臺灣桃園地方法院行政訴訟判決 101年度簡字第56號
103年12月8日辯論終結原 告 台灣潤霸股份有限公司代 表 人 林士桂（清算人）訴訟代理人 謝智硯律師複 代理人 唐德華律師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 李慶華訴訟代理人 簡素珍上列當事人間營利事業所得所得稅事件，原告不服財政部101 年6月12 日台財訴字第00000000000 號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定、原處分（含復查決定）均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
壹、管轄程序部分
一、按適用簡易訴訟程式之事件，以地方法院行政訴訟庭為第一審管轄法院；因不服行政機關所為新臺幣四十萬元以下罰鍰處分而涉訟者，除本法別有規定外，適用本章所定之簡易程序。民國一００年十一月二十三日公修正、一０一年九月六日施行之行政訴訟法第二百二十九條第一項、第二項第二款，分別定有明文。
二、又按修正行政訴訟法施行前已繫屬於高等行政法院之簡易訴訟程式事件，於修正行政訴訟法施行後，尚未終結者：由高等行政法院裁定移送管轄之地方法院行政訴訟庭，依修正行政訴訟法審理。其上訴、抗告，適用修正行政訴訟法之規定。行政訴訟法施行法第三條第一項第一款定有明文。
三、查本件屬行政訴訟法施行前已繫屬於高等行政法院之簡易訴訟程式事件，於修正行政訴訟法施行後，尚未終結者，且係不服行政機關所為新臺幣四十萬元以下罰鍰處分而涉訟者。
自應由本院依修正行政訴訟法審理之，合先敘明。
貳、程序及實體部分
一、事實概要：
（一）緣原告與劦鵬公司簽訂「專利授權合約」，授權產品為「自動注脂器」，中華人民共和國專利證號第 353354 號，該專利前經原告於八十七年十一月三十日向中國大陸申請專利，經審核後於八十八年九月十一日授予原告該專利權，故原告為研發系爭專利權之相關費用已於八十八年九月十一日前認列，又該專利權因已註冊登記，是劦鵬公司為生產自動注脂器須與原告簽約，始能投入生產。依該合約所載，劦鵬公司為生產授權產品自動注脂器須分別支付「專利權利金」及「技術權利金」，其中「專利權利金」五百萬元部分，約定於簽約時給付百分之六十，待劦鵬公司設廠完畢開始投產後七日內給付百分之四十（自簽約日起一百八十日內為限給付完成），且明訂本權利金原告不予退還，另「技術權利金」部分，劦鵬公司承諾每年最低給付原告二萬五千台，每台二十元人民幣之技術權利金，依合約書協議，原告已於九十一年即取得專利權利金二百萬元（九十年取得三百萬元）。惟劦鵬公司於輔經授權後，即發現原告違反禁止「重複授權」之合約規定，而依合約第七條第十項提起「懲罰性違約金」民事訴訟，案經三審及發回訴訟，終經最高法院九十八年度台上字第三五號民事裁定駁回原告之訴，確定原告應給付劦鵬公司五百萬元。
（二）原告於九十一年度營利事業所得稅結算申報，列報全年所得額新臺幣（下同）八萬六千七百六十七元，被告機關初查暫按其申報數核定。嗣被告依據檢舉及查得上述確定判決之各審訴訟判決等資料，認定原告漏報取自劦鵬實業有限公司（以下簡稱劦鵬公司）營業收入二百萬元，重行核定全年所得額五十二萬六千七百六十七元，應補稅額十萬八千六百七十六元，並按所漏稅額十萬八千六百七十六元處一倍之罰鍰計十萬八千六百七十六元，惟財政部於一０三年四月十六日已修正倍數參考表，經審酌原告違章情節及應受責難程度，並依修正後之倍數參考表，按系爭漏稅額十萬八千六百七十六元改處零點八倍罰鍰八萬六千九百四十元。原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願亦遭駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告訴之聲明與主張之理由（略以）：
（一）訴之聲明：
1.原處分、復查決定及訴願決定均撤銷。
2.訴訟費用由被告負擔。
（二）權責發生制為會計入帳紀錄方式之一，應以持續存在並繼續經營之公司者為適用對象，若屬清算中公司即應有所調整適用，以符法度。從而，原告公司既已於九十四年間結束營業，甚至已完成清算程序，業已不宜採用權責發生制，而僅得適用收付實現制為妥。且按所得稅法第一條、第二條、第三條第二項，及司法院釋字第三七七號解釋理由書意旨（略以）：「認定所得歸屬年度有收付實現制與權責發生制之分，無論何種制度均利弊互見，如何採擇，為立法裁量問題」等規定，綜合所得稅及營利事業所得稅皆同受所得稅法之規範，且同屬中華民國所得稅法上之課徵客體，故綜合所得稅與營利事業所得稅間具有本質上相同，自不待言。
（三）再者，依所得稅法第二十二條第一項規定：「會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制，其非公司組織者，得因原有習慣或營業範圍狹小，申報該管稽徵機關採用現金收付制」，以及釋字第七二二號解釋理由書要旨（略以）：「憲法第七條規定人民之平等權應予保障。法規範是否符合平等權保障之要求，其判斷應取決於該法規範所以為差別待遇之目的是否合憲，其採取之分類與規範目的之達成間，是否存有一定程度之關聯性而定」、「系爭規定之目的在放寬經營較具規模且會計事項較為複雜，以及收入有跨年度延後收款之執行業務者之所得計算方式，使其有選擇權責發生制之權。然此目的無法以經營型態及業務收入之方式作為分類而達成。系爭規定未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜，而與公司經營型態相累之單獨直行業務者在內，其差別待遇之手段與目的之達成間欠缺合理關聯，於此範圍內，與憲法第七條平等原則之意旨不符」。依釋字第七二二號解釋意旨，會計基礎制度之採擇上，須以達成維護租稅正義原則以及納稅義務人財產權之保障為目的，故單獨執行業務者經營規模與公司相類者，基於憲法第七條平等原則之要求，亦得採權責發生制。反之，清算中之公司與經營中之公司無法比擬，卻仍與持續經營之公司同樣適用權責發生制，實有違憲法第七條平等原則之要求。被告機關應以實質經濟事實關係及所生實質經濟利益之歸屬與享有為據，作成課稅決定，始符實質課稅原則之要求，惟原告既無實質收益，無由予以課稅。適用釋字第七二二號解釋意旨下，縱認營利事業所得稅採權責發生制，但仍有差別待遇即收付實現制得以適用，然適用差別待遇之前提，同樣須將經營型態與業務收入納入考量，據此，營利事業所得稅固以權責發生制為採，但非屬硬性規定，仍須斟酌個案的經營型態與業務收入而異其適用，故原告既無營運，復無複雜會計項目發生，適用權責發生制已無實益，從而依收付實現制不僅與租稅正義原則之維護無違，更有助於原告財產權之保障。
（四）又收付現實制與權責發生制兩者間並非硬性分別適用於綜合所得稅以及營利事業所得稅，應依個案情形所需而採擇一適用之。而權責發生制係依據「持續經營」此項基本原則之前提來正確劃分不同會計期間之資產、收入、負債、費用等會計要素之歸屬，並運用應收、應付、預提、待攤等項目來紀錄由此形成之資產與負債等會計要素。是若企業本身無法持續經營，權責發生制是否仍可正確反應企業實際之財務收支狀況，則不無疑問。從而，稅法學者陳清秀教授對此亦認為：「在此如果營利事業虛盈實虧，因財務會計與稅務會計之差異，被課徵營利事業所得稅之後，實際上並無盈餘可供分配，然而其股東仍須以其營利事業業經核定之所得額，扣除繳納營利事業所得稅後之餘額，為應分配或應得盈餘數額，課徵所得稅。在此不僅合夥營利事業有此問題，在公司解散清算之情形，也可能發生相同問題，亦即出現無所得而被課徵所得稅之現象，似與所得實現原則有違，亦不符合量能課稅原則」。換言之，非所有營利事業所得稅皆應一律適用權責發生制，課稅機關尚須衡量個案公司有無持續經營之情，倘公司業已結束營業進行清算者，實無持續經營之情，則已無法透過權責發生制之適用，而達成租稅正義原則之維護以及納稅義務人財產權保障之目的，故如清算公司於會計制度應以收付實現制作為會計入帳紀錄方始為妥適。
