臺灣臺北地方法院行政訴訟判決 102年度簡字第247號
103年1月14日辯論終結原 告 新賀斯國際有限公司代 表 人 晶昌股份有限公司指定代表人 林嘉鴻被 告 財政部臺北國稅局代 表 人 何瑞芳訴訟代理人 劉淑珍上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國102年5月15日台財訴字第00000000000號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告新賀斯國際有限公司辦理民國99年度營利事業所得稅結算申報，原列報研究與發展支出新臺幣（下同）1,272,240元及可扣抵稅額190,836元。嗣被告財政部臺北國稅局以其研發計畫經中央目的事業主管機關認定不符「高度創新」範疇，乃否准認列，核定可扣抵稅額為0元，課稅所得額仍為21,732,390元，應納稅額仍為3,694,506元，應補徵稅額190,836元。原告不服，於101年6月14日申請復查，經被告以102年2月5日財北國稅法一字第0000000000號復查決定書予以駁回復查。上開復查決定書於102年2月21日送達，原告不服，於102年3月21日提起訴願，復經財政部以102年5月15日台財訴字第00000000000號訴願決定書駁回訴願，訴願決定書於102年5月16日送達原告，原告仍不服，遂於同年7月12日提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠按「本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品
、技術、勞務或服務流程之創新活動。公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」，公司研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱研發投抵辦法）第2條訂有明文。又同辦法第3條規定「前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。」、同辦法第6條第1項規定「公司從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之研究發展費用，不在此限。」。本件原告於99年度營利事業所得稅結算申報案件，針對其研發計畫「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」，乃將從事研究發展工作之全職人員薪資、專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用及委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用，總計申報研究與發展支出金額1,272,240元，此部分金額應符合研發投抵辦法第12條之規定，得申請抵減當年度應納營利事業所得稅額。惟前揭研究與發展支出金額竟全數遭被告核定為「予以剔除」。其99年度營利事業所得稅申報核定調整法令及依據說明書，所持理由認為：原申報研發投資抵減支出金額1,272,240元，可抵減稅額190,836元，依據經濟部工業局（下稱工業局）出具貴公司99年度研究發展活動認定意見書，認為當年度研究計畫係有關現有產品或技術之經常性改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定，本年度研發支出抵減稅額予以剔除，調整後核定其研發支出可抵減稅額為零。此不合理之理由，乃起因於被告不了解事實且錯誤使用工業局及經濟部商業司（下稱商業司）非專業且違法之意見書所致，原告實難甘服，故提起行政訴訟。
㈡原告為國內知名營養食品廠商，所營之「營養醫學」事業，
