稅人仍處於初期虧損、本無課稅所得，而無須繳納營利事業所得稅之年度，僅因「純益額」為正數即應起算促參法第36條第1項規定之5年免稅租稅優惠期間，將使立法者原欲給予納稅人免稅之租稅優惠目的完全不達，此更加凸顯免稅辦法第2條第1款後段規定不容任意忽略或無視，否則有礙立法目的之實現，反而對母法造成不必要、且未經授權之限制，凌駕於母法之上，自不可採。
六、本案免稅範圍除委辦服務費外，尚應包含「遠通電收參與交通公共運輸電子票證多卡互通業務延伸事業」（下稱ETC延伸事業）：
（一）ETC延伸事業本質上應屬本重大公共建設之一環：
１、原告係與主辦機關於96年8月22日簽定系爭營運契約。於99年，鑑於國內交通電子票證有悠遊卡、臺智卡、高捷卡及原告所發行之e通卡等，造成民眾搭乘不同交通工具需準備多種不同卡片，故交通部推動「公路公共運輸多卡通電子票證整合計畫」（參原證12）。於此背景下，原告於100年4月15日依主辦機關高公局核准（參原證13）辦理ETC延伸事業，其事業內容主要為原告與交通公共運輸業者（如台鐵、公車業者、客運業者、台北捷運公司等）合作佈建可讀取原告所發行之ETC卡的新式讀卡機，使ETC客戶於搭乘公共運輸系統時，得使用ETC卡進行扣款付費，此由原告經高公局所核准之ETC延伸事業計畫書（參原證14）第2章「營運範圍」所述「待驗證完成後，本公司將分別與公共運輸業者洽談商業條款與營運範圍，營運範圍預計包括於公共運輸佈建之新式多卡通讀卡機使用高速公路電子票證扣款交易等作業事宜，及因經營多卡互通業務的相關應用、通路推廣與行銷推廣等活動。」之內容可證。
２、再者，原告之所以辦理此ETC延伸事業，完全係配合交通部之重大交通政策，且目的係為藉此增加用路人使用ETC之意願，進而提升高速公路ETC利用率，此由原告於經高公局所核准之ETC延伸事業計畫書（參原證14）前言所述「本公司為配合交通部電子票證多卡互通之政策，增進高速公路電子收費卡之多用途支付功能，大幅增加用路人便利性，進而提昇用路人使用ETC之意願並提高ETC利用率，將參與臺鐵局電子票證多卡互通業務」之內容可見一斑。因此，原告所辦理之ETC延伸事業不僅具有強烈之政策性與公益性目的，更與重大公共建設之推動（提升ETC利用率）息息相關，從而ETC延伸事業實屬本重大公共建設案之一環。
（二）被告誤解系爭免稅範圍證明書之內容，不當限縮免稅範圍：
１、查，系爭交通部核發之免稅範圍證明書（參原證7）之最後一欄重大公共建設免稅獎勵範圍載明：「一、高公局依高速公路電子收費系統建置及營運契約第7.4條電子收費委辦服務費結算及撥付原則規範，支付遠通公司委辦服務費。遠通則自行負責籌措因履行本契約所發生之規劃、設計、建置、更新、增置、汰換、營運及行銷推廣等成本費用。」及「二、上述遠通電收參與ETC系統之建置與營運，符合民間機構參與重大公共建設免納營利事業所得稅之範圍，民間機構參與重大公共建設適用免稅之所得範圍，交通建設類第十一項『智慧型運輸系統，免稅所得項目第十一項智慧型運輸系統：系統營運所得』」。
２、依前揭免稅證明書所載，首段僅係重申本BOT案之本質由原告投資新建及營運，主辦機關高公局於契約期間僅須依據雙方約定之結算及撥付原則給付委辦服務費，不再支付其他費用。原告則自負因履行契約所發生之成本及費用。第二段隨即表明適用免稅之所得範圍為「（十一）智慧型運輸系統：系統營運所得」。由此可見被告及訴願決定稱免稅範圍僅限於契約第7.4條規定高公局支付予原告之委辦服務費云云（參原證3頁22-23），不僅係出於對免稅範圍證明書內容之錯誤解讀，其將免稅範圍由「系統營運所得」變更為「ETC本業委辦服務所得」，更係不當限縮本案之免稅獎勵範圍，實不足採。
３、其次，系爭營運契約第1.2.13條（參原證4）已明定，延伸事業係指原告「利用本計畫案所設置之電子收費系統或其相關設備，辦理電子收費以外之加值服務事業」。延伸事業既係使用電子收費系統，則由此所獲得之收入，自屬於前揭免稅範圍證明書所載之「系統營運所得」。故原告經營ETC本業及ETC延伸事業之系統營運所得均屬免稅所得之範疇。
七、綜上所陳，本件原處分及訴願決定，顯有違法情事，被告以原處分駁回原告之申請實違法、無據，損害原告權益至鉅，訴願決定遞予維持，亦有違誤，原處分及訴願決定均應予撤銷，並准許原告之本件申請等語。
八、並聲明：
（一）訴願決定、原處分均撤銷。
（二）被告應依原告111年7月14日之申請，作成核定原告自110年起5年內免納營利事業所得稅之處分。
（三）訴訟費用由被告負擔。
參、被告則以：
一、原處分查明過程：
（一）依交通部核發之免稅獎勵範圍證明書，本案重大公共建設於96年8月22日已同時符合「實質投資達重大公共建設門檻」並「開始營運」，且原告參與本案得適用之免稅獎勵範圍，係以高公局依系爭營運契約第7.4條規定支付原告之委辦服務費為限。原告參與本案重大公共建設期間，應依上開行為時免稅辦法規定自開始營運之日起，逐年拆分計算其辦理重大公共建設、附屬事業及非屬重大公共建設業務之個別課稅所得，據以判斷重大公共建設有課稅所得之起始年度，並於重大公共建設有課稅所得之年度營所稅結算申報日之次日起6個月內，檢具重大公共建設之課稅所得計算表等應檢送文件向被告申請適用租稅優惠。原告於111年7月14日向被告申請自110年度起適用促參法第36條規定免納營所稅優惠時，未檢附自96年度起之各年度重大公共建設課稅所得計算表，經被告通知始於111年7月29日提供96年度至110年度重大公共建設及非重大公共建設之課稅所得拆分報表（詳乙證8）。