（五）細繹系爭個案，本案原告早於九十四年度即結束企業經營，進入清算程序，業已非屬持續經營之型態，實已無任何複雜會計項目發生之可能，系爭數額亦無法於該年度之公司會計帳冊上作調整，足認清算公司與存續公司尚屬有間，實不應將清算中之原告公司視為存續公司而為處理，倘仍以權責發生制作為清算公司的會計入帳基礎，則無法利用上述會計項目作為因應與調整，故如適用權責發生制，難謂妥適。惟被告卻在原告公司結束營業已無法調整會計帳冊之情況下，仍堅持原告須先行繳納稅金，復再另行辦理退稅事宜。然縱使有調整會計帳冊一途，惟對於不存在之企業，應如何實行退稅即產生法律規定與實際情況脫節之疑義，且被告機關逕依權責發生制為認定之舉，不僅未能維護租稅正義原則，更有害於納稅義務人之財產權保障。視本案之具體情形不宜採用權責發生制，反之，應基於平等原則而採更妥適之收付實現制。綜上，被告機關一再陳稱原告對於現行所得稅法制度下之個人綜合所得稅與營利事業所得稅間之規範有所混淆，顯係對所得稅法之立法目的有所誤解，從而未就個案之情形加以衡量，於法洵不足採。
（六）被告機關未審酌原告公司之實際情況而逕為處分，悖於實質課稅原則及比例原則。詳言之，原告公司已將五百萬元權利金悉數返還訴外人劦鵬公司，亦即實質上並無此筆營業收入，被告不應遽以課稅。再者，原告公司早於九十四年結束營業，清算程序甚已完成，若被告機關再為應納稅捐之決定及罰鍰之裁處，並無法達成所得稅法之目的。分敘如下：
1.按稅捐稽徵法第十二條之一規定，其條文內容皆屬實質課稅原則之明文，且其立法理由亦表示（略以）：「依據獎勵投資條例第二十七條所謂『非已有價證券買賣為專業者』，應就營利事業實際營業等情形，核實認定。另據該法施行細則第三十二條與相關判例，租稅法所重視者，係應為足以表徵納稅能力之經濟事實，非僅以形式外觀之法律行為或關係為依據。故在解釋適用稅法時，所應根據者為經濟事實，不僅止於形式上之公平，應就實質經濟利益之享受者予以課稅，始符合實質課稅及公平課稅之原則。實質課稅係相對於表見課稅而言。依私法秩序所生利益之變動，循私法上形式，以利益取得人之名義判斷租稅法律關係之歸屬，視為表見課稅主義，或稱表見課稅之原則。若所得之法律上歸屬名義人與經濟上實質享有人不一致時，於租稅法律之解釋上，毋寧以經濟上實質取得利益者為課稅對象，斯為實質課稅主義或稱實質課稅之原則。實質課稅原則是稽徵機關課稅之利器，納稅義務人往往質疑稽徵機關有濫用實質課稅原則，造成課稅爭訟事件日增，為疏減訟源。爰參照司法院釋字第四百二十號解釋及最高行政法院八十一年判字第二一二四號，以及八十二年判字第二四一０號判決意旨，增訂本條文，規範稽徵機關應就實質上經濟利益歸屬享有的要件事實，負舉證責任，方符租稅法律主義之要義」。及依大法官釋字第四二十號解釋理由書之內容（略以）：「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之」等語觀之，所謂實質課稅原則係指在稅法之解釋及課稅要件事實之認定上，如有發生所謂「法律形式、名義或外觀」與「真實、實態與經濟之實質」有所差異之情形時，著重實質更甚於形式，以此作為課稅基礎之原則。
2.再參照國內外學者對於實質課稅原則之闡述，如德國稅法學者 Liebisch 認為：「租稅法所規律者乃行為之實質，而非行為之外觀」。學者黃茂榮（現為大法官）認為：「稅捐體系之建構上，以稅捐法定主義為其形式的原則，以量能課稅原則為課稅之實質原則。量能課稅其實就是實質課稅之精神所在，因此量能課稅原則事實上即等於實質課稅原則」。又學者陳清秀亦認為：「實質課稅原則指有關稅法之解釋與適用，應以實際上經濟事實關係及其所產生之實質經濟利益為準，而非依照事實外觀形式判斷。也就是假裝的表見事實，與在法律適用上背後所隱藏之真實法律事實不一致時，應對於法律適用背後所隱藏之真實法律事實，進行稅法之解釋與適用。」。因此，由學者對於實質課稅原則之闡述可知，稅捐稽徵機關應就納稅義務人是否應與課稅，除了負實質舉證責任外，尚須說明何以認定納稅義務人基於實質上經濟利益之享有者，方符實質課稅原則之精神。
3.承上，被告機關於執行職務時，應本於實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬，判斷原告公司於具體個案情形是否有實質所得，進而決定是否應予課稅，以達實質課稅原則。原告公司與劦鵬公司簽訂專利授權合約，已遭最高法院認定係屬法律上「重複授權」而為無效，需將五百萬元權利金返還劦鵬公司，故原告實質上並無此筆營業收入，以「實質經濟事實關係」觀察，可知原告事實上並未因本件交易而於財產上有所增益。易言之，被告認定原告公司是否有實質所得時，應以實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬與享有為依據。另在稅法之解釋及課稅要件事實之認定上，如有發生所謂「法律形式、名義或外觀」與「真實、實態或經濟的實質」有所差異之情形時，應著重實質更甚於形式，據此作為課稅原則之基礎，方符實質課稅原則之精神。準此，原告公司既無營業收入，遑論有營利事業所得稅課徵之問題，自屬當然。詎料，行政機關卻未細究實質課稅原則及系爭個案情事，而僅以形式判斷，逕認原告有營業收入並有納稅義務，未詳盡調查實質所得及所得歸屬年度等證據，顯然有悖於實質課稅原則之旨，容有違誤。
3.尤有進者，國家在實施公權力之作為，要求「方法與目的」之均衡，以保護人民之權利免於遭受國家之過度侵害，又稱「禁止過度原則」。比例原則係調和行政裁量權與人民權利之同時並存，故在干涉行政領域採取最嚴格之審查標準，且依行政程序法第七條規定，行政行為應依比例原則為之，其中關於適合性，即採取之方法應有助於目的達成（目的正當）。綜上，行政機關之行為應有助於目的之達成，蓋系爭所得稅法第一百一十條之目的在於防止行為人迴避租稅稽徵，避免行為人因此不當得利，而予以行為人警惕，而被告機關於系爭個案所採之方法是否有助於達成渠等目的，容有疑義。況原告與劦鵬公司於九十年十二月六日簽有專利授權合約，並於九十二年度未結束前即發生重複授權之爭議，雙方進行之民事訴訟尋求紛爭解決，直到九十八年始告確定。然原告卻早於九十四年結束經營，行清算程序，業已無法於公司會計帳冊上進行調整。是原告於上開民事訴訟判決確定前並無法確定該所得是否應予稽徵，故其實無迴避稽徵之故意。再者，原告需將五百萬元之權利金返還劦鵬公司，因此亦無實質上之利得，遑論藉此有不當得利之可能，故被告機關遽認原告未盡納稅之責而逕為罰鍰之裁處，並無法遂行上開所得稅法之目的，亦即採取之方法應無助於目的之達成，而不具有正當性，與比例原則有違，具有認事用法之違誤。
（七）原告公司於劦鵬公司間五百萬元之授權金及違約金係屬同筆損失，基於行政法中一行為不二罰之原則及判斷標準，其兩金額乃出於同一決意實行之同種類行為，並具有時空緊密關聯，一般具有智識、經驗之人亦會將其視為難以分割之一行為，故被告將該五百萬元割裂判斷而為裁處，核屬認事用法之重大違誤。敘明如下：
1.「一行為不二罰」原則係禁止國家於一行為已受到處罰後，對同一行為再行追訴，也禁止對同一行為作多次之處罰。從而行政罰法第二十四條明文規定：「一行為違反數個行政法上義務規定而應受罰鍰者，依法定罰鍰額最高之規定裁處」。乃該原則之明文規定。而最高行政法院九十六年度判字第一一九五號判決亦表示（略以）：「所謂『一事不二罰原則』係指違法行為人之同一違法行為，其基於單一之決定，或自然意義之單一行為，違反數個法律，不得以同一事實或同一依據，給予兩次以上行政處罰」。即行為數之判斷標準。如行為人係出於同一行為決意實行同種類之數行為，並具有時空緊密關連，一般智識、經驗之人亦會將其視為難以分割之一行為，則屬一行為。合先敘明。
2.又原告於九十年間與劦鵬公司簽訂專利授權合約後，該公司在獲取製造技術後隨即反悔，並於九十一年向臺灣臺北地方法院提出「重複授權」之民事訴訟，嗣經臺灣高等法九十三年度上易字第九二三號民事判決、同院九十四年度重上更（一）字第一三六號民事判決、最高法院九十四年度台上字第二二三０號民事判決、臺灣高等法院九十二年度重上字第五八０號民事判決、臺灣臺北地方法院九十二年度重訴字第一一八０號民事判決，終於最高法院以九十八年度台上字第三五號民事判決確定，判決認定原告與劦鵬公司間之專利授權契約行為係屬法律上之「重複授權」，其法律效果應屬無效，原告需返還違約金五百萬元予劦鵬公司。