在癌症及特有疾病的特殊營養配方研究上，係藉由營養處方介入各項特有疾病，如妥瑞氏症、氣喘、憂鬱症、C型肝炎、過敏性鼻炎、糖尿病、癌症等之輔助治療成效，有效提升病人的生活品質與治癒率。營養食品依國內目前法規係歸類為食品，因此原告所營事業之中央目的事業主管機關應為行政院衛生署（現為行政院衛生福利部，下稱衛生署）：按「公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵」，為研發投抵辦法第12條所明訂。有關目的事業主管機關為何，「須視該非公務機關目的事業所由成立之專業法規之管轄權規定而定。例如：私立學校法第四條規定：『本法所稱主管教育行政機關︰私立高級中等以上學校為教育部；其他私立學校，為所在地之直轄市政府或縣（市）政府。但私立高級中等學校，在直轄市為直轄市政府。』，故『私立學校及學術研究機構電腦處理個人資料管理辦法』第三條規定：『本辦法主管機關如下：國民中小學：直轄市政府教育局或縣（市）政府。高級中等學校：教育部或直轄市政府教育局。專科以上學校及學術研究機構：教育部。』。又電信法第三條規定：『電信事業之主管機關為交通部（第一項）。交通部為監督、輔導電信事業並辦理電信監理，設電信總局；其組織另以法律定之（第二項）。…』，故『電信業電腦處理個人資料管理辦法』第三條規定：『凡於中華民國境內從事電信業，而為個人資料之蒐集、電腦處理或國際傳遞及利用，應依本辦法向交通部電信總局辦理登記並取得執照。』。目前金融監督管理委員會係金融業、證券業、保險業的中央目的事業主管機關；行政院衛生署係醫療業、食品業的中央目的事業主管機關；教育部係學校的中央目的事業主管機關；交通部係電信業的中央目的事業主管機關；行政院新聞局係大眾傳播業的中央目的事業主管機關；經濟部係徵信業的中央目的事業主管機關。』，此已為法務部公開解釋。又依食品衛生管理法第2條第1項「本法所稱食品，係指供人飲食或咀嚼之物品及其原料。」、同法第7條「本法所稱食品業者，係指經營食品或食品添加物之製造、加工、調配、包裝、運送、貯存、販賣、輸入、輸出或經營食品器具、食品容器、食品包裝、食品用洗潔劑之製造、加工、輸入、輸出或販賣之業者。」、同法第9條「本法所稱主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」。原告所營之「營養醫學」事業，是不斷地透過與國內知名大學之營養醫學院所共同研究合作，以癌症及特有疾病的特殊營養配方作研究，針對營養素各種處方介入各項特有疾病之輔助治療成效為基礎，銷售營養補充品為其主要營業項目。所銷售之產品之製造、加工、調配、包裝、運送、貯存、販賣、輸入、輸出，平日皆是受國內衛生主管機關稽查管理。因此，原告為食品業，其事業所由成立之專業法規為食品衛生管理法，其中央目的主管機關應為衛生署，已清楚為法律明文規定，毋庸置疑。此在商業司於101年7月12日發文給衛生署（經商十一字第00000000000號）函中，亦清楚指出衛生署應是原告之中央目的事業主管機關；縱然衛生署於101年9月21日回函（署授食字第0000000000號函）給商業司表示其無法認定，但僅係自99年產業創新條例修法後不知由該署何單位負責相關審核，仍不影響其為食品業及原告之中央目的事業主管機關的事實。因此，原告提出研發抵減申請之食品研發活動是否符合高度創新，理應由衛生署依研發投抵辦法出具專業意見書。且被告之上級機關財政部，於訴願決定時亦未否認原告主要營業項目為食品業之主張；又食品業現行所有產品之營業行為，皆受衛生署管轄管理；而原告所有的主要產品之製造、加工、調配、包裝、運送、貯存、販賣、輸入、輸出，平日也係依規定向衛生署申請核准或報備。因此原告之中央目的事業主管機關為衛生署已很明確，並不因為原告申請研發投抵而改變其「事業創設之目的」及其目的事業主管機關。況研發投抵本具有專業性，現今國內所有食品業皆受衛生署管轄，其在食品方面之專業性也是國內目前最高的。今被告竟以國內掌管經濟發展之經濟部意見為食品專業依據，實為不妥亦不具專業，原告實難信服。又研發活動本有其專業性，非具有產業專業知識之人員無法正確研判研發內容。原告依法於申請期間內向工業局提出書面資料後，工業局本有義務將原告之研發抵減申請移交其所屬之中央目的事業主管機關即衛生署審查。然而工業局非但未將原告之研發抵減申請移交衛生署審查，更逕自審查出具非法及不專業之意見書給被告。而被告於收到不合法且不專業之意見書時，竟也未加詳究是否合法，即依此核定原告99年度營利事業所得稅並將該年度研究與發展支出金額全數「予以剔除」。嗣後原告申請復查，被告改依據商業司的意見書，亦非原告之中央目的事業主管機關衛生署所出具，不合法又不具專業性，且該司於復查期間，也同樣在未向原告提出任何書面說明要求及給予任何審查結果書表情形下，即向被告出具非專業性及非適法性之意見書。由此可知，被告在核定原告99年度營利事業所得稅該年度研究與發展支出金額時，所依據的是不合法之意見書。再者，由於原告的商品銷售係採行多層次傳銷，行業別歸類為多層次傳銷。依公平交易法第23條之4規定「有關多層次傳銷事業之報備、業務檢查、財務報表應經會計師簽證並對外揭露、對參加人應告知之事項、參加契約內容、參加人權益保障、重大影響參加人權益之禁止行為及對參加人之管理義務等相關事項之辦法，由中央主管機關定之。」