臺北高等行政法院判決高等行政訴訟庭第一庭112年度訴字第467號112年11月30日辯論終結原 告 兆豐金融控股股份有限公司代 表 人 張兆順（董事長）訴訟代理人 張憲瑋 律師
陳惠明 會計師（兼送達代收人）被 告 財政部臺北國稅局代 表 人 吳蓮英（局長）訴訟代理人 戴玉婷
詹慶忠李佩玲上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國112年2月23日台財法字第11213900610號（案號：第11100854號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：
(一)國際證券投資信託股份有限公司（下稱原國際投信）與兆豐國際證券投資信託股份有限公司（下稱原兆豐投信）於民國96年9月17日依金融機構合併法（下稱金併法）規定以「吸收合併」方式進行合併，合併後原國際投信為存續公司，原兆豐投信為消滅公司，並將原國際投信更名為兆豐國際證券投資信託股份有限公司（下稱兆豐投信）。
(二)原告105年度採連結稅制，併同其子公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，其中1.子公司兆豐證券股份有限公司（下稱兆豐證券）列報營業成本新臺幣（下同）271,417,264,796元，經被告核定為271,384,247,319元。2.子公司兆豐投信列報前10年核定虧損本年度扣除額0元，嗣申請更正為121,421,045元，經被告核定為0元。3.合併結算申報課稅所得額21,541,139,627元，經被告核定為21,706,988,283元，併同其餘調整，核定應補稅額5,075,609元（下稱原處分）。原告不服，申請復查，遭被告以111年9月30日財北國稅法一字第1110027927號復查決定（下稱復查決定）駁回。原告對兆豐投信前10年核定營業虧損本年度扣除額部分仍不服，提起訴願，遭訴願決定駁回，猶甘未服，提起本件行政訴訟。
二、原告主張略以：
(一)司法院釋字第427號解釋係就消滅公司之虧損扣除額不得於合併後抵減作成合憲宣告，與本件存續公司抵減自身虧損扣除額不同，不得一概而論，且所揭示應以合併基準時更始計算合併後公司盈虧之論理，尚存在許多學理上之爭議，本件既已適用金併法，無依前述解釋作為限縮適用所得稅法第39條規定之依據。公司合併，合併前各公司權利義務，既由合併後公司所承受，則更始計算合併公司之盈虧於實質不符，故原則上合併前虧損應許合併後扣除。訴願決定所認，無異豎立起層層企業併購之障礙，縱要援引上開解釋，亦僅能限於合併時不再承認合併前虧損扣除額，惟合併後既已按金併法或企業併購法（下稱企併法）計算確認參與合併公司前5年依所得稅法第39條但書規定之虧損數額（即按股權比例61.72%計算合併後存續公司得扣除之虧損數額為819,568,458元），自無再與其他適用所得稅法第39條但書規定所核定虧損數額之其他營利事業加以區別，而針對合併後公司按金併法或企併法所承受所得稅法第39條但書規定計算尚未扣抵之虧損，不准適用所得稅法第39條但書盈虧互抵期限擴大至10年之理，否則將形成對相同事務為無正當理由之差別待遇，違反平等原則。被告以金併法立法前之上開解釋，認本件無所得稅法第39條但書之適用，再認金併法第17條第2項規定所適用之虧損扣除並非所得稅法第39條但書之虧損數額，將割裂金併法或企併法之立法與上開解釋之適用。
(二)本件合併時點之金併法及所得稅法得扣抵之虧損扣除年限均為5年，本件爭點在於所得稅法修法前存續公司依特別法繼受已核定之前5年虧損扣除額，得否適用所得稅法第39條第2項規定延長為10年，與被告爭執有金併法優於所得稅法之適用無涉。被告認嗣修訂之所得稅法第39條第2項規定的公司組織，係指純粹為所得稅法規範之公司組織，而武斷排除曾適用金併法抑或是企併法後之公司組織，被告此等作法完全漠視原告適用金併法在先，所得稅法修法在後之情形。又本件合併時點依金併法規定所計算承受之虧損數額，在金併法未另訂經計算承受之虧損數額於合併後應如何使用之規定情形下，依金併法第2條第2項規定，應適用所得稅法第39條規定之申報方式，既所得稅法第39條規定於本件合併後修正，並且規定得追溯適用，蓋金併法及企併法制定在前，立法者不可能有意將適用金併法或企併法所計算之虧損數額，排除於所得稅法第39條第2項延長虧損扣抵年限為前10年之範圍外，是被告主張無從依所得稅法予以延長扣抵年限，實非可採。