（二）被告依原告提供之上開各年度重大公共建設課稅所得拆分報表、96年度至109年度營所稅結算申報核定通知書（乙證1）、系爭營運契約及原告提供之主辦機關高公局核備公文（乙證2）等資料，按行為時免稅辦法第2條第1款規定，審認原告100年度屬重大公共建設部分課稅所得額為18,158,187元（非屬重大公共建設部分為虧損9,341,647元，當年度營所稅申報全年所得額8,816,540元），應自100年度即啟動5年免納營所稅之租稅優惠。又依原告提供之上開歷年課稅所得拆分報表，審視其歷年拆分重大公共建設及非重大公共建設之所得情形尚屬一致，應屬合理且足資認定其正確性。
二、本案無財政部107年令之適用：
（一）依行為時免稅辦法第2條第1款規定課稅所得之定義，指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營所稅之所得。前開規定係參照所得稅法施行細則第31條有關營利事業所得之計算規定，闡明適用免稅辦法之重大公共建設「課稅所得」計算方式及其專屬性，俾使民間機構更易理解及正確適用。
（二）被告依上開規定審認原告111年7月29日提供之拆分報表，查其重大公共建設部分自100年度起有課稅所得額，並於同年構成免稅優惠啟動3要件，應自100年度所得稅結算申報日之次日起6個月內提出申請（101年6月1日至同年11月30日），惟原告遲至111年7月14日始向被告提出免稅申請，已逾免稅辦法第5條第1項規定之申請期限，顯未盡協力及注意義務。另查原告100年度營所稅結算申報案列報全年所得額為8,816,540元，未於當年度租稅減免明細表第8頁（乙證3）或會計師查核簽證報告書揭露適用促參法第36條優惠之課稅所得及拆分資料，稅捐稽徵機關爰按其申報數核定所得額，依稅稽法第34條第3項規定，原告既未依法提起行政救濟，其100年度營所稅申報案件所得額組成科目（含重大公共建設課稅所得）即均告確定。
（三）按稅稽法第1條之1第1項規定，財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。查107年令係放寬民間機構參與重大公共建設所得額之計算，以減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度，且減除時仍應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。該令係變更行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得之實體規定，非闡明該款規定，並於109年5月18日修正免稅辦法時，將財政部107年令納入同辦法第2條第1款規定課稅所得定義，以資明確。系爭投資計畫案經被告審認原告自100年度起有課稅所得，其免納營所稅之獎勵期間至104年12月31日止，斯時尚無財政部107年令，自無從適用。
（四）綜上，財政部107年令發布時，原告100年度營所稅申報案業經核課確定在案，且未依行為時免稅辦法之申請程序提出促參法第36條免稅之申請，依稅稽法第1條之1第1項但書規定，本案無財政部107年令之適用。
三、99年9月23日修正免稅辦法第2條第1款係定明民間機構應依所得稅法拆分計算重大公共建設之所得，尚無納入同法第39條第1項但書前10年虧損扣抵規定：
（一）依據90年6月28日訂定發布免稅辦法第2條「課稅所得」之定義，係參照類同租稅優惠之獎勵民間參與交通建設條例第28條子法規「民間機構參與交通建設免納營利事業所得稅辦法」第2條規範（乙證1），定明「課稅所得」指自全年所得額中減除依法可享受減稅或免稅之所得額後之應課稅所得額。為期明確，並使民間機構更易理解重大公共建設課稅所得計算方式，99年9月23日修正免稅辦法第2條之「課稅所得」定義（乙證2），民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。上開修正規定所稱「依所得稅法規定」計算課稅所得，係參考所得稅法第24條規定營利事業所得之計算，以其收入減除成本費用損失及稅捐後之純益額與應稅所得及免稅所得計算之規定，及同法施行細則第31條，上開所得稅法第24條第1項所稱營利事業所得之計算式規定，明定民間機構應單獨計算專屬重大公共建設所得之計算方式，課稅所得指民間機構參與重大公共建設所產生之所得為正數，俾正確計算適用促參法免稅優惠之所得。該次修正並未將所得稅法第39條第1項但書規定，前10年虧損扣除納入適用促參法之重大公共建設「課稅所得」計算範疇。
（二）嗣考量重大公共建設之類型繁多及個案差異，以個別年度計算重大公共建設是否有所得，可能使變動性大之營利事業所得負擔較重，為落實促進民間機構參與重大公共建設之立法意旨，提高獎勵誘因，爰以財政部107年令放寬民間機構參與重大公共建設課稅所得計算方式，得以減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度，其減除範圍仍應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。財政部107年令係變更99年9月23日修正施行之免稅辦法第2條第1款課稅所得之實體規定，非闡明該款規定，並於109年5月18日修正免稅辦法，納入第2條第1款規定課稅所得定義，以資明確。
（三）綜上所述，上開名詞定義係配合促參法立法目的規範，財政部107年令鬆綁課稅所得定義並於109年修正免稅辦法，相關名詞之訂定皆為落實政策獎勵意旨，並考量社會發展適時滾動修正，符合租稅法律主義，本案依行為時免稅辦法並無納入所得稅法第39條第1項但書前10年虧損扣抵規定，尚無違誤。
四、免稅辦法修正前後課稅所得之規範差異：