，依公平交易法第9條規定「本法所稱主管機關︰在中央為行政院公平交易委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」，因此，原告平日向行政院公平交易委員會（下稱公平會）報備之項目除了多層次傳銷制度外，尚包括事業之設立、實收資本額、營業場所所在地、銷售商品之品項、價格、單位成本、用途、來源及其有關事項之管理等，都必須向公平會報備，此部分亦可由行政院101年10月22日院臺法揆字第0000000000號函及行政院102年8月23日院臺法字第0000000000號函公告「個人資料保護法非公務機關之中央目的事業主管機關」可知，其中多層次傳銷之中央目的事業主管機關為公平會。故原告於復查申請時，將公平會視為其多次傳銷行為目的之中央主管機關，乃是依產品銷售行為認定，亦屬有理。因此，原告之中央目的事業主管機關，不是就其主要營業項目而言，為衛生署；就是依其產品銷售行為而言，為公平會，兩者至為明確。絕非被告所言之經濟部為原告之中央目的事業主管機關。原告申請適用投資抵減之所以向經濟部送件，乃因現行投資抵減申請表格上註明送件地點為經濟部工業局，並不代表原告認定經濟部為原告之中央目的事業主管機關；且按行政程序法第17條「行政機關對事件管轄權之有無，應依職權調查；其認無管轄權者，應即移送有管轄權之機關，並通知當事人。」。就原告而言，經濟部僅為其投資抵減申請之送件機關，並非原告之中央目的事業主管機關。既然經濟部對原告之投資抵減案件無管轄權，就理應依法移送有管轄權之機關，此可由商業司101年6月11日經商十一字第00000000000號移送公平會函及101年7月12日經商十一字第00000000000號移送衛生署函得知，經濟部亦認為其無管轄權且非原告之中央目的事業主管機關，所以才會將原告之投資抵減案件移送其他對原告有管轄權之主管機關。然而被告卻一直認為送件機關即為中央目的事業主管機關，實有違誤。
㈢被告核定調減原告99年度研發投資可抵減支出1,272,240元
時，並未清楚告知調減理由，有違法律明確性原則：按「行政行為之內容應明確」，行政程序法第5條有明文規定。該條文的目的，即在要求行政機關為行政行為時，應該力求明確，使人民有所依循，保障人民權益，提高行政效能，增進人民對行政之信賴。然而，被告核定調減原告99年度研發投資可抵減支出金額1,272,240元時，並未清楚告知任何理由，僅告知其是依據工業局出具99年度研究發展活動認定意見書，認為原告當年度研究計畫係有關現有產品或技術之經常性改良、變更或補強等活動，不符合高度創新，但卻沒有說明研究計劃不符合高度創新的理由。而出具其所依據之認定意見書的工業局及商業司，在審查期間，也從未向原告提出任何書面說明要求，審查結束也從未給予任何審查結果書表及為何不符合高度創新之任何理由。在此情形下，原告「根本無法得知」工業局及商業司出具99年度研究發展活動認定意見書內容為何，也不知其所謂「專業判定」研究計劃是否符合高度創新的「標準」究竟為何。試問，原告完全處於未知的情況下，要如何維護自身之權益？對於日後法律的遵守，又要如何的依循？因此，被告核定調減原告99年度研發投資可抵減支出金額之處分，已明顯違反法律明確性原則，並有違憲法第15條，已嚴重侵害到人民的身家財產。
㈣原告委託國內知名大學共同研究之產學合作費用，為醫學上
對治療的最新理念之「營養醫學」研究。所研究各種新發展技術之特有疾病的特殊營養配方，對諸如妥瑞氏症、氣喘、憂鬱症、C型肝炎、過敏性鼻炎、糖尿病、癌症等之輔助治療，對於病人的生活品質與治癒率都有顯著的改善，在醫學治療癌症病患的存活率有著極大的幫助，絕對是符合高度創新性：近年來，醫學上對治療的最新理念，複合式治療已逐漸成為趨勢，尤其在美國，病症的處理除了各科協助外，合併營養素的適時介入也都成為主流觀念，這正是1980年代初期「營養醫學」被提出來的基本觀點。經全球研究報告顯示，要擁有健康的身體，必須有適當的營養、運動和睡眠。有鑒於目前全球營養品之需求逐日增加，營養醫學之疾病輔助療法之觀念，已逐日為醫學界所接受。原告99年度主要經營項目為營養保健食品銷售。而營養醫學一直是申請人推崇與宣揚的理念，因此原告除了舉辦多場健康講座與醫藥研討會以不斷推廣營養醫學外，更藉由與各大學術與醫療單位合作進行複合式與配套式營養素（包括維生素、礦物質與植化素等）的研究，幫助各種特有疾病的預防及治療，以期望解決現行特有疾病醫療成效不佳的困境，讓更多人受惠於營養醫學。