3.綜上，就該五百萬元金額之部分，自給付至返還皆係源自於同一專利授權合約，屬同種類之兩行為，亦得足認此給付及返還之行為，均是出自於執行契約內容之同一決意。再者，自契約簽訂至劦鵬公司於九十八年反悔提告止，其經歷連續不斷之判決始確定該返還義務，故給付與返還間具有時空上之關連，且緊密連結而不可切割，就一般智識、經驗之人觀之，原本給付義務係出自該授權契約，嗣因契約無效而生返還之義務，故無分割觀察之必要及實益，乃屬一行為。是故，被告所稱：縱最高法院九十八年度之民事訴訟判決認定劦鵬公司對原告發生賠償違約金五百萬元，係九十八年度發生之另一新請求權等語，均屬無據，於法亦有未合。
（八）原告公司專利係無償移轉予訴外人弘琦公司，故被告逕依市價核課原告公司所得五百萬元，此舉顯與實質課稅原則有所背離。分敘如下：
1.按租稅法應著重法律及租稅構成事實之經濟意義，從而行政機關應本於實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬，判斷具體個案是否有實質所得，進而決定是否應予課稅，以遂實質課稅原則。
2.雖原告公司於九十二年十一月四日已將前開合約所涉之專利權無償轉讓與弘琦公司，然被告卻遽為認定專利權之移轉係屬交易行為，並依其專利權之市場價值，而逕行課徵營利事業所得稅之處分，並未細究原告公司與弘琦公司間之移轉行為係屬無償，原告自無從由弘琦公司取得任何實質上利益，亦即原告公司無任何所得，被告當然不應對原告公司處以課稅處分，至為灼然，否則顯然悖於實質課稅原則之本質與精神，更與憲法保障人民財產權之旨有所背離。
（九）綜上所述，收付實現制與權責發生制需因應個案情形而交錯適用，另綜合所得稅與營利事業所得稅具有本質上之相同，行政機關自應對相同之事件為相同之處理，故適用於綜合所得稅之收付實現制，亦應適用於營利事業所得稅，況本案中原告公司早已結束營業，顯不宜逕採權責發生制。又依實質課稅原則，原告公司已將五百萬元權利金全數返還劦鵬公司，實質上並無此筆營業收入，故不應遽以課稅；再依比例原則之目的正當性，原告早於九十四年結束企業經營行清算程序，無法於公司會計帳冊進行調整，是被告逕認原告應予課稅、裁以罰鍰，並無法達成所得稅法之目的。另依行政法中「一行為不二罰」之原則及判斷標準，本案系爭五百萬元係屬同筆損失，被告將其割裂判斷而為裁處，已有疑義；且原告已將該專利權無償轉讓與弘琦公司，原告公司並未據此取得任何實質上利益，從而被告逕為課稅處分，顯有悖於實質課稅原則之旨。是被告上開該等違誤，致營利事業所得稅之核課於法不符，罰鍰之裁處失所附麗，顯於認事用法皆有諸多謬誤，故懇請鈞院廢棄原決定及原處分，並為原告有利之裁判。
三、被告答辯理由（略以）：
（一）訴之聲明：
1.原告之訴駁回。
2.訴訟費用由原告負擔。
（二）按會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制。稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。納稅義務人已依規定辦理結算申報，但於稽徵機關進行調查時，通知提示有關各種證明所得額之帳簿、文據而未依限期提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額。清算人之職務如左：一、了結現務。二、收取債權、清償債務。三、分派盈餘或虧損。四、分派賸餘財產。分別為行為時所得稅法第二十二條第一項前段、第八十三條第一項、第三項及公司法第八十四條第一項所明定。
（三）次按會計基礎採用權責發生制；在平時採用現金收付制者，俟決算時，應照權責發生制予以調整。所謂權責發生制，係指收益於確定應收時，費用於確定應付時，即行入帳。決算時收益及費用，並按其應歸年度作調整分錄。為商業會計法第十條所規定。又營利事業之帳簿文據，其關係所得額之一部未能提示，經稽徵機關依所得稅法施行細則第八十一條之規定，就該部分按同業利潤標準核定其所得額者，其核定之所得額，以不超過當年度全部營業收入淨額依同業利潤標準核定之所得額為限。但營利事業有漏報營業收入情事，經稽徵機關就該漏報部分按同業利潤標準核定其所得額者，不在此限。凡應歸屬於本年度之收入或收益，除會計基礎經核准採用現金收付制者外，應於年度決算時，就估計數字，以「應收收益」科目列帳。但年度決算時，因特殊情形，無法確知之收入或收益，得於確知之年度以過期帳收入處理。凡應歸屬於本年度之費用或損失，除會計基礎經核准採用現金收付制者外，應於年度決算時，就估列數宇以「應付費用」科目列帳，但年度決算時，因特殊情形無法確知之費用或損失，得於確知之年度以過期帳費用或損失處理。分別為營利事業所得稅查核準則第六條第一項、第二十七條及第六十四條所規定。
（四）再按適用本要點之申報案件，經發現有短、漏報情事時，應按下列規定補稅處罰：（一）短、漏報營業額之成本已列報者，應按全額核定漏報所得額。（二）短、漏報營業額之成本未列報者，得適用同業利潤標準之毛利率核計漏報所得額，惟核定所得額，以不超過當年度全部營業收入淨額依同業利潤標準核定之所得額為限。為九十一年度擴大書面審核營利事業所得稅結算申報案件實施要點第九點
（一）及（二）所規定。又納稅義務人因同一漏稅事實，涉嫌分別逃漏營業稅及營利事業所得稅，……如對核定之營業稅及營利事業所得稅不服，應分別依照稅捐稽徵法第三十五條規定申請復查。但稽徵機關對有關營利事業所得稅部分復查之申請，可暫緩依稅捐稽徵法第三十五條第二項（現行法第四項）規定作成決定，並通知納稅義務人俟營業稅部分經復查、訴願或行政訴訟終結決定或判決應補徵或退還稅款後，再依營業稅部分確定之事實，作為營利事業所得稅復查決定之參考。亦經財政部八十年八月八日台財稅第000000000號函釋在案。
（五）經查本件原告九十一年度營利事業所得稅結算申報，自行申報經營其他化學製品製造業（行業標準代號：2290 -99），並按該行業擴大書審純益率申報，列報營業收入淨額一百四十四萬零九百九十六元及全年所得額八萬六千七百六十七元，被告機關所屬桃園縣分局暫按其申報數核定；嗣經查獲其漏報「自動注脂器」專利權利金收入二百萬元，且經通知提示相關帳證供核，惟未提示，遂按該業同業利潤標準毛利率百分之二十二，核算漏報所得額四十四萬元，全年所得額五十二萬六千七百六十七元及應補稅額十萬八千六百七十六元。嗣復查決定以原告係經營「供脂機」或「供脂機零件」之製造業，本應改按其他「電力」及「電子機械器材製造業」（行業標準代號：3190-99 ）之同業利潤標準毛利率百分之二十七核定，惟漏報之系爭專利權利金收入，其相關研發成本費用業於八十八年九月十一日前認列，且依原告一００年十一月十九日提示之合約書籍存摺影本等相關事證，應內含營業稅額，乃重新核算漏報所得額一百九十萬四千七百六十二元及全年所得額一百九十九萬一千五百二十九元，大於原核定漏報所得額及全年所得額，被告基於行政救濟不得更不利於原告，復查決定遞予維持原核定漏報所得額四十四萬元及全年所得額五十二萬六千七百六十七元，及應補稅額十萬八千六百七十六元，經核尚無違誤。至被告一０一年一月四日所為更正處分，係因原核定九十年至九十二年度自劦鵬公司之專利權收入五百萬元部分，並未另外收取營業稅額，該筆交易應內含營業稅額，被告機關以原告之申請為有理由，乃准予更正銷售額為一千零六一萬三千零八十二元，營業稅額五十三萬零六百五十四元及罰鍰一百四十八萬二千九百元，足徵原處分係僅就原核定有誤算之顯然錯誤，予以更正應行補徵之營業稅額及罰鍰，此部分亦分別經臺北高等行政法院一０一年度第八七七號判決駁回及最高行政法院一０二年度裁字第三五二號裁定原告上訴駁回，業已確定在案，此核與原告應依所得稅法第二十二條規定，就本件九十一年度取得系爭專利權利金二百萬元申報當年度營利事業所得稅無涉。