（一）依促參法第36條第1項5年免納營所稅優惠規定及立法意旨，民間機構指依公司法設立之公司或其他經主辦機關核定之私法人，並與主辦機關簽訂參與公共建設之投資契約者（促參法第4條第1項），考量該等民間機構參與公共建設，除符合「重大」公共建設部分，可適用促參法第36條免稅規定，公共建設以外之部分可能適用其他法令之租稅優惠（例如：廢止前促進產業升級條例第9條新興重要策略性產業5年免稅），為資明確，爰90年6月28日訂定之免稅辦法第2條第1款明定「課稅所得」定義，指「自全年所得額中減除依法可享受減稅或免稅之所得額後之應課稅所得額」，即民間機構於計算該重大公共建設之課稅所得時，應將依其他法律享有減稅或免稅之所得自全年所得額減除，僅計算其經營重大公共建設之所得額。又該全年所得額係參酌所得稅法第24條及同法施行細則第31條規定計算。
（二）免稅辦法第2條第1款「課稅所得」定義於99年9月23日修正為「民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」，該次修正係參照所得稅法第24條及同法施行細則第31條規定營利事業所得之計算，以其收入減除成本費用損失及稅捐後之純益額（即收入成本配合原則），以及應稅所得及免稅所得個別獨立計算之規定，明定民間機構應就專屬於構成重大公共建設所得之營業收入、成本費用與非營業之收益及損失，單獨計算該部分應課徵營所稅之所得額，俾使民間機構更易理解及正確適用，與修正前之「課稅所得」定義實質內容並無不同，均指民間機構經營重大公共建設之所得，此與營所稅申報書格式之「課稅所得額」欄位，係全年所得額減除前10年虧損扣除額及各種依法律享有減稅或免稅所得（包含促參法第36條免稅所得）之應課稅所得，並不相同。是以，99年9月23日修正前後之免稅辦法第2條第1款課稅所得定義，均無將所得稅法第39條第1項但書規定（即前10年虧損扣除）納入計算範疇。
（三）嗣考量重大公共建設之類型繁多及個案差異，以個別年度計算重大公共建設是否有所得，可能使變動性大之營利事業所得負擔較重，為落實促進民間機構參與重大公共建設之立法意旨，提高獎勵誘因，爰以107年令放寬民間機構參與重大公共建設課稅所得計算方式，得以減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度，其減除範圍仍應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。前開107年令係變更99年9月23日修正施行之免稅辦法第2條第1款課稅所得之實體規定，非闡明該款規定，並於109年5月18日修正免稅辦法，納入第2條第1款規定課稅所得定義，以資明確。
五、被告依據99年9月23日修正發布之免稅辦法，核認原告自100年度起構成5年免稅要件尚無違誤：
租稅優惠規定如涉及實體變革，應遵循行政法實體從舊原則，就申請適用促參法第36條案件而言，當民間機構參與之公共建設構成「投資金額達重大公共建設規模」、「開始營運」且「有課稅所得」，即開啟連續5年免稅期間。據此，前開案件如遇實體法令變革時，係以其構成前開3要件之時點，作為適用修正前、後規定之準據。參據原告111年7月29日（申請時）提示之拆分報表，顯示系爭公共建設於100年度時符合「投資金額達重大公共建設規模」及「開始營運」，且依當時（即99年9月23日修正發布）免稅辦法第2條第1款定義計算之課稅所得為正數，被告爰核認該公共建設自100年度起構成開啟促參法第36條5年免稅之要件，並據以認定後續相關提出申請免稅期限等，均係依循相關規定辦理，尚無違誤。至原告主張其參與重大公共建設課稅所得之計算，適用盈虧互抵之規定，係於107年度始放寬，並於109年5月18日修正免稅辦法，納入第2條第1款規定課稅所得定義，顯晚於本案開啟免稅期間要件之構成時點，爰原告前述主張尚不足採。
六、原告主張課稅所得之計算係對促參法、免稅辦法及免稅範圍證明書之誤解，且未依規定踐行申請程序，其訴訟理由尚不足採：
（一）被告依租稅構成要件實現時免稅辦法定義之課稅所得計算規定作成行政處分，符合租稅法律主義：
原告主張其有課稅所得之年度，應以減除所得稅法第39條第1項但書規定經稅捐稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度。惟依法律實體從舊原則，租稅法規修正涉及納稅義務人稅負實體規定變動時，應依租稅構成要件實現時（即納稅義務發生時）之規定辦理。按99年9月23日免稅辦法第5條第1項規定，「實際投資達促參法重大範圍規定」、「開始營運」及「有課稅所得」為啟動民間機構適用5年免稅3要件，本案經主辦機關核定原告於96年度參與重大公共建設及開始營運，屬重大公共建設部分，自100年度即有課稅所得18,158,187元，原告得享有促參法5年免納營所稅獎勵期間應自100年起至104年止，其行為時本無財政部107年令之適用，爰本案依租稅構成要件實現時免稅辦法即99年9月23日修正施行之免稅辦法審認，並依行為時免稅辦法第2條第1款規定，計算重大公共建設課稅所得，當無違誤。
（二）原告對委辦服務費之見解，以及主張其所辦理之延伸事業屬重大公共建設一環，實屬對系爭營運契約及主辦機關核發之免稅範圍證明書所載內容之誤解：
１、重大公共建設案件採分工審認，由主辦機關核定民間機構參與重大公共建設適用免稅所得之範圍，稅捐稽徵機關復依主辦機關審認結果，核定民間機構得否適用免稅優惠及免稅所得金額。依據99年9月23日修正施行之免稅辦法第3條第1項附表（乙證3）增訂交通建設免稅所得項目（十一）「智慧型運輸系統」之「系統營運所得」，並依該營運項目特性，訂定系統營運服務費收入、系統營運提供設備之租賃與銷售收入為免稅所得之明細收入項目，又促參案件免稅項目之認定，由主辦機關依重大公共建設合約及實際營運內容，核實審認。