而原告之所以能提升自身競爭力優於一般銷售商，乃係因原告一直致力從事在癌症及特有疾病的特殊營養配方研究活動。除了聘有專業營養醫學研發人員外，並與國內知名大學之營養醫學院所共同研究合作，致力於設計創新之產品，研究各種新發展技術之特有疾病的特殊營養配方，如妥瑞氏症、氣喘、憂鬱症、C型肝炎、過敏性鼻炎、糖尿病、癌症等之輔助治療等。本計畫研究成果論文，業已由弘光科技大學的陳伯中所長、夏滉副教授及郭志宏副教授於2013年，聯合發表刊登於著名國際期刊「Nutrients」上。該期刊自創刊後，即被收錄在對台灣高等教育、學術評鑑的一項極重要指標之SCI索引資料庫，期刊所刊載的論文，都是對未來醫療、生技、食品產業極具未來性、高度創新性的研究，對學術有一定的影響力，並能大大地增加台灣在國際舞台的能見度。原告所提出的研發投抵計畫是極具高度創新性的，絕非現有產品或技術之經常性改良、變更或補強，應屬符合產業創新條例暨相關抵減稅額之辦法。
㈤原告並聲明：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
三、被告則答辯以：㈠按「為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力，特
制定本條例。」、「為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額30%為限。」，為產業創新條例第1條第1項及第10條所明定。次按「本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品、技術、勞務或服務流程之創新活動。公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」、「前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。
為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。
」、「公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵：…中央目的事業主管機關應於受理前項申請後四個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。
…」，為行為時公司研究發展支出適用投資抵減辦法第2條、第3條及第12條所規定。
㈡原告99年度列報研究與發展支出1,272,240元（專門從事研
究發展工作全職人員之薪資764,400元＋具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用7,840元＋委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用50萬元）、其可抵減稅額190,836元及本年度准予抵減稅額190,836元，被告以其研發計畫經工業局認定不符合前揭研發投抵辦法第2條規定，核定均為0元。原告不服，主張其行業別為多層次傳銷，中央目的事業主管機關為公平會，工業局僅為原告依法申請研發投資抵減資料之送件機構，其出具研究發展活動認定意見書應不具專業性，應由中央目的事業主管機關進行鑑定是否具備研發要件，請重為妥適之處分云云。案經被告復查決定駁回其復查之申請，原告仍不服，訴願改主張其主要營業項目為食品業，其事業所由成立之專業法規為食品衛生管理法，其中央目的事業主管機關為衛生署，工業局及商業司出具之研究發展活動認定意見書應不具專業性及適法性。訴願決定略以原告主張中央目的事業主管機關為衛生署，容有誤解，遞予維持。
㈢按產業創新條例第10條規定之立法背景，係考量所得稅法第
5條營利事業所得稅稅率已由25%調降為17%，大幅降低營利事業租稅負擔，惟為協助國內企業加速產業結構調整，積極投入具關鍵性、風險性高之研發計畫，考量我國國情及目前財務狀況，故仍有實施租稅獎勵之必要，但獎勵範圍應僅限於其從事之研究發展活動，應具高度之創新，而不至於過度寬鬆，乃明定公司研發活動應具有高度之創新水準，始適用研發投資抵減，如僅為現有產品、技術或服務之改良、變更、補強等活動，非為研發投抵辦法獎勵範疇。另依據研發投抵辦法第12條明定研究發展支出適用投資抵減，係採行政機關專業分工之審查機制，公司研究發展活動須先經中央目的事業主管機關審查認定，並出具意見作為稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額之依據。本件原告申請適用投資抵減，其依研發投抵辦法第12條規定向經濟部送件，即已認定中央目的事業主管機關為經濟部，惟工業局及商業司均已出具原告研究發展活動不符合抵減辦法第2條及第3條規定，租稅上即無研發投資抵減之適用，原告主張其中央目的事業主管機關為衛生署，惟亦經該署於101年9月21日以署授食字第0000000000號函說明產業創新活動非其職掌。