（六）又本件原告與劦鵬公司簽訂「專利授權合約」，授權產品為自動注脂器，中華人民共和國專利證號第353354號，該專利前經原告於八十七年十一月三十日向中國大陸申請專利，經審核後於八十八年九月十一日授予原告該專利權，故原告為研發系爭專利權之相關費用已於八十八年九月十一日前認列，又該專利權因已註冊登記，是劦鵬公司為生產自動注脂器須與原告簽約，始能投入生產。依該合約所載，劦鵬公司為生產授權產品自動注脂器須分別支付「專利權利金」及「技術權利金」，其中「專利權利金」五百萬元部分，約定於簽約時給付百分之六十，待劦鵬公司設廠完畢開始投產後七日內給付百分之四十（自簽約日起一百八十日內為限給付完成），且明訂本權利金原告不予退還，另「技術權利金」部分，劦鵬公司承諾每年最低給付原告二萬五千台，每台二十元人民幣之技術權利金，依前揭合約書協議，原告已於九十一年即取得專利權利金二百萬元，且依合約書內容，系爭專利權利金五百萬元簽約時即須給付，且明訂本權利金原告不予退還，即該專利權利金收入，不因後發之事由，影響劦鵬公司給付義務。又依臺灣高等法院九十四年度重上更（一）字第一三六號民事判決書指明，原告於九十一年八月一日已全數收迄劦鵬公司給付專利權利金五百萬元（九十年度三百萬元、九十一年度二百萬元），另已給付技術權利金人民幣二十九萬二千五百元（換算新台幣一百二十三萬九千元）在案，至原告因違反系爭專利權經最高法院九十八年度台上字第三十五號民事裁定駁回原告之訴，確定日期為九十八年一月十九日，自應認該賠償損失確定發生為九十八年度，即應歸屬原告清算期間之清算損失，且係屬專利授權合約第二點之專利權利金返還，縱誠如原告認定懲罰性違約金，亦只是劦鵬公司九十八年度對原告發生另一新的請求權，並未使原告九十一年度專利權利金之請求權自始不存在，且原告九十年十二月六日與劦鵬公司簽訂之專利授權合約書，並非以不能給付為契約標的。依前揭規定，原核認屬系爭專利權利金為「已確定及已實現之收益」，尚無不合。
（七）至原告於起訴狀一再主張，權責發生制係依據「永續經營」之前提下來正確劃分不同會計期間資產、負債、收入及費用等會計要素的歸屬，指摘被告未予考量原告九十四年即結束經營，進行清算，未依實質課稅原則，顯然錯誤應用權責發生制乙節。按法人、合夥或非法人團體解散清算時，清算人於分配剩餘財產前，應依法按稅捐受清償之順序，繳清稅捐。清算違反前項規定者，應就未清繳之稅捐，負繳納義務。為稅捐稽徵法第十三條所明定。按「法人至清算終結止，在清算必要之範圍內，視為存續」、「解散之公司除因合併、分割或破產而解散者外，應行清算」、「解散之公司，於清算範圍內，視為尚未解散」、「清算人之職務如左：一、了結現務。二、收取債權、清償債務。三、分派盈餘或虧損。四、分派賸餘財產」。分別為民法第四十條第二項及公司法第二十四條、第二十五條、第八十四條第一項所規定。是以，所謂清算，係以清償法人之債權之履行、清償法人之債務及以其賸餘財產移交於應得之人等項，皆屬於清算目的範圍以內之事務，且為清算人必應處置之事務。準此，清算人如有違背公司法規定之法定清算程序，縱形式上已辦理清算完結手續，將表冊送經股東或股東會承認，並向法院聲請備查，依公司法第九十二條但書規定，清算人之責任並未解除，自不生清算完結之效果，其法人人格仍視為存續。另按法人人格之消滅，依民法、公司法等有關規定，均以合法清算為前提，民法第四十條第二項所稱「法人至清算終結止」在清算之必要範圍內視為存續。如尚未完成合法清算，縱經法院准予清算完結之備查，仍不生清算完結之效果，此有最高行政法院九十二年度判字第一二二三號及第一六一一號判決要旨可茲參照。本件原告是否己完成清算程序，經原告清算人林士桂君於一０二年七月四日於鈞院準備程序庭，經鈞院承審法官詢問林君，經林君確認原告至今尚未清算完結。準此，原告法人人格仍視為存續。是以，原告既屬公司組織，應採用權責發生制之會計基礎，及收入與成本費用配合之所得額計算方式，辦理各年度營業事業所得稅申報，本件原告於九十一年八月一日業已收取劦鵬公司因設廠完畢開始投產後七日內所支付之二百萬元專利權利金，且依該契約第二點規定，本權利金原告不予退還，即原告所收取之系爭專利權利金二百萬元，不因當事人事後發生之事由而受影響，是原告取得之系爭專利權利金，應屬九十一年度已取得且己實現之確定收益，自應於取得確定收益之九十一年度申報當年度營利事業所得稅之權利金收入。至原告九十三年十二月九日經經濟部經授中字第0000000000號函廢止登記，已依規定辦理營利事業所得稅清、決算申報，嗣因原告違反該專利授權合約第十點規定，將系爭專利權重複授權與第三人德國柏馬公司所生之「懲罰性違約金」經最高法院九十八年度台上字第三十五號民事裁定駁回原告之訴，該損失（或費用）確定發生日期為九十八年一月十九日，原告此賠償損失得依所得稅法、公司法及營利事業所得稅查核準則規定，應屬清算期間之清算事務損失，核與本件核課其九十一年度取得出售專利權收入之認列無涉，原告顯係誤解。另原告未完成清算程序，為原告之清算人林士桂君所不爭，其於九十八年度應賠償劦鵬公司之重複授權「懲罰性違約金」自應認屬原告於清算期間之損失（或費用）。
（八）至原告主張被告應依實質課稅原則課稅，因原告自始並無收受實質經濟利益。按實質課稅原則，依司法院釋字第四二０號解釋及稅捐稽徵法第十二條之一規定，其目的不外乎在於防杜納稅義務人濫用法律行為之形式選擇自由與法律形式，而藉由法律行為或形式之選擇以免除或減少其租稅負擔。因此，苟納稅義務人規避稅捐之行為時，稅捐機關應依實質課稅原則調整及扭轉法律行為之實質與評價。惟「實質課稅原則」並非賦予稅捐稽徵機關片面認定納稅義務人有「租稅規避」行為時，即可任由稅捐稽徵機關憑空自行認定該訟爭行為「實質事實」及其法律性質之效果，此觀之稅捐稽徵法第十二條之一第二項、第三項規定自明。再者，所謂「稅捐規避」係指納稅義務人為達成一定的經濟上目的，不選擇與該經濟上目的相當的通常法律形式，而卻選擇與該經濟上目的顯然不相當的迂迴法律形式，以避免實現與該通常法律形式相連結的稅捐債務的成立構成要件，進而減輕或免除稅捐負擔。至於節稅，則是依據稅捐法規所預定之方式，以減少稅捐負擔之行為。故稅捐規避屬於法律形式之濫用，純粹以規避稅賦為目的，為利用稅法漏洞之脫法行為，通常係利用私法自治契約自由原則對於私法形式之選擇可能性，但從私經濟交易之正常觀點，欠缺合理之理由，即選擇通常所不使用之法律形式，以實現其經濟意圖，減輕或排除稅捐之負擔，其與合法節稅，係依稅法規定減少稅捐負擔之情形有別。是以當事人之個別行為，倘均符合稅法本身之規定，得依稅法獲致減免稅捐之效果者，即應受稅法規定之保護。又收付實現制，意即個人對於收入客體已取得物權之使用、收益及處分之實際支配狀態，為認定收入之實現，故僅取得「請求他人給付一定物品」之債權者，不能認為有所得之實現。此標準並無法精確地反應自然人在特定稅捐週期之實際稅捐負擔能力，且讓自然人較有機會使用私法之手段人為操縱所得實現之年度（例如將應受領之金錢，先用借款形式安排，取得其占有，等到將來特定年度再以債務免除方式來安排收入之實現），此種立法方式，實係因個人未設帳，基於稽徵便利之考量。而權責發生制，意即收入之認列不以實際取得該物之物權控管為必要，僅須符合收入客體已實現（包括現實取得及在法律上對收入請求權取得債權）、收入客體已賺得（乃指為取得收入而對應之成本費用已實際全部或大部支出耗用）。基此，若收入客體已實現，但未賺得時，要列預收收入課目，至於資產負債表之負債欄中。故營利事業所得稅在稅捐週期內，為忠實反應特定營利事業之稅負能力，即使以取得特定所得適格客體，但因其主要之成本費用尚未支出，仍不認列為已實現之收入，而僅列為預收收入。又原告此主張財政部八十八年八月十二日台財字第000000000 號函及最高行政法院九十四年度判字第一二四號判決等，均係對於個人綜合所得稅核課所得年度所為解釋及判決，原告主張無疑破壞我國公司組織，且原告至今尚未清算完結，原告法人格視為存續，其應採用權責發生制之會計基礎，及所得稅法規範收入與成本費用配合所得額計算方式，辦理各年度營業所得稅申報之原理原則。原告九十八年度確定發生之賠償違約金，係屬原告清算期間之清算損失，已於一０一年二月三日北區國稅法一字第0000000000號之復查決定書敘明，原告得依所得稅法、公司法及查核準則規定檢具相關資料，另案向被告機關所屬桃園分局辦理營利事業所得稅清算申報之更正。此與原告於九十一年八月一日已全數收迄劦鵬公司給付專利權利金五百萬元（九十年度三百萬元、九十一年度二百萬元）應依所得稅法規定申報系爭交易九十一年度營利事業所得稅，原告一再混淆此不同事實行為之所得應歸屬之確定年度及事實，實有曲解所得稅法第二十二條第一項前段、商業會計法第十條及財務會計準則公報第三十二號第四段等相關規定，對於公司組織認定「各年度」收入應依「權責發生制」之規範。至原告另提及原告公司專利權無償移轉於訴外人弘琦公司，被告依時價核課原告公司所得五百萬元乙節，核與本件系爭九十一年度專利權權利金之核認毫無關聯。