２、按交通部核發之免稅範圍證明書（原告提供之原證7），原告參與本案得適用之免稅獎勵範圍係高公局依系爭營運契約第7.4條規定支付原告之委辦服務費。復查前開營運契約明載原告於本公共建設案負責ETC系統之建置、營運、維護、操作及行銷服務，其經營ETC通行費收入須繳交主辦機關後，再由主辦機關依契約所載計算方式支付委辦服務費予原告（乙證7：系爭營運契約第1頁及第七章），爰前述委辦服務費即原告提供ETC系統營運服務得獲取之所得，亦即本案得適用促參法第36條規定之免稅所得。至原告主張應將其經營之延伸事業所得納入免稅範圍一節，查系爭營運契約第十二章定明，原告如欲辦理延伸事業，應事先經主辦機關書面同意，除須自行規劃並負責延伸事業之開發與經營，並須就延伸事業與重大公共建設部分收支分別列帳，倘發生虧損，亦應由其自行負責延伸事業之虧損。據此，前開契約內容可證延伸事業尚非屬重大公共建設範疇，且主辦機關核發免稅範圍證明書亦未列載多卡通票證計畫延伸事業相關所得，被告據以核認僅委辦服務費為免稅所得，並未限縮本案免稅範圍，尚無違誤。
（三）被告依原告自行提示之分拆報表核定本案重大公共建設部分自100年度起有課稅所得，啟動5年免稅獎勵期間之計算，於法並無不合：
１、營利事業辦理營所稅申報之「課稅所得額」欄位非為單一所得類型所專設之欄位，應包含重大公共建設課稅所得、附屬事業之應課稅所得額及其他與重大公共建設無關之各種應稅所得額，原告本次提示之原證5及原證6非其原提供被告審核之重大公共建設課稅所得計算表，被告依據原告於111年自行提示之分拆報表（乙證8：原告原提示之96至110年所得分拆表），審認其100年度屬重大公共建設部分課稅所得額18,158,187元，非屬重大公共建設部分為虧損9,341,647元，當年度營所稅申報全年所得（53欄）8,816,540元、前10年虧損扣除額（55欄）8,816,540元、課稅所得額（59欄）0元，經稅捐稽徵機關如申報數核定，亦即已核定重大公共建設部分於100年為有課稅所得，爰啟動5年免稅獎勵期間之計算，尚無違誤。
２、原告於112年9月25日行政訴訟起訴狀檢附之證物5、證物6及證物8，與其111年7月29日提供之原證，兩者數據不一致，經比較分析，原告111年7月29日提供之原證，已確實依規定自行逐項拆分計算重大公共建設及非重大公共建設之各項收入、成本、費用，且前後年度拆分計算所得情形相當且具一致性，而原告於行政訴訟階段中提示之證物僅列示96年度至110年度各年度重大公共建設及非重大公共建設之所得金額，未有計算依據、計算明細或相關說明，且其報表中重大公共建設及非重大公共建設所得拆分情形，屬非重大公共建設前後年度所得情形不盡相當（例如非重大公共建設營運首年純益額高達2,600餘萬元，惟往後年度卻多為虧損），且未提供足證正確拆分計算所得之資料。原告依112年行政訴訟起訴狀檢附之證物主張本案自110年度起方有課稅所得，顯臨訟補證，洵屬無據。
（四）促參法訂明重大公共建設租稅優惠之範圍及專屬性並提供延遲免稅之選擇，原告主張本案有課稅所得之年度為110年，尚無足採：
１、原告主張其經營重大公共建設有課稅所得之年度，整體營運課稅所得可能為負數或零，致無法實際享受免稅利益，顯與促參法第36條第1項立法目的相違。觀諸重大公共建設類型繁多，促參法爰訂有重大範圍門檻及免納營所稅之通用標準，並訂明民間機構適用促參法重大公共建設租稅優惠之專屬性，原告參與重大公共建設時已知前開租稅優惠範圍，不容混淆。又前開免稅優惠非參與重大公共建設之民間機構得當然自始適用，民間機構需於符合「達重大門檻」、「開始營運」及「有課稅所得」3要件之年度依法申請適用5年免納營所稅，始得享有租稅優惠；另促參法第36條第2項及免稅辦法第6條訂有延遲免稅規定，該民間機構於申請適用5年免納營所稅時應併同檢視營運情形，審慎考量延遲免稅之必要性，以享最佳免稅利益。
２、查原告參與之公共建設於96年度達重大公共建設門檻並開始營運，屬重大公共建設部分之課稅所得於100年度轉虧為盈，原告經營之「重大公共建設」既自100年度起有課稅所得，當自該年度起啟動適用5年免稅優惠措施，或得視ETC系統營運情形，依延遲免稅規定申請延遲啟動5年免稅，俾使促參法賦予之租稅優惠利益最佳化。惟原告未依行為時免稅辦法第5條第1項及第6條第1項規定提出申請，且其100年度營所稅結算申報書及會計師查核簽證報告（乙證9：原告100年度營所稅會計師查核簽證報告），亦未揭露「課稅所得」及相關拆分所得資料，原告既未依免稅辦法善盡協力義務，亦未依規定踐行申請程序，其主張自無足採，被告依規定核定本件自100年度起啟動5年免稅優惠，與促參法第36條規定及立法目的無違。
七、本案逾期提出申請，亦未於規定期間申請延遲免稅，自無適用延期免稅之權利：
（一）營利事業申請適用促參法第36條租稅優惠應踐行免稅辦法之申請程序，程序不符其實體不究。依免稅辦法第5條第1項規定，民間機構參與重大公共建設，實際投資達促參法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得者，應自所得稅結算申報日之次日起6個月內，檢具應備文件向被告申請5年免納營所稅；次依第6條第1項規定，民間機構自有課稅所得之年度起4年內得申請延遲開始免稅之期間，並於申請適用免納營所稅時，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，或於核准免納營所稅後，另備申請書敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，向被告申請核准延遲開始免稅期間，逾同條規定申請期限者，不予核准；另依第7條規定，民間機構逾第5條規定之申請期限者，得於促參法第36條規定自有課稅所得之年度起5年免納營利事業所得稅之獎勵期間內，就賸餘期間核定免稅，前揭賸餘期間自應送文件檢齊之當日起算。