㈣次按產業創新條例第10條規定，投資抵減之適用範圍、申請
期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之，而研發投抵辦法係由經濟部會同財政部所訂定，其中央主管機關即為經濟部，況食品衛生管理法第1條規定，該法係為管理食品衛生安全及品質，維護國民健康而制定，與原告申請認定其研究發展計畫是否符合研發投抵辦法第2條及第3條規定無涉。
㈤本件依商業司出具之研究發展活動認定意見書載明，原告列
報之研究發展計畫「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」，係屬現有商品、服務、技術或專門知識之改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定。原告訴稱系爭研發計畫確實具有高度創新，絕非現有產品或技術之經常性改良、變更或補強等，顯無可採。系爭研究專案既經商業司認定不符合高度創新，而非屬產業創新條例所定租稅獎勵範疇，其相關支出自不得享受抵減當年度應納營利事業所得稅額之租稅優惠，原核定否准認列洵屬有據。綜上，依首揭規定，原核定研究發展支出、其可抵減稅額及本年度准予抵減稅額均為0元並無不合，原告主張委無足採。㈥被告並聲明：駁回原告之訴。
四、本院之判斷：㈠按「本條例所稱主管機關：在中央為經濟部；在直轄市為直
轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」、「（第1項）為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限。（第2項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」，產業創新條例第3條、第10條分別定有明文。而本於產業創新條例第10條第2項之授權，產業創新條例所定之中央主管機關即經濟部乃會同財政部，於99年11月8日會銜訂定發布「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」（下稱研發投抵辦法），該辦法（即本件行為時法）第2條規定：「（第1項）本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品、技術、勞務或服務流程之創新活動。（第2項）公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」、第3條規定：「前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。」、第4條第1項：「本辦法所稱研究發展之支出，指公司研究發展單位從事前二條研究發展活動所支出之下列費用：專門從事研究發展工作全職人員之薪資。具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。」、第12條：「（第1項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵：…。（第2項）中央目的事業主管機關應於受理前項申請後四個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關認有必要時，得延長審查期間二個月，並通知公司所在地稅捐稽徵機關。」。經核上開研發投抵辦法規定，係就投資抵減適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關等事項，本於法律授權所為細節性、技術性、解釋性之補充性規定，並未逾越產業創新條例之規定暨其立法意旨，亦未增加法律所無之限制或負擔，自可為執法之依據。
㈡如事實概要欄所載之事實，除下列爭執事項外，均為兩造所