（九）至司法院釋字第七二二號解釋文內容，係就個人綜合所得稅中，有關執行業務所得查核辦法第十條第二項規定：「聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，得按權責發生制計算所得，惟須於年度開始一個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同。」未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內，其差別待遇之手段與目的之達成間欠缺合理關聯，在此範圍內，與憲法第七條平等原則之意旨不符。此核與本件原告漏報九十一年度營利事業所得稅之營業收入二百萬元，兩者稅目屬性及釋字七二二號係就個人綜合所得稅中之執行業務所得，是否得選擇以權責發生制或現金收付制截然不同，併予敘明。
（十）綜上，所得稅法第二十二條係由法律明文規定，公司組織之營利事業無會計基礎選擇權，一律採用權責發生制；非公司組織之營利事業者，得因營業範圍狹小或習慣，例外地准予採用現金收付制。蓋因權責發生制較能適時反映納稅義務人當年度所得狀況，且較能避免人為操控規避稅捐情事，這對於稅捐稽徵機關之核實課徵及納稅義務人之核實納稅皆有助益。原告既屬公司組織，自應依所得稅法第二十二條第一項前段、商業會計法第十條及財務會計準則公報第三十二號第四段之規定，以權責發生制作為會計處理及申報「各年度」之營利事業所得稅，原告九十一年八月一日既已收取劦鵬公司支付之二百萬元專利權利金，應屬己取得且已實現之確定收益，自應依所得稅法規定於九十一年度認列系爭權利金收入，而非原告自訴其因其九十八年度所發生系爭權利金之賠償損失二百萬元，應按現金收付實現制，作為本件九十一年度漏報營業收入二百萬元之減除項目，故九十一年度並無任何所得，毋庸補稅處罰，原告此主張核與所得稅法第二十二條之立法目的，為避免人為操控規避稅捐情事，而以法律明文規定，公司組織之營利事業者，一律採用權責發生其主張核無足採。本件原核定漏報所得額四十四萬元及全年所得額五十二萬六千七百六十七元，及應補徵稅額十萬八千六百七十六元，經核尚無違誤，請續予維持。
（十一）罰鍰部分：按財政部發布之稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表變更時，有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。為稅捐稽徵法第一條之一第四項所明定。次按納稅義務人已依本法規定辦理結算、決算或清算申報，而對依本法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報情事者，處以所漏稅額二倍以下之罰鍰。為所得稅法第一百一十條第一項所規定。又違反行政法上義務之行為非出於故意或過失者，不予處罰。為行政罰法第七條第一項所規定。再按所得稅法第一百一十條第一項之案件，漏稅額超過十萬元者，處所漏稅額一倍之罰鍰。但於裁罰處分核定前，以書面或於談話筆（紀）錄中承認違章事實，並願意繳清稅款及罰鍰者，處所漏額零點八倍之罰鍰。所得稅法第一百一十條第一項之案件，漏稅額超過十萬元者，處所漏稅額零點八倍之罰鍰。但於裁罰處分核定前，以書面或於談話筆（紀）錄中承認違章事實，並願意繳清稅款及罰鍰者，處所漏稅額零點七倍之罰鍰。分別為財政部九十八年十二月八日及一０三年四月十六日修正稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表所規定。我國營利事業所得稅採申報制，由納稅義務人就其年度內構成營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。且納稅義務人亦有依法誠實申報課稅之注意義務，其漏報專利權利金收入縱非故意，亦難謂無過失；被告所屬桃因分局以原告漏報專利權利金收入二百萬元，致漏報所得額四十四萬元，核算漏稅額十萬八千六百七十六元，又該專利權利金收入經被告所屬桃園分局同意更正為一百九十萬四千七百六十二元，經重行核算漏報所得額一百九十萬四千七百六十二元及全年所得額一百九十九萬一千五百二十九元（八萬六千七百六十七加一百九十萬四千七百六十二），漏稅額四十七萬四千八百六十七元，惟基於行政救濟不得為更不利於原告之決定，本件被告所屬桃園分局以漏稅額十萬八千六百七十六元已超過十萬元，且其並未於裁罰處分核定前，以書面或於談話筆（紀）錄中承認違章事實，並表示願意繳清稅款及罰鍰，爰依財政部一０三年四月十六日修正前倍數參考表規定，按所漏稅額十萬八千六百七十六元處一倍罰鍰十萬八千六百元，原非無據，惟財政部於一０三年四月十六日已修正倍數參考表，經審酌原告違章情節及應受責難程度，爰依修正後之倍數參考表，按系爭漏稅額十萬八千六百七十六元改處零點八倍罰鍰八萬六千九百四十元，原處罰鍰十萬八千六百元追減二萬一千六百六十元，變更為八萬六千九百四十元。
四、本院之判斷：
（一）所得稅法採用之會計基礎有「權責發生制」及「收付實現制」二種。所謂權責發生制，係指收益於確定應收時，費用於確定應付時，即行入帳，決算時收益及費用，並按其應歸屬年度作調整分錄；所謂現金收付制（收付實現制），係指收益於收入現金時，或費用於付出現金時，始行入帳。上述兩制的法律依據在商業會計法第十條：「會計基礎採用權責發生制；在平時採用現金收付制者，俟決算時，應照權責發生制予以調整」。又因為所得稅法第二十二條第一項規定：「會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制，其非公司組織者，得因原有習慣或因營業範圍狹小，申報該管稽徵機關採用現金收付制」，本條項規定於所得稅法第三章營利事業所得稅張節中，從而一般認為營利事業所得稅原則上採用「權責發生制」，所同法條第二項亦有明定其例外：「前項關於非公司組織所採會計制度，既經確定仍得變更，惟須於各會計年度開始三個月前申報該管稽徵機關」。至於個人綜合所得稅部分，法無明文規定，釋字第三七七號解釋曾指出「個人所得之歸屬年度，依所得稅法第十四條及第八十八條規定並參照第七十六條之一第一項之意旨，係以實際取得之日期為準，亦即年度綜合所得稅之課徵，僅以已實現之所得為限，而不問其所得原因是否發生於該年度」，從而有以為係採「收付實現制」為原則。固然大法官以歷次修正之所得稅法關於個人所得稅之課徵均未如營利事業所得採權責發生制為原則（即所得稅法第二十二條），乃以個人所得實際取得之日期為準，即所謂收付實現制，進而認為「個人綜合所得稅之課徵係以年度所得之實現與否為準，凡已收取現金或替代現金之報償均為核課對象，若因法律或事實上之原因而未能收取者，即屬所得尚未實現，則不列計在內」。惟大法官亦承認，認定所得歸屬年度有收付實現制與權責發生制之分，無論何種制度均利弊互見，如何採擇，為立法裁量問題；且學說間仍認為綜合所得稅是否即採收付實現制為原則，並無法律明文，而係推論得知。此外，大法官劉鐵錚於釋字第三七七號解釋不同意見書即採此見解。而大法官黃茂榮於釋字第七二二號解釋協同意見書也指出，第三七七號解釋引為依據的所得稅法第十四條第一項所定各類所得之歸屬年度，「以實際取得之日期為準，亦即年度綜合所得稅之課徵，僅以已實現之所得為限」。這不意味著，該條所定各類所得之有無及數額之計算的會計基礎皆因此應採現金收付制），亦即是否符合基於憲法第十九條而來的依法課稅原則（租稅法律主義）容有疑問。惟至少，有原則必有例外，於釋字第三七七號解釋，大法官雖基於收付實現制，肯定財政部賦稅署六十年六月二日台稅一發字第三六八號箋函稱：「查所得之所屬年度，應以實際給付之日期為準，納稅義務人因案停職後，於復職時服務機關一次補發其停職期間之薪金，自應以實際給付之日期為準，按實際給付之總額，合併補發年度課徵綜合所得稅」，與憲法尚無牴觸。