(三)行為時金併法第17條有關租稅措施之規定，係為避免因併購交易所移轉財產、租稅獎勵及虧損扣除額等可能產生額外之租稅負擔，給予符合租稅中立之措施，金併法修法後之扣除年限則與98年1月21日修法後所得稅法第39條虧損扣除之10年期限一致，足證立法意旨維持所得稅法虧損扣除年限，僅以股東「持股比例」計算來限縮存續公司得承受之虧損數額，除此之外，均未就合併存續機構或新設機構因併購而對自身的財產權處置有特別規定。訴願決定稱本件存續公司之虧損額非適用或準用修正前或修正後所得稅法第39條規定，實有未察。依金併法及企併法之立法意旨，此特別法之修法延宕，實屬欠缺包裹立法傳統下所生立法疏漏，財政部卻未主動發布函釋補正，請本院在權衡經濟上意義及實質課稅公平原則下重新斟酌，准予納稅義務人依金併法規定計算承受之虧損扣除額，得依修正後所得稅法第39條第2項規定延長為10年。
(四)本件合併主體於合併前後法人格未予更迭，應得援引最高行政法院108年度判字第263號判決見解，依所得稅法第39條規定給予虧損扣除，且立法機關既已依客觀淨所得原則，以10年跨期間之虧損扣除落實量能課稅原則，行政機關應依納稅者權利保護法（下稱納保法）衡量經濟實質，實不應執特別法而限縮合併存續公司之虧損扣抵年限，否則將有違反量能課稅原則而有違憲之虞。本件虧損扣除額得延長為10年之權利已於98年1月21日形成，按憲法第15條及納保法第1條規定，納稅者之財產權應予保障，實不容被告曲解法律而剝奪兆豐投信已既得享有鉅額租稅權利之財產權。
(五)並聲明：撤銷訴願決定及原處分（含復查決定）有關否准列報兆豐投信105年度前10年核定虧損本年度扣除額121,421,045元之處分。
三、被告答辯略以：
(一)原國際投信與原兆豐投信於96年9月17日以「吸收合併」方式進行合併，合併後原國際投信為存續公司，原兆豐投信為消滅公司，嗣原國際投信更名為兆豐投信。原國際投信95年度核定虧損1,327,881,495元，當年無不計入所得之股利淨額或盈餘淨額及合於獎勵規定之免稅所得，故核准扣除之虧損額為1,327,881,495元，96年合併後核准扣除之虧損扣除額應依原國際投信之原股東因合併而持有兆豐投信之股權比例計算，經重新計算合併後兆豐投信核准扣除至100年度之虧損扣除金額為819,568,458元【計算式：1,327,881,495元61.72%】，96至98年度及100年度合計核定盈餘278,563,671元，截至100年度底尚有餘額541,004,787元【計算式：819,568,458元－278,563,671元】，兆豐投信105年度列報前10年核定虧損本年度扣除額0元，嗣申請更正本項金額為121,421,045元，被告以本年度申報扣除已逾行為時金併法規定，自虧損發生年度起5年內可扣除之期限，否准認列，核定為0元。
(二)司法院釋字第427號解釋之緣由雖係對於財政部66年9月6日台財稅第35995號函疑義所為之聲請，然大法官於解釋上開財政部函之同時，亦闡明所得稅法第39條但書旨在建立誠實申報納稅制度，其扣除虧損僅適用於在可扣抵期間內未發生公司合併者，若公司合併者，則應以合併基準時更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵「合併前各該公司」之虧損，即無論係存續公司或消滅公司合併前之虧損，合併後之公司均不得扣抵。準此，本件合併後存續之兆豐投信與合併前之原國際投信並非同一公司，自不得依所得稅法第39條規定扣除合併前之原國際投信前10年內經稽徵機關核定之虧損額，如公司合併者，則應以合併基準時，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。至公司合併應否給予租稅優惠，是立法問題。依上開解釋，所得稅法第39條但書之規定之扣除虧損僅適用於可扣抵期間內，未發生公司合併者，若公司合併者，則應以合併基準時，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵「合併前各該公司」虧損，即無論為存續公司，或是消滅公司合併前之虧損，合併後公司均不得扣抵。
(三)企併法之修法目的乃因所得稅法第39條只適用於可扣除期間內未發生公司合併之情形，一旦公司有合併之情況，不論存續公司或消滅公司之虧損均於合併後無法繼續扣除，是立法以減少公司合併之租稅障礙。金融機構合併，金併法係居於優先適用特別法地位，自應優先適用，是金併法雖為租稅優惠之特別法規定，然金併法第2條並未如同其他租稅優惠特別法(例如促進產業升級條例)除規定其優先地位外，另有「較本條例更有利者，適用最有利之法律」等類似規定。依租稅法定主義，本件原告如欲以合併前之虧損扣除合併後之純益，僅能適用行為時金併法第17條第2項之規定，而行為時金併法第17條第2項既規定僅限於前5年內之各期虧損，得從當年度純益額中扣除，稽徵機關即無從將扣除營業虧損之年限，延長為修正後所得稅法第39條第1項但書規定之10年。