不爭執，並有原告99年度營利事業所得稅結算網路申報書、同意書、99年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、復查申請書、復查決定書及其送達證書、訴願書、訴願決定書及其送達證書、行政訴訟起訴狀在卷可稽（原處分卷第170頁至第172頁、第203頁至第208頁、第246頁至第249頁、第251頁、第330頁至第337頁；訴願卷第89頁至第95頁；本院卷第6頁以下）。
㈢茲兩造爭執所在，乃原告所主張之「評估營養處方積極介入
對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」研發計畫，是否符合研發投抵辦法第2條第2項所定「具有高度之創新」要件？原告可否依產業創新條例第10條規定就其投資於系爭研發支出金額百分之15限度內抵減當年度應納營利事業所得稅額？經查：
⒈原告係以經營日常用品等商品批發業、食品、飲料等商品
零售業、一般百貨業、國際貿易業、營養諮詢顧問業等為業，為適用投資抵減之獎勵，法第12條第1項規定，於辦理99年度營利事業所得稅結算申報（原告於100年5月31日辦理99年度營利事業所得稅網路結算申報）後之100年6月20日（工業局收文日）檢附包括系爭研發計畫資料，填具「製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書」向工業局申請認定是否符合研發投抵辦法第2條及第3條規定。嗣經工業局於100年8月10日食品產業第2次審查小組會議審查，認定上開研發計畫「有關現有產品或技術之經常性改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定」，並以100年11月4日工化字第00000000000號函知被告（另副知原告公司），被告乃據此核定原告所申報之可抵減稅額190,836元為0元。原告不服，除於101年6月14日申請復查，主張其行業別為多層次傳銷，中央目的事業主管機關應為公平會等語外，並另行於101年5月28日向工業局提出申請認定是否符合研發投抵辦法第2條及第3條規定，工業局以原告所營事業屬日常用品批發業，屬於商業司執掌業別，乃以101年6月5日工化字第00000000000號函轉商業司辦理，商業司則以原告行業別為多層次傳銷，復於101年6月11日以經商十一字第00000000000號函移請公平會辦理，然公平會以公平交易法所規範者為多層次傳銷行為之管制，相關事業之申請研究發展活動認定審核事宜，應由目的事業主管機關負責，原告申請研究發展活動認定審核事宜，屬商業司執掌範疇，乃以101年6月18日公競字第0000000000號函移還商業司辦理。商業司復以原告之研究計畫內容係屬衛生署執掌，乃以101年7月12日經商十一字第00000000000號函請衛生署辦理；又因原告申請復查後，被告就其復查理由，於101年8月24日以財北國稅審一字第0000000000號函請工業局協助查明，經工業局以101年9月7日工化字第00000000000號函併請商業司辦理，商業司再以101年9月13日經商十一字第00000000000號函併請衛生署辦理，嗣經衛生署以「食品試食臨床研究之審查及促進產業創新活動並非本屬業務執掌」為由，以101年9月21日署授食字第0000000000號函回復商業司表示「無法認定」。商業司乃就原告申請認定事項，於101年12月13日召開審查小組會議，決議「本案商品研究發展活動係屬現有商品、服務、技術或專門知識之改良、變更或補強等活動，不符合高度創新之認定」，並檢附研究發展活動認定意見書，以101年12月28日經商七字第00000000000號函知被告（另副知原告公司），被告乃據此認定意見書，駁回原告復查之申請等情，此有公司及分公司基本資料查詢列印本、99年度營利事業所得稅結算網路申報總表、99年度產業創新條例研究發展支出適用投資抵減明細表、99年度營利事業所得稅調整法令及依據說明書、製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書、工業局100年11月4日工化字第00000000000號函、前開核定通知書、復查申請書、工業局101年6月5日工化字第00000000000號函、101年9月7日工化字第00000000000號函、商業司101年6月11日經商十一字第0000000 00 00號函、101年7月12日經商十一字第00000000000號函、101年9月13日經商十一字第00000000000號函、公平會101年6月18日公競字第0000000000號函、被告101年7月12日經商十一字第00000000000號函、衛生署101年9月21日署授食字第0000000000號函、商業司101年12月28日經商七字第00000000000號函在卷可查（見本院卷第72頁；原處分卷第15頁、第94頁、第173頁、第213頁至第229頁）。