惟大法官仍對此類公務員因法定原因停職，於停職間，又未支領待遇或生活津貼者，復職時一次補發停職期間之俸給，竟仍以實際給付日期課徵所得稅提出質疑，而認此「與納稅義務人得依己意變動其所得給付時間之情形不同，此種所得係由長期累積形成，宜否於取得年度一次按全額課稅，應於所得稅法修正時予以檢討」等語（釋字第三七七號解釋理由書參見）。正如大法官劉鐵錚於釋字第三七七號解釋不同意見書中一針見血指出的：「所得稅法固為國家向人民徵收所得稅之依據，但也部分落實憲法保障人民生存權之理念，其規定納稅義務人於年度所得中享有減除免稅額、標準扣除額、薪資所得特別扣除額等，即為維持人民最低生活之必要措施；另為符合社會正義，達成課稅實質平等，而有課稅級距及累進稅率之規定。故個人綜合所得稅，應就年度個人所得總額減除免稅額及各項扣除額之綜合所得淨額課徵之，若採賦稅署前述函釋，則對因法定原因，未能於薪金發生各年度取得薪資者，即無法扣除各該年度之免稅額及各項扣除額於先；對一次補發停職數年期間之薪金，又合併補發年度課徵綜合所得稅，致該稽徵年度之所得總額及所得淨額提高數倍，因而又必須適用高課稅級距及高累進稅率於後，不僅剝奪納稅義務人依所得稅法原可享有之各項權利，且扭曲適用高累進稅率，根本不符所得稅法課稅公平原則，嚴重侵害納稅義務人受憲法保障之生存權」等語。又立法者至今雖仍未有修法檢討，惟財政部業於八十八年八月十二日台財稅第 000000000 號函釋，推翻上述財政部賦稅署六十年六月二日台稅一發字第三六八號箋函，同意納稅義務人為公務員者，因案停職獲准復職時，其一次領取停職期間之薪資，得分年計算課稅。換言之，所謂的綜合所得稅採行收付實現制、營利事業所得稅採權責發生制，並非顛撲不破的真理。
（二）關於會計基礎，所謂營利事業所得稅採「權責發生制」，個人綜合所得稅採「收付實現制」的原則，不僅法律本身難謂有明確依據，實則主管機關也常制定例外規範，甚至在大法官解釋下，還有「例外的例外」之可能。所得稅法第十四條第一項第二類第三款第二句，就個人綜合所得稅的「執行業務所得」，其帳簿、憑證之查核、收入與費用之認列及其他應遵行事項之辦法，授權由財政部定之，財政部據此發布「執行業務所得查核辦法」。其中第三條即規定：「執行業務所得之計算，除本辦法另有規定外，以收付實現為原則」；同辦法第十條第二項另規定：「聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，得按權責發生制計算所得，惟須於年度開始一個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同」。大法官先係認為執行業務所得查核辦法第十條第二項之規定，「使聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，得選擇權責發生制，而不適用收付實現制，以計算其執行業務所得。形成執行業務者因經營型態是否為聯合執業或執行業務收入是否經由公會代收轉付，其執行業務所得之計算有得否選擇權責發生制之差別待遇」。惟大法官亦指出其間違反平等原則的違憲所在：「系爭規定（指執行業務所得查核辦法第十條第二項）賦予執行業務者選擇權責發生制，係以經營型態及業務收入方式為標準。然單獨執行業務亦常有相當經營規模者，並非必然小於聯合執行業務之情形。較大規模之單獨執行業務者業務收入及支出，其會計事項可能與聯合執業者有相同甚至更高之複雜程度。反之聯合執業者，其經營規模未必大於單獨執業者，且其業務收支與盈餘分配未必涉及複雜會計事項。又單獨執業者，因其業務特性或經營規模，其收款或付款亦可能常有跨年度延後，且不宜完全由收取或支出年度計算所得之情形。系爭規定之目的在放寬經營較具規模且會計事項較為複雜，以及收入有跨年度延後收款之執行業務者之所得計算方式，使其有選擇權責發生制之權。然此目的無法以經營型態及業務收入之方式作為分類而達成。系爭規定未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內，其差別待遇之手段與目的之達成間欠缺合理關聯，在此範圍內，與憲法第七條平等原則之意旨不符」（參見釋字第七二二號解釋理由書）。是足認個人綜合所得稅雖採「收付實現制」為原則，但仍有例外，反之，營利事業所得稅採「權責發生制」的原則，亦有例外。且此處例外不限於主管機關所定類型，尤其容許的例外類型不足（以執行業務所得為例，「未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內」），司法者即應以平等原則的操作方式（包括「涵蓋不足」的判斷），檢驗是否有其他例外；同樣的，即使是例外得採「權責發生制」之聯合執行業務者，正如大法官所言，「其經營規模未必大於單獨執業者」，亦即並非不能又例外採取「收付實現制」，容許「例外的例外」。
（三）實則，「個人綜合所得稅採收付實現制」的命題並未經過精細的論證，更無法律的明文；至於所得稅法第二十二條第一項前段明文規定的「會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制」，基於釋字第七二二號解釋所宣示的平等原則意旨，也非無例外之可能。這全是基於依法課稅原則（或稱租稅法律主義）及核實課稅、量能課稅原則。依法課稅原則，在我國憲法最明確的依據即憲法第十九條：「人民有依法律納稅之義務」，此向為大法官所堅持採行之違憲審查標準。大法官釋字第七０三號解釋，綜合歷來大法官解釋謂：「憲法第十九條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、租稅客體對租稅主體之歸屬、稅基、稅率、納稅方法及納稅期間等租稅構成要件，以法律明文規定。主管機關本於法定職權就相關法律所為之闡釋，自應秉持憲法原則及相關法律之立法意旨，遵守一般法律解釋方法而為之；如逾越法律解釋之範圍，而增加法律所無之租稅義務，則非憲法第十九條規定之租稅法律主義所許（本院釋字第六二０號、第六二二號、第六四０號、第六七四號、第六九二號解釋參照）」。至釋字第七０五號解釋理由書第一段固看似放寬法律保留原則，無庸非最強度的國會保留不可，而認為：得以法律「或法律具體明確授權之法規命令定之」。惟仍強調釋字第六五０號、第六五七號解釋以來所宣示的原則：「若僅屬執行法律之細節性、技術性次要事項，始得由主管機關發布行政規則為必要之規範（釋字第七０五號解釋參見）。殊不論大法官在刑罰、行政罰（稅捐也有罰鍰效果）向來堅持不能授權由行政機關定之，僅能以國會保留原則制定形式意義之法律，甚至同屬財產權侵害的土地公用徵收（釋字第四０九號解釋）或全民健保費徵收時效（釋字第七二三號解釋），亦強調僅能依據法律的國會保留原則，不得以法律授權行政機關定之，何以對於稅捐負擔及違法漏短報稅捐所連帶發生的刑事或行政處罰，卻容許只要遵守一般法律保留原則，不僅容許以授權命令定之，甚至不排除職權命令的可能性，容有是否違反憲法第十九條的疑義，惟至少仍應遵守法律具體明確授權，即符合授權明確性原則；而職權命令，亦應秉持憲法原則及相關法律之立法意旨，遵守一般法律解釋方法而為之，不能「逾越法律解釋之範圍，而增加法律所無之租稅義務」（釋字七０三號解釋參見）。至於會計基礎，所得稅法第二十四條第一項前段規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額」，關於純益額之計算，所得稅法規定之會計基礎，有現金收付制及權責發生制。所得稅之課徵以稅捐會計年度為單位，而會計基礎所關係者為所得之計算因素（收入、費用、損失及稅捐等）在所得稅法上應予認列的時點，關係其稅捐年度之歸屬及據以計得之各該稅捐會計年度的所得額，為關於稅捐債務構成要件中之稅基的計算規定。是故，會計基礎應以法律或經法律明確授權訂定之法規命令為依據，以符憲法第十九條租稅法律主義之規定（黃茂榮大法官釋字第七二二號解釋協同意見書參見）。就此而言，執行業務所得查核辦法第三條直接規定：「執行業務所得之計算，除本辦法另有規定外，以收付實現為原則」，惟其授權基礎所得稅法第十四條第一項第二類第三款第二句後段，並無關於執行業務者會計基礎之訂定的明確授權，而查核辦法於第三條規定執行業務所得之計算原則上採現金收付制。其中關於執行業務者之會計基礎原則上應採現金收付制之強制規定，涉及稅捐債務構成要件中之收入、成本、費用、損失及稅捐之入帳的時點，為關於租稅構成要件中之稅基的規定，應以法律或法律具體明確授權之法規命令規定，不得以行政規則定之（參見黃茂榮大法官釋字第七二二號解釋協同意見書）。如此形同行政機關逕以命令「增加法律所無之限制」，而架空或變更法律規定之內容者，本屬違反「依法行政」原則所含「法律優位原則」之問題，原可由行政法院審理解決（湯德宗大法官釋字第七二二號解釋部分協同意見書，但湯大法官另提到，只因「租稅法律主義」為「高密度法律保留原則」，遂使之提升為憲法問題，而非僅為行政法問題，從而得為大法官審查之客體）。為解決如上「個人綜合所得稅採收付實現制」並無法律明文，而釋字第七二二號解釋意旨，亦未正面肯定，但指出不能形成不合理的差別待遇或涵蓋不足的違反平等原則，來強制一律規範非採收付實現制不可。至少司法者應於個案中視個案採行收付實現制或權責發生制，是否會產生違反平等原則之虞，而採取合憲性解釋原則，適用個案法律，以符核實課徵與量能課稅原則，始符租稅法律主義。