(四)依最高行政法院108年度大字第3號裁定可知，稅捐法定原則、量能課稅原則與客觀淨所得原則，三者位階相當，須以立法者有無特別的立法旨意為重要指標，而客觀淨所得原則在稅法上以當年度為限或能否以跨年度及跨多少年度損失扣除，則屬立法問題。關於金融機構合併後之虧損扣除，金併法相對於所得稅法為特別法，金併法有規定者從其規定，已如前述，而被告依其規定核定按各該辦理合併之金融機構股東(社員)因合併而持有合併後存續機構或新設機構股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內，從當年度純益額中扣除，並未悖離量能課稅原則及有違憲法或納保法之規定。兆豐投信股東因合併而持有合併後存續機構股權之比例為61.72%，與最高行政法院108年度判字第263號判決公司原股東持有合併後存續公司100%股權不同，應無得比附援引該判決意旨。
(五)並聲明：駁回原告之訴。
四、前揭事實概要欄所載，除後述爭點外，為兩造所不爭執，並有兆豐投信基本資料及原告申請更正函（原處分10C00408卷第305-333、370頁）、原告基本資料（原處分10C00499卷第306頁）、105年度營利事業所得稅結算暨104年度未分配盈餘合併申報書（原處分10C00499卷第1-13頁）、105年度營利事業所得稅合併結算總表（原處分10C00499卷第14-17頁）、105年度營利事業所得稅合併結算申報核定清單（原處分10C00499卷第217-225頁）、原處分、復查決定暨訴願決定（本院卷第73-101頁）在卷可稽，應可認定。本件爭點為：本件合併之虧損扣除年限，是否可適用所得稅法第39條修正增訂之10年規定？
五、本院之判斷：
(一)按修正前所得稅法第39條規定：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」又為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量企業永續經營及課稅能力的正確衡量，參照其他國家做法，於98年1月21日將上開規定得扣除「前5年」虧損，修正放寬為「前10年」虧損，列為該條之第1項，另增訂第2項規定：「本法中華民國98年1月6日修正之條文施行前，符合前項但書規定之公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢者，於修正施行後，適用修正後之規定。」另為規範金融機構之合併，擴大金融機構經濟規模、經濟範疇與提升經營效率，及維護適當之競爭環境，於89年12月13日制定公布金併法；為利企業以併購進行組織調整，發揮企業經營效率，於91年2月6日制定公布企併法。依行為時金併法第2條第1項、第2項及第4項前段：「（第1項）金融機構之合併，依本法之規定。（第2項）非屬公司組織金融機構之合併，除依本法規定外，並準用公司法有關股份有限公司合併之規定。……（第4項）本法未規定者，依其他有關法令之規定……。」（嗣於104年12月9日修正該條第2項為：
「非屬公司組織金融機構之合併，除依本法規定外，並準用企業併購法有關股份有限公司合併之規定。」並刪除第4項）及企併法第2條第2項：「金融機構之併購，依金融機構合併法及金融控股公司法之規定；該二法未規定者，依本法之規定。」等規定，可知關於金融機構之併購，金併法與金融控股公司法居於優先適用之特別法地位，該二法未規定者，則適用企併法，企併法未規定者，始適用其他法律之規定。
(二)行為時金併法第17條第2項規定：「前項合併之金融機構，虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續機構或新設機構於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該辦理合併之金融機構於合併前，經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，按各該辦理合併之金融機構股東 (社員) 因合併而持有合併後存續機構或新設機構股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內，從當年度純益額中扣除。」91年2月6日制定公布之企併法第38條第1項如同行為時金併法第17條第2項，規定：「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。」參照該企併法條文之立法理由：「公司併購前之虧損如一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，如完全許其扣除而不予限制，則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購。為配合公司藉併購提升經營績效之趨勢，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受，及基於公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致性規範，爰參照金融機構合併法第17條第2項、促進產業升級條例部分條文修正草案第15條第4項規定，於本條明定公司合併、公司與外國公司合併及公司分割得適用虧損扣除之規定。」可知立法者係為兼顧企業或金融機構合併以提昇經營效率，及避免合併專以收購虧損之企業或金融機構為目的而產生弊端，乃規定參與合併之各企業或金融機構於合併前經稽徵機關核定之前5年虧損，僅得按其等股東因合併而持有合併後存續或新設企業或金融機構股權之比例，予以扣除。是以，行為時金併法第17條第2項係特別針對金融機構合併之所得稅規定，關於金融機構合併之虧損扣除，應優先於所得稅法第39條規定而適用。