（二）按原告參與之公共建設於96年度「達重大公共建設門檻」且「開始營運」，其屬重大公共建設部分之「課稅所得」自100年度為正數而有應課稅所得，促參法第36條規定啟動免稅要件於100年度皆成就，爰自該年度開啟5年免稅期間。惟查原告遲至111年7月14日始提出5年免稅申請，顯已逾行為時免稅辦法第5條第1項規定申請免稅期限（101年11月30日），且已逾租稅獎勵適用期間（100年1月1日至104年12月31日），爰無同辦法第7條賸餘免稅期間規定之適用；原告既已不得適用免稅規定，自無申請延遲免稅之權利。
（三）另倘依被告主張原告參與重大公共建設自100年度起有課稅所得，5年免納營所稅期間自100年1月1日起至104年12月31日止，如援用促參法及免稅辦法申請延遲免稅規定，開始免稅期間可延遲自103年1月1日起至107年12月31日止（乙證3），得否適用財政部107年令一節，按財政部107年令係放寬免稅辦法第2條第1款課稅所得計算方式，僅適用於該令發布時尚未構成免稅要件之案件，原告參與重大公共建設於100年度經認有課稅所得，自該年度開啟5年免稅期間，被告依實體從舊原則，按「行為時法」租稅構成要件實現時之規定，即依99年9月23日修正施行之免稅辦法第2條及第5條規定，審認原告自100年度起有重大公共建設部分之課稅所得，且原告100年度所得稅申報案件既已核課確定，其免稅期間之啟動及應依法提出申請免稅之時點亦併同確定，原告未於規定期間（103年12月31日止）未申請延遲免稅，即無法主張適用延期免稅權利，不可認自始有權可延期，影響已確定案件之核課效力及法安定性。
八、並聲明：
（一）駁回原告之訴。
（二）訴訟費用由原告負擔。
肆、兩造不爭之事實及兩造爭點：如事實概要欄所述之事實，業據提出原告111年7月14日申請書（見本院卷一第145至146頁）、交通部111年4月25日函（見本院卷一第185至186頁）、免稅範圍證明書（見本院卷一第187頁）、原告111年7月29日所提之96年度至110年度重大公共建設及非重大公共建設之課稅所得拆分報表（本院卷二第103至118頁）、原告96年度至109年度營所稅結算申報核定通知書（見本院卷二第73至86頁）、原處分（見本院卷一第147至148頁）、訴願決定（見本院卷一151至174頁）等本院卷所附證物為證，其形式真正為兩造所不爭執，堪信為真，兩造之爭點厥為：
一、本件免稅範圍是否包含ETC延伸事業？
二、107年令是否係闡明行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得之實體規定，抑或變更該款規定？109年5月18日修正免稅辦法，是否為法律變更？
三、原告於111年7月14日提出免稅申請，有無財政部107年令釋之適用？其「課稅所得」是否須扣除「前10年內各期虧損」？
四、倘須扣除「前10年內各期虧損」，則本件有課稅所得之年度為何年度？原告於111年7月14日提出免稅申請，有無逾促參法5年免納營所稅獎勵期間？
伍、本院之判斷：
一、本件應適用之法條與法理：
（一）90年10月31日修正施行之促參法第3條第1項第1款、第2項規定：「（第1項）本法所稱公共建設，指下列供公眾使用或促進公共利益之建設：一、交通建設及共同管道。……（第2項）本法所稱重大公共建設，指性質重要且在一定規模以上之公共建設；其範圍，由主管機關會商內政部、財政部及中央目的事業主管機關定之。」
（二）89年2月9日制定公布之促參法第36條規定：「（第1項）民間機構得自所參與重大公共建設開始營運後有課稅所得之年度起，最長以5年為限，免納營利事業所得稅。（第2項）前項之民間機構，得自各該重大公共建設開始營運後有課稅所得之年度起，4年內自行選定延遲開始免稅之期間；其延遲期間最長不得超過3年，延遲後免稅期間之始日，應為一會計年度之首日。（第3項）第1項免稅之範圍及年限、核定機關、申請期限、程序、施行期限及其他相關事項，由財政部會商主管機關及中央目的事業主管機關擬訂，報請行政院核定之。」
（三）以下辦法核乃執行母法（促參法第36條）之技術性、細節性行政規定，與立法意旨相符，且未逾越母法之限度，行政機關予以適用，自無違誤：
１、99年9月23日修正施行之免稅辦法第2條規定：「本辦法用詞，定義如下：一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。二、免納營利事業所得稅：指前款課稅所得，依本法第36條規定免計入民間機構課稅所得計算其應納之營利事業所得稅額。三、開始營運：指民間機構與主辦機關依本法規定簽訂之參與重大公共建設投資契約約定首次開始營運時。如因情事變更重新約定者，從其約定。四、有課稅所得之年度：指民間機構參與重大公共建設，實際投資於公共建設達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得之年度；或申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得之年度。」