（四）從而，釋字第七七二號解釋意旨就是在修正或指示，不論收付實現制或權責發生制，均有例外，尤其並非限於主管機關所明定容許之例外（所謂涵蓋不足的違法），毋寧是在有違平等原則之前提下，司法者即有義務於個案中例外採取相反制度以平衡，始符核實課稅與量能課稅原則。在平等原則的適用與闡釋。正如大法官許宗力、許玉秀於釋字第五九六號解釋共同提出之不同意見書，參酌釋字第四五五號解釋翁岳生大法官提出的協同意見書意見所言：「法秩序理應是一個沒有內在矛盾的法價值體系，當立法者對某特定事務或生活事實作出某種原則性的基本價值決定後，在後續之立法，即有遵守該基本價值決定之義務，否則將破壞整個法價值秩序體系的一貫性與完整性，也就是體系正義之違反。當然，體系之違反與平等之違反尚不能直接劃上等號，若不稍作保留，將造成體系僵化，而使立法者不再有重新評價或針對特殊狀況作成例外規定之可能。因此體系之違反是否構成平等原則之違反，仍須進一步視其悖離體系有無正當理由為斷」。此處體系悖離是否有正當理由，不論從寬或從嚴審查，相較國庫稅收與納稅義務人的權利侵害，孰輕孰重已呼之欲出。
（五）末按國家的課稅行為是最典型的高權行為，屬非授與利益之行政處分，因而課稅事實之調查，無論在稅捐實務或理論上，均應由稅捐機關負舉證責任，自屬當然。換言之，關於稅捐課徵之基礎事實，應由國家負查核責任，原則上應以「真實的事實」（核實）為基礎，如以所得課稅為例，即課稅應以納稅義務人真實的所得額為基礎，此即學說上所稱之「核實課稅原則」，又稱之為「實額課稅原則」或「實價課稅原則」（核實課稅原則與實務上常運用處理稅捐規避行為的所謂「實質課稅原則」容有不同，此部分可參見柯格鐘，論實質課稅原則，收錄於台北市政府訴願審議委員會主編：訴願專論選輯—訴願新制專論系列之十，二００九年八月）。惟課稅相關之證據資料，依其事物之本質，多在納稅義務人的掌握範圍內，故稅捐機關調查課稅的真實事實，亟需仰賴納稅義務人「協力義務」之配合，例如辦理登記、設置與按規定登載帳簿、取得與保存憑證、申報與繳納等，即如所得稅法第七十一條第一項前段、第七十六條第一項、第七十九條第一項、第八十條第一項及第八十三條第一項所要求之法定義務。若納稅義務人無故違反稅捐稽徵之協力義務，稅捐機關通常僅得在其有限的查得資料範圍內予以認定。前段理由所稱「推計課稅」即係此種法理下不得不然的制度。從而，推計課稅乃因納稅義務人違反稅捐稽徵協力義務在先，實務在面對調查事實的現實困難下，稅捐稽徵機關既不能放棄依法課稅原則，其以折衷、迂迴方式所作對於事實的認識與推估計算，目的不在於懲罰納稅義務人（至於因違反協力義務的規定所受處罰乃另一問題），係為查核納稅義務人真實的、實際的稅捐負擔能力狀態的必要手段，猶如認識主要事實的證據方法，除依據直接證據以外，若直接證據並不存在，尚可利用間接證據加以認定。推計之目的仍在於實額課稅（故縱使在推計課稅之後，理論上仍應容許納稅義務人得在一定期間內舉反證資料加以推翻），其屬實現稅法上量能課稅原則的前提，並非作為手段，故核實課稅原則並不屬於量能課稅原則的子原則（參見柯格鐘，上述文）。
（六）按加值型及非加值型營業稅法第一條規定：「在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵加值型或非加值型之營業稅」。依同法第三條第一項及第二項規定，銷售貨物，係指將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者；銷售勞務則為提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者而言。營業稅納稅義務人之營業額，為納稅義務人轉讓貨物或提供勞務向對方收取之全部代價，包括價款及其他實質上屬於代價性質之入會費或保證金等在內。又涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之（大法官釋字第四二０號、第四九六號、五００號、七００號解釋意旨）。此處「實質課稅之公平原則」，如以憲法平等原則理解，在稅捐法中具體實現之標準，即為「量能課稅原則」，所謂量能課稅原則，係指依據納稅義務人個人之稅捐負擔能力而課稅之意（詳參見陳清秀，稅法總論，二０一四年，第二十八頁以下；柯格鐘，量能作為稅法的基本原則，月旦法學雜誌第一三六期，二００六年九月，第八十八頁以下），亦即就有稅捐負擔能力之主體，對於有稅捐負擔能力之客體，以合於實際稅捐負擔能力的計算方式，以確切掌握具有稅捐負擔能力之資料，體現量能課稅作為基本原則，始符平等原則。如黃茂榮、李震山大法官於上述釋字第七００號解釋不同意見書所指出的：負稅能力存在於可歸屬於特定人之稅捐客體。所以如果就稅捐客體的認定，在積極要件，例如關於銷售額或銷項稅額，有「以無為有」之情事；或在消極要件，例如關於進貨額或進項稅額，有「以有為無」之情事，稅捐稽徵機關認定之稅基或應納稅額，即會因脫離實際存在之事實，而違反實質課稅原則或量能課稅原則等語。
（七）查如被告所述，原告與劦鵬公司簽訂「專利授權合約」，授權產品為「自動注脂器」，中華人民共和國專利證號第353354號，該專利前經原告於八十七年十一月三十日向中國大陸申請專利，經審核後於八十八年九月十一日授予原告該專利權，故原告為研發系爭專利權之相關費用已於八十八年九月十一日前認列，又該專利權因已註冊登記，是劦鵬公司為生產自動注脂器須與原告簽約，始能投入生產。依該合約所載，劦鵬公司為生產授權產品自動注脂器須分別支付「專利權利金」及「技術權利金」，其中「專利權利金」五百萬元部分，約定於簽約時給付百分之六十，待劦鵬公司設廠完畢開始投產後七日內給付百分之四十（自簽約日起一百八十日內為限給付完成），且明訂本權利金原告不予退還，另「技術權利金」部分，劦鵬公司承諾每年最低給付原告二萬五千台，每台二十元人民幣之技術權利金，依合約書協議，原告已於九十一年即取得專利權利金二百萬元，且依合約書內容，系爭專利權利金五百萬元簽約時即須給付，且明訂本權利金原告不予退還，即該專利權利金收入，不因後發之事由，影響劦鵬公司給付義務。又依臺灣高等法院九十四年度重上更（一）字第一三六號民事判決書指明，原告於九十一年八月一日已全數收迄劦鵬公司給付專利權利金五百萬元（九十年度三百萬元、九十一年度二百萬元，另參見原處分卷第五十九頁），並已給付技術權利金人民幣二十九萬二千五百元（換算新台幣一百二十三萬九千元）在案。此均為原告所不否認在卷。