⒉按「行政法院於撤銷訴訟應依職權調查證據。」，行政訴
訟法第133條前段定有明文，此係因撤銷訴訟之當事人，分別為公權力主體之政府機關及人民，兩造間存在不對等之權力關係，且政府機關之行政行為恆具專門性、複雜性或科技性，難為人民所瞭解，且每涉公務機密，人民取得相關資料常屬不易，為免人民因無從舉證而負擔不利之效果，而有上述規定；是於撤銷訴訟，證據之提出非當事人之責任，法院依職權調查得代當事人提出，當事人固無所謂主觀之舉證責任。然職權調查證據有其限度，仍不免有要件不明之情形，故當事人仍有客觀之舉證責任，民事訴訟法第277條前段規定：「當事人主張有利於己之事實者，就其事實有舉證之責任。」，於上述範圍，依行政訴訟法第136條之規定，仍為撤銷訴訟所準用。又負擔處分之要件事實，基於依法行政原則，為原則事實者，如營利事業所得稅有關計算課稅基礎之所得，依上開規定，固應由行政機關負舉證責任；惟就稅捐免除或減免之事實，包括主張退稅請求權或稅捐優惠請求權、以及稅捐債權消滅（例如因抵銷、罹於徵收時效、免除）及請求授益處分等事實，乃例外事實，併由證據掌控或利益歸屬之觀點，則應由人民負舉證責任。本件依前開研發投抵辦法第12條規定，可知公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於規定期限內，檢附相關文件資料，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合同辦法第2條及第3條規定，中央目的事業主管機關原則上應於受理申請後4個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，可見公司所從事之研究發展活動不僅應具有高度之創新性，且應依規定流程送請中央目的事業主管機關認定，再由該機關將認定結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定，始得適用投資抵減之獎勵，是原告就此稅捐減免優惠事項，自負有舉證責任。而依前開事實可知，原告所提出申請認定之「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效」研發計畫，分別經工業局、商業司認定並不具有高度之創新性，原告復未能提出證據證明其前開研究發展計畫確實符合高度創新性而得據以主張租稅減免之優惠，被告據此將原告所列報之可扣抵稅額190,836元核定為0元，並補徵稅額190,836元，自屬有據。
⒊原告固主張工業局、商業司均非屬中央目的事業主管機關
，且不具有審查系爭研究發展計畫之專業性，被告據此核刪原告所主張之可扣抵稅額190,836元，實有違誤等語。
惟姑不論工業局、商業司之審查認定是否如原告所主張不具有專業性，原告並未能提出其前開研究發展計畫業經中央目的事業主管機關認定符合高度創新性之審查結果，乃屬事實，則被告據此核定原告所主張之可扣抵稅額為0元，本屬有據，已詳如前述。惟由上述原告申請認定是否符合研發投抵辦法第2條及第3條規定之過程可知，受理機關經濟部先是由工業局出具認定意見書，嗣後經原告申請復查後並另行向工業局申請認定是否符合研發投抵辦法第2條及第3條規定，工業局卻改移請商業司辦理，商業司受理後，先後移送公平會、衛生署辦理，經該兩機關以非屬業管事項移回商業司後，商業司方召開審查小組會議審查，可見經濟部主管局、司對於本身是否為研發投抵辦法所稱之「中央目的事業主管機關」，竟出現認定歧異甚至矛盾之情形；且經本院函請工業局、商業司提供參與審查會議相關成員學經歷背景、會議召集依據、程序等事項，工業局僅函覆表示「本局並非新賀斯公司的中央目的事業主管機關，其99年度研究發展活動是否具高度創新而適用投資抵減一節，建請貴院洽詢商業司或財政部臺北國稅局意見辦理」、「鑑於新賀斯公司之中央目的事業主管機關為經濟部商業司，本案本局已移請商業司重新審查並將認定意見書函送財政部臺北國稅局，建請貴院逕洽商業司或財政部臺北國稅局意見辦理，本局無意見」等語，始終無法提供本院上開函詢事項，此有工業局102年11月1日工化字第00000000000號函、102年11月25日工化字第00000000000號函附卷可查（見本院卷第106頁）；而商業司則函覆以：「有關新賀斯國際有限公司向本司申請研究發展投資抵減案之辦理實質審查，依批發零售業之定義及『經濟部認定商業服務業從事研究發展活動作業要點』之規定，邀集7位委員（內含本司專門委員以上1人）組成審查小組，其委員資格要件及背景為出席委員以連鎖加盟相關協會2位、零售業者代表（要點之起草委員之一）1位及企業管理系教授1位（未出席委員2位為臺灣大學工商管理學系教授及成功大學工業與資訊管理學系教授各1位），以進行該零售業之審查。