２、99年9月23日修正施行之免稅辦法第3條第1項第11目、第2項規定：「（第1項）民間機構參與重大公共建設免納營利事業所得稅之範圍，以經營重大公共建設之下列所得（明細如附表）為限；經營附屬事業之所得，不適用本辦法：一、交通建設：……（十一）智慧型運輸系統：系統營運所得。……（第2項）民間機構經營重大公共建設、其附屬事業及非屬重大公共建設業務之成本費用，應分別辨認歸屬，自各相關收入中減除；其無法分別辨認歸屬者，應按重大公共建設、其附屬事業及非屬重大公共建設業務之營業收入比例分攤之。」
３、99年9月23日修正施行之免稅辦法第5條第1項第5款、第2項規定：「（第1項）民間機構參與重大公共建設，實際投資達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得者，應自所得稅結算申報日之次日起6個月內；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起6個月內，檢具下列文件，向財政部申請核准免納營利事業所得稅：……五、重大公共建設申報有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅核定稅額通知書影本。以上情形，並均應檢附該重大公共建設之課稅所得計算表。……（第2項）前項重大公共建設申報有課稅所得者，民間機構應於辦理有課稅所得之年度所得稅結算申報期間屆滿前；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起3個月內，向主辦機關申請核發前項第4款所定證明書及第6款所定機器、設備及新建主體建物清單。主辦機關應自民間機構申請之次日起3個月內核發，並副知財政部賦稅署及民間機構所在地之稅捐稽徵機關。」
４、99年9月23日修正施行之免稅辦法第6條第1項、第3項規定：「（第1項）民間機構依本法第36條第2項規定選定延遲開始免稅之期間，應自有課稅所得之年度起4年內，依下列規定向財政部申請核准延遲開始免稅；逾期申請者，除符合第3項規定外，不予核准：……（第3項）民間機構所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，如其核定稅額通知書送達之次日已逾第1項規定得申請延遲免稅之期限，或未逾該期限而賸餘期間不足3個月，得自核定稅額通知書送達之次日起3個月內，敘明自行選定延遲開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，向財政部申請核准延遲開始免稅。逾期申請者，不予核准；其經核准者，除符合第4項規定外，不得變更。」
５、99年9月23日修正施行之免稅辦法第7條規定：「（第1項）適用本辦法之民間機構未能於第5條規定期限內檢齊文件而有正當理由者，得於該條規定期限內提出補送文件之申請，並應於該條規定期限屆滿之次日起90日內補送齊全。
（第2項）民間機構逾第5條規定之申請期限或前項規定補送文件之期限者，財政部仍得於本法第36條規定自有課稅所得之年度起5年免納營利事業所得稅之獎勵期間內，就賸餘期間核定免稅。但賸餘期間不足1個月之畸零日數，不予獎勵。（第3項）前項賸餘期間，自應送文件檢齊之當日起算。」
６、109年5月18日修正施行之免稅辦法第2條第1款規定：「本辦法用詞，定義如下：一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之所得額，減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內屬於該重大公共建設之各期虧損後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。」
（四）以下函釋為執行促參法第36條之技術性、細節性內容之闡示，與立法意旨相符，且未逾越該法之限度，承理該具體個案之行政機關予以適用，自無違誤：
財政部107年令：【一、促進民間參與公共建設法第36條規定，民間機構得自所參與重大公共建設開始營運後有課稅所得之年度起，最長以5年為限，免納營利事業所得稅。所稱課稅所得，依民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法第2條第1款規定，指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。二、民間機構依前開辦法規定計算「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」，應以其所參與重大公共建設之當年度所得額，減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度。減除時，應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。三、獎勵民間參與交通建設條例第28條所稱「有課稅所得之年度」及民間機構參與交通建設免納營利事業所得稅辦法第2條第1款所定「課稅所得」，準用前二點規定。】
二、本件免稅範圍不包含ETC延伸事業：
（一）原告雖主張ETC延伸事業具有強烈之政策性與公益性目的，更與重大公共建設之推動（提升ETC利用率）息息相關，ETC延伸事業實屬本重大公共建設案之一環。且依系爭交通部核發之免稅範圍證明書（參原證7）所載，首段僅係重申本件BOT案之本質由原告投資新建及營運，主辦機關高公局於契約期間僅須依據雙方約定之結算及撥付原則給付委辦服務費，不再支付其他費用。原告則自負因履行契約所發生之成本及費用。第二段隨即表明適用免稅之所得範圍為「（十一）智慧型運輸系統：系統營運所得」。由此可見被告及免稅範圍不僅限於契約第7.4條規定高公局支付予原告之委辦服務費，且免稅範圍不應由「系統營運所得」限縮為「ETC本業委辦服務所得」。且系爭營運契約第1.2.13條（參原證4）已明定，延伸事業係指原告「利用本計畫案所設置之電子收費系統或其相關設備，辦理電子收費以外之加值服務事業」，延伸事業既係使用電子收費系統，則由此所獲得之收入，自屬於前揭免稅範圍證明書所載之「系統營運所得」，故本案免稅範圍除委辦服務費外，尚應包含ETC延伸事業云云。