（八）惟查原告因劦鵬公司認為原告就系爭專利授權，違反禁止「重複授權」之合約規定，而依合約第七條第十項提起「懲罰性違約金」訴訟，固如被告所言，經最高法院九十八年度台上字第三五號民事裁定駁回原告之訴，確定原告應給付劦鵬公司五百萬元。又被告雖認為該確定判決日為九十八年一月十九日，應認該損害賠償確定發生為九十八年度，又因原告於九十三年十二月九日已辦理公司解散登記，於清算中，是應歸屬原告清算期間之清算損失。惟查上述請求懲罰性違約金之訴訟，劦鵬公司係於九十一年間即向原告提起，歷經臺灣高等法九十三年度上易字第九二三號民事判決、同院九十四年度重上更（一）字第一三六號民事判決、最高法院九十四年度台上字第二二三０號民事判決、臺灣高等法院九十二年度重上字第五八０號民事判決、臺灣臺北地方法院九十二年度重訴字第一一八０號民事判決，終於九十八年始經最高法院以九十八年度台上字第三五號民事判決確定，訴訟歷時七年之久，有上述各判決書附原處分卷為證（第七十六頁至一二七頁）。是原告雖於九十一年間自劦鵬公司處收入二百萬元（九十年間三百萬元），惟依上述確定判決，亦同時因為此項專利授權合約約定之違約金，自「九十二年七月八日起」應給付劦鵬公司五百萬元，並加計週年利率百分之五算之利息（參見原處分卷第八十四頁所附臺北地方法院九十二年度重訴字第一一八０號第一審民事判決主文），其後上訴審判決均僅就第一審判決數額（一千萬元）超過五百萬元部分廢棄，給付時間從來就是九十二年間。是即使依被告所言採「權責發生制」，可否謂該五百萬元違約金賠償於九十八年間最高法院判決確定始發生，不無疑問。固然財務會計或許可以或只能計為九十八年度，但稅務會計為何不能計為九十二年度？尤其原告公司於九十三年間即已解散清算中，如原告所言，根本不可能有被告所顧慮調整損益所得的問題。此外，自原告九十一年依系爭專利授權合約收入而言，看似入帳二百萬元所得，但同樣於九十二年發生的，基於相同合約發生的損害支出卻高達五百萬元，只因民事訴訟歷經三審及發回更審時程延至七年後確定，卻不能將之列入同年度損失，以核實課稅的角度，實際核算原告公司實無獲利，反係虧損？大法官釋字第七二六號解釋的個案，固然係在解釋勞動基準法第八十四條之一有關勞雇雙方對於工作條件雖有另行約定，惟未經當地主管機關核備，除可發生公法上不利於雇主之處罰效果外，如發生民事爭議，法院自應於具體個案，就工作條件如時間等另行約定卻未經核備者，本於落實保護勞工權益之立法目的，依勞動基準法強制規定予以調整，以計付工資。惟大法官解釋所宣示的毋寧是司法體系公法與私法判決的相互尊重及相互影響效力，「係在平衡國家管制與私法自治之原則。在探究法規範是否屬本條之強制規定及違反該強制規定之效力時，自須考量國家管制之目的與內容」（釋字第七二六號解釋理由書參見）。以系爭本案而言，基於相同的專利授權合約，同樣發生於000年度的事實，民事判決結果，原告必須賠償劦鵬公司五百萬元違約金，恰係原告所取得的授權金五百萬（九十一年度二百萬元及九十年度三百萬元），國家稅務機關焉能無視於原告實則並無獲利收入的事實，尤其在原告已於九十四間清算，非得僵固的解釋與適用權責發生制，將五百萬元違約金損害賠償，只能列入對原告公司根本毫無實益的九十八年度？而不能依個案特殊性，適用收付實現制，認定實質上均於九十一年間收付相抵而消滅？正如被告所援引租稅法學者陳清秀所主張（略以）：「如果營利事業虛盈實虧，因財務會計與稅務會計之差異，被課徵營利事業所得稅之後，實際上並無盈餘可供分配，然而其股東仍須以其營利事業業經核定之所得額，扣除繳納營利事業所得稅後之餘額，為應分配或應得盈餘數額，課徵所得稅。在此不僅合夥營利事業有此問題，在公司解散清算之情形，也可能發生相同問題，亦即出現無所得而被課徵所得稅之現象，似與所得實現原則有違，亦不符合量能課稅原則」等語（參見陳清秀，量能課稅原則在所得稅法上之實踐，收錄於氏著，現代稅法原理與國際稅法，二０一０年十月，第一一六頁）。是被告堅持不願將原告確定須支付給劦鵬公司的違約金五百萬元列入一併考量原告所得，有違大法官釋字第七二二號解釋所宣示的平等原則精神，亦有違核實課稅原則、量能課稅原則。
（九）至被告指摘原告於九十一年度申報營業稅，即有漏報包括本案二百萬所得在內的銷售劦鵬公司專利授權，共計五百萬元情事，認原告自始即有隱匿自劦鵬公司的所得意圖。惟查被告所指漏報營業稅部分，固經臺北高等行政法院九十七年度訴字第一八六一號、最高行政法院九十九年度判字第一０九九號判決原告敗訴確定，但細繹該案理由可知，原告始終主張劦鵬公司因屬中華人民共和國籍公司，雖專利授權合約取得之權利金於我國境內，惟因屬中華人民共和國取得之專利，其專利權之性質僅能在其登記地及註冊地行使及實施，是以其他公司對專利權之利用既非在境內，認為符合「在國內提供而在國外使用之勞務」，屬境外所得，符合營業稅零稅率要件等語，所以才未申報營業稅。本院認為此項主張非全無理由，甚且有深究之餘地，惜為上述法院所不採而確定。據此足認原告並非刻意漏報隱瞞，而係有其堅信的法律上理由。至於該案中另認定原告漏報弘琦公司之所得五百萬元，原告亦一再堅稱係將專利無償移轉予訴外人弘琦公司，且移轉登記地非在我國境內，亦非屬營業稅課稅範圍，其提出弘琦公司乃原告之負責人林士桂與妻簡惠美於七十七年間設立，此為不爭之事實，從而林士桂與簡惠美夫妻，分別以原告與弘琦公司負責人之身分就系爭專利權為無償轉讓，自屬可信。惟亦為上述法院依憑舊判例意旨，認為仍屬境內為無償轉讓，應視為銷售勞務之行為，而不採原告之抗辯，以擬制方式課與五百萬交易價值。實則不否認為無償讓與，是否與核實課稅原則有違，亦不無疑義。原告甚且為此，就上述確定判決聲請大法官解釋，惟在我國釋憲機制至今欠缺「裁判憲法訴願」，以糾正司法裁判個案違憲的制度，未獲大法官受理，當可想像。是本院認為上述營業稅部分，難認原告係故意漏報，自不能據以認定原告於本案的營所稅亦為故意漏報。至於稅捐行政實務與司法實務習用之「縱無故意，亦有過失」，亦從未就過失部分有所舉證，甚且常將構成要件的故意、過失，與當事人屬違法性認識錯誤的「禁止錯誤」有所混淆（行政罰法第八條），固然違法性認識錯誤，並未排斥過失情狀之可能，惟查本案被告所認定的二百萬元收入，實則於同年度即因劦鵬公司提告違約金賠償，經法院於七年後之九十八年度認定應賠償五百萬元確定，對原告而言，形同無收入，反係虧損，尤以原告於九十四年間解散清算中情狀，將實為九十一年度發生的損害賠償，核列於九十八年度，對於納稅義務人原告既無實益，亦無從核列。本案情狀很容易就能判斷是違反核實課稅原則，被告對於無收入，甚且虧損的原告，卻要僵化適用權責發生制，不考慮民事司法實務必經且難以預期的長期審理時程，反於民事案件確定後，始追溯九十一年度的實質上已無所得的帳面上、形式上所得，除有違大法官釋字第七二二號解釋所宣示的平等原則精神，亦悖於核實課稅原則、量能課稅原則，業如前述。是原告堅信已無實質收入而未申報，其既無故意，被告前述舉證亦難證明原告有過失，且本院認既無補稅問題，罰鍰部分亦難認合法。
（十）綜上所述，原告於九十一年度雖取得劦鵬公司的二百萬元的專利授權金，惟同年度劦鵬公司即提起違約金損害賠償民事訴訟，嗣確定原告應賠償五百萬元。是原告九十一年度的收入與支出「虛盈實虧」，且於九十四年間即登記解散清算中。該案民事訴訟過程與理由俱有各審級判決書在卷可證。原告不可能有操縱所得之危險，被告堅持不願將原告於九十八年間民事判決確定，自九十二年起即須支付給劦鵬公司的違約金五百萬元，列入發生於000年度的支出，一併考量原告所得計算，未參酌大法官釋字第七二二號解釋所宣示的即使採「權責發生制」亦應考量個案情形有所調整是否酌採「收付實現制」精神調整，導致本案有違平等原則精神，亦違反核實課稅原則、量能課稅原則。原告主張整體以觀實無所得，既有理由，其九十一年度未申報系爭二百萬元所得，自非有短漏報之故意或過失。既無需補稅原處分處以補稅及罰鍰自有違法，是原處分既有如上違法情事，訴願決定不查而加以維持，均有未合。訴願決定、原處分（含復查決定），均應予撤銷。
五、本件主要爭點事證已臻明確，兩造其餘之攻擊防禦方法及訴訟資料經本院斟酌後，核與判決不生影響，無一一論述之必要，併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為有理由，爰依行政訴訟法第二百三十六條、第九十八條第一項前段，判決如主文。
中 華 民 國 103 年 12 月 31 日
臺灣桃園地方法院行政訴訟庭
法 官 錢 建 榮上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。上訴理由應表明關於原判決所違背之法令及其具體內容，或依訴訟資料可認為原判決有違背法令之具體事實。
中 華 民 國 104 年 1 月 12 日
書記官 劉 宗 源