(三)再按「法規對其他法規所規定之同一事項而為特別之規定者，應優先適用之。其他法規修正後，仍應優先適用。」「法規明定自公布或發布日施行者，自公布或發布之日起算至第3日起發生效力。」分別為中央法規標準法第16條及第13條所明定。承前所述，行為時金併法第17條第2項係針對金融機構合併之虧損扣除所為特別規定，關於金融機構合併後之虧損扣除問題，行為時金併法第17條第2項應優先於為普通法之修正前所得稅法第39條但書或修正後同條第1項但書而適用。又行為時金併法第17條第2項係於104年12月9日始修正將盈虧互抵適用年限由5年延長為10年，並移列同法第13條第2項，且未如同修正後所得稅法第39條第2項，規定修正條文施行前經稽徵機關核定而尚未依法扣除完畢之虧損，得適用修正後規定予以扣除，而以同法第16條規定：「本法自公布日施行。」則金融機構之合併，如發生在104年12月9日修正後金併法第13條第2項施行前，關於各參與合併機構於合併前經稽徵機關核定之先前年度虧損應如何扣除，本諸前揭中央法規標準法條文所定法律適用原則，自應一體適用當時有效之行為時金併法第17條第2項規定，不得任意割裂適用法律，就虧損金額部分，主張應依行為時金併法第17條第2項規定，按合併後持有存續或新設機構股權之比例計算，惟就虧損扣除之年限，卻主張應按修正後所得稅法第39條第1項但書規定延長為10年，更無可能適用申報虧損扣除時尚未施行之104年12月9日修正金併法第13條第2項規定。至原告援引之立法院公報第99卷第6期委員會紀錄（98年12月31日），內容係關於當時之企併法第38條第1項應否隨同修正後所得稅法第39條第1項規定併予修正，所作討論，企併法於104年7月8日修正之第54條規定：「本法自公布後6個月施行。」依其修法理由，亦係因該法該次修正幅度較大，企業、投資機構及國人均宜有過渡時期以資因應，故增訂6個月準備宣導期間，以符實際需要，無從逕予推論行為時金併法第17條第2項於104年12月9日始行修正，係屬立法疏漏（以上參照最高行政法院111年度上字第636、951號判決意旨）。
(四)查原國際投信與原兆豐投信於96年9月17日依行為時金併法規定以吸收合併方式進行合併，合併後原國際投信為存續公司，並更名為兆豐投信，原兆豐投信為消滅公司。原告為金融控股公司，105年度採連結稅制，併同其子公司合併辦理營利事業所得稅結算申報，並於105年度列報兆豐投信前10年核定虧損本年度扣除額121,421,045元，該筆虧損扣除額係源自原國際投信前經核定之95年度虧損額1,327,881,495元，因原國際投信於96年度與原兆豐投信合併，合併後之兆豐投信依行為時金併法第17條第2項規定，將各該合併金融機構於合併前經稽徵機關核定之前5年內各期虧損，按各該合併金融機構股東因合併而持有合併後存續機構股權之比例，計算其得扣抵之虧損額，即按原國際投信股東於合併前持有股份數3,650萬股佔合併後兆豐投信總發行股份數5,914萬1,509股的比例61.72％，計算虧損扣抵數額為819,568,458元等情。是原告於105年列報兆豐投信之上開虧損扣除額，係原國際投信與原兆豐投信於96年9月17日合併前，原國際投信95年度經稽徵機關核定之虧損，惟原告未依行為時金併法第17條第2項規定，於5年內申報扣除，則原處分（即復查決定）核定為0元，並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原告雖以合併後由法人格始終同一的存續公司申報自己於合併前經稽徵機關核定的虧損扣除額，該當於修正後所得稅法第39條第1項但書有關扣抵年限10年之規定，始符平等原則云云，惟原國際投信與原兆豐投信於96年間合併時，修正後所得稅法第39條第1項但書、第2項根本尚未施行，該規定將虧損扣除年限由5年延長為10年，並非該二金融機構於合併當時所得預見，則原告上開主張並認被告未適用修正後所得稅法第39條第1項但書、第2項規定，准許其於105年列報兆豐投信於合併前已逾5年之虧損，侵害虧損扣抵權益云云，難謂有據。又原告以合併後存續之金融機構申報自身於合併前經稽徵機關核定之虧損，就虧損金額之計算方式與虧損扣除年限，得分別適用行為時金併法第17條第2項與修正後所得稅法第39條第1項但書規定為由，乃不當割裂適用法律，違反法律適用之整體性，亦難謂可採。