（二）惟查交通部核發之免稅範圍證明書（見原證7），原告參與本案得適用之免稅獎勵範圍係高公局依系爭營運契約第
7.4條規定支付原告之委辦服務費，其並未列載「多卡通票證計畫延伸事業相關所得」。前開營運契約明載原告於本公共建設案負責ETC系統之建置、營運、維護、操作及行銷服務，其經營ETC通行費收入須繳交主辦機關後，再由主辦機關依契約所載計算方式支付委辦服務費予原告（見乙證7，系爭營運契約第1頁及第七章）；系爭營運契約第12.1條及第12.4條已明定，原告於辦理延伸事業前應事先經高公局之書面同意，及原告經營系爭投資計畫案與延伸事業之收支，應分別列帳；系爭投資計畫案電子收費之收入應專款專用，不得用以填補延伸事業之虧損或供作延伸事業之資本；如延伸事業發生虧損，原告應自行負擔該部分虧損。可知僅委辦服務費為本案得適用促參法第36條規定之免稅所得，延伸事業尚非屬重大公共建設範疇，原告主張，尚不足採。
三、107年令係闡明行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得之實體規定，非變更該款規定，109年5月18日修正免稅辦法，只是將前揭規定予以明文化，並非法律變更：
（一）被告雖主張107年令係放寬民間機構參與重大公共建設所得額之計算，以減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度，且減除時仍應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。該令係變更行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得之實體規定，非闡明該款規定，並於109年5月18日修正免稅辦法時，將財政部107年令納入同辦法第2條第1款規定課稅所得定義，以資明確。系爭投資計畫案經被告審認原告自100年度起有課稅所得，其免納營所稅之獎勵期間至104年12月31日止，斯時尚無財政部107年令，自無從適用云云。
（二）惟按「行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規之原意，固應自法規生效之日起有其適用。……」業經司法院釋字第287號解釋在案。本件財政部為促參法及系爭免稅辦法之中央主管機關，其基於職權，並為達成促進民間參與公共建設之目標，就促參法第36條及行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得規定所指「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」之不確定法律概念，發布系爭107年解釋令，闡釋【民間機構依前開辦法規定計算「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」，應以其所參與重大公共建設之當年度所得額，減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度】，核屬依行政程序法第159條第2項第2款規定，為協助下級機關或屬官統一解釋法令、認定事實，而訂頒之解釋性行政規則，符合司法院釋字第548號解釋意旨，並非法規命令，不生法律變更之問題，是109年5月18日修正施行之免稅辦法第2條第1款規定：「本辦法用詞，定義如下：一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之所得額，減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內屬於該重大公共建設之各期虧損後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。」，只是將107年令之內容予以明文化，並非法律變更，原告自得適用系爭107年解釋令，被告主張，尚無可採。
四、原告系爭免稅申請，有財政部107年令釋之適用，其「課稅所得」應扣除「前10年內各期虧損」，本件原告參與重大公共建設有課稅所得之年度應為110年，原告於111年7月14日提出免稅申請，未逾促參法5年免納營所稅獎勵期間：
（一）被告雖主張財政部107年令係放寬免稅辦法第2條第1款課稅所得計算方式，僅適用於該令發布時尚未構成免稅要件之案件，原告參與重大公共建設於100年度經認有課稅所得，自該年度開啟5年免稅期間，被告依實體從舊原則，按「行為時法」租稅構成要件實現時之規定，即依99年9月23日修正施行之免稅辦法第2條及第5條規定，審認原告自100年度起有重大公共建設部分之課稅所得，且原告100年度所得稅申報案件既已核課確定，其當年度營所稅申報全年所得（53欄）881萬6,540元、前10年虧損扣除額（55欄）881萬6,540元、課稅所得額（59欄）0元，其未申報當年度虧損扣除額（55欄）為1,815萬8,187元，尚難認定原告110年度應扣除之「前10年內各期虧損」為188,814,339元云云。