本案於101年12月13日召開審查新賀斯國際有限公司申請認定99年度及100年度研究發展活動具創新性適用投資抵減案會議，審查小組置委員7人，出席5人，符合委員二分之一以上出席之條件。…本案委員就上述五項條件進行審查，經統計委員認定結果，全數認定不符合上述條件，依上述要點第9點後半段規定『審查會議應有委員二分之一以上出席，出席之委員過半數同意行之』，最後決議本案之研究發展活動『不具高度之創新』」、「本案因本司主管一般批發零售業，新賀斯國際有限公司所營事業之營業項目中亦有日常用品批發業等一般批發零售業，且經他機關…移文，…，以進行該批發零售業之審查。…。又衛生福利部前於101年9月21日署授食字第0000000000號函表示非該管領域，爰本司出具予國稅局之審查意見自以本司主管之一般批發零售業之意見，本案審查委員自無具有醫學背景得以評估該研究是否具有治療成效」等語，有商業司102年11月18日經商五字第00000000000號函及所附附表、102年12月19日經商七字第00000000000號函附卷足參（見本院卷第89頁背面至第90頁、第112頁至第113頁），可見商業司該次審查會議之成員並不具有相關審查本件系爭研究發展案之專業背景，是工業局、商業司所出具之認定意見是否可採，自非無疑。
⒋按行政機關作成之處分須其他機關參與並提供協力者，稱
之為多階段行政處分，此際具有行政處分性質者乃屬最後階段之行為，亦即直接對外生效之部分，至於先前階段之行為則仍為內部意見之交換，但此種處理原則有其缺點，即受理訴願之機關事實上難於發揮救濟功能，因最後階段之行政機關，並無從審查先前階段行政機關決定之當否，故先前階段之行為如具備：為作成處分之機關（即最後階段行為之機關，於本件即為被告）依法應予尊重，換言之，當事人權益受損害實質上係因先前階段行為所致；為先前階段之行為具備行政處分之其他要素；為以直接送達或以他法使當事人知悉者（例如以公函之副本送交當事人），則應許當事人直接對先前階段之行為，提起救濟，最高行政法院98年度判字第646號判決，亦同此意旨。
本件原告所提出之研究發展計畫是否具有高度之創新，事涉營養醫學專業認定，非被告所得審究其當否，被告自應尊重專業機關之認定；又研發計畫是否具有高度之創新，乃是由專業審查機關就個案事實所為之專業決定，且因其決定涉及申請人得否依規定適用投資抵減之獎勵，其認定具有行政處分各項要素特徵（參見行政程序法第92條第1項規定），並無疑義；且前開工業局、商業司認定意見書均以副本方式通知原告，則揆諸上開說明，原告自得對工業局、商業司上開認定意見提起行政救濟。至原告所提之「製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書」固均記載：「本局對公司研究發展計畫所認定之結果並非行政處分」等語（見原處分卷第215頁、第220頁），惟此純屬行政機關片面意見，自不拘束法院。又上開認定意見書既屬於行政處分，原告本應依法定期限提起行政救濟，惟因上開申請書所為之錯誤教示，難認原告未提起行政救濟具有可歸責因素，故原告非不得依訴願法第15條規定申請回復原狀，或依行政程序法第128條規定申請行政程序重新進行，附此敘明。
五、綜上所述，原告主張本件原處分違法，尚無足採，從而被告對原告所為之補稅處分並無違法，訴願決定予以維持，核無不合。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法及聲明陳述，於判決結果無影響，爰不逐一論列，附此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 103 年 1 月 29 日
行政訴訟庭 法 官 李明益
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本），逾期未提出者，勿庸命補正，即得依行政訴訟法第245條第1項規定以裁定駁回。上訴理由應表明關於原判決所違背之法令及其具體內容，或依訴訟資料可認為原判決有違背法令之具體事實。
中 華 民 國 103 年 1 月 29 日
書記官 巫孟儒