(五)最高行政法院108年度判字第263號判決所涉案情，乃該案被上訴人為合併後存續公司，合併後消滅公司並未持有合併後存續公司之股權，且該案被上訴人申報102年度營利事業所得稅時，列報之虧損扣除額，悉數為其本身經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年內虧損，經該判決認為此一情形，因不涉及行為時企併法第38條第1項「按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算虧損金額」之問題，且該案被上訴人於合併前後之法人格及股東結構並無更易，其將本身於合併前經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年虧損，於申報營利事業所得稅時列報扣除，與行為時企併法第38條第1項之特別規定不該當，惟仍符合所得稅法第39條第1項規定之要件，依行為時企併法第2條第1項規定，應回歸適用符合其情形之普通法，即所得稅法第39條第1項之規定。然本件原國際投信與原兆豐投信於96年9月17日以「吸收合併」方式進行合併時，原國際投信合併前股數為36,500,000股，因合併而發行新股22,641,509股，合併並更名後之兆豐投信股數為59,141,509股，故虧損可扣除數之比例為61.72%。是以，於本件情形，原國際投信與合併後存續之兆豐投信股東結構已有不同，兆豐投信係依行為時金併法第17條第2項規定，按原國際投信持有合併後存續公司股權之比例，計算可扣除之虧損金額，與前揭判決中，被上訴人持有合併後存續公司100%股權，所列報虧損扣除額均為其本身於合併前之虧損者，情形有別，自難比附援引，而認為兆豐投信列報之上開虧損扣除額，得依修正後所得稅法第39條第1項規定，自105年度純益額中扣除。
(六)綜上所述，原告前揭主張，均非可採。從而，原告訴請撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）關於否准原告列報子公司兆豐投信105年度之虧損扣除額部分，即無理由，應予駁回。
六、本件事證已臻明確，兩造其餘之攻擊防禦方法，經核與判決結果不生影響，故無逐一論述之必要，併此敘明。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 112 年 12 月 14 日
審判長法 官 蕭忠仁
法 官 林秀圓法 官 羅月君
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院高等行政訴訟庭提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內補提理由書；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（均須按他造人數附繕本）。
三、上訴未表明上訴理由且未於前述20日內補提上訴理由書者，逕以裁定駁回。
四、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書（行政訴訟法第49條之1第1項第3款）。但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人（同條第3項、第4項）。
得不委任律師為訴訟代理人之情形 所需要件 (一)符合右列情形之一者，得不委任律師為訴訟代理人 1.上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備法官、檢察官、律師資格或為教育部審定合格之大學或獨立學院公法學教授、副教授者。 2.稅務行政事件，上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備會計師資格者。 3.專利行政事件，上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 (二)非律師具有右列情形之一，經最高行政法院認為適當者，亦得為上訴審訴訟代理人 1.上訴人之配偶、三親等內之血親、二親等內之姻親具備律師資格者。 2.稅務行政事件，具備會計師資格者。 3.專利行政事件，具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 4.上訴人為公法人、中央或地方機關、公法上之非法人團體時，其所屬專任人員辦理法制、法務、訴願業務或與訴訟事件相關業務者。 是否符合(一)、(二)之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出(二)所示關係之釋明文書影本及委任書。中 華 民 國 112 年 12 月 14 日
書記官 陳又慈