（二）惟系爭107年解釋令，只是闡釋行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得規定，並非法律變更，109年5月18日修正施行之免稅辦法第2條第1款規定：「減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內屬於該重大公共建設之各期虧損後之餘額為正數」，亦只是將107年解釋令之內容予以明文化，並非法律變更，原告自得適用系爭107年解釋令，已如前述，且依被告所陳【……原告參與之公共建設於96年度「達重大公共建設門檻」且「開始營運」，參據原告111年7月29日（申請時）提示之拆分報表，……，倘其各年度正確計算重大公共建設部分及非屬重大公共建設部分之所得，且各有課稅所得年度減除前十年虧損扣除額，則重大公共建設部分有課稅所得年度為110年度（乙證1）】（見本院卷2第73-86頁、第524頁、第547頁），則原告重大公共建設部分有課稅所得年度為110年度，其111年7月14日提出免稅申請，自未逾促參法5年免納營所稅獎勵期間。
（三）又原告100年度所得稅申報案件，其當年度營所稅雖申報「全年所得（53欄）881萬6,540元、前10年虧損扣除額（55欄）881萬6,540元、課稅所得額（59欄）0元」，但原因乃為原告當年度全年所得（53欄）只有881萬6,540元，故「前10年虧損扣除額（55欄）」申報「881萬6,540元」為已足，但不表示原告110年依行為時免稅辦法第2條第1款計算「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」時，不得減除前10年內各期虧損之188,814,339元，並因而認定「重大公共建設部分於110年度始有課稅所得」；易言之，原告100年度度營所稅申報書「前10年虧損扣除額（55欄）881萬6,540元」之申報，並不影響其依行為時免稅辦法第2條第1款適用系爭107年解釋令「（減除前10年內各期虧損之188,814,339元，因而）重大公共建設部分於110年度始有課稅所得」之結論，被告主張，尚不足採。
五、綜上，原處分以「原告不得適用財政部107年令扣除前10年虧損，原告參與重大公共建設於100年度已有課稅所得，其促參法5年免納營所稅獎勵期間為100年1月1日至104年12月31日，原告於111年7月14日提出免稅申請，已逾促參法5年免納營所稅獎勵期間」為由，否准原告系爭申請，非無違誤，訴願決定未予糾正，竟予維持，亦有未洽，均應予以撤銷，惟原告111年7月29日（申請時）提示之拆分報表（見本院卷二第103至118頁），是否已符合「各年度正確計算重大公共建設部分及非屬重大公共建設部分之所得」？是否已符合行為時免稅辦法第5條第1項第5款、第2項規定？猶待被告為實質審查後為認定，本院尚無從自為判決，是原告起訴聲明請求本院判決「被告應依原告111年7月14日之申請，作成核定原告自110年起5年內免納營利事業所得稅之處分」之部分，為無理由，應予駁回。被告應依本院法律見解，另為適法之處分。
六、兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，依行政訴訟法第195第1項、第104條，民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 114 年 5 月 29 日
審判長法 官 陳心弘
法 官 林妙黛法 官 畢乃俊
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院高等行政訴訟庭提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內補提理由書；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（均須按他造人數附繕本）。
三、上訴未表明上訴理由且未於前述20日內補提上訴理由書者，逕以裁定駁回。
四、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書（行政訴訟法第49條之1第1項第3款）。但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人（同條第3項、第4項）。
得不委任律師為訴訟代理人之情形 所需要件 (一)符合右列情形之一者，得不委任律師為訴訟代理人 1.上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備法官、檢察官、律師資格或為教育部審定合格之大學或獨立學院公法學教授、副教授者。 2.稅務行政事件，上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備會計師資格者。 3.專利行政事件，上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 (二)非律師具有右列情形之一，經最高行政法院認為適當者，亦得為上訴審訴訟代理人 1.上訴人之配偶、三親等內之血親、二親等內之姻親具備律師資格者。 2.稅務行政事件，具備會計師資格者。 3.專利行政事件，具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 4.上訴人為公法人、中央或地方機關、公法上之非法人團體時，其所屬專任人員辦理法制、法務、訴願業務或與訴訟事件相關業務者。 是否符合(一)、(二)之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出(二)所示關係之釋明文書影本及委任書。中 華 民 國 114 年 5 月 29 日
書記